Name: Yöntem HCN1 ve TRIP8b arasında protein-protein etkileşimi küçük molekül önleyicilerinin tespit edilmesi için (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-11-11T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 20 s
Description: Keşfedin, TRIP8b ve HCN kanalları arasındaki etkileşimi bozan küçük molekül inhibitörlerini floresan polarizasyonu ile yüksek verimli tarama yöntemiyle nasıl tespit edeceğinizi. Bu yöntem depresyon ve kronik ağrı için yeni tedaviler geliştirmeye yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, Ulusal Sağlık Enstitüleri Hibe R21MH104471 ve R01MH106511 (DMC), Beyin Araştırmaları Vakfı SG 2012-01 (DMC), Northwestern Üniversitesi Klinik ve Translasyonel Bilimler Enstitüsü 8UL1TR000150 (YH), Chicago Biyomedikal Konsorsiyumu HTS-004 (YH ve DMC) ve Ulusal Sağlık Enstitüleri Hibesi 2T32MH067564 (KL) tarafından desteklenmiştir. Bu çalışmanın bir kısmı, Chicago Biyomedikal Konsorsiyumu tarafından finanse edilen Moleküler İnovasyon ve İlaç Keşfi Merkezi'ndeki (CMIDD) Northwestern Üniversitesi Tıbbi ve Sentetik Kimya Çekirdeği (ChemCore) tarafından, Chicago Community Trust'taki Searle Fonları ve Robert H. Lurie Kapsamlı Kanser Merkezi'ne verilen Ulusal Kanser Enstitüsü'nden Kanser Merkezi Destek Hibesi P30 CA060553'un desteğiyle gerçekleştirildi. Yüksek verimli tarama çalışması, aynı zamanda Robert H. Lurie Kapsamlı Kanser Merkezi'nin temel bir tesisi olan Yüksek Verimli Analiz Laboratuvarı'nda gerçekleştirildi.

TRIP8b (241-602) Protein 1. Saflaştırma <ol><li> Yeterli E. halinde bakteriyel protein ifade vektörü pGS21 3 (241-602) TRIP8b ihtiva eden plazmid Dönüşümü E. coli, üreticinin talimatlarına uygun olarak protein ekspresyonu için. Plaka Luria Broth (LB) kültürün 300 ul kloramfenikol ve Ampisilin 5 ug / ml -agar. 16 saat 37 ° C&#39;de inkübe plakası. </li><li> Sonraki gün, tek bir koloni kloramfenikol, ampisilin 50 ug / ml, 50 ml LB aşılamak için seçin. (Çalkalama ile), 16 saat boyunca 37 ° C &#39;de kültür inkübe edin. </li><li> Ampisilin 50 ug / ml LB 1 L 50 mi kültür ekleyin. çalkalanarak 37 ° C&#39;de inkübe edin. </li><li> Kültür 0.8-1.2 OD 600 okuma ulaştığında, 18 ° C kuluçka sıcaklığının değiştirilmesi ve 1 mM&#39;lik nihai bir konsantrasyona kadar IPTG (İzopropil-beta-D-tiyogalaktozid) ekleyin. protein ifadesi 16 saat devam etmesine izin. </li><li> E. Spin 4 ° C&#39;de 15 dakika boyunca 6000 x g&#39;de coli bakteri pelet. santrifüj tüpleri çıkardıktan sonra, prosedürün kalan buz üzerinde bakteri tutun. fenilmetansülfonil florit, 0.25 mM (PMSF) ile tampon A 36 ml bakteri yeniden süspanse edin. </li><li> yüksek güçte ve 30 saniye &#39;off&#39; &#39;açık&#39; 30 saniye arasında değişen, 5-10 dakika için düz bir cıvata kullanarak buz üzerinde yeniden süspanse bakteri ses dalgalarına maruz. </li><li> 4 ° C&#39;de 15 dakika boyunca 12,000 x g&#39;de santrifüjleyin. süpernatant henüz belli değilse ek bir 15 dakika boyunca santrifüj. </li><li> 2 mi Ni-NTA boncuk kolonu süpernatantı uygulanır. hafifçe çalkalanarak 4 ^ &#39;de 60 dakika boyunca inkübe edin. </li><li> Bağlanmamış malzeme sütun aracılığıyla akan akış ve Tampon A, 500 ml ile yıkanır izin ver </li><li> Tampon B ve 250 ml kolon yıkaması </li><li> Tampon A 125 mi, 5 mM imidazol ile takviye edilmiş olan bir sütun yıkayın. </li><li> sağa sola proteinini ayrıştırmak20 mi, elüsyon tamponuyla m. </li><li> Bir şırınga kullanılarak - bir diyaliz kaseti (10 kDa moleküler ağırlık cutoff) ile elüt protein ekleyin. 4 ° C&#39;de soğutulmuş fosfat tamponlu tuz (PBS) 4 L 60 dakika için protein dialyze. </li><li> soğuk PBS yeni bir 4 L kovaya diyaliz kaseti taşıyın. 4 O ° C&#39;de 16 saat için protein dialyze </li><li> Ertesi sabah, imalatçının talimatları izlenerek, Coomassie protein tahlili kiti kullanarak protein konsantrasyonunu kontrol edin. 40 uM&#39;nin altında bir konsantrasyon gözlenmesi halinde, üreticinin talimatlarına, bir protein yoğunlaştırıcı kullanarak aşağıdaki protein konsantre ol. depolama için -80 ° C&#39;de kısım ve dondurularak. </li></ol> 2. Küçük Ölçekli Floresan Polarizasyon Tahlili İki Protein Fragmanlar Etkileşimi karakterize etmek <ol><li> 40 uM TRIP8b (241-602) 200 ul çözülme ve 1.5 ml tüp ekleyin. 11 1.5 ml tüpler için 100 ul PBS ilave edin. </li><li> , Serinin bir sonraki tüp orijinal tüp TRIP8b (241-602) 100 ul transfer aşağı yukarı pipetleme ve ve süreci tekrarlayarak seri dilüsyonları gerçekleştirin. Bu 0.01-40 uM arasında değişen TRIP8b (241-602) 2-kat seyreltilmiş 12 nokta dizi üretecektir. </li><li> 0.1 uM HCN1 FITC (10 uM kısım 6.5 | il) ve PBS içinde 2 mM ditiyotreitol (DTT) içindeki bir 650 ul ana karışımı hazırlayın. Not: master miks 2x olduğunu. </li><li> 12 yeni 1.5 ml tüpler ayarlayın. Her tüpe HCN1 FITC içeren ana karışımı 50 ul ekleyin ve 12 seri seyreltme her birinden 50 ul ilave edin. Not: Bu 12 tüp oluşturur, her orijinal seri seyreltme 0.05 uM HCN1 FITC içeren ve TRIP8b (241-602) &#39;ın konsantrasyonunun yarısı. </li><li> üç kopya halinde, oyuk başına bir deney plakasına 30 ul dilüsyon serisi ekleyin. düşük bir bağlanma düz siyah 384 oyuklu plaka kullanınız. </li><li> plaka f Spinveya oda sıcaklığında 900 x g&#39;de 2 dakika. </li><li> , Bir mikro-okuyucu kullanarak üreticinin yönergeleri izleyerek plakasını okuyun. Aşağıdaki ölçüm parametreleri kullanarak floresan polarizasyon ölçün: 485 nm uyarma, 530 nm emisyon, 505 nm dikroik ayna, 100 milisaniye entegrasyon süresini. </li><li> TRIP8b logaritmik ölçekte (241-602) konsantrasyonu karşı polarizasyon (MP) değerleri çizilir. Etiketli HCN1 peptidi TRIP8b (241-602) afinitesi (Kd) belirlemek için Hill denklemine veri takın. Not: seri dilüsyonları hazırlanması için bir çok-yuvalı plakası da yerine tüpler kullanılabilir. </li></ol> 3. Pozitif Kumandanın Kullanılması Protein-protein Etkileşim inceleyin <ol><li> 1.5 ml tüp etiketlenmemiş HCN1 peptid (200 uM) 200 ul ekle. 11 1.5 ml tüpler için 100 ul PBS ilave edin. birinci tüp peptidin 200 ul ihtiva eden tüp 100 ul transfer seri sulandırmalar gerçekleştirmek100 ul PBS. etiketsiz HCN1 peptid 2 kat seyreltmeleri ile 12 tüpler oluşturmak için işlemi tekrarlayın. </li><li> 0.2 uM HCN1 FITC ve 4 mcM TRIP8b (241-602) bir 650 ul ana karışımı hazırlayın. Not: Bu, 2x çözümdür. </li><li> 12 yeni 1.5 ml tüpler ana karışımı 50 ul ekleyin. </li><li> 1.5 ml tüp her seri seyreltme 50 ul ekle. </li><li> oyuk başına 30 ul ekleyerek, üç kopya halinde siyah 384 oyuklu bir mikrotiter plaka yükleyin. </li><li> Oda sıcaklığında 900 x g&#39;de 2 dakika süre ile plaka santrifüjleyin. </li><li> FP edebilen bir mikrolevha okuyucusu kullanılarak plaka okuyun. Adım 2.7 açıklandığı gibi aynı ayarları kullan. </li><li> Kd 1 = IC50 / (1 + [L] / Kd 2), Kd 1 etiketlenmemiş afinitesini temsil eder, Cheng-Prusoff denklemi kullanılarak TRIP8b için etiketlenmemiş peptid (241-602) afinitesini hesaplayın TRIP8b (241-602), IC50 için peptit önceki aşamada belirlenenve etiketlenmiş ligand yer değiştirmesi için, etiketlenmemiş ligandın yeteneği, [L] adım 3.2 etiketli ligandın konsantrasyonudur temsil eder ve Kd 2 etiketli ligand için TRIPb (241-602) arasında eğilimidir. </li></ol> 4. Değerlendirin Testi Performansı (Hesapla Z Faktörü) <ol><li> 2 uM TRIP8b (241-602), 50 nM HCN1 FITC ve AP tampon maddesi içinde 1 mM DTT ile AP tamponu 12 mi çözelti yapılarak bir ana karışımı hazırlayın. Not: Bu 40 uM TRIP8b (241-602) 60 ul, 10 uM HCN1 FITC 60 ul ve FP Tampon 1.080 ul gerektirir. </li><li> Siyah bir 384-oyuklu mikro titer plakanın her oyuğuna ana karışımı 30 ul ekle. </li><li> Bir pozitif kontrol olarak hizmet etmek üzere 192 gözlere 1mM etiketsiz HCN1 peptid 1 ul ekle. </li><li> bir negatif kontrol olarak hizmet etmek üzere 192 gözlere AP tamponu 1 ul ekle. </li><li> Oda sıcaklığında 900 x g&#39;de 2 dakika süre ile plaka santrifüjleyin. </li><li> Bir mil kullanarak plaka okumacroplate okuyucu. </li><li> Aşağıdaki formül kullanılarak tahlil Z faktörü hesaplanır: Z = 1-3 * (σ POS -σ negatif) / (μ negatif -μ POS) σ POS ve σ negatif pozitif ve negatif kontrol kuyuları, standart sapmaları göstermektedir burada ve μ pos ve μ neg pozitif ve negatif kontrol kuyuları ortalama sinyalleri temsil etmektedir. </li></ol> 5. Yüksek Verimli Ekran <ol><li> TRIP8b (241-602) ve HCN1 FITC hacimde çözülme ve buz üzerinde saklayın. </li><li> AP tamponu TRIP8b (2 uM) ve HCN1 FITC (50 nM), 10 ml hazırlayın. </li><li> Bir pipet kullanarak 384 oyuklu siyah mikrotitre plaka bağlama düşük her oyuğuna karışımı 25 ul koyun. </li><li> kütüphanesinin taranması için bir akustik sıvı tutucu kullanarak sütun her çukuruna 3 (her biri 40 uM son konsantrasyon) 22 içine bileşikleri ekleyin. Not: nedeniyle şansı göreceli içinBu deneyde gözlemlenen Y, düşük isabet oranı, iki farklı bileşik, tek bir kuyunun içine toplanmıştır. her aktif kuyudan iki bileşik sonradan aktiviteyi haiz olduğunu belirlemek için tek tek test edilmiştir. </li><li> sütun 1 ve her bir levhanın 23 negatif kontroller olarak her bir kuyunun içine dimetil sülfoksit (DMSO), 100 NL ekleyin. </li><li> sütun 2 ve her plakanın 24 pozitif kontroller olarak her bir kuyunun içine etiketlenmemiş HCN1 peptid ekleyin. </li><li> 2 saat boyunca oda sıcaklığında inkübe edin. Tabaklar ve okumadan önce 16 saat boyunca 4 ° C&#39;de inkübe edin. </li><li> Bir plaka okuyucusu üzerinde flüoresans polarizasyon ölçün. Adım 2.7 açıklandığı gibi aynı ayarları kullan. </li><li> % 100 olarak her plaka ortalama pozitif ve negatif kontrolleri kullanarak sinyalleri normalize ederek yüzde inhibisyon hesaplayın. X, N sinyali X karşılık gelen normalize inhibisyon yüzdesi olduğu, X, POS denklemi XN =% 100 * (- X -) / (X-negatif x POS) (X negatif) kullanarak </sub&gt; Pozitif kontrol çukurlarında ortalama sinyaldir ve X, neg, negatif kontrol kuyularından sinyalidir. </li></ol> TAMRA etiketli HCN Peptide kullanma Hits 6. Onay <ol><li> Doğrulama TAMRA etiketli HCN1 peptit (HCN1 TAMRA) kullanılarak% 50&#39;nin üzerinde inhibisyonu ile vurur. <ol><li> 2 uM TRIP8b (241-602) ve 50 nM TAMRA HCN1 FP tamponu 12 ml bir ana karışımı hazırlayın. </li><li> Siyah bir 384-oyuklu mikro titer plakanın her oyuğuna ana karışımı 25 ul koyun. </li><li> İlgili gözlerdeki her bir aktif bileşiklerin seri dilüsyonları aktarın. Her birinin konsantrasyonu, 200 uM 0.2 uM arasında değişir isabet iki kat seyreltileri bu sağlayın. </li><li> Negatif kontrol reaksiyonları için, her bir kuyunun içine DMSO, 100 NL aktarın. Pozitif kontrol için ila 200um arasında 0,1 mikron arasında değişen nihai konsantrasyona sahip seri olarak seyreltilmiş etiketlenmemiş HCN1 peptidin 100 NL ekleyin. </li><li> Oda sıcaklığında plaka inkübe2 saat. Tabaklar ve 4 ° C&#39;de 16 saat boyunca inkübe okumadan önce ° C. </li><li> Aşağıdaki ölçüm parametreleri kullanarak floresan polarizasyon (MP) ölçün: 535 nm Tahrik olma; 580 nm emisyon; 535 nm dikroik ayna, 20 msn entegrasyon süresi. </li><li> Dört parametreli doğrusal olmayan bir regresyon modeli 23 kullanılarak her bileşiğin konsantrasyonu göre AP verileri uydurularak IC50 değerlerini hesaplar. </li></ol></li></ol> Boncuk tabanlı yakınlık Testi 7. Doz-yanıt Doğrulama <ol><li> His ile etiketlenmiş TRIP8b (241-602) (His-TRIP8b) ve GST etiketli HCN1 (GST HCN1 C40) füzyon proteinlerinin 1 kısım Çözülme ve buz üzerinde saklayın. </li><li> 400 nM His-TRIP8b 40 nM GST HCN1 C40 konsantrasyonlarda deney tamponu içinde GST-HCN1 C40 ile His-TRIP8b birleştirin. Her bir bileşik için karışımın 300 ul Hazırlama Test edilecek. Not: Bileşikler 11 farklı konsantrasyonda artı DM üç kopya halinde çalıştırılırSO kontrolü (yok bileşik). </li><li> Kontrol kuyuları, GST-HCN1C40 olmayan His-TRIP8b (200 nM) 30 ul hazırlamak ve daha sonra ayrı ayrı analiz tamponu içinde His-TRIP8b GST-HCN1C40 (20 nM), 30 ul hazırlar. </li><li> 16 kanallı bir pipet kullanarak bir plaka 36 oyuklarına (yukarıdaki adım 7.2 hazırlandı) GST-HCN1 C40 karışımı: Her bir bileşik, test edilecek için His-TRIP8b 7 ul ekle. tek bir bileşik test etmek için, satırlar AL içinde 12 farklı konsantrasyonda ve sütun 1-3&#39;te üç kez tekrarlanmış sağlayabilir. Sütun satır N. 1-3 sütun satır M 1-3 ve (7.3 hazırlanan) GST-HCN1 C40 çözeltisi 7 ul için (7.3 hazırlanmış) His-TRIP8b solüsyonu 7 ul ekleyin Kısaca plaka için santrifüj sıvılar her bir kuyunun dibinde olmasını sağlamak ve herhangi bir kabarcıklarını çıkarmak için. </li><li> Dağıtın isabet bileşiklerin her konsantrasyonu (satırdaki K) 0,1 uM kadar (A sırasında), 200 uM aralıkları isabet şekilde plaka test edilecek. bir hacim koyunsatırlar AK dağıtılan bileşik miktarını eşleşen satırları LN DMSO. </li><li> 2 dakika boyunca plaka çalkalanır ve oda sıcaklığında 2.5 saat süreyle inkübe edin. </li><li> deney tamponu anti-GST Alıcı boncuk 1:50 seyreltin. </li><li> 16-kanallı pipet ile plaka her kuyuya seyreltilmiş Alıcı boncuk 3.5 ul ekleyin ve hafifçe hava kabarcıkları oluşturarak önlemek için pipetleme karıştırın. </li><li> karanlıkta, oda sıcaklığında 1 saat boyunca inkübasyona bırakılır. </li><li> deney tamponu ile nikel chelat Donör boncuk 1:50 seyreltin. ışığa Karışımı maruz bırakmayın. </li><li> 16-kanallı pipet ile plaka her kuyuya seyreltilmiş Donör boncuk 3.5 ul ekleyin ve hafifçe hava kabarcıkları oluşturarak önlemek için pipetleme karıştırın. </li><li> karanlıkta, oda sıcaklığında 1.5 saat inkübasyona bırakılır. </li><li> Bir plaka okuyucusu üzerinde okuyun. 40 msan uyarma zaman, 100 msn emisyon süresi, 0.1 mm algılama yüksekliği: Aşağıdaki ölçüm parametreleri ile bir plaka okuyucu kullanın. </li><li> EAC için uydurma verilerle IC50 değerleri hesaplamakdört parametreli doğrusal olmayan regresyon modeli 23 ile h bileşik. </li></ol>

<ol><li>Biel, M., Wahl-Schott, C., Michalakis, S., Zong, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hyperpolarization-activated+cation+channels%3A+from+genes+to+function%5BTitle%5D)+AND+%22Physiol+Rev%22%5BJournal%5D)">Hyperpolarization-activated cation channels: from genes to function.</a> Physiol Rev. 89 (3), 847-885 (2009).</li>
<li>Shah, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HCN1+channels%3A+a+new+therapeutic+target+for+depressive+disorders%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Signal%22%5BJournal%5D)">HCN1 channels: a new therapeutic target for depressive disorders?</a> Sci Signal. 5 (244), pe44(2012).</li>
<li>Han, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+Small-Molecule+Inhibitors+of+Hyperpolarization-Activated+Cyclic+Nucleotide-Gated+Channels%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+Screen%22%5BJournal%5D)">Identification of Small-Molecule Inhibitors of Hyperpolarization-Activated Cyclic Nucleotide-Gated Channels.</a> J Biomol Screen. 20 (9), 1124-1131 (2015).</li>
<li>Postea, O., Biel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+HCN+channels+as+novel+drug+targets%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Exploring HCN channels as novel drug targets.</a> Nat Rev Drug Discov. 10 (12), (2011).</li>
<li>Stieber, J., Wieland, K., Stöckl, G., Ludwig, A., Hofmann, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bradycardic+and+proarrhythmic+properties+of+sinus+node+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">Bradycardic and proarrhythmic properties of sinus node inhibitors.</a> Mol Pharmacol. 69 (4), 1328-1337 (2006).</li>
<li>Santoro, B., Wainger, B. J., Siegelbaum, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+HCN+channel+surface+expression+by+a+novel+C-terminal+protein-protein+interaction%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Regulation of HCN channel surface expression by a novel C-terminal protein-protein interaction.</a> J Neurosci. 24 (47), 10750-10762 (2004).</li>
<li>Lewis, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deletion+of+the+hyperpolarization-activated+cyclic+nucleotide-gated+channel+auxiliary+subunit+TRIP8b+impairs+hippocampal+Ih+localization+and+function+and+promotes+antidepressant+behavior+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Deletion of the hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel auxiliary subunit TRIP8b impairs hippocampal Ih localization and function and promotes antidepressant behavior in mice.</a> J Neurosci. 31 (20), 7424-7440 (2011).</li>
<li>Heuermann, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reduction+of+thalamic+and+cortical+Ih+by+deletion+of+TRIP8b+produces+a+mouse+model+of+human+absence+epilepsy%5BTitle%5D)+AND+%22Neurobiol+Dis%22%5BJournal%5D)">Reduction of thalamic and cortical Ih by deletion of TRIP8b produces a mouse model of human absence epilepsy.</a> Neurobiol Dis. 85, 81-92 (2016).</li>
<li>Steru, L., Chermat, R., Thierry, B., Simon, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+tail+suspension+test%3A+A+new+method+for+screening+antidepressants+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Psychopharmacology%22%5BJournal%5D)">The tail suspension test: A new method for screening antidepressants in mice.</a> Psychopharmacology. 85 (3), 367-370 (1985).</li>
<li>Petit-Demouliere, B., Chenu, F., Bourin, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Forced+swimming+test+in+mice%3A+a+review+of+antidepressant+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Psychopharmacology%22%5BJournal%5D)">Forced swimming test in mice: a review of antidepressant activity.</a> Psychopharmacology. 177 (3), 245-255 (2004).</li>
<li>Cryan, J. F., Mombereau, C., Vassout, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+tail+suspension+test+as+a+model+for+assessing+antidepressant+activity%3A+Review+of+pharmacological+and+genetic+studies+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Neurosci+Biobehav+Rev%22%5BJournal%5D)">The tail suspension test as a model for assessing antidepressant activity: Review of pharmacological and genetic studies in mice.</a> Neurosci Biobehav Rev. 29 (4-5), 571-625 (2005).</li>
<li>Han, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trafficking+and+gating+of+hyperpolarization-activated+cyclic+nucleotide-gated+channels+are+regulated+by+interaction+with+tetratricopeptide+repeat-containing+Rab8b-interacting+protein+%28TRIP8b%29+and+cyclic+AMP+at+distinct+sites%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Trafficking and gating of hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channels are regulated by interaction with tetratricopeptide repeat-containing Rab8b-interacting protein (TRIP8b) and cyclic AMP at distinct sites.</a> J Biol Chem. 286 (23), 20823-20834 (2011).</li>
<li>Hu, L., Santoro, B., Saponaro, A., Liu, H., Moroni, A., Siegelbaum, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Binding+of+the+auxiliary+subunit+TRIP8b+to+HCN+channels+shifts+the+mode+of+action+of+cAMP%5BTitle%5D)+AND+%22J+Gen+Physiol%22%5BJournal%5D)">Binding of the auxiliary subunit TRIP8b to HCN channels shifts the mode of action of cAMP.</a> J Gen Physiol. 142 (6), 599-612 (2013).</li>
<li>Saponaro, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+basis+for+the+mutual+antagonism+of+cAMP+and+TRIP8b+in+regulating+HCN+channel+function%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Structural basis for the mutual antagonism of cAMP and TRIP8b in regulating HCN channel function.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 111 (40), 14577-14582 (2014).</li>
<li>Bankston, J. R., Camp, S. S., DiMaio, F., Lewis, A. S., Chetkovich, D. M., Zagotta, W. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+stoichiometry+of+an+accessory+subunit+TRIP8b+interaction+with+hyperpolarization-activated+cyclic+nucleotide-gated+channels%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Structure and stoichiometry of an accessory subunit TRIP8b interaction with hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channels.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (20), 7899-7904 (2012).</li>
<li>Gatto, G. J. Jr, Geisbrecht, B. V., Gould, S. J., Berg, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peroxisomal+targeting+signal-1+recognition+by+the+TPR+domains+of+human+PEX5%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Peroxisomal targeting signal-1 recognition by the TPR domains of human PEX5.</a> Nat Struct Biol. 7 (12), 1091-1095 (2000).</li>
<li>Owicki, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+polarization+and+anisotropy+in+high+throughput+screening%3A+perspectives+and+primer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+Screen%22%5BJournal%5D)">Fluorescence polarization and anisotropy in high throughput screening: perspectives and primer.</a> J Biomol Screen. 5 (5), 297-306 (2000).</li>
<li>Smith, D. S., Eremin, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+polarization+immunoassays+and+related+methods+for+simple%2C+high-throughput+screening+of+small+molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Fluorescence polarization immunoassays and related methods for simple, high-throughput screening of small molecules.</a> Anal Bioanal Chem. 391 (5), 1499-1507 (2008).</li>
<li>Roehrl, M. H. A., Wang, J. Y., Wagner, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+general+framework+for+development+and+data+analysis+of+competitive+high-throughput+screens+for+small-molecule+inhibitors+of+protein-protein+interactions+by+fluorescence+polarization%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">A general framework for development and data analysis of competitive high-throughput screens for small-molecule inhibitors of protein-protein interactions by fluorescence polarization.</a> Biochemistry. 43 (51), 16056-16066 (2004).</li>
<li>Arkin, M. R., Wells, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small-molecule+inhibitors+of+protein-protein+interactions%3A+progressing+towards+the+dream%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: progressing towards the dream.</a> Nat Rev Drug Discov. 3 (4), 301-317 (2004).</li>
<li>Zhang, J., Chung, T., Oldenburg, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Simple+Statistical+Parameter+for+Use+in+Evaluation+and+Validation+of+High+Throughput+Screening+Assays%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+Screen%22%5BJournal%5D)">A Simple Statistical Parameter for Use in Evaluation and Validation of High Throughput Screening Assays.</a> J Biomol Screen. 4 (2), 67-73 (1999).</li>
<li>Eglen, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+AlphaScreen+technology+in+HTS%3A+current+status%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Cheml+Genomics%22%5BJournal%5D)">The use of AlphaScreen technology in HTS: current status.</a> Curr Cheml Genomics. 1 (1), 2-10 (2008).</li>
<li>Lehninger, A. L., Nelson, D. L., Cox, M. M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLehninger%2C+AL+%22Lehninger+Principles+of+Biochemistry%22">Lehninger Principles of Biochemistry</a>. , Worth Publishers. New York. (2000).</li>
<li>Kim, C. S., Chang, P. Y., Johnston, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancement+of+dorsal+hippocampal+activity+by+knockdown+of+HCN1+channels+leads+to+anxiolytic-+and+antidepressant-like+behaviors%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">Enhancement of dorsal hippocampal activity by knockdown of HCN1 channels leads to anxiolytic- and antidepressant-like behaviors.</a> Neuron. 75 (3), 503-516 (2012).</li>
<li>Wahl-Schott, C., Biel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HCN+channels%3A+structure%2C+cellular+regulation+and+physiological+function%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">HCN channels: structure, cellular regulation and physiological function.</a> Cell Mol Life Sci. 66 (3), 470-494 (2009).</li>
<li>DeBerg, H. A., Bankston, J. R., Rosenbaum, J. C., Brzovic, P. S., Zagotta, W. N., Stoll, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+Mechanism+for+the+Regulation+of+HCN+Ion+Channels+by+the+Accessory+Protein+TRIP8b%5BTitle%5D)+AND+%22Structure%22%5BJournal%5D)">Structural Mechanism for the Regulation of HCN Ion Channels by the Accessory Protein TRIP8b.</a> Structure. 23 (4), 734-744 (2015).</li>
<li>Weiss, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Hill+equation+revisited%3A+uses+and+misuses%5BTitle%5D)+AND+%22FASEB+J%22%5BJournal%5D)">The Hill equation revisited: uses and misuses.</a> FASEB J. 11 (11), 835-841 (1997).</li>
<li>Prinz, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hill+coefficients%2C+dose-response+curves+and+allosteric+mechanisms%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Hill coefficients, dose-response curves and allosteric mechanisms.</a> J Chem Biol. 3 (1), 37-44 (2009).</li>
<li>Pollard, T. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Guide+to+Simple+and+Informative+Binding+Assays%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Cell%22%5BJournal%5D)">A Guide to Simple and Informative Binding Assays.</a> Mol Biol Cell. 21 (23), 4061-4067 (2010).</li>
<li>Rossi, A. M., Taylor, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+protein-ligand+interactions+by+fluorescence+polarization%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Analysis of protein-ligand interactions by fluorescence polarization.</a> Nat Protoc. 6 (3), (2011).</li>
<li>Ryan, A. J., Gray, N. M., Lowe, P. N., Chung, C. -W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+Detergent+on+%22Promiscuous%22+Inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Effect of Detergent on "Promiscuous" Inhibitors.</a> J Med Chem. 46 (16), 3448-3451 (2003).</li>
<li>McGovern, S. L., Caselli, E., Grigorieff, N., Shoichet, B. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+common+mechanism+underlying+promiscuous+inhibitors+from+virtual+and+high-throughput+screening%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">A common mechanism underlying promiscuous inhibitors from virtual and high-throughput screening.</a> J Med Chem. 45 (8), 1712-1722 (2002).</li>
<li>Hertzberg, R. P., Pope, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+screening%3A+new+technology+for+the+21st+century%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">High-throughput screening: new technology for the 21st century.</a> Curr Opin Chem Biol. 4 (4), 445-451 (2000).</li>
<li>Sundberg, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+and+ultra-high-throughput+screening%3A+solution-and+cell-based+approaches%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">High-throughput and ultra-high-throughput screening: solution-and cell-based approaches.</a> Curr Opin Biotechnol. 11 (1), (2000).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yoktur.

Çünkü MDD 24 bir tedavi hedefi olarak potansiyeli, merkezi sinir sisteminde 4 HCN kanal fonksiyonunu antagonize farmakolojik yaklaşımlar önemli ilgi olmuştur. Ancak bu çabalar kalp kalp vurusu HCN kanallarının önemli rolü ve aritmi 25 riski ile durmuş durumda. Biz HCN ve beyin özel yardımcı alt birimi, TRIP8b 8 arasındaki etkileşimi kesintiye kardiyak HCN kanalları 3 etkilemeden antidepresan benzeri etkiler üretmek için yeterli olabileceğini gerekçeli. Bu hipotez fa...

Hiperpolarizasyon aktive siklik nükleotid-kapılı (HCN) kanallar zarı uyarılımında 1 düzenlenmesinde önemli bir rol oynadıkları kalp ve merkezi sinir sisteminde ifade edilmiştir. HCN kanalları HCN kanal fonksiyonu farmakolojik açıdan sınırlayan MDD 3 için yeni bir tedavi olarak etkili olabileceğini önermek için çeşitli gruplar yol açmıştır Majör Depresif Bozukluk (MDB) 2, patogenezinde sorumlu tutulmuştur. Ancak, doğrudan HCN kanalları hedefleyen, çünkü kalp aksiyon potansiyeli 4 önemli rolleri bir canlı değildir. İvabradin, tek FDA HCN kanalı antagonisti onaylanmış bir bradikardik etki 5 üretilmesi için, kalp yetmezliğinin tedavisi için kullanılır. Bu nedenle, merkezi sinir sisteminde, sadece HCN kanalı fonksiyonunu sınırlar farmakolojik maddeler için bir ihtiyaç vardır. tekrar içeren tetratricopeptide Rab8b etkileşen protein (TRIP8b) beyin spesifik olanHCN kanalları 6,7 yüzey ekspresyonunu ve yerelleştirme kontrol HCN kanalları fic yardımcı alt birimi. TRIP8b genetik nakavt kalp 8 HCN ifade etkilemeden beyin HCN kanalları 7 bir azalmaya neden olur. İlginçtir, TRIP8b nakavt fareler zorla yüzmeye görev ve kuyruk süspansiyon görevi 7, antidepresan etkinliği 9-11 için iki yaygın olarak kullanılan tarama testlerinde daha az zaman hareketsiz geçirirler. Bu sonuçlar, doğrudan, HCN kanal işlevinin küçük bir molekül antagonisti ile HCN kanalları, hedefleme antidepresan benzeri bir davranış üretilmesi için yeterli olabilir TRIP8b ve HCN arasındaki etkileşimi kesintiye yerine işaret etmektedir. TRIP8b iki farklı bağlanma bölgelerinde HCN bağlanır. HCN&#39;nin siklik nükleotid bağlama alanı (CNBD) TRIP8b 12,13 TPR alanlarına TRIP8b bulunan N terminal korunmuş bir alan ile etkileşime girer. Bu katılan CNBD kalıntıları rağmenetkileşim 14 haritalanmıştır, ilgilenmektedir TRIP8b bölgesi bir-80-amino asit fragmanı 13 ötesinde daralmış edilmemiştir. İkinci etkileşim TRIP8b ve tetratricopeptide tekrar (TPR) etki ve HCN C terminal tripeptit (HCN1, HCN2 ve HCN4 içinde &#39;SNL&#39;, ama HCN3 içinde &#39;ANM&#39;) 3,12 arasında oluşur. Bu C kuyruk etkileşimin son zamanlarda çözülmüş kristal yapısı 15 5 (PEX5) peroxin, peroksizomal ithalat reseptörü arasındaki etkileşim için önemli yapısal benzerlik ortaya koymuştur ve onun tip 1 Peroksizomal hedefleyen dizileri (PTS1) 16 içeren, ortakları etkileşim. Her iki etkileşim siteleri HCN kanal fonksiyonu için gerekli olmasına rağmen, TRIP8b TPR etki ve HCN1 C terminali tripeptid arasındaki etkileşim baskın bağlanma yeri olarak hizmet vermektedir ve HCN yüzey ekspresyonunu düzenler. Bu nedenle, bu etkileşimin bu çalışmada hedefleme site olarak seçildi.Bir referans TRIP8b ve HCN arasındaki etkileşim yapılır yazının, geri kalanı için, o sevk edilirken bu etkileşimdir. Bu etkileşim içeren onun korunmuş Cı terminaline HCN C terminal kuyruğu (kalıntılar TRIP8b 1a-4 izoform 241-602) 3 bağlanması için gerekli TPR etki gelen TRIP8b bir yüksek derecede çözünür bir parçası tarafından değinmeyecek. Bu etkileşimini bozabildiklerini küçük molekülleri tanımlamak için bir yüksek girdi boyunca araştırma geliştirmek için bir floresan polarizasyon (FP) deneyi 17 kullanılmıştır tabanlı. Floresan polarizasyon polarize ışık ve yayılan floresan 18 polarizasyon derecesinin ölçülmesi ile florofor-etiketli ligandın uyarım dayanır. Bir bağlanma partneri varlığında, floresan ligandının dönme hareketi kısıtlanır ve polarize ışık 19 çıkar. bir bağlanma partneri, T yokluğundaO ligandın dönme hareketi depolarize ışığın yayılmasına neden olur. Kapalı protokol, Nikel nitrilotriasetik asit (Ni-NTA) boncuklar kullanılarak N-terminal-etiketli (6xHis) TRIP8b saflaştırılması (241-602) için bir yöntem sunulmaktadır. Benzer bir protokol protokolü aşama 7&#39;de kullanılan glutation-S-transferaz (GST) etiketli Cı HCN1 terminal 40 amino asitleri (HCN1 C40) saflaştırmak için kullanıldı. uzay hususlar için bu prosedürün ayrıntılı bir açıklaması ihmal edildi. Protokol 7. adımda 2&#39;de, yüksek verimli tarama akışı (Şekil 1 e bakınız) verilmiştir. Protein-protein etkileşimleri yüksek verimli tarama için oldukça zordur hedef ve okuyucular konu 20 ek kaynak bulmak için tavsiye edilir. 2. adımları ve prosedürün 3 fo inşa saflaştırılmış TRIP8b (241-602) in vitro afinite karakterizeRA floresein izotiosiyanat (FITC) HCN1 (HCN1 FITC) C terminal kuyruğu tekabül eden on bir amino asit peptidi etiketli. TRIP8b-HCN kompleksi 15 kristal yapısına göre, bu on bir amino asit segmenti TRIP8b (241-602) bağlanma sağlamak için yeterlidir. Adım 2&#39;de, etkileşim Kd HCN1 FITC sabit bir konsantrasyonu (241-602) TRIP8b titre ile ölçülür. Aşama 3&#39;te, aşama 2&#39;de kullanılan HCN peptidin etiketlenmemiş versiyonu FITC etiketi bağlanmasını engellemeye, incelemek için her iki TRIP8b (241-602) ve HCN1 FITC sabit bir konsantrasyonu titre edilir. Bu deneyler, yüksek girdi boyunca kullanılan TRIP8b (241-602) ve HCN1 FITC uygun konsantrasyonlarının seçilmesinde için gereklidir. Yüksek girdi boyunca araştırma öncül bir dec üretecek TRIP8b (241-602) ile HCN1 FITC arasındaki etkileşimi kesintiye yeteneğine sahip küçük moleküllüPolarize ışık içinde artma. Aşama 4&#39;te, tahlil Z faktörü deneyi yüksek verimli tarama teknikleri (aşama 5) için uygun olduğundan emin olmak için TRIP8b (241-602) ve HCN1 FITC belirli bir konsantrasyonu için 21 hesaplanmıştır. 6 ve 7 ilköğretim yüksek kapasiteli ekranında tanımlanan isabet TRIP8b (241-602) ve HCN1 FITC arasında yerine spesifik olmayan mekanizma yoluyla etkileşim bozarak hareket onaylamak için doğrulama deneyleri vardır Adımları. Adım 6&#39;da, carboxytetramethylrhodamine (TAMRA) HCN1 peptit (HCN1 TAMRA) FITC etiketi kullanılarak AP deneyi tehlikeye floresan bileşikler filtre bir başka benzer floresan polarizasyon tahlili kullanılan bir etiketli. Adım 7 daha büyük bir HCN1 Cı terminal parçası (HCN1 C40) kullanır ve proteinler etkileşerek birbirine yaklaştırılır bir alıcı boncuk bir takviye kordonu bir tekli oksijen &#39;tünel&#39; göre bir tane bazlı yakınlığı deneyi kullanmaktadır 22.

<table><tbody><tr><td>Ni-NTA agaroz&nbsp;</td><td>Qiagen</td><td>30210</td><td></td></tr><tr><td>Diyaliz kaseti&nbsp;</td><td>ThermoFisher</td><td>66456</td><td></td></tr><tr><td>İzopropil b-D-1-tiyogalaktopiranosid&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I5502 - 1 gr</td><td></td></tr><tr><td>384 Kuyulu Siyah tabak&nbsp;</td><td>Corning</td><td>3820</td><td></td></tr><tr><td>Proxiplate&nbsp;</td><td>Perkin-Elmer&nbsp;</td><td></td><td></td>6008289</tr><tr><td>Anti-GST Alıcı boncukları&nbsp;</td><td>Perkin-Elmer&nbsp;</td><td>6760603C</td><td></td></tr><tr><td>NiŞelat</td><td>Perkin-Elmer&nbsp;</td><td>AS101D</td><td></td></tr><tr><td>pGS21-a</td><td>Genscript</td><td>SD0121</td><td></td></tr><tr><td>PMSF</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>10837091001</td><td></td></tr><tr><td>Coomassie Kiti</td><td>ThermoFisher</td><td>23200</td><td></td></tr><tr><td>Protein yoğunlaştırıcı</td><td>ThermoFisher</td><td>88527</td><td></td></tr><tr><td>Perkin Elmer Enspire Çok Modlu Plaka okuyucu</td><td>Perkin-Elmer&nbsp;</td><td>#2300-001M</td><td></td></tr><tr><td>BL21 (DE3) Yetkin Hücreler</td><td>Agilent</td><td>200131</td><td></td></tr></tbody></table>

yöntem hcn1 ve trip8b arasında protein-protein etkileşimi küçük molekül önleyicilerinin tespit edilmesi için

Method for Identifying Small Molecule Inhibitors of the Protein-protein Interaction Between HCN1 and TRIP8b

Hiperpolarizasyon aktive siklik nükleotid kapılı (HCN) kanallar nöron heyecanlanma düzenleyen işlev beyin boyunca yayg ifade edilmiştir. hipokamp alanı CA1 piramidal nöronlarda bu kanallar hücre içi dağılımı tetratricopeptide tekrar içeren Rab8b etkileşen protein (TRIP8b), bir yardımcı alt birimi tarafından kontrol edilir. HCN genetik nakavt HCN kanallarının işlevini sınırlayan Majör Depresif Bozukluk (MDB) için bir tedavi olarak yararlı olabileceğini düşündüren, alt birimler veya TRIP8b, antidepresan benzeri davranışlar artışa hem de kurşun oluşturan gözenek. önemli terapötik ilgiye rağmen, HCN kanalları da onlar ritmini düzenleyen kalp, ifade edilmektedir. Kalp HCN kanalları bloke ile ilişkili hedef dışı sorunları aşmak için, bizim laboratuvar son zamanlarda özellikle beyinde HCN kanal fonksiyonunu bozabilir için HCN ve TRIP8b arasında protein-protein etkileşimi hedef önerdi.Burada odak noktası TRIP8b ve tetratricopeptide tekrar (TPR) etki ve HCN1 C terminal kuyruğu arasındaki etkileşim üzerinde olmasına rağmen TRIP8b, iki farklı etkileşim siteleri alt birimlerini oluşturan HCN gözenek bağlanır. Bu protokol, TRIP8b saflaştırılması ve HCN ve TRIP8b arasındaki etkileşimin küçük moleküllü inhibitörleri belirlemek için bir yüksek girdi boyunca araştırma gerçekleştirilmesi için bir yöntemin bir genişletilmiş tarifinde tarif edilmektedir. yüksek veri akışı tarama yöntemi olup floresan polarizasyon (FP) HCN1 Cı terminal kuyruğu tekabül eden asit peptidi, amino, bir florofor ile işaretlenmiş olan on bir büyük TRIP8b fragmanının bağlanmasını izlemek için tahlil tabanlı kullanmaktadır. Bu yöntem, izin verir &#39;hit&#39; bileşikler yayılan ışığın polarizasyon değişikliği dayalı tespit edilecek. Doğrulama deneyleri sonra bileşikler artefakt değildir &#39;hit&#39; emin olmak için yapılır.

Daha önceki yayın ile telif hakkı sorunları önlemek için, bir TAMRA-etiketli sonda HCN1 TAMRA Şekil 2 ve 3 üretmek için kullanıldı. Bu ikame sonuçlarında kayda değer bir fark olmadığını unutmayın ve protokoller HCN1 FITC ile yukarıda özetlenen aynıdır. HCN1 TAMRA, TRIP8b (241-602) ile etkileşimi ölçmek için Adım 2 (Şekil 2) belirtilen protokol kullanılarak HCN1 TAMRA sabit bir konsantrasyonu ti...

HCN kanalları ve bunların yardımcı alt birimi arasındaki etkileşim Majör Depresif Bozukluk bir tedavi hedefi olarak tespit edilmiştir. Burada, bu protein-protein etkileşimi, küçük molekül inhibitörleri belirlemek için bir floresan polarizasyon tabanlı bir yöntem sunulmuştur.

Yöntem HCN1 ve TRIP8b arasında protein-protein etkileşimi küçük molekül önleyicilerinin tespit edilmesi için

Hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channels are expressed ubiquitously throughout the brain, where they function to regulate the ...

Bu prosedürün genel amacı, TRIP8b ile HCN kanalları arasındaki etkileşimi bozabilen küçük molekülleri belirlemektir. Bu yöntem, depresyon için yeni tedavilere dönüştürülebilecek aday molekülleri tanımlar. Bu tekniğin temel avantajı, yüksek kapasiteli (high throughput) bir biçimde tamamlanabilmesidir.Laboratuvarımız, TRIP8b'nin HCN'ye bağlanmasının bozulmasının terapötik fayda sağlayabileceğini göstermiş olduğundan, bu tekniğin majör depresif bozukluk için yeni bir terapinin geliştirilmesi üzerinde etkileri vardır. Bu yöntem depresyon odaklı geliştirilmiş olsa da, TRIP8b ve HCN arasındaki etkileşimin bozulması, kronik ağrı gibi diğer bozukluklarda da terapötik fayda sağlayabilir. Bu protokolün görsel olarak gösterilmesi önemlidir, çünkü Northwestern Üniversitesi'nin yüksek kapasiteli analiz laboratuvarı gibi açık tesislerde temel ve translasyonel araştırmaları ilerletmek için otomatik yüksek kapasiteli cihazların kullanılmasının avantajlarını örneklemektedir.TRIP8b 241-602 protein fragmanını saflaştırıp metin protokolüne göre bir pozitif kontrol ile protein-protein etkileşimlerini inceledikten sonra, TRIP8b ve HCN1-FITC alikotlarını çözdürün ve buz üzerinde tutun. 20 mililitre 2 mic

method-for-identifying-small-molecule-inhibitors-protein-protein

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Tandem afinite saflaştırma proteinlerine bağlanma ortaklarının belirlenmesi için sağlam bir yaklaşımdır. Kavramı kanıtı olarak, bu metodoloji konak hücre faktörü için inisiyasyon dahil eş-tortu ile iyi karakterize çevirisi başlatma faktörü eIF4E uygulanmıştır. Bu yöntem, kolaylıkla bir hücre ya da viral proteini için uyarlanmıştır.

Tandem Affinity Arıtma kullanarak Protein etkileşim Ortaklar belirlenmesi

Biz doğru ve yanlış protein-protein etkileşimleri ayırmak için önce tanıtıldı HIZLI (Nakavt ile birlikte kantitatif immünopresipitasyon) yaklaşımın bir çeşitleme sunuyor. Bizim yaklaşıma...

Dayanarak protein-protein etkileşimleri ve kimliği için bir protokol<sup&gt; 15</sup&gt; K Metabolik Etiketleme, immünopresipitasyon, Kantitatif Kütle Spektrometrisi ve Affinity Modülasyon

Drosophila ama derinlemesine biyokimyasal analiz uygunluğu için, güçlü genetik manipülasyon ünlüdür. Burada sinek beyin ilgi herhangi bir proteinin etkileşim ortakları belirlemek için TAP-tabanlı bir prosedür mevcut. Bu prosedür, potansiyel araştırma yeni yollar yol açabilir.

Protein-protein etkileşimi belirlenmesi<em&gt; Drosophila</emTandem Affinity Arıtma tarafından&gt; Adult Başlar (TAP)

Peptit dizisi taraması, protein-protein etkileşim bölgelerini tanımlamak için yüksek verimli bir testtir. Bu, bir hedef proteinin çoklu etkileşimlerinin haritalanmasına izin verir ve bir proteini hedef alan inhibitörler için bölgeleri belirlemek için bir yöntem olarak hizmet edebilir. Burada peptit dizilerini taramak ve analiz etmek için bir protokol açıklıyoruz.

Peptit Diziler protein-protein etkileşim Siteleri belirlenmesi

Proteinler birbirleri ile etkileşim halindedir ve bu etkileşimler fonksiyonlarını büyük ölçüde belirler. Protein etkileşim ortakları, dihidrofolat redüktaz protein fragmanı tamamlama testine (DHFR-PCA) dayalı bir maya uygunluk testi kullanılarak in vivo olarak yüksek verimli olarak tanımlanabilir.

Yaşayan Hücrelerde Protein-fragmanı tamamlama Assay (PCA) ile genom Protein-protein etkileşimi Eleme

Protein-protein etkileşimlerini hedeflemek için REPLACE stratejisinin uygulanmasını açıklıyoruz. REPLACE , optimize edilmiş peptidik inhibitörlerin ilaç benzeri moleküllere dönüştürülmesi için sentetik ve hesaplamalı yaklaşımları içeren yinelemeli bir stratejidir.

Aracılığıyla DEĞİŞTİR Protein-protein etkileşimleri İnhibitörlerinin Geliştirilmesi: Tasarım ve Geliştirme Olmayan ATP Rekabetçi CDK inhibitörleri Uygulama

Biz, LC-MS / MS sistemi kullanılarak coregulatory etkileşimi proteinlerinin saflaştırılması için bir yöntem oluşturmuştur.

LC-MS / MS Analizi Nükleer kofaktör ile etkileşimde proteinlerin yüksek verimli belirlenmesi için bir protein Hazırlama Yöntemi

Bu protokol, inositol fosfatlar veya fosfoinositidler bağlayan proteinlerin tanımlanması üzerinde duruluyor. Bu etanol veya manyetik boncuklar için streptavidin üzerinden immobilize olan biyotinlenmiş inositol fosfatlar veya fosfoinositidler ile benzeşme Kromatografi kullanır. Inositol fosfat veya fosfoinositide bağlayıcı proteinler Batı lekesi veya kütle spektrometresi ile tanımlanır.

Inositol fosfat veya Phosphoinositide etkileşim proteinleri yakınlık Kromatografi Batı Blot veya kütle spektrometresi ile bağlantılı olarak tanımlanması

Bu çalışma, ilaç-peptit etkileşimlerini tanımlamak için bir strateji sunmayı amaçlamaktadır. Strateji, bir kuvars-kristal mikro denge (QCM) biyosensörüne dayanan ilaç tanıyan kısa peptitlerin biyopannasyonunu ve ardından ilaç tanıma ve ilaç bağlayıcı bölgelerin proteinler üzerinde ek açıklama için elde edilen bilgileri nicel olarak değerlendirmek için biyoinformatik analizini içerir.

İlaç-protein Etkileşimlerinin Küresel Doğrulanması için Biyosensör Tabanlı Yüksek Verimli Biyopanning ve Biyoinformatik Analiz Stratejisi

Bu protokol, GST ile kaynaşmış TPR motifli yardımcı refakatçiler ve Hsp90 türevli peptit ile birleştirilmiş alıcı boncuklar ile glutatyon bağlantılı donör boncuklar kullanarak protein-protein etkileşimlerini yoklama tekniği sunar. Bu tekniği, Hsp90-FKBP51 veya Hsp90-FKBP52 etkileşimlerini bozmak için küçük molekülleri taramak için kullandık ve güçlü ve seçici Hsp90-FKBP51 etkileşim inhibitörlerini belirledik.

Homojen Boncuk Bazlı Test Kullanılarak Chaperone-Cochaperone Etkileşimleri Çalışmaları

Burada kullanılan deney, küçük moleküller ve protein hedefleri arasındaki etkileşimi tahmin etmek ve doğrulamak için hücresel termal kayma testi ile birleştirilmiş bir moleküler yerleştirme yöntemini göstermektedir.

Küçük moleküllü bileşiğin protein hedef tahmini ve validasyonu

Keşfedin, TRIP8b ve HCN kanalları arasındaki etkileşimi bozan küçük molekül inhibitörlerini floresan polarizasyonu ile yüksek verimli tarama yöntemiyle nasıl tespit edeceğinizi. Bu yöntem depresyon ve kronik ağrı için yeni tedaviler geliştirmeye yardımcı olur.

Yöntem HCN1 ve TRIP8b arasında protein-protein etkileşimi küçük molekül önleyicilerinin tespit edilmesi için

Daha fazla video keşfet