Name: Yeni Nesil Sıralama için Manyetik Boncuk Bazlı Sivrisinek DNA Ekstraksiyon Protokolü (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-04-15T14:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 34 s
Description: Keşfedin manyetik boncuk bazlı DNA ekstraksiyon yöntemini Aedes aegypti sivrisinekleri için. Bu protokol, pahalı otomatik cihazlar olmadan yüksek kaliteli DNA elde ederek bütün genom dizileme ve popülasyon genomik çalışmalarını destekler.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

ABD Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezleri (Kooperatif Anlaşması 1U01CK000516), CDC hibeSI NU50CK000420-04-04 tarafından finanse edilen Pasifik Güneybatı Vektör Kaynaklı Hastalıklar Bölgesel Mükemmeliyet Merkezi'nden fon desteğini kabul ediyoruz, USDA Ulusal Gıda ve Tarım Enstitüsü (Hatch projesi 1025565), Tse-Yu Chen'e UF/IFAS Florida Tıbbi Entomoloji Laboratuvarı bursu, NSF CAMTech IUCRC Faz II hibesi (AWD05009_MOD0030) ve Florida Sağlık Bakanlığı (Sözleşmeli CODQJ). Bu makaledeki bulgular ve sonuçlar yazar(lar)ın bulgularıdır ve abd Balık ve Yaban Hayatı Servisi'nin görüşlerini temsil etmek zorunda değildir.

1. DNA ekstraksiyonu öncesinde genel numune depolama ve hazırlıklar
<ol><li>Numune, dokuyu yumuşatmak için % 70 alkol > depolanmışsa, numuneyi 4 °C'de 1 saat (veya gece boyunca) 100 μL PCR sınıfı suda nemlendirin.</li>
</ol>2. Örnek bozulması
<ol><li>56 °C'de bir inkübatör veya sallama ısı bloğu ayarlayın.</li>
	<li>Proteinaz K (PK) tampon/enzim karışımı yapın. Her bir sivrisinek ekstraksiyonu için 2 μL Proteinaz K (100 mg/mL) ve 98 μL Proteinaz K Tamponu (toplam 100 μL) gereklidir. Birden fazla numune için ana karışım hazırlamak için, yeterli hacmin kullanılabilirliğini sağlamak için toplam miktarı (tüm bireysel numuneler için birleştirilmiş) ~% 15 artırın.</li>
	<li>Numuneler ekstraksiyondan önce nemlendirilmişse, her numune tüpünden su atın.</li>
	<li>Sivrisinek dokusu içeren 1,5 mL mikrosantrifüj tüpüne 100 μL PK tampon/enzim karışımı ekleyin.</li>
	<li>Mikrosantrifüj tüp pestle kullanarak dokuyu homojenize edin.</li>
	<li>Numuneleri oda sıcaklığında 9.600 x g'da 1 dakika santrifüj edin.</li>
	<li>Numuneyi 56 °C'de 2-3 saat kuluçkaya yatırın.</li>
	<li>Kuluçka sırasında, DNA ekstraksiyon adımını kullanarak diğer reaktifleri hazırlayın (adım 3).</li>
</ol>3. DNA ekstraksiyonu
<ol><li>Manyetik boncuk ana karışımı yapın. Her numune için 100 μL lizis tamponu, 100 μL İzopropanol ve 15 μL manyetik boncuk (toplam 215 μL) karıştırın. Birden fazla reaksiyon için ana karışım hazırlamak için, yeterli hacmin kullanılabilirliğini sağlamak için toplam miktarı (tüm bireysel numuneler için birleştirilmiş) ~% 20 artırın.</li>
	<li>Kuluçka süresinden sonra (adım 2.7), her bir lisatı pipet kullanarak temiz bir mikrosantrifüj tüpüne veya bir mikro plaka kuyusuna aktarın.</li>
	<li>Her numuneye 100 μL lysate ve 215 μL manyetik boncuk ana karışımı ekleyin.</li>
	<li>10-20 s için iyice karıştırmak için bir pipet kullanın ve ardından oda sıcaklığında 10 dakika bekletin. Manyetik boncukların ve DNA'nın bağlanmasını en üst düzeye çıkarmak için tüpü ara sıra hafifçe sallayın.</li>
	<li>Tüpü/plakayı manyetik boncuk ayırıcıya yerleştirin ve çözelti temizlenine kadar bekleyin.</li>
	<li>Pipet kullanarak sıvıyı tüpten/plakadan atın. Süpernatant çıkarılırken, DNA'yı tutan manyetik boncuklara dokunmamaya veya rahatsız etmemeye çalışın.</li>
	<li>Tüpü/plakayı manyetik boncuk ayırıcıdan uzaklaştırın ve her kuyuya 325 μL yıkama tamponu 1 ekleyin.</li>
	<li>Pipetleme ile iyice karıştırın ve oda sıcaklığında 1 dakika kuluçkaya yatırarak karıştırın.</li>
	<li>3.5-3.6 arası adımları yineleyin.</li>
	<li>Tüpü/plakayı manyetik boncuk ayırıcıdan uzaklaştırın ve her kuyuya 250 μL yıkama tamponu 1 ekleyin.</li>
	<li>Pipetleme ile iyice karıştırın ve oda sıcaklığında 1 dakika kuluçkaya yatırarak karıştırın.</li>
	<li>3.5-3.6 arası adımları yineleyin.</li>
	<li>Tüpü/plakayı manyetik boncuk ayırıcıdan uzaklaştırın ve her numuneye 250 μL yıkama tamponu 2 ekleyin.</li>
	<li>İyice karıştırın ve oda sıcaklığında 1 dakika kuluçkaya yatır.</li>
	<li>3.5-3.6 arası adımları yineleyin.</li>
	<li>Tüpü/plakayı manyetik boncuk ayırıcıdan uzaklaştırın ve her kuyuya 250 μL yıkama tamponu 2 ekleyin.</li>
	<li>İyice karıştırın ve oda sıcaklığında 1 dakika kuluçkaya yatır.</li>
	<li>3.5-3.6 arası adımları yineleyin.</li>
	<li>Tüpü/plakayı manyetik boncuk ayırıcıdan uzağa taşıyın ve her kuyuya 100 μL elution tamponu ekleyin.</li>
	<li>İyice karıştırın ve oda sıcaklığında 2 dakika kuluçkaya yatır.</li>
	<li>Tüpü/plakayı manyetik boncuk ayırıcının üzerine taşıyın ve çözelti net olana kadar bekleyin.</li>
	<li>Süpernatantı yeni bir temiz 0.5 mikrosantrifüj tüpüne veya mikro plaka kuyusuna pipet.</li>
	<li>DNA örneklerini 4 °C (1 haftaya kadar) veya -80 °C'de saklayın.  Bir mikro plaka kullanılıyorsa, parafilm ile örtün.</li>
	<li>Uygun bir yöntem kullanarak DNA verimini belirleyin. NOT: Bu çalışmada 260/280 nm'de DNA florometre okuma ve absorbans kullanılmıştır.</li>
</ol>

<ol><li>Nieman, C. C., Yamasaki, Y., Collier, T. C., Lee, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+DNA+extraction+protocol+for+improved+DNA+yield+from+individual+mosquitoes%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Research%22%5BJournal%5D)">A DNA extraction protocol for improved DNA yield from individual mosquitoes.</a> F1000Research. 4, 1314(2015).</li>
<li>Lee, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+divergence+among+invasive+populations+of+Aedes+aegypti+in+California%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Genome-wide divergence among invasive populations of Aedes aegypti in California.</a> BMC Genomics. 20 (1), 204(2019).</li>
<li>Schmidt, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abundance+of+conserved+CRISPR-Cas9+target+sites+within+the+highly+polymorphic+genomes+of+Anopheles+and+Aedes+mosquitoes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Abundance of conserved CRISPR-Cas9 target sites within the highly polymorphic genomes of Anopheles and Aedes mosquitoes.</a> Nature Communications. 11 (1), 1425(2020).</li>
<li>Schmidt, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcontinental+dispersal+of+Anopheles+gambiae+occurred+from+West+African+origin+via+serial+founder+events%5BTitle%5D)+AND+%22Communications+Biology%22%5BJournal%5D)">Transcontinental dispersal of Anopheles gambiae occurred from West African origin via serial founder events.</a> Communications Biology. 2, 473(2019).</li>
<li>Norris, L. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adaptive+introgression+in+an+African+malaria+mosquito+coincident+with+the+increased+usage+of+insecticide-treated+bed+nets%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Adaptive introgression in an African malaria mosquito coincident with the increased usage of insecticide-treated bed nets.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112 (3), 815-820 (2015).</li>
<li>Main, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genetic+basis+of+host+preference+and+resting+behavior+in+the+major+african+malaria+vector%2C+Anopheles+arabiensis%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+Genetics%22%5BJournal%5D)">The genetic basis of host preference and resting behavior in the major african malaria vector, Anopheles arabiensis.</a> Plos Genetics. 12 (9), 1006303(2016).</li>
<li>Yamasaki, Y. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+tools+for+genomic+DNA+library+construction+of+small+insects%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Research%22%5BJournal%5D)">Improved tools for genomic DNA library construction of small insects.</a> F1000Research. 5, 211(2016).</li>
<li>Tabuloc, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequencing+of+Tuta+absoluta+genome+to+develop+SNP+genotyping+assays+for+species+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Pest+Science%22%5BJournal%5D)">Sequencing of Tuta absoluta genome to develop SNP genotyping assays for species identification.</a> Journal of Pest Science. 92, 1397-1407 (2019).</li>
<li>Campos, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+mitogenome+sequence+of+Anopheles+coustani+from+S%C3%A3o+Tom%C3%A9+island%5BTitle%5D)+AND+%22Mitochondrial+DNA.+Part+B%2C+Resources%22%5BJournal%5D)">Complete mitogenome sequence of Anopheles coustani from São Tomé island.</a> Mitochondrial DNA. Part B, Resources. 5 (3), 3376-3378 (2020).</li>
<li>Cornel, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+mitogenome+sequences+of+Aedes+%28Howardina%29+busckii+and+Aedes+%28Ochlerotatus%29+taeniorhynchus+from+the+Caribbean+Island+of+Saba%5BTitle%5D)+AND+%22Mitochondrial+DNA.+Part+B%2C+Resources%22%5BJournal%5D)">Complete mitogenome sequences of Aedes (Howardina) busckii and Aedes (Ochlerotatus) taeniorhynchus from the Caribbean Island of Saba.</a> Mitochondrial DNA. Part B, Resources. 5 (2), 1163-1164 (2020).</li>
<li>Lucena-Aguilar, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+source+selection+for+downstream+applications+based+on+dna+quality+indicators+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreservation+and+Biobanking%22%5BJournal%5D)">DNA source selection for downstream applications based on dna quality indicators analysis.</a> Biopreservation and Biobanking. 14 (4), 264-270 (2016).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacak bir şeyi yok.

Burada açıklanan protokol diğer böcek türleri için uyarlanabilir. Nieman ve ark.1'de sunulan protokolün orijinal versiyonu, Aedes aegypti, Ae. busckii, Ae. taeniorhynchus, Anopheles arabiensis, An. coluzzii, An. coustani, dahil olmak üzere birden fazla tür üzerinde test edilmiştir. An. darlingi, An. funestus, An. gambiae, An. quadriannulatus, An. rufipes, Culex pipiens, Cx. quinquefasciatus, Cx. theileri, Drosophila suzukii, Chrysomela aeneicollis Tuta absoluta ve Keiferia lycopersice...

Geliştirilmiş bir DNA ekstraksiyon protokolü1'in son gelişimi, tüm genom dizilimini içeren birçok yüksek etkili aşağı akış çalışmasına izin verdi2,3,4,5,6. Bu manyetik boncuk bazlı DNA ekstraksiyon protokolü, bireysel sivrisinek örneklerinden güvenilir DNA verimi sağlar ve bu da alan koleksiyonlarından yeterli sayıda örnek elde etmekle ilgili maliyet ve zamanı azaltır.
Nüfus ve peyzaj genomiklerindeki son gelişmeler, tüm genom diziliminin azalan maliyetleri ile doğrudan ilişkilidir. Önceki DNA ekstraksiyon protokolü1, yüksek verim sıralaması ile ilişkili verimliliği artırsa da, fonlar olmadan daha küçük laboratuvarlar / çalışmalar, protokolün uygulanması maliyetleri (örneğin, özel aletlerin maliyetleri) nedeniyle bu yeni güçlü peyzaj ve popülasyon genomik araçlarını kullanmaktan vazgeçebilir.
Burada, yüksek saflıkta DNA elde etmek için Neiman ve ark.1 ile benzer bir manyetik boncuk ekstraksiyon adımı kullanan ancak doku lizisi ve DNA ekstraksiyonu için yüksek maliyetli araçlara dayanmayan değiştirilmiş bir DNA ekstraksiyon protokolü sunulmuştur. Bu protokol, >10 ng yüksek kaliteli DNA gerektiren deneyler için uygundur.

<table><tbody><tr><td>AE Tampon</td><td>Qiagen</td><td>19077</td><td>Elüsyon tamponu</td></tr><tr><td>AL Tampon</td><td>Qiagen</td><td>19075</td><td>Lizis tamponu</td></tr><tr><td>AW1 Tampon</td><td>Qiagen</td><td>19081</td><td>Yıkama tamponu 1</td></tr><tr><td>AW2 Tampon</td><td>Qiagen</td><td>19072</td><td>Yıkama tamponu 2</td></tr><tr><td>MagAttract Süspansiyon G</td><td>Qiagen</td><td>1026901</td><td>manyetik boncuk</td></tr><tr><td>Manyetik boncuk ayırıcı</td><td>Epigentek</td><td>Q10002-1</td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop</td><td>ThermoFisher</td><td>ND-2000</td><td>mikrohacim spektrofotometresi</td></tr><tr><td>PK Tamponu</td><td>ThermoFisher</td><td>4489111</td><td>Proteinaz K tamponu</td></tr><tr><td>Proteinaz K</td><td>ThermoFisher</td><td>A25561</td><td></td></tr><tr><td>Qubit</td><td>Invitrogen</td><td>Q33238</td><td>florometre</td></tr></tbody></table>

yeni nesil sıralama için manyetik boncuk bazlı sivrisinek dna ekstraksiyon protokolü

A Magnetic-Bead-Based Mosquito DNA Extraction Protocol for Next-Generation Sequencing

Manyetik boncuklar ve otomatik bir DNA ekstraksiyon cihazı kullanılarak yakın zamanda yayınlanan bir DNA ekstraksiyon protokolü, tüm genom dizilimleri için yeterli olan iyi korunmuş bir bireysel sivrisinekten yüksek kalite ve miktar DNA'sı çıkarmanın mümkün olduğunu öne sürdü. Bununla birlikte, pahalı bir otomatik DNA çıkarma cihazına güvenmek birçok laboratuvar için yasaklayıcı olabilir. Burada, çalışma düşük ila orta verim için uygun olan bütçe dostu manyetik boncuk bazlı BIR DNA ekstraksiyon protokolü sağlar. Burada açıklanan protokol, bireysel Aedes aegypti sivrisinek örnekleri kullanılarak başarıyla test edildi. Yüksek kaliteli DNA ekstraksiyonu ile ilişkili düşük maliyetler, kaynak sınırlı laboratuvarlara ve çalışmalara yüksek verim diziliminin uygulanmasını artıracaktır.

Bireysel sivrisinek başı/toraks dokusu başına ortalama DNA verimi 100 μL elüasyon tamponu kullanılarak elde edildiğinde florometre kullanılarak ölçülen 4.121 ng/μL (N = 92, standart sapma 3.513) idi. Bu, tüm genom kütüphanesi yapımı için gerekli olan 10-30 ng genomik DNA giriş gereksinimleri için yeterlidir1,7. DNA miktarı, sivrisinek vücut büyüklüğüne ve koruma koşullarına bağlı olarak 0,3-29,7 ng/μL arasında değişebilir. Yüksek değişkenliğin bir kısmı çalışmada...

Burada, sivrisineklerden yüksek kaliteli DNA ekstraksiyonları üretmek için manyetik boncuklar kullanan bir DNA ekstraksiyon protokolü açıklanmıştır. Bu ekstraksiyonlar, aşağı akış yeni nesil sıralama yaklaşımı için uygundur.

Yeni Nesil Sıralama için Manyetik Boncuk Bazlı Sivrisinek DNA Ekstraksiyon Protokolü

A recently published DNA extraction protocol using magnetic beads and an automated DNA extraction instrument suggested that it is possible to extract high ...

Bu bütçe dostu manyetik boncuk bazlı DNA ekstraksiyon protokolü, yüksek verim sıralamasını kaynak sınırlı laboratuvarları ve çalışmaları için erişilebilir hale getirir. Bu protokol, yüksek kaliteli DNA ekstraksiyonu için pahalı ekipman gerektirmez ve yüksek verim sıralaması için kaliteli yeterli miktarda DNA elde etmenin zor olduğu belirli tanı veya araştırma durumlarında yardımcı olabilir. Bu protokolün tek seferlik bir gösterimle çoğaltılması kolaydır.İş akışını tanımak için önce az sayıda örnekle denenmelidir. Başlamak için, 100 mikrolitre PCR sınıfı su ekleyerek ve dokuyu yumuşatmak için dört santigrat derecede bir saat kuluçkaya yatırarak% 70'ten fazla alkolde depolanan sivrisinek dokusu örneklerini nemlendirin. Kuluçkadan sonra, suyu atın ve 100 mikrolitre Proteinaz K tampon enzim karışımı ekleyin.Daha sonra dokuyu homojenize etmek için bir mikrosantrifüj tüp pestle kullanın. Homojenizasyondan sonra, doku lisatını santrifüj edin ve 56 santigrat derecede iki ila üç saat kuluçkaya yatırın. DNA'yı çıkarmak için, pipet 100 mikrolitre doku yeni bir temiz mikrosantrifüj tüpüne dökülür.Ardından manyetik boncuk ana karışımının 215 mikrolitresini ekleyin. Bir pipet kullanarak, lisat ve manyetik boncuk karışımını 10 ila 20 saniye karıştırın, ardından oda sıcaklığında 10 dakika bekletin. Kuluçka sırasında, DNA'nın manyetik boncuklara bağlanmasını en üst düzeye çıkarmak için tüpü ara sıra hafifçe sallayın.Daha sonra, çözelti netleşene kadar tüpü manyetik boncuk ayırıcıya yerleştirin. Daha sonra bir pipet kullanarak, DNA'yı tutan manyetik boncukları bozmadan sıvıyı tüpten hafifçe emiş edin. Tüpü manyetik boncuk ayırıcıdan uzaklaştırın ve 325 mikrolitre yıkama tamponu ekleyerek boncukları yıkayın.Pipetleme ile iyice karıştırın ve oda sıcaklığında bir dakika kuluçkaya yatırarak karıştırın. Kuluçkadan sonra, tüpü manyetik boncuk ayırıcıya yerleştirin ve daha önce gösterildiği gibi süpernatantı çıkarın, ardından tüpü manyetik boncuk ayırıcıdan uzaklaştırın ve boncukları bir kez yıkama tamponu ile yıkayın. Tampon bir ile ikinci yıkamadan sonra, boncukları aynı şekilde 250 mikrolitre yıkama tamponu iki ile iki kez yıkayın.Son yıkamadan sonra, tüpü manyetik boncuk ayırıcıdan uzaklaştırın ve 100 mikrolitre elüasyon tamponu ekleyin. Pipetleme ile iyice karıştırın ve ardından tüpü manyetik ayırıcıya geri yerleştirmeden önce oda sıcaklığında iki dakika kuluçkaya yatırın. Çözelti netleştiğinde, süpernatantı yeni, temiz 0,5 mililitre mikrosantrifüj tüpüne aktarın ve uygun şekilde saklayın.Burada, 0,5 milimolar EDTA içeren bir elüasyon tamponunda sivrisinek DNA'sının tipik bir mikrovolum florometre okuması olarak gösterilmiştir. Ortalama 260 ila 280 nanometre absorbans oranı 2,3'dür. Bu tabloda, farklı ayıklama yöntemleri için bir iş gününde işlenen maliyetler ve numune sayısı gösterilmiştir.Bu protokolle bir ekstraksiyon için tipik reaktif ve sarf malzemesi maliyeti örnek başına yaklaşık 9,50'dir. Bu maliyet, tipik manyetik boncuk bazlı ekstraksiyon yöntemine eşdeğerdir. Bu protokolün en büyük maliyet avantajı, otomatik DNA çıkarma cihazı gerektirmemekten kaynaklanır.Birden fazla örnekle çalışırken DNA'nın çapraz kirlenmesini önlemek için numuneler arasındaki pipet uçlarını değiştirdiğinizi unutmayın. Bu yöntem kullanılarak çıkarılan yüksek kaliteli DNA'yı tüm genom dizilimleri için kullanıyoruz. Şu anda insektisit direncindeki yeni mutasyonları veya halk sağlığı ve hastalık kontrolünde endişe verici bağışıklık genlerini tanımlamak için sıralama verilerini kullanıyoruz.Yüksek verimli dizileme için uygun fiyatlı çözümlere sahip olmak, birçok yeni genetik kontrol stratejisinin başarısını etkileyen sivrisinek dağılımını ve gen akışını anlamayı amaçlayan popülasyon genomikleri ve peyzaj genomikleri için heyecan verici kapılar açar.

a-magnetic-bead-based-mosquito-dna-extraction-protocol-for-next

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Sivrisinek örneklerden kalitesi sıtma parazit ve vektör DNA ayıklamak için bir hızlı ve ekonomik bir şekilde açıklanmıştır. Basit bir yöntem sivrisinek orta bağırsak ve tükürük bezi aşamalarında sıtma parazitlerinin genotipleme yanı sıra moleküler tanımlanması, Chelex reçine çelatlama özelliklerine etkinleştirir...

DNA ekstraksiyonu için A Simple Chelex Protokolü<em&gt; Anofel</em&gt; Spp.

A ribozomal RNA (rRNA) azalması protokolü sivrisinek bağırsak metatranscriptome RNA-seq mesajcı RNA (mRNA) zenginleştirmek için geliştirilmiştir. Çıkarma yoluyla rRNA kaldırmak için kullanılan örnek belirli rRNA probları, sivrisinek ve onun bağırsak mikropları oluşturulmuş. Protokol performans rRNA yaklaşık olarak% 90-99 arasında kaldırma neden olabilir.

Sivrisinek Gut Metagenomic RNA-seq Ribozomal RNA tükenmesi

Kromozom boyama, hücre çekirdeğinin organizasyonunu ve karyotipin evrimini incelemek için yararlı bir yöntemdir. Burada, daha sonra iki ve üç boyutlu floresan in situ hibridizasyon (FISH) için kullanılan tek politen kromozomlarından belirli ilgi alanlarını izole etmek ve güçlendirmek için bir yaklaşım sergiliyoruz.

Sıtma Sivrisineklerinde 2D ve 3D Kromozom Boyama

Gen ekspresyonu, mutasyonlar ve gen füzyonları için seçilen transkriptleri sorgulamak için indekslenmiş cDNA kütüphanelerinin hazırlanmasını, özel problarla hibridizasyon ve yakalama ve veri analizini içeren hedefli RNA dizileme tabanlı bir yöntemi tanımlıyoruz. Hedeflenen RNAseq, seçilen transkriptlerin bir masaüstü sıralayıcıda uygun maliyetli, hızlı bir şekilde değerlendirilmesine izin verir.

RNA Sıralama Deneyi Gen İfade ve Genomik değişiklikleri tanımlamak için hedeflenen

Nanopore teknoloji sıralama biomolecules için geniş uygulamalar patojenler, gıda güvenliği izleme, genom analizi, metagenomic çevre izleme ve bakteriyel karakterizasyonu kimliği de dahil olmak üzere Yaşam Bilimleri içinde vardır. antibiyotik direnci. Bu makalede, metagenomic toprak DNA sıralama nanopore sıralama teknolojisini kullanarak tür tanımlayıcısı için yordam gösterilmiştir.

Nanopore DNA sıralama Metagenomic toprak analizleri için

Burada, toprak, rizosferde ve kök endosphere microbiomes amplicon sıra verileri elde etmek için bir protokol açıklayın. Bu bilgiler kompozisyon ve çeşitlilik bitki ilişkili mikrobiyal toplulukların araştırmak için kullanılan ve bitki türlerinin geniş bir kullanım için uygundur.

Kök Microbiome keşfetmek: toprak, rizosferde ve kök Endosphere bakteriyel topluluk verileri ayıklama

Burada açıklanan serbestçe kullanılabilir araçları kullanarak 16S rRNA metagenomik sıralama ve analiz kullanarak mikrobiyom profilleme için basitleştirilmiş bir standart işletim prosedürüdür. Bu protokol mikrobiyom alanında yeni araştırmacılar yanı sıra daha yüksek bir çözünürlükte bakteriyel profilleme elde etmek için yöntemler güncellemeleri gerektiren yardımcı olacaktır.

İki adımlı PCR ve Yeni Nesil 16S rRNA Gen Sıralaması Kullanarak Mikrobiyota Analizi

Bu protokol, gRNA kaynaklı Cas9 bölünmesi ve DNA onarımının ardından hedef sahalarda homolog olmayan son birleştirme (NHEJ) olaylarının tanımlanması ve nicelleştirilmesi için analiz de dahil olmak üzere DNA ekstraksiyonundan dijital damlacık PCR (ddPCR) için deneysel kuruluma kadar adımları sağlar. Bu yöntemin diğer kullanımları arasında polimorfizm tespiti ve gen düzenleme varyant doğrulaması gibi uygulamalar yer almaktadır.

Genetiği Değiştirilmiş Anopheline Sivrisinek Popülasyonlarındaki Indels Mutasyonlarını Tespit Etmek için Dijital Damlacık PCR

Bu makalede, CRISPR/Cas9 tarafından indüklenen indellerin hızlı tanımlanması ve sivrisinek Aedes aegypti'deki mutant çizgilerinin yüksek çözünürlüklü eriyik analizi kullanılarak seçilmesi için bir protokol ayrıntılı olarak açıklanmıştır.

Sivrisinek Aedes aegypti'de Yüksek Çözünürlüklü Eriyik Analizi Kullanarak CRISPR/Cas9 Mutagenesis'i Takip Eden Indel Tespiti

Bu protokol, DNA yakalama boncuk saflaştırması ile birleştirilen boncuk çırpmayının, Mycobacterium tuberculosis örneklerinden DNA çıkarmak için hızlı ve tutarlı bir yöntem sağladığını ve bu da onu yeni nesil dizileme uygulamaları için etkili bir seçim haline getirdiğini gösterir.

Özel Tamponda Boncuk Çırpma Kullanılarak Mikobakteriyel DNA Ekstraksiyonu ve Ardından NGS İş Akışı

Mycobacterium tuberculosis'in aşağı akış hedefli yeni nesil dizilemesi için manyetik boncuk saflaştırması ile birleştirilmiş matris tabanlı bir ekstraksiyon yöntemi kullanarak dekontamine balgamdan DNA ekstraksiyonu için optimize edilmiş bir yöntem sunuyoruz.

Dekontamine Balgam Örneklerinde Hedeflenen Yeni Nesil Dizileme için Matris Tabanlı DNA Ekstraksiyonu

Keşfedin manyetik boncuk bazlı DNA ekstraksiyon yöntemini Aedes aegypti sivrisinekleri için. Bu protokol, pahalı otomatik cihazlar olmadan yüksek kaliteli DNA elde ederek bütün genom dizileme ve popülasyon genomik çalışmalarını destekler.

Yeni Nesil Sıralama için Manyetik Boncuk Bazlı Sivrisinek DNA Ekstraksiyon Protokolü

Daha fazla video keşfet