Mycobacterial DNA Extraction using Bead Beating in Custom Buffer Followed by NGS Workflow

Jason D. Limberis; Alina Nalyvayko; Janr&#233; Steyn; Jennifer Williams; Melanie Grobbelaar; Robin M. Warren; John Z. Metcalfe

doi:10.3791/68037

Özel Tamponda Boncuk Çırpma Kullanılarak Mikobakteriyel DNA Ekstraksiyonu ve Ardından NGS İş Akışı

JoVE Journal
Immunology and Infection

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Immunology and Infection

Mycobacterial DNA Extraction using Bead Beating in Custom Buffer Followed by NGS Workflow

Özel Tamponda Boncuk Çırpma Kullanılarak Mikobakteriyel DNA Ekstraksiyonu ve Ardından NGS İş Akışı

Full Text

978 Views

09:18 min

June 13, 2025

DOI: 10.3791/68037-v

Jason D. Limberis*¹, Alina Nalyvayko*¹, Janré Steyn², Jennifer Williams², Melanie Grobbelaar², Robin M. Warren*², John Z. Metcalfe*³

¹Division of Experimental Medicine,University of California, San Francisco, ²DSI-NRF Centre of Excellence for Biomedical Tuberculosis Research, SAMRC for Tuberculosis Research, Division of Molecular Biology and Human Genetics, Faculty of Medicine and Health Sciences,Stellenbosch University, ³Division of Pulmonary and Critical Care Medicine, Zuckerberg San Francisco General Hospital and Trauma Centre,University of California, San Francisco

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Bu protokol, DNA yakalama boncuk saflaştırması ile birleştirilen boncuk çırpmayının, Mycobacterium tuberculosis örneklerinden DNA çıkarmak için hızlı ve tutarlı bir yöntem sağladığını ve bu da onu yeni nesil dizileme uygulamaları için etkili bir seçim haline getirdiğini gösterir.

Teşhis araştırmamız, hız ve pragmatizme odaklanarak, sınırlı kaynak ortamlarında tüberkülozda ilaç direncinin tespitini iyileştirmeye odaklanmaktadır. TB teşhisinde, daha kapsamlı genotipik testler ve hatta bir dizi yeni hızlı fenotipik test vardır ve bu testleri bakım noktasına yaklaştırmak için tutarlı baskılar vardır. Ancak hâlâ var olan bir takım pragmatik engeller var.

Reaktiflerden altyapıya ve lojistiğe kadar kaynak zorlukları önemli engeller olmaya devam ediyor. Bir Cepheid Xpert testinin teknik karmaşıklığının ötesinde herhangi bir şeyle, farklı ortamlarda protokol standardizasyonu zordur. Dolayısıyla, buradaki çalışmada ayrıntılı olarak açıklandığı gibi MTB DNA ekstraksiyonu bunun en iyi örneğidir.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos