Name: Genetik Olarak Kodlanmış Biyosensör Tasarım Alanının Verimli Örneklenmesi, Deney Tasarımı ve Otomasyon İş Akışı ile Etkinleştirildi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-17T12:50:00.000+00:00
Duration: 8 min 58 s
Description: Öğrenin genetik olarak kodlanmış biyosensörlerin otomasyon ve deney tasarımı yöntemleriyle optimize edilmesini. Bu protokol, genetik kütüphane oluşturma ve değerlendirmeyi hızlandırarak biyosensör adaylarının verimli seçimini sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

1. RBS/promotör parça tasarımı
<ol>
	<li>DoE sürecinde sürekli değişkenler olarak sistematik olarak ayarlanabilen biyosensöre özgü düzenleyici unsurları tanımlayın. Bu düzenleyici öğeleri farklı modüller halinde gruplandırın. Bu, efektör taşınmasını, transkripsiyon faktörü ekspresyonunu ve/veya çıktı gen ekspresyonunu düzenleyen modülleri içerebilir. Her modülün bir promotör veya RBS (örneğin, sırasıyla RBStrans, Preg, RBSout ve Pout) tarafından transkripsiyonel ve/veya translasyonel düzeyde ayarlanabildiğinden emin olun.</li>
	<li>Onaltılık kutular, operatör siteleri ve RBS dizileri gibi seçilen promotör ve RBS bölgelerindeki önemli işlevsel siteleri belirleyin. NOT:Literatürde 34,35,36'dan kütüphaneler oluşturmak için birçok karakterize edici destekleyici ve RBS mevcuttur. Bununla birlikte, karakterize edilmemiş promotör dizileri için (tipik olarak Preg promotörü), literatürde mevcut değilse, ayarlanabilir genetik dizi elemanlarını bulmak için daha fazla adım için aşağıya bakın.<ol>
		<li>İstenen algılama girdisi ile aTF'nin BlastP aramaları yoluyla ilgilenilen biyosensör dizilerini içeren diğer operonları bulun. Promotör dizileri elde etmek için aTF'nin intergenik bölgesini ve düzenlenmiş genlerini çıkarın. NOT: Promotör dizilerinin yeri ve sayısı, kullanılan aTF sınıfına bağlı olarak değişecektir.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Altıgen kutular ve operatör siteleri gibi korunmuş motifler için varsayılan promotörleri aramak için çoklu dizi hizalama araçlarını ve diğer motif yazılımlarını kullanın. Promotör dizi analizine dayanarak, dejenere bazlarla randomizasyon için nükleotid dizilerini seçin, örneğin, N = herhangi bir şey, R = herhangi bir pürin, Y = herhangi bir pirimidin, vb. NOT: Okuyucular, promotör analizi ve temel randomizasyon23 hakkında daha fazla ayrıntı için kaynak yayına yönlendirilir.</li>
</ol>
2. Parça kitaplığı montajı ve doğrulaması
<ol>
	<li>Bir floresan işaretleyicinin (örneğin, GFP) yukarı akışında promotör/RBS dizi varyantlarının eklenmesine izin vermek için istenen ekspresyon vektörünü spesifik olarak yükseltecek primerleri tasarlayın ve sipariş edin. Liyofilize primerleri varışta steril deiyonize H2O içinde 100 μM'lik bir nihai konsantrasyona seyreltin.<ol>
		<li>PCR reaksiyon karışımını, spesifik polimerazın parametrelerine göre PCR tüplerinde buz üzerinde birleştirin. Mutasyonların ekspresyon vektörünün omurgasına taşınmasını önlemek için yüksek kaliteli bir polimeraz kullanıldığından emin olun. Tavlama sıcaklığını ve uzatma süresini primerlerin ihtiyaçlarına ve istenen PCR ürününün uzunluğuna göre ayarlayın.</li>
		<li>PCR ürününü jel elektroforezi yoluyla analiz edin ve PCR saflaştırması veya bir jel ekstraksiyon kiti kullanarak doğrusallaştırılmış vektörü saflaştırın. Doğrusallaştırılmış vektör DNA'sının konsantrasyonunu ölçün ve -20 °C'de saklayın.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Ekspresyon vektörüne hedeflenen homolog rekombinasyon için hem 5' hem de 3' uçlarında 30 bp plazmit homoloji kolları ile tek sarmallı dejenere oligonükleotitler olarak doğrusallaştırılmış vektöre eklemek için tasarlanmış varyant kitaplıklarını (RBS veya promotörler) sipariş edin.<ol>
		<li>Varışta, liyofilize oligonükleotitleri steril deiyonize H2O içinde 100 ng / μl'lik bir nihai konsantrasyona yeniden süspanse edin.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Çevrimiçi hesap makinelerini kullanarak doğrusallaştırılmış vektör ve varyant kitaplığının eşmolar miktarları için hacimleri belirleyin. Reaksiyonun son hacminin 20 μL olacağından ve 2:1 molar ek/vektör oranının kullanıldığından emin olun.<ol>
		<li>Ticari Gibson montaj ana karışımının (X2) bir kısmını buz üzerinde çözün ve reaksiyonu seçilen hesap makinesi tarafından sağlanan hacimlere göre bir PCR tüpünde birleştirin. NOT: Gibson ana karışımı laboratuvardada yapılabilir 37,38.</li>
		<li>DNA fragmanlarına 10 μL 2x Gibson ana karışımı ekleyin ve bir termocycler veya benzeri bir yerde 50 °C'de 1 saat inkübe edin.</li>
		<li>20 μL'lik ligasyon ürününün tamamını bir mikrosantrifüj tüpünde 200 μL yetkin E. coli'ye uygulayın. Buz üzerinde 30 dakika inkübe edin, ardından 42 °C'de 45 saniye ısı şoku uygulayın.</li>
		<li>Hücreleri 2 dakika buza geri koyun, tüpe katabolit bastırma (SOC) ortamı içeren 800 μL süper optimal et suyu ekleyin ve hücrelerin çalkalanan bir inkübatörde 37 °C'de 1 saat iyileşmesine izin verin.</li>
		<li>50 μL dönüştürülmüş hücreyi, ilgili antibiyotik seçimi ile birden fazla 60 mm Luria-Bertani (LB) agar petri plakasına yayın. Plakaları 37 °C'de 18 saat inkübe edin.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Dönüştürücüler için plakaları kontrol edin, her bir varyantın yeterli temsilini yakalamak için teorik kitaplık çeşitliliğinin 3 katını temsil eden koloni sayısını hesaplayın. Koloni sayısı düşük/sıfır ise izotermal düzeneği optimize edin. NOT: Yüksek kaliteli reaktiflerden veya sentezden oluşturulan ideal bir kitaplık düşünüldüğünde aşırı örnekleme gereklidir. Bu genellikle kitaplığın toplam boyutundan 3 kat daha büyüktür. Örneğin, 4 dejenerasyon pozisyonu (NNNN) = 44 = 256 benzersiz dizi. Bu nedenle, ~768 koloniyi kazıyın.<ol>
		<li>Gerekli sayıda koloniyi, uygun antibiyotiklerle desteklenmiş 25 mL LB ortamı içeren tek bir steril 125 mL'lik şişeye kazıyın. Şişeyi 37 °C'de 18 saat boyunca çalkalayan bir inkübatörde (180 rpm) inkübe edin ve bu süre geçtikten sonra kültürün gözle görülür şekilde yoğun olmasını sağlayın.</li>
		<li>Varyant kitaplığını hazırlanan transformant kültürden saflaştırmak için bir plazmit midi-prep saflaştırma kiti kullanın. Plazmit kütüphanesi DNA'sının konsantrasyonunu belirleyin; Aşağı akış adımları için 1-10 μg gereklidir. Kütüphane DNA'sının steril deiyonize H2O kullanılarak ayrıştırıldığından emin olun. NOT: Bu noktanın ötesindeki adımlar, Pseudomonas putida (P. putida) ifade konağındaki varyant kitaplıklarının klonlanmasına ve doğrulanmasına odaklanacaktır; Protokolün diğer konakçılara uyarlanması, inkübasyon sürelerinin, inkübasyon sıcaklıklarının ve dönüşüm yöntemlerinin değiştirilmesini gerektirebilir.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Bir gliserol stoğundan çizerek ve plakayı 30 °C'de 18 saat inkübe ederek istenen ekspresyon konakçısı P. putida'nın bir LB agar plakasını hazırlayın.<ol>
		<li>LB agar plakasından tek bir P. putida kolonisi seçin, 10 mL LB ortamını aşılayın ve 180 rpm çalkalamada 18 saat boyunca 30 °C'de büyütün.</li>
		<li>Yetiştirilen kültürü 4000 x g'da 18 °C'de 2 dakika santrifüjleyerek hücreleri elektro-yeterlilik için hazırlayın. Süpernatanı dökün, 1 mL steril deiyonize H2O içinde yeniden süspanse edin ve yeniden süspanse edilmiş hücreleri steril bir mikrosantrifüj tüpüne aktarın. NOT: P. putida hücreleri peletlendiğinde pembemsi görünmelidir.</li>
		<li>Hücreleri bir mikrosantrifüjde 4 x g'da 1 dakika santrifüjleyin, süpernatanı dökün ve 1 mL steril deiyonize H2O içinde yeniden süspanse edin. Santrifüjleme ve yeniden süspansiyon adımlarını 4 kez daha tekrarlayın. NOT: Yıkama sırasında süpernatan dökülürken hücre kaybı meydana gelebilir; Bu normaldir ve verimi etkilememelidir.</li>
		<li>100 μL yıkanmış hücreyi 0,2 cm'lik bir elektroporasyon küvetine aktarın, küvete 1-10 μg plazmit kütüphanesi DNA'sı ekleyin ve karıştırın.</li>
		<li>Elektroporatörü açın, voltajın 2.5 cm küvet için 0.2 kV'a ayarlandığından emin olun, küveti elektroporasyon odasına yerleştirin ve nabız atın.</li>
		<li>Küvete 900 μL SOC ortamı ekleyin, karıştırın ve hücreleri steril bir mikrosantrifüj tüpüne aktarın. Hücrelerin çalkalanan bir inkübatörde 30 °C'de 2 saat iyileşmesine izin verin.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>50 μL dönüştürülmüş hücreyi, ilgili antibiyotikle desteklenmiş büyük kare petri plakalarına (230 mm) LB agar yayın ve 30 °C'de 18 saat inkübe edin. NOT: Kütüphane plakalarında orta derecede koloni yoğunluğu sağlayın (2-3 CFU/cm2). Bu, bakteri yeterliliğine ve kaplama hacmine bağlı olacaktır. Çok düşükse, koloni sayılarını artırmak için dönüşümün optimizasyonu veya ardışık dönüşüm turları kullanılabilir.</li>
	<li>Dizi doğrulaması için tüm transformant plakalardan 25-50 koloni arasından seçim yapın. Dejenere dizi boyunca amplifiye eden primerler kullanın, bölgeyi PCR ile amplifiye edin ve dizi çeşitliliğini ve poliklonaliteyi değerlendirmek için Sanger dizilimine gönderin. NOT: Poliklonalite sorunlu hale gelirse, dönüşümleri 1 μg DNA ile birden fazla küvet grubuna yaymak bu etkiyi azaltmaya yardımcı olabilir.</li>
</ol>
3. Parça kitaplığı klonal tarama - otomasyon
<ol>
	<li>Sıvı işleyici kurulumu<ol>
		<li>Pipetleme açısından yoğun adımların önemsizleştirilmesini sağlamak için bir sıvı işleyici platformunda 7 program oluşturun.</li>
		<li>Bir "MTP Sıvı Transferi" programı oluşturun, sıvı işleyicinin hazırlanmış bir rezervuardan düzenindeki boş mikrotitre plakalarına (MTP) ayarlanabilir bir hacmi pipetleyecek şekilde ayarlandığından emin olun.</li>
		<li>Bir "MTP'ye gliserol ekle" programı oluşturun, sıvı işleyicinin 100 μL hacimde P gliserolü plakalara pipetleyecek şekilde programlandığından emin olun, dağıtım ve aspirasyon hızının 5-20 μL/s olduğundan emin olun. NOT: Kontrol edilmezse kabarcık oluşumuna, eksik aspirasyona veya sıçrama nedeniyle komşu kuyuların çapraz kontaminasyonuna yol açabilecek P gliserolün daha yüksek viskozitesini hesaba katmak için ayrı bir program oluşturulmuştur.</li>
		<li>Bir "DWB Sıvı Transferi" programı oluşturun, sıvı işleyiciyi ayarlanabilir hacim ayarıyla derin kuyulu bloklara (DWB) pipetleyecek şekilde ayarlayın ve sıvı işleyici pipetlerinin önceden doldurulmuş bir rezervuardan geldiğinden emin olun.</li>
		<li>Bir "Çözülmüş MTP'den Aşılama" programı oluşturun, sıvı işleyicinin seçilen kolonileri içeren çözülmüş MTP'den 5 μL aspire edecek şekilde programlandığından emin olun ve bunu düzendeki ilgili DWB plakalarına aktarın. NOT: Yanlışlıkla çift aşılamayı veya plakaların kaçırılmasını önlemek için olayların mantıksal bir sırasını sağlayarak düzendeki MTP ve DWB düzenlemesine çok dikkat edin.</li>
		<li>Bir "Test DWB'ye Transfer" programı oluşturun, sıvı işleyicinin 5 μL hücreyi bir DWB plaka konumundan başka bir DWB plaka konumuna aktaracak şekilde ayarlandığından emin olun. Program daha sonra bu eylemi, her transfer farklı bir plaka pozisyonunu, yani P1 -&gt; P2, P1 -&gt; P3, vb. aşılayarak 4 kez tekrarlamalıdır. NOT: Bu program, 96 varyantın farklı tahlil konsantrasyonlarına sorunsuz bir şekilde alt kültürlenmesini sağlar.</li>
		<li>Bir "Test Kurulumu - PBS Yeniden Süspansiyon (DWB)" programı oluşturun, sıvı işleyicinin düzendeki her DWB'yi 500 μL PBS ile pipetlediğinden emin olun, program ayrıca hücre peletlerinin uygun şekilde yeniden süspanse edilmesini sağlamak için bir karıştırma adımı içermelidir.</li>
		<li>Bir "Test Kurulumu - Hücreler ve PBS Ekleme (MTP)" programı oluşturun, bu programın 200 μL'lik yeniden süspanse edilmiş hücreleri bir DWB plaka konumundan boş bir MTP konumuna aktarmak için bir adım içerdiğinden emin olun. NOT: 3.1'in tüm adımları için programlama ve sıvı işleyici düzenleri farklılık gösterecektir; Araştırmacılar, yukarıdaki programları deneyin kapasitesine ve ihtiyaçlarına uyacak şekilde değiştirmek için belirli ticari sıvı işleyicilerin kılavuzlarına başvurmalıdır.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Varyant kitaplığı kültürü ve barkodlama<ol>
		<li><li><li> </li><li><li> </li><li> </li><li></li><li><li> </li></ol></li><li><ol><li><li></li><li><li> </li><li><li><li> </li><li> </li><li></li><li><li><li></li><li> </li><li><li><li> </li><li><li> </li><li><li></li><li> </li><li></ol></li></ol><ol><li> </li><li> </li><li> </li><li></li><li> <img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/68448/68448eq01.jpg" style="margin: auto;"> <img alt="Equation 2" src="/files/ftp_upload/68448/68448eq02.jpg" style="margin: auto;"> <img alt="Equation 3" src="/files/ftp_upload/68448/68448eq03.jpg" style="margin: auto;"> <img alt="Equation 4" src="/files/ftp_upload/68448/68448eq04.jpg" style="margin: auto;"></li><li></ol><ol><li><li></li><li></li><li> </li><li> </li><li></li></ol><ol><li><ol><li><li></li><li></li></ol></li><li><ol><li><li></li><li></ol></li></ol><ol><li><ol><li><li><li></ol></li><li><ol><li></li><li></li><li></li></ol></li><li></li></ol>

<table><tbody><tr><td>1000 &mikro; L CO-RE Uçlar, steril filtresiz</td><td>Hamilton&nbsp;</td><td>235939</td><td></td></tr><tr><td>2.2 mL 96 Deepwell Plakası, V Şeklinde Tabanlı Kare Kuyular</td><td>Termo</td><td>11594754</td><td></td></tr><tr><td>300 &mikro; L CO-RE Uçlar, yığılmış NTR'ler, steril</td><td>Hamilton&nbsp;</td><td>235985</td><td></td></tr><tr><td>96 kuyucuklu şeffaf taban, siyah mikrotitre plakaları</td><td>Greiner&nbsp;</td><td>655097</td><td></td></tr><tr><td>Agaroz&nbsp;</td><td>Davetli</td><td>16500100</td><td></td></tr><tr><td>Birleştirilmiş Plazmit DNA</td><td>Kullanıcı Tarafından Sağlanan&nbsp;</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>ClarioStar Plus Mikroplaka okuyucu&nbsp;</td><td>BMG</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Dexynucloetide (dNTP) çözelti karışımı&nbsp;</td><td>NEB</td><td>N0447L Serisi</td><td></td></tr><tr><td>Dimetil Sülfoksit (DMSO)&nbsp;</td><td>Fisher BioReaggents&nbsp;</td><td>BP231-100 Serisi</td><td></td></tr><tr><td>DNA Merdiveni 100bp</td><td>NEB</td><td>N3231L Serisi</td><td></td></tr><tr><td>DNA Merdiveni 1KB</td><td>NEB</td><td>N3232L Serisi</td><td></td></tr><tr><td>DNA Dizileme&nbsp;</td><td>Kaynak: Biyobilim</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>DNA Sentezi&nbsp;</td><td>IDT</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Escherichia coli DH5&alpha; Kopotent Hücreler</td><td>NEB</td><td>C2987H</td><td></td></tr><tr><td>Jel Yükleme Boyası, Mor X6 SDS Yok</td><td>NEB</td><td>B7025S</td><td></td></tr><tr><td>Gen pulser/Mikropulser Elektroporasyon Küvetleri, 0,2 cm boşluk</td><td>Biorad&nbsp;</td><td>1652082</td><td></td></tr><tr><td>Grafik Pad Prizma 10&nbsp;</td><td>Grafik Pedi</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Hamilton Star Sıvı Taşıyıcı&nbsp;</td><td>Hamilton&nbsp;</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>HT multitron Plaka Shaker İnkübatörü&nbsp;</td><td>Bilgi HT</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>JMP İstatistiksel Analiz Paketi&nbsp;</td><td>JMP</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>LB Et Suyu (Miller)</td><td>Değirmenci&nbsp;</td><td>L3522 Serisi</td><td></td></tr><tr><td>LB Broth (Miller) agar&nbsp;</td><td>Sigma</td><td>L3147 Serisi</td><td></td></tr><tr><td>MicroPulser Elektroporatör&nbsp;</td><td>Biorad&nbsp;</td><td>1652100</td><td></td></tr><tr><td>NEBuilder HiFi DNA Düzeneği Ana Karışımı</td><td>NEB</td><td>E2621S</td><td></td></tr><tr><td>Q5 Yüksek kaliteli DNA polimeraz</td><td>NEB</td><td>M0491S</td><td></td></tr><tr><td>QIAprep Spin Midiprep Kiti</td><td>QIAGEN</td><td>&nbsp; 12143</td><td></td></tr><tr><td>QIAprep Spin Miniprep Kiti</td><td>QIAGEN</td><td>27104</td><td></td></tr><tr><td>QIAquick Jel Ekstraksiyon Kiti&nbsp;</td><td>QIAGEN</td><td>28706X4</td><td></td></tr><tr><td>QIAquick PCR Arıtma Kiti&nbsp;</td><td>QIAGEN</td><td>28104</td><td></td></tr><tr><td>Qpix 420 Koloni Seçici</td><td>Moleküler Cihazlar İngiltere</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>SOC Outgrowth Orta&nbsp;</td><td>NEB</td><td>B9020'LER</td><td></td></tr><tr><td>SYBR Güvenli DNA Jel Boyası</td><td>Davetli</td><td>S33102</td><td></td></tr><tr><td>TAE Tampon (Tris-asetat-EDTA, 50X)&nbsp;</td><td>Thermo Fisher&nbsp;</td><td>B49</td><td></td></tr><tr><td>UltraPureTM Dnase/Rnase-Free Damıtılmış Su&nbsp;</td><td>Davetli</td><td>10977015</td><td></td></tr></tbody></table>

genetik olarak kodlanmış biyosensör tasarım alanının verimli Örneklenmesi, deney tasarımı ve otomasyon İş akışı ile etkinleştirildi

Efficient Sampling of Genetically Encoded Biosensor Design Space Enabled with a Design of Experiments and Automation Workflow

Genetik Olarak Kodlanmış Biyosensör Tasarım Alanının Verimli Örneklenmesi, Deney Tasarımı ve Otomasyon İş Akışı ile Etkinleştirildi

Genetically encoded biosensors are powerful tools for high-throughput information processing, enabling the transduction of environmental or chemical input ...

efficient-sampling-genetically-encoded-biosensor-design-space-enabled

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Biyomühendislik

Biz geliştirdi ve düşük maliyet için hazır parçalardan inşa minyatür chemostats küçük bir yer kaplayan dizi doğrulanmış. Fizyolojik ve deneysel evrim sonuçları büyük hacimli chemostats benzerdi. Ministat dizi geleneksel kemostat deneyler, fonksiyonel genomik ve kimyasal tarama uygulamaları için, kompakt, ucuz ve erişilebilir bir platform sağlar.

Multiplexed kemostat Diziler Tasarımı ve Kullanımı

Biz mikro ölçekli hücre stimülasyonu deneyler için otomatik bir hücre kültürü ve sorgulama platformu geliştirdik. Platform yetiştirilmesi ve hücrelerin küçük nüfus uyarıcı ve moleküler analizler için lizatları kurtarma, basit, çok yönlü ve hassas kontrol sağlar. Platform de değerli hücreleri ve / veya reaktif kullanmak çalışmalar için uygundur.

Mikro ölçekli Hücre Stimülasyon deneyler için Çok Yönlü Otomatik Platformu

Bu bitkilerde monoklonal antikorlar ve raportör proteinlerin geçici transgen ifadesi üzerindeki düzenleyici elemanlar, bitki büyüme ve gelişme parametreleri ve inkübasyon koşullarının etkisini belirlemek ve modellemek için kullanılabilecek deneyler yaklaşımın bir tasarımını tarif eder.

Bir Vaka Çalışması Olarak Tütün Geçici Protein Expression: Deneyler Yaklaşımı Tasarım Kullanma Karmaşık Sistemler Karakterizasyonu

Bu çalışma, teorik olarak 200'den fazla enzime uygulanabilen evrensel bir genetik enzim tarama sistemi kullanarak yüksek verimli bir tarama yöntemi sunmaktadır. Burada, tek tarama sistemi, kullanılan substratı (p-nitrofenil asetat, p-nitrofenil-β-D-selobiosit ve fenil fosfat) değiştirerek üç farklı enzimi (lipaz, selülaz ve alkalin fosfat) tanımlar.

Çok enzim Yüksek verim Genetik Enzim Eleme Sisteminin Kullanılması Eleme

Sıvı işleme robotlar üzerinde modüler bir klon DNA derleme yöntemi kullanılarak modüler DNA "aygıt" derleme gerçekleştirmek için otomatik bir iş akışı burada anlatılan. Protokol bir sezgisel yazılım aracı kullanarak iki sıvı taşıma platformları göstermek Kombinatorik DNA aygıt kitaplığı oluşturma için sıvı işleyicisi picklists üretmek için kullanır.

Robot sıvı işleme derleme modüler DNA cihazların otomatik

Biz bir inverted mikroskop ile atık mikropların kültürler ve düzenli görüntü hücrelere aydınlatmak için Optogenetic sistemleri ile kullanım için sürekli bir kültür cihazı tasarlanmıştır. aydınlatma dinamik tepkiler birkaç gün içinde ölçülebilir, böylece kültür, örnekleme, görüntüleme ve görüntü analizi tam otomatik vardır.

Mikrobiyal optogenetic Uygulamaları Tasarım ve Otomatik Aydınlatıcı, kültürleme ve Örnekleme Sistemi Uygulaması

Bu el yazması mikrobiyal yetiştirme ortamının terzi tasarımı için genel bir yaklaşımı açıklar. Bu güvenilirlik ve sıvı ortam işleme hızı artırmak için laboratuvar robot tarafından desteklenen yeterli ekimi verimi için deneysel tasarım ve microbioreactor teknoloji Kriging tabanlı birleştiren yinelemeli bir iş akışı tarafından etkin hazırlık.

Otomatik Microbioreactor teknolojisini kullanarak Contegra Protein üretim duruma getirilmesi için genel iletişim kuralı

EVOLVER çerçevesi yüksek çözünürlüklü ve deneysel parametreler üzerinde dinamik kontrol ile yüksek verimlilik sürekli mikrobiyal kültür sağlar. Bu protokol, kullanıcıların birçok bireysel kültürde otomatik kontrolü programlama, ölçme, toplama ve deneysel verilerle gerçek zamanlı etkileşime girme konusunda rehberlik ederek karmaşık bir fitness deneyi yapmak için sistemin nasıl uygulanacağını gösterir.

EVOLVER kullanarak otomatik, yüksek verimlilik, sürekli hücre büyüme denemeleri tasarlama

İyi karakterize edilmiş genetik parçalar, yeni genetik devrelerin tasarımı için gereklidir. Burada, genetik parçaları hızlı bir şekilde karakterize etmek için uygun maliyetli, yüksek verimli bir yöntem açıklıyoruz. Yöntemimiz, hücresiz lizatları, klonlamayı önlemek için lineer DNA'yı ve verimi artırmak ve reaksiyon hacimlerini azaltmak için akustik sıvı işlemeyi birleştirerek maliyeti ve zamanı azaltır.

Genetik Parçaların Hücresiz Sistemlerle Hızlı Karakterizasyonu

Bu protokol, endüstriyel mikroorganizmalar için standart yüksek verimli tarama iş akışı sunar. ARTP mutagenezi yoluyla mutant bir kütüphane oluşturmayı, otomatik mikrofluidiklerle pozitif damla taraması yapılmasını ve ardından sonuçların doğrulanmasını içerir. İş akışının güvenilirliği, yüksek verimli B. coagulans suşlarının taramasıyla doğrulandı.

L-laktik asit aşırı üreten Bacillus coagulans mutantlarının yüksek verimli taraması otomatik damla mikrofluidik platform kullanılarak

Öğrenin genetik olarak kodlanmış biyosensörlerin otomasyon ve deney tasarımı yöntemleriyle optimize edilmesini. Bu protokol, genetik kütüphane oluşturma ve değerlendirmeyi hızlandırarak biyosensör adaylarının verimli seçimini sağlar.

Genetik Olarak Kodlanmış Biyosensör Tasarım Alanının Verimli Örneklenmesi, Deney Tasarımı ve Otomasyon İş Akışı ile Etkinleştirildi (Video) | JoVE Journal

Genetik Olarak Kodlanmış Biyosensör Tasarım Alanının Verimli Örneklenmesi, Deney Tasarımı ve Otomasyon İş Akışı ile Etkinleştirildi

Daha fazla video keşfet