Name: Leptospira Biyofilmlerinin Nicel, Yapısal ve Fonksiyonel Analizi İçin Modüler İş Akışı (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-12-19T13:45:00.000+00:00
Duration: 8 min 51 s
Description: Keşfedin Leptospira biyofilmlerinin nicel, yapısal ve fonksiyonel analizi için modüler bir iş akışı. Kristal viyole testleri, mikroskopi ve in vivo enfeksiyon modelleri ile biyofilm dinamiklerini standartlaştırın.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Flemming, H. C., Wingender, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+biofilm+matrix%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The biofilm matrix.</a> Nat Rev Microbiol. 8 (9), 623-633 (2010).</li>
<li>Sharma, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+biofilm%3A+A+review+on+formation%2C+infection%2C+antibiotic+resistance%2C+control+measures%2C+and+innovative+treatment%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Microbial biofilm: A review on formation, infection, antibiotic resistance, control measures, and innovative treatment.</a> Microorganisms. 11 (6), (2023).</li>
<li>Flemming, H. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilms%3A+An+emergent+form+of+bacterial+life%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Biofilms: An emergent form of bacterial life.</a> Nat Rev Microbiol. 14 (9), 563-575 (2016).</li>
<li>Mendhe, S., Badge, A., Ugemuge, S., Chandi, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Impact+of+biofilms+on+chronic+infections+and+medical+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Cureus%22%5BJournal%5D)">Impact of biofilms on chronic infections and medical challenges.</a> Cureus. 15 (11), e48204(2023).</li>
<li>Hall-Stoodley, L., Costerton, J. W., Stoodley, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+biofilms%3A+From+the+natural+environment+to+infectious+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bacterial biofilms: From the natural environment to infectious diseases.</a> Nat Rev Microbiol. 2 (2), 95-108 (2004).</li>
<li>Stewart, P. S., Franklin, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Physiological+heterogeneity+in+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Physiological heterogeneity in biofilms.</a> Nat Rev Microbiol. 6 (3), 199-210 (2008).</li>
<li>Nadell, C. D., Xavier, J. B., Foster, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+sociobiology+of+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Rev%22%5BJournal%5D)">The sociobiology of biofilms.</a> FEMS Microbiol Rev. 33 (1), 206-224 (2009).</li>
<li>Donlan, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilms%3A+Microbial+life+on+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22Emerg+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Biofilms: Microbial life on surfaces.</a> Emerg Infect Dis. 8 (9), 881-890 (2002).</li>
<li>O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microtiter+dish+biofilm+formation+assay%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Microtiter dish biofilm formation assay.</a> J Vis Exp. (47), e2437(2011).</li>
<li>Heydorn, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+biofilm+structures+by+the+novel+computer+program+COMSTAT%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology+%28Reading%29%22%5BJournal%5D)">Quantification of biofilm structures by the novel computer program COMSTAT.</a> Microbiology (Reading). 146 (Pt 10), 2395-2407 (2000).</li>
<li>Beenken, K. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+gene+expression+in+Staphylococcus+aureus+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Global gene expression in Staphylococcus aureus biofilms.</a> J Bacteriol. 186 (14), 4665-4684 (2004).</li>
<li>Wilson, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+and+qualitative+assessment+methods+for+biofilm+growth%3A+A+mini-review%5BTitle%5D)+AND+%22Res+Rev+J+Eng+Technol%22%5BJournal%5D)">Quantitative and qualitative assessment methods for biofilm growth: A mini-review.</a> Res Rev J Eng Technol. 6 (4), (2017).</li>
<li>Yildiz, F. H., Visick, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Vibrio+biofilms%3A+So+much+the+same+yet+so+different%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Vibrio biofilms: So much the same yet so different.</a> Trends Microbiol. 17 (3), 109-118 (2009).</li>
<li>Merritt, J. H., Kadouri, D. E., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Growing+and+analyzing+static+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Growing and analyzing static biofilms.</a> Curr Protoc Microbiol. Chapter 1 (Unit 1B.1), (2005).</li>
<li>Azeredo, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Critical+review+on+biofilm+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Crit+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Critical review on biofilm methods.</a> Crit Rev Microbiol. 43 (3), 313-351 (2017).</li>
<li>Peeters, E., Nelis, H. J., Coenye, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+multiple+methods+for+quantification+of+microbial+biofilms+grown+in+microtiter+plates%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">Comparison of multiple methods for quantification of microbial biofilms grown in microtiter plates.</a> J Microbiol Methods. 72 (2), 157-165 (2008).</li>
<li>Ristow, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilm+formation+by+saprophytic+and+pathogenic+Leptospires%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Biofilm formation by saprophytic and pathogenic Leptospires.</a> Microbiology. 154 (Pt 5), 1309-1317 (2008).</li>
<li>Chiani, Y. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Presence+of+Leptospira+spp.+in+a+mosaic+of+wetlands+used+for+livestock+raising+under+differing+hydroclimatic+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Presence of Leptospira spp. in a mosaic of wetlands used for livestock raising under differing hydroclimatic conditions.</a> Appl Environ Microbiol. 89 (6), e0197122(2023).</li>
<li>Yamaguchi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterizing+interactions+of+Leptospira+interrogans+with+proximal+renal+tubule+epithelial+cells%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Characterizing interactions of Leptospira interrogans with proximal renal tubule epithelial cells.</a> BMC Microbiol. 18 (1), 64(2018).</li>
<li>Santos, A. A. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Leptospira+interrogans+biofilm+formation+in+Rattus+norvegicus+%28Norway+rats%29+natural+reservoirs%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Negl+Trop+Dis%22%5BJournal%5D)">Leptospira interrogans biofilm formation in Rattus norvegicus (Norway rats) natural reservoirs.</a> PLoS Negl Trop Dis. 15 (9), e0009736(2021).</li>
<li>Ackermann, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+biofilm+formation+of+pathogenic+Leptospira+spp.+in+the+vitreous+humor+of+horses+with+recurrent+uveitis%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">In vivo biofilm formation of pathogenic Leptospira spp. in the vitreous humor of horses with recurrent uveitis.</a> Microorganisms. 9 (9), (2021).</li>
<li>Dos Santos Ribeiro, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+biofilms+from+an+urban+community+in+Salvador%2C+Brazil%2C+shelter+previously+uncharacterized+saprophytic%C2%A0Leptospira%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">Environmental biofilms from an urban community in Salvador, Brazil, shelter previously uncharacterized saprophytic Leptospira.</a> Microb Ecol. 86 (4), 2488-2501 (2023).</li>
<li>Vinod Kumar, K., Lall, C., Raj, R. V., Vedhagiri, K., Vijayachari, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+detection+of+pathogenic+leptospiral+protein+encoding+gene+%28lipL32%29+in+environmental+aquatic+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22Lett+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Molecular detection of pathogenic leptospiral protein encoding gene (lipL32) in environmental aquatic biofilms.</a> Lett Appl Microbiol. 62 (4), 311-315 (2016).</li>
<li>Davignon, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Leptospirosis%3A+Toward+a+better+understanding+of+the+environmental+lifestyle+of+Leptospira%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Water%22%5BJournal%5D)">Leptospirosis: Toward a better understanding of the environmental lifestyle of Leptospira.</a> Front Water. 5, 1195094(2023).</li>
<li>Dias, C. S., Pinna, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Leptospira+biofilms%3A+Implications+for+survival%2C+transmission%2C+and+disease+management%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Leptospira biofilms: Implications for survival, transmission, and disease management.</a> Appl Environ Microbiol. 91 (2), e0191424(2025).</li>
<li>Gomes, D. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilm+production+of+Leptospira+spp.+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Sci+Vet%22%5BJournal%5D)">Biofilm production of Leptospira spp. strains.</a> Acta Sci Vet. 46 (1), 5(2018).</li>
<li>Thibeaux, R., Kainiu, M., Goarant, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilm+formation+and+quantification+using+the+96-microtiter+plate%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Biofilm formation and quantification using the 96-microtiter plate.</a> Methods Mol Biol. 2134, 207-214 (2020).</li>
<li>Vinod Kumar, K., Lall, C., Vimal Raj, R., Vedhagiri, K., Vijayachari, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-existence+and+survival+of+pathogenic+Leptospires+by+formation+of+biofilm+with+Azospirillum%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Co-existence and survival of pathogenic Leptospires by formation of biofilm with Azospirillum.</a> FEMS Microbiol Ecol. 91 (6), fiv051(2015).</li>
<li>Chua, S. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dispersed+cells+represent+a+distinct+stage+in+the+transition+from+bacterial+biofilm+to+planktonic+lifestyles%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dispersed cells represent a distinct stage in the transition from bacterial biofilm to planktonic lifestyles.</a> Nat Commun. 5, 4462(2014).</li>
<li>Rollet, C., Gal, L., Guzzo, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilm-detached+cells%2C+a+transition+from+a+sessile+to+a+planktonic+phenotype%3A+A+comparative+study+of+adhesion+and+physiological+characteristics+in+Pseudomonas+aeruginosa%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Biofilm-detached cells, a transition from a sessile to a planktonic phenotype: A comparative study of adhesion and physiological characteristics in Pseudomonas aeruginosa.</a> FEMS Microbiol Lett. 290 (2), 135-142 (2009).</li>
<li>Haake, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hamster+model+of+leptospirosis%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Hamster model of leptospirosis.</a> Curr Protoc Microbiol. Chapter 12 (Unit 12E.12), (2006).</li>
<li>Cagliero, J., Huet, K., Matsui, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+golden+Syrian+hamster+as+an+animal+model+to+study+leptospirosis-associated+immune+responses%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Use of golden Syrian hamster as an animal model to study leptospirosis-associated immune responses.</a> Methods Mol Biol. 2134, 243-255 (2020).</li>
<li>Gomes-Solecki, M., Santecchia, I., Werts, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Animal+models+of+leptospirosis%3A+Of+mice+and+hamsters%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Immunol%22%5BJournal%5D)">Animal models of leptospirosis: Of mice and hamsters.</a> Front Immunol. 8, 58(2017).</li>
<li>Guedes, I. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improvement+of+the+enrichment+used+in+the+EMJH+medium+%28Ellinghausen-McCullough-Johnson-Harris%29+for+the+cultivation+of+Leptospira+spp%5BTitle%5D)+AND+%22Rev+Argent+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Improvement of the enrichment used in the EMJH medium (Ellinghausen-McCullough-Johnson-Harris) for the cultivation of Leptospira spp.</a> Rev Argent Microbiol. 54, 95-99 (2022).</li>
<li>Iraola, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptome+sequencing+reveals+wide+expression+reprogramming+of+basal+and+unknown+genes+in+Leptospira+biflexa+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22mSphere%22%5BJournal%5D)">Transcriptome sequencing reveals wide expression reprogramming of basal and unknown genes in Leptospira biflexa biofilms.</a> mSphere. 1 (2), e00042-e00116 (2016).</li>
<li>Davignon, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Leptospira+interrogans+biofilm+transcriptome+highlights+adaption+to+starvation+and+general+stress+while+maintaining+virulence%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Biofilms+Microbiomes%22%5BJournal%5D)">Leptospira interrogans biofilm transcriptome highlights adaption to starvation and general stress while maintaining virulence.</a> NPJ Biofilms Microbiomes. 10 (1), 95(2024).</li>
<li>Thibeaux, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+zoonotic+pathogen+Leptospira+interrogans+mitigates+environmental+stress+through+cyclic-di-GMP-controlled+biofilm+production%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Biofilms+Microbiomes%22%5BJournal%5D)">The zoonotic pathogen Leptospira interrogans mitigates environmental stress through cyclic-di-GMP-controlled biofilm production.</a> NPJ Biofilms Microbiomes. 6 (1), 24(2020).</li>
<li>Lawrence, J. R., Neu, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Confocal+laser+scanning+microscopy+for+analysis+of+microbial+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Confocal laser scanning microscopy for analysis of microbial biofilms.</a> Methods Enzymol. 310, 131-144 (1999).</li>
<li>Bridier, A., Briandet, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Contribution+of+confocal+laser+scanning+microscopy+in+deciphering+biofilm+tridimensional+structure+and+reactivity%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Contribution of confocal laser scanning microscopy in deciphering biofilm tridimensional structure and reactivity.</a> Methods Mol Biol. 1147, 255-266 (2014).</li>
<li>Werner, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stratified+growth+in+Pseudomonas+aeruginosa+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Stratified growth in Pseudomonas aeruginosa biofilms.</a> Appl Environ Microbiol. 70 (10), 6188-6196 (2004).</li>
<li>Neu, T. R., Lawrence, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+techniques+for+in+situ+analysis+of+the+biofilm+matrix+%28structure%2C+composition%2C+dynamics%29+by+means+of+laser+scanning+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Advanced techniques for in situ analysis of the biofilm matrix (structure, composition, dynamics) by means of laser scanning microscopy.</a> Methods Mol Biol. 1147, 43-64 (2014).</li>
<li>Neu, T. R., Lawrence, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innovative+techniques%2C+sensors%2C+and+approaches+for+imaging+biofilms+at+different+scales%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Innovative techniques, sensors, and approaches for imaging biofilms at different scales.</a> Trends Microbiol. 23 (4), 233-242 (2015).</li>
<li>Relucenti, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microscopy+methods+for+biofilm+imaging%3A+Focus+on+SEM+and+VP-SEM+pros+and+cons%5BTitle%5D)+AND+%22Biology+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Microscopy methods for biofilm imaging: Focus on SEM and VP-SEM pros and cons.</a> Biology (Basel). 10 (1), (2021).</li>
<li>Braet, F., De Zanger, R., Wisse, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Drying+cells+for+SEM%2C+AFM+and+TEM+by+hexamethyldisilazane%3A+A+study+on+hepatic+endothelial+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Drying cells for SEM, AFM and TEM by hexamethyldisilazane: A study on hepatic endothelial cells.</a> J Microsc. 186 (Pt 1), 84-87 (1997).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0.1 & mikro; m steril hidrofilik polikarbonat membran</td><td>it4IP</td><td>1000M25/861N101/13</td><td></td></tr><tr><td>12 mm steril cam kapak slipi</td><td>SPL</td><td>330164</td><td></td></tr><tr><td>%16 paraformaldehit (PFA)&nbsp;</td><td>Termo Bilimsel</td><td>28908</td><td></td></tr><tr><td>21G iğne</td><td>BD Medical</td><td>304432</td><td></td></tr><tr><td>24 kuyu mikroplaka</td><td>NUNC</td><td>143982</td><td></td></tr><tr><td>35 mm cam tabanlı çanak</td><td>İbidi</td><td>81218-200</td><td></td></tr><tr><td>35 mm cam tabanlı Hi-Q4 çanak</td><td>İbidi</td><td>81156</td><td></td></tr><tr><td>96-kuyu mikroplakası</td><td>NEST</td><td>701001</td><td></td></tr><tr><td>Antifade montaj ortamı&nbsp;</td><td>Biorad</td><td>29410</td><td></td></tr><tr><td>Karbon kaplama</td><td>Leica Microsystem</td><td>Em ACE600</td><td></td></tr><tr><td>CFDA/SE izleyicisi</td><td>Biolegend</td><td>423801</td><td></td></tr><tr><td>İletken karbon yapıştırıcısı</td><td>Elektron Mikroskopi Bilimi</td><td>77816</td><td></td></tr><tr><td>Kristal menekşe (CV)</td><td>Sigma</td><td>C3886</td><td></td></tr><tr><td>Karanlık alan mikroskobu</td><td>Leica Microsystem</td><td>11888846</td><td>Leica DM4000 B, koyu bir fiel kondensörü ile donatılmış (cat n& grad; 11505142)</td></tr><tr><td>Etanol</td><td>VWR Kimyasalları</td><td>83813.36</td><td></td></tr><tr><td>FM4-64</td><td>Invitrogen</td><td>T3166</td><td></td></tr><tr><td>Buzul asetik asit</td><td>Supelco</td><td>1.00063</td><td></td></tr><tr><td>Glutaraldehit çözeltisi</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G5882</td><td></td></tr><tr><td>Hexamethyldisilazane</td><td>Acros Organics</td><td>120581000</td><td></td></tr><tr><td>Kuluçka makinesi</td><td>Memmert</td><td>IN30</td><td></td></tr><tr><td>Ters konfokal mikroskop</td><td>Leica Microsystem</td><td>Leica DMI6000 TCS SP8 X</td><td>Konfokal mikroskop SP8</td></tr><tr><td>Faz kontrast optikleriyle donatılmış ters mikroskop</td><td>Nikon</td><td>CELL-S2</td><td>BioStation IM-Q</td></tr><tr><td>Leptospira Orta Baz EMJH&nbsp;</td><td>Becton Dickinson</td><td>BD&nbsp; 279410</td><td>Leptospira için EMJH ortamı</td></tr><tr><td>Osmiyum tetrooksit (OsO4)&nbsp;</td><td>Sigma</td><td>BCCG9181</td><td></td></tr><tr><td>Propidium iyodid&nbsp;</td><td>Biyotyum</td><td>40017</td><td></td></tr><tr><td>Taramalı elektron mikroskobu</td><td>JEOL</td><td>JSM-IT300</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum kakodilat tamponu&nbsp;</td><td>Termobilimsel Kimyasallar</td><td>15453149</td><td></td></tr><tr><td>Spektrofotometre Varioskan Lux</td><td>Termo Bilimsel</td><td>VLBL00GD0</td><td></td></tr><tr><td>Steril Fosfat-tamponlu Salin</td><td>Biosolve</td><td>0016232301BS</td><td></td></tr><tr><td>Şırınga (1 mL)</td><td>Chirana</td><td>CH03002L</td><td></td></tr><tr><td>SYTO9 yeşil floresan nüklein asit boyama&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>S34854</td><td></td></tr></tbody></table>

leptospira biyofilmlerinin nicel, yapısal ve fonksiyonel analizi İçin modüler İş akışı

A Modular Workflow for Quantitative, Structural and Functional Analysis of Leptospira Biofilms

Aşı doğru şekilde hazırlandığında, kültürler 3-5 gün içinde orta günlük faza girer ve karanlık alan mikroskopisi altında parlak, yüksek hareketli alanlarla (≥hücrelerin %90'ı hareketli) ve görünür kümeler olmadan ~ 0.2-0.4 OD405 değerleri gösterir. Optimal olmayan preparatlar ise yavaş bakteriler ve alanda heterojen hareketlilik olarak görülür; Bu tür kültürler genellikle zayıf biyofilm üretir ve atılmalıdır. Pratikte, tohumlama öncesinde hareketlilik ve OD'nin yan yana doğrulanması, başarısız koşuları en aza indirir. Bu kalite kontrol kapılarını inokulum aşamasında kurmak, sonraki uygulamalarda başarının en iyi göstericisidir. Metodoloji, L. interrogans serovar Manilae L495 için optimize edilmiş olsa da, aynı prosedürler türler çapraz uygulanabilirliği göstermek için Leptospira biflexa Patoc suşuna da uygulanmıştır. L. biflexa genellikle L. interrogans'a kıyasla daha az uyumlu ve ince biyofilmler oluşturur, ancak karakteristik gelişimsel dizisi ve yapısal özellikler uygun parametre ayarlamalarıyla tespit edilebilir kalır. Her iki türün de dahil edilmesi, hem patojenik hem de saprofitik Leptospira'lara uyum sağlama yeteneğini vurgular.
Nemlendirilmiş bir odada 30 °C'de 21 gün statik kuluçka sonrası (veya kullanılan Leptospira türü için uygun süre), biyofilmler hem cam kapaklarda hem de hidrofilik polikarbonat membranlarda çıplak gözle görülebilir. Başarılı büyüme, 2-3 hafta sonra yüzeye bağlı nokta benzeri, dallanan veya retikülasyonlu ayak izleri gibi karakteristik CV desenleri üretir (Şekil 2A).
Tipik bir koşuda, vahşi tip L. interrogans Manilae L495 3. haftada ~%50 yüzey kapsamına ulaşırken, düşük biyofilm mutantlarının platosu yaklaşık %20 ve yüksek biyofilm fenotipleri ~%70-80 civarında olur, bu da tarama için pratik bir dinamik aralık oluşturur. Biyofilm oluşumunun kapsamı da Leptospira türüne ve suşuna bağlı olarak değişebilir; örneğin, L. biflexa Patoc suşu görünür biyofilmleri daha hızlı geliştirir; önceki çalışmalar, aşılamadan 120 saat sonra bile yapıların olgun biyofilmler olarak kabuledildiği görülür 35.
Kristal menekşe boyama, biyofilm biyokütlesini nicelendirmek için güvenilir ve tekrarlanabilir bir yöntem sunar. İyi gelişmiş biyofilmlerde, boyama örtü veya membran alanında lokalize derin mor renk oluşur ve bu da yüksek miktarda birikmiş biyokütle olduğunu gösterir (Şekil 2A). Boyama ve çözümleme aşamalarındaki görsel ipuçları da protokol başarısının faydalı göstergeleri sağlar. Örneğin, dengesiz CV dağılımı veya soluk lekelenme, erken biyofilmlerin ayrılmasına neden olan düşük tohumlama, buharlaşma veya agresif yıkama nedeniyle olabilir.
570 nm'deki absorbans ölçümleri, tutulan leke miktarını ve dolayısıyla göreli biyofilm yoğunluğunu yansıtır (Şekil 2B). Temsilci deneylerde, optimal koşullarda yetiştirilen L. interrogans kültürleri, çoğaltmalar arasında tutarlı ve tekrarlanabilir OD₅₇₀ okumaları gösterir ve bu da kararlı biyofilm oluşumunu yansıtır. Buna karşılık, örnekler ortam değişimleri sırasında aşırı pipetlendiğinde kopyalar arasında büyük farklılıklar sıklıkla gözlemlenir; bu da zayıf yapışma veya kısmi biyofilm ayrılmasını gösterir. Bu tür değişkenlik teknik sorunların bir işareti olarak değerlendirilmeli, etkilenen örnekler dışlanmalı veya protokol dikkatlice incelenmelidir. Özellikle, L. biflexa Patoc benzer koşullarda hem cam kapak kapaklarında hem de polikarbonat membranlarda daha kapsamlı biyofilmler oluşturur; bu da daha yüksek CV emilimi değerlerinde yansımaktadır ve protokolün Leptospira türleri arasında uyarlanabilir ve etkili olduğunu gösterir.
Başarılı SEM hazırlığı, hücre dışı matris birikintilerini 3. günden itibaren ortaya çıkarabilir; olgun biyofilmlerde çarpıcı şekilde polarize bir mimari ortaya çıkar: gür, kanallı bazal yüz (genellikle &gt; 5 μm kanallı) ve spiroketlerin yoğun matriksle iç içe geçmiş olduğu daha pürüzsüz bir apikal yüz (Şekil 2C, D, E, F). Yüksek büyütme alanları sıklıkla dallanan hücre dışı filamentleri ve ara sıra mantar benzeri çıkıntıları yakalar; zaman geçişiyle görülen birleşme dinamiklerine karşılık gelen özellikler (Ek video 1). Optimal olmayan preparatlarda, genellikle yetersiz fiksasyon, yetersiz iletken kaplama veya kötü kuruma nedeniyle çökmüş matrisler, şarj ve belirsiz hücre hatları gözlemlenebilir. Bazal-apikal polarite ve yaygın kanallar belirgin olduğunda, SEM okumaları kalınlık ve gözeneklilik konfokal tahminleriyle yakından örtüşür ve hem hazırlık hem de görüntülemenin başarılı bir şekilde uygulandığını doğrular.
Etkili zaman geçişli serilerde, izole noktalar 24-72 saat içinde ortaya çıkar ve mekân kısıtlamaları hareketlerini yavaşlatmadan önce yüzeyde süpürülen daha büyük agregalara kademeli olarak birleşir (Şekil 3A, B, C). Nicel segmentasyon, toplam kaplı alanda monoton bir artış sağlarken, toplam sayımları ~12 ile 216 saat arasında çarpışmalar ve birleşmeler hakim olarak artır, zirve yapar ve ardından azalır. Bu kinetikler (alan yukarı, agrega sayısı aşağı), basit sedimentasyon yerine aktif birikmeyi gösterir. Başarısız veya sınırda olan koşularda erken nokta yoktur, zaman içinde düz alan eğrileri gösterir veya dengesiz sıcaklık/nem nedeniyle odak kayması yaşar. %95 nemli stabilize 30 °C ortam ve her zaman noktasında otomatik odaklama kullanmak, mutantlar veya tedaviler karşılaştırmak için uygun net yörüngeleri geri getirir.
Olgun biyofilmlerden elde edilen temsil Z-yığınları, genellikle 50 μm kalınlığında köpük benzeri, çok katmanlı mimariye sahiptir; çoğu hücre canlı (SYTO 9-pozitif) ve zaman zaman merkezi boşluklar büyüme sırasında kolektif yeniden düzenlemelere işaret eder (Şekil 3D). Matris probları matris bileşimini araştırmak için kullanılabilir: WGA polisakkarit epitoplarını vurgular, BOBO-3 bol hücre dışı DNA'yı işaretler ve protein seçici boyalar hücre dışı sinyal çok az katkı sağlar (Şekil 3E). Optimal olmayan sonuçlar arasında, propidium iyodürün hakim olduğu ince veya kesintili yığınlar, güçlü foto ağartma veya tutarsız kazanç ayarları bulunur; bunların her biri nicel karşılaştırılabilirliği zayıflatır. Kalınlık, biyohacim ve canlı/ölü oranlarının birlikte yorumlanması (lazer gücü, dedektör kazancı ve iğne deliği koşullar arasında sabit tutarken) olgunlaşma durumunu doğrular ve SEM ultrastrukturu ile CV biyokütlesi ile doğrudan karşılaştırmaları destekler.
Leptospira'nın biyofilm oluşum süreci genellikle farklı aşamalar izler, ancak kesin zamanlamalar ve değerler türe veya suşa göre değişebilir. Referans olarak L. interrogans süzü Manilae L495 kullanıldığında, 21 gün boyunca beklenen ilerleme, bakterilerin çoğunlukla planktonik ve minimum biyofilm ile kaldığı bir başlangıç aşamasını (0-3. günler) içerir (Şekil 4A). Bunu, hem planktonik hem de biyofilm ilişkili bakterilerin arttığı, yaklaşık 9 x 10⁸ hücre/mL oranına ulaştığı üstel bir büyüme aşaması (3-7. günler) takip eder; bu süreçte biyofilm agregaları oluşup genişleme ile birlikte gerçekleşir. 7 ile 12. günler arasında planktonik bakteriler önemli ölçüde azalırken, biyofilm ile ilişkili hücreler zirveye ulaşır ve nüfusun yaklaşık %80'ini temsil eder. Son olarak, olgunlaşma aşamasında (12-21. günler), biyofilm bakteri sayısı planktonik hücrelerde artış olmadan azalır, ancak biyofilm boyutu ve karmaşıklığı büyümeye devam eder. Bu değişim dizisini gözlemlemek, protokolün Leptospira biyofilmlerinin dinamik gelişimini ve olgunlaşmasını etkili bir şekilde yakaladığını gösterir.
Doğru şekilde uygulandığında, enfeksiyon protokolü iyi tanımlanmış planktonik (5 günlük) veya biyofilm (21 günlük) kültürlerden hazırlanmış 200 μL EMJH içinde ~2 x 10⁸ leptospirler içeren inokula kullanır. Bu iki kültür tipi farklı fizyolojik durumları temsil etse de, bu fark kasıtlıdır; çünkü deney, azalmış metabolik aktivite ve yapısal farklılaşma ile karakterize edilen Leptospira biyofilmlerinin enfeksiyonu başlatma yeteneğini koruyup korumadığını belirlemeyi amaçlamaktadır. Bu zıtlık, planktonik ve biyofilm Leptospira35,36 arasında gen ifadesinde önemli değişiklikler gösteren transkriptomik çalışmalarla desteklenmektedir. Biyofilm agregaları, enjeksiyondan önce doğrulandığı gibi yapılarını korumak ve 21 G'lik bir iğneden geçtikten sonra sağlam kalmak için dikkatlice hasat edilir (Şekil 4C, D). İntraperitoneal enjeksiyondan sonra, altın Suriye hamsterları genellikle 3 ila 5 gün içinde leptospirozun klinik belirtilerini gösterir (örneğin, halsizlik, kabarcık tüy, çökme). Sadece EMJH ortamı ile enjekte edilen negatif kontrol kontrollerinde hastalık belirtisi göstermemektedir. Klinik belirtilerin ilerlemesi ve şiddeti, ayrıca ötenazi süresi aşıya göre değişir: planktonik bakteriler genellikle daha erken ve daha akut semptomlara yol açarken, biyofilm kaynaklı agregalar gecikmeli ancak kalıcı enfeksiyona neden olabilir (Şekil 4B). Günde iki kez, 21 güne kadar izlemek, hastalığın tam seyrini yakalamayı sağlar.
<img alt="Şekil 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/69511/69511fig2.jpg" data-altupdatedat="1783400419000" data-alt="Figure 2"> 
Şekil 2. Leptospira biyofilmlerinin kristal mor boyama, nicelik ve ultrastruktural görüntüleme. (A) Farklı substratlarda yetiştirilen biyofilmlerin kristal menekşe (CV) boyaması. CV boyama, farklı türler ve substratlar için biyofilm mimarisi ve ilk yapışma desenlerinin görselleştirilmesini sağlar. i. L. polikarbonat filtre üzerine araştırmacılar; ii. L. biflexa polikarbonat filtre üzerinde; iii. L. cam kapak üzerine sorgulamalar; iv. L. biflexa, cam kapak üzerinde. (B) L. interrogans ve L. biflexa için zaman içinde CV emilimiyle (OD570 nm) değerlendirilen nicel biyofilm oluşumuna örnek. Bu kinetik okuma, hem erken yapışma hem de biyokütle birikim dinamiklerini yakalarak, patojenik ve saprofitik türler arasındaki biyofilm büyümesindeki farklılıkları vurgular. Bu rakam27'den değiştirilmiştir. (C-E) L. interrogans biyofilmlerinin taramalı elektron mikroskopisi (SEM): (c) 3 günlük biyofilm, erken mikrokoloni oluşumunu ve ilk hücre dışı matriks birikimini gösteriyor; (d) olgun mimariyi geniş matris ve üç boyutlu organizasyona sahip 14 günlük biyofilm; (e-f) Uzun süreli kültür boyunca yapısal konsolidasyon ve matriks olgunlaşmasını gösteren 3 haftalık biyofilm. CV boyama, nicel OD ölçümleri ve SEM görüntülemenin bu kombinasyonu, erken yapışmadan olgun ultrastruktural organizasyona kadar biyofilm gelişimine kapsamlı bir bakış sunar ve türler ve kültür süreleri arasında doğrudan karşılaştırma imkanı sağlar. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/69511/69511fig2large.jpg" target="_blank">Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Şekil 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/69511/69511fig3.jpg" data-altupdatedat="1783400419000" data-alt="Figure 3"> 
Şekil 3. Leptospira biyofilm oluşumunun görselleştirilmesi. BioStation ile alınan faz kontrast görüntüleri, (A) 48 saat, (B) 96 saat ve (C) 144 saat biyofilm gelişimini gösterir. (D) 3D görselleştirme için ortogonal dilimlerle toplam biyohacmi gösteren Leptospira biyofilminin CLSM rekonstrüksiyonu. (E) Olgun bir biyofilmin DAPI (yeşil) ve WGA (kırmızı) ile konfokal boyaması, bakteri hücreleri ve ekstrahücre matris bileşenlerini vurgulamak. Bu rakam37'den değiştirilmiştir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/69511/69511fig3large.jpg" target="_blank">Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Şekil 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/69511/69511fig4.jpg" data-altupdatedat="1783400419000" data-alt="Figure 4"> 
Şekil 4. Planktonik ve Biyofilm Fraksiyonlarının Zaman Çözümlü Nicelleştirilmesi ve Leptospira biyofilmlerinin fonksiyonel değerlendirmesi. (A) 405 nm'de absorbansla ölçülen biyofilm oluşumunun kinetiği Her zaman noktası için, toplam kuyuyu, biyofilm fraksiyonu ve planktonik leptospireleri içeren süpernatanttan ölçümler alındı; böylece bağlı ve serbest yüzen bakteriler arasında ayrım yapıldı. (B) Biyofilm agregaları, planktonik leptospirler veya EMJH kontrolü ile enjekte edilen hamsterların hayatta kalma eğrilerine örnek örnekler. Biyofilm enjekte edilen hayvanlar azalmış virülans gösterir; bazıları 21 gün hayatta kalırken, planktonik leptospireler hızlı ölümlere neden olur. (C-D) Biyofilm bütünlüğünün ön doğruluğu: agregalar enjeksiyondan önce şırıngada görünür (C) ve 21 G'lik bir iğneden (D, beyaz oklar) geçtikten sonra sağlam kalır; bu da biyofilm yapısının işlem sırasında korunduğunu doğrular. Bu rakam36'dan değiştirilmiştir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/69511/69511fig4large.jpg" target="_blank">Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayın.</a>

Leptospira Biyofilmlerinin Nicel, Yapısal ve Fonksiyonel Analizi İçin Modüler İş Akışı

Here, we present an integrated suite of protocols for the cultivation, quantitative monitoring, structural and functional characterization of Leptospira ...

a-modular-workflow-for-quantitative-structural-functional-analysis

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Diş yüzeylerinde oluşan Biyofilmler, son derece karmaşık ve kendi mimari modüle doğuştan sabit ve dışsal çevre sorunlarına, fizyoloji ve transcriptome maruz. Bileşimi, yapısal organizasyon ve oral biyofilmlerin biyofilm araştırmanın diğer alanlara adapte olabilen gen ekspresyonu, incelemek için bir araç kutusu geliştirdi.

Analitik Oral Biyofilmler Kapsamlı biyokimyasal, yapısal ve Transcriptome Değerlendirme Aracı-box mutans Streptokok tarafından aracılığı ile

Bir sentetik operon kodlama hem salgı cihaz ve curli liflerin yapısal monomerlerin tasarımı açıklanmaktadır. Bu amiloidleri ve yapışık polimerlerin aşırı bir bağlılık ölçülebilir bir kazanç...

Tek Sentetik Curli Operon Oluşturma tarafından Mühendislik Bağlanan Bakteriler

Biyofilmler içindeki üç hücresel ve hücre dışı bileşenin eşzamanlı niceliği ve karşılaştırılması için bir protokol sunulmuştur. Metodoloji, konfokal lazer tarama mikroskobu, biyofilm yapısal analiz ve görselleştirme yazılımı ve istatistiksel analiz yazılımının kullanımını içerir.

Hücresel ve Biyofilmler Ekstrasellüler Bileşenleri Eşzamanlı Kantitasyonu

Bu yöntemler kağıt amacı tipik insan Mikrobiyal dental plak tespit türler içeren çok tür biyofilm gelişmesi için mikroakışkan sisteminin kullanımını tarif etmektir. Yöntem biyofilm mimarisi, biyofilm canlılığı ve vurgulanır kültür-bağımlı veya kültür-bağımsız analizler için hasat biyofilm bir yaklaşım açıklamak için.

Yüksek verimli bir kullanımı<em&gt; İn Vitro</em&gt; Mikroakışkan Sistemi Ağız Çok türler biyofilm Geliştirmek İçin

Bu çalışma, biyofilm inhibitörlerini ve bunların Bacillus subtilis çok hücrelilik üzerindeki etkilerini incelemek için tekrarlanabilir metodolojilerin geliştirilmesini sunmaktadır.

Araştırma yöntemleri<em&gt; B. subtilis</emKüçük Molekül Biyofilm İnhibitörleri Karakterizasyonu için Bir Model Olarak&gt; Biyofilmler

Bu protokol büyümek ve niteliksel konfokal ve elektron mikroskobu ile mantar hif bakteri biyofilm analiz etmek için yeni bir yöntem açıklanır.

Yeni Bir Yöntem Filamentli Mantar kolonileri ile ilgili Bakteriyel Biyofilmler Niteliksel Çok ölçekli Analizi için kullanılması Eşodaklı ve Elektron Mikroskobu

Fiksasyon, parafin katıştırma ve mikrobiyal koloni biyofilmler için ince parça teknikler açıklanmaktadır. Hazır örnekleri, mikroskobu tarafından biyofilm altyapı ve muhabir ifade desenleri görüntülenmeyecektir.

Parafin gömme ve ince mikrobiyal koloni biyofilmler mikroskobik analizlerin yapıldığı için kesit

Bakteri hücrelerinin görüntülenmesi, büyük makromoleküler makinelerin işlevini belirleyen statik ve dinamik süreçleri tanımlamaya odaklanmış yeni ortaya çıkan bir sistem biyolojisi yaklaşımıdır. Burada Lejyonella pnömophila tip IV salgı sistemi mimarisi ve fonksiyonlarını incelemek için kantitatif canlı hücre görüntüleme ve kriyo-elektron tomografisi entegrasyonu kullanılmaktadır.

Legionella pnömophila Dot/Icm Salgı Sisteminin Spatiotemporal Özelliklerini Çözmek İçin Canlı Hücre Görüntüleme ve Kriyo-Elektron Tomografisi Uygulama

Pseudomonas aeruginosa biyofilm mimarisinde antimikrobiyal kaynaklı değişiklikler, kistik fibroz ve kronik akciğer enfeksiyonu olan hastalardan kültürlenen klinik izolatlar arasında farklılık gösterir. Konfokal mikroskobu takiben, anti-enfektif ajanların etkinliğini değerlendirmek için bireysel izolatlar için biyofilm mimarisindeki (örneğin, yüzey alanı, kalınlık, biyokütle) varyasyonları ölçmek için COMSTAT yazılımı kullanılabilir.

Antimikrobiyallerin İn vitro Biyofilm Mimarisi Üzerindeki Etkilerinin COMSTAT Yazılımı Kullanılarak Ölçülmesi

Burada lipidik mesophases membran proteinlerinin kristalizasyon denemeleri elle kurmak için Caffrey Membran Yapısal ve Fonksiyonel Biyoloji Grubu uygulanan prosedür açıklanmıştır.

Lipidik Mesophases kullanarak Yapı Tayini için Membran Proteinleri Kristalize

Keşfedin Leptospira biyofilmlerinin nicel, yapısal ve fonksiyonel analizi için modüler bir iş akışı. Kristal viyole testleri, mikroskopi ve in vivo enfeksiyon modelleri ile biyofilm dinamiklerini standartlaştırın.

Leptospira Biyofilmlerinin Nicel, Yapısal ve Fonksiyonel Analizi İçin Modüler İş Akışı

Daha fazla video keşfet