Name: Tek Hücreli Histon Post-Translasyonel Modifikasyonlarının Çoklayıcı Analizi için Otomatik Örnek Hazırlığı (sc-hPTM2) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-12-19T13:25:00.000+00:00
Duration: 7 min 21 s
Description: Keşfedin tek hücreli histon modifikasyon analizi için otomatik çoklayıcı yöntemi. Hep G2/C3A hücrelerinde kromatin heterojenitesini yüksek duyarlılıkla profillemek için izotopik iki-plex etiketleme kullanılır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Bannister, A. J., Kouzarides, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+chromatin+by+histone+modifications%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Regulation of chromatin by histone modifications.</a> Cell Res. 21 (3), 381-395 (2011).</li>
<li>Jenuwein, T., Allis, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Translating+the+histone+code%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Translating the histone code.</a> Science. 293 (5532), 1074-1080 (2001).</li>
<li>Sidoli, S., Bhanu, N. V., Karch, K. R., Wang, X., Garcia, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+workflow+for+analysis+of+histone+post-translational+modifications+using+bottom-up+mass+spectrometry%3A+from+histone+extraction+to+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Complete workflow for analysis of histone post-translational modifications using bottom-up mass spectrometry: from histone extraction to data analysis.</a> J Vis Exp. (111), e54112(2016).</li>
<li>Budnik, B., Levy, E., Harmange, G., Slavov, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SCoPE-MS%3A+mass+spectrometry+of+single+mammalian+cells+quantifies+proteome+heterogeneity+during+cell+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">SCoPE-MS: mass spectrometry of single mammalian cells quantifies proteome heterogeneity during cell differentiation.</a> Genome Biol. 19 (1), 161(2018).</li>
<li>Slavov, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+protein+analysis+by+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell protein analysis by mass spectrometry.</a> Curr Opin Chem Biol. 60 (1), 1-9 (2021).</li>
<li>Leduc, A., Khoury, L., Cantlon, J., Khan, S., Slavov, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Massively+parallel+sample+preparation+for+multiplexed+single-cell+proteomics+using+nPOP%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Massively parallel sample preparation for multiplexed single-cell proteomics using nPOP.</a> Nat Protoc. 19 (12), 3750-3776 (2024).</li>
<li>Lund, P. J., Kori, Y., Zhao, X., Sidoli, S., Yuan, Z. F., Garcia, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isotopic+labeling+and+quantitative+proteomics+of+acetylation+on+histones+and+beyond%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Isotopic labeling and quantitative proteomics of acetylation on histones and beyond.</a> Methods Mol Biol. 1977 (1), 43-70 (2019).</li>
<li>Cutler, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometry-based+profiling+of+single-cell+histone+post-translational+modifications+to+dissect+chromatin+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometry-based profiling of single-cell histone post-translational modifications to dissect chromatin heterogeneity.</a> Nature Communications. , (2025).</li>
<li>Davie, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inhibition+of+histone+deacetylase+activity+by+butyrate%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nutr%22%5BJournal%5D)">Inhibition of histone deacetylase activity by butyrate.</a> J Nutr. 133 (7 Suppl), 2485S-2493S (2003).</li>
<li>Stransky, S., Cutler, R., Aguilan, J., Nieves, E., Sidoli, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Investigation+of+reversible+histone+acetylation+and+dynamics+in+gene+expression+regulation+using+3D+liver+spheroid+model%5BTitle%5D)+AND+%22Epigenetics+Chromatin%22%5BJournal%5D)">Investigation of reversible histone acetylation and dynamics in gene expression regulation using 3D liver spheroid model.</a> Epigenetics Chromatin. 15 (1), 35-35 (2022).</li>
<li>Stransky, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Semi-automated+phenotypic+analysis+of+functional+3D+spheroid+cell+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Semi-automated phenotypic analysis of functional 3D spheroid cell cultures.</a> J Vis Exp. (1), e65086(2023).</li>
<li>Yuan, Z. F., Sidoli, S., Marchione, D. M., Simithy, J., Janssen, K. A., Szurgot, M. R., Garcia, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EpiProfile+2.0%3A+a+computational+platform+for+processing+epi-proteomics+mass+spectrometry+data%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">EpiProfile 2.0: a computational platform for processing epi-proteomics mass spectrometry data.</a> J Proteome Res. 17 (7), 2533-2541 (2018).</li>
<li>Jenuwein, T., Allis, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Translating+the+histone+code%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Translating the histone code.</a> Science. 293 (5532), 1074-1080 (2001).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1,5 mL mikrosantrifüj tüpleri</td><td>Bio-Rad</td><td>2239480</td><td></td></tr><tr><td>1000 &micro; L geniş delikli pipet uçları</td><td>Fisher Scientific</td><td>14222703</td><td></td></tr><tr><td>200 &micro; L geniş delikli pipet uçları</td><td>Fisher Scientific</td><td>14222730</td><td></td></tr><tr><td>384 kuyuklu PCR plakası Lo Bind&nbsp;</td><td>Eppendorf</td><td>30129547</td><td></td></tr><tr><td>96 kuyuklu vakum manifold</td><td>Millipore</td><td>MAVM0960R</td><td></td></tr><tr><td>Asetonitril, Optima LC-MS/MS derecesi</td><td>Fisher Scientific</td><td>A955-1</td><td></td></tr><tr><td>Yapıştırıcı PCR plaka folyoları</td><td>Thermo Fisher</td><td>AB0626</td><td></td></tr><tr><td>Ansusuz asetonitril</td><td>Fisher Scientific</td><td>AA42311AK</td><td>Toptan etiket stok çözümü</td></tr><tr><td>Arg-C Ultra, Kütle Spec Sınıfı</td><td>Promega</td><td>VA1831</td><td></td></tr><tr><td>Hücre kültürü derecesi su</td><td>Corning</td><td>25-055-CV</td><td></td></tr><tr><td>CellenVIALS</td><td>SCIENION</td><td>/</td><td>Katalog numarası bir teklif ile birlikte gelir</td></tr><tr><td>DMSO, Ansusuz</td><td>Thermo Fisher</td><td>D12345</td><td>Etiket stok çözümü</td></tr><tr><td>DTT</td><td>Sigma</td><td>D0632-5G</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco'nun Modifiye Kartal Orta Aracı (DMEM)</td><td>Fisher Scientific</td><td>MT17205CV</td><td></td></tr><tr><td>Fetal Sığır Serumu</td><td>Fisher Scientific</td><td>MT35010CV</td><td></td></tr><tr><td>Formik asit</td><td>Termo</td><td>28905</td><td></td></tr><tr><td>Formik asit %98&ndash; LC-MS LiChropur için %100</td><td>Sigma</td><td>5330020050</td><td></td></tr><tr><td>Hank'in Dengeli Tuz Çözümü (HBSS)</td><td>Fisher Scientific</td><td>MT21022CV</td><td></td></tr><tr><td>HEPES (Ultra Pure)</td><td>Thermo Fisher</td><td>11344041</td><td></td></tr><tr><td>HPLC derecesi asetonitril</td><td>Fisher Scientific</td><td>A955-4</td><td></td></tr><tr><td>HPLC kalitesinde su</td><td>Fisher Scientific</td><td>W5-4</td><td></td></tr><tr><td>Hidroksilamin çözeltisi %50&nbsp;wt. H2O içinde</td><td>Sigma</td><td>438227-50ML</td><td></td></tr><tr><td>L-glutamin</td><td>Fisher Scientific</td><td>MT25015CI</td><td></td></tr><tr><td>n-Dodesil-beta-Maltosid (DDM) Deterjan</td><td>Fisher Scientific</td><td>BN2005</td><td></td></tr><tr><td>Esansiyiz olmayan amino asitler</td><td>Fisher Scientific</td><td>MT25025CI</td><td></td></tr><tr><td>Orbitrap Exploris 480 Kütle Spektrometresi</td><td>Thermo Fisher</td><td>BRE725539</td><td></td></tr><tr><td>Paraformaldehit 16% Sulu Çözelti EM Derecesi</td><td>Elektron Mikroskopi Bilimleri</td><td>15710-S</td><td></td></tr><tr><td>PDC-CM (tip 2 kaplama)</td><td>SCIENION</td><td>/</td><td>Katalog numarası bir teklif ile birlikte gelir</td></tr><tr><td>Penisillin-Streptomisin</td><td>Fisher Scientific</td><td>MT3002CI</td><td></td></tr><tr><td>Fosfatla tamponlanmış tuzlu (PBS), 10x, pH 7.4, RNase içermeyen</td><td>Thermo Fisher</td><td>AM9625</td><td></td></tr><tr><td>Pierce Dimetilsülfüfoksit (DMSO), LC-MS Sınıfı</td><td>Thermo Fisher</td><td>85190</td><td></td></tr><tr><td>Pipet tabancası</td><td>Eppendorf</td><td>Z666467 (Milipore Sigma)</td><td></td></tr><tr><td>Propionik anhidrit &ge; 99%</td><td>Sigma</td><td>240311-50G</td><td></td></tr><tr><td>Propionik anhidrid-d10 &ge; 98 atom %D, &ge; %99 (CP)</td><td>Sigma</td><td>615692-1G</td><td></td></tr><tr><td>Soğutmalı santrifüj</td><td>Termo</td><td>75-217-420</td><td></td></tr><tr><td>SciCHIP H1 kaplamalı cam sürgüler</td><td>SCIENION</td><td>/</td><td>Katalog numarası bir teklif ile birlikte gelir</td></tr><tr><td>SpeedVac vakum konsantratör (96 kuyu plakalar)</td><td>Termo</td><td>15308325</td><td>Savant SPD1010</td></tr><tr><td>Steril başlık</td><td>Termo</td><td>1375</td><td></td></tr><tr><td>Steril serolojik pipetler</td><td>Fisher Scientific</td><td>1367549</td><td></td></tr><tr><td>SYTOX Yeşil Ölü Hücre Boyaması, akış sitometrisi için</td><td>Thermo Fisher</td><td>S34860</td><td></td></tr><tr><td>TrypLE Ekspres Enzimi (1X), fenol kırmızısı yok</td><td>Thermo Fisher</td><td>12604013</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>Sigma</td><td>Z258415</td><td></td></tr><tr><td>Su banyosu</td><td>Fisher Scientific</td><td>FSGPD10</td><td></td></tr></tbody></table>

tek hücreli histon post-translasyonel modifikasyonlarının Çoklayıcı analizi için otomatik Örnek hazırlığı (sc-hptm2)

Automated Sample Preparation for the Multiplexed Analysis of Single-Cell Histone Post-Translational Modifications (sc-hPTM2)

Tek hücreli histon proteomik iş akışımızın sistemimizi kullanarak uygulamasını göstermek için, 5 mM sodyum bütirat ile işlenmiş HepG2/C3A hücrelerinin sferoidlerini 24 saat boyunca analiz ettik. LC-MS/MS alınımından sonra, hem hafif (propionik anhidrit) hem de ağır (propionik anhidrid-d10) etiketleme için ham veriler EpiProfile ile işlendi ve peptit ve histon işaretlerinin bolluğunu temsil eden normalize veriler elde edildi. QuantQC R paketi, sıvı işleyicinin edinim meta verilerini EpiProfile çıktılarına eşlemek için kul...

Tek Hücreli Histon Post-Translasyonel Modifikasyonlarının Çoklayıcı Analizi için Otomatik Örnek Hazırlığı (sc-hPTM2)

Histone post-translational modifications (hPTMs) are central regulators of chromatin organization and gene expression. Their dysregulation is implicated ...

automated-sample-preparation-for-multiplexed-analysis-single-cell

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Bu protokol, kütle spektrometrisi (MS) ile histon post-translasyonel modifikasyonları karakterize etmek için tamamen entegre bir iş akışı özetlenmektedir. iş akışı nano-akış sıvı kromatografi ve veri analizi için talimatları kullanarak hücre kültürlerinde veya dokular, histon türetilmesi ve sindirim, MS analizi gelen histon arınma içerir. 3 gün - protokol 2 içinde tamamlanması için tasarlanmıştır.

Histon Ekstraksiyon Gönderen Data Analizi: Aşağıdan yukarıya Kütle Spektrometre kullanarak histon post-translasyonel modifikasyonlar Analizi için komple iş akışı

Bu el yazısı, histonları ve bunların translasyon sonrası modifikasyonlarını tanıyan antikorların spesifiklik profiline peptid mikroarray teknolojisinin uygulanması için yöntemleri açıklamaktadır.

Histon Antikor Özgüllüğünün Peptit Mikroarraylerle Analizi

Bu makalenin amacı, bir kapsamlı, sistematik rehber histon H3 ve H4 etkili arınma ve miktar acetylated histon kalıntılarının sağlamaktır.

Arıtma H3 ve H4 histon proteinleri ve Acetylated histon işaretleri hücrelerinde ve beyin dokusu miktar

Bu iş akışı, nicel küresel proteomik analiz için aynı anda birden fazla protein çeviri sonrası modifikasyonun (PtM) zaman ve maliyet-etkin zenginleşmesinin performansını açıklar. Protokol, ptm çapraz konuşmasına biyolojik kavrayışlar kazandırmak için birden fazla konjuge antikorla peptid düzeyinde PTM zenginleştirme, ardından da veri bağımsız iktisap kütle spektrometresi analizini kullanmaktadır.

Niceleme ve Site Yerelleştirmesi Için İki Çeviri Sonrası Modifikasyonun Eşzamanlı Affinity Zenginleştirmesi

Burada, yazarlar fenotipleme için MULTI-seq'in ve daha sonra retinadaki transkriptomik ve kromatin erişilebilirlik profillerini karakterize etmede eşleştirilmiş scRNA-seq ve scATAC-seq'in faydasını göstermektedir.

scRNA-Seq ve scATAC-Seq Kullanarak Retinal Gen Ekspresyonu ve Kromatin Erişilebilirliğinin Multipleks Analizi

Bu protokol, üç boyutlu bir hücre kültürü sisteminin, kromatin modifikasyonlarını fizyolojik bir durumda modellemek, tedavi etmek ve analiz etmek için nasıl kullanılabileceğini özetlemektedir.

Karaciğer Dokusunun 3D Hücre Kültürü Modelinde Histone Post-Translasyonel Modifikasyonlarının Küresel Düzeyde Nicelleştirilmesi

Bu çalışma, izole beyin mikrogliasında intranükleer akış sitometrisi kullanılarak küresel histon modifikasyonlarının ölçülmesi için bir protokolü açıklamaktadır. Çalışma ayrıca veri toplama için kullanılan mikroglia izolasyon protokolünü de içermektedir.

İzole Fare Beyni Mikrogliasında İntranükleer Akış Sitometrisi Kullanılarak Global Histon Post Translasyonel Modifikasyonların Miktar Tayini

Histon modifikasyonlarının yüksek güvenilirlikli ve yüksek oranda tekrarlanabilir "aşağıdan yukarıya" analizi ve temel parametrelere (alıkonma süresi [RT], çarpışma kesiti [CCS] ve doğru kütle-yük [m/z] oranı) dayalı tanımlama için sıvı kromatografisi, sıkışmış iyon hareketlilik spektrometrisi ve uçuş zamanı kütle spektrometrisine (LC-TIMS-ToF MS/MS) dayalı analitik bir iş akışı.

Sıvı Kromatografisi, Sıkışmış İyon Hareketlilik Spektrometrisi ve Uçuş Süresi Kütle Spektrometrisi Kullanılarak Histon Modifikasyon Taraması

Bu protokol, çeşitli klinik örneklerden verimli histon çıkarımı ve ardından LC-MS/MS ile translasyonel sonrası modifikasyon analizini sağlar. Önemli histon modifikasyonlarının sağlam tespitini kolaylaştırarak, büyük klinik kohortlarda kapsamlı epigenetik profilleme için değerli bir araç olarak hizmet eder.

Kütle Spektrometrisi ile Epigenetik Profilleme için Klinik Örneklerden Histonların Ekstraksiyonu

İnsan Spindlin Aile Üyesi 4'te (SPIN4) genetik varyantlar, yeni bir gelişimsel bozukluk olan kemik aşırı büyümesi olan hastalarda yakın zamanda tespit edilmiştir. Nükleozomlar bağlamında modifiye histonların SPIN4 bağlanma substratları olarak biyokimyasal tanımlanmasını tanımlayan bir protokol ve yeni sonuçlar sunulmaktadır.

Değiştirilmiş histonların, peptit dizileri ve doğal nükleozom pulldown ile insan spindlin aile üyesi 4'ün (SPIN4) bağlanma substratları olarak tanımlanması

Bu çalışma, bir doku kesitinin doğrudan uzamsal barkodlamasını tek hücreli çoklu analiz ile birleştiren bir uzamsal Trekker–CUT&amp;Tag çoklu protokolü sunmaktadır. Bu yaklaşım, gen ekspresyonunun ve histon H3K27ac modifikasyonunun aynı anda mekansal olarak çözülen tek hücreli profillenmesini sağlar ve doku mikroanatomisi bağlamında gen düzenlemesine mekanik içgörüler sunar.

Donmuş doku kesitlerinde transkriptom ve epigenomik hedeflerin mekansal çözülmüş, entegre tek hücreli multiomik profillenmesi

Keşfedin tek hücreli histon modifikasyon analizi için otomatik çoklayıcı yöntemi. Hep G2/C3A hücrelerinde kromatin heterojenitesini yüksek duyarlılıkla profillemek için izotopik iki-plex etiketleme kullanılır.

Tek Hücreli Histon Post-Translasyonel Modifikasyonlarının Çoklayıcı Analizi için Otomatik Örnek Hazırlığı (sc-hPTM2)

Daha fazla video keşfet