Ex vivo hel-organ avbildning är en snabb metod för att bestämma de relativa koncentrationerna av fluorescensmärkta föreningar inom och mellan vävnader eller behandlingsgrupper. Omvänt, kvantitativ fluorescens histologi, medan mer arbetsintensiv, möjliggör kvantifiering av de absoluta vävnadsnivåer av märkta molekyler.