نقدم اثنين من البروتوكولات التحليلية التي يمكن استخدامها لتحليل البيانات المخ داخل الجمجمة باستخدام برامج رسم الخرائط حدودي الإحصائية (SPM): تحليل الخرائط وقت التردد حدودي الإحصائية للنشاط العصبي، ودينامية السببية نماذج من ردود فعل للربط فيما بين الأقاليم وداخلها.