Her beskriver vi en protokoll for å innføre et gen knockout inn i ekstracellulære amastigote av Trypanosoma cruzi, ved hjelp av CRISPR/Cas9 systemet. Veksten fenotype kan følges opp enten ved celle telling av axenic amastigote kultur eller ved spredning av intracellulære amastigotes etter verten celle invasjon.