Please note that all translations are automatically generated.
הפרוטוקול מפתח מודל תלת מימדי (תלת מימדי) של קטע דנדריטי עם קוצים דנדריטיים למידול פלסטיות סינפטית. רשת בנויה יכול לשמש מידול חישובי של סחר קולטן AMPA פלסטיות סינפטית לטווח ארוך באמצעות תוכנית התוכנה בלנדר עם CellBlender ו MCell.
מידול גיאומטרי תלת מימדי חישובי של תגובת מינים כימיים באמצעות היתוך. היא שיטה שימושית לחקר המנגנונים של סחר לקולטן פנימה ומבחוץ של עמוד השדרה דנדריטי עושה פלסטיות סינפטית. טכניקה זו יש את היתרון של יצירת סביבה עשירה להכנת השערות והקרנות על מערכות לא ליניאריות עם מספר רב של משתנים.
כדי ליצור רשת של עמוד שדרה דנדריטי יחיד עם ראש עמוד שדרה וצוואר עמוד שדרה באמצעות כדור שונה. בלנדר פתוח ראשון. כאשר Cell Blender כבר מותקן ולחץ על 5 בלוח המקשים, כדי לשנות את הפרספקטיבה לתצוגה אורתוגונלית.
הקש 1 כדי לעבור לתצוגה הקדמית והקש Shift C כדי למרכז את הסמן. ליצירת ראש השידרה הקישו Shift A לפתיחת לוח שינוי ובחרו באפשרות 'רשת שינוי'. בחר כדור UV ובתחום הוספת UV, הגדר את הגודל ל- 0.25 ואת הטבעות ל- 32.
כדי להפוך את החלק העליון של הראש שטוח הקש Tab כדי לעבור בלנדר מ מצב אובייקט למצב עריכה. הקש B כדי לבחור את שלושת הרבעונים העליונים של הכדור והקש Delete, בחר קודקודים והזן כדי להסיר את הקודקודים. הקש B ובחר את החלק העליון של הכדור.
הקש E, S, 0 ו- Enter כדי לאטום את החלק העליון של הקודקודים שעדיין נבחרו. ולהזיז את החץ הכחול למטה כדי ליישר לראש עמוד השדרה. להגדלת רזולוציית רשת שינוי בחלק העליון של עמוד השדרה, בחרו 'כלי וסכין' ולהשתמש בסכין כדי לחתוך עיגול סביב מרכז החלק העליון.
לאחר מכן בחרו 'כלי' ו'גזור לולאה' והחליקו ארבע פעמים כדי ליצור ארבעה עיגולים קונצנטריים סביב מרכז החלק העליון. ליצירת צוואר עמוד השדרה לחצו על B ובחרו בתחתית רשת שינוי. הקש Delete Vertices ו- B ובחר בתחתית רשת שינוי.
הקש E ו- Z ובחר מינוס 0.45 כדי ליצור שבלט למיקום ציר Z, במינוס 0.45 מיקרו מטרים. כדי להפוך את רשת שינוי תואמת עם תא M הקש Ctrl T כדי לאתר את רשת שינוי ובחר כלי ולהסיר זוגות. ליצירת שידריט מרובה, הקישו Shift A לפתיחת לוח שינוי ובחרו 'רשת שינוי' ו'גליל'.
בתפריט הוספת גליל, הגדר את הרדיוס 0.3 מיקרומטר ואת העומק לשני מיקרומטרים והקש Enter. הקש R והזן 90 כדי לסובב את הצילינדר ב- 90 מעלות ולהשתמש בחץ הכחול כדי לגרור את הצילינדר לתחתית עמוד השדרה. הקש 3 כדי לקבל תצוגה קדמית של הצילינדר והקש Z כדי להפוך את רשת שינוי לשקופה.
השתמש בחץ הכחול הנורמלי כדי להזיז את בסיס השידרה אל פנים הצילינדר ולחץ באמצעות לחצן העכבר הימני כדי לבחור את ה- Dendrite. בחרו 'משנה' ו'הוסף משנה' ובחרו 'בוליאני', 'מבצע איחוד' ובחרו 'שידרת אובייקט'. לחץ על החל כדי ליצור רשת שינוי משותפת של דנדריט ועמוד השדרה.
לאחר מכן השתמש בעכבר כדי לבחור את רשת שינוי השדרה המבודדת, לשנות את המיקום והזווית כדי להכניס כל עמוד שדרה חדש במצב פיזיולוגי. כדי ליצור אמפארים, בחר מולקולות והכנס מולקולה חדשה. שנה את השם ל- AMPAR ושנה את סוג המולקולה למולקולת פני השטח.
לאחר מכן לשנות את קבוע דיפוזיה 0.05 פעמים 10 לסנטימטרים מרובעים השמיני לשנייה. כדי להתוות את העוגנים המאוגדים ל- AMPARs, ב- PSD1 במהלך מצב בסיסי, פתח את הגדרות פלט התוויית ולחץ כדי להגדיר את המולקולות. לאחר מכן הגדר את המולקולה Anchor_AMPAR, את האובייקט לדנדריט ואת האזור ל- PSD1.
כדי להפעיל הדמיית מצב בסיס, בחר הפעל הדמיה. ותגדיר את איטרציות ל30, 000 ואת צעד הזמן לפעם אחת 10 למינוס שלוש שניות. לחץ על יצא והפעל והמתן לסיום ההדמיה.
בסוף הסימולציה, בחר טען מחדש נתוני תצוגה חזותית, הפעל הנפשה, התווה הגדרות פלט ותוויה כדי להמחיש את התוצאות הזמניות המרחביות. כדי להפעיל את מצב potentiation homosynaptic לבחור מיקום מולקולה rel_anchorLTP_psd1. בחר rel_anchorLTP_psd1 ושנה את כמות לשחרור ל- 200.
לאחר מכן שנה את הכמות לשחרור לאפס. בחר rel_anchor_psd1. שנה את הכמות כדי לשחרר לאפס והפעל את הסימולציה כפי שהודגם זה הרגע.
פלסטיות סינפטית ניתן לאמת בערך באמצעות שינויים במספר המינים של אמפארים מאוגדים עוגנים בכל עמוד שדרה. לחישוב המדויק של התרחשות הפלסטיות הסינפטית. מומלץ לחשב את הווריאציה של המספרים הכוללים של אמפארים מעוגנים וחופשיים בסינאפזה.
AMPAR homosynaptic potentiation ודיכאון ניתן לאמת באמצעות עליות וי ירידות במספר אמפרים מעוגנים בהתאמה, הנגרמת על ידי שינויים בזיקה של אמפרים על ידי עוגנים בהשוואה למצב הבסיסי. לדוגמה, אינדוקציה של פוטנציה ארוכת טווח הומוסינאפטית בעמוד שדרה אחד, יוצרת אפקט דיכאון הטרוסינאפטי לטווח ארוך בקוצים השכנים. בעקבות הליך זה, ניתן להרחיב את המודל כדי לחקור את התהליך של אינדוקציה LTP ו- LTD בקוצים דנדריטיים.
שיטות אלה מאפשרות בדיקת השערה על תפקודן של מערכות לא ליניאריות מורכבות עם מספר רב של משתנים.
