Die Netzwerkanalyse wurde angewendet, um die Assoziation verschiedener ökologischer mikrobieller Gemeinschaften wie Boden, Wasser und Rhizosphäre zu bewerten. Hier wird ein Protokoll vorgestellt, wie der WGCNA-Algorithmus verwendet werden kann, um verschiedene Co-Occurrence-Netzwerke zu analysieren, die in den mikrobiellen Gemeinschaften aufgrund unterschiedlicher ökologischer Umgebungen auftreten können.