मिट्टी, पानी और राइजोसस्फीयर जैसे विभिन्न पारिस्थितिक माइक्रोबियल समुदायों के सहयोग का मूल्यांकन करने के लिए नेटवर्क विश्लेषण लागू किया गया था। यहां प्रस्तुत विभिन्न पारिस्थितिक वातावरण के कारण माइक्रोबियल समुदायों में होने वाले विभिन्न सह-घटना नेटवर्कों का विश्लेषण करने के लिए WGCNA एल्गोरिदम का उपयोग करने के तरीके पर एक प्रोटोकॉल है।