大容量(20L)过滤沿海海水样品

Biology

Your institution must subscribe to JoVE's Biology section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

Welcome!

Enter your email below to get your free 10 minute trial to JoVE!





We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.

If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.

 

Summary

此视频文件体积大(≥20 L)的过滤,微生物生物量,0.22μm的直径2.7μm之间不等,从水柱。

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples. J. Vis. Exp. (28), e1161, doi:10.3791/1161 (2009).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

工作流程开始与下游微生物群落的沿海海域,养分和微量气体分析的集合。对于这种方法,样品均采自HMS施德Saanich入口经营甲板。此视频文件体积大(≥20 L)的过滤,微生物生物量,0.22μm的直径2.7μm之间不等,从水柱。使用单泵机组配有4个旋转磁头,两个20L样品可同时进行过滤。过滤是在延长旅行领域,或后立即一日游的回报。穿过每一个sterivex过滤装置,重要的是要记录的水量。为了防止生物膜之间的采样人次的形成,所有的过滤设备,必须用稀盐酸和去离子水冲洗,高压灭菌后立即使用。此过程将需要大约5个小时,加上清理的额外小时。

Protocol

  1. 设置过滤装置
    1. 要设置过滤装置,使用镊子放入一个档次的GF / D转换过滤器的预过滤器的公屋单位。松散地用手拧紧的住房。作为一个经验法则,不要过分拧紧或单位将泄漏一旦开始抽水。
    2. 请小心插入carboy没有接触它的内部管蒸压帽和连接管的carboy第。如果必要,请使用镊子引导carboy管。
    3. 通过蠕动泵外部的油管。
    4. 将预过滤器的公屋单位都管(即2%carboy单位)外部年底。用钳子拧紧连接。
  2. 海水过滤
    1. 要开始过滤海水,打开泵和流动速度设置为1。观察,以确保水是被抽在正确的方向。
    2. 允许加水500毫升,通过预过滤单元和成1升烧杯中自由流动。
    3. 关闭泵,和自由端的预过滤器安装在一个附加Sterivex的过滤器,男性露儿装修。用手拧紧的预过滤住房紧贴。
    4. 观看的预过滤器的外壳和连接之间的预过滤器住房和油管,导致该carboy。如果发生泄漏,打开泵和放松,并相应地重新拧紧预过滤住房。转动泵回。
    5. 4升烧瓶收集滤液。一旦他们都满了,空到一个干净carboy的烧瓶。一定要注意通过每一个过滤器的体积。收集滤液,可进一步处理,如病毒过滤,。
    6. 继续筛选,直到没有水留在carboys。通常的过滤时间4-5小时/ 20升carboy的范围,但是,这取决于生物质内水适量显着。
    7. 过滤完成后,切换泵的关闭和断开Sterivex过滤器。
  3. 储存过滤器
    1. 要存储的过滤器,首先驱逐任何剩余的水30-60毫升注射器。
    2. 使用吸液管,添加1.8毫升裂解液过滤器,保持在后来试剂的过滤器〜200 UL空间。
    3. 小块的封口膜密封的顶部和底部的Sterivex过滤器和标签的日期和样品标识的过滤器。
    4. 商店预先标记50毫升猎鹰管过滤器在-80 ° C
    5. 从房屋单位中删除的​​过滤器和它们放入标记含有裂解液2毫升50毫升猎鹰管。存放于-80 ° C。
  4. 净化
    1. 最后的清理,放入含有0.1 M盐酸烧瓶内carboy管
    2. 直接管,导致到原始carboy的4L瓶。
    3. 开关上的泵和3运行,通过运行在原有carboy收集流。
    4. 最后,灭菌水冲洗管。

代表性的成果:由两个Sterivix每个过滤器在0.22μm的和2.7μm的尺寸范围从大约10大号海水中含有微生物生物量的最终结果。这是存储在DNA提取裂解液和准备。此外,此过程中收集和生物量超过2.7微米的,专注于GF / D转换预过滤器。这也是存储在DNA提取裂解液和准备。如果采取额外的处理步骤,流过的0.22微米可以集中收集病毒分数以及。

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

当务之急是盐水中删除任何挥之不去的痕迹,否则将腐蚀设备后,使用湿毛巾擦拭长椅和泵。虽然过程很简单,时间要求,可广泛取决于生物质的浓度或在被筛选的样本碎片。

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Acknowledgments

我们要感谢支持沿海和公海水域低氧气地区正在进行的研究创新,不列颠哥伦比亚省知识发展基金和国家科学和工程研究理事会(NSERC),加拿大的加拿大基金会。提高妇女地位司的支持由NSERC,Killam和图拉基金会资助的微生物多样性和进化中心奖学金。

Materials

Name Type Company Catalog Number Comments
Peristaltic pump Masterflex (Cole Palmer) 77913-20, 77200-62, 77200-04
Tygon LFL tubing Masterflex (Cole Palmer) 06429-24 For filtration apparatus
Hose clamps Cole-Parmer 0683204 For filtration apparatus
1/4” x 3/16” pipe adaptors Cole-Parmer 31702-20 For filtration apparatus
Polypropylene prefilter housing ADVANTEC 501200 For filtration apparatus
Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) Cole-Parmer 31507-27 For filtration apparatus
2“ Magnets For filtration apparatus
3 port carboy caps For filtration apparatus
GV 0.22 μm STERIVIX filters EMD Millipore SVGV01R5
47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters Whatman, GE Healthcare 1823047
Lysis buffer Reagent 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)
0.1 % HCl Reagent For post-filtration rinse
Autoclaved water Reagent For post-filtration rinse

DOWNLOAD MATERIALS LIST

Comments

4 Comments

  1. Cool way to show off filtration protocols! Do your pre-filters ever clog?

    Reply
    Posted by: Anonymous
    June 19, 2009 - 12:56 AM
  2. Hi Ian, We never have problems with pre-filter clogs but if microbial biomass is high, we do need to switch up the filters often.

    Reply
    Posted by: Anonymous
    June 19, 2009 - 2:39 PM
  3. How much dŒs the filtration apparatus cost?

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 1, 2009 - 4:46 AM
  4. For you is for free

    Reply
    Posted by: Anonymous
    December 18, 2011 - 4:45 PM

Post a Question / Comment / Request

You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

Usage Statistics