بروتين منخفض الوزن الجزيئي تخصيب اليورانيوم على أفلام السيليكا Mesoporous رقيقة لاكتشاف العلامات البيولوجية

Bioengineering
JoVE Journal
Bioengineering
AccessviaTrial
 

Summary

قمنا بتطوير تكنولوجيا تقوم على فيلم السيليكا mesoporous رقيقة لاستعادة انتقائي من البروتينات منخفضة الوزن الجزيئي والببتيدات من مصل الدم البشري. تم ضبطها بدقة الخصائص الفيزيائية والكيميائية للرقائق لدينا mesoporous لتوفير التحكم ملموسا في مجال تخصيب الببتيد وبالتالي لمحة بروتيوم المصل لأغراض التشخيص.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations | Reprints and Permissions

Fan, J., Gallagher, J. W., Wu, H. J., Landry, M. G., Sakamoto, J., Ferrari, M., Hu, Y. Low Molecular Weight Protein Enrichment on Mesoporous Silica Thin Films for Biomarker Discovery. J. Vis. Exp. (62), e3876, doi:10.3791/3876 (2012).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

تحديد المؤشرات الحيوية تعميم يحمل إمكانات كبيرة للنهج غير الغازية في التشخيص المبكر والتشخيص، وكذلك لرصد كفاءة العلاج. 1-3 وتداول منخفض بروتيوم الوزن الجزيئي (LMWP) يتكون من بروتينات صغيرة تسلط من الأنسجة والخلايا أو ارتبط شظايا الببتيد المستمدة من تدهور بروتين أكبر من البروتينات، ويعانون من هذه الحالة المرضية لدى المرضى، ويعكس على الأرجح في حالة المرض. 4،5 وعلى الرغم من هذه التطبيقات السريرية المحتملة، واستخدام الطيف الكتلي (MS) لمحة عن LMWP من السوائل البيولوجية وقد ثبت أن تكون صعبة للغاية نظرا لمدى ديناميكية كبيرة من تركيزات البروتين والببتيد في مصل الدم. 6 بدون عينة قبل المعالجة، وبعض من البروتينات أكثر وفرة عالية تحجب كشف منخفضة وفرة الأنواع في المصل / بلازما. البروتين الحالي القائم على النهج، مثل ثنائي الأبعاد بولكرلميد هلام شرمectrophoresis (2D-PAGE) والبروتيوميات بندقية الأساليب كثيفة العمالة، والإنتاجية المنخفضة وملاءمة العرض محدود بالنسبة إلى التطبيقات السريرية. 7-9 وبالتالي، هناك حاجة إلى استراتيجية أكثر فعالية لعزل LMWP من الدم، والسماح للفحص إنتاجية عالية من العينات السريرية .

هنا، نقدم سريعة وفعالة وموثوق بها متعددة تجزئة النظام القائم على رقائق السيليكا mesoporous خصيصا لاستهداف وإثراء LMWP. ملفقة 10،11 Mesoporous السيليكا (MPS) الأغشية الرقيقة مع ميزات الانضباطي في النانومترية الحجم باستخدام القالب كوبوليمر مسار triblock . باستخدام القوالب البوليمر المختلفة وتركيزات البوليمر في حل السلائف، تم تحديد مختلف توزيعات حجم المسام، والهياكل المسام، والاتصال والخصائص السطحية وتطبيق انتقائي للانتعاش من البروتينات كتلة منخفضة. إعراب الانتقائي للالببتيدات المخصب إلى أقسام فرعية مختلفة وفقا لخصائصها الفيزيائية والكيميائية سوف ENهانس كفاءة استرداد والكشف عن وفرة الأنواع منخفضة. بالاشتراك مع مطياف الكتلة والتحليل الإحصائي، أثبتنا العلاقة بين الخصائص nanophase من الأفلام السيليكا mesoporous رقيقة وخصوصية وفعالية من انخفاض الكتلة الحصاد بروتيوم. عرض نتائج الكشف عن هذه الوثيقة من إمكانات تكنولوجيا النانو القائم على توفير بديل قوي على الأساليب التقليدية للحصاد LMWP من السوائل البيولوجية المعقدة. وبسبب القدرة على ضبط خصائص المواد، والقدرة على الإنتاج منخفضة التكلفة، وبساطة وسرعة جمع العينات، ومتطلبات عينة تقلص إلى حد كبير للتحليل، وهذا سوف يؤثر بشكل كبير رواية تكنولوجيا النانو في مجال البحث العلامات البيولوجية البروتين والبروتين السريرية التقييم.

Protocol

1. رقاقة تلفيق

  1. إيجاد حل طلاء للرقاقة من قبل بدءا من حل السلائف سيليكات تحلل. خلط 14 مل من tetraethylorthosilicate (تيوس) مع 17 مل من الايثانول، 6.5 مل من الماء منزوع الأيونات و 0.5 مل من حمض الهيدروكلوريك 6M مع التحريك القوي (1200 دورة في الدقيقة) باستخدام إثارة طبق ساخن. تسخين هذا الحل على 80 درجة مئوية لمدة 2 ساعة، والحفاظ على ثابت التحريك.
  2. إعداد حلول البوليمر بإضافة المطلوب ثلاثي كتلة coploymer (pluronic F127، L121 و P123) إلى 10 مل من الايثانول في درجة حرارة الغرفة مع التحريك القوي. إكمال خليط من خلال إضافة 7.5 مل من محلول السليكات (من الخطوة 1.1) في حل كوبوليمر ثلاثي كتلة تليها 2 ساعة من اثارة قوية في درجة حرارة الغرفة. ويمثل هذا الحل طلاء نهائي.
  3. تطبق 1 مل من محلول طلاء على رقاقة السيليكون 4 بوصة من قبل طلاء تدور بمعدل 1500 دورة في الدقيقة لمدة 20 ثانية. ثم الحرارة في 80 درجة مئوية لمدة 12 ساعة.
  4. تسخين الأفلام لإزالة سو العضويةrfactant عن طريق رفع درجة الحرارة 1 درجة مئوية في الدقيقة الواحدة إلى 425 درجة مئوية، وتخبز ثم لمدة 5 ساعات.
  5. يمهد للمعالجة على سطح السيليكا mesoporous رقاقة (MPS) مع الأكسجين البلازما ashing (البلازما آشر - مارس البلازما النظام). (يا معدل التدفق 2: 80 SCCM، القوة: 300 واط، والوقت: 10 دقيقة).
  6. اختياري تعديل كيميائي السطح: رقائق silanate في organosilane 3٪ في ميثانول: DI المياه (19:01) حل لمدة 72 ساعة في درجة حرارة الغرفة في مربع N قفاز 2. شطف بالتتابع مع الميثانول والماء DI. شفاء رقائق في 110 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة في فرن مروحة تديرها.

2. نموذج ما قبل المعالجة

  1. إضافة TFA وACN إلى كل عينة مصل الدم مثل أن تركيزات النهائية TFA 0.01٪ و 5٪ ACN. دوامة لخلط.
  2. هز هذه العينات على طاولة دوامة شاكر في درجة حرارة الغرفة لمدة 30 دقيقة.

3. مصل تقطير

  1. قبل خبز رقائق طوال الليل في الفرن على 160 درجة مئوية. بدلا من ذلك، ستوره رقائق في مجفف حتى جاهزة للاستخدام لمنع الماء من السطح عن طريق المياه المحيطة في الهواء.
  2. استخدام الهواء المضغوط لنفض الغبار عن أي الجزيئات التي يمكن أن تكون على سطح الرقاقة.
  3. شراء قطع مسبقة الصنع، وأربع غرف CultureWell ساترة لتشمل العدد المرغوب فيه من الآبار. نظيفة ساترة مع الإيثانول بنسبة 100٪ وبعد ذلك مكان على سطح رقاقة MPS. اضغط ساترة لأسفل مع ملقط لضمان وجود ختم كاملة مع رقاقة.
  4. ماصة 10 ميكرولتر من عينة مصل الدم في كل ملم 3 أيضا. احتضان لمدة 30 دقيقة في غرفة مرطب في درجة حرارة الغرفة.
  5. ماصة يصل المصل من الآبار والتخلص منها. ماصة 10 ميكروليتر من الماء منزوع الأيونات إلى كل بئر ليغسل أكبر من البروتينات. كرر 4 مرات.
  6. ماصة 5 العازلة شطف ميكرولتر (0.1٪ + TFA ACN 50٪) إلى كل نموذج جيد. ماصة إلى أعلى وأسفل 30 مرة في حين نقل معلومات سرية حول ماصة في البئر لخلط العازلة شطف. (تنطبق فقط العازلة شطف عينات الى 1-2 في وقت واحد لمنع عازلة شطفمن تبخر بسرعة).
  7. بعد الاختلاط، ماصة كل العازلة شطف ومكان في أنبوب microcentrifuge حتى على استعداد لأداء MALDI-TOF تحليل.
  8. اخترنا من أجل محاكاة تعقيد عينة بيولوجية وتقييم تأثير منخفض التخصيب في حصاد الأنواع الوزن الجزيئي مع نظامنا تجزئة على الرقاقة، وتجميعها على خليط من البروتينات ومعيار الببتيدات عد 26 نوعا مختلفا مع واسع مجموعة من الأوزان الجزيئية (900-66 500 دا)، وحزب القانون والعدالة (4،0-10،2) وتركيزات (0،5-8 بمول / ميكرولتر) (انظر قائمة البروتين في الجدول رقم 1).

4. MALDI-TOF التحليل من الببتيدات

  1. بقعة 0،5 ميكروليتر من عينة إلى لوحة الهدف MALDI والسماح ليجف.
  2. بقعة 0،5 مصفوفة ميكرولتر (α-cyano-4-hydroxycinnamic حامض (CHCA)، و 5 جم / لتر) أو محلول مشبع من حامض عبر ،5-3-4-dimethoxy hydroxycinnamic (SA) في الأسيتونيتريل 50٪ تحتوي على 0،1٪ وTFA السماح لبلورة المشترك. </ لى>
  3. بقعة 0،5 ميكرولتر من محلول المعايرة على كل بقعة المعايرة والسماح ليجف.
  4. إدراج لوحة الهدف في مطياف الكتلة MALDI-TOF. وينبغي وضع الجهاز إلى وضع عاكس إيجابي مع كثافة الليزر من 4200 و 3000 طلقة لكل عينة. يجب أن تكون مجموعة مختارة الشامل 800-5000 دا مع كتلة الهدف من دا 2000.
  5. نفذ نفس MALDI-TOF تحليل في وضع خطي ولكن تغيير نطاق جماعي إلى 900 إلى 10،000 دا أو دا 3000 إلى 70000 وكتلة الهدف من دا 5000.

5. تحليل البيانات

  1. تم تجهيز الأطياف الخام مع برنامج ConvertPeakList وتصدير البيانات إلى SpecAlign البرامج لتجهيزها. وقد أيدت كل الأطياف باستخدام طريقة ارتباط PAFFT وشدة وطبيعتها الحالية لايون مجموع (TIC) في كل طيف المقابلة. وقد مهد كل الأطياف ونزع noised مع عامل من 4 و 0.5 على التوالي. تم الكشف عن قمم مع خط أساس قدره 0.5 إطار جماعي، من 21، وارتفاعنسبة 1.5، تمت إزالة القيم السلبية قبل التحليل.
  2. تم تنفيذ التجميع الهرمي باستخدام الكتلة 3.0 وتصور مع برنامج MapleTree. وكان MALDI MS البيانات (م / ض شدة الذروة)، سجل تحول، تطبيع، وتركز على وسيطة. وقد استخدم ارتباط بيرسون لحساب المسافة بين العينات، وكان أداؤها كاملة التجميع الربط.
  3. تم استخدام الطالب مستقل اختبار t للمقارنة بين الجماعات (ن = 2 مجموعات) لكل الذروة MS الكشف قبل غير خاضعة للرقابة تحليل المجموعات الهرمية. واعتبر ف بقيمة 0.02 أو أقل هام لتحديد الببتيدات والبروتينات التي تحصد تفاضلي بين مختلف شرائح البروتين mesoporous (المسام الكبيرة مقابل المسام الصغيرة).

6. ممثل النتائج

كما هو مبين في الشكل رقم 1، في هذه الدراسة ونحن ملفقة سلسلة من الأفلام السيليكا mesoporous رقيقة مع مجموعة متنوعة من nanotextures وبحث شامل للالأشعة تحت الحمراء في استخدام انتقائي 2A الشكل اسر وإثراء LMW الببتيدات والبروتينات من مصل الدم البشري. وب إظهار الأطياف MS عينة من المصل غير المجهزة لالببتيدات في حدود 900 الى 10000 دا والبروتينات في حدود 3000 ~ 70000 دا على التوالي . هذه الأطياف توضيح قمع إشارة في المنطقة LMW بسبب وجود المتأينة جيدا، وارتفاع الوزن وفيرة للغاية، والجزيئية (HMW) البروتينات مثل 2C الشكل الزلال. ود تصوير أطياف MS من عينة مصل الدم بعد تجزئة من قبل L121 MPS (حجم المسام، 6 نانومتر). لقد استنفدت معظم جزيئات كبيرة، مما أدى إلى إثراء كبير من مكونات LMW. كعنصر تحكم، تم تطبيق نفس العينة المصل على سطح السيليكا النقي غير مسامية لتقييم نوعية من الأفلام MPS رقيقة لاسترداد LMWP. كما يمكن أن يرى في الشكل وو 2E، لم يكن هناك حصاد كبير من PEPالمد والجزر أو البروتينات من السيليكا غير مسامية. وهكذا يمكن أن نخلص إلى أنه كان بنية mesoporous وليس التقارب سطح السيليكا التي تشكل عامل السائد في إثراء LMWP.

ويمكن تحقيق التغيرات التي تسيطر على وجه التحديد في حجم المسام من خلال استخدام البوليمرات المشتركة مع اختلاف أطوال كتلة مسعور. باستخدام بروتينات تصميم وخليط الببتيدات، ودراسة تأثير حجم المسام على الببتيد LMW والبروتين فعالية استرداد باستخدام MPS الأغشية الرقيقة المحضرة من السطحي Pluronic الأربعة (F127، P123، L121، L121، وبالاضافة الى وكيل تورم) مع نسب مختلفة الحجم من المكونات المائية وغير المائية لتشكيل أحجام المسام من 3.7 نانومتر، 5.2 نانومتر، 7.4 نانومتر، ونانومتر 9.0 على التوالي. أدت هذه المجموعة من أحجام المسام لاسترداد ذخيرة مختلفة من الببتيدات والبروتينات من عينة المصل نفسه من خلال حجم وشكل استبعاد (الشكل 3). أطياف بروتين في ارتفاع الوزن الجزيئي دemonstrate الجزيئية قطع من كل نوع من رقاقة. بالإضافة إلى نضوب حجم تعتمد على البروتينات HMW، وتجزئة على رقاقة من الحل معايير يعرض الفرق وإثراء الانتقائي من الأنواع LMW المرتبطة أحجام المسام. تجميع اتجاهين الهرمية التي قدمت في 3B يوضح الشكل تخصيب المعايير LMW نمط الحصول عليها مع لجنة السلامة البحرية المختلفة. حتى لو كان كل الببتيدات هي دون الجزيئية قطع من رقائق، هناك علاقة إيجابية بين أحجام المسام، والوزن الجزيئي من الأنواع المحاصرين. لجنة السلامة البحرية مع المسامات الكبيرة، ويصل إلى 9 نانومتر، وحصد أكبر الببتيدات تفضيلي، في حين يتم استردادها أصغر الببتيدات أكثر كفاءة من خلال رقائق مع أصغر المسام. ونفذت عملية التحول الهيكلي للترتيب mesoporous بها ضبط تركيز البوليمر قالب. زيادة تركيز البوليمر قالب أسفرت عن انحناء 1 بينية انخفاض بين المرحلتينمن الماء، وكوبوليمر، والسليكات،. الشروع بالتالي تقدم مترابطة من كروية إلى هيكل اسطواني Pluronic F127، مع وزنها الجزيئي عالية، وتمتلك هذه الدرجة العالية من دورية الهيكلية. عن طريق زيادة تركيز F127 في بداية حل، يمكن الحصول على مختلف MPS النانو رقيقة الدوري من البنية النانوية 3D إلى 2D البنية النانوية. و3D النانو سداسية مكعب، والعسل، وحيازة أكثر من المرغوب فيه الترابط nanopore وأيسر منالا مورفولوجيا nanopore، تظهر الأداء المتفوق في إثراء انتقائي الببتيدات LMW من بنية سداسية 2D، رغم أنها تشترك مماثلة توزيع حجم المسام والجزيئية نفسه قطع لمصل تجزئة (الشكل 4). نحن تبسيط أيضا اقتران من العضوية وغير العضوية silane على رقائق MPS عن طريق إدخال بلازما الأوكسجين ashing ليمهد للمعالجة سطح رقاقة. من أجل دراسة تأثير كهرباء نوعيا في تحديدإيف على رقاقة التخصيب، ونحن نستخدم البروتينات والببتيدات خليط. ويرد MS تحليل حل معايير البروتين مجزأة على رقائق MPS أعدت مع L121 و مترافق مع الجماعات الوظيفية الكيميائية في الشكل 5. وموجبة وسالبة واستولت على الببتيدات والبروتينات LMW على أنيوني ورقائق الموجبة على التوالي. يتم عرض مقارنة كمية من رقائق MPS متعددة في استرداد الببتيدات مع تهمة صافية إيجابية في الشكل 5A. رقائق مع شحنة سالبة ورقائق البطاطس وبدون أي تعديل (مع تهمة سلبية طفيفة في الأصل) يحمل تخصيب أعلى بكثير عن تلك الببتيدات من رقائق تعديل مع APTES (-NH 2). وعلى العكس، موجبة MPS رقائق تملك قدرة استثنائية على استعادة هذه الببتيدات مع تهمة صافية سلبية، كما هو موضح في الشكل 5B. بينما α-الإندورفين لا تظهر د تغيير كبيررق إلى PI لها حوالي 6.

الشكل 1
الشكل 1. مبدأ تجزئة رقائق MPS وإثراء LMW. بعد اكتشاف عينة على السطح، محاصرون LMW البروتينات والببتيدات في المسام في حين أن أكبر الأنواع لا تزال خارج المسام وإزالة خلال خطوات الغسيل. ومزال ثم الكسور المخصب وتحليلها بواسطة MALDI.

الشكل 2
الشكل 2. تخصيب الببتيد باستخدام رقائق السيليكا mesoporous رقيقة. MALDI ملامح MS في كل من مجموعة كتلة منخفضة (900 إلى 000 دا 10)، ومجموعة كتلة عالية (3000-70 000 دا) قبل (أ، ب) وبعد (ج، د) وتجهيز المصل على الأفلام السيليكا mesoporous رقيقة ( L121، 6 نانومتر). وخفض كبير في انتعاش الجزيئية عند استخدام فارغة السطوح السيليكا غير مسامية (ه، و).

الشكل (3) الشكل 3. الجزيئية تخصيب وقف انتاج المواد الانشطارية والحجم التي تعتمد على رقائق من MPS. (أ) عرض مكبر للأطياف MALDI مما يدل على الجزيئية المميزة قطع من كل شرائح MPS رابطا لحجم المسام. (ب) تجميع اتجاهين الهرمية من ميزات مزيج الببتيد بين شرائح مختلفة. كثافة اللون الأحمر أو الأصفر يدل على تركيز الببتيد نسبي. المسام الكبيرة عزز حصد أكبر الببتيدات (3600-8500 دا)، في حين تم انتشال تفضيلي للالببتيدات الصغيرة (900-3500 دا) من رقائق مع أصغر المسام.

الشكل 4
الشكل 4. التوصيفات المادية للأفلام رقيقة MPS والانتعاش انتقائي مع النانو المختلفة. أنماط XRD (أ، ب، ج)، تيم (أقحم أ، ب، ج)، Pluronic F127 بتركيزات مختلفة في حل السلائف: 4.0 ×10 M -3 (أ)، 6.0 × 10 -3 م (ب)، و 8.0 × 10 -2 م (ج). (د) والرسم البياني بار من شدة الكشف يدل على انتعاش الببتيد انتقائية على 3D مكعب و 3D رقائق F127 سداسية البروتين (الشبل وهيكس، على التوالي). التعديلات الهيكلية المختلفة يقدم لتخصيب انتقائية.

الشكل 5
الشكل 5. المسؤول عن استرداد محددة لرقائق مع وظائف سطح مختلفة. رسم بياني لكثافة MS الكشف عن الببتيدات استولت بشكل انتقائي على رقائق functionalized. وفقا لنقطة ISO-الكهربائية الخاصة بهم، والببتيدات وإيجابا أو سلبا تهمة في 7.0 درجة الحموضة. (أ) الببتيدات الإيجابية ((1) DES-ARG1-براديكينين، (2) براديكينين، (3) مادة ف أميد، (4) Neurotensin، (5) ACTH (1-17)، (6) ACTH (7 - وأثرت على وجه التحديد 38)) على سور سالبة الشحنةوجوه. (ب) الببتيدات السلبية ((7) Glu1 ببتيد فبريني-B، (8) α-إندورفين، (9) ACTH (18-39)، (10) الأنسولين، (11) EGF، (12) الذي يشبه الانسولين GFII) هي المخصب على وجه التحديد على السطوح موجبة.

الشكل (6)
الشكل 6. على رقاقة استقرار المصل مجزأة. (أ) مزال الممثل ملامح MALDI من الببتيدات والبروتينات LMW فورا بعد تجزئة المصل (أعلى) أو بعد 3 أسبوع من على رقاقة تخزين في درجة حرارة الغرفة (أسفل). (ب) من أعلى إلى أسفل: تحليل الانحدار الخطي من شدة متوسط ​​من قمم MS الكشف عنها في كل تكرار مقارنة مع تكرار 1 لمجزأة طازجة بعد 3wk المصل ومجزأة المصل تخزين رقائق MPS في درجة حرارة الغرفة. يشار إلى المعادلة، والسيرة الذاتية ومعامل التحديد (R 2).

Discussion

أدلة متزايدة على أن انخفاض الوزن الجزيئي منطقة بروتيوم الدورة الدموية هو مصدر غني من المؤشرات الحيوية التشخيصية للكشف المبكر عن المرض. في هذه التكنولوجيا، وقدمنا ​​سلسلة من رقائق السيليكا mesoporous مع مختلف أحجام المسام، والهياكل المسام والتعديلات لتخصيب انتقائية الببتيدات والبروتينات منخفضة الوزن الجزيئي. لتقييم استقرار البروتين، وحضنت رقائق MPS مع مصل الدم البشري، تجفف بعد غسلها، وتخزينها ل3wk في درجة حرارة الغرفة. وكانت أنماط بروتين / الببتيد التي تم الحصول عليها مقارنة مع تلك من المصل مجزأة طازجة (الشكل 6A)، وهو ما أكدته نتائج التحليل الإحصائي وأظهرت 6B في الشكل. ويقدر تباين إشارات ذروة تقاس السيرة الذاتية في المتوسط ​​12.7٪ لمصل الخام وعلى 14.2٪ للعينات مجزأة. يمكن للاختلافات هامشية يكون نتيجة لتقلبات داخلية وثيقة MALDI واقترح أن سولم N-رقاقة المعالجة والتخزين لا تحدث أي تغيير كبير في ملامح البروتين MS. وقد أجريت نفس التجربة على السيليكون غير مسامية. كان المصل المجفف عافيتها بعد التخزين على سطح السيليكون مجزأة على رقائق MPS قبل تحليل MALDI. حصلت على الملف MS الفقراء أظهرت ميزة استقرار سطح mesoporous. في المقارنة مع آليات افترض سابقا، ونحن نفترض أنه تم الحفاظ على الأنواع LMW المحاصرين داخل nanopores من التدهور من خلال استبعاد حجم البروتياز، أو عن طريق تثبيط نشاط بروتين من الفراغية بها في مكان ضيق من nanopores. يمكن للطريقة القائمة على رقاقة MPS أن تكون أداة قوية في الببتيد وLMW التنميط بروتين معقد من الدراسة السوائل البيولوجية. رقائق MPS هي غير مكلفة لتصنيع والسماح للإنتاج الارتقاء بها لتحقيق المعالجة في وقت واحد من عدد كبير من العينات، وتوفير ميزات مفيدة للفحص استكشافي والبيولوجيةاكتشاف علامة.

Disclosures

ليس لدينا ما يكشف.

Acknowledgments

وقد تم تمويل هذا العمل من جانب التحالف من قبل جائزة مركز NanoHealth (W81XWH-11-2-0168) وتكساس مركز للطب النانوي السرطان (1U54CA151668-01).

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Tetraethoxysilane Sigma-Aldrich 131903 98%
Spin coater Brewer Science, Inc. Cee 200X
Plasma Asher Nordson March AP-600
Spectroscopic Ellipsometer J. A. Woollam Co. M-2000DI
MALDI-TOF Applied Biosystems Voyager-DE-STR
α-cyano-4-hydroxycinnamic acid Sigma-Aldrich C8982 Matrix for MALDI-TOF
trans-3,5-dimethoxy-4-hydroxycinnamic acid Sigma-Aldrich 85429 Matrix for MALDI-TOF
Stir hot plate Thermo Fisher Scientific, Inc. 11-475-30Q
CultureWell chambered coverglass Sigma-Aldrich GBL103350 3 mm diam. ×1 mm depth, 3-10 μL, sterile
Pluronic F 127 BASF PEO106-PPO70-PEO106
Pluronic L121 BASF PEO5-PPO70-PEO5
Pluronic P123 BASF PEO20-PPO70-PEO20
Table 1. Physico-chemical properties and designed concentrations (Molecular weight and Iso-electric point) of the selected peptide and protein standards.

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Wulfkuhle, J. D., Liotta, L. A., Petricoin, E. F. Proteomic applications for the early detection of cancer. Nat. Rev. Cancer. 3, 267-275 (2003).
  2. Etzioni, R. The case for early detection. Nat. Rev. Cancer. 3, 243-252 (2003).
  3. Hanash, S. M., Pitteri, S. J., Faca, V. M. Mining the plasma proteome for cancer biomarkers. Nature. 452, 571-579 (2008).
  4. Liotta, L. A., Ferrari, M., Petricoin, E. Clinical proteomics: written in blood. Nature. 425, 905-905 (2003).
  5. Petricoin, E. F., Belluco, C., Araujo, R. P., Liotta, L. A. The blood peptidome: a higher dimension of information content for cancer biomarker discovery. Nat. Rev. Cancer. 6, 961-967 (2006).
  6. Anderson, N. L., Anderson, N. G. The human plasma proteome: history, character, and diagnostic prospects. Mol. Cell Proteomics. 1, 845-867 (2002).
  7. Gorg, A., Weiss, W., Dunn, M. J. Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics. Proteomics. 4, 3665-3685 (2004).
  8. Liu, H., Sadygov, R. G., Yates, J. R., 3rd, A model for random sampling and estimation of relative protein abundance in shotgun proteomics. Anal. Chem. 76, 4193-4201 (2004).
  9. Rabilloud, T. Two-dimensional gel electrophoresis in proteomics: old, old fashioned, but it still climbs up the mountains. Proteomics. 2, 3-10 (2002).
  10. Hu, Y. Tailoring of the nanotexture of mesoporous silica films and their functionalized derivatives for selectively harvesting low molecular weight protein. ACS Nano. 4, 439-451 (2010).
  11. Bouamrani, A. Mesoporous silica chips for selective enrichment and stabilization of low molecular weight proteome. Proteomics. 10, 496-505 (2010).

Comments

0 Comments


    Post a Question / Comment / Request

    You must be signed in to post a comment. Please sign in or create an account.

    Usage Statistics