定量的なフィットネスの分析ワークフロー

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Biology
 

Summary

定量的なフィットネスの分析(QFA)は、微生物の培養適応度を推定するための実験と計算手法の相補的なシリーズです。 QFAは、遺伝的変異、薬剤や微生物の成長の他の適用された治療の効果を推定します。単一の文化の焦点を絞っ分析から並列文化の何千もの実験のスケーリングを設計することができる。

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Banks, A. P., Lawless, C., Lydall, D. A. A Quantitative Fitness Analysis Workflow. J. Vis. Exp. (66), e4018, doi:10.3791/4018 (2012).

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Abstract

定量的なフィットネスの分析(QFA)は、並列1,2,3,4で育った微生物培養の適応度を比較するための実験と計算のワークフローです。 QFAは、単一の文化の焦点を絞っ観測に適用されるが、独立した文化の数千までの調査のゲノムワイドな遺伝的相互作用や薬物スクリーンのための最も有用であることができます。中央の実験方法では、インキュベートし、定期的に撮影されている固体寒天プレート上に独立した、希釈液を微生物培養の接種です。各時間ポイントからの写真は、定量的なフィットネスの措置が導出できるようになり、成長曲線を構築するために使用されている定量的な細胞密度の見積もりを、製造、分析されます。文化適応度は遺伝的相互作用の強さや薬剤感受性を定量化し、ランク付けするのに比較することができます。すべての治療の培養適応に与える影響は、基板の寒天(例えば、小分子、抗生物質や栄養素)に追加したり、外部のプレートに適用LY(例えばUV照射、温度)がQFAによって定量化することができます。

QFAワークフローでは、成長率は96ウェルまたは200ウェルプレートリーダーで並列液体培養の分光光度測定により得られるものに類似して推定し生成します。重要なのは、QFAは、このような方法と比較して有意に高いスループットを持っています。 QFA培養は固体培地の表面に成長するので、よく撹拌又は振盪を必要とせず、成長中に通気されています。

QFAのスループットは、いくつかの合成遺伝子アレイ(SGA)のスクリーニング方法5,6のそれと同じくらい高くはありません。 QFAの文化が頻繁に寒天に接種される前に希釈されているのでしかし、QFAは3指数と彩度の段階を含む、より完全な成長曲線を、キャプチャすることができます。たとえば、成長曲線の観測は、以前は1説明したように文化の倍加時間は、高精度を直接推定することができます。

ここでは提示S.数千人に適用される特定のQFAプロトコル自動的に接種、培養し、撮像中にロボットによって処理される酵母の培養。これらの自動化のいずれかの手順は、スループットに関連して減少し、同等の、マニュアルの手順に置き換えられ、我々はまた、低いスループット·マニュアル·プロトコルを提示することができます。同じQFAソフトウェアツールのいずれかのワークフローで撮影した画像に適用することができます。

私たちは出芽酵母の培養にQFAを適用する豊富な経験を持っているS.酵母しかし、我々はQFAは分裂酵母S.の文化を調べるために均等に役立つことを期待酵母と細菌培養。

Protocol

マニュアルQFAプロトコル(S.セレビシエ菌株の場合)

1。培養酵母株

  1. 最大96の独立した酵母株は、96ウェル培養皿で豊富な液体培地200μlの中で培養されています。株は、インキュベータ制御温度で飽和に栽培されています。
  2. 96ピン、1/8 "直径マニュアルレプリカプレーター(SIGMA R-2508)が最初にフレーミングし、冷却するために残して、100%エタノールにレプリカプレーターを浸漬することにより滅菌されています。
  3. 滅菌水200μlを96ウェル培養プレートに配列されています。飽和培養物は、ボルテ​​ックス(エッペンドルフMixMate、30秒、750 rpm)で、一度水を含有するプレートに飽和株に三回滅菌ピンツールを浸漬することにより希釈されています。
  4. ピンツールは、1.2%として再滅菌されています。
  5. 滅菌ピンツールは、希釈した培養を含むプレートに三回浸漬することにより販売寒天プレートに希釈した培養を見つけるために使用されますnは長方形の固体寒天プレートにピンツールを転送する。
  6. 直方体寒天プレートは、手動でS&PロボットspImagerを用いて画像化される前に適切な温度でインキュベートする。均一な照明と撮像カメラへの相対的な一貫性のある板の位置決めを確実にするために注意行われた場合、代替画像のキャプチャ方法はまた、富士フイルムLAS4000、または安価なデジタル一眼レフカメラなどを使用することができます。
  7. 方法は、各写真の間の撮像カメラに同じ角度の相対性を確保するように注意し行われた場合丸いペトリ皿の上に取り付けることができますように48並列文化の小さい数字、に適応可能です。

完全に自動化されたQFAプロトコル(S.セレビシエ菌株の場合)

2。培養酵母株

  1. 固体寒天培地上で成長して独立した酵母株の長方形配列で始まります。この例では、出発株は、温度を越えての結果である合成遺伝子アレイ(SGA)によって、酵母の削除コレクション(YDC)と敏感なクエリの突然変異。最後のSGAプレートは15​​36形式になっています。これは384の独立した酵母株の複製されコロニー/ 4を表す文化の24列×16行です。プレートレイアウトの図1を参照してください。
  2. 1536のうち384株は選択培地を200μl( 図1)を含む4 96ウェル培養プレートに96ピン、1mmのピン径滅菌pintoolとS&Pロボティクス株式会社BM3-SCロボットを用いたロボット制御が転送されます。 Pintool清浄と不妊は、順次、(破片を除去する回転ブラシで一回)回滅菌水で70%エタノール(超音波)と最終的に100%エタノールを洗浄することによって達成されます。
  3. 培養物は、飽和度(この例では20℃で三日間、 図1を参照)に栽培されています。

3。スポッティング酵母培養

  1. ベックマンBiomek FX、飽和した培養液を使用してVariomagのTeleshake(20秒間、1000rpmで反時計回り)にボルテックスで再懸濁し、滅菌した96ピンロボットピンツール(V&Pサイエンティフィックpintoolを取り付け、磁気、2mmのピン径)を使用して、200μlの滅菌水に固定することによって、約1:70に希釈し、再。ピンツールの清浄度と不稔性は70%エタノールで洗浄(破片を除去するブラシを含む)、最後に乾燥することにより、70%エタノールに浸漬し、滅菌水で洗浄することにより達成される。
  2. 希釈した培養物は、洗浄と殺菌した後、同じロボットピンツール( 図1を参照)を使用して、384フォーマットの固体寒天プレート上にスポットされています。
  3. ピンニング後、プレートを自動カルーセルとアクセスハッチで制御されたCytomat温度、加湿インキュベーターに転送されます。

4。画像キャプチャ

  1. S&Pロボット自動化されたイメージャは、繰り返し、Cytomatインキュベーターからプレートを削除するプレートの蓋を取り除き、囲みの下で正確にそれらを配置D、キヤノンEOS RebelのTiを35ミリメートル一眼レフの下に均一に照らされた空間は、5184 x 3456ピクセルの解像度で画像をキャプチャするプレートの蓋を置き換え、インキュベーターカルーセルにそれらを返します。つのイメージは、ゼロ時点の成長測定(バックグラウンド)を可能にするためにインキュベーターへの初期転送の直後にキャプチャされます。ロボットハンドリングと写真は、板ごとに2分かかります。
  2. 完全にロードされたカルーセルで、達成可能な最大板の画像キャプチャの周波数は一枚の写真ごとに6時間です。プレートは、コロニーの成長が飽和するまで、6日(までインキュベートする。 図1は、20時間コース℃から3つの典型的なイメージを示しています。
  3. トラッキングの目的のために、プレートをインキュベーターにインキュベーター名、温度、一意の連続バッチ番号と位置に応じて名前が付けられています。イメージ名は、プレートの名前とタイムスタンプの連結であり、自動的に画像キャプチャ(例えばK000011_030_010_2011-09-22_09-47-54.jpg、ファイルタイプのFTに構成されている1、 表1)。

5。実験的なメタデータのキャプチャ

このセクションで説明するメタデータ·ファイルを手動で(表計算ソフトを使用して、など)が生成されたタブ区切りのテキストフ​​ァイルです。実験の説明ファイル(FT2、 表1)各実験に固有ですが、ライブラリの説明(FT3、 表1)が広範囲に一度構築して再使用することができます。

  1. 実験のライブラリにバーコード用の列(または自動的に生成されたプレート名)を含む実験の説明ファイル(FT2、 表1)、実験の開始タイムスタンプ、プレート処理、固形寒天培地、スクリーンネーム、ライブラリ、プレート番号(内容に記述されている複数のプレート)および1536形式から384形式にスケールダウンの繰り返し象限番号( 図1を参照)。
  2. 酵母菌株ライブラリは、ライブラリの説明ファイル(FT3で記述され
  3. スクリーニングされている菌株を識別する各体系的ORF y軸番号(例YDR217C)に関連付けられている標準的な遺伝子名(例RAD9)を記述する任意の標準的な遺伝子名ファイル(FT4、 表1)を提供することができます。 ORFおよび遺伝子名:このファイルには、2つの列が含まれています。

6。データ解析

QFA計算ワークフローはColonyzer画像解析ソフトウェアツール3,4及びQFA Rパッケージ7をインストールされている合理的に強力なマルチコアコンピュータ·ワークステーション(Xeonプロセッサクアッドコア2.67 GHzのプロセッサと12GBのRAMを搭載した例のDell Precision T3500)にアクセスする必要があり、どちらもオンラインで文書化され、自由に利用可能であり、オペレーティングシステムの範囲で実行されます。

  1. キャプチャされた各イメージに対して1つのColonyzer出力ファイル(FT5 表1)を生成 、入力としてキャプチャされたプレート画像のそれぞれにColonyzerを実行します。 Colonyzer出力ファイルには、培養密度推定、文化圏、イメージングプレート上384の場所のそれぞれの形状と色を指定します。出力ファイル名は自動的に(例えば、プレート写真K000011_030_010_2011-09-22_09-47-54.jpg(FT1、 表1)Colonyzer出力ファイルK000011_030_010_2011-09-22_09-47-54.datに対応しています(ソース·イメージのファイル名からコピーされます。 FT5、 表1))。
  2. QFA Rパッケージを使用して、実験的なメタデータ(FT2、 表1)とColonyzer出力ファイル(FT5 表1)を読み込みます 。これらのデータは、さらなる分析のためにRのデータフレーム(QFA生データのテキストファイル(FT6、 表1)としてエクスポートすることができる)にマージされます。
  3. QFA Rパッケージは、一般化されたLOに合わせて、それぞれの文化のセル密度timecoursesを収集する機能が含まれています観察と(例のために図2と図3を参照)の両方をプロットするにgistic人口モデル。フィットのパラメータ値はQFAロジスティックパラメータ·ファイル(FT7 表1)に書き込まれます。詳細については、QFA Rパッケージのドキュメントを参照してください。
  4. QFA Rパッケージには、品質管理のための関数が含まれています。エッジのコロニーがプレートの壁、画面特異的マーカー遺伝子とリンケージを表示して、SGAおよび遺伝子型を失敗した文化の近くに画像解析でプレートの端とが困難で栄養素の高い可用性のために破棄されます分析から削除されます。
  5. いくつかの定量的なフィットネスの措置は、それぞれの文化のためのロジスティック人口モデルのパラメータから導出されます。これらは、最大集団倍加率(MDR)と接種から彩度(MDP)に分割数が含まれています。複製文化の各セット(例えば、ユニークな遺伝子型の)については、各フィットネス定義のための、フィットネスの推定値のいくつかの要約統計カンプ(プレビュー)です。uted:の平均値と中央値、フィットネス、フィットネスの標準偏差と数が観察され複製されます。要約統計量は、さらなる分析のためQFAフィットネスの概要ファイル(FT8、 表1)、遺伝的相互作用のスコア(FT9 表1)などの計算に出力されます。

7。代表的な結果

図2は、約2日後に検出可能になって最初のセル密度の増加とともに、°C Colonyzerによって定量化のような固体寒天培地上で20℃で成長して384 QFAの文化の一つの典型的な成長曲線外を示しています。この遅延は、固形培地と細胞密度の検出下限に可能性が接種後の培養ラグ相の複合効果である。 図3は、単板からキャプチャした308同様の増殖曲線を示しています。 図4は、2ゲノムワイドな比較を示しています遺伝的推論するQFA画面相互作用の強さ(1から適応)。 QFA Rパッケージ7はまたのQ値(偽発見率(FDR)のp-値補正)と一緒に、 図3を生成するために、検査遺伝子型と遺伝的相互作用の強さ(GIS)の推定値のランク一覧を出力する関数が含まれています観測されたGISの意義。

図1
図1。 384スポットフォーマットの酵母株のロボットの接種のためのスキーム。この手順では、プレート当たり1536の独立した培養(左)から始まります。この典型的な例では、位置1,1でコロニー、1,2、2,1、2,2(赤)は同じ遺伝子型を複製し4であるHIS3 ::黄色KANMX文化、プレートの端に成長しています。 、競争の欠如による成長の優位性を持っているので、QFAで検討されていません。これらの複製されます(例1,1)のいずれかが96ウェルプレート内の液体の増殖培地に接種されてい sは1536年の植民地それぞれの時間のうち96接種し96ピンツールを使用します。 384遺伝子の欠失、4つの異なる "象限"(赤、青、緑および紫色として示されている)ごとに1つの複製を接種するために、増殖培地を含む4種類の96ウェルプレートに接種されています。飽和への成長(例えば20℃で3日間)後、培養物を水で希釈され、次に1リピートからの4つの象限は、元のSGAのプレートと同じパターンで固体寒天プレート(右)に384の形式でスポットされています(色によって示される)。プロセスは、他のをテストするために繰り返すことができます複製さ:1,2、2,1と2,2。右側の例タイムラプス画像は0.5、2、3.5日接種後捕獲された。補足1から適応。 拡大図を表示するには、ここをクリックしてください

018/4018fig2.jpg "/>
図2。シングルロボット捕獲QFA成長曲線20で寒天を含むガラクトースに成長酵母株の)QFA成長曲線℃の画像は約2時間ごとにロボットによって捕獲された。この温度で​​指数関数の位相は、培養密度の増加は最初の接種後約2日間検出可能になると、約1.5日間観測されました。一般的なロジスティックモデルは、観測データ(灰色曲線)に適合しました。自動的にQFA Rパッケージで当てはめられたモデルパラメータが表示されます:K(容量(AU)を有する)、R(成長率(D -1))、G(接種濃度(AU))、vを(成長対称性)。 B)パネルとしては、対数スケール上での細胞密度をプロットした拡大図を表示するには、ここをクリックしてください

図3
図3。自動的に遺伝子定成長曲線は、単一の384形式のプレートから並行して捕獲した。各パネルは、細胞密度の推定(赤い十字)と遺伝子名またはORFのy数QFAの手順で栽培で標識された独立した文化のためのモデルフィット(黒の曲線)を示しています。この例では、プレートは、ロボットにより撮像された、20℃で自動化されたインキュベーターで培養した板名、板処理、寒天培地およびライブラリプレート番号:実験的なメタデータが自動的に図のタイトルに含まれています。当てはめられたモデルパラメータの値も自動的に(図2を参照)、各パネルに印刷されています。エッジの文化は(QFAプロトコル5.4を参照)、このプロットで308の文化を残して、QFA分析から削除されていました。エッジの文化がQFAで分析されていないので、これらの文化の場所は一般的にニュートラル制御系統(この場合はpGAL-HIS3)が充填されます。この図の元のバージョン、QFA Rパッケージによって出力は、。pdf形式であるため、無限にズーム可能な、テキストクエリで検索できるようになりました。:/ / www.jove.com/files/ftp_upload/4018/4018fig3.pdf "ターゲット=" _blank ">拡大図を表示するには、ここをクリックしてください。

図4
図4。遺伝的相互作用を推定するために2つのQFA画面から適応度を比較します。このプロットは、中立的ura3Δの変異や温度に敏感なCDCl 3-1変異と組み合わせるとセミ許容温度で成長させた出芽酵母の欠失(yfgΔ)の適合度の比較を示すCDCl 3- 1(27°C)。フィットネスは、最大倍率、1潜在的な最大倍の積として算出した。ほとんどの欠失株は中立ura3Δの変異と組み合わせた場合に期待どおり、よく成長し、高いフィットネスを持っていますが、CDCl 3-1と組み合わせた欠失は、適応度の広い範囲を持っています。水色の線は、目で交差中立his3Δ変異 eの位置は、実線は、遺伝的独立性の線形回帰モデルである(CDCl 3-1の予想フィットネスyfgΔura3ΔyfgΔ変異体の適応度与えられた変異体)と、破線が等しい適応度のラインです。削除緑色が大幅CDCl 3-1株のフィットネス欠陥を強化します。削除赤が大幅に同じ欠陥を抑制します。実線から任意の突然変異CDCl 3-1yfgΔの垂直距離は、プレートの条件下でCDCl 3-1yfgΔ間の遺伝的相互作用の強さを示しています。右上近くCDCl 3-1最強の抑制の一部は以前にチェックポイント遺伝子を同定されていることに注意し、RAD17、DDC1RAD24とヌクレアーゼEXO1。その削除の近くにYKU80(タンパク質Yku80キャッピングDNA修復やテロメアをコード)が含まれてフィットネスを減少させる遺伝子右下。また一緒に機能する遺伝子のいくつかのグループがこのプロット上に配置される傾向にあることに注意してください。スペルミジン合成遺伝子、RAD17、DDC1RAD24:3つのサンプルクラスタは、青SPE1、SPE2SPE3で強調表示されクランプとチェックポイントクランプローダー、MRE11、RAD50XRS2スライディングチェックポイントのエンコードコンポーネント:MRX複合体は、DDRとEST1に関与&EST3:テロメアの長さの調節に関与する遺伝子。補足図1B 1から適応し、このプロットが生成された生データはここからダウンロードできます。 http://research.ncl.ac.uk/colonyzer/AddinallQFA/拡大図を表示するには、ここをクリックしてください

"> ファイルID ファイルタイプ 手動で構築 周波数を更新する 前提条件 FT1 プレートの写真なしプレート&タイムポイントごとにはい FT2 実験的な説明はい実験ごとにはい FT3 ライブラリの説明はいライブラリごとにはい FT4 標準的な遺伝子名はいライブラリごとになし FT5 Colonyzer出力リレーなしプレート当たりタイムポイントごとにはい FT6 QFA Rawデータなし実験ごとに - FT7 なし実験ごとに - FT8 QFAフィットネスの概要なし実験ごとに - FT9 QFA遺伝的相互作用をおくとEmerginvest なし GISの研究(2 expts。)当たり -

表1電子QFAファイル。記載されているすべてのファイル(FT1を除く)、タブ区切りのテキストフ​​ァイルであり、建設または任意のテキストエディタや表計算ソフトを使用して読み取ることができます。 QFAメタデータ·ファイルの構築についての詳細およびQFA出力の正確な解釈についてはQFA Rパッケージのドキュメント7 Colonyzerソフトウェアのマニュアル3を参照してください。

表2
表2。文化フィットネスを評価するための方法。機能の概要と必要とする微生物培養のフィットネスを評価するためのメソッドの数のメンツ。 Blombergの8によるレビューは、これらのいくつかの詳細な比較が含まれています。 拡大図を表示するには、ここをクリックしてください

Discussion

文化の希釈系列のスポットテスト9、通気液体培養9およびレプリカ平板13の成長曲線の決定:QFAは、多くの感覚に3つの確立されたベンチスケールの微生物学的技術の直接の子孫である。これらの3つの方法は、要約し、QFA及び表2の他のハイスループット技術と比較されます。希釈系列のスポットテストでは、接種希釈の範囲から成長した文化のシリーズのコロニーを形成する能力とひずみの適合性を定義するのに対し、単一文化の繰り返し観測によるQFA対策ひずみフィットネスは、成長曲線を構築する。単一文化の適合性を定量化すると、より多くの株が同一の条件下では、同時に検査することができます。異なる環境や遺伝的背景の培養フィットネスの違いをテストするときに文化の複製配列は、最も有用菌株コレクションの繰り返しテストすることができます。 QFAプロトコルは、提示ここで、独立した文化(ロボットQFA、 表2)数千人の成長を観察するための適切なインキュベーションとイメージ寒天プレートを複製接種するために高価なロボット装置を使用しています。 QFAが確立し、伝統的なラボの技術に基づいているので、しかし、それはまた、手動の手順(マニュアルQFA、 表2)ロボットの援助を置き換えることによって、はるかに安価に行うことができます。マニュアルQFAは、手動でピンツールとおよび写真撮影のためのインキュベーターからプレートの手動転送を使用して、寒天プレート上に培養物の複製および接種が含まれます。同じ計算解析ワークフローのいずれか実験的なデザインから成長曲線を生成するために適用することができます。

QFAフィットネスの見積もりが比較的正確であるように見える。 図4では、機能的に関連する遺伝子欠失の4例では、クラスタの平均適応度が強調表示されます。 2の自主的にそれぞれの機能的関連遺伝子クラスのメンバーの近接ENT遺伝的背景は、(ura3ΔCDCl 3-1)QFAフィットネス推定値の再現性を示しています。たとえば、わずか3遺伝子欠失(アウト可能な4300の)保存されたMRX複合体の3つのメンバーを分離します。

微生物株の増殖特性をテストするためのQFAに高スループットの選択肢がバーコードライブラリ11,12および他のより完全に8を 表2にまとめて記載されている分光光度プレートリーダー10の光学濃度の動態をキャプチャ画面でSGA 5,6、競争画面を含む。培養は固体培地の表面上に成長QFAとSGAプレート(寒天ベースの方法、 表2)ロボットが迅速かつ容易に処理することができます。固体寒天表面の文化はよく成長全体に通気されており、細胞は社交的な微生物がコミュニティ14に成長することができ、固定の文化で成長することができます。左そのまま、微生物群集独自のマイクロ環境では、エタノールなどを分泌する毒素をffect、おそらく細胞間シグナル伝達。しかし、十分な通気を達成するために必要な、液体培養の連続混合、人工的に成長のそのモードに影響を与える可能性微生物群集とその微小環境を破壊する。文化間の細胞を運ぶ液体の飛沫の少ないチャンスがあるので、クロスコンタミネーションは、固形寒天方法の懸念が少ないです。汚染が固体寒天アッセイにおける外国空気を媒介とする微生物によって発生した場合、それはしばしば固体寒天プレートの目視検査によって検出され、占めまたは削除することができます。

QFAのスループットは、2つの方法で並列液体の方法に比べて有意に高くなっています。まず第一に、QFA(およびSGA)プレート上に接種した培養物は、プレート当たり複数の独立した文化を与え、より密に一緒にパックされています。 QFAで308の文化は、非実験的なエッジの培養( 図1)COMはカウントしません、一般的に存在するプレート96または100文化と液体培養を並列に比較されます。第二に、QFA実験は、プレートのはるかに大きな数に拡張することができます。シングルQFA実験で分析したプレートの数は、インキュベーターまたは暖かい部屋、最小許容画像キャプチャの周波数と達成可能な最大キャプチャ周波数で使用可能なスペースによって制限される一方、液体増殖実験ではプレートの数を強く制限されているプレートリーダー(通常は1つまたは2つのプレート)、またはプレートリーダー(通常は25から50プレート)に接続されているスタッカの容量による。我々は最近、37884同時の文化を与え、123プレート、308実験的な文化とそれぞれの完全に自動化されたQFA実験を行った。我々は、液体中で成長して独立した文化の達成可能な最大数は96(文化/プレート)×50(プレート/スタッカ)私たちのQFAのスループットに比べ約10倍未満である= 4800であると推定している。液体培養の画面の代わりに、多くの自動化されたGROを利用することである並行してWTHデバイス(Blombergの8による評価から表1)、1つまたは2つのプレートの容量を持っている各。各デバイスの温度制御は独立している、などの条件が同一ではありませんが、あると仮定し、このワークフローでは、少なくとも190のようなデバイスは、QFAのスループットを(デバイスあたり200液体培養と仮定して)一致するように必要になります。

要約すると、QFAは有用小規模焦点を当てた実験や、高スループットのスクリーンの両方で、量的成長の表現型を収集するために適用することができ、高品質なワークフローです。それは、ロボット装置の要件を変えることで効果的に適用されるのに十分な柔軟性があります。 QFAワークフローの計算コンポーネントは、自由に利用できる、オープンソースコードに基づいています。

Disclosures

利害の衝突が宣言されません。

Acknowledgments

我々は感謝して我々の研究室とサポートと有益な議論のための高齢化と栄養(CISBAN)の統合システム生物学センターのすべてのメンバーを承認します。本研究では、バイオテクノロジー·生物科学研究会議(BBSRC)(BB/C008200/1)やウェルカム·トラスト(075294、093088)によりサポートされていました。

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Replica Plater Sigma R-2508 96 pin manual pintool with 1/8 " diameter pins
Mix Mate Eppendorf 5353 000.014
Biomek FX Beckman A31842
Teleshake Thermo Scientific 50095890 Installed on Biomek FX
BM3-SC S&P Robotics Inc BM3-SC 192 shelf rotating carousel
spImager S&P Robotics Inc spImager High resolution manual imaging
spImager with Cytomat S&P Robotics Inc Custom Temperature controlled automated high resolution imaging
Cytomat 6001 with heat exchanger Thermo Scientific 51022222 Attached to spImager
Ecoline RE207 Lauda RE207 Attached to Cytomat
spImager with carousel S&P Robotics Inc Custom Automated high resolution imaging
Robot pin tool fixture for FP12pins V&P Scientific AFIX96FP12 N/A
96 x FP12 pins V&P Scientific FP12 50.4 mm long, 17 mm exposed pin length
Docking Station for Pin Tool V&P Scientific VP425 Docking station base removed to allow fan drying of pins
Pin Cleaning Brush V&P Scientific VP425 N/A
Replica Plater Sigma R-2508 Manual pin tool
Nunc OmniTray with Lid Nunc 734-0490 N/A
96 well sterile polystyrene plates Greiner BioOne 655161 N/A
96 well sterile polystyrene lids Greiner BioOne 656171 N/A

Table 3. Specific reagents and equipment.

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References

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