Поражение Explorer: Видео наведением, стандартизированный протокол для точной и надежной МРТ-производных Volumetrics при болезни Альцгеймера и Нормальная Пожилые

Medicine
 

Summary

Поражение Explorer (LE) является полуавтоматический, изображение обработки трубопровода разработан для получения регионального ткани мозга и подкорковые гиперинтенсивности убытока Volumetrics от структурной МРТ болезни Альцгеймера и нормальной пожилых людей. Для обеспечения высокого уровня точности и надежности, следующий видео наведением, стандартизированный протокол для ручных процедур компании LE.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Ramirez, J., Scott, C. J., McNeely, A. A., Berezuk, C., Gao, F., Szilagyi, G. M., Black, S. E. Lesion Explorer: A Video-guided, Standardized Protocol for Accurate and Reliable MRI-derived Volumetrics in Alzheimer's Disease and Normal Elderly. J. Vis. Exp. (86), e50887, doi:10.3791/50887 (2014).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

Получение в естественных условиях Volumetrics человеческого мозга от МРТ часто осложняется различными техническими и биологических проблем. Эти проблемы усугубляются, когда значительная атрофия мозга и возрастные белые изменения веществ (например, Leukoaraiosis) присутствуют. Поражение Explorer (LE) является точной и надежной нейровизуализации трубопровод специально разработаны для решения таких вопросов обычно наблюдаемые на МРТ болезни Альцгеймера и нормальной пожилых людей. Трубопровод представляет собой сложный комплекс полуавтоматических процедур, которые ранее проверенных в серии внутренними и внешними испытаниями надежности 1,2. Тем не менее, точность и надежность компании LE сильно зависит от должным образом подготовленных ручных операторов для выполнения команд, определить четкие анатомические ориентиры, и вручную редактировать / проверить различные выходы сегментации машинно-генерируемые.

LE можно разделить на 3 основных компонентов, каждый из которых требует набор команд и ручной оперузаказчиком: 1) Мозг-Sizer, 2) SABRE, и 3) Поражение-Seg. Ручные операции мозга грохот относятся непосредственно редактирование автоматического черепа-лишен общего внутричерепного хранилище (TIV) экстракции маски, назначение желудочка цереброспинальной жидкости (vCSF), и удаления субтенториальных структур. Компонент SABRE требуется проверку выравнивания изображения по передней и задней спайки (ACPC) плоскости, и идентификацию нескольких анатомических ориентиров, необходимых для регионального выделения земельных участков. Наконец, компонент Поражение-Seg предполагает ручной проверки автоматического сегментации поражением подкорковых hyperintensities (SH) для ложноположительных ошибок.

В то время как обучение на месте трубопровода LE предпочтительнее, легко доступные инструменты визуального обучения с интерактивными учебными изображений являются жизнеспособной альтернативой. Разработано для обеспечения высокой степени точности и надежности, следующий шаг за шагом, видео наведением, стандартизированный протокол для ручных процедур компании LE.

Introduction

Анализ мозга изображение является развивающейся области неврологии требует квалифицированного операторов с высокой степенью вычислительной и нейроанатомической компетенции. Для того чтобы получить количественную информацию от магнитно-резонансной томографии (МРТ), квалифицированный оператор часто требуется для реализации, мониторинга и редактировать, машинно-генерируемые выходы изображений, полученные от сырьевых магнитно-резонансную томографию. В то время как многие «полностью автоматические« инструменты визуализации находятся в свободном доступе через интернет, точность и надежность сомнительна при применении оператором начинающего хватает знаний, обучение и знакомство с загруженного инструмента. Хотя обучение на месте является наиболее предпочтительным подход к обучению, презентация видео наведением, стандартизованного протокола является хорошей альтернативой, особенно если они сопровождаются обучающего множества изображений. Кроме того, обучение набор изображений могут быть использованы для мер по контролю качества, таких как тест надежности между оценщик пределы участка.

Чallenges из разработки трубопровода обработки изображений, в частности, при изучении старения и болезни Альцгеймера (AD), включают в себя широкий спектр технических и биологических проблем. Хотя некоторые технические вопросы решаются с пост-обработки алгоритмов коррекции 3, изменчивости из-за индивидуальных различий и патологических процессов ввести более сложные препятствия. Атрофия мозга и расширение желудочков может уменьшить жизнеспособность регистрации деформации и шаблон сопоставления подходов. Наличие возрастного белого вещества изменения 4 и малых болезнь судна 5,6, наблюдается как подкорковых hyperintensities (SH) 7,8, кистозные заполненных жидкостью лакунарными, как инфаркты 9,10 и расширенными периваскулярных пространств 11,12, далее осложнить алгоритмы сегментации. В случаях значительного белого вещества болезни, один сегментация T1 может привести к завышению серого вещества (ГМ) 13, который может быть устранен только с дополнительным себеgmentation использованием плотности протонов (PD), T2-взвешенных (T2), или жидкости ослабленный инверсии восстановления (FLAIR) изображения. В свете этих проблем, поражений Explorer (LE) обработки изображений трубопровода реализует полуавтоматический три-функцию (Т1, PD, Т2) подход, используя обученных операторов на определенных этапах, когда вмешательство человека предпочтительнее 1,2.

Извлечение мозга (или череп зачистки), как правило, одним из первых операций, выполняемых в нейровизуализации. Учитывая это, точность общего внутричерепного хранилище (TIV) процесса экстракции существенно влияет последующие операции дальше по трубопроводу. Значительное над-эрозии, что приводит к потере мозга, может привести к переоценке атрофии мозга. Кроме того, значительная под-эрозии, в результате включения твердой мозговой оболочки и других nonbrain вещества, может привести к инфляции объемов головного мозга. Мозг-Sizer компонента адреса компании LE многие из этих вопросов с помощью три-функцию (T1, T2, и PD) подход к генерациимаска TIV, что дает превосходные результаты по сравнению с методами одной возможности 1. Кроме того, автоматически генерируется ТИВ маска вручную проверены и редактировать с помощью стандартного протокола, который идентифицирует регионы, восприимчивых к черепа зачистки ошибок. После экстракции мозга, сегментация выполняется на череп-лишен T1, где каждый воксела мозг, назначенного 1 из 3 этикетки: GM, белого вещества (WM), или спинномозговой жидкости (CSF). Сегментация осуществляется автоматически с помощью надежной построения кривых алгоритм применяется к глобальным и местным гистограмм интенсивности; Техника, разработанная для решения интенсивности неоднородности артефакт и пониженную расстояние между ГМ и WM амплитуды интенсивности в тех случаях, AD 14.

Компонент Мозг-Сайзер также включает процедуры для ручного назначения желудочков и удаления субтенториальных структур. Сегментация желудочка CSF (vCSF) особенно важно, поскольку размер желудочка является широко используемым Biomarкег для AD слабоумия 15. Кроме того, разграничение желудочков и сосудистого сплетения важно для правильной идентификации перивентрикулярном hyperintensities (pvSH), который, как полагают, отражают форму болезни мелких сосудов, характеризующееся венозной коллагеноза 5,16,17. Использование T1 для справки, руководство переобозначением CSF вокселей в vCSF осуществляется с ручных операций FloodFill на сегментированной изображения. Как правило, боковые желудочки легче отличить от sulcal CSF. По этой причине, рекомендуется начать floodfilling в осевом зрения, начиная с высших ломтиками и перемещение книзу. Медиальные части системы желудочка, в частности, 3-го желудочка, труднее очертить и дается специальные правила анатомии на основе которых, изложенные в руководстве. Последним шагом мозга грохот включает удаление ствола мозга, мозжечка и других субтенториальных структуры, с использованием ручных процедур трассировки, описанные в дополнительном множество Ое анатомии на основе стандартных протоколов.

Компонент полуавтоматических Мозг Регион Добыча (SABRE) является процедура выделения земельных участков нефтепровода. Этот этап требует обученных операторов выделить следующие анатомические ориентиры: передний и задний спайки (AC, ПК); заднего края головного мозга; Центральный канал; середине сагиттальной плоскости; предзатылочный вырезка; затылочно-теменной борозды; Центральная борозда, и; Sylvian трещина. На основе этих координатах знаковых, Talairach, как 18 сетка генерируется автоматически и региональных выделения земельных участков осуществляется 19. Ориентиры легко идентифицируются на ACPC выровненных изображений, которые генерируются автоматически и вручную проверить перед процедур межевание SABRE.

Компонент Поражение-Seg является завершающим этапом трубопровода, где идентификация SH и количественное осуществляется. Первоначальная автоматическая сегментация SH реализует сложный алгоритм, который включает PD/T2-based SH segmentation, нечеткие с-средства маскировки, и желудочковая дилатация. Эти операции приводят к автоматически генерируемым поражения сегментации маски, что вручную проверить и редакцией для ложных срабатываний и других ошибок. Как гиперинтенсивным сигнал на МРТ может быть результатом непатологических источников (например артефактов движения, нормальная биологии), надлежащее обучение требуется для точной идентификации соответствующего SH.

Конечным результатом трубопровода LE является всеобъемлющим объемный профиль, содержащий 8 различных тканей и пораженной Volumetrics которые parcellated на 26 SABRE областях головного мозга. Для получения между оценщик критерий надежности отдельного оператора за пределы участка, рекомендуется выполнить полное LE газопровода по обучающей предоставленный с программным обеспечением (http://sabre.brainlab.ca). Используя объемные результаты, среди класса коэффициент корреляции (ICC) 20 Статистика может быть рассчитана для каждого класса ткани (GM / WM / CSF) в каждом SABRE регионе. Использование segmentatioн изображения, Индекс Сходство (СИ) 21 Статистика может быть рассчитана, чтобы оценить степень пространственной сравнения. Кроме того, надежность внутри оценщик может быть оценена по результатам того же оператора, после краткого периода времени прошло между 1-й оператора и 2-й сегментации правок. При условии, что оператор пределы участка придерживается именования файлов, изложенных в руководстве LE, статистика надежности можно рассчитать за пределы участка с использованием самых основных пакетов статистического программного обеспечения. Учитывая это контроль качества и видео наведением стандартизированный протокол, операторы вне площадки могут иметь большую уверенность, что трубопровод LE применяется точно и надежно.

Protocol

1. Мозг-Сайзер Компонент

1.1 Всего внутричерепного Vault Добыча (TIV-E)

  1. Открыть ИТК-SNAP_sb, нагрузка T1 Нажмите: File -> Open черно-белое изображение -> Обзор -> перейдите в каталог, выберите пункт -> Image -> Открыть -> Далее -> Готово.
  2. Нажмите плюсик рядом с осевой зрения, чтобы увеличить.
  3. Выключите (или на) перекрестье с ключом 'X'.
  4. Щелкните правой кнопкой мыши и перетащите мышь вверх, чтобы увеличить мозг в окне, пока не вписывается без маленькой коробке появляться в нижнем левом углу.
  5. Отрегулируйте интенсивность, нажав: Инструменты -> Контрастность, затем перетащите среднюю точку вверх и немного влево, пока изображение не осветляет до соответствующего уровня, Вблизи.
  6. Нагрузка TIV-E наложения, нажав: Сегментация -> Загрузка с картинки -> Обзор -> Выбрать TIVauto -> Открыть -> Далее -> Готово.
  7. Начните редактирования TIVauto ...
  8. Нажмите Кисть -> Выбрать тур -> Настроить размер по мере необходимости.
  9. Чтобы вернуть цветных областей Tiv или ВНИМАТЕЛЬНО вернуть noncolored области используют кисть, чтобы перекрасить маски TIV.
  10. Чтобы отменить Картина кисти инсульт, использовать <CTRL+Z> или нажмите 'Undo' (слева).
  11. Переключить TIVauto вкл / выкл, нажав 'S', чтобы проверить, что ткани мозга соответствующим плен.
  12. Чтобы удалить / удалить TIVauto замаскировать, если он более-захватов nonbrain ткани щелкните правой кнопкой мыши, используя "Кисть".
  13. Используйте кисть и щелкните левой кнопкой мыши, чтобы перекрасить TIVauto маску.
  14. Проверьте каждую кусочек тщательно, чтобы удостовериться только мозг, на этикетки 1 (зеленый) и все nonbrain ткань некоторые этикетки, кроме 1 (или не цветной вообще).
  15. Отбить ТИВ по мере необходимости, и удалять ТИВ по мере необходимости.
  16. Для повышенной ломтики убедиться, что все под твердой мозговой оболочкой хранится для учета CSF.
  17. Если это гifficult рисовать, использовать замкнутый многоугольник инструмент: Левая кнопка для добавления точек на полигон и правой кнопкой мыши, чтобы закрыть его, так что все содержащиеся внутри полигона является то, что изменение, затем нажмите кнопку "Принять" в нижней части, или если трассировка является ошибочной, нажмите кнопку "Удалить". Изменения Polygon может быть отменено, нажав отменить или <CTRL+z>. См. рисунок 1.
  18. Когда удовлетворены Tiv модификаций нажмите: Сегментация -> Сохранить как изображение -> и изменить имя файла заканчивается на "TIVauto" в TIVedit ", чтобы указать, что это" Готово ", затем нажмите кнопку" Сохранить "(например <name> _TIVedit.).

1.2 желудочков Перераспределение

  1. Загрузите T1_IHC.
  2. Отрегулируйте интенсивность.
  3. Выключите перекрестье (х).
  4. Выберите только осевую изображение, чтобы посмотреть, нажав на знак плюса рядом с осевой окне.
  5. Увеличение (правый клик и перемещение).
  6. Загрузите <name> _seg изображение на Т1, выбрав segmentatioн -> Загрузка с картинки -> Обзор -> <name> _seg -> Далее -> Готово.
  7. Отрегулируйте рисования метки для соответствующих цветов, через редактор этикеток.
  8. Изменение цвета таким образом, что 5 является фиолетовый, 7 пурпурный и 3 & 4 являются чем-то легко отличить от остальных (например, рисунке 2 показано 3 = WM изменится на синий, и 4 = GM изменение желтый). Примечание: цвета могут быть любыми.
  9. Переназначение vCSF при помощи функции FloodFill. См. Рисунок 2.
  10. Поднимитесь ломтики через мозг, чтобы определить наиболее высокую кусочек с желудочка и начать там.
  11. Нажмите FloodFill инструмент, Выбрать 'активный чертеж ярлык' = 7 и 'Рисуем над' = 5.
  12. Переключение вперед и назад между "Floodfilling» и границы чертежа, нажав пробел. Ограничения используются для предотвращения FloodFill от заполнения определенных областей желудочка, которые считаются перивентрикулярные черные дыры или часть белого вещества hyperintensities.
  13. Wкурица floodfilling, зеленый наконечник стрелка видна, и когда готовы установить предел, красный кончик стрелки будет видно.
  14. Чтобы заполнить, просто щелкните левой кнопкой мыши. Вниз кусочек, и повторять по мере необходимости. Используйте пределы, необходимые для предотвращения floodfilling из nonventricle регионах.
  15. Если floodfilling операции неверны, просто нажмите кнопку "Undo", или повернуть вспять "Active рисования метку 'и' Рисуем над" цвета.
  16. Заполните все воксел, который подключается к желудочка, зная, что не заполнять так же важно, как знать, что для заполнения.
  17. Продолжать движение вниз, пока 3-й желудочек не открывается в quadrigeminal цистерны и установить предел на заднем краю quadrigeminal бачком, пока задняя спайка не отделяет третий желудочек от quadrigeminal бачком.
  18. Ограничение необходимо, если задняя спайка не полностью видны и не создает замкнутое пространство. Как только задняя спайка создает замкнутое пространство, прекратите измененных этикеток четвернойrigeminal бачок.
  19. Ограничения также может быть необходимо, если передняя спайка не заключите 3-й желудочек.
  20. Стоп заполнения 3-й желудочек, как только ножки мозга четко видны на Т1, а центральный канал круглая.
  21. Ограничения также может быть необходимо с передней части боковых желудочков вокруг ствола мозга, если они появляются, чтобы подключиться к sulcal CSF.
  22. Используйте T1 в качестве руководства о том, что для заполнения, а что нет, чтобы заполнить для височные боковых желудочков (Переключить сегментации и выключается с 'S' ключа).
  23. Когда закончите, сохраните сегментацию как '<name> _seg_vcsf ", нажав: Сегментация -> Сохранить как изображение->, а затем добавить _vcsf после <name> _seg -> Сохранить.

1.3 Удаление ствола мозга, мозжечка и субтенториальных структур

  1. Выберите 'Polygon инструмент' из верхнего левого меню.
  2. Переключить сегментация прочь.
  3. Выделите первый срез, на котороммозжечок начинается (если ствол мозга отделяет до начала мозжечок, см. исключения из правил).
  4. Выберите 'активность рисунок этикетки' = 'Ясно ярлык' и 'Ничья над' = 'все этикетки ".
  5. Эти активные заимствования этикетки существенно удаляет данные с сегментации изображения, поэтому будьте осторожны. Отменить (Ctrl + Z) по-прежнему работает, но только для ограниченного числа шагов назад.
  6. Щелкните левой кнопкой мыши, чтобы нарисовать многоугольник над твердой мозговой оболочкой, окружающей мозжечок, и вдоль основания ствола мозга через двухолмия. Щелкните правой кнопкой мыши, чтобы закрыть полигон.
  7. Нажмите на кнопку "Принять", чтобы "Удалить", что область сегментации, которые теперь будут показывать T1 под не указав, что он больше не включается в сегментации.
  8. Перейти к следующему ломтик вниз и повторите. Всегда делайте обводка на Т1, никогда на сег.
  9. Как только ножки мозга расходятся, начинают также удаления ствол мозга и спинной мозг.
  10. На переднем аспект, проследить непосредственно через зазор. После того, как существует четкая дурального линия в антеRIOR конец орбитофронтальной (как правило, ниже уровня гипофиза, начать отслеживание арку вдоль этой твердой линией).
  11. Как только затылочная доля отделяется от височной доли, убедитесь, что трассировка выходит из центра, чтобы удалить оставшиеся 'Junk' в этом регионе. См. Рисунок 3.
  12. В какой-то момент, рисовать полигоны, так что они только сохранить то, что требуется, вместо удаления, что не является необходимым, с помощью опции «нарисовать перевернутый" (в то время как со ссылкой на сег, чтобы помочь в отслеживании).
  13. Если только височные доли остаются, просто нарисуйте большой поли вокруг мозжечка и удалить это.
  14. Если он уверен, что многоугольник будет содержать только мозжечок в последующем ломтик ниже, используйте кнопку "Вставить", чтобы вставить на предыдущей трассировки и использовать его для удаления мозжечка.
  15. После того, как мозжечок все, что осталось на изображении, вставьте большой трассировки вниз каждый кусочек и "принять", чтобы удалить его, пока не будет не более мозжечок в имвозраст.
  16. Теперь прокрутки вверх через срез изображения с помощью ломтик проверить, что только части сегментации, которые остаются супратенториальные.
  17. Когда закончите, сохраните сегментацию как <имя _seg_vcsf_st ', нажав: Сегментация -> Сохранить как изображение->, а затем добавить' _vcsf_st 'после' _seg '-> Сохранить.

2. SABRE Компонент

2.1 ACPC Выравнивание

  1. Откройте ИТК-SNAP_sb.
  2. Нагрузка 'T1_IHCpre_iso', как описано в Brain-Sizer руководства.
  3. Отрегулируйте интенсивность, как описано в Brain-Sizer руководства.
  4. Выберите "Навигация инструмент 'из верхнего левого меню.
  5. Затем нажмите на "ACPC Alignment Tool".
  6. Загрузить "T1_IHCpre_toACPC.mat" матрица файл, используя опцию загрузки в нижнем левом углу.
  7. Увеличение к изображению, щелкнув правой кнопкой мыши на вид осевого и перемещая мышь вверх.
  8. Измените положение мозга в окне (отдельно от масштабирования) щелчком левой кнопки мыши на тон образ и перемещая мышь вокруг к лучшему центра увеличенном виде. Также отрегулируйте сагиттальной и корональной взгляды. Убедитесь, что сагиттальный вид близок к середине сагиттальной.
  9. Нажмите на кнопку 'ACPC инструмента ".
  10. Измените приращение на 1.
  11. Проверьте тангаж, крен и рыскания определяется матрицей файла T1_IHCpre_toACPC.mat, при необходимости изменить.
  12. Чтобы найти ACPC самолет, вполне вероятно, необходимо для увеличения тесно использования навигатора. В любой момент, переключаться между навигационной инструмента и инструмента ACPC (для регулировки вид), и инструмент ACPC будет держать позицию и вернуть его в прежнее положение. При переключении между этими взглядами, изображение изменится взад и вперед, но это нормально.
  13. Используя шаг вверх / вниз и поднять вверх / вниз, отрегулируйте осевой вид так, что кондиционер находится в самом толстом (хороший U-форма белого вещества волокон), и ПК прямо, что должно в конечном итоге формирование хороший "ключ дыра» форма.
  14. AC-PC следует такжебудет видно с перекрестье, проходящих непосредственно через обе переменного и ПК на середине сагиттальной зрения.
  15. Не настроить высоту дальше, как только этот кусочек был определен. Тем не менее, «Elevate" функция может быть использована для перемещения вверх и вниз по изображению, не теряя ACPC кусочек.
  16. Теперь настроить рулон, балансируя под завязку в виде осевой. Отрегулируйте вид использования навигатора, чтобы принести глазные яблоки в в поле зрения, а затем вернуться к "ACPC" инструмента.
  17. Используйте 'Roll' влево или вправо, чтобы убедиться, что глазные яблоки выглядят равномерно сбалансированной (такой же размер с обеих сторон) при прокрутке изображений один ломтик в то время, с помощью 'поднять', убедившись, что для регулировки рулон по мере необходимости. См. рисунок 4.
  18. После того, как добиться нужного баланса, Не регулируйте 'Roll' дальше.
  19. Теперь перейти на срез выше желудочков и мозолистого тела в осевом (с помощью 'поднять', или нажав перекрестье на этом уровне с помощью 'NavigatioN ') и поместите перекрестие, близкие к центру мозга в осевом.
  20. Отрегулируйте 'Yaw', убедившись, что вертикальная перекрестие проходит непосредственно (или как можно ближе) через середины сагиттальной плоскости в представлении осевой. Иногда это может быть трудно получить самолет идеально выстраиваться за счет естественного искривления мозга у полюсов - создать наилучшего возможного.
  21. После того, как удовлетворены положением, Не регулируйте "рыскания" дальше.
  22. Теперь поместите перекрестие таким образом, что осевая часть чуть выше желудочков.
  23. Это должно быть примерно там, где это было с предыдущей стадии.
  24. Теперь нажмите: Сохранить (убедитесь, что имя файла 'T1_IHCpre_toACPC.mat') -> OK.
  25. ПРИМЕЧАНИЕ: Если "T1_IHCpre_toACPC.mat" матрица файл не требует модификации просто закрыть без сохранения.
  26. Если изменения были внесены в файл матрицы, сэкономить более "T1_IHCpre_toACPC.mat" матрицу файл или сохранить новый файл матрицы и удалить "T1_IHCpre_toACPC.mat" файл матрицы.следующая команда не будет работать правильно, если есть более 1 матрица файл.

2.2 SABRE Ориентир Идентификация

Часть 1 - сетки Координаты файла

  1. Нагрузка в <имя __T1_IHC_inACPC ".
  2. Отрегулируйте интенсивность.
  3. Выключите перекрестье (х).
  4. Увеличение к изображению, пока не заполнит каждое окно (щелкните правой кнопкой мыши и перетащить перекрестье инструмента).
  5. При необходимости отрегулируйте центр зрения осевой, с навигационной инструмента (возможно, потребуется сделать несколько раз во время процедуры).
  6. Нажмите на '2 D-сабли земельного маркировка инструмента.
  7. В осевом прокрутку вверх через изображений / мозга, пока вы не найдете ACPC кусочек.
  8. Нажмите кнопку-переключатель 'AC' слева, чтобы выбрать этот ориентир для определения, а затем нажмите на AC по мнению осевой.
  9. Маленькая точка появится на месте вы щелкнули, и связанный с ним вехой координат теперь появится рядом с кнопкой "AC 'слева.
  10. В случае если размещение не desirablе, нажмите еще раз, и точка будет обновлять (это относится к любой точке во время создания файла сетки).
  11. Нажмите кнопку-переключатель 'PC' слева и нажмите кнопку на ПК на осевой изображения.
  12. Нажмите кнопку-переключатель 'PE', чтобы определить заднего края мозга на ту часть, а затем нажмите на самой задней части мозга, либо слева или справа - это заполняет значения для 'корональной ломтик', который будет использоваться на мгновение. См. Рисунок 5.
  13. Нажмите кнопку-переключатель 'CA', чтобы определить центральный канал. Прокрутите 10 ломтиков от текущего вида осевой и нажмите центре центрального канала. Это заполняет значение для 'сагиттальной ломтик », который будет использоваться теперь в качестве отправной точки, для которой необходимо найти середине сагиттальной плоскости.
  14. Нажмите на переключатель "М" для определения среднего сагиттальной плоскости.
  15. В сагиттальной зрения, прокрутки влево и вправо несколько ломтиков для определения, какая секция имеет наименьшее количество мозга и максимальное количество Oе серп Cerebri. Она должна быть в пределах 2 или 3 ломтика стоимости, определенной из центральной точки канала.
  16. Щелкните в любом месте в середине сагиттальной ломтик и это число ломтик будут введены слева рядом с 'M'.
  17. Нажмите на кнопку радио "LPRON 'определить левую предзатылочный ступеньку выше. В корональной зрения, выделите ломтик указанному рядом с "корональной ломтик».
  18. Кликните на наиболее низшей части мозга для левого полушария, что появляется в правой стороне изображения (радиологического конвенции).
  19. Нажмите на кнопку радио "RPRON 'определить правое полушарие, и нажать на наиболее низкого части левой стороне изображения (радиологическое Конвенции).
  20. Значения рядом с LPRON и RPRON теперь должны быть заполнены, и должны быть в течение нескольких точек друг от друга.
  21. Файл сетки теперь готов быть сохранены. Нажмите: Сохранить -> _T1_IHC_inACPC_lobgrid.txt.

Создание объектов Карта - Часть 2

  1. Afteсоздание т файл сетки, следующим этапом является создание первых 4 начертаний объекта карте. Все эти четыре обводка выполняются в сагиттальной плоскости. Ломтики для отслеживания предопределены и на основе срединной линии среза выбранного на предыдущих этапах.
  2. Нажмите на кнопку радио "РКК" определить правильный превосходную центральной борозды. Перейти в ломтик указанного рядом с "правой сагиттального среза. Левая и правая сагиттальной ломтиками, на котором будет производиться обводка: 7 ломтики пригородных сагиттально от средней линии на каждой стороне.
  3. Нажмите точку непосредственно над центром центральной борозды, в твердой мозговой оболочки. Центральная борозда на этом срезе обычно появляется в виде небольшого отступа, и чаще всего первым борозда впереди предельной (по возрастанию) филиала поясной борозды. Прокрутку влево или вправо, чтобы подтвердить местоположение ориентир, но трассировка всегда должно быть сделано на соответствующую сагиттальной среза. Reclicking переедет ориентир.
  4. Нажмите на кнопку 'РН "радИо кнопку, чтобы определить правильный затылочно-теменной борозды. Это борозда / отслеживания трасс от твердой мозговой оболочки к Тенториум мозжечка.
  5. Теперь инструмент сплайн позволит борозды трассировку. Щелкните левой кнопкой мыши, чтобы создать новые точки вдоль нее, и щелкните правой кнопкой, чтобы заблокировать его, а затем нажмите кнопку Принять. Модификации или функции 'Undo' не может быть выполнена, если есть ошибки, сделанные в ходе трассировки. Однако, как только "правой кнопкой мыши" действие выполняется для завершения трассировки, выберите "Удалить", чтобы повторить трассировку.
  6. Когда трассировка будет завершена, выберите "Принять", чтобы зафиксировать его дюйма
  7. Сделайте то же самое для левой стороны на соответствующем срезе, определение "LSC" и "LOP '.
  8. Нажмите: Сохранить (под объект карте) -> _T1_IHC_inACPC_lobtrace.obj.

Часть 3 - Поверхностные Предоставляемые Прориси

  1. Выгрузка предыдущие изображений (или закрытого и открытого ИТК-SNAP_sb снова) и загрузить в <name> _T1_IHC_erode_inACPC изображения.
  2. Кликните на 3D SABRE межевание инструмента (окно ыhould увеличить, чтобы показывать только 1 область).
  3. Нажмите "левый" под 3D Точка зрения, чтобы показать левую оказана вид (в радиологической конвенции, в результате чего влево и вправо меняются местами, так что он появится, как будто это правое полушарие).
  4. Нагрузка в объект трассировки из предыдущего шага, нажав: Load -> Выберите <имя _T1_IHC_inACPC_lobtrace.obj "(ПРИМЕЧАНИЕ: ошибка в программе автоматически пытается предвидеть загрузке нужный файл, но это неправильно вводит 'подорвать' в файле OBJ назвать Пожалуйста, выберите Обзор и затем выберите <name> _T1_IHC_inACPC_lobtrace.obj Ошибка при загрузке объект карты трассировка. 'для загрузки В противном случае сообщение об ошибке будет отображаться,.': Файл не может быть открыт для чтения ").
  5. Чтобы отрегулировать качество визуализации, нажмите: 'Guess', чтобы программа догадываться лучших показателей в использовании.
  6. Нажмите кнопку-переключатель "LSF" подготовить проследить Слева сильвиевой щели.
  7. Теперь нажмите кнопку "Landmark" в нижней части 3D визуализации окна бегин межевание / отслеживания (вы можете переключаться это и выключать с помощью ключа "х").
  8. Среди прочих в отслеживании могут быть добавлены, когда кнопка "Ориентир" находится в тени зеленых.
  9. Когда "Ориентир" не выбран, любой вход мыши будет вращать мозг изучить его под другим углом. ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ: Только проследить вехи в то время как в прямой 'левый' или "правый" ориентации на reclicking на левой или правой 3D кнопки точки зрения.
  10. Увеличение или из образа, щелкнув правой кнопкой и перетаскивание, когда "Ориентир" не выбран.
  11. Каждое нажатие будет добавить точку к линии.
  12. Начать трассировку сильвиевой щели от начальника до заднего конца, в точке, в которой она раздваивается в небольшой восходящей и нисходящей ветвей.
  13. Продолжить прослеживая Sylvian вниз верхней стороны височной доли, пока он не замолкает конец.
  14. Если допущена ошибка, просто нажмите кнопку "Undo 'двигаться в обратном направлении шаг за шагом (или нажмите Ctrl + Z).
  15. После того, как удовлетворенытрассировки, нажмите на кнопку "Принять", чтобы заблокировать в отслеживании. См. Рисунок 5.
  16. ВАЖНО: Если повтор требуется для одного из начертаний, сначала установите переключатель (слева) от неправильной трассировки. Затем нажмите "SABRE3D 'в строке меню в верхней и выберите" Удалить текущую Принято Tracing. Если в какой-то момент все ваши начертаний требуют удаления, нажмите на кнопку "Удалить все принятые обводка" из этого выпадающего меню.
  17. Теперь нажмите кнопку радио "LC", чтобы проследить Слева центральной борозды.
  18. Начните от нижнего конца в точке сильвиевой щели прямо под прекращении борозды.
  19. Линия позволит только выше и задней движение побуждений программу предотвращает размещения точки, которые находятся впереди любой из предшествующих моментов.
  20. Закончить прослеживая борозды на верхнем конце, пока это не трудно следовать кривизну мозга.
  21. После завершения, нажмите кнопку "Принять", чтобы заблокировать его дюйма
  22. Теперь нажмите на кнопку «право» недеформированнойг '3 D Точка зрения »и повторите шаги для правой сильвиевой щели и центральной борозды.
  23. Не забудьте нажать на кнопку радио "RSF" проследить правильный сильвиевой щели, и нажмите переключатель "RC" проследить правильный центральной борозды, нажав кнопку "Принять", после каждого трассировки завершена.
  24. После того как все обводка будут завершены, нажмите: Сохранить -> Обзор -> выберите <имя _T1_IHC_erode_inACPC_lobtrace.obj '.
  25. Закройте ИТК-SNAP_sb.

3. Поражение-Seg Компонент

3.1 Для сканов с PD/T2 (без FLAIR)

  1. Открыть ИТК-SNAP_sb, нагрузка <name> T1_IHC, <name> _PD_inT1_IHC, <name> _T2_inT1_IHC, Нажать: File -> Open черно-белое изображение -> Обзор -> перейдите в каталог, выберите пункт -> Image -> Открыть -> Далее -> Готово.
  2. Нажмите плюсик рядом с осевой зрения, чтобы увеличить.
  3. Выключите перекрестье (х).
  4. Увеличение (правый клик и перемещение).
  5. Отрегулируйте интенсивностьнажав: Сервис -> контрастность изображения, а затем перетащить среднюю точку вверх и немного влево, пока изображение не осветляет до соответствующего уровня, Закрыть.
  6. Нагрузка поражение-сегмента на PD_inT1_IHC нажав: Сегментация -> Загрузка с картинки -> Обзор -> Выберите <name> _LEauto -> Открыть -> Далее -> Готово.
  7. Отрегулируйте интенсивность всех 3 изображения, как описано в Brain-Sizer руководства.
  8. Нажмите на кисть инструмент, Выбрать 'активный чертеж ярлык' = 2 и "Ничья над '= видимые надписи.
  9. Используйте T1, PD и Т2 сообщить решение о том, что, чтобы захватить как поражения.
  10. Используйте кисть инструмент рисовать этикетку 2 над меткой 1 для обозначения убытока (положительные) (Переключить сегментация и выключать с 'S' ключа).
  11. Используйте кисть инструмент рисовать этикетку 1 над этикетки 2 для обозначения ложных срабатываний. См. Рисунок 6.
  12. Когда удовлетворены поражения-сегмент изменений нажмите: Сегментация -> Сохранить как изображение -> и изменить имя файла, заменив "авто" с "редактировать"в конец файла, чтобы указать, что это "Готово", затем нажмите кнопку "Сохранить" (т.е. <name> _LEedit)

ПРИМЕЧАНИЕ: Метка 2 (цвет по умолчанию RED) используется для обозначения поражения.

3.2 Для сканов с талантом изображений

  1. Открыть ИТК-SNAP_sb, загрузить <name> _FL_inT1_IHC Нажмите Файл -> Открыть изображение в градациях серого -> Обзор -> перейдите в каталог, выберите пункт -> Image -> Открыть -> Далее -> Готово.
  2. Нажмите плюсик рядом с осевой зрения, чтобы увеличить.
  3. Выключите перекрестье (х).
  4. Увеличение (правый клик и перемещение).
  5. Отрегулируйте интенсивность, нажав: Инструменты -> Контрастность, затем перетащите среднюю точку вверх и немного влево, пока изображение не осветляет до соответствующего уровня, Вблизи.
  6. Нагрузка поражение-сегмента на FL_inT1_IHC нажав: Сегментация -> Загрузка с картинки -> Обзор -> Выберите <name> _FLEXauto -> Открыть -> Далее -> Готово.
  7. Отрегулируйте интенсивность, как описаног в мозг-Sizer руководства.
  8. Нажмите на кисть инструмент, Выбрать 'активный чертеж ярлык' = 2 и "Ничья над '= видимые надписи.
  9. Используйте ФЗ (использование T1, PD, T2 при необходимости), чтобы сообщить решение о том, что, чтобы захватить как поражения.
  10. Используйте кисть инструмент рисовать этикетку 2 над меткой 1 для обозначения убытока (положительные) (Переключить сегментация и выключать с 'S' ключа).
  11. Используйте кисть инструмент рисовать этикетку 1 над этикетки 2 для обозначения ложных срабатываний. См. Рисунок 7.
  12. Когда удовлетворены поражения-сегмент изменений нажмите: Сегментация -> Сохранить как изображение -> и изменить имя файла, изменяя "авто", чтобы "изменить", чтобы указать, что это "Готово", затем нажмите кнопку "Сохранить" (т.е. <name> _FLEXedit ).

ПРИМЕЧАНИЕ: Метка 2 (цвет по умолчанию RED) используется для обозначения поражения.

Representative Results

Надежность Интер-оценщик можно оценить, используя несколько показателей. С помощью набора обучения, предоставляемого онлайн ( http://sabre.brainlab.ca ), следующие шаги рекомендуется оценивать надежность между оценщик для каждого из этапов обработки после завершения LE.

Мозг-Сайзер:
Для оценки между оценщик надежность процедур извлечения мозга, генерировать Volumetrics для каждого TIV-E масок, <name> _TIVedit, с помощью команды <img_count>. Введите эти Volumetrics в статистической программного пакета (например, SPSS), наряду с TIVedit Volumetrics предусмотренных для каждого из обучающего множества (см. Excel / CSV-файл, предоставляемый онлайн) и рассчитать между оценщик коэффициент корреляции (ICC). Целые Volumetrics мозга для внутренних подготовленных рейтинговых агентств получим сообщили ICC = 0,99, р <0,0001 1,2. Кроме того, оценка пространственного соглашения о маскировке ТИВ можно оценить, используяС.И. 21. MATLAB код предоставляется онлайн для вычисления значений СИ между двумя рейтинговыми агентствами.

Для оценки желудочка переназначение, генерировать объемы vCSF с помощью команды <img_count> для каждого из сегментации файлов с vCSF вокселов изменено, то есть. <name> _ seg_vcsf. Объем vCSF это значение у ряда '7 'в колонке под названием "объем". Используя те же процедуры для оценки TIV надежность между оценщик, рассчитать МУС и SI для vCSF.

Удаление ствола мозга, мозжечка и субтенториальных структур можно оценить так же, выполнив команду <img_count> на <name> _seg_vcsf_st. Объемы, используемые для этой сегментации маски показаны на втором последнем ряду под названием «общее количество ненулевых вокселей: 'под' объема '(последняя колонка справа). Используя те же процедуры для оценки ТИВ и vCSF, рассчитать МУС и SI для этого маскировки процедуры, применяемыеповторно используя Volumetrics в файле первенствовать, предусмотренные и <name> файлы _seg_vcsf_st.

SABRE:
В то время как ручные процедуры мозга грохот можно легко оценить с использованием стандартных показателей, выравнивание ACPC несколько сложнее. По этой причине, матричные файлы предоставляются сравнить визуально для подготовки операторов за пределами площадки. После завершения выравнивания ACPC, открыть новое окно ИТК-SNAP_sb, загрузить изображение T1, а затем загрузить матрицу для случая подготовки предоставленной на сайте, <name> _T1_IHCpre_toACPC.mat, и визуально сравнить килевой и бортовой качки рыскания и ACPC ломтик между двумя изображениями.

Для оценки процедуры SABRE межевание, запускать <img_count> на parcellated маски, <name> _SABREparcel_inACPC для каждого учебного случае. Введите Volumetrics для каждого региона (3-28). SABRE коды регионов предусмотрены в Интернете. Используя те же процедуры для оценки ТИВ и vCSF, рассчитать МУС для каждого региона мозга SABRE.SABRE parcellated региональных Volumetrics для внутренних подготовленных рейтинговых агентств получить данные о средних МКК = 0,98, р <0,01, со значениями ICC, начиная от 0.91-0.99 1,2.

Поражение-Seg:
Как этот компонент является завершающим этапом трубопровода LE, надежность и точность будет зависеть от предшествующих этапов.

Интер-оценщик надежность SH сегментации осуществляется с использованием региональной МУС Ш. объемов и пространственное согласие SH масок. Для оценки региональных томов SH, запускать <SH_volumetrics>, ввод и файл lobmask в пространстве T1-приобретения, <name> _SABREparcel и окончательный отредактированный поражения сегментации файл, <name> _LEedit. Используя те же процедуры для оценки SABRE Volumetrics, рассчитать МУС для объемов поражения в каждом регионе мозга SABRE. Используя те же процедуры для оценки пространственного согласие процесса маскирования ТИВ, рассчитать SI для заключительных редакцией поражения масок, <name> _LEedit (или FLEXedit). Те же самые тесты надежности может быть выполнена на обоих PD/T2-based сегментации и FLAIR основе сегментации.

3D T1 PD/T2
Параметры обработки изображений Осевая Объем СБ (S 1) SPGR Осевая спин-эхо ФК ВЭМЗ В.Б. (чередование)
Пульс Ремень
TE (мс) 5 30/80
TR (мс) 35 3000
Флип обзора (°) 35 90
TI (мс) N / A N / A
Сканирование Диапазон
Поле зрения (см) 22 20
Толщина среза (мм) 10,2 / 0 3/0
Кол-фрагменты 124 62
Приобретение
Размер матрицы 256 х 192 256 х 192
Размер Voxel (мм) 0,86 х 0,86 х 1,4 0,78 х 0,78 х 3
NEX 1 0.5
Общее время (мин) 11:00 12:00

Таблица 1. General Electric 1.5T Структурные МРТ параметры измерения.

<TD> Осевая T2Flair, EDR, БЫСТРО
3D T1 PD/T2 FLAIR
Параметры обработки изображений Осевая 3D FSPGR EDR ИК Prep Осевая 2D FSE-XL, EDR, БЫСТРО, жир СБ
Пульс Ремень

TE (мс)

3.2 11.1 / 90 140
TR (мс) 8.1 2500 9700
Флип обзора (°) 8 ° 90 ° 90 °
TI (мс) 650 N / A 2200
Сканирование Диапазон
Поле зрения (см) 22 22 22
Толщина среза (мм) 1 3 3
Кол-фрагменты 186 48 48
Приобретение
Размер матрицы 256 х 192 256 х 192 256 х 192
Размер Voxel (мм) 0,86 х 0,86 х 1 0,86 х 0,86 х 3 0,86 х 0,86 х 3
NEX 1 1 1
Общее время (мин) 7:20 6:10 7:20

Таблица 2. General Electric 3T Структурные МРТ параметры измерения.

Рисунок 1
Рисунок 1. Осевая T1 с неотредактированной общего внутричерепного хранилище (TIV) маска наложения (зеленый). Это пример использования закрытого полигона инструмента в ИТК-SNAP_sb удалить nonbrain ткани как часть ручной процедуре редактирования головного мозга- Процедура извлечения грохот в TIV.


Рисунок 2. Осевая T1 с ткани сегментации наложения. Обратите внимание, что цвета этикетки произвольны и могут быть изменены с помощью инструмента Label. Слева изображение показывает цвета по умолчанию. Средние фотографии показано, как CSF (5 = фиолетовый) переназначается vCSF (7 = пурпурный). Правое изображение показывает, как цвет WM могут быть изменены без изменения класса ткани этикетку, то есть. Этикетка 3 = WM остается, но цвет может быть изменен на синий.

Рисунок 3
Рисунок 3. Осевая T1 с тканевой сегментации наложения (левое изображение, ГМ = желтый, WM = оранжевый, CSF = фиолетовый) (слева). Изображенные является примером ручного удаления субтенториальных структур с использованием закрытого Polygo н инструмент в ИТК-SNAP_sb (в центре) и последний сегментация тканей после удаления (справа). Как на рисунке 2, правое изображение показывает, как цвет WM могут быть изменены без изменения класса ткани этикетку, то есть. Этикетка 3 = WM остается, но цвет может быть изменен на синий.

Рисунок 4
Рисунок 4. Осевой T1 в пространстве сбора до (слева) и после (справа) выравнивание AC-PC выполняется.

Рисунок 5
Выровнены Рисунок 5. Два примера, показывающие процедуры межевание SABRE. Осевая AC-PC T1 с переменного тока (желтый), ПК (синий) и заднего края (розовый) ориентир размещения (слева). 3D поверхность оказанные T1 (справа) с сильвиевой щели (фиолетовый) и центRAL борозда (розовый) разграничение.

Рисунок 6
Рисунок 6. Осевая PD (слева) с автоматически генерируемым поражения наложения (в центре), и вручную редакцией поражения (красный) наложения (справа).

Рисунок 7
Рисунок 7. Осевая FLAIR (слева), с автоматически генерируемым поражения наложения (в центре), и вручную редакцией поражения (красный) наложения (справа).

Discussion

LE сегментации и выделения земельных участков процедура была разработана специально для получения региональных Volumetrics от МРТ АД и нормальной пожилых людей. В то время как существует множество полностью автоматические трубопроводов, которые применяются сложные вычислительные алгоритмы для выполнения этих операций, эти средства, как правило, не хватает индивидуального аккуратность и точность, которая производит полуавтоматическое трубопровода компании LE. Компромисс с полуавтоматических процессов являются ресурсы, необходимые для правильной обучения операторов с анатомических знаний и вычислительных навыков, необходимых для применения такого всеобъемлющего трубопровода. Тем не менее, одним из основных преимуществ индивидуального трубопровода изображений является возможность получения количественных Volumetrics от средних и тяжелых случаях нейродегенерации, когда автоматические трубопроводов из строя.

Как трубопровод LE ранее оценены и применены к различным пожилых и сумасшедших населения 1,2,13,14,19,22,23, основных вопросов, которые аре правило сталкиваются обученных операторов были хорошо документированы и представлены ниже.

Руководство проверка и редактирование требуется с компонентом Мозг-Sizer включает в себя процедуру извлечения маскирования TIV, vCSF переназначение и ручное удаление ствола мозга, мозжечка и других субтенториальных структур. Для извлечения мозга, автоматический вывод TIV, как правило, приличный маска при условии, что первоначальные PD/T2 изображения хорошего качества. Однако в связи с относительной стоимости интенсивности сосудистой и нервной ткани медиальной до нижневисочной полюсов, приближенную к сонных артерий, этот регион, как правило, требуется некоторое редактирование. Кроме того, слизистая в полости носа, как правило, влияет на региональные гистограммы интенсивности, наклон интенсивности отключений значения в передних отделах лобных, которые имеют тенденцию требуют дополнительного ручного редактирования автоматической маски TIVauto. Наконец, дополнительное ручное редактирование обычно требуется в самых высших регионах, где GLатрофия Obal имеет тенденцию приводить к увеличению объема субарахноидального CSF прямо под твердой мозговой оболочки. Кроме того, атрофия, связанная с расширением желудочков имеет тенденцию к минимизации вмешательства оператора, необходимые с vCSF переназначения. Еще одно преимущество наличия три-художественный Корегистрация подход является способность идентифицировать кистозные заполненные жидкостью инфарктов проксимальнее желудочков, потенциально из-за перивентрикулярном венозной васкулопатия 5,24-26, которые являются идентифицировать из-за их относительной интенсивности от ПД и T1 ( гиперинтенсивным на PD, hypointense на T1). Эти hypointensities можно выделяется из всей vCSF использованием ручных пределы нарисованных в ИТК-SNAP_sb до floodfilling операции. С vCSF переназначение выполняется в пространстве T1-приобретения, в случаях, когда выравнивание отклоняется далеко от ACPC плоскости, предел может потребоваться для 3-го желудочка и quadrigeminal бачком, если ПК не полностью видно. Хотя Тенториум является относительно простой структурой для получения измененийerentiate, несколько правил анатомии на основе оказания помощи в руководстве ручное удаление ствола головного мозга и субтенториальных структур, в частности, при размещении разделение ножек мозга от медиальной височной доле.

SABRE межевание это процедура стереотаксическая на основе осуществляется в стандартных ACPC выровненных изображений, что позволяет умеренно предсказуемой локализации конкретных анатомических ориентиров. Исключение составляют случаи с чрезвычайной атрофии и нормальной изменчивости из-за индивидуальных различий в нейроанатомии. Результаты атрофии мозга в общей утрате паренхимы, увеличение CSF вдоль средней линии, окружающей Falx Cerebri, что увеличивает сложность выбора соответствующих точек разместить ориентиры. Протоколы на основе правил необходимы, выявления случаев, когда исключения из общего правила, необходимые. Нормальные вариации в анатомии, в частности, в относительном расположении центральной борозды и теменно-затылочной борозды, также увеличивают трудностейти ручного разграничения этих структур. Тем не менее, графический пользовательский интерфейс, используемый SABRE позволяет вращения в режиме реального времени поверхностных оказана изображений, что значительно помогает в процессе принятия решений для визуализации этих конкретных ориентиров. Наконец, некоторые протокол на основе правил были интегрированы программно в программное обеспечение, чтобы предотвратить нарушение оператор например центральной борозды разграничения вынужден переехать кзади (трассировка линии предотвращается возвращаясь на себя).

Ручная процедура проверки компонента Поражение-SEG требует знаний в визуальной идентификации соответствующего hyperintensities, визуальный восприятие навык, который приобретается только после воздействия сканирования с разной степенью SH. Алгоритмы минимизации ложноположительных помочь с удалением большинства ошибок в исходном сегментации. Тем не менее, различия между расширенными периваскулярных пространств (Вирхов-Robin пространства: VRS) в чечевицевидные ядра и повторноЛевант SH во внешней капсулы, Claustrum, крайней капсулы, и subinsular регионах может быть затруднено. Это особенно трудно в случаях с VRS в базальных ганглиях. Недавний документ с изложением норм представления отчетности Сосудистые изменения на нейровизуализации (STRIVE), рекомендуется критерий размер дифференцироваться VRS из лакуны, и описать VRS быть более линейным и интенсивность CSF на МРТ. Для решения этих проблем с идентификацией VRS, Л. принял: а) правило анатомии основе, который предотвращает операторов от выбрав любую гиперинтенсивности, которая падает в чечевицевидные ядра, б) критерий размер исключить hyperintensities менее 5 мм в диаметре, и в) относительная правило интенсивности для дополнительной изоляции в связи с относительной интенсивности CSF на PD, T2 и T1 27. Кроме того, нормальный сигнал гиперинтенсивным можно найти вдоль средней линии и серп Cerebri, особенно на визуализации чутье, которое может быть трудно провести различие между соответствующей SH вдоль мозолистого тела. В случаяхтакое перекрытие, правила анатомия основе реализуются, где только SH которые простираются в перивентрикулярных регионах принимаются.

В заключение, важно понимать, что это написано компонент предназначен для дополнения в стандартизированную публикацию протокола видео наведением в Юпитер ( http://www.jove.com ). В то время как традиционные статические фигуры помочь в объяснении некоторых концепций, видео-руководств являются более эффективными в общении сложные методологические процессы, связанные с комплексной нейровизуализации трубопровода, таких как поражений Explorer.

Disclosures

Авторы не имеют ничего раскрывать.

Acknowledgements

Авторы выражают благодарность финансовую поддержку из следующих источников. Разработка и тестирование различных анализов нейровизуализации при поддержке нескольких грантов, в первую очередь из Канадского института исследований в области здравоохранения (СС # 13129), в Альцгеймера общества Канады и Альцгеймера ассоциации (США), сердца и инсульта Фонд Канады Партнерство ради инсульта Восстановление (HSFCPSR) и ЖК Кэмпбелл Фонд. JR получает поддержку зарплаты от Альцгеймера общества Канады; SEB из научно-исследовательского института Sunnybrook и департаментов медицины в Sunnybrook и U Т, в том числе Brill кафедры в неврологии. Авторы также получают поддержку зарплаты от HSFCPSR.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Magnetic resonance imaging machine (1.5 Tesla) General Electric See Table 1 for acquisition parameters
Magnetic resonance imaging machine (3 Tesla) General Electric See Table 2 for acquisition parameters

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Ramirez, J., Gibson, E., Quddus, A., Lobaugh, N. J., Feinstein, A., Levine, B., Scott, C. J., Levy-Cooperman, N., Gao, F. Q., Black, S. E. Lesion Explorer: A comprehensive segmentation and parcellation package to obtain regional volumetrics for subcortical hyperintensities and intracranial tissue. Neuroimage. 54, (2), 963-973 (2011).
  2. Ramirez, J., Scott, C. J., Black, S. E. A short-term scan-rescan reliability test measuring brain tissue and subcortical hyperintensity volumetrics obtained using the lesion explorer structural MRI processing pipeline. Brain Topogr. 26, (1), 35-38 (2013).
  3. Sled, J. G., Zijdenbos, A. P., Evans, A. C. A nonparametric method for automatic correction of intensity nonuniformity in MRI data. IEEE Trans. Med. Imaging. 17, (1), 87-97 (1998).
  4. Wahlund, L. O., Barkhof, F., Fazekas, F., Bronge, L., Augustin, M., Sjogren, M., Wallin, A., Ader, H., Leys, D., Pantoni, L., Pasquier, F., Erkinjuntti, T., Scheltens, P. A new rating scale for age-related white matter changes applicable to MRI and. 32, (6), 1318-1322 (2001).
  5. Pantoni, L. Cerebral small vessel disease: from pathogenesis and clinical characteristics to therapeutic challenges. Lancet Neurol. 9, (7), 689-701 (2010).
  6. Black, S. E., Gao, F. Q., Bilbao, J. Understanding white matter disease: Imaging-pathological correlations in vascular cognitive impairment. Stroke. 40, (2009).
  7. Arch Neurol, 44, 21-23 (1987).
  8. Carmichael, O., Schwarz, C., Drucker, D., Fletcher, E., Harvey, D., Beckett, L., Jack, C. R., Weiner, M., Decarli, C. Longitudinal changes in white matter disease and cognition in the first year of the Alzheimer disease neuroimaging initiative. Arch. Neurol. 67, (11), 1370-1378 (2010).
  9. Wardlaw, J. M. What is a lacune. Stroke. 39, (11), 2921-2922 (2008).
  10. Potter, G. M., Doubal, F. N., Jackson, C. A., Chappell, F. M., Sudlow, C. L., Dennis, M. S., Wardlaw, J. M. Counting cavitating lacunes underestimates the burden of lacunar infarction. Stroke. 41, (2), 267-272 (2010).
  11. Barkhof, F. Enlarged Virchow-Robin spaces: do they matter. J. Neurol. Neurosurg. Psychiatry. 75, (11), 1516-1517 (2004).
  12. Zhu, Y. C., Dufouil, C., Soumare, A., Mazoyer, B., Chabriat, H. Tzourio C. High degree of dilated Virchow-Robin spaces on MRI is associated with increased risk of dementia. J. Alzheimers Dis. 22, (2), 663-672 (2010).
  13. Levy-Cooperman, N., Ramirez, J., Lobaugh, N. J., Black, S. E. Misclassified tissue volumes in Alzheimer disease patients with white matter hyperintensities: importance of lesion segmentation procedures for volumetric analysis. Stroke. 39, (4), 1134-1141 (2008).
  14. Kovacevic, N., Lobaugh, N. J., Bronskill, M. J., Levine, B., Feinstein, A., Black, S. E. A robust method for extraction and automatic segmentation of brain images. Neuroimage. 17, (3), 1087-1100 (2002).
  15. Nestor, S. M., Rupsingh, R., Borrie, M., Smith, M., Accomazzi, V., Wells, J. L., Fogarty, J., Bartha, R. Ventricular enlargement as a possible measure of Alzheimer's disease progression validated using the Alzheimer's disease neuroimaging initiative database. Brain. 131, 2443-2454 (2008).
  16. Moody, D. M., Brown, W. R., Challa, V. R., Anderson, R. L. Periventricular venous collagenosis: association with leukoaraiosis. Radiology. (2), 469-476 Forthcoming.
  17. Brown, W. R., Moody, D. M., Challa, V. R., Thore, C. R., Anstrom, J. A. Venous collagenosis and arteriolar tortuosity in leukoaraiosis. J. Neurol. Sci. 15, 203-204 (2002).
  18. Talairach, J., Tournoux, P. Co-planar Stereotaxic Atlas of the Human Brain. Thieme Medical Publishers. Stuttgart. (1988).
  19. Dade, L. A., Gao, F. Q., Kovacevic, N., Roy, P., Rockel, C., O'Toole, C. M., Lobaugh, N. J., Feinstein, A., Levine, B., Black, S. E. Semiautomatic brain region extraction: a method of parcellating brain regions from structural magnetic resonance images. Neuroimage. 22, (4), 1492-1502 (2004).
  20. Shrout, P. E., Fleiss, J. L. Intraclass correlations: uses in assessing rater reliability. Psychol. Bull. 86, 420-428 (2008).
  21. Zijdenbos, A. P., Dawant, B. M., Margolin, R. A., Palmer, A. C. Morphometric analysis of white matter lesions in MR images: method and validation. IEEE Trans. Med. Imaging. 13, (4), 716-724 (1994).
  22. Chow, T. W., Takeshita, S., Honjo, K., Pataky, C. E. of manual and semi-automated delineation of regions of interest for radioligand PET imaging analysis. BMC Nucl. Med. Comparison, S. tJ. acques,P. .L. .,K. usano,M. .L. .,C. aldwell,C. .B. .,R. amirez,J. .,B. lack,S. .,V. erhoeff,N. .P. . 7, (2007).
  23. Gilboa, A., Ramirez, J., Kohler, S., Westmacott, R., Black, S. E., Moscovitch, M. Retrieval of autobiographical memory in Alzheimer's disease: relation to volumes of medial temporal lobe and other structures. Hippocampus. 15, (4), 535-550 (2005).
  24. Black, S., Iadecola, C. Vascular cognitive impairment: small vessels, big toll: introduction. Stroke. 40(3 Suppl), S38-S39. (2009).
  25. Brown, W. R., Moody, D. M., Thore, C. R., Challa, V. R. Cerebrovascular pathology in Alzheimer's disease and leukoaraiosis. 903-939 (2000).
  26. Moody, D. M., Brown, W. R., Challa, V. R., Anderson, R. L. Periventricular venous collagenosis: association with leukoaraiosis. Radiology. (2), 469-476 Forthcoming.
  27. Hernandez, M. D., Piper, R. J., Wang, X., Deary, I. J., Wardlaw, J. M. Towards the automatic computational assessment of enlarged perivascular spaces on brain magnetic resonance images: A systematic review. J. Magn. Reson. Imaging. (2013).

Comments

0 Comments


    Post a Question / Comment / Request

    You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

    Usage Statistics