Name: التحليل الجرثومي التعبير الجيني عن طريق ميكروأرس (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-05-28T00:00:00.000+00:00
Duration: 29 min 41 s
Description: تعلم تحليل التعبير الجيني باستخدام تقنية التسمية غير المباشر والهجين المجهري. تتيح هذه الطريقة مقارنة دقيقة بين العينات البرية والمتحولة باستخدام صبغات Cy3 وCy5 الفلورية.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

عكس رد الفعل الناسخ بدوره كتلة التدفئة إلى 70-80 درجة مئوية و 42 درجة مئوية. ويمكن أيضا أن تستخدم حمامات المياه في هذه الخطوة. إذا باستخدام كتل التدفئة ، ووضع بعض الماء بحيث الحرارة موحدة. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> رد فعل فتيلة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يستغرق 3 ميكروغرام من الحمض النووي الريبي </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضبط مستوى الصوت إلى 13 ميكرولتر مع المياه مجانا ريبونوكلياز </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 2.5 ميكرولتر من الاشعال مسدوس العشوائي (2mg/mL) </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مزيج جيد واحتضان في 70-80 درجة مئوية لمدة 8 دقائق. ثم ، ضع على الجليد لمدة 5 دقائق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحضير الكوكتيل RT (14.5 ميكرولتر / rxn) : <table border="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> مكون </td><td> حجم </td></tr><tr><td> 5X العازلة ستراند الأولى </td><td> 6 ميكرولتر </td></tr><tr><td> 0.1 M DTT </td><td> 3 ميكروليتر </td></tr><tr><td> 25X aminoallyl - dNTP مزيج </td><td> 1.2 ميكرولتر </td></tr><tr><td> RT مرتفع الثاني (200U/μl) </td><td> 2.3 ميكرولتر </td></tr><tr><td> ماء </td><td> 2.0 ميكرولتر </td></tr></tbody></table> * للحصول على ردود الفعل ن ، وإعداد ميكس الرئيسية للaliquots +0.5 ن من الكوكتيل لضمان أنك لن ينفد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة إلى ردود فعل 14.5 ميكرولتر تبريده. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مزيج (لا الدوامة) ، ويحضن في درجة حرارة 42 درجة مئوية لمدة 3-4 ساعات </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ويمكن تخزين العينات في -20 درجة مئوية إذا لزم الأمر. </li></ol> يتحلل RNA <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لكل عينة ، إضافة 3 ميكرولتر من هيدروكسيد الصوديوم N 1 و 0.6 ميكرولتر من EDTA M 0.5. (النهائي conc.s = هيدروكسيد الصوديوم 100mM ، 10MM EDTA) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> خلط واحتضان عند 65 لمدة 10 دقائق درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحييد بإضافة 33.6 HEPES 1M ميكرولتر ، ودرجة الحموضة = 7.0 (اضرب النهائي.= HEPES 500mM) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ويمكن تخزين العينات في -20 درجة مئوية ، إذا لزم الأمر. </li></ol> تنقية رد فعل : إزالة الفردية AA - dUTP والأمينات مجانا ملاحظة : يتم تعديل هذا البروتوكول من بروتوكول تنقية QIAquick Qiagen PCRpurification عدة. يتم استبدال غسل الفوسفات ومخازن مخازن للشطف Qiagen الموردة لأن مخازن تحتوي على الأمينات Qiagen الحرة التي تتنافس مع اقتران رد فعل قبرصي صباغة. ويمكن أيضا الأعمدة من مجموعة مصغرة الإعدادية استخدامها. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> [كدنا] مزيج التفاعل مع 300 ميكرولتر (أو حجم رد الفعل 5X = 336 ميكرولتر) العازلة PB (Qiagen الموردة) ونقل إلى العمود QIAquick. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع عمود في أنبوب جمع 2 مل (Qiagen الموردة) والطرد المركزي في دورة في الدقيقة ل13000 ~ 1 دقيقة. جمع أنبوب فارغ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للاغتسال وغسل الفوسفات إضافة 750 ميكرولتر العازلة (لا Qiagen) إلى العمود وأجهزة الطرد المركزي في دورة في الدقيقة ل13000 ~ 1 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تفريغ أنبوب جمع وتكرار غسل 750 ميكرولتر وخطوة الطرد المركزي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تفريغ أنبوب جمع وأجهزة الطرد المركزي لعمود إضافي 1 دقيقة بأقصى سرعة ممكنة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل عمود إلى أنبوب جديد 1.5 مل microfuge بعناية وإضافة 30 شطف الفوسفات ميكرولتر العازلة. (انظر القسم حل الإعداد) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان لمدة 1 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أزل بواسطة الطرد المركزي في دورة في الدقيقة ل13000 ~ 1 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أزل مرة ثانية (مع آخر ميكرولتر 30 من شطف العازلة الفوسفات) في أنبوب نفس الخطوات تكرار 6-8. ينبغي أن يكون حجم شطف النهائي ~ 60 ميكرولتر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ويمكن قياس كمية [كدنا] في هذه المرحلة : [كدنا] = نانوغرام (عامل تمييع) (OD260) (37) (إجمالي حجم eluted من عمود) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> العينة الجافة في سرعة بطالة في 45 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ويمكن تخزين العينات في -20 درجة مئوية إذا لزم الأمر. </li></ol> اقتران AA - [كدنا] [سي] إلى صبغ استر <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Resuspend aminoallyl المسمى [كدنا] مع 10 ميكرولتر 50 ملي درجة الحموضة ، بيكربونات الصوديوم = 9.0 - إذا لزم الأمر. (وينبغي بذل هذا المخزن جديدة كل أسبوعين) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> العمل في مكان مظلم ، إضافة إلى التحقيق أنبوب الصبغة قبرصي المناسبة. الماصة صعودا وهبوطا عدة مرات لresuspend الصبغة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان رد فعل لمدة 1 ساعة في الظلام في درجة حرارة الغرفة. (الحضانة يمكن أن تصل إلى ساعتين) </li></ol> رد الفعل الثاني التنقية : إزالة الصبغة uncoupled <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة إلى رد فعل 35 ميكرولتر 100 درجة الحموضة 5.2 ملي NaOAc. مزيج دقيق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 250 ميكرولتر (أو حجم رد الفعل 5X = 225 ميكرولتر) العازلة PB (Qiagen الموردة) لكل عينة وتخلط بواسطة pipetting صعودا وهبوطا. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مكان عمود الدوران QIAquick في أنبوب جمع 2 مل (Qiagen مرفق) ، تطبيق نموذج إلى عمود ، والطرد المركزي في ~ 13000 : 1 دقيقة. جمع أنبوب فارغ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لغسل ، إضافة 0.75 مل العازلة بي (Qiagen مرفق) إلى العمود وأجهزة الطرد المركزي في ~ 13000 : 1 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كرر الخطوة 4. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أنبوب فارغ جمع وأجهزة الطرد المركزي لعمود 1 دقيقة إضافية في أقصى سرعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عمود في مكان نظيف 1.5 مل أنبوب microfuge بعناية وإضافة 30 ميكرولتر EB العازلة (Qiagen مرفق) الى مركز للغشاء العمود. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان لمدة 1 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أزل بواسطة الطرد المركزي في دورة في الدقيقة ل13000 ~ 1 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أزل للمرة الثانية في الأنبوب نفسه بتكرارالخطوات 7-9. ينبغي أن يكون الحجم النهائي eluted ~ 60 ميكرولتر. </li></ol> تحليل ردود الفعل وصفها ويمكن قياس كمية [كدنا] والتسمية في هذه المرحلة : <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قياس OD 260 ، 550 و 650 (فارغ هو الماء.) استخدام برنامج nanodrop ميكروأري. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حساب بمول التأسيس الأصباغ والحمض النووي ونسبة بمول مجلس التوحيد الوطنى / صبغ مع المعادلات الواردة أدناه : النيوكليوتيدات بمول = [OD260 * الحجم (ميكرولتر) * 37 نانوغرام / ميكرولتر * 1000 جزء من الغرام / نغ] / 324.5 بيكوغرام / بمول </li></ul> ملاحظة : 1 OD260 = 37 نانوغرام / ميكرولتر ل[كدنا] ؛ 324.5 بيكوغرام / بمول وزن جزيئي متوسط ​​dNTP) بمول Cy3 = حجم OD550 * (ميكرولتر) / 0.15 بمول Cy5 = OD650 * الحجم (ميكرولتر) / 0.25 النيوكليوتيدات / نسبة الصبغة = بمول [كدنا] / بمول قبرصي صبغ إذا كنت تستخدم nanodrop ، فإنه يعطي بالفعل بمول / ميكرولتر لكل صباغة. تحتاج فقط لمضاعفة هذا العدد من حيث الحجم الكلي للحصول على إدماج صبغ بمول. ملاحظة :&gt; 150-200 بمول التأسيس صبغ لكل عينة ونسبة أقل من 20 النيوكليوتيدات / جزيئات الصبغة هو الأمثل لالتهجين. <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ويمكن تخزين العينات في -20 درجة مئوية في الظلام. <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تجمع تحقيقات المهجنة لتكون معا والجافة في أسفل speedvac حوالي 42 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ويمكن تخزين العينات في -20 درجة مئوية حتى جاهزة للhyb. </li></ul></li></ul> قبل hyb الشرائح <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مكان وجه الانزلاق على الماء RT 100 مل في حامل الشريحة الحمراء نظيفة لمدة 3-5 دقائق </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> المفاجئة الجافة الشريحة من خلال وضع مواجهة على 100 درجة مئوية لتسخين كتلة بضع ثوان -- مشاهدة لالتكثيف إلى الزوال </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الأشعة فوق البنفسجية عبر ربط الشريحة ب 250 mJoules (2500 أدخل إلى crosslinker الأشعة فوق البنفسجية) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> هيدرات الشرائح التي غمس في مرحلة ما قبل حرارة المياه 42 درجة مئوية. تدور 5 دقائق عند 700 دورة في الدقيقة في RT. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان الشرائح في جرة تحتوي على Coplin 50ml قبل تدفئته قبل hyb (5XSSC ، BSA 1 ٪ ، 0.1 ٪ SDS) ما لا يقل عن 45 دقيقة @ 42 درجة مئوية ويمكن ، وحضانة يذهب لفترة أطول إذا لزم الأمر. 50 مل قبل hyb العازلة : 12.5 مل 20X SSC ، 10 مل BSA 5 ٪ ، و 0.5 مل SDS 10 ٪ ، و 27 مل من الماء </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تراجع الشرائح في مرحلة ما قبل حرارة المياه (42 درجة مئوية) ، وتستنهض الهمم بضع دقائق لإزالة ما قبل hyb العازلة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> شطف في الأيزوبروبانول وتدور 5 دقائق عند 700 دورة في الدقيقة ، درجة حرارة الغرفة ، وجفاف. </li></ol> إعداد العينات للتهجين <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Resuspend التحقيق في الماء (يتم إعطاء كميات أدناه) <table border="0" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> لمجموع المجلد. = 30μl </td><td> لمجموع المجلد. = 35μl </td><td> لمجموع 40μl المجلد.= </td><td></td></tr><tr><td> 19.8 ميكرولتر المياه </td><td> 23.55 المياه ميكرولتر </td><td> 27.2 ميكرولتر المياه </td><td> </td></tr><tr><td> 1.5 ميكرولتر </td><td> 1.5 ميكرولتر </td><td> 1.5 ميكرولتر </td><td> 10 الحيوانات المنوية السلمون ملغ / مل الحمض النووي (Invitrogen) </td></tr><tr><td> 1.2 ميكرولتر </td><td> 1.2 ميكرولتر </td><td> 1.2 ميكرولتر </td><td> 12.5 ملغ / مل الحمض الريبي النووي النقال </td></tr><tr><td> 4.5 ميكرولتر </td><td> 5.25 ميكرولتر </td><td> 6 ميكرولتر </td><td> 20XSSC (3X النهائي) </td></tr><tr><td> 3 ميكروليتر </td><td> ميكرولتر 3.5 </td><td> 4 ميكرولتر </td><td> 1 ٪ SDS </td></tr></tbody></table> ملاحظة : ترتيب إضافة الكواشف هامة. لا تحضير مزيج الرئيسي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يغلي لمدة 5 دقائق ، وتدور ثم 5 دقائق في 14000 دورة في الدقيقة. تبرد لمدة 2 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. </li></ol> تهجين <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 10-12 ميكرولتر من SSC 3X إلى آبار للغرفة التهجين وعلى كل حافة في الوسط. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة زلة رافعة النظيفة إلى منطقة مناسبة لشريحة وتحميل بلطف في محلول التهجين (30 -40 ميكرولتر). يجب أن يكون هناك إما عينة اضافية على حافة الانزلاق الغطاء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضع الشريحة في الغرفة. تضييق الخناق ووضع في حمام الماء 65 درجة مئوية خلال الليل. لا مكان للغرفة مباشرة على الجزء السفلي من حمام الماء. وضع على رأس كتلة من الغرفة العلوية لاجراء كل شيء في مكانه. إبقاء الغطاء على حمام مائي لحماية العينات ضوء الحساسة. </li></ol> Hyb الغسلات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد المخازن التالية : <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 1X SSC ، SDS 0.05 ٪ </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 0.06 X SSC </li></ul></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد التهجين غرفة الحضانة فضها. إزالة الشريحة من الغرفة ، مع الحرص على عدم تعكير صفو ساترة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لإزالة coverslips ، والشرائح يغرق في صحن يحتوي على الحارة 1X SSC ، 0.05 ٪ العازلة غسل SDS ساترة تواجه قاع الطبق. سوف تسقط ساترة عن طريق تحريك الجانب الانزلاق الى جنب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد إزالة ساترة ، ضع الشريحة في رف حمام جديدة مع الحزب الديمقراطي الصربي 1XSSCm الدافئة 0.05 ٪. تستنهض الهمم لبضع دقائق </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل الشرائح بالإضافة إلى رف الحمام SSC X 0.06. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل الشرائح إلى آخر باعشر من 0.06 X SSC تحتوي على الرف الطازجة والنشاف الشريحة على منشفة ورقية لإزالة قدر SDS العازلة التي تحتوي على قدر الإمكان قبل وضعه في حوض الاستحمام جديدة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تستنهض الهمم الشرائح لبضع دقائق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تدور على الفور في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق في الدقيقة 700 @ ، ثم الشرائح على استعداد للفحص. مخزن في الظلام حتى الممسوحة ضوئيا. </li></ol>

<ol><li>Hasseman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TIGR+Aminoallyl+Labeling+of+RNA+for%5BTitle%5D)+AND+%22Microarrays+%26+TIGR+Microarray+Labeled+Probe+Hybridization%22%5BJournal%5D)">TIGR Aminoallyl Labeling of RNA for.</a> Microarrays & TIGR Microarray Labeled Probe Hybridization. , Forthcoming.</li>
<li>Gilbert,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TIGR+Microbial+RNA+Aminoallyl+Labeling+for+Microarrays+%26+Hybridization+of+probed+labels%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">TIGR Microbial RNA Aminoallyl Labeling for Microarrays & Hybridization of probed labels.</a> , Forthcoming.</li>
<li>Hedge,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+concise+guide+to+cDNA+Microarray+analysis-II%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">A concise guide to cDNA Microarray analysis-II.</a> , Forthcoming.</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>AA-dUTP</td><td></td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A0410</td><td>5-(3-aminoallyl)-2&amp;rsquo;deoxyuridine-5&amp;rsquo;-triphosphate</td></tr><tr><td>dNTP</td><td></td><td>Amersham</td><td>27-2035-01</td><td>مجموعة dNTP بتركيز 100 mM من درجة PCR</td></tr><tr><td>بادئات سداسية عشوائية</td><td></td><td>Amersham</td><td>27-2166-01</td><td>3mg/mL</td></tr><tr><td>SuperScript III RT</td><td></td><td>Invitrogen</td><td>80800444</td><td>200U/&amp;#x03BC;L</td></tr><tr><td>CyDye&amp;#8482;</td><td></td><td>Amersham</td><td>RPN5661</td><td>مجموعة صبغات تفاعلية للوسم اللاحق</td></tr><tr><td>QIAquick</td><td></td><td>Qiagen</td><td>28104</td><td>طقم تنقية PCR</td></tr><tr><td>1 M K2HPO4</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1 M KH2PO4</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1 M KPO4</td><td>منظم</td><td></td><td></td><td>لتحضير منظم فوسفات بتركيز 1M (KPO4، pH 8.5-8.7)، اخلط: 9.5 mL من 1M K2HPO4 و 0.5 ml من 1M KH2PO4</td></tr><tr><td>منظم غسيل الفوسفات</td><td>منظم</td><td></td><td></td><td>لتحضير 100 mL من منظم غسيل الفوسفات (5 mM KPO4، pH 8.0، و80% EtOH)، اخلط: 0.5 ml من 1 M KPO4 pH 8.5 + 15.25 mL من ماء MilliQ + 84.25 mL من إيثانول 95%. سيكون منظم الغسيل عكراً قليلاً.** هام: يجب تحضير منظم غسيل الفوسفات يومياً.</td></tr><tr><td>منظم استخلاص الفوسفات</td><td>منظم</td><td></td><td></td><td>تخفيف 1 M KPO4، pH 8.5 إلى 4 mM باستخدام ماء معقم</td></tr><tr><td>منظم كربونات الصوديوم</td><td></td><td></td><td></td><td>(Na2CO3): 0.5M، pH 9.0. أذب 4.2 g من NaHCO3 في 80 mL من الماء المعقم واضبط pH إلى 9.0 باستخدام 10 N NaOH؛ ثم أكمل الحجم إلى 100 mL بالماء المعقم. لتحضير محلول بتركيز 50 mM لتفاعل ربط الصبغة، خففه بنسبة 1:10 بالماء. ملاحظة: يتغير تركيب منظم الكربونات بمرور الوقت؛ لذا يجب تحضيره طازجاً كل أسبوعين إلى شهر.</td></tr></tbody></table>

التحليل الجرثومي التعبير الجيني عن طريق ميكروأرس]

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

مرحباً، اسمي إينا، ونقوم بشكل روتيني بإجراء تحليل ملفات التعبير الجيني في المختبر. ونستخدم هذه التقنية لمراقبة الجينات ذات التنظيم التفاضلي بين النوع الميثيلى والنوع البري. واليوم لدي عينات RNA من النوع البري والنوع الميثيلى، وسنقوم جميعاً بإجراء C أولاً.نستخدم طرق الوسم غير المباشر، وتكمن ميزة هذه التقنية في منع انحياز العين الذي قد يحدث في الوسم المباشر. ولتحقيق ذلك، لدينا عينات من RNA، ونحرص على الحصول على 3 µg من RNA في حجم إجمالي قدره 13 µL. ثم نضيف 2.5 µg من random hexamers إلى العينات.وسنقوم بحضن العينة عند 75 °C لإزالة الطبيعة من RNA لمدة ثماني دقائق. والآن سنضيف خليط النسخ العكسي الذي يحتوي على AM L-D-L-D-U-T-P continu mix، ومحاليل reverse transcriptase buffer، وكذلك ET TT، ثم نقوم برج العينة جيداً وحضنها عند 42 °C لمدة أربع ساعات. وبعد مرور أربع ساعات، نقوم بإخراج العينات.والآن لدينا في الأنبوب خليط من cDNA و RNA. وما نريد فعله هو إجراء عملية تحلل RNA مائيًا عن طريق إضافة هيدروكسيد الصوديوم و EDTA، بحيث يكون التركيز النهائي لهيدروكسيد الصوديوم 100 mM، والتركيز النهائي لـ EDTA هو 5 mM.والآن سنقوم بحضن العينات في حمام مائي عند 65 °C لمدة 10 دقائق. لقد انتهت عملية الحضن، وسنبدأ بمعالجة العينات عن طريق إضافة HEPES بتركيز pH 7 وصولاً إلى التركيز النهائي 500 molar. في هذه المرح

bacterial-gene-expression-analysis-using-microarrays

Research

JoVE Journal

Biology

علم الأحياء

نقدم طريقة لتوليد [كدنا] من مرنا البيئية. بشكل عام ، يتم تجميعها أولا من مجموع الحمض النووي الريبي والبيئة ، ويتم إزالة بشكل انتقائي الرنا الريباسي ، يتم تضخيمه بشكل انتقائي مرنا ، والتسلسل [كدنا] توليفها من تجمع مرنا المخصب. متواليات يمكن استردادها المشروح باستخدام معيار تقنيات المعلوماتية الحيوية لتحديد الجينات التي أعرب عنها.

تحليل الجينات من المجتمعات الميكروبية البحرية باستخدام Transcriptomics البيئية

ميكروأرس الجينات هي أدوات قوية في التعبير الجيني التنميط على مستوى الجينوم واسعة. هذه التكنولوجيا وتطبيقها في مجموعة متنوعة من التخصصات بما في ذلك البيولوجيا التطورية البيولوجية والسمية. في هذا الفيديو ، ونحن بالتفصيل بروتوكولا لتحليل الجينات العالمية باستخدام تعبير ميكروأري قليل النوكليوتيد شاملة منصة لالزرد.

تحليل التعبير الجيني العالمي باستخدام ميكروأري قليل النوكليوتيد منهاج اسماك الزرد

في هذا البروتوكول التعبير الجيني ، في الخميرة...

تحليل لميكروأري السكيراء الجعوية</em

وقد أجري تحليل لتحديد ميكروأري ملامح التعبير الجيني...

تحديد ملامح التعبير الجيني في C. ايليجانس استخدام ميكروأري وPCR الوقت الحقيقي

ويمكن استخدام منهجية واسعة النطاق الاصطناعية الوراثية شاشات التفاعل (الجينات الجين أو قشوة) لاستكشاف التكرار الجيني وعبر مسار الحديث. ووصف eSGA هنا، نحن تصف عالية الإنتاجية الكمية الاصطناعية الفحص الجيني مجموعة التكنولوجيا، التي قمنا بتطويرها لتوضيح العلاقات واستكشاف روكبي شبكات التفاعل الوراثية...

رسم خرائط الشبكات الوظيفية البكتيرية والممرات في<em&gt; كولاي</em&gt; استخدام المصفوفات الوراثية الاصطناعية

تصف هذه المخطوطة استخدام أحدث التقنيات التي توفرها المصفوفات الدقيقة للحمض النووي. توفر المصفوفات الدقيقة نظرة عامة على التغيرات النسخية في البكتيريا التي تحدث في ظل ظروف معينة. علاوة على ذلك ، نسلط الضوء على السهولة التي يمكن من خلالها تحليل كميات كبيرة من البيانات باستخدام حزم برامج ملائمة تم تطويرها داخليا.

خط أنابيب سريعة وموثوق بها للدراسة وتحليل الحالات البكتيرية Transcriptome على: تنظيم الجينات سيرين التي تعتمد في<em&gt; العقدية الرئوية</em

لقد طورنا بروتوكولا سريعا وحساسا وقابلا للتكرار لتنميط التعبير الجيني لمسببات الأمراض أثناء الإصابة.

التنميط التعبير الجيني اصابة الميكروبات باستخدام منصة رقمية من الترميز

الموصوفة هنا أسلوب لتحليل تعبير الجينات البكتيرية في الأنسجة الحيوانية على مستوى خلوي. هذا الأسلوب يوفر موردا لدراسة التنوع المظهرية التي تحدث داخل سكان بكتيرية في الاستجابة للبيئة الأنسجة أثناء عدوى.

أسلوب Fluorescence المستندة إلى دراسة تنظيم الجينات البكتيرية في الأنسجة المصابة

يصف هذا الإجراء كيفية تأسيس الخلية الأولية الثقافات المكونة للدم من نخاع عظام الفئران وتبعتها ترنسفكأيشن باستخدام الجينات electroporation MXCell بولسير النظام.

التحضير لزراعة الخلايا المكونة للدم الابتدائية من نخاع عظام الفئران لElectroporation

بروتوكول للعدوى الوقس من خلايا هيلا وتحليل المضيف والفيروسية التعبير الجيني. جزء 1 من 3.

الوقس عدوى الفيروس والتحليل الزمني في التعبير الجيني الفيروسات : الجزء 1

تعلم تحليل التعبير الجيني باستخدام تقنية التسمية غير المباشر والهجين المجهري. تتيح هذه الطريقة مقارنة دقيقة بين العينات البرية والمتحولة باستخدام صبغات Cy3 وCy5 الفلورية.

التحليل الجرثومي التعبير الجيني عن طريق ميكروأرس]

استكشف المزيد من الفيديوهات