Name: Hochdurchsatz-Bildgebungs- und Analyse-Workflow zur Bewertung von Hautzell-Phänotypen und Proliferationszuständen in Gewebeproben (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-31T14:20:00.000+00:00
Duration: 11 min 24 s
Description: Erfahren Sie, wie IBEX und Click-iT EdU-Labeling zur Analyse proliferierender Zellen in muriner Haut eingesetzt werden. Diese offene Bildverarbeitungspipeline ermöglicht hochdurchsatzfähige Aufnahmen ohne Programmierkenntnisse.

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<ol><li>Eming, S. A., Martin, P., Tomic-Canic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+repair+and+regeneration%3A+Mechanisms%2C+signaling%2C+and+translation%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Wound repair and regeneration: Mechanisms, signaling, and translation.</a> Sci Transl Med. 6 (265), 265sr6(2014).</li>
<li>Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+healing+-+aiming+for+perfect+skin+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Wound healing - aiming for perfect skin regeneration.</a> Science. 276 (5309), 75-81 (1997).</li>
<li>Gurtner, G. C., Werner, S., Barrandon, Y., Longaker, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+repair+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Wound repair and regeneration.</a> Nature. 453 (7193), 314-321 (2008).</li>
<li>Harsum, S., Clarke, J. D. W., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+reciprocal+relationship+between+cutaneous+nerves+and+repairing+skin+wounds+in+the+developing+chick+embryo%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">A reciprocal relationship between cutaneous nerves and repairing skin wounds in the developing chick embryo.</a> Dev Biol. 238 (1), 27-39 (2001).</li>
<li>Barker, A. R., Rosson, G. D., Dellon, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+healing+in+denervated+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Plast+Surg%22%5BJournal%5D)">Wound healing in denervated tissue.</a> Ann Plast Surg. 57 (3), 339-342 (2006).</li>
<li>Rinkevich, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clonal+analysis+reveals+nerve-dependent+and+independent+roles+on+mammalian+hind+limb+tissue+maintenance+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Clonal analysis reveals nerve-dependent and independent roles on mammalian hind limb tissue maintenance and regeneration.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 111 (27), 9846-9851 (2014).</li>
<li>Donnerer, J., Schuligoi, R., Stein, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increased+content+and+transport+of+substance+P+and+calcitonin+gene-related+peptide+in+sensory+nerves+innervating+inflamed+tissue%3A+Evidence+for+a+regulatory+function+of+nerve+growth+factor+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Increased content and transport of substance P and calcitonin gene-related peptide in sensory nerves innervating inflamed tissue: Evidence for a regulatory function of nerve growth factor in vivo.</a> Neuroscience. 49 (3), 693-698 (1992).</li>
<li>Ashrafi, M., Baguneid, M., Bayat, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+neuromediators+and+innervation+in+cutaneous+wound+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Derm+Venereol%22%5BJournal%5D)">The role of neuromediators and innervation in cutaneous wound healing.</a> Acta Derm Venereol. 96 (5), 587-597 (2016).</li>
<li>Johnston, A. P. W., Naska, S., Jones, K., Jinno, H., Kaplan, D. R., Miller, F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sox2-mediated+regulation+of+adult+neural+crest+precursors+and+skin+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Stem+Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Sox2-mediated regulation of adult neural crest precursors and skin repair.</a> Stem Cell Rep. 1 (1), 38-45 (2013).</li>
<li>Napoli, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+central+role+for+the+ERK-signaling+pathway+in+controlling+Schwann+cell+plasticity+and+peripheral+nerve+regeneration+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">A central role for the ERK-signaling pathway in controlling Schwann cell plasticity and peripheral nerve regeneration in vivo.</a> Neuron. 73 (4), 729-742 (2012).</li>
<li>Johnston, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dedifferentiated+Schwann+cell+precursors+secreting+paracrine+factors+are+required+for+regeneration+of+the+mammalian+digit+tip%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Dedifferentiated Schwann cell precursors secreting paracrine factors are required for regeneration of the mammalian digit tip.</a> Cell Stem Cell. 19 (4), 433-448 (2016).</li>
<li>Radtke, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((IBEX%3A+An+iterative+immunolabeling+and+chemical+bleaching+method+for+high-content+imaging+of+diverse+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">IBEX: An iterative immunolabeling and chemical bleaching method for high-content imaging of diverse tissues.</a> Nat Protoc. 17 (2), 378-401 (2022).</li>
<li>Uxa, S., Castillo-Binder, P., Kohler, R., Stangner, K., Müller, G. A., Engeland, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ki-67+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Differ%22%5BJournal%5D)">Ki-67 gene expression.</a> Cell Death Differ. 28 (12), 3357-3370 (2021).</li>
<li>Sun, X., Kaufman, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ki-67%3A+More+than+a+proliferation+marker%5BTitle%5D)+AND+%22Chromosoma%22%5BJournal%5D)">Ki-67: More than a proliferation marker.</a> Chromosoma. 127 (2), 175-186 (2018).</li>
<li>Peng, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+BaSiC+tool+for+background+and+shading+correction+of+optical+microscopy+images%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">A BaSiC tool for background and shading correction of optical microscopy images.</a> Nat Commun. 8 (1), 14836(2017).</li>
<li>Chalfoun, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MIST%3A+Accurate+and+scalable+microscopy+image+stitching+tool+with+stage+modeling+and+error+minimization%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">MIST: Accurate and scalable microscopy image stitching tool with stage modeling and error minimization.</a> Sci Rep. 7 (1), 4358(2017).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+An+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: An open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Bankhead, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuPath%3A+Open+source+software+for+digital+pathology+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QuPath: Open source software for digital pathology image analysis.</a> Sci Rep. 7 (1), 16878(2017).</li>
<li>Parfejevs, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Injury-activated+glial+cells+promote+wound+healing+of+the+adult+skin+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Injury-activated glial cells promote wound healing of the adult skin in mice.</a> Nat Commun. 8 (1), 14396(2018).</li>
<li>Peña, O. A., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+and+molecular+mechanisms+of+skin+wound+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Cellular and molecular mechanisms of skin wound healing.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 25 (8), 599-616 (2024).</li>
<li>Eming, S. A., Wynn, T. A., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+metabolism+in+tissue+repair+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Inflammation and metabolism in tissue repair and regeneration.</a> Science. 356 (6342), 1026-1030 (2017).</li>
<li>Dowsett, M., Dunbier, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emerging+biomarkers+and+new+understanding+of+traditional+markers+in+personalized+therapy+for+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Emerging biomarkers and new understanding of traditional markers in personalized therapy for breast cancer.</a> Clin Cancer Res. 14 (24), 8019-8026 (2008).</li>
<li>Dowsett, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+Ki67+in+breast+cancer%3A+Recommendations+from+the+International+Ki67+in+Breast+Cancer+Working+Group%5BTitle%5D)+AND+%22J+Natl+Cancer+Inst%22%5BJournal%5D)">Assessment of Ki67 in breast cancer: Recommendations from the International Ki67 in Breast Cancer Working Group.</a> J Natl Cancer Inst. 103 (22), 1656-1664 (2011).</li>
<li>Gerdes, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prognostic+relevance+of+tumour-cell+growth+fraction+in+malignant+non-Hodgkin%27s+lymphomas%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Prognostic relevance of tumour-cell growth fraction in malignant non-Hodgkin's lymphomas.</a> Lancet. 330 (8556), 448-449 (1987).</li>
<li>Hickey, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+mapping+of+protein+composition+and+tissue+organization%3A+A+primer+for+multiplexed+antibody-based+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Spatial mapping of protein composition and tissue organization: A primer for multiplexed antibody-based imaging.</a> Nat Methods. 19 (3), 284-295 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Antikörper und Reagenzien&nbsp;</td><td>QUELLE</td><td>BEZEICHNER</td><td>Kommentare</td></tr><tr><td><stark>Antikörper</stark></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CD31 Alexa Fluor 647 (Zyklus 2)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Katze#102516</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_2161029</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CD45 Alexa Fluor 488 (Zyklus 2)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Katze#103122</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_493531</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ki-67 FITC (Zyklus 1)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Katze#151212</td><td>1:50</td></tr><tr><td>AB_2814055</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ki-67 Huhn (ck)</td><td>LSBio</td><td>Katze#LS-C772946</td><td>1:800</td></tr><tr><td>Ki-67 Rat (rt)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Katze#652402</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_11204254</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Neurofilament H& M (NF-H/NF-M) Alexa Fluor 647 (Zyklus 3)&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>Kat#837710</td><td>1:300</td></tr><tr><td>AB_2734613</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>p75NTR (Staffel 1)&nbsp;</td><td>Zell-Signaltechnik</td><td>Kat#8238&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; AB_10839265</td><td>1:1500</td></tr><tr><td>Vimentin Alexa Fluor 488 (Zyklus 3)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Katze#699305</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_2888889</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Alexa Fluor 647 Esel-Anti-Kaninchen</td><td>Jackson ImmunoResearch</td><td>Kat#711-605-152</td><td></td></tr><tr><td><stark>Reagenzien</stark>&nbsp;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cellvis 24 Brunnen Glasbodenplatte</td><td>Cellvis&nbsp;</td><td>P24-1,5H-N</td><td></td></tr><tr><td>Chromalun-Gelatine</td><td>Neuankömmling-Versorgung</td><td>Katze#1033A</td><td></td></tr><tr><td>Click-iT EdU kit&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>C10637</td><td></td></tr><tr><td>Hoechst 33342</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Cat#14533; CAS# 23491-52-3</td><td></td></tr><tr><td>LiBH4, Lithiumborhydrid, 95 %</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Katze#10438443</td><td></td></tr><tr><td>Tissue-Tek O.C.T. Compound Sakura</td><td>Biosystems Schweiz</td><td>Kat#7109-4583</td><td></td></tr><tr><td>PBS</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Kat#10010-015</td><td></td></tr><tr><td>Superfrost Plus Adhäsionsmikroskop-Objektträger&nbsp;</td><td>Epredia</td><td>Katze#J1800AMNZ</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>Kat#T8787</td><td></td></tr><tr><td><stark>Ausrüstung</stark></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Haarbürste&nbsp;</td><td>Faust AG</td><td>Katze#9172051 und 9172050</td><td></td></tr><tr><td>Mikrotom-Klingen&nbsp;</td><td>Biosystems Schweiz</td><td>Katze#207500011</td><td></td></tr><tr><td>Mikroskop</td><td>Molekulare Geräte, ImageXpress Konfokal HT.ai</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Oven&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Katze#HBMCR4220</td><td></td></tr><tr><td>Rocker Shaker</td><td>Edmund B&uuml; hler GmbH</td><td>Katze#32310015</td><td></td></tr></tbody></table>

hochdurchsatz-bildgebungs- und analyse-workflow zur bewertung von hautzell-phänotypen und proliferationszuständen in gewebeproben

High-throughput Imaging and Analysis Workflow for Evaluating Skin Cell Phenotypes and Proliferation States in Tissue Samples

Diese Methode ermöglicht den adäquaten Nachweis proliferierender Zelltypen durch die Kombination von EdU Click-iT-Chemie mit IBEX in fixierten gefrorenen Maushautschnitten. Der Nachweis proliferierender Zelltypen wurde mit verschiedenen Methoden verglichen, insbesondere mit der Markierung proliferierender Zelltypen mit Ki-67-Antikörpern und dem Nachweis der Zellproliferation mit dem EdU Click-iT-Chemieansatz (Abbildung 1). Wir beobachteten, dass die Ki-67-Ant...

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Research

Forschung

JoVE Journal

Biology

Biologie

Die Karzinogenese ist ein Prozess, der Wechselwirkungen zwischen Krebszellen und der Krebs Mikroumgebung. Um die molekularen Ereignisse sezieren, muss man verschiedenen Zellpopulationen in verschiedenen Stadien während der Entwicklung von Krebs zu isolieren. Mit einem Maus-Modell für Basalzellkarzinom, beschreiben wir ein Protokoll für die Zell-Analysen bei der Krebsentstehung.

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Hier beschreiben wir einen Arbeitsablauf für die schnelle Analyse und Erforschung von Sammlungen Fluoreszenzmikroskopiebilder mit PhenoRipper, eine kürzlich entwickelte Bild-Analyse-Plattform.

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Dargestellt ist eine flexible Informatik Workflow ermöglicht Multiplex bildbasierte Analyse fluoreszenzmarkierten Zellen. Der Workflow quantifiziert nukleäre und zytoplasmatische Marker und berechnet Marker Translokation zwischen diesen Fächern. Verfahren für Störung von Zellen mit siRNA und zuverlässige Methode zur Markerdetektion durch indirekte Immunfluoreszenz in 96-Well-Formaten zur Verfügung gestellt.

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Wir haben ein neuartiges Protokoll für das Studium der heterozellulären Populationsdynamik als Reaktion auf Störungen entwickelt. Dieses Manuskript beschreibt eine bildgebende Plattform, die quantitative Datensätze zur gleichzeitigen Charakterisierung mehrerer zellulärer Phänotypen heterocyclischer Populationen in einer robusten Weise erzeugt.

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Studium der Tumor Mikroumgebung kann prognostische und prädiktive Biomarker des klinischen Ansprechens auf Immuntherapie identifizieren. Hier präsentiert, ist eine innovative Methode basierend auf in Situ Fluoreszenz multispektralen imaging, zu analysieren und automatisch verschiedene Subpopulationen von CD8 zählen+ T Zellen. Diese reproduzierbare und zuverlässige Technik eignet sich für große Kohorte Analysen.

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Erfahren Sie, wie IBEX und Click-iT EdU-Labeling zur Analyse proliferierender Zellen in muriner Haut eingesetzt werden. Diese offene Bildverarbeitungspipeline ermöglicht hochdurchsatzfähige Aufnahmen ohne Programmierkenntnisse.

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