Name: Dual-modale molekulare Kartographie: Integration der Multiplex-mRNA-Detektion mit der Protein-Imaging-Massenzytometrie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-14T12:45:00.000+00:00
Duration: 6 min 51 s
Description: Erfahren Sie die duale molekulare Kartierung von mRNA und Proteinen in FFPE-Geweben mittels Imaging-Massenzymetrie. Diese Methode eröffnet neue Einblicke in die molekularen Mechanismen des Ovarialkarzinoms.

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<ol><li>Cai, S., Allam, M., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+spatial+bioimaging+for+combination+therapy+design%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Cancer%22%5BJournal%5D)">Multiplex spatial bioimaging for combination therapy design.</a> Trends Cancer. 6 (10), 813-818 (2020).</li>
<li>Lu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+biomarker+modalities+for+predicting+response+to+PD-1%2FPD-L1+checkpoint+blockade%3A+a+systematic+review+and+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22JAMA+Oncol%22%5BJournal%5D)">Comparison of biomarker modalities for predicting response to PD-1/PD-L1 checkpoint blockade: a systematic review and meta-analysis.</a> JAMA Oncol. 5 (8), 1195-1204 (2019).</li>
<li>Parolini, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microplastic+contamination+in+snow+from+western+Italian+Alps%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Environ+Res+Public+Health%22%5BJournal%5D)">Microplastic contamination in snow from western Italian Alps.</a> Int J Environ Res Public Health. 18 (2), 768(2021).</li>
<li>Carstens, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stabilized+epithelial+phenotype+of+cancer+cells+in+primary+tumors+leads+to+increased+colonization+of+liver+metastasis+in+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Stabilized epithelial phenotype of cancer cells in primary tumors leads to increased colonization of liver metastasis in pancreatic cancer.</a> Cell Rep. 35 (2), 108990(2021).</li>
<li>Allam, M., Cai, S., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+bioimaging+of+single-cell+spatial+profiles+for+precision+cancer+diagnostics+and+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Precis+Oncol%22%5BJournal%5D)">Multiplex bioimaging of single-cell spatial profiles for precision cancer diagnostics and therapeutics.</a> NPJ Precis Oncol. 4 (1), 1-12 (2020).</li>
<li>Ferri-Borgogno, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((metabolic%2C+and+subcellular+mapping+of+the+tumor+immune+microenvironment+via+3D+targeted+and+non-targeted+multiplex+multi-omics+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">metabolic, and subcellular mapping of the tumor immune microenvironment via 3D targeted and non-targeted multiplex multi-omics analyses.</a> Cancers (Basel). 16 (5), 846(2024).</li>
<li>Schulz, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+multiplexed+imaging+of+mRNA+and+proteins+with+subcellular+resolution+in+breast+cancer+tissue+samples+by+mass+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">Simultaneous multiplexed imaging of mRNA and proteins with subcellular resolution in breast cancer tissue samples by mass cytometry.</a> Cell Syst. 6 (1), 25-36.e25 (2018).</li>
<li>Kochan, J., Wawro, M., Kasza, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+detection+of+mRNA+and+protein+in+single+cells+using+immunofluorescence-combined+single-molecule+RNA+FISH%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Simultaneous detection of mRNA and protein in single cells using immunofluorescence-combined single-molecule RNA FISH.</a> Biotechniques. 59 (4), 209-221 (2015).</li>
<li>Ferri-Borgogno, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomics+depict+ligand-receptor+cross-talk+heterogeneity+at+the+tumor-stroma+interface+in+long-term+ovarian+cancer+survivors%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomics depict ligand-receptor cross-talk heterogeneity at the tumor-stroma interface in long-term ovarian cancer survivors.</a> Cancer Res. 83 (9), 1503-1516 (2023).</li>
<li>Mok, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+gene+signature+predictive+for+outcome+in+advanced+ovarian+cancer+identifies+a+survival+factor%3A+microfibril-associated+glycoprotein+2%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">A gene signature predictive for outcome in advanced ovarian cancer identifies a survival factor: microfibril-associated glycoprotein 2.</a> Cancer Cell. 16 (6), 521-532 (2009).</li>
<li>Yeung, T. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anticancer+immunotherapy+by+MFAP5+blockade+inhibits+fibrosis+and+enhances+chemosensitivity+in+ovarian+and+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Anticancer immunotherapy by MFAP5 blockade inhibits fibrosis and enhances chemosensitivity in ovarian and pancreatic cancer.</a> Clin Cancer Res. 25 (21), 6417-6428 (2019).</li>
<li>Ogura, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-17+promotes+autoimmunity+by+triggering+a+positive-feedback+loop+via+interleukin-6+induction%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">Interleukin-17 promotes autoimmunity by triggering a positive-feedback loop via interleukin-6 induction.</a> Immunity. 29 (4), 628-636 (2008).</li>
<li>Murakami, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Local+microbleeding+facilitates+IL-6-+and+IL-17-dependent+arthritis+in+the+absence+of+tissue+antigen+recognition+by+activated+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Local microbleeding facilitates IL-6- and IL-17-dependent arthritis in the absence of tissue antigen recognition by activated T cells.</a> J Exp Med. 208 (1), 103-114 (2011).</li>
<li>Hou, W., Jin, Y. -H., Kang, H. S., Kim, B. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-6+%28IL-6%29+and+IL-17+synergistically+promote+viral+persistence+by+inhibiting+cellular+apoptosis+and+cytotoxic+T+cell+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Interleukin-6 (IL-6) and IL-17 synergistically promote viral persistence by inhibiting cellular apoptosis and cytotoxic T cell function.</a> J Virol. 88 (15), 8479-8489 (2014).</li>
<li>Geskin, L. J., Viragova, S., Stolz, D. B., Fuschiotti, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-13+is+overexpressed+in+cutaneous+T-cell+lymphoma+cells+and+regulates+their+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Blood%22%5BJournal%5D)">Interleukin-13 is overexpressed in cutaneous T-cell lymphoma cells and regulates their proliferation.</a> Blood. 125 (18), 2798-2805 (2015).</li>
<li>Aspord, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Breast+cancer+instructs+dendritic+cells+to+prime+interleukin+13-secreting+CD4%2B+T+cells+that+facilitate+tumor+development%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Breast cancer instructs dendritic cells to prime interleukin 13-secreting CD4+ T cells that facilitate tumor development.</a> J Exp Med. 204 (5), 1037-1047 (2007).</li>
<li>Votava, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+expression+profiles+of+CD47+in+the+tumor+microenvironment+of+salivary+gland+cancers%3A+a+next+step+in+histology-driven+immunotherapy%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Cancer%22%5BJournal%5D)">The expression profiles of CD47 in the tumor microenvironment of salivary gland cancers: a next step in histology-driven immunotherapy.</a> BMC Cancer. 22 (1), 1-12 (2022).</li>
<li>Liu, X., Kwon, H., Li, Z., Fu, Y. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Is+CD47+an+innate+immune+checkpoint+for+tumor+evasion%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hematol+Oncol%22%5BJournal%5D)">Is CD47 an innate immune checkpoint for tumor evasion.</a> J Hematol Oncol. 10 (1), 1-10 (2017).</li>
<li>Salerno, F., Guislain, A., Cansever, D., Wolkers, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TLR-mediated+innate+production+of+IFN-%CE%B3+by+CD8%2B+T+cells+is+independent+of+glycolysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Immunol%22%5BJournal%5D)">TLR-mediated innate production of IFN-γ by CD8+ T cells is independent of glycolysis.</a> J Immunol. 196 (9), 3695-3705 (2016).</li>
<li>Kalia, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prolonged+interleukin-2R%CE%B1+expression+on+virus-specific+CD8%2B+T+cells+favors+terminal-effector+differentiation+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">Prolonged interleukin-2Rα expression on virus-specific CD8+ T cells favors terminal-effector differentiation in vivo.</a> Immunity. 32 (1), 91-103 (2010).</li>
<li>Cancino-Díaz, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-13+receptor+in+psoriatic+keratinocytes%3A+overexpression+of+the+mRNA+and+underexpression+of+the+protein%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Interleukin-13 receptor in psoriatic keratinocytes: overexpression of the mRNA and underexpression of the protein.</a> J Invest Dermatol. 119 (5), 1114-1120 (2002).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAscope%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">RNAscope.</a> J Mol Diagn. 14 (1), 22-29 (2012).</li>
<li>Marlin, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+process+for+H%26E%2C+immunofluorescence%2C+and+imaging+mass+cytometry+on+a+single+slide+with+a+concise+analytics+pipeline%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">A novel process for H&E, immunofluorescence, and imaging mass cytometry on a single slide with a concise analytics pipeline.</a> Cytometry A. 103 (12), 1010-1018 (2023).</li>
<li>Pemberton, J., Kala, S., Dikshit, A., Hupple, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regular+and+young+investigator+award+abstracts%5BTitle%5D)+AND+%22Thorax%22%5BJournal%5D)">Regular and young investigator award abstracts.</a> Thorax. 72 (Suppl 3), A1654(2017).</li>
<li>Hu, K., Harman, A., Baharlou, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+mass+cytometry+for+in+situ+immune+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Imaging mass cytometry for in situ immune profiling.</a> Methods Mol Biol. 2779, 407-423 (2024).</li>
<li>Chevrier, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Compensation+of+signal+spillover+in+suspension+and+imaging+mass+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">Compensation of signal spillover in suspension and imaging mass cytometry.</a> Cell Syst. 6 (5), 612-620.e15 (2018).</li>
<li>Shi, S. R., Imam, S. A., Young, L., Cote, R. J., Taylor, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antigen+retrieval+immunohistochemistry+under+the+influence+of+pH+using+monoclonal+antibodies%5BTitle%5D)+AND+%22J+Histochem+Cytochem%22%5BJournal%5D)">Antigen retrieval immunohistochemistry under the influence of pH using monoclonal antibodies.</a> J Histochem Cytochem. 43 (2), 193-201 (1995).</li>
<li>Duncan, J. S., Elliott, K. L., Kersigo, J., Gray, B., Fritzsch, B. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aDuncan%2C+JS+%22In+situ+hybridization+methods%22">In situ hybridization methods</a>. , Springer. New York, NY. (2015).</li>
<li>Rivest, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fully+automated+sequential+immunofluorescence+%28seqIF%29+for+hyperplex+spatial+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Fully automated sequential immunofluorescence (seqIF) for hyperplex spatial proteomics.</a> Sci Rep. 13 (1), 1-12 (2023).</li>
<li>Sans, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomics+of+intraductal+papillary+mucinous+neoplasms+of+the+pancreas+identifies+NKX6-2+as+a+driver+of+gastric+differentiation+and+indolent+biological+potential%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomics of intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas identifies NKX6-2 as a driver of gastric differentiation and indolent biological potential.</a> Cancer Discov. 13 (8), 1844-1861 (2023).</li>
<li>Glasson, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+high-dimensional+imaging+mass+cytometry%3A+one+step+beyond+in+oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Immunopathol%22%5BJournal%5D)">Single-cell high-dimensional imaging mass cytometry: one step beyond in oncology.</a> Semin Immunopathol. 46 (1), 1-12 (2023).</li>
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<table><tbody><tr><td>&nbsp; https://www.protocols.io/view/oligonucleotide-polymer-conjugation-for-imaging-ma-dm6gpjz91gzp/v2.</td><td>Protocols.IO</td><td>dx.doi.org/10.17504/protocols.io.dm6gpjz91gzp/v2</td><td>Oligonukleotid-Polymer-Konjugation zur Bildgebung der Massenzytometrie V.2&nbsp;</td></tr><tr><td>10x TBS RNAse-frei</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>J62780. K7</td><td>Für intermittierende Waschen zwischen den Schritten</td></tr><tr><td>ACD HybEZ II Hybridisierungssystem</td><td>ACD Biotechne</td><td>321711</td><td>Ofen für Backpapier-Folien</td></tr><tr><td>Antikörperverdünner</td><td>Dako</td><td>S0809&nbsp;</td><td>Antikörper-Verdünnungspuffer</td></tr><tr><td>Antikörper: B7-H3</td><td>Bethyl</td><td>A700-025CF, A700-026CF</td><td>Klon: BLR025F, BLR026F</td></tr><tr><td>Antikörper: B7-H4</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>14-5949-82</td><td>Klon: H74</td></tr><tr><td>Antikörper: BRD4(6F11)</td><td>Bethyl</td><td>A700-005CF</td><td>Klon: BL-151-6F11</td></tr><tr><td>Antikörper: CCR6</td><td>R& D</td><td>MAB195-100</td><td>Klon: 53103</td></tr><tr><td>Antikörper: CD11b</td><td>Abcam&nbsp;</td><td>ab209970</td><td>Klon: EPR1344</td></tr><tr><td>Antikörper: CD25</td><td>Abcam&nbsp;</td><td>ab215378</td><td>Klon: EPR6452</td></tr><tr><td>Antikörper: CD278/ICOS</td><td>CST&nbsp;</td><td>89601BF</td><td>Klon: D1K2T</td></tr><tr><td>Antikörper: CD31</td><td>Abcam&nbsp;</td><td>ab207090</td><td>Klon: EPR3094</td></tr><tr><td>Antikörper: CD33</td><td>Abcam&nbsp;</td><td>ab238784</td><td>Klon: SP266</td></tr><tr><td>Antikörper: CD3e&nbsp;</td><td>CST</td><td>85061BF</td><td>Klon: D7A6E</td></tr><tr><td>Antikörper: CD4</td><td>Abcam</td><td>ab181724</td><td>Klon: EPR6855</td></tr><tr><td>Antikörper: CD44</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>MA1-10225</td><td>Klon: IM7</td></tr><tr><td>Antikörper: CD45</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>14-9457-82</td><td>Klon: CD45-2B11</td></tr><tr><td>Antikörper: CD8a</td><td>CST&nbsp;</td><td>85336BF</td><td>Klon: D8A8Y</td></tr><tr><td>Antikörper: CXCL13</td><td>R& D</td><td>AF801</td><td>Klon: Polyklonal</td></tr><tr><td>Antikörper: CXCR5</td><td>R& D</td><td>MAB190-100</td><td>Klon: CXCR5</td></tr><tr><td>Antikörper: Gamma-H2AX</td><td>Bethyl</td><td>A700-053CF</td><td>Klon: BLR053F</td></tr><tr><td>Antikörper: Granzym B</td><td>Santa Cruz</td><td>SC-8022 X</td><td>Klon: 2C5</td></tr><tr><td>Antikörper: KAP1</td><td>Bethyl</td><td>A700-014CF</td><td>Klon: BL-248-2G6</td></tr><tr><td>Antikörper: Ki67</td><td>Bethyl</td><td>A700-021CF</td><td>Klon: BLR021E</td></tr><tr><td>Antikörper: LCK&nbsp;</td><td>CST</td><td>2984BF</td><td>Klon: D88</td></tr><tr><td>Antikörper: MFAP5</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>PMID: 31332047 / Klon: 130A&nbsp; (Hinweis: individuell entworfen)&nbsp;</td></tr><tr><td>Antikörper: SMA</td><td>CST</td><td>56856BF</td><td>Klon: 1A4</td></tr><tr><td>Antikörper: VEGF</td><td>STB-Fluidigm</td><td>3163028D</td><td>Klon: G153-494</td></tr><tr><td>Antikörper: VISTA</td><td>CST</td><td>64953BF</td><td>Klon: D1L2G</td></tr><tr><td>AZ-AR1 Elegance Citra&nbsp;</td><td>BioGeneX</td><td>HK546-XAK</td><td>Antigenrückgewinnungspuffer</td></tr><tr><td>Ethylalkohol 100 % (200 Proof)</td><td>Pharmco</td><td>111000200</td><td>Für die Deparaffinisierung</td></tr><tr><td>EZ &ndash; Retriever IR</td><td>BioGeneX</td><td>MW016-IR</td><td>Antigenentnahmesystem für FFPE-Gewebeschnitte</td></tr><tr><td>HybEZ II Hybridisierungssystem</td><td>ACD Biotechne</td><td>321710</td><td>Das System besteht aus: HybEZ-Ofen (PN 321710/321720), einem Feuchtigkeitskontrollblech (PN 310012) und HybEZ-Befeuchtungspapier (2 Blätter PN 310025), EZ-Batch-Waschblech (PN 321717), EZ-Batch-Folienhalter (PN 321716)</td></tr><tr><td>ImmEdge Hydrophobe Barriere PAP Pen&nbsp;</td><td>VectorLabs</td><td>H-4000</td><td>Hydrophober Barrierestift</td></tr><tr><td>IR-Interkalator-Lösung</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>NC1038184</td><td>Verwendet zur Identifizierung von nuklearen Zellen</td></tr><tr><td>KERATIN 18.8.</td><td>CST&nbsp;</td><td>4546BF</td><td>Klon: C51</td></tr><tr><td>Metalloligos</td><td>Verschiedene</td><td>Verschiedene</td><td>Metallanhänger von T1 bis T12, je nachdem, welcher benötigt wird, reicht von T1 bis T12</td></tr><tr><td>Nukleasefreies Wasser (NFW)</td><td>Corning&nbsp;</td><td>46-000-CM&nbsp;</td><td>Um alle Geräte zu reinigen und vorzubereiten und bei Bedarf als Verdünner zu verwenden</td></tr><tr><td>RNAscope Protease Plus&nbsp;</td><td>ACD Biotechne</td><td>322331&nbsp;</td><td>Verwendet zur Permeabilisierung von Zellmembranen von Proben</td></tr><tr><td>RNAscope EZ-Batch Schlittenträgerhalter</td><td>ACD Biotechne</td><td>310017</td><td>Entwickelt, um bis zu 20 Objektträger manuell in Chargen effizient zu verarbeiten</td></tr><tr><td>RNAscope HiPlex12 Reagenzien Kit v2&nbsp;</td><td>ACD Biotechne</td><td>324409</td><td>Reagenzien für RNAScope</td></tr><tr><td>RNAscope HiPlex-Sonde – Zielsonden</td><td>ACD Biotechne</td><td>Verschiedene</td><td>Sie reichen von T1 bis T12, je nachdem, was benötigt wird.</td></tr><tr><td>RNaseZap RNase-Dekontaminationslösung</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9782</td><td>Eine Oberflächendekontaminationslösung, die RNases zerstört</td></tr><tr><td>Färbegeister-Mikroskop-Objektträger-Korbhalter 24 Plätze chemisch resistenter Kunststoff</td><td>Optimal Wissenschaftlich</td><td>3028</td><td>Zum Färben mehrerer Objektträger</td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AAJ20605AP</td><td>Für intermittierende Waschen zwischen den Schritten</td></tr><tr><td>Ultravision-Proteinblock</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>TA125PBQ</td><td>Blockpuffer</td></tr></tbody></table>

dual-modale molekulare kartographie: integration der multiplex-mrna-detektion mit der protein-imaging-massenzytometrie

Dual-modality Molecular Cartography: Integrating Multiplex mRNA Detection with Protein Imaging Mass Cytometry

Dual-modale molekulare Kartographie: Integration der Multiplex-mRNA-Detektion mit der Protein-Imaging-Massenzytometrie

The ability to detect protein and mRNA in the same assay helps us understand how the cell is priming for an arrival and what cues it receives as it ...

dual-modality-molecular-cartography-integrating-multiplex-mrna

Research

Forschung

JoVE Journal

Cancer Research

Krebsforschung

Immunhistochemie ist eine leistungsfähige Labortechnik zur Bewertung der Proteinlokalisierung und -expression in Geweben. Aktuelle halbautomatische Methoden zur Quantifizierung führen zu Subjektivität und führen oft zu nicht reproduzierbaren Ergebnissen. Darin beschreiben wir Methoden zur Multiplex-Immunhistochemie und zur objektiven Quantifizierung der Proteinexpression und Co-Lokalisierung mittels multispektraler Bildgebung.

Die Quantifizierung der Proteinexpression und Co-Lokalisation Mit Multiplexed immunhistochemischen Anfärbung und Multispektraltechnik

Wir zeigen eine Methode, um mehrere Moleküle innerhalb heterogener Nanostrukturen bei Einzelmolekülgenauigkeit unter Verwendung sequentieller Bindung und Elution von fluoreszenzmarkierten Antikörpern abzubilden.

Hochmultiplexed, Super-Auflösung Bildgebung von T-Zellen mit madSTORM

Wir beschreiben eine schnelle Färbemethode zur multispektralen Bildgebung an gefrorenen Geweben.

Eine schnelle Methode zur multispektralen Fluoreszenz-Bildgebung von tiefgefrorenen Gewebeabschnitten

Hier beschreiben wir ein Protokoll zur Feinabstimmung von Regions of Interest (ROIs) für Spatial Omics-Technologien, um die Tumormikroumgebung besser zu charakterisieren und spezifische Zellpopulationen zu identifizieren. Für Proteomik-Assays können automatisierte, angepasste Protokolle die ROI-Auswahl leiten, während Transkriptomik-Assays mit ROIs von nur 50 μm fein abgestimmt werden können.

Räumliches Profiling der Protein- und RNA-Expression im Gewebe: Ein Ansatz zur Feinabstimmung der virtuellen Mikrodissektion

Im Zeitalter der Krebsimmuntherapie hat das Interesse an der Aufklärung der Dynamik der Tumormikroumgebung markant zugenommen. Dieses Protokoll beschreibt eine massenspektrometrische Bildgebungstechnik in Bezug auf ihre Färbe- und Bildgebungsschritte, die eine stark gemultiplexte räumliche Analyse ermöglichen.

Erweiterung des Verständnisses der Tumormikroumgebung mittels massenspektrometrischer Bildgebung von formalinfixierten und paraffineingebetteten Gewebeproben

Die Multiplex-Barcoding-Bildanalyse hat kürzlich die Charakterisierung der Tumormikroumgebung verbessert und ermöglicht umfassende Studien der Zellzusammensetzung, des funktionellen Zustands und der Zell-Zell-Interaktionen. In dieser Arbeit beschreiben wir ein Färbe- und Bildgebungsprotokoll unter Verwendung des Barcodings von Oligonukleotid-konjugierten Antikörpern und Zyklusbildgebung, das die Verwendung einer hochdimensionalen Bildanalysetechnik ermöglicht.

Multiplex-Barcoding-Bildanalyse zur Immunprofilierung und räumlichen Kartierung bei der Einzelzellanalyse von Paraffingewebeproben

Dieses Protokoll beschreibt eine umfassende Analysemethode der Massenzytometrie (Cytometry by Time-of-Flight [CyTOF]) zur Bewertung sowohl systemischer als auch lokaler Immunantworten beim hepatozellulären Karzinom (HCC). Der Ansatz zielt darauf ab, Einblicke in die Immunlandschaft von HCC zu geben und ein tieferes Verständnis der Tumormikroumgebung und der damit verbundenen Immunmechanismen zu ermöglichen.

Massenzytometrische Analyse systemischer und lokaler Immunantworten beim hepatozellulären Karzinom

Dieser Bericht beschreibt ein automatisiertes Protokoll für Multiplex-Immunfluoreszenz-Assays (mIF) auf einem automatisierten Objektträgerfärbegerät. Es demonstriert die hohe Reproduzierbarkeit der räumlichen Proteomik auf Standard-Hochdurchsatz-Gewebe-Autostainern und Ganzobjektträger-Fluoreszenz-Imagern, was ideal für kundenspezifische mIF-Assays über eine große Anzahl von Gewebeobjektträgern in der translationalen Forschung ist.

Automatisierte Hochdurchsatz-Multiplex-Immunfluoreszenz-Assays für die translationale Forschung

Dieses Protokoll bietet eine Schritt-für-Schritt-Anleitung für die Entwicklung eines Multiplex-Immunfluoreszenz-Antikörper-Panels für die DNA-Barcode-basierte Bildgebung von murinen FFPE-Melanomgeweben. Wir beschreiben auch eine Bildanalyse-Pipeline mit Open-Source-Tools zur Generierung von räumlichen Proteomik-Einblicken in die Immunmikroumgebung des Mausmelanomtumors.

DNA-Barcode-basierte Multiplex-Immunfluoreszenz-Bildgebung zur Analyse von FFPE-Proben von genetisch umprogrammierten murinen Melanomen

Orthotopen intrakraniellen Injektion von Tumorzellen wurde in der Krebsforschung zur Gehirn Tumorbiologie, Fortschreiten, Evolution und therapeutische Reaktion zu studieren. Hier präsentieren wir Ihnen Fluoreszenz Molekulare Tomographie der Tumor Xenografts vorsieht, dass Echtzeit-intravitalen Bildgebung und Quantifizierung eines Tumors in präklinischen Glioblastom Modelle Masse.

Fluoreszenz Molekulare Computertomographie für die In-Vivo Bildgebung des Glioblastoms Xenotransplantate

Erfahren Sie die duale molekulare Kartierung von mRNA und Proteinen in FFPE-Geweben mittels Imaging-Massenzymetrie. Diese Methode eröffnet neue Einblicke in die molekularen Mechanismen des Ovarialkarzinoms.

Dual-modale molekulare Kartographie: Integration der Multiplex-mRNA-Detektion mit der Protein-Imaging-Massenzytometrie

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