PCR digital basada en chip para detectar variantes raras de transcripción utilizando un chip nanofluídico

La técnica de PCR digital basada en chip divide una sola reacción en las cámaras de un chip nanofluídico. La amplificación de las secuencias particionadas permite la detección de variantes raras de transcripción: transcripciones no canónicas que ocurren a baja frecuencia.

Para comenzar, tome una muestra que contenga ADNc de la variante de transcripción rara objetivo y la variante común. Agregue una solución que contenga ADN polimerasa termoestable, dNTP y cebadores.

Agregue sondas de oligonucleótidos específicas de variantes de transcripción comunes y raras, marcadas con diferentes reporteros fluorescentes y moléculas extintoras. El apagador absorbe la fluorescencia del reportero cuando está muy cerca.

Cargue la mezcla en el chip nanofluídico. La solución se divide en nanocámaras de tamaño uniforme. Cada cámara que contiene un ADNc sirve como un recipiente de reacción independiente.

Inicie el proceso de ciclo térmico. Una alta temperatura de desnaturalización separa el ADN bicatenario en hebras simples. Baje la temperatura, permitiendo que los cebadores y las sondas de oligonucleótidos se recocan a las regiones complementarias de las hebras individuales de ADN.

Aumente la temperatu