Name: La detección de formas modificadas de la citosina Uso Sensitive Inmunohistoquímica (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-08-16T15:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 13 s
Description: Aprende a detectar formas modificadas de citosina mediante inmunohistoquímica sensible con amplificación de señal por tiramida. Este método permite mapear la distribución espacial de derivados oxidados de 5mC en tejidos de cerebro de ratón.

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Agradecemos a la Unidad de Microscopía Avanzada (Facultad de Ciencias de la Vida, Universidad de Nottingham) y al equipo de Histología de la Unidad de Ciencias Reproductivas Humanas del MRC (Edimburgo), al Instituto de Neurociencia de la ULB y al FNRS por su ayuda y apoyo. Este trabajo fue apoyado por MRC (MR/L001047/1 a A.D.J.).

Todos los procedimientos involucrados en animales se realizaron de acuerdo con la Universidad de Nottingham junta de revisión ética. 1. Selección de preparación de tejidos adecuados para inmunotinción <ol><li> Generar sección en parafina de tipo salvaje embriones de ratones CD1 y tejidos cerebrales en adultos como se ha descrito previamente 25. Utilice secciones de tejido cerebral fijos, ya sea con 4% de formaldehído (FA) o el 4% de paraformaldehído (PFA) para inmunotinción método 25. NOTA: El uso de secciones de tejidos embebidos en parafina requiere de-depilación con cera antes del marcaje de anticuerpos. Dado que el tratamiento con 2 - 4 de M de ácido clorhídrico (HCl) empleado en el protocolo para la desnaturalización del ADN no es compatible con la mayoría de las estrategias de recuperación de antígeno, se recomienda el uso de cualquiera de las secciones de micrótomo para criosféricos o co-detección de los derivados de la oxidación de proteínas 5mC marcadores. </li></ol> 2. El desparafinado de parafina secciones de tejido incluidas &lt;<html> / P&gt; <ol><li> En una cabina de seguridad de clase en curso II, lavar la parafina secciones de tejidos embebidos en una jarra Coplin llena de xileno, 2 veces durante 10 minutos cada uno a temperatura ambiente. NOTA: Es importante usar xileno fresco como la eliminación de parafina incompleta puede dar lugar a patrones de tinción inconsistentes. </li><li> Después de-cera, rehidratar rápidamente las secciones de tejido de lavado consecutivamente en 95, 75, y 50% de etanol durante 10 min cada uno a temperatura ambiente. </li></ol> 3. La fijación y permeabilización de Cryo-micrótomo y las Secciones <ol><li> Fijar las secciones de tejido rehidratadas por su inclusión en cualquiera de hielo frío 4% PFA o 4% FA durante 15 min a RT. </li><li> Eliminar el exceso de fijador lavando las secciones en PBS (solución salina tamponada con fosfato) durante 5 min a TA. </li><li> Permeabilizar las secciones de tejido mediante la colocación en un tarro Coplin llena de PBX (0,5% Triton X-100 en PBS) durante 30 min a TA. Eliminar el exceso de PBX lavando las secciones en breve en PBT (0,01% de Tween 20 en PBS). </li></ol>jove_title &quot;&gt; 4. La inmunotinción para Oxi-5mC Derivados <ol><li> Colocar las secciones permeabilizadas en HCl 2 N durante 60 min a RT para la despurinización del ADN. NOTA: Aunque las concentraciones más altas de HCl (por ejemplo, 4 N) conducen a un desnaturalizante del ADN más eficiente, que no son compatibles para la co-detección de oxi-MCS con DAPI. </li><li> Colocar las secciones en 10 mM Tris-HCl (pH 8,5) durante 30 min a RT para neutralizar el HCl. Alternativamente, lavar las secciones tres veces durante 5 minutos cada uno en PBS. Se incuban las secciones en PBT durante 5 min a RT. </li><li> Retirar con cuidado el líquido de la zona que rodea la sección de tejido sin dejar que la sección de tejido se seque por completo en cualquier paso agitando suavemente el portaobjetos. Utilice un bolígrafo barrera hidrofóbica para rodear la sección sin tocar la sección. NOTA: La pluma barrera hidrofóbica reduce el volumen de anticuerpo requerido para teñir el tejido y puede permitir múltiples secciones que se tiñeron con diferenanticuerpos t en la misma diapositiva. </li><li> Incubar las secciones en 100 l de solución de bloqueo (albúmina de suero bovino 10% en PBS) durante 1 hr a temperatura ambiente en una cámara húmeda. NOTA: Saltarse este paso no afectaría a la eficacia de la tinción de las bases de citosina modificadas. </li><li> Incubar las secciones de tejido en 100 l de una dilución 1: 5000 de anticuerpo monoclonal de ratón anti-5hmC y una dilución 1: 1000 de anticuerpos policlonales de conejo anti-5caC anticuerpos primarios en solución de bloqueo durante 1 hora a RT en una cámara húmeda. Alternativamente, lleve a cabo la incubación durante la noche a 4 ° C si es necesario. NOTA: Las secciones procesadas sin anticuerpos primarios pueden servir como controles negativos adecuados para el procedimiento de tinción. Los 12,5 días después de las secciones del cerebro de embriones murinos coito enriquecidas en 5caC, 5FC y 5hmC 20 se puede utilizar como control positivo. </li><li> Retire el exceso de anticuerpos mediante el lavado de las secciones en una jarra Coplin llena de PBT tres veces durante 5 minutos cada uno en un politarro lin a TA. NOTA: El aumento del volumen de las soluciones de lavado puede reducir la tinción de fondo. </li><li> Eliminar el exceso de PBT y, si es necesario, rodear las secciones de nuevo con la pluma barrera hidrófoba como PBT contiene detergente que puede debilitar la barrera hidrofóbica. </li><li> Hacer una dilución 1: 400 de anticuerpo conjugado con HRP de cabra anti-conejo y una dilución 1: 400 de burro anti-ratón de anticuerpo conjugado con 555 en solución de bloqueo. </li><li> Incubar las secciones de tejido en 100 l de mezcla de anticuerpo secundario de la etapa 4.9 durante 1 hora a RT en una cámara húmeda. </li><li> Lavar las secciones de tejido en una jarra Coplin llena de PBT tres veces durante 5 minutos cada uno a TA. </li><li> Colocar las secciones de tejido en 100 l de una dilución 1: 200 de tiramida en el tampón de amplificación de la señal de tiramida por 2 min a TA. </li><li> Inmediatamente, eliminar la solución tiramida exceso por lavado de los portaobjetos tres veces durante 5 minutos cada uno en PBT. </li><li> cuidadoy eliminar el exceso de PBT y cubrir inmediatamente las secciones con una gota de medio de montaje (ver Lista de Materiales). </li><li> Con cuidado, coloque un cubreobjetos sobre las secciones de tejido y tapar inmediatamente el cubreobjetos con esmalte de uñas. </li><li> Almacenar las secciones de tejido a 4 ° C durante varias horas antes del examen microscópico. Examinar bajo el microscopio fluorescente a 405, 488 y / o 555 nm (10 - 40 aumentos). </li></ol>

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</ol>

Los autores declaran no tener ningún conflicto de intereses.

Aunque el reportado baja abundancia de los derivados de oxidación 5mC, 5FC y 5caC en algunos tejidos presentaría limitaciones significativas para un protocolo inmunoquímica estándar, la incorporación de anticuerpos secundarios conjugados con peroxidasa permitió la detección de estas modificaciones de citosina en tejidos fijados y las células (Figura 2) . Sin embargo, el tiempo óptimo de incubación con la solución de tiramida debe ser optimizado experimentalmente para cada lote individual de tiramida kit de amplificación de señal, donde se observa una relación lineal entre la intensidad de la señal y la duración de la señal de amplificación basado tiramida, para más detalles se refiere a Almeida et al. 2012 26 . Además, la relación señal / fondo se puede mejorar significativamente mediante la realización de los lavados en un tarro Coplin para permitir la eliminación eficaz de exceso de anticuerpos. Después de la incubación con solución de tiramida, es importante para detener inmediatamente la reacción por lavado en solución PBT a dtinción de fondo ecrease. Es muy importante no permitir que las secciones se sequen en cualquier momento durante el procedimiento. La eficiencia de la despurinización del ADN puede mejorarse llevando a cabo la reacción despurinación a 37 ° C. Durante el uso de HCl 4 N en lugar de 2 N mejora la tinción de las formas modificadas de 5mC utilizando HCl 4 N para la despurinización de ADN no permitiría co-tinción con DAPI, ya que interactúa exclusivamente con el ADN de doble cadena. Aunque esta técnica puede proporcionar robusto evaluación semi-cuantitativa de las formas modificadas de las bases de citosina donde detectable, no se puede utilizar para la evaluación de los niveles absolutos de 5mC o sus derivados de oxidación. Por lo tanto, se recomienda el uso de otros enfoques complementarios pero cuantitativo 16, 19 -24. Desde el descubrimiento de los derivados de oxidación 5mC en los genomas de mamíferos, varios enfoques han sido desarrollados para estudiar sus funciones biológicas 16, 19-24. Aunque estos approaches pueden ser útiles en la determinación de los niveles absolutos de los derivados de oxidación 5mC, que no proporcionan información sobre su distribución espacial 20, 26. Hemos utilizado con éxito el método descrito aquí para cartografiar la distribución espacial y la localización de los derivados de oxidación 5mC en diferentes tipos de células del cerebro en desarrollo y adultos 20 Al revelar su distribución espacial 20, esta técnica puede ser crucial para la comprensión de las implicaciones biológicas y el destino de los derivados oxidados de 5mC en varios contextos biológicos, donde estos derivados modificados de 5mC se pueden detectar incluyendo celular diferenciación, el desarrollo y la enfermedad. Además, el método como se describe aquí puede dar evaluaciones semi-cuantitativas de los derivados oxidados de 5mC en diferentes tejidos mediante la evaluación de la cinética de la reacción de la peroxidasa (que es proporcional a la intensidad de la tinción) a diferentes tiempos de incubación con tyramide 26.

La metilación de las bases de citosina en el ADN (5mC) representa una importante marca epigenética encontrado en los vertebrados genomas asociados con silenciamiento transcripcional 1. 5mC está siendo introducido y mantenido por metiltransferasas de ADN de 2-5, y se ha demostrado que desempeñan papeles importantes en una serie de procesos biológicos incluyendo la impronta genómica, la inactivación del cromosoma X, la diferenciación celular, y desarrollo 3, 6. En consecuencia, la interrupción de patrones genómicos 5mC se asocia con una serie de enfermedades 7, 8-11. A pesar de los avances en la comprensión de papel 5mC en el desarrollo y la enfermedad, todavía se siguen en gran medida se desconoce cómo se va a quitar esta marca en el desarrollo y tejidos adultos. Recientemente se han propuesto varios mecanismos potenciales de la desmetilación de ADN que incluye mecanismos activos y pasivos de desmetilación 12, 13, 14, 15. El descubrimiento de los productos de la oxidación secuencial 5mC mediadas a las diez y 11 Enzym translocaciónES (Tet1 / 2/3), tales como 5-hydroxylmethylcytosine (5hmC), 5-formylcytosine (5FC), y 5-carboxylcytosine (5caC) en eucariotas ADN 16, 17, 18, ​​19 especulaciones impulsó si pueden servir como intermedios de procesos de desmetilación de ADN o marcas epigenéticas actúan como estables en su propio derecho 13. Mientras que la demostración de que el componente de reparación por escisión de base, glicosilasa timina-ADN (TDG) se puede unir y eliminar tanto 5FC y 5caC de ADN 19, 20 sugiere un papel para los derivados de 5mC modificados en una desmetilación de ADN activo. La evidencia reciente que demuestra que 5FC / 5caC puede modular la velocidad de los puntos de procesividad de ARN II a la posible participación de estas marcas en la regulación transcripcional 29. Debido a este potencial importancia biológica de las formas oxidadas de 5mC, una gama de técnicas bioquímicas y de anticuerpos basado se han empleado para el estudio de su distribución genómica y contenido global 16, 19-24. Dado que la mayoría de tél vertebrado órganos consisten en diferentes tipos de células y que la distribución de las bases de citosina modificada es de tejido y de tipo celular específico 16 a 18, 20, 23, 25 a 27, la determinación de la distribución espacial de los derivados oxidados 5mC en diferentes tejidos se convierte en un importante experimental tarea necesaria para desvelar sus funciones biológicas. La mayoría de los enfoques bioquímicos y de anticuerpos basados ​​no proporcionan ninguna información espacial sobre la distribución de las formas modificadas de 5mC en diferentes tejidos y tipos celulares. En contraste, las técnicas basadas en inmunoquímica pueden proporcionar una herramienta rápida para la evaluación de la distribución espacial y la localización nuclear de 5mC 28 y sus derivados oxidados 20. Lo que se dice, el comunicado muy baja abundancia de 5FC (20 de cada 10 6 citosina) y 5caC (3 de cada 10 6 citosina) en el genoma del ratón 18 representa un reto importante para la inmunoquímica estándar. Aquí,se describe un método inmunoquímico de alta sensibilidad que proporciona robusto y una detección rápida de la forma oxidada de la citosina en el tejido cerebral de los mamíferos. Mediante la incorporación de anticuerpos secundarios conjugados con peroxidasa junto con una etapa de amplificación de la señal, este método evita los desafíos de la detección de las cantidades muy bajas de 5FC y 5caC. Además, esta técnica se puede utilizar para co-detectar las formas modificadas de la citosina con marcadores específicos de linaje, que complementa eficazmente otros enfoques en la aclaración de las funciones biológicas de estas marcas epigenéticas.

<table><tbody><tr><td>Tarro Coplin</td><td>Cole-Parmer</td><td>UY-48585-30</td><td>Xileno</td></tr><tr><td></td><td></td><td></td> hecho de vidrio <td>Úselo solo en el gabinete de seguridad de Clase II</td></tr><tr><td>Tampón de fosfato salino (PBS)</td><td>Fisher Scientific</td><td>12821680</td><td>pH 7.5, filtrado antes</td></tr><tr><td>de usar 4% de paraformaldehído (PFA)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>P6148</td><td>Una vez hecho se puede almacenar a -20 &deg; C en alícuotas durante varios meses</td></tr><tr><td>4% de formaldehído&nbsp; (FA)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>F8775</td><td>Una vez hecho se puede almacenar a -20 &deg; C en alícuotas durante varios meses</td></tr><tr><td>Etanol, anhidro desnaturalizado, grado histológico</td><td>Sigma Aldrich</td><td>64-17-5</td><td>95, 75, 50% en PBS</td></tr><tr><td>0.01% Tween 20 en PBS</td><td>Sigma Aldrich</td><td>P9416</td><td>PBT</td></tr><tr><td>0.5% Triton X-100 en PBS</td><td>Sigma Aldrich</td><td>X100</td><td>PBX</td></tr><tr><td>2 N HCl</td><td>Sigma Aldrich</td><td>71826</td><td>precaución extremadamente tóxico</td></tr><tr><td>100 mM Tris-HCl&nbsp;</td><td>Promega</td><td>H5121</td><td>pH ajustado a 8,5</td></tr><tr><td>Pluma de barrera hidrofóbica</td><td>Abcam</td><td>ab2601</td><td>para inmunohistoquímica</td></tr><tr><td>Cámara de humedad de portaobjetos</td><td>Scientific Device Laboratory</td><td>197-BL</td><td></td></tr><tr><td>anticuerpo anti-5mC para ratones</td><td>Diagenode</td><td>C15200081</td><td>anticuerpo primario monoclonal</td></tr><tr><td>Anticuerpo anti-5hmC</td><td>Active Motif</td><td>39791</td><td>conejo policlonal anticuerpo primario</td></tr><tr><td>Anticuerpo anti-5caC</td><td>Active Motif</td><td>61225</td><td>conejo policlonal anticuerpo primario</td></tr><tr><td>conjugado con peroxidasa anticuerpo secundario anti-conejo</td><td>Dako</td><td>K1497</td><td></td></tr><tr><td>555-congjuado anticuerpo anti-ratón de cabra</td><td>Sondas moleculares</td><td>A-11005</td><td>&nbsp; anticuerpo secundario</td></tr><tr><td>10% BSA</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A9418</td><td>Solución de bloqueo</td></tr><tr><td>22 x 32 mm Deslizamientos de cubierta de vidrio</td><td>BDH</td><td>406/0188/24</td><td></td></tr><tr><td>Sistema de amplificación de señal de tiramida</td><td>Perkin Elmer</td><td>NEL741001KT</td><td>Se pueden utilizar otros anticuerpos secundarios conjugados con fluoroccomas para la detección conjunta de oxi-5mC&nbsp;</td></tr><tr><td>&nbsp; Medio de montaje con DAPI</td><td>Vector Labs</td><td>H-1200</td><td></td></tr><tr><td>Esmalte</td><td></td><td></td><td></td>de uñas incoloro</tr> pollo <tr><td>policlonal anticuerpo policlonal anticuerpo policlonal anti-GFAP</td><td>Thermo Scientific</td><td>PA5-18598</td><td>dilución 1:400</td></tr><tr><td>anticuerpo monoclonal anti-NeuN de ratón Merck</td><td>milipore</td><td>MAB377B</td><td>dilución 1:400</td></tr></tbody></table>

la detección de formas modificadas de la citosina uso sensitive inmunohistoquímica

Detection of Modified Forms of Cytosine Using Sensitive Immunohistochemistry

La metilación de las bases de citosina (5-metilcitosina, 5mC) que ocurre en los genomas de los vertebrados generalmente se asocia con el silenciamiento transcripcional. La 5-hidroxilmetilcitosina (5hmC), la 5-formilcitosina (5fC) y la 5-carboxilcitosina (5caC) son las bases de citosina modificadas recientemente descubiertas producidas por oxidación enzimática de 5mC, cuyas funciones biológicas siguen siendo relativamente oscuras. Se han empleado una serie de enfoques que van desde técnicas bioquímicas hasta técnicas basadas en anticuerpos para estudiar la distribución genómica y el contenido global de estas modificaciones en varios sistemas biológicos. Aunque algunos de estos enfoques pueden ser útiles para la evaluación cuantitativa de estas formas modificadas de 5mC, la mayoría de estos métodos no proporcionan ninguna información espacial sobre la distribución de estas modificaciones del ADN en diferentes tipos de células, necesaria para la correcta comprensión de sus funciones funcionales. Aquí presentamos un método altamente sensible para la detección inmunoquímica de las formas modificadas de citosina. Este método permite la codetección de estas marcas epigenéticas con marcadores de linaje de proteínas y puede emplearse para estudiar su localización nuclear, contribuyendo así a descifrar sus posibles funciones biológicas en diferentes contextos experimentales.

Para determinar la distribución de 5hmC en secciones de tejido de cerebro, se realizó co-detección de esta modificación epigenética con un marcador de neuronas post-mitóticas, NeuN, empleando anticuerpos 5hmC contra comercial que interactúa específicamente con esta marca, pero no con otras formas de modificado citosina 20, 25. el análisis inmunohistoquímico de las distribuciones 5hmC y 5caC en el cerebro adulto reveló que mientras que el prominente tinción 5hmC co-localiza con células NeuN positivos, células gliales NeuN-negativas poseen niveles más bajos de genómica 5hmC (Figura 1) 20. Recientemente, hemos mostrado que la oxidación 5mC Tet-dependiente es operativa durante la especificación linaje de células madre neurales (NSC) 20. A pesar de ser inmunoquımicamente indetectable en NSCs, 5FC y 5caC muestran inmunotinción prominente en las primeras etapas de la diferenciación neuronal NSCs hacia una<html> nd linajes gliales. Tanto estas marcas transitoriamente acumulan simultáneamente con aspecto de los marcadores de diferenciación neuronal temprana y glial 20. Para determinar la distribución de 5caC en la diferenciación de NSCs hemos realizado co-tinción de esta marca con un marcador GFAP glial en los cultivos fijados de NSCs a los 3 días de la inducción de la diferenciación glial. A diferencia de los comités directivos nacionales o astrocitos maduros (datos no mostrados), se observó una fuerte señal de 5caC en proporción relativamente grande de las células que expresan GFAP en estos cultivos (Figura 2) 20. <img alt="Figura 1" src="/files/ftp_upload/54416/54416fig1.jpg" /> Se muestra la Figura 1. Co-inmunotinción de 5hmC (verde) con NeuN (rojo) en el tejido cerebral en adultos de contraste con DAPI (azul). Los canales individuales y la vista fusionada. Las barras de escala son 25 micras.blank &quot;&gt; Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura. <img alt="Figura 2" src="/files/ftp_upload/54416/54416fig2.jpg" /> Figura 2. Co-inmunotinción de 5caC con GFAP en la Cultura de la NSC en el Día 3 de diferenciación glial. Los canales individuales y la vista fusionada se muestran. Las barras de escala son de 20 micras. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54416/54416fig2large.jpg" target="_blank">Por favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a>

En este trabajo describimos un método inmunoquímico sensible para mapear la distribución espacial de los derivados de oxidación de 5mC basado en el uso de anticuerpos secundarios conjugados con peroxidasa y la amplificación de la señal de tiramida.

La detección de formas modificadas de la citosina Uso Sensitive Inmunohistoquímica

Methylation of cytosine bases (5-methylcytosine, 5mC) occurring in vertebrate genomes is usually associated with transcriptional silencing. ...

El objetivo general de este protocolo inmunoquímico es evaluar la distribución espacial de formas modificadas de citosina en diversos contextos tisulares y celulares, basándose en el uso de anticuerpos secundarios conjugados con peroxidasa y amplificación de señal mediante tiaramida. Este método supera la limitación de otras técnicas que no proporcionan la información espacial necesaria para comprender la función biológica de las formas modificadas de citosina. Además, este método permite la detección simultánea de formas modificadas de citosina junto con marcadores proteicos de linaje y puede emplearse para estudiar su localización nuclear.Para comenzar este procedimiento, fije cortes de tejido rehidratados de embriones de ratón CD1 de tipo salvaje y tejidos cerebrales adultos colocándolos en PFA al 4 % o FA al 4 % frío durante 15 minutos a temperatura ambiente. A continuación, elimine el fijador en exceso lavando los cortes con PBS durante cinco minutos a temperatura ambiente. Luego, permeabilice los cortes de tejido colocándolos en un frasco de Coplin lleno con PBX durante 30 minutos a temperatura ambiente.Posteriormente, elimine el exceso de PBX lavando brevemente las secciones en PBT. A continuación, coloque las secciones permeabilizadas en HCl 2 N durante 60 minutos a temperatura ambiente para la despurinación del ADN. Luego, transfiera las secciones a Tris-HCl 10 milimolar durante 30 minutos a temperatura ambiente para neutralizar el HCl.Alternativamente, lave las secciones tres veces durante cinco minutos cada una en PBS. Incube las secciones en PBT durante cinco minutos a temperatura ambiente. Después, retire cuidadosamente el líquido del área que rodea las secciones de tejido.Mientras tanto, mantenga las secciones de tejido húmedas. Utilice un rotulador de barrera hidrofóbica para rodear las secciones sin tocarlas. Posteriormente, incube las secciones en 100 microlitros de solución bloqueadora durante una hora a temperatura ambiente en una cámara húmeda.A continuación, incubar las secciones de tejido en 100 microlitros de una dilución 1:5000 de un anticuerpo primario monoclonal de ratón anti-5hmC y una dilución 1:1000 de un anticuerpo primario policlonal de conejo anti-5caC en solución bloqueante durante una hora a temperatura ambiente. Alternativamente, realizar la incubación durante la noche a cuatro grados Celsius. A continuación, eliminar los anticuerpos en exceso lavando las secciones en un frasco Coplin lleno con PBT tres veces durante cinco minutos cada vez a temperatura ambiente.Luego, elimine el exceso de PBT y, si es necesario, rodee nuevamente los cortes con un marcador de barrera hidrofóbica, ya que el PBT contiene detergente que puede debilitar la barrera hidrofóbica. A continuación, prepare una dilución 1:400 de anticuerpo secundario de cabra anti-conejo conjugado con HRP y una dilución 1:400 de anticuerpo secundario de asno anti-ratón conjugado con 555 en la solución de bloqueo. Incube entonces los cortes tisulares en 100 microlitros de la mezcla de anticuerpos secundarios durante una hora a temperatura ambiente en una cámara húmeda.Posteriormente, lave las secciones de tejido en un frasco Coplin lleno con PBT tres veces durante cinco minutos cada una a temperatura ambiente. Luego, transfiera las secciones de tejido a 100 microlitros de tiramida en una dilución 1:200 en el tampón de amplificación de señal con tiramida durante dos minutos a temperatura ambiente. El tiempo de incubación en la solución de tiramida debe optimizarse experimentalmente para cada lote individual del kit de amplificación de señal con tiramida, en el que se observa una relación lineal entre la intensidad de la señal y la duración de la amplificación de señal basada en tiramida.Inmediatamente después, elimine el exceso de solución de tiramida lavando los portaobjetos tres veces durante cinco minutos cada vez en PBT. Retire cuidadosamente el exceso de PBT e inmediatamente cubra las secciones con una gota de medio de montaje. Coloque suavemente un cubreobjetos sobre las secciones de tejido y selle el cubreobjetos con esmalte de uñas.Luego, mantenga las secciones de tejido a cuatro grados Celsius durante varias horas antes del examen microscópico. Para determinar la distribución de 5hmC en secciones de tejido cerebral, se realizó la codetección de esta modificación epigenética junto con un marcador para neuronas posmitóticas, NeuN. El análisis inmunohistoquímico reveló que, si bien la intensa tinción de 5hmC se colocalizaba con células positivas para NeuN, las células gliales negativas para NeuN poseían niveles más bajos de 5hmC genómico.Para determinar la distribución de 5caC en células madre neurales en diferenciación, se realizó una tinción doble de este marcador junto con un marcador astrocítico, GFAP, en cultivos fijados de células madre neurales tres días después de la inducción de la diferenciación glial. A diferencia de lo observado en células madre neurales o astrocitos maduros, se detectó una señal intensa de 5caC en una gran proporción de células que expresaban GFAP. Una vez dominada, esta técnica puede realizarse en aproximadamente ocho horas si se lleva a cabo correctamente.Al realizar este procedimiento, es importante recordar tener todos los reactivos y materiales junto con sus muestras preparadas. Tras seguir este procedimiento, se puede realizar imágenes confocales para responder preguntas adicionales sobre la distribución nuclear de las formas modificadas de citosina. Esto puede contribuir a descifrar su posible función biológica.No olvide que trabajar con HCl 2 N puede ser extremadamente peligroso y siempre se deben tomar precauciones, como el uso de una cabina de seguridad y equipo de protección, al realizar este procedimiento.

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Research

Investigación

JoVE Journal

Biology

Biología

El EpiMark 5 HMC y 5-MC Kit de análisis se puede utilizar para analizar y cuantificar la 5-metilcitosina y 5 hidroximetilcitosina dentro de un lugar específico de la SPE. El kit distingue 5-MC de 5 HMC por la adición de glucosa al grupo hidroxilo de la 5-HMC a través de una reacción enzimática utilizando β-glucosiltransferasa (T4-BGT). Cuando el 5-HMC se produce en el contexto de las CCGG, esta modificación convierte un sitio escindible MspI a un sitio no escindibles.

Alta sensibilidad de detección de 5 hidroximetilcitosina en el tejido cerebral Balb / C

Se describe un proceso de etiquetado en dos etapas utilizando β-glucosiltransferasa (β-GT) para transferir una azida-glucosa al 5-HMC, seguido de química para transferir un enlazador de biotina para el enriquecimiento fácil y densidad independiente. Este método de marcaje eficaz y específico permite el enriquecimiento de 5-HMC con fondo extremadamente bajo y de alto rendimiento de mapeo epigenómico a través de secuenciación de próxima generación.

Captura selectiva de 5-hidroximetilcitosina a partir de ADN genómico

Este video presenta el protocolo para la detección de señales durante la hibridación cromogénica in situ de ARN. Esta técnica se puede utilizar para diagnosticar visualmente una infección oncogénica activa en una muestra de tejido intacto.

Detección de señales de ARN CISH: una técnica para detectar señales cromogénicas durante la hibridación in situ de ARN en muestras de tejido intacto

Este video describe la técnica de dot-blot para determinar el nivel de metilación del ADN en condrocitos humanos in vitro a través de la transferencia de muestras de ADN en una membrana de nylon y la posterior visualización utilizando anticuerpos monoclonales. Esto ayuda a determinar el fenotipo de los condrocitos en varias etapas del cultivo.

Transferencia de puntos de 5-metilcitosina para determinar el grado de metilación del ADN

Este protocolo describe la detección por qPCR de citomegalovirus en tejido de biopsia fijado en formol e incluido en parafina, que es rápido, sensible, específico y útil para interpretar patrones equívocos de tinción de hematoxilina y eosina o inmunohistoquímicos.

qPCR es un método sensible y rápido para la detección de ADN de citomegalovirus en fija en formol, biopsia de tejido embebido en parafina

Aquí, presentamos un protocolo basado en la detección inmunohistológica de proteínas c-FOS, una técnica clásica utilizada para la identificación de poblaciones neuronales involucradas en respuestas fisiológicas específicas in vivo y ex vivo.

La proteína c-Fos detección inmunohistoquímico: una herramienta útil como marcador de vías centrales implicados en las respuestas fisiológicas específicas<em&gt; En Vivo</em&gt; y<em&gt; Ex Vivo</em

Recién descubierto formas oxidadas de la 5-METILCITOSINA (oxi-mCs), 5-hidroximetilcitosina (5hmC), 5-formylcytosine (fC 5) y 5-carboxylcytosine (5caC) puede representar distintas modificaciones de ADN con papeles funcionales únicas. Aquí se describe un flujo de trabajo semi cuantitativa para la visualización de la distribución espacial de la oxi-mCs, perfiles de intensidad de señal y colocalización.

Immunostaining para modificaciones de ADN: análisis computacional de imágenes confocales

El objetivo de este informe es describir el protocolo para la detección de immunohistochemical robusto de marcadores epigenéticos, 5-METILCITOSINA (5mC) y 5-hidroximetilcitosina (5hmC) en el desarrollo y postmitotic retina de ratón.

La detección de Immunohistochemical de la 5-METILCITOSINA y 5-hidroximetilcitosina en desarrollo y en la Retina de ratón Postmitotic

Aquí, presentamos un protocolo para detectar 5-hidroximetilcitosina en células y tejidos cerebrales, utilizando la tinción de inmunofluorescencia y métodos de adn-blot.

La detección de 5-Hidroximetilcitosina en células madre neuronales y cerebros de ratones

El presente protocolo destaca un método modificado para detectar y cuantificar los enlaces cruzados ADN-proteína (DPCs) y sus modificaciones postraduccionales (PTMs), incluyendo la ubiquitilación, la SUMOilación y la ADP-ribosilación inducida por inhibidores de la topoisomerasa y por formaldehído, permitiendo así el estudio de la formación y reparación de DPCs y sus PTMs.

Detección cuantitativa de enlaces cruzados ADN-proteína y sus modificaciones postraduccionales

El protocolo describe un ensayo de hibridación de inmunofluorescencia en tándem con tejido fijado en formol e incluido en parafina para detectar y cuantificar microARN y proteínas multiplexadas simultáneamente.

Amplificación y reconocimiento de microARN a través de la hibridación in situ de ácido nucleico bloqueado como un nuevo método de detección y cuantificación

Aprende a detectar formas modificadas de citosina mediante inmunohistoquímica sensible con amplificación de señal por tiramida. Este método permite mapear la distribución espacial de derivados oxidados de 5mC en tejidos de cerebro de ratón.

La detección de formas modificadas de la citosina Uso Sensitive Inmunohistoquímica

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