Introduction à Caenorhabditis elegans

Les Caenorhabditis elegans, ou “vers” pour les scientifiques qui les étudient, ont révolutionné la manière dont nous approchons les études génétiques sur la façon dont les gènes régulent les activités cellulaires. La simplicité du matériel génétique du ver, son corps transparent et la facilité de sa culture font de lui un système idéal pour l’étude du développement embryonnaire, des fonctions neuronales, de la durée de vie et du vieillissement ainsi que des bases moléculaires de certaines maladies humaines.

Commençons tout d’abord, par nous familiariser avec les C. elegans comme organisme modèle. Les Caenorhabditis elegans appartiennent au phylum des Nématodes dans le règne animal. Les C. elegans sont des organismes multicellulaires d’environ 1 mm de long. Ils ont un corps cylindrique allongé sans aucune segmentation ni appendice. Les vers ont un corps transparent tout au long de leur cycle de vie et sont hermaphrodites ou mâles. Les hermaphrodites sont capables à la fois de s’autoféconder et de s’accoupler avec les mâles.

Les nématodes vivent essentiellement dans le sol avec un niveau constant d’humidité et d’oxygène.

En laboratoire, ils sont cultivés sur un lit de bactérie d’E. coli dans des boites de pétri contenant de l’agarose.

La durée de vie du ver est d’environ 14 jours. Ils passent par quatre stades larvaires, L1 à L4, à mesure qu’ils vieillissent de l’œuf jusqu'à l’adulte capable de pondre. Le développement des vers est sensible à la température et en laboratoire, ils sont cultivés à 15°C, 20 °C ou 25 °C.

Maintenant que nous avons présenté les bases du C. elegans, apprenons ce qui en fait un organisme modèle si puissant. Premièrement, la culture des vers en milieu solide ou liquide est relativement peu coûteuse et aisée.

Deuxièmement, comme les vers restent transparents tout au long de leur cycle de vie, l’anatomie du ver entier est facilement observable par microscope optique. Cela est particulièrement utile pour l’étude du développement du ver puisque les lignées cellulaires individuelles sont facilement suivies. La transparence permet également aux marqueurs fluorescents, tels que la protéine fluorescente verte (ou Green Fluorescent Protein – GFP), d’être facilement visibles dans les vers vivants.

Troisièment, les C. elegans sont très fertiles. Chaque hermaphrodite pond environ 300 œufs après autofécondation. Il est par conséquent facile d’obtenir des vers en grande quantité. De plus les vers atteignent la maturité sexuelle en seulement 3.5 jours à 20 °C.

Quatrièmement, les vers sont faciles à manipuler génétiquement. Par l’examen des mutations, les chercheurs acquièrent une connaissance de la fonction des gènes. Les mutations peuvent être introduites dans les vers par traitement chimique et par exposition aux rayons UV. Le criblage à haut débit sur l’ensemble du génome est facile à effectuer avec les vers en utilisant des plaques de microtitration à 96 puits. Ceci permet le criblage simultané de nombreux gènes pour connaitre leur implication dans un phénomène biologique ou un comportement particulier. Le Centre de génétique de C. Elegans (en anglais C. elegans genetic center ou CGC), entretient un grand nombre de mutants disponibles aux chercheurs pour une somme modique.

Cinquièmement, le C. elegans est le premier organisme multicellulaire dont le génome fut complètement séquencé. Le séquençage complet et une carte chromosomique détaillée ont accéléré et facilité l’analyse génétique. L’analyse des séquences montre que de nombreux gènes sont conservés entre les humains et les vers.

Pour finir et en plus de tous ces avantages, la communauté scientifique de recherche sur les vers est très conviviale et a développé de nombreux outils en ligne utiles pour l’étude des vers.

Compte tenu de toutes les caractéristiques faisant du C. elegans un système modèle si attirant, il n’est pas étonnant que de nombreuses découvertes historiques aient été réalisées grâce à leur étude. Jetons un coup d’œil à certaines d’entre elles.

En 1963, Sydney Brenner décida d’établir le C. elegans comme système modèle et l’a utilisé pour explorer la fonction des gènes. En 1974, il publia les résultats de son criblage génétique centré sur la recherche de phénotypes visuels tel qu’un corps courtaud, un mouvement non coordonné ou des changements de forme.

En 1976, John Sulston, ayant travaillé avec Brenner, publia une lignée cellulaire complète de C. elegans. Il suivit la descendance de chaque cellule au fur et à mesure qu’elle se divise et se différence. Il découvrit que les cinq premières divisions cellulaires produisent six cellules fondatrices qui se différencient pour générer ultimement la totalité des différents tissus de l’organisme.

En 1986, Robert Horvitz publia son travail de pionnier sur la découverte des « gènes de la mort ». Au fur et à mesure que les cellules se divisent et se différencient, certaines cellules sont éliminées grâce à l’activation des gènes de la mort. Ceci s'effectue pour le développement normal du ver et des autres organismes. Le travail de Horvitz sur la mort cellulaire programmée, ou apoptose, a eu une incidence majeure sur notre compréhension des étapes du développement chez les mammifères, pour le cancer, et pour les maladies neurodégénératives.

En 2002, Sydney Brenner, John Sulston et Robert Horvitz partagèrent le prix Nobel de physiologie et de médecine pour leurs travaux précurseurs sur le C. elegans.

En 2006, Andrew Fire et Craig Mello partagèrent le prix Nobel de physiologie et de médecine pour leurs travaux révolutionnaires sur l’interférence par ARN ou ARNi, un procédé conduisant à l’inhibition de gènes par dégradation de molécules spécifiques d’ARNm. La technologie d’ARNi est actuellement en développement pour des applications thérapeutiques.

En 2008, Martin Chalfie reçut le prix Nobel de chimie pour avoir démontré que la protéine fluorescente verte (Green Fluorescent Protein ou GFP) peut être exprimée dans les C. elegans et utilisé comme marqueur fluorescent. Depuis lors, la GFP a été exprimée dans tous les principaux organismes modèles.

L’organisme modèle de C. elegans peut être utilisé pour répondre à de nombreuses et d'importantes questions scientifiques.

Par exemple, les vers sont un système modèle très pratique pour l'étude de la neurobiologie. Bien que les vers n’aient pas de cerveau en eux-mêmes, ils ont un système nerveux assez sophistiqué comprenant 302 neurones, ce qui correspond à près du tiers du nombre total des 959 cellules présentes dans un hermaphrodite adulte. Les vers répondent aux stimuli environnementaux tels que la disponibilité de nourriture, la densité de population ou les produits chimiques comme les chimioattractants. En plus des criblages génétiques, l’ablation laser - qui consiste en la coupe sélective de neurones au faisceau laser - et l’électrophysiologie nous ont permis de comprendre comment les neurones fonctionnent et communiquent dans des organismes multicellulaires. La connectivité du système nerveux chez le C. elegans est d'ailleurs complètement cartographiée à ce jour.

Les vers sont également un choix idéal pour les études sur le vieillissement. La courte durée de vie des vers a permis aux chercheurs de mener des criblages génétiques pour identifier les gènes de longévité. Bien que beaucoup de ces gènes soient conservés dans les humains, nous ne savons pas encore s’ils influent sur la durée de vie humaine.

La recherche sur les vers à également fait progresser notre connaissance des maladies humaines. Les marqueurs fluorescents ont été utilisés dans les vers pour simuler l’agrégation, c’est-à-dire l’accumulation de protéines anormalement repliées telle que l’alpha-synucléine. Ces agrégats causent la dégénérescence des neurones, entrainant des déficits moteurs. Les criblages génétiques des vers ont contribué à l’identification des gènes qui empêchent la perte de neurones dans les maladies neurodégénératives telles que les maladies de Parkinson et d’Alzheimer.

Vous venez de regarder l’introduction aux Caenorhabditis elegans de JoVE. Dans cette vidéo, nous avons présenté les caractéristiques du C. elegans et les raisons qui font que ce ver est un organisme modèle fort utile. Ce minuscule ver, dont la génétique est simple et le système nerveux restreint, nous a aidé à comprendre de nombreux aspects du développement humain, du comportement, du vieillissement et de maladie. Merci de votre attention et bonne chance pour votre recherche sur les C. elegans.