Wykorzystanie sekwencjonowania RNA do wykrywania nowych wariantów splicingu związanych z opornością na leki w modelach nowotworów in vitro

13.7K wyświetleń

Cytowano 25 razy

09:58 min.

9 grudnia 2016

10.3791/54714-v

9 grudnia 2016

13.7K wyświetleń

Rocco Sciarrillo¹^,²^,³ , Anna Wojtuszkiewicz¹ , Irsan E. Kooi⁴ , Valentina E. Gómez³ , Ugo Boggi⁵ , Gerrit Jansen⁶ , Gert-Jan Kaspers¹^,⁷ , Jacqueline Cloos^*¹ , Elisa Giovannetti^*³^,⁸^,⁹

¹Department of Pediatric Oncology/Hematology, VU University Medical Center, ²Department of Hematology, VU University Medical Center, ³Department of Medical Oncology, VU University Medical Center, ⁴Department of Clinical Genetics, VU University Medical Center, ⁵Division of General and Transplant Surgery, Azienda Ospedaliera Universitaria Pisana, Universita’ di Pisa, ⁶Amsterdam Immunology and Rheumatology Center, VU University Medical Center, ⁷Princess Máxima Center for Pediatric Oncology, ⁸Cancer Pharmacology Lab, AIRC Start-Up Unit, University of Pisa, ⁹Institute of Nanoscience and Nanotechnology, CNR-Nano

^* These authors contributed equally

Tutaj opisujemy protokół mający na celu zbadanie wpływu nieprawidłowego splicingu na lekooporność w guzach litych i nowotworach hematologicznych. W tym celu przeanalizowaliśmy profile transkryptomiczne rodzicielskich i opornych modeli in vitro za pomocą sekwencjonowania RNA i ustaliliśmy metodę opartą na qRT-PCR w celu walidacji genów kandydujących.