Name: Língua Eletrônica Geração de padrões contínuos reconhecimento para análise de proteínas (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-09-16T15:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 46 s
Description: Aprenda a construir uma língua eletrônica combinatória para análise de proteínas usando imagem por plasmon de superfície. Este método simplifica a preparação de receptores e permite discriminar proteínas purificadas com eficiência.

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Os autores gostariam de agradecer o Ph.D. bolsa da LANEF em Grenoble pelo apoio de Laurie-Amandine Garçon. Este trabalho foi apoiado financeiramente pela Agência Nacional de Pesquisa da França (ANR-grant 06-NANO-045).

1: Preparação de várias soluções e as amostras de proteínas <ol><li> Preparar 100 ml de solução tampão de fosfato (PBS-G), que contém 50 mM de NaH 2 PO 4, 50 mM de NaCl, e 10% de glicerol a pH 6,8. </li><li> Preparar 250 ml de solução tampão HEPES contendo 10 mM de HEPES, 150 mM de NaCl, 0,005% de Tween 20 a pH 7,4. </li><li> Preparar a solução estoque de bloco 1 (BB1) lactose e bloco 2 (BB2) sulfatada lactose (Figura 1) em 0,2 mM em PBS-G. </li><li> Prepare 1 ml de soluções de proteína em HEPES: Uma lectina raque hypogaea (AHL) a 500 nm, a mioglobina a 1 uM, e lisozima em 500 nM. </li><li> Preparar 20 ml de SDS a 1% em água ultrapura. </li></ol> 2: Preparação da Matriz CoCRR <ol><li> Limpar a superfície de ouro do prisma 48 h antes da utilização com um líquido de limpeza de plasma durante 3 min nas seguintes condições: 75% de oxigénio, 25% de árgon, 0,6 mbar, potência a 40 W. </li><li> Prepare onze solutio puro e misturadons de BB1 ​​e BB2 com [BB1] / ([BB1] + [BB2]) relações entre 0 e 100%, em incrementos de 10% numa concentração total BB de 0,1 mM em PBS-G. </li><li> Depósito 8 gotas nl destas soluções puras e mistas na superfície do prisma através de um observador não-contato em quadruplicado para cada relação, com 44 pontos no total (Figura 2). NOTA: 10% de glicerol em PBS-G é muito importante para reduzir a evaporação do solvente e a alteração da concentração de BB após a deposição. </li><li> Inserir o prisma dentro de um prato de Petri contendo 1 ml de água ultrapura e deixá-lo O / N à temperatura ambiente durante a auto-montagem de BB1 ​​e BB2 sobre a superfície de ouro. Aqui, assume-se que a composição média de superfície na mistura SAM reflecte a composição da solução mista, a deposição de (Figura 3) 11. </li><li> Lave bem o prisma com água ultrapura e seque-a sob um fluxo de argônio. </li></ol> 3. Protein Sensing por SPRI <ol><li> Defina o incubator em que o aparelho SPRI é colocado a 25 ° C, para evitar alterações de índice de refracção induzidas por variação da temperatura durante a detecção da proteína. </li><li> Inserir um prisma não-funcionalizado de lavagem em 10 mL de éter do poliéter-cetona (PEEK), célula de fluxo ligado a uma bomba de seringa controlada por computador, um desgaseificador e uma válvula de injecção de média pressão 6-porta (Figura 4). Preencha o sistema de fluxo com recém filtrados e desgaseificados correndo HEPES tampão. </li><li> Remover o prisma enxaguamento e inserir o prisma que contém a matriz CoCRR na célula de fluxo. Executar HEPES a uma taxa de fluxo de 100 mL / min. Com a ajuda da câmara CCD de remover as bolhas de ar presentes na superfície do prisma, através da passagem de tampão rodando rapidamente. </li><li> Definir a área de estudo para cada ponto de desenho de um círculo com o mesmo diâmetro para a zona de interesse com base numa imagem de bom contraste a matriz e com a ajuda do software integrado no sistema SPRI. </li><li> Traçar curvas de plasmons, que representam refletirivity curvas em função do ângulo de incidência, para todos os pontos. </li><li> Escolha o ângulo (posição na qual curvas cinéticas será gravado) que trabalham na maior inclinação das curvas de refletividade. Gire o espelho de varredura para corrigir o ângulo de trabalho selecionado para medições cinéticas. </li><li> Continuar a correr através do sistema de HEPES fluxo até que a reflectividade do sinal para todos os pontos é estável e constante. </li><li> Injectar 1 mL de solução de AHL com uma seringa para dentro do circuito da amostra (500 ul) com a válvula de injecção na posição de &quot;carga&quot;. Em seguida, coloque a válvula de injeção para a posição &quot;injeção&quot;. A taxa de fluxo utilizada para toda a injecção de proteína foi de 100 ul / min. </li><li> Comece medidas cinéticas por monitorar variações de refletividade contra o tempo simultaneamente em todos os pontos. </li><li> No final da injeção de proteína, lavar a matriz com tampão de corrida para 8 min. Finalmente, injectam-se 1 ml de 1% de SDS a regenerá-lo. </li><li> Repetir o mesmo procedimento para a outra proteins. </li></ol> 4 Processamento de Dados e Análise <ol><li> Após a entrada da solução de proteína na célula de fluxo, ligação molecular ocorre e induz uma mudança das curvas de plasmon e uma variação da reflectividade. O software de aquisição de imagem converte os valores de intensidade de luz medidos os níveis de cinzento da escala, dando imagens SPR Figura 5A, e gera a variação da ref lectividade em função do tempo, dando sensorgramas (Figura 5B). </li><li> Use um software de computação matemática para traçar a refletividade (R%) no final de cada injeção de proteína em relação ao [BB1] / ([BB1] + [BB2]) Relação de gerar perfil 2D contínua evolução (CEP) para cada amostra (Figura 5C). </li><li> Adicionar o [BB1] / ([BB1] + [BB2]) em relação sensorgramas (Figura 5B) para gerar 3D paisagem evolução contínua (CEL) para cada uma das proteínas (Figura 5D). </li></ol>

<ol><li>Margulies, D., Hamilton, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combinatorial+protein+recognition+as+an+alternative+approach+to+antibody-mimetics%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Combinatorial protein recognition as an alternative approach to antibody-mimetics.</a> Current Opinion in Chemical Biology. 14, 705-712 (2010).</li>
<li>Umali, A. P., Anslyn, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+general+approach+to+differential+sensing+using+synthetic+molecular+receptors%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">A general approach to differential sensing using synthetic molecular receptors.</a> Current Opinion in Chemical Biology. 14, 685-692 (2010).</li>
<li>Baldini, L., Wilson, A. J., Hong, J., Hamilton, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pattern-based+detection+of+different+proteins+using+an+array+of+fluorescent+protein+surface+receptors%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Pattern-based detection of different proteins using an array of fluorescent protein surface receptors.</a> J. Am. Chem. Soc. 126, 5656-5657 (2004).</li>
<li>Zhou, H. C., Baldini, L., Hong, J., Wilson, A. J., Hamilton, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pattern+recognition+of+proteins+based+on+an+array+of+functionalized+porphyrins%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Pattern recognition of proteins based on an array of functionalized porphyrins.</a> J. Am. Chem. Soc. 128, 2421-2425 (2006).</li>
<li>Wright, A. T., Griffin, M. J., Zhong, Z., McCleskey, S. C., Anslyn, E. V., McDevitt, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+receptors+create+patterns+that+distinguish+various+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Angew.+Chem.+Int.+Ed%22%5BJournal%5D)">Differential receptors create patterns that distinguish various proteins.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 44, 6375-6378 (2005).</li>
<li>Wright, A. T., Anslyn, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+receptor+arrays+and+assays+for+solution-based+molecular+recognition%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Soc.+Rev%22%5BJournal%5D)">Differential receptor arrays and assays for solution-based molecular recognition.</a> Chem. Soc. Rev. 35, 14-28 (2006).</li>
<li>You, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+and+identification+of+proteins+using+nanoparticle%E2%80%93fluorescent+polymer+%E2%80%98chemical+nose%E2%80%99+sensors%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Nanotechnology%22%5BJournal%5D)">Detection and identification of proteins using nanoparticle–fluorescent polymer ‘chemical nose’ sensors.</a> Nature Nanotechnology. 2, 318-323 (2007).</li>
<li>De, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sensing+of+proteins+in+human+serum+using+conjugates+of+nanoparticles+and+green+fluorescent+protein%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Sensing of proteins in human serum using conjugates of nanoparticles and green fluorescent protein.</a> Nature Chemistry. 1, 461-465 (2009).</li>
<li>Hou, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Continuous+evolution+profiles+for+electronic-tongue-based+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Angew.+Chem.+Int.+Ed%22%5BJournal%5D)">Continuous evolution profiles for electronic-tongue-based analysis.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 51, 10394-10398 (2012).</li>
<li>Campbell, C. T., Kim, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SPR+microscopy+and+its+applications+to+high-throughput+analyses+of+biomolecular+binding+events+and+their+kinetics%5BTitle%5D)+AND+%22Biomaterials%22%5BJournal%5D)">SPR microscopy and its applications to high-throughput analyses of biomolecular binding events and their kinetics.</a> Biomaterials. 28, 2380-2392 (2007).</li>
<li>Stranick, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanometer-scale+phase+separation+in+mixed+composition+self-assembled+monolayers%5BTitle%5D)+AND+%22Nanotechnology%22%5BJournal%5D)">Nanometer-scale phase separation in mixed composition self-assembled monolayers.</a> Nanotechnology. 7, 438-442 (1996).</li>
</ol>

Os autores não têm conflitos de interesse a declarar.

<html> Os passos mais críticos para a construção deste eT são dedicados a garantir uma boa reprodutibilidade do sistema. Por exemplo, a limpeza da superfície de ouro do prisma com um procedimento normalizado antes da utilização, a adição de 10% de glicerol em onze soluções puras e mistas de BB1 ​​e BB2 para eliminar a evaporação do solvente durante o BBS de auto-montagem em ouro na superfície do prisma, depositando várias repetições para cada [BB1] / ([BB1] + [BB2]) Relação, etc. Tal como para a detecção da prot...

Métodos de detecção de proteínas precisas e rápidas são muito importantes no diagnóstico e proteômica médicos. Matrizes de detecção de proteínas clássicos, tais como biochips, baseiam-se no princípio do reconhecimento &quot;lock-e-chave&quot; e requerem receptores específicos, tais como anticorpos, aptâmeros, ou miméticos. Nos últimos anos, o diferencial de sensoriamento inspirado pelo olfato humano e gustação surgiu como uma alternativa 1. Este nariz / língua eletrônica (EN / ET) abordagem é baseada na ligação dos analitos a uma série de receptores de reação cruzada (CRRs), que não precisam ser altamente específica ou selectiva para as moléculas-alvo diferencial, assim, permitir a superar o laborioso processo de desenvolvimento altamente selectivos receptores. É a resposta combinada de todos os receptores que cria um padrão distinto para cada uma das amostras, como uma impressão digital, permitindo a sua identificação. Os dois principais desafios para o desenvolvimento de electronic nariz / lingueta para a detecção de proteína são eficazes na produção de elementos sensores que têm a capacidade de distinguir entre os analitos estruturalmente semelhantes, e o sistema de transdução apropriado para o evento de ligação. Até agora, os estudos relataram várias abordagens para o desenvolvimento de matriz 2. Por exemplo, num estudo de uma identificação à base de proteínas de matriz foi desenvolvido usando CRRs preparados a partir de derivados de tetra-carboxyphenylporphyrin por acoplamento de grupos carboxilo para vários aminoácidos ou dipéptidos para proporcionar receptores diferenciais possuindo um núcleo hidrofóbico de afinidade para as proteínas e as periferias carregadas para distintos transmitir diferencial obrigatório. Usando este sistema, as proteínas diferentes e misturas de proteínas foram identificadas através da medição da fluorescência de têmpera dos receptores após interacção com os analitos 3,4. Em outro estudo, uma biblioteca de 29 CRRs contendo tripéptido e radicais de ácidos borónicos sintetizado de uma forma combinatória num hexasubstituído andaime benzeno foi desenvolvido para a detecção de proteínas com uma detecção colorimétrica indicador de absorção de 5,6. Com uma tal concepção, cada receptor demonstrou a capacidade de ligação diferencial com proteínas com base na variância nos braços de péptidos, e dos ácidos borónicos assistidas em diferenciação de proteínas de glicoproteínas. Mais recentemente, uma matriz composta de diferentes catiónicos funcionalizado nanopartículas de ouro conjugadas com um poli aniónico fluorescente polímero (p-phenyleneethynylene) (PPE) foi desenvolvido para detectar e identificar proteínas 7. A ligação competitiva entre analitos de proteína e temperada de EPI complexos de nanopartículas / ouro regeneradas fluorescência, produzindo padrões de reconhecimento distintos para as proteínas. Neste estudo, as interacções proteína-nanopartícula funcionalizados foram ajustadas variando as propriedades físico-químicas dos grupos terminais de nanopartículas. Além disso, demonstrou-se que esta abordagem é eficaz para análise de proteínas em meio complexo rico e proteína talcomo soro humano em concentrações fisiologicamente relevantes, demonstrando assim o potencial de eT em perfis de amostras reais para o diagnóstico de estados de doença 8. Apesar de muito promissora, estes sistemas têm algumas limitações inerentes. Eles exigem projetar e sintetizar 5-29 CRRs com estruturas bastante complexas. Além disso, ao contrário do sistema olfactivo que é reposto depois de cada medição, a detecção de proteínas requer a preparação de uma matriz por amostra. Finalmente, monitorando eventos de ligação em tempo real são extremamente difíceis. Neste contexto, uma abordagem combinatória foi proposta por meio de um pequeno número de moléculas simples e facilmente acessíveis com diferentes propriedades físico-químicas (hidrofílicas, hidrofóbicas, de carga positiva, carregada negativamente, neutro, etc.) Como blocos de construção (BBS) 9. Ao misturar BBs em diferentes proporções e controladas e permitindo que as misturas para auto-montar sobre a superfície de ouro de umprisma, uma disposição de superfícies combinatórias que caracterizam as propriedades adequadas para a proteína de ligação foi criado. Notavelmente, as monocamadas auto-montadas sobre este sistema de permitir ajuste fácil de uma variedade de propriedades de superfície de uma forma altamente divergente, permitindo diversos receptores de reacção cruzada (CoCRRs combinatórias) para ser rápida e eficientemente produzido. Detecção das proteínas foi realizada utilizando um sistema de detecção óptica, a superfície de ressonância de plasmon (SPRI). Resumidamente, uma ampla do feixe de luz polarizada monocromática a partir de um diodo emissor de luz ilumina toda a área de matriz CoCRR sobre a superfície do prisma. A câmera de alta resolução de vídeo CCD fornece imagens diferença em tempo real em todos os pontos da matriz CoCRR. Ele captura todas as alterações locais na superfície da matriz CoCRR fornecendo informações detalhadas sobre os eventos de ligação e processos cinéticos 10. Enquanto isso, com a ajuda de software de imagem, imagens SPR correspondentes aos pontos são automaticamente convertidos em variações de refletividade versus de tempo, gerando uma série de curvas de ligação cinética chamados sensorgramas. Assim, SPRI permite uma observação, síncrona, em paralelo, livre de marcador e em tempo real de eventos de ligação. Além disso, a matriz CoCRR obtido é regenerável e reutilizável para análise de proteínas. Este protocolo descreve a construção da língua electrónico através de apenas duas pequenas moléculas como blocos de construção e ilustra a sua aplicação para a análise de proteínas comuns com base em padrões de reconhecimento contínuos obtidos com SPRI.

<table><tbody><tr><td>Aparelho SPRi&nbsp;</td><td>O aparelho Horiba Scientific-GenOptics</td><td></td><td>SPRi é colocado em uma incubadora com temperatura regulada a 25 ° C.</td></tr><tr><td>Incubadora</td><td>Memmert</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bomba de seringa&nbsp;</td><td>Instrumentos científicos</td><td>Cavro XLP 6000</td><td></td></tr><tr><td>Micro Elite Degasser&nbsp;</td><td>Válvula</td> de injeção de média pressão <td>Alltech AT590507</td><td></td></tr><tr><td>6 portas</td><td>Upchurch Scientific</td><td></td><td>O volume do loop de injeção usado é de 500 &micro;l.</td></tr><tr><td>Limpador de plasma Femto (versão 7)</td><td>Sistema de</td><td></td><td>desgaseificação eletrônico Diener On-line com 2 canais.</td></tr><tr><td>Spotter</td><td>Siliflow</td><td></td><td>É um observador piezoelétrico sem contato.</td></tr><tr><td>SPRi-Biochip</td><td>Horiba Scientific-GenOptics</td><td>36000067</td><td>O prisma é feito de um prisma de vidro de alto índice de refração revestido com uma fina película de ouro (45 nm) e especialmente desenvolvido para fins de imagem.</td></tr><tr><td>Erythrina cristagalli lectina&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L5390</td><td></td></tr><tr><td>Arachis hypogaea lectina&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L0881</td><td></td></tr><tr><td>Mioglobina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M1882</td><td></td></tr><tr><td>Lisozima</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L6876</td><td></td></tr><tr><td>CXCL12&alpha;</td><td></td><td></td><td>Fornecido pelo Dr. Hugues Lortat-Jacob; para detalhes de preparação, consulte as informações de suporte na referência 9</td></tr><tr><td>CXCL12&gamma; &nbsp;</td><td></td><td></td><td>Fornecido pelo Dr. Hugues Lortat-Jacob; para detalhes de preparação, consulte as informações de apoio na referência 9</td></tr><tr><td>Lactose</td><td></td><td></td><td>fornecida pelo Prof. David Bonnaff; para detalhes de preparação, consulte as informações de apoio na referência 9</td></tr><tr><td>Lactose</td><td></td><td></td><td>sulfatada fornecida pelo Prof. David Bonnaff; para detalhes de preparação, consulte as informações de apoio na referência 9</td></tr><tr><td>Glicerol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G5150</td><td></td></tr><tr><td>SDS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L4509</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>274348</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>H3375</td><td></td></tr><tr><td>Fosfato de sódio monobásico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S0751</td><td></td></tr><tr><td>Cloreto de sódio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S3014</td><td></td></tr></tbody></table>

língua eletrônica geração de padrões contínuos reconhecimento para análise de proteínas

Electronic Tongue Generating Continuous Recognition Patterns for Protein Analysis

No protocolo atual, uma abordagem combinatória foi desenvolvida para simplificar o projeto e a produção de materiais sensores para a construção de línguas eletrônicas (eT) para análise de proteínas. Ao misturar um pequeno número de moléculas simples e facilmente acessíveis com diferentes propriedades físico-químicas, usadas como blocos de construção (BBs), em proporções variadas e controladas e permitindo que as misturas se auto-montassem na superfície dourada de um prisma, foi criada uma série de superfícies combinatórias com propriedades apropriadas para detecção de proteínas. Desta forma, um grande número de receptores de reação cruzada pode ser obtido de forma rápida e eficiente. Ao combinar essa matriz de receptores combinatórios de reação cruzada (CoCRRs) com um sistema de detecção óptica, como ressonância plasmônica de superfície (SPRi), o eT obtido pode monitorar os eventos de ligação em tempo real e gerar padrões de reconhecimento contínuo, incluindo perfil de evolução contínua 2D (CEP) e paisagem de evolução contínua 3D (CEL) para amostras em líquido. Esse sistema de ET é eficiente para a discriminação de proteínas purificadas comuns.

Para investigar a possibilidade de a lingueta electrónica para análise de proteína comum, foram usadas três proteínas: AHL, mioglobina e lisozima. Para cada proteína, um perfil 2D distinta contínua evolução, PEC foi gerado pelo eT, como mostrado na Figura 6. Além disso, graças à SPRI, que é capaz de controlar os adsorção e dessorção cinética em tempo real, para cada uma proteína padrão de reconhecimento contínuo dependente do tempo, denominado 3D paisagem evolução contínua (...

Uma nova abordagem é descrita para a construção de língua eletrônica (eT), o que simplifica muito o projeto e a produção de materiais sensores, e permite que o eT gere perfis de evolução contínua e paisagens para amostras em líquido. O eT obtido é eficiente para análises de proteínas comuns, como discriminação.

Língua Eletrônica Geração de padrões contínuos reconhecimento para análise de proteínas

In current protocol, a combinatorial approach has been developed to simplify the design and production of sensing materials for the construction of ...

O objetivo geral do experimento a seguir é construir uma língua eletrônica com base em uma abordagem combinatória e realizar imagens de plasma e ressonância de superfície para análise de proteínas. Isso é conseguido usando lactose e lactose sulfatada como blocos de construção e depositando suas misturas na superfície dourada de um prisma para automontagem para criar uma matriz de receptores combinatórios de reação cruzada. Como uma segunda etapa de superfície, são aplicadas imagens de plasma e ressonância, que monitoram eventos de ligação em tempo real e produzem imagens SPR e uma série de curvas de ligação cinética chamadas gramas de sensor.Em seguida, o processamento de dados é realizado com base nos gramas do sensor usando um software de computação matemática para criar um perfil de evolução contínua 2D e uma paisagem de evolução contínua 3D para cada amostra, os resultados mostram que a língua eletrônica é capaz de gerar paisagens distintas de evolução contínua 3D para proteínas purificadas comuns e é eficiente para sua discriminação com base no reconhecimento de padrões. Esta técnica tem várias vantagens sobre os métodos existentes, como gnose eletrônica clássica e línguas. Pr

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