Summary
Vi beskriver en protokol med
Abstract
RNA-interferens er en kraftfuld fremgangsmåde til at forstå genfunktion, især når den udføres ved en hel-genom skala og i en kvantitativ sammenhæng. I C. elegans kan genfunktion slås ned enkelt og effektivt ved tilførsel orme med bakterier, der udtrykker en dsRNA svarende til et specifikt gen 1. Mens oprettelsen af biblioteker af RNAi kloner dækker det meste af C. elegans genomet 2,3 åbnede vejen for ægte funktionelle genomiske studier (se for eksempel 4-7), de fleste etablerede metoder er besværlige. Moy og kolleger har udviklet halvautomatiske protokoller, der letter genom-dækkende skærme 8. Den tilgang er baseret på mikroskopisk billedbehandling og billedanalyse.
Her beskriver vi en alternativ protokol for en høj-throughput genom-wide screen, baseret på robothåndtering af bakteriel RNAi kloner, kvantitativ analyse ved hjælp af Copas Biosort (Union Biometrica (UBI)), og enintegreret software: MBioLIMS (Laboratory Information Management System fra Modul-Bio), en teknologi, der giver øget gennemløb for datahåndtering og prøve sporing. Fremgangsmåden tillader skærme, der skal udføres på fast medium-plader. Dette er især vigtigt for visse undersøgelser, såsom dem der vedrører værtspatogene interaktioner i C. elegans, eftersom visse mikrober ikke effektivt at inficere orme i flydende kultur.
Vi viser, hvordan fremgangsmåden kan anvendes til at kvantificere betydningen af gener i anti-fungal medfødte immunitet C. elegans. I dette tilfælde afhænger den fremgangsmåde til anvendelse af en transgen stamme, som bærer en epidermal infektion-inducerbare fluorescerende reporter-gen, med GFP under kontrol af promotoren for det antimikrobielle peptid genet NLP 29 og et rødt fluorescerende reporter, som udtrykkes konstitutivt i epidermis. Sidstnævnte tilvejebringer en intern kontrol for den funktionelle integritet af epidermisog uspecifik transgen lyddæmpende 9. Når kontrol orme er inficeret af svampen, de fluorescerer grønt. Vælte ved RNAi et gen påkrævet til NLP 29 ekspression resulterer i formindsket fluorescens efter infektion. Dag, denne protokol tillader mere end 3000 RNAi kloner, der skal testes, og analyseres ugen, hvilket åbner mulighed for screening af hele genomet i mindre end 2 måneder.
Protocol
Den protokol, som beskrevet nedenfor er opdelt i trin på fem på hinanden følgende dage (fig. 1). Som bemærket, kan visse trin udføres på forskellige dage. Varigheden af hvert trin, såvel som mængden af materiale (f.eks orme, bakterier, medier) vil afhænge af antallet af plader med 96 brønde blev behandlet for hvert forsøg.
Dag 1
1. Fremstilling af 96-brønds NGM RNAi plader
Følgende protokol er tilpasset fra den standard fremgangsmåde til fremstilling af endeløse dyrkningsplader 10, som omfatter oplysninger om steriliseringsteknikker for de forskellige opløsninger.
- 10-12 96-brønds plader, fremstilling af 100 ml nematodevækst medier (NGM) i deioniseret H2O: 1,7 g bactoagar, 0,29 g NaCI, 0,25 g pepton, 100 pi cholesterol (5 mg / ml i EtOH).
- Autoklaven NGM (5 minutter ved 121 ° C i 100 ml, 30 min ved 121 ° C i 4 L) og lad den afkøle, indtil den er ved ca 50 ° C (kun afkøles enouh at holde). Det er vigtigt, at NGM forbliver varm nok, således at det ikke størkner.
- Tilsættes til 100 ml: 2,5 ml phosphatpuffer pH 6 (1M), 100 gl MgSO4 (1M), 100 gl CaCl2 (1 M), 400 uL IPTG (1 M), 100 gl ampicillin (100 mg / ml), 100 gl tetracyclin (12,5 mg / ml i EtOH).
- Fordel 75 pi NGM til hver brønd af en 96-brønds fladbundede plader. For at undgå størkning af mediet, det skal afgives hurtigt, er det bekvemt at anvende en repetitiv dispenser (f.eks Repeatman, Eppendorf). Være sikker på, at der ikke er nogen luftbobler til stede i brøndene.
- Lagre plader umiddelbart i et fugtigt kammer (f.eks Tupperware kasse med våde papirhåndklæder nederst) ved 4 ° C.
Bemærk: plader kan fremstilles op til en uge i forvejen og opbevares ved 4 ° C, hvilket kan gøre organiseringen af de efterfølgende trin lettere.
2. Automatiseret fremstilling af 96-DeepWell LB-plader
- Tilsættes et dæksel til hver plade, og opbevar ved 4 ° C. For at spore hver 96-brønds plade, bør et unikt mærke eller stregkode tilsættes på dette tidspunkt eller derefter.
Bemærk: plader kan fremstilles 2 til 3 dage i forvejen og opbevares ved 4 ° C, hvilket kan gøre organiseringen af de efterfølgende trin lettere.
3. Dyrke RNAi bakterielle kloner på 96 DeepWell LB-plader (overnatskultur)
- For efterfølgende at lette håndtering, når de originale RNAi bibliotek kloner er i en 384-brønds format første omfordele klonerne i mærket eller stregkode standard 96-brønds plader indeholdende LB med 100 ug / ml amp og 12,5 ug / ml Tet suppleret med glycerol (10% slutkoncentration). Når de oprindelige 384-brøndsplader ikke kloner i alle brønde, som det er tilfældet for de mest almindeligt anvendte "Ahringer" bibliotek, er der flere muligheder for at organisere datter pladerne. Kloner kan igen fordelt således, at der ikke er tomme brønde i datterceller pladerne. Dette minimerer antallet af plader til screening. Ideelt imidlertid under replikation, bør nogle brønde på hver datter plade efterlades tomme, således at de efterfølgende kan fyldes med standard kontrol kloner (positive og negative), der fremmer tværgående plade sammenligninger. Disse 96-brønds datterceller Pladerne blev derefter anvendt til podning af 96-DeepWell LB-plader i en natten over (ON) kultur.
Alle flydende håndteringstrin er bedst med en robot væskehåndteringssystem (f.eks Tecan), men kan udføres manuelt ved hjælp af for eksempel. En 96-pin replicator Hvis RNAi bibliotek kloner er allerede i en 96-brønds format gå til trin 3.5.
- Inkubér 96-brønds RNAi datterceller pladerne ved 37 ° C med omrøring (200 rpm) i 14-15 timer.
- Kontroller, at bakterierne voksede korrekt og identificere kloner, der ikke vokser. Disse vil blive udelukket fra senere analyser. Ideelt er OD600 målt i hver brønd, men dette kan ske ved simpel inspektion.
- Lagre 96-brønds RNAi datterceller plader ved -80 ° C før brug.
- Optø 96-brønds plader indeholdende RNAi kloner ved stuetemperatur. Pladerne kan derefter opbevares ved 4 ° C indtil anvendelse.
- Fordel 3 uL af hver bakterielle klon fra en 96-brønds replikere plade til de 96 brønde i den tilsvarende mærkede / stregkodede 96 DeepWell LB-plade indeholdende 1,5 ml LB med 100 ug / ml amp og 12,5 ug / ml Tet. Bakterielle kloner til at kontrollere RNAi effektivitet, såsom et GFP (RNAi) klon i det foreliggende eksempel, og negative kontroller, kan inkorporeres manuelt i alle tilgængelige tomme brønd.
- Dæk 96-DeepWell psidste udkald med en klæbende film (f.eks AeraSeal cellulære kultur film fra Dutscher). Erstatte den anvendte 96-brønds replikat plade ved -80 ° C.
- De 96-DeepWell mærkede Pladerne inkuberes derefter ON ved 37 ° C med omrøring (200 rpm i 14-15 timer).
Dag 2
4. Frø RNAI bakteriekloner på de 96 brønde NGM RNAi plader
Dette trin bør ske om morgenen efter på kultur.
- Tage 96-brønds NGM plader fra 4 ° C og lade dem varme op og tørres i 5-15 minutter under en steril laminar strømning. Efterlad ikke pladerne for længe under kølerhjelmen (maks. 30 min), som ellers NGM efterfølgende kan knække. Tilsættes en passende etiket / stregkode til hver plade.
- Hent den 96-DeepWell ON kultur plader fra 37 ° C. Optag positionerne af eventuelle tomme brønde (en tom brønd er helt gennemsigtig); disse vil blive udelukket fra efterfølgende analyser.
- Centrifugeres 96-DeepWell plader 5 min ved 4000 rpm.
- Spidsen af supernatanten ved at dreje pladen kraftigt op og ned og tør kanterne af pladen hurtigt på en papirserviet. Da kulturerne er af rekombinante bakterier, supernatanten skal behandles i overensstemmelse med gældende regler autoklaveret).
- Resuspender den bakterielle pellet i den tilbageværende væske (ca. 50 uL) ved hvirvelbehandling, ideelt ved hjælp af en dedikeret omrører (f.eks Tecan), således at hver plade modtager nøjagtigt den samme behandling. Det er muligt at måle OD600 for hver brønd for at standardisere nøjagtigt det bakterielle inokulum til det efterfølgende trin, men dette er ikke nødvendig, og vi har ikke udfører en sådan kontrol.
- Overfør 5 pi af de resuspenderede bakterierne på de 96 brønde NGM plader under anvendelse af en 8 eller 12-kanals Multi-pipette. Vær forsigtig med ikke at røre eller trænge ind i NGM. Dette trin udføres manuelt, men kan optimeres ved anvendelse af en robot, såsom Liquidator96 (Rainin), der tilladerFordelingen af 96 RNAi kloner i én arbejdsgang.
- Lade bakterierne tørre under en steril laminar strømning, kontrol regelmæssigt for at undgå NGM bliver for tør. Dette trin tager ca 2 timer.
- Inkubér 96-brønds RNAi-NGM plader ved 37 ° C på et fugtigt kammer.
5. Fremstilling af en synkroniseret population af orme
Til dette trin, bruger vi transgene orme bærer reportergenet (r) af interesse (f.eks en infektion-inducerbar p NLP-29 :: GFP konstruktion, og som en intern kontrol, konstruere en konstitutiv p samar-12 :: dsRed transgen) . På grund af den observerede nedgang i transgen ekspression med tiden, tø vi friske batcher af orme hver 6. uge. Vi kultur orme i mindst 2 generationer før brug, og sikre, at de orme aldrig har sultet før analysen. Hvis dag 2 i protokollen er tirsdag, udarbejder vi orme på fredag ved at placere 30 unge voksne orme på en 9 cm NGM plade spredes med OP50 bakterierved 20 ° C, de vil være klar til at blegemiddel tirsdag (se tabel 1).
- Bleach orme efter standard-protokollen 10.
- Lod udklækkes i M9 ved 25 ° C ON under omrøring for at få en synkroniseret population af L1 larver.
Dag 3
6. Fordel ormene på de 96-såvel RNAi-NGM plader til fodring og RNAi
Dette trin bør ske om morgenen. L1 fase synkroniserede orme er fordelt på hver 96-brønds bakterielle klon for fodring og RNAi.
- Hente 96-brønds RNAi-NGM plader fra 37 ° C og henstår ved stuetemperatur for at køle ned.
- Hent de blegede orme fra 25 ° C. Estimere antallet af orme pr 2 uL og juster med M9 at have omkring 100-120 orme pr 2 pi (omkring en enkelt dråbe).
- Fordel manuelt 2 pl L1-trins orme i hver brønd ved hjælp af en gentagen dispenser. Kontroller hver brønd for orm (du bør se orme svømme i væske).
- Lad pladerne tørre under en steril laminar strømning (maksimalt 1 time). Kontroller pladerne regelmæssigt, ormene skal kravle og ikke svømme. Vær forsigtig, må NGM ikke tørre for meget, ellers vil det sprække.
- Placere pladerne ved 25 ° C i et fugtigt kammer.
7. Afprøve Drechmeria coniospora sporerne for effektiv infektion
Dette trin er specifik for den foreliggende skærmen. Den består i at teste forskellige partier af sporer til at vælge højt infektiøse dem. Derfor bør det ske så tæt som muligt før dag 4, dagen for infektion. Det er nødvendigt at forberede tilstrækkelig L3-L4 orme i forvejen for disse tests (tabel 1). De detaljerede metoder kræves til D. coniospora kultur er blevet beskrevet andetsteds 11.
<ol>Dag 4
8. Inficere RNAi udsat orme med D. coniospora sporer
Dette trin udføres 30 timer efter RNAi fodring når orme har nået L3-L4 fase.
- Bestemme mængden af sporer at bruge til at distribuere 4 pi per brønd.
- Saml frisk D. coniospora sporer fra den valgte batch med M9 buffer. Anvendelse 8-10 ml M9 til en 9 cm plade af sporer. <li> Fordel 4 pi af sporer i hver brønd med en repetitiv dispenser. Kontroller hver brønd for sporer (du kan se orme svømme i væske).
- Lad pladerne tørre under en steril laminar strømning (~ 1 time). Kontroller pladerne jævnligt, indtil de orme begynder at kravle. Vær forsigtig, må NGM ikke tørre for meget, ellers vil det sprække.
- Anbring de inficerede pladerne ved 25 ° C i et fugtigt kammer.
Dag 5
9. Observation og opbevaring af pladerne før automatiseret kvantitativ analyse
Dette trin starter 18 timer efter infektion og er udført i løbet af dagen 5. Orme forventes at være unge voksne begynder at lægge æg. Under dette trin fænotype bedømt visuelt: enten orme fluorescerer grønt, som svarer til en normal situation efter infektion, eller til induktion af GFP ændres i en given brønd, hvilket betyder, at de tavse gener ændrer reaktion på infektion.
- <li> hurtigt observere pladerne under fluorescens dissektionsmikroskop. Hvis pladerne vise en god almen GFP induktion derefter gå videre til næste trin, ellers vente til om eftermiddagen for en bedre induktion, så længe der stadig er mad tilbage til ormene.
- Visuelt scorer hver plade, og bemærk alle godt med en markant fænotype (f.eks ikke udtryk for GFP). Ved at kontrollere for de opnåede resultater med de kontrolsystemer RNAi kloner, der eventuelt er blevet tilsat, giver denne første foreløbige analyse en indikation af, om forsøget har været en succes.
- Ved anvendelse af en 8 eller 12-kanals pipette Multi overførsel ormene med 100 pi NaCl 50 mM, Triton 0,05%, til en ny tilsvarende mærket / stregkodede 96-brønds rundbundet plade. Fryse pladerne ved -80 ° C indtil analyse.
- På dagen for analysen tø pladerne ved stuetemperatur og videre til den automatiserede analyse under anvendelse af Copas Biosort. Sorteringsenheden analyserer en enkelt plade i 22 minutter. Pladerne bør ikke værehenstod ved stuetemperatur i mere end en time før analysen, og de kan ikke nedfryses igen.
- Oplysningerne fra den Copas Biosort transskriberes til en Excel-fil for overfladisk kontrol af oplysningernes kvalitet. De rå data med forskellige parametre målt ved Copas Biosort (optisk densitet (ekstinktion), aksiale længde (time of flight), fluorescens-emissioner, samtidigt ved tre forskellige detektorer) lagres derefter i en dedikeret LIMS pakke (MBio LIMS, Modul- Bio) for efterfølgende detaljerede kvantitative analyser.
10. Repræsentative resultater
Ved hjælp af mængden af orme og bakterier er givet ovenfor, ved afslutningen af eksperimentet, i de fleste brønde, skal dyrene har alle udviklet til voksen, og der bør stadig være mad tilbage i alle brønde. Under disse betingelser, bør de fleste brønde også indeholde æg. Der bør være et tilstrækkeligt antal voksne i hver brønd, så Biosort data opnås feller mindst 50 individuelle orme. På den anden side, hvis den RNAi er effektivt vil et stort antal af RNAI kloner fremkalder en synlig fænotype. For eksempel kan orme være ukoordineret, eller mere åbenlyst, steril, eller arresteret i deres udvikling. Dette skulle ske ofte, så der almindeligvis mindst én brønd per 96-brønds plade indeholder orme med en tydelig RNAi fænotype. Når fænotypen af interesse er ekspressionen af et GFP reporter gen, brønde med en GFP (RNAi) klon tilvejebringe en robust kontrol (fig. 2). Andre fænotyper, såsom en ændring af størrelse kan let måles med Biosort (fig. 3A). Vi bemærkede, at ormene kunne migrere til tilstødende brønde med meget lav frekvens (<1%, BS, upublicerede resultater), når fødevaren i en brønd blev opbrugt.
Vælte funktionen af de forskellige klasser af gener kan påvirke transgener ekspression i C. elegans. Nogle er ikke specifikt kræves for transgener udtryk 12. Andre, såsomsom vævs-specifikke transkriptionsfaktorer, den epidermale GATA faktor ELT-3 13, for eksempel vil være påkrævet i bestemte delmængder af celler. Dette er en af grundene til optagelsen af en ikke-relateret og konstitutiv epidermale celler transgen reporter konstruktion (p Col-12 :: dsRed) i den stamme, der anvendes til den gældende protokol. Dette tillader sådanne gener kan skelnes fra dem, der specifikt er involveret i genregulatorisk proces under undersøgelse (fig. 3B og C). Dette transgen udtrykkes i alle larvestadier. Hvis et assay involverer påvisning af genekspression i embryoer en anden kontrol-reportergen ville være påkrævet.
En af nyskabelserne i denne protokol er brugen af fryse plader til at udskyde deres analyse. Frysning tillader pladerne, der skal opbevares i op til to uger uden væsentligt at ændre resultatet. Selv de absolutte værdier af målte fluorescens kan ændres, deres relative forhold forbliver ens (fig. 4). På OThendes hånd, RNAi er i sig selv en variabel eksperimentel procedure 14. For at opnå pålidelige resultater og eliminere de mange potentielle falske positiver, RNAi skærme skal replikeres, mindst én gang. Hvis forsøgene med held udføres, bør der være en rimelig korrelation mellem resultaterne fra en plade testet på forskellige dage. Især bør de gener, der har en stærk virkning kunne klart identificeres, selvom den præcise kvantitative virkning ikke er identisk mellem duplikatplader (fig. 5).
Figur 1. Samlet ordning for et typisk eksperiment.
Figur 2. Kontrol RNAi anvendelse af en klon målretning GFP-ekspression. Transgene orme expressing konstitutivt ap kol-12 :: dsRed reporteren og en inducerbar p NLP 29 :: GFP reporter på fast medium i en 96-brønds plade visualiseret under anvendelse af en GFP dissektionsmikroskop med et filtersæt, som tillader samtidig overvågning af rød og grøn fluorescens. Orme blev udsat for kontrol (øvre panel) eller en GFP RNAi klon (nederste paneler) i 48 timer. Panelerne til venstre er inficerede orme, dem på de rigtige orme 18 timer efter infektion med D. coniospora. Målestokken er 1 mm.
Figur 3. Kvantitativ analyse af en 96-brønds plade. Den Copas Biosort genererer numeriske data for hver orm analyseret. Graferne viser gennemsnitlige og standardafvigelse for flyvetid (TOF; A), som svarer til størrelsen af orme 15, rød fluorescens (B) og forholdet (X100) af grøn fluorescens TOF (C) af transgen WOrms udtrykker konstitutivt ca kol-12 :: dsRed reporteren og en inducerbar p NLP 29 :: GFP reporter, som var blevet dyrket på fast medium i en 96-brønds plade med forskellige RNAi kloner i 48 timer, 18 timer efter infektion med D. coniospora. Visse kloner, som den fremhævet med pilen i (A), fremkalder vækstdefekter ogleller påvirke ekspressionen af p kol-12 :: dsRed. Andre, specielt påvirker GFP udtryk, som fremhævet af pilen i (C). Denne særlige klon rettet genet nsy 1, som tidligere vist sig at være vigtig for reguleringen af NLP 29 13. Grøn, rød fluorescens og TOF er målt i arbitrære, men konstant enheder.
Figur 4. CompArison af data opnået med levende og frosne prøver fra samme eksperiment. Plader af L4 orme bærer p NLP-29 :: GFP og p Col-12 :: dsRed transgener blev enten inficeret med D. coniospora eller ej. Efter 18 timer blev hver plade groft inddeles i to; halvdel blev analyseret øjeblikkeligt og halv frosset ved -80 ° C i 24 timer, før optøning og analyse. Værdierne for gennemsnitlig TOF (størrelse af orme), EXT (optisk densitet) og grøn og rød fluorescens blev beregnet for hver prøve. Grafen viser forholdet mellem den gennemsnitlige for inficerede divideret med ikke-inficerede prøver for de frosne og levende prøver (n = 7638 og 5096, og 8634 og 3850 orme, henholdsvis).
Figur 5. Sammenlignende analyse af dubletter 96-brønds plader. Den normaliserede fluorescens ratio (middelfluorescens forholdet (her, 100 * grøn / TOF) for hver brønd divideret medDen trimmede (25. til 75. percentil) betyder for hver plade) for hver brønd i to analyser af en repræsentativ 96-brønds plade.
| Materiale | Eksperimentel Tidslinje |
| Torsdag
|
Tabel 1. Eksempel på en cyklus eksperiment med 30 plader.
Her præsenteres materialet er nødvendig for en en-cyklus eksperiment 30 plader og en tidsplan for et eksperiment fra trin 1 til trin 12 organiseret på 9 dage.
Nematodevækst medier (NGM), 100 ml:
| 0.3 g | NaCl |
| 0,25 g | Bactopepton |
| 2 g | Bactoagar |
| 100 pi | 5 mg / ml cholesterol i EtOH |
| Tilsættes deioniseret vand til 100 ml | |
| Autoklav i 5 minutter ved 121 ° C og lad afkøle, hvorefter der tilsættes: | |
| 100 pi | 1 M MgSO4 |
| 100 pi | 1 M CaCl2 |
| 2,5 ml | 1 M KPO 4 pH 6,0 |
NGM til RNAi behandling i 96-brønds plade, 100 ml:
| 0,29 g | NaCl |
| 0,25 g | Bactopepton |
| 1,7 g | Bactoagar |
| 100 pi | 5 mg / ml cholesterol i EtOH |
| Tilføj de ioniseret vand til 100 ml | |
| Autoklav i 5 minutter ved 121 ° C og lad afkøle, hvorefter der tilsættes: | |
| 100 pi | 1 M MgSO4 |
| 100 pi | 1 M CaCl2 |
| 2,5 ml | 1 M KPO 4 pH 6,0 |
| 400 uL | 1 M IPTG |
| 100 pi | 100 mg / ml ampicillin |
| 100 pi | 12,5 mg / ml tetracyklin |
Blegeopløsning, 5mL:
2,5 mL H2O
2,3 ml Blegemiddel
0,2 ml NaOH 50%
NaOH 50%, 100 ml:
50 g NaOH
Tilsættes deioniseret vand til 100 ml
NaCl 50 mM, Triton 0,05%, 400 ml:
4 ml NaCl 5 M
1 ml Triton 20%
Tilsættes deioniseret vand til 400 ml
2 ml Triton X-100
8 ml deioniseret vand
M9-puffer, 1L
6 g Na2HPO 4 (MW: 178)
3 g KH 2PO 4 (MW: 136)
5 g NaCl
Tilsættes deioniseret vand til 1 L
Autoklaver
Tilsæt 1 ml magnesiumsulfat 4 1 M
Luria Broth (LB), 1L:
10 g bactotrypton
20 g gærekstrakt
10 g NaCl
Tilsættes deioniseret vand til 1 L
Autoklaver
1 M MgSO4, 300 ml:
73,95 g MgSO4
Tilsættes deioniseret vand til 300 ml
Autoklave og opbevares ved stuetemperatur
5 mg / ml cholesterol, 200 ml:
1 g cholesterol
Tilsæt 100% EtOH til 200 ml
Filtrer steriliseres og opbevares ved stuetemperatur
1 M CaCl2, 500 ml:
27.75 g CaCl2
Tilsættes deioniseret vand til 500 ml
Filtrer steriliseres og opbevares ved stuetemperatur
1 M KPO 4 pH 6,0, 4 L:
517 g KH 2PO 4 (MW: 136)
207 g K 2 HPO 4 (MW: 174)
Tilsættes deioniseret vand til 4 L
100 mg / ml ampicillin (Amp), 10 ml:
1 g ampicillin
Tilsættes deioniseret vand til 10 ml
Opbevar ved -20 ° C
1 M Isopropyl β-D-thiogalactopyranosid (IPTG), 10 ml:
2,38 g IPTG
Tilsættes deioniseret vand til 10 ml
Opbevar ved -20 ° C
12,5 mg / ml tetracyklin, 100 ml
1,25 g tetracyclin
Tilsæt 100% EtOH til 100 ml
Tabel 2. Solutions.
Discussion
Disclosures
Den Ewbank Lab samarbejder med EU Biometrica og Modul-Bio.
Acknowledgments
Vi takker D. Braendle, CL Kurz og F. Montañana-Sanchis for deres bidrag. Dette projekt blev støttet af tilskud fra ANR og Conseil Regional PACA, og institutionel finansiering fra INSERM og CNRS.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| BactoAgar | BD Biosciences | 214010 | |
| Ampicillin | Sigma-Aldrich | A9518 | |
| BactoPeptone | BD Biosciences | 211677 | |
| CaCl2 | Any Supplier | ||
| AeraSeal adhesive film | Dutscher | 760214 | |
| Isopropyl β-d-Thiogalactopyranoside (IPTG) | Thermo Fisher Scientific, Inc. | AB-0481 | |
| K2HPO4 | Any Supplier | ||
| KH2PO4 | Any Supplier | ||
| MgSO4 | Any Supplier | ||
| NaCl | Any Supplier | ||
| Na2HPO4 | Any Supplier | ||
| NaOH | Any Supplier | ||
| 96 deep well plate | Thermo Fisher Scientific, Inc. | AB-0932 | |
| 96 well flat plate | Falcon BD | 353072 | |
| 96 well round plate | Falcon BD | 353077 | |
| Tetracycline | Sigma-Aldrich | T8032 | |
| Triton X-100 | Any Supplier | ||
| TECAN robot | Tecan Group Ltd. | ||
| Liquidator96TM | Rainin | ||
| COPAS Biosort | Union Biometrica | ||
| LIMS | Modul-Bio |
References
- Timmons, L., Fire, A. Specific interference by ingested dsRNA. Nature. 395, 854-854 (1998).
- Kamath, R. S., Ahringer, J. Genome-wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans. Methods. 30, 313-321 (2003).
- Rual, J. F. Toward improving Caenorhabditis elegans phenome mapping with an ORFeome-based RNAi library. Genome Res. 14, 2162-2168 (2004).
- Lee, S. S. A systematic RNAi screen identifies a critical role for mitochondria in C. elegans longevity. Nat. Genet. 33, 40-48 (2003).
- Hamilton, B. A systematic RNAi screen for longevity genes in C. elegans. Genes Dev. 19, 1544-1555 (2005).
- Frand, A. R., Russel, S., Ruvkun, G. Functional genomic analysis of C. elegans molting. PLoS Biol. 3, e312-e312 (2005).
- Parry, D. H., Xu, J., Ruvkun, G. A whole-genome RNAi Screen for C. elegans miRNA pathway genes. Curr. Biol. 17, 2013-2022 (2007).
- O'Rourke, E. J., Conery, A. L., Moy, T. I. Whole-animal high-throughput screens: the C elegans model. Methods Mol. Biol. 486, 57-75 (2009).
- Pujol, N. Distinct innate immune responses to infection and wounding in the C. elegans epidermis. Curr. Biol. 18, 481-489 (2008).
- Stiernagle, T. The C. elegans Research Community. Maintenance of C. elegans. WormBook. , 1551-8507 (2006).
- Powell, J. R., Ausubel, F. M. Models of Caenorhabditis elegans Infection by Bacterial and Fungal Pathogens. Methods Mol Biol. Ewbank, J., Vivier, E. 415, Humana Press. 403-427 (2008).
- Cardoso, C. XNP-1/ATR-X acts with RB, HP1 and the NuRD complex during larval development in C. elegans. Dev. Biol. 278, 49-59 (2005).
- Pujol, N. Anti-fungal innate immunity in C. elegans is enhanced by evolutionary diversification of antimicrobial peptides. PLoS Pathog. 4, e1000105-e1000105 (2008).
- Simmer, F. Genome-Wide RNAi of C. elegans Using the Hypersensitive rrf-3 Strain Reveals Novel Gene Functions. PLoS Biol. 1, e12-e12 (2003).
- Couillault, C. TLR-independent control of innate immunity in Caenorhabditis elegans by the TIR domain adaptor protein TIR-1, an ortholog of human SARM. Nat Immunol. 5, 488-494 (2004).
- Morton, E., Lamitina, T. A suite of MATLAB-based computational tools for automated analysis of COPAS Biosort data. Biotechniques. 48, xxv-xxx (2010).
- Rohlfing, A. K., Miteva, Y., Hannenhalli, S., Lamitina, T. Genetic and physiological activation of osmosensitive gene expression mimics transcriptional signatures of pathogen infection in C. elegans. PLoS One. 5, e9010-e9010 (2010).
- Lee, K. Z., Kniazeva, M., Han, M., Pujol, N., Ewbank, J. J. The fatty acid synthase fasn-1 acts upstream of WNK and Ste20/GCK-VI kinases to modulate antimicrobial peptide expression in C. elegans epidermis. Virulence. 1, 113-122 (2010).
- Duverger, Y. A semi-automated high-throughput approach to the generation of transposon insertion mutants in the nematode Caenorhabditis elegans. Nucleic Acids Res. 35, e11-e11 (2007).
- Pierce-Shimomura, J. T. Genetic analysis of crawling and swimming locomotory patterns in C. elegans. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 20982-20987 (2008).
- Ruzanov, P., Riddle, D. L. Deep SAGE analysis of the Caenorhabditis elegans transcriptome. Nucleic Acids Res. 38, 3252-3262 (2010).
- Kurz, C. L., Ewbank, J. J. Infection in a dish: high-throughput analyses of bacterial pathogenesis. Curr. Opin. Microbiol. 10, 10-16 (2007).
- Okoli, I. Identification of antifungal compounds active against Candida albicans using an improved high-throughput Caenorhabditis elegans assay. PLoS One. 4, e7025-e7025 (2009).
- Moy, T. I. Identification of novel antimicrobials using a live-animal infection model. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103, 10414-10419 (2006).
- Ballestriero, F., Thomas, T., Burke, C., Egan, S., Kjelleberg, S. Identification of compounds with bioactivity against the nematode Caenorhabditis elegans by a screen based on the functional genomics of the marine bacterium Pseudoalteromonas tunicata D2. Appl. Environ. Microbiol. 76, 5710-5717 (2010).
