Introduction
Bu protokol, biz siRNA'ları kullanarak fare makrofaj hücre hatlarında genleri inhibe ve doğal immün yanıt üzerindeki bu tedavilerin etkilerinin izlenmesi için etkin yöntemler açıklanmaktadır. Bu prosedürler, orta ya da yüksek verimli bir şekilde RNAi ekranlar için izin veren, 96-kuyu formatında gerçekleştirildi.
Enfeksiyona yanıt olarak, insanlar hemen doğuştan gelen bağışıklık tepkisini daha yavaş olan ancak daha özel bir uyum sağlayıcı bağışıklık tepkisi. Bu hızlı doğal immün yanıt makrofajlar 1 olmak üzere fagositik doğuştan gelen bağışıklık hücreleri toplanmasını ve aktivasyonunu içerir. Klasik olarak aktif makrofajlar, akut enflamatuar yanıtlarda rol oynayan ve antimikrobiyal proteinlerin ve bileşiklerin, sitokinler ve kemokinleri ve antijenlerini 2,3 üretirler. Alternatif aktive makrofajlar hoşgörüyü, doku onarımı bakımı, bağışıklık düzenlenmesinde rol oynar ve 4-8 yara iyileşmesi. Çünkü işlevleri onların geniş dizi, Makrofajlar ateroskleroz, arterit, kanser ve 9 da dahil olmak üzere pek çok hastalıkta önemli bir rol oynayabilir. Bu nedenle, makrofajların çalışma hastalık alanları arasında bir yelpazede bir süre için bir araştırma anahtar alanı olmuştur.
Doğuştan gelen bağışıklık tepki olarak önemine rağmen, makrofajlar ile çalışmak için hücreler zor olabilir. Özellikle, toksisitesi, 10,11 makrofajların lipid reaktifler kullanılarak verimli transfeksiyona elde etmek zordur. Ayrıca, siRNA verimli makrofajlar teslim olduğunda bile, genellikle demonte RNAi neden geninin sağlamlığı oldukça ılımlı olabilir ve gen için gen arasında değişebilir.
Bu teknik zorlukları aşmak için, iki fare makrofaj hücre hatları, RAW264.7 17 ve J774A.1 18 transfeksiyonuna ve demonte teknikleri 12-16 optimize ettik. Bu yaklaşım, transfeksiyon için Amaxa Nucleofector 96 oyuklu Servisi Sistemi kullanır; bu sistemin96-çukurlu formatta 19 hücreleri transfekte etmek için özel reaktifler ve elektroporasyon bir kombinasyonunu kullanır. Transfeksiyondan ardından, yöntem hücresi geri kazanımı ve canlılığı maksimize etmek ve daha sonra, siRNA ile uyarılan gen demonte üst düzeye çıkarmak için tarif etmektedir. Bu yaklaşımın faydasını göstermek için, lipopolisakkarit (LPS) ile bu hücreleri uyarır ve çeşitli pro-enflamatuar sitokinlerin üretim düzeyinde doğuştan gelen bağışıklık tepkisinin izlenmesi, aşağıdaki makrofaj hücre hatlarına siRNA taşınması için bir protokol açıklar. Biz üyeleri LPS ve diğer patojen ilişkili moleküler şekilleri (üzerine durmaktadır) duygusu, doğuştan gelen bağışıklık düzenleyen Toll-benzeri reseptör (TLR) ailesi, hangi hedef örnek veri sağlar.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Makrofaj Hücre Hatları 1. Bakım
- RAW264.7 Büyüme ve DMEM içinde J774A.1 hücre hatları,% 5 CO2 varlığında 37 ° C'de% 10 fetal sığır serumu (FBS) ile takviye edilmiştir. , Kısırlık korumaya yardımcı (bu kesinlikle gerekli olmasa da) medyaya% 1 penisilin / streptomisin (pen / strep) ekleyin.
- Kritik adım: makrofajlar verimli nakil ve siRNA kaynaklı gen demonte için sağlıklı bir durumda büyüyen emin olun. Bu makrofaj soylarında altında en iyi transfeksiyon verimi sergiler ve bu aşamada sağlam post-transfeksiyon yaşamının devam taze, çözüldükten sonra geçitler 3 ve 10 arasında hücreleri kullanmak; de büyük ölçüde azalır demonte transfeksiyon verimi ve gen gibi, daha yüksek bir geçiş numarası (> 20) kullanmayın.
- Hücreler, en fazla% 80 kaynaşmaya eriştikten kadar optimize siRNA Transfeksiyon için, levha 20% konfluansta pleytlendi hücreleri ve bir ya da iki gün büyür. Büyümüş hücreleri effic transfekte olmaziently.
2. Transfeksiyon için 96 oyuklu servisi sistem programlama
- Mekik bağlı bilgisayarda 96-iyi servis yazılımını başlatın. Sol üst dosya menüden yeni bir parametre dosyayı seçin.
- Görüntülenen 96 oyuklu plaka şekil üzerine transfekte edilecek kuyu Vurgu. Yeşil bir kutu seçilir hangi kuyular gösterecektir.
- Diagramed 96-plaka altında bulunan (J774A.1 için RAW264.7 veya DS-130 DS-136) kullanılan ve uygulamak seçeneğini makrofaj hücre hattı, karşılık programı seçin. Bir programı seçtikten sonra, şematik plaka üzerinde kuyu koyu mavi renkli olacaktır unutmayın. Boş çevreler bir program atanmış değil ve şok olmayacaktır kuyu gösterir.
3. Transfeksiyon için, reaktiflerin hazırlanması
- SF hücre hattı karıştırılarak çalışma Nucleofector ™ çözeltisi hazırlayın 96 oyuklu Nucleofector ™ çözümükapalı ek tüpün tüm içeriği ile. Karışık reaktifler, kullanılmadan önce oda sıcaklığında dengelenmeye bırakın. Ileride kullanmak üzere 3 aya kadar 4 ° C'de aşırı komple Nucleofector ™ çözümü saklayın.
- Ön sıcak transfeksiyonu için makrofajlan hazırlamadan önce 37 ° C'de DMEM, RPMI-1640,% 0.25 tripsin / EDTA, ve fosfat tamponlu tuz (PBS).
- Buz üzerinde eritilmesi ile transfeksiyonu için siRNA hazırlayın. SiRNA donma çözülür sayısını en aza indirmek için, alikotlarda kullanıldıkları ilk kez yeni siRNA'ları dondurmak.
- Başlangıç deneylerinde, (20 uM stoktan 1:10 seyreltilmiş) 2 uM nispeten yüksek bir dozda siRNA kullanın. Tipik olarak daha yüksek dozlar diğer hücre tipleri ile karşılaştırıldığında, makrofajlarda etkili gen demonte için gerekli olmasına rağmen sonra, daha düşük dozlar aşağı doğru demonte sağlam genini endüklemese siRNA'lar titre edilir.
NOT: siRNA'lar birçok kaynaktan mevcuttur; Oldukça sağlam gen demonte elde edilebilirHer genini hedefleyen dört siRNA'ların havuzları siGenome SMARTPOOLs kullanarak. Bir negatif kontrol olarak, çeşitli non-hedefleme siRNA havuzları veya siRNA'lar herhangi birini kullanabilirsiniz. - , Transfeksiyon verimini izlemek deney siRNA'lar paralel pmaxGFP kontrol (Amaxa kitlerinde) plazmid veya floresan ile etiketlenmiş siRNA'lar ya da transfekte etmek. GFP plazmidi% 30-50 transfeksiyonu (mikroskopi ile analiz edilir veya transfeksiyondan bir gün sonra akış sitometrisi) ve (transfeksiyon ve geri kazanımdan sonra sitometrisi hemen akış ile tahlil), flüoresan-işaretli siRNA'nın>% 99 transfeksiyon bekliyoruz.
4. Transfeksiyonu için makrofajlan hazırlanması
- Tripsinizasyon ile hücre kültür tabaklarından yapışkan makrofajlar ayırın. Ortamı aspire ve 10 ml PBS ile iki kez hücreleri yıkayın. PBS uzaklaştırıldıktan sonra, hücreler ile inkübe hücreleri ayırmak alıncaya kadar 1-2 dakika boyunca% 0.25 tripsin / EDTA (1 mi / 10 cm plaka), önceden ısıtılmış. Yavaşça plaka dokunun ve Solu hareketinkübasyon sırasında siyon tripsinizasyon maksimize etmektir.
- İnkübasyondan sonra, steril bir tüpe pipetleme hücreleri, 9 mi DMEM FBS ortamı ilave yukarı ve aşağı, yavaşça karıştırın ve toplayın.
- Hemasitometre kullanarak izole makrofajlar sayısını. 10 cm plaka başına kabaca 10 milyon makrofajlar bekliyoruz. Gerekli makrofaj sayısı hesaplanır; iyi 96 kuyu mekik her 200.000 hücreleri gerektirir. Pipet kayıplar için izin vermek hücrelerin fazladan birkaç kuyu değerinde eklemeyi unutmayın.
- Bir santrifüj tüpüne hücre hesaplanan sayısı Pipet. Oda sıcaklığında, 150 x g'de 10 dakika boyunca hücreler santrifüjleyin. Bu makrofaj sağlık ve transfeksiyon verimliliği azaltacak gibi çok hızlı santrifüj etmeyin.
SiRNA ile Makrofagların 5. Nucleofection
- (Tepkin madde kaybını minimize ederken karışmasını kolaylaştırır), steril bir 96-gözenekli yuvarlak tabanlı bir plaka kullanarak, her bir oyuğa olduğu transf her siRNA 2 ul ekleandırılmaktadır.
Not: siRNA'lar sayısına bağlı olarak, bu makrofaj santrifüj aşaması esnasında gerçekleştirilebilmektedir. - Santrifüj hücrelerden ortam aspire. Yavaşça peletlendi 200.000 hücre başına 20 ul kullanarak, (ek solüsyon içeren) Nucleofector ™ çözümü SF hücreleri tekrar süspansiyon. Yeniden süspansiyon haline sonra, en iyi transfeksiyon için hemen hücreleri kullanır.
- Steril bir çukur içine süspanse hücreler aktarın; siRNA'lar ihtiva eden 96 oyuklu bir plakanın her bir oyuğuna transfer yeniden süspansiyon haline getirilmiş hücre karışımı 20 ul, bir çok kanallı pipet kullanarak. Hafifçe yukarı ve aşağı pipetleme karıştırın.
- Transfer 96 oyuklu Nucleocuvette ™ plaka içine hücre / siRNA karışımı 20 ul Kritik adım.: Bu nucleofection sırasında hataları indükleyebileceği transfer adımı sırasında kabarcıkları sakınmayı.
- Transfeksiyon plakasında Deney örneklerinin her yerleştirildikten sonra, Resim kapak ve ver 96 oyuklu plaka kapağıy yavaşça örneklerinde herhangi bir kabarcıklarını çıkarmak için sert bir yüzeye dokunun.
- Program ekranın sağ alt 'upload ve start' 96 kuyu Nucleofector mekik içine kapaklı 96-plaka yerleştirin ve seçin. Nucleofection önce, sonuçları kaydetmek için program istemini izleyin.
Not: Nucleofection sürecinde, başarıyla tranfected kuyular bir artı işareti ile yeşil bir daire ile ekranda 96-kuyu şematik tasvir edilecektir. Eksi işaretleri ile kırmızı bir daire kabarcıkların veya mis-pipetlenmesinden reaktiflerin doğru hacmi için, büyük olasılıkla bir hata gösterir.
6. Kurtarma ve Makrofagların Kaplama
- Hemen nucleofection sonra, çok kanallı bir pipet kullanılarak, her bir oyuğa RMP1-1640 ortamı önceden ısıtılmış (37 ° C) 80 ul ekle. Ortam yavaş yavaş bu aşamada çok hassas olan transfekte edilmiş hücreler ile karışmasına imkân verilmesi, her bir oyuğa tarafına ortam ekleyin. Bu irade gibi, çok hızlı ortam eklemeyinbüyük ölçüde canlılığını azaltır.
- 2 dakika boyunca% 5 CO2 içeren bir 37 ° C inkübatör içine transfekte edilmiş numuneleri ile RPMI-1640 ile 96 oyuklu plakalar yerleştirin; Bu hücrelerin manipülasyonu daha ileri önce kurtarmak için sağlamak açısından önemlidir.
- Inkübatör 96 oyuklu plaka çıkarın ve dikkatli bir şekilde bir çok kanallı pipet kullanılarak 96 oyuklu bir doku kültür plakasının her bir kuyudan karışımı aktarın.
- Bir çok kanallı pipet kullanarak, her bir oyuğa önceden ısıtılmış (37 ºC), DEM + FBS orta 100 ul ekleyin.
- 24-36 saat boyunca% 5 CO2 içeren bir 37 ° C kuluçka makinesi içinde örnekleri ile 96 oyuklu doku kültürü plakası (bu zaman aralığı genel olarak iyi çalışmasına rağmen, tek tek siRNA'lar için tam zamanlama optimize) inkübe edin.
LPS ile Makrofagların 7. uyarılması
- 24-36 saat sonra-Nucleofection inkübe edildikten sonra, taze ortam içinde LPS ile (ya da diğer üzerine durmaktadır) maddesinin hazırlanması. Edilen kuyuların tümü için yeterli taze ortam hazırlayın (200 ul m,edia / oyuk, 96 oyuklu plaka artı pipetleme için fazladan). DMEM FBS içinde 20 ng / ml'lik nihai bir konsantrasyona kadar LPS seyreltin.
- 96 gözlü levhadan dikkatlice aspire ortam ve hücreler LPS içeren taze ortam ilave edin.
- Stimülasyon sonrasında çeşitli zamanlarda LPS veya diğer üzerine durmaktadır yanıtı izlemek. 6 saat, IL-6 veya TNFa gibi sitokinler için sağlam bir enflamatuar sitokin tepkisi meydana getirmek için yeterlidir.
8. Makrofagların yılında Başlatılan Doğuştan Bağışıklık Tepkisi, Gen demonte ve canlılık İzleme
- LPS-kaynaklı sitokin üretimini izlemek için, 96-çukurlu bir depolama plakasına hücrelerden süpernatant pipetle. Sitokin üretimi daha sonra ELISA ile ölçülebilir.
- Süpernatan kaldırıldıktan sonra, floresan diasetat kullanılarak hücre yaşamı sürdürme kabiliyetini izlemek (canlı hücrelerde hücresel esterazlarla ayrılır zaman, bu bileşik, flüoresan hale gelir). T kullanılarak hücre canlılığı kontrol eden genleri hedef siRNA'ları tespitOnun yaklaşımı. Not: düzgün yapıldığı takdirde transfeksiyon sürecinin kendisi canlılığı üzerinde çok az etkiye sahip olması gerekmektedir.
- (: 100, PBS içinde nihai sulandırma 1), her bir sıra için floresan diasetat (aseton içinde 5 mg / ml stok) ilave et.
- Beş dakika için bir oda sıcaklığında inkübe edin ve bir plaka okuyucusu (460 nm eksitasyon, 515 nm emisyon) kullanılarak hücrelerdeki floresan izler.
- İsteğe bağlı: kuyularda floresan homojen olduğundan emin olmak üzere, bu gibi RIPA gibi tamponlar kullanılarak lize hücreleri; Bazı levha okuyucular de sadece küçük bir bölümünü izlemek için yapılandırılmış olan bu, kuyunun içinde üniform floresan sinyali sağlar; hücreler eşit kaplama değilse, floresandiasetat bir yanlış okuma verebilir.
- Hücre canlılığı izlenmesi için bir alternatif olarak, yapışan hücrelerden türetilen RNA kullanılarak qPCR demonte siRNA teşvik etmiş geni izler.
- Süpernatanı, hücrelerden çıkarılır sonra reklam (yukarıda 8.1 adım a)bunları eritmek doğrudan yapışık hücrelere (liziz ve RNA korunması için kullanılır) D RLT tamponu.
- Örneğin, RNeasy Mini kit gibi bir RNA hazırlama kiti kullanılarak RNA izole edilir ve gen siRNA tedavi kontrolü için demonte göreceli izlemek için gen spesifik primerler ile qPCR kullanın. Normalleşmesi için Βactin için astar veya GAPDH kullanın.
- Başka bir alternatif ise, doğal immun cevabın başka yönlerini izlemek için de, sonra ya FITC-etiketli E. ekleyerek makrofagların fagositik yeteneği izlemek doğrudan bir kit kullanılarak yapışık hücreler üzerine E. coli parçacıklar. Sadece birkaç saat sürer üreticinin protokolünü takiben, bir plaka okuyucu veya mikroskopi kullanılarak fagositik alımını izlemek.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Bu yaklaşımı kullanarak transfeksiyon etkinliğini göstermek için, bir akış sitometresi (Şekil 1) kullanılarak, FITC-işaretli siRNA'nın alımını izlenir.
Doğuştan gelen bağışıklık yanıtı izlemek için bir yaklaşım kullanışlılığını tasvir etmek için, biz, RAW264.7 makrofaj hücre hattı bilinen doğuştan gelen bağışıklık düzenleyici genler hedef siRNA'lar transfekte LPS ile stimüle edilen hücreler, daha sonra pro-enflamatuar sitokinlerin üretimini takip IL 6 ve TNFa. TLR3 22,23 tarafından tanınan (Cı) Farklı TLR TLR4 20 tarafından tanınan de Gram negatif bakterilerin, LPS ile, örneğin PAM3CSK4 gibi lipopeptitler gibi mimik poli virüslerden TLR2 21 ve dsRNA ile tanınan farklı üzerine durmaktadır tanır. Şekil 2'de gösterildiği gibi, TLR4 (ancak siRNA kullanılarak değil diğer TLR) inhibisyonu güçlü LPS ile uyarılan IL-6 ve TNFa üretimini azaltmaktadır. Ayrıca, siRNA ile IL-6 inhibisyonunun uyaran bir ajandır azalır6. Üretim TNFa üretimi (Şekil 2'de B paneli A'yı karşılaştırın) zarar vermeden,.
Şekil 1:. FITC işaretli siRNA verimli Transfeksiyondan hemen sonra, hücreler, paraformaldehid'de sabitlenmiş, bir kaç kez yıkanmış, tarif edilen yöntemler kullanılarak fare makrofaj hücre çizgisi J774A.1 transfekte edilir ve floresans akış sitometresi ile izlendi. Şekil ya da transfekte edilmiş ve FITC ile siRNA mevcudiyetinde (mavi eğri) ya da (kırmızı eğrisi) de inkübe edilen hücreleri karşılaştırır.
Fare makrofajında siRNA'nın etkinliği ve özgünlüğü: Şekil 2hücre çizgisi RAW264.7. RAW264.7 hücreleri (kontrol ya da olmayan bir hedefleme siRNA havuz # 1 ya da 2 ya da TLR4, TLR3, TLR2, ya da IL-6 belirtildiği gibi hedef siRNA) belirtilen siRNA'lar ile transfekte edilmiştir. 24 saat sonra, hücreler daha sonra ELISA ile izlendi 6 saat karıştırıldı ve sitokin üretimi için 20 ng / ml LPS (ya da IL-6, Panel B, Panel A bölgesi veya TNFa ile stimüle edildi. * Işaretleri, kontrol tedavisi (s önemli ölçüde farklı bir değer <0.05 göstermektedir , t-testi).
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Çok sayıda çalışma, burada tek tek genler sıçangil makrofaj siRNA tarafından hedef alınmıştır yayınlanmıştır. Lipit aracılı transfeksiyon bireysel olarak makrofaj hücre hatlarına siRNA teslim etmek için kullanılmış olsa da, bu yöntemler, bir genden genine canlılığı, sınırlı gen demonte ve değişkenlik olası etkileri muzdarip. Orta veya yüksek verimli bir şekilde genlerin hedeflenmesi için kullanılabilecek daha sert tahlilleri geliştirmek için, gen demonte içinde daha fazla kıvam ve yaşamlarını sürdürmeleri üzerindeki etkileri sınırlı (bu, daha sağlam sergiler Amaxa Nucleofector 96 oyuklu transfer sistemi teknikler kullanılarak optimize Sistem), lipid-aracılı yaklaşımlar daha pahalıdır. Pek çok değişken Bu prosedürlere optimize etmek için test edildi. Biz verimli birçok farklı ilköğretim makrofajlar siRNA'nın sunmak için bu sistemi kullanmak başardık ve makrofaj hücre hatları ölümsüzleştirdi (bu Amaxa 96 gözlü hücre hat optimizasyonu kiti kullanarak gerektirdiği bazı durumlarda). Benn bu farklı fare makrofaj hücre hatları (RAW264.7, J774A.1 ve MH-S) ve primer hücreleri ile ön testler (tiyoglikolat tetiklenen ve kemik makrofajlar iliği türevi), bulduğumuz RAW264.7 ve J774A.1 hücreleri, En güçlü siRNA indüklenen gen demonte göstermiştir (MH-S ve primer hücreler, ardından sırasıyla veriler gösterilmemiştir). Bu iki ölümsüzleştirilmiş makrofaj hücre dizileri yaygın olarak çalışma için kullanılır, biz ayrıca bu dizileri kullanılarak eden RNAi prosedürleri optimize edilmiştir.
Transfeksiyon etkinliğini izlemek için, ya da Nucleofector kitleri ya da FITC-işaretli siRNA'nın kontrol plazmid GFP kullanın. Mikroskobik olarak ya da akış sitometrisi ile analiz edilmiş olarak GFP plazmidi,% 30-50 transfeksiyon verimi olan, transfeksiyondan bir gün sonra güçlü bir floresan göstermektedir (veriler gösterilmemiştir). SiRNA FITC-işaretli ile akış sitometrisi ile analiz edilmiş olarak biz>% 99 transfeksiyon etkinliğini gözlemlemek (dsRNA plazmid DNA daha transfects). O florasan için beklemek önemli ikenflüoresan sinyal kez zayıflatır, çünkü GFP plazmidi gelişir, floresan siRNA transfeksiyonundan sonra nispeten kısa bir süre izlenmelidir.
Tarif edilen koşullar altında transfeksiyonu hücre canlılığı üzerinde önemli bir etkisi bulunmamaktadır. Biz genellikle floresein kullanılarak bizim SiRNA tedavilerin ardından hücre canlılığı izlemek. Bu bileşik floresan değildir; Canlı hücrelerdeki hücre esterazlarla ayrılır, ancak, bu flüoresan hale gelir. Ayrıca, flüoresan formu daha sonra intakt bir plazma membranı 24, hücrelerde saklanır. Örneğin, hücresel ATP seviyelerinin izlenmesi için diğer daha karmaşık tahliller vardır, ancak bu flüoresan bazlı deney, hücre yaşamı sürdürme kabiliyetini izlemek için, göreceli olarak, basit, hızlı ve ucuz bir deneyidir.
Biz genellikle diğer hücre hatlarına göre RNAİ'nin için erken tarafında transfeksiyonunun aşağıdaki doğuştan gelen bağışıklık fonksiyonu 24-36 saat için, hücreleri tahlil. WhIle bir gen demonte kolaylaştırmak için teslim etmeyi endojen proteinlerin beklemek zorunda, bir siRNA potens kaybı ile bu dengelemek zorundadır, ve diğer kullanılan tipik 48-72 saat biraz daha erken zamanlarda bu makrofajla hatlarda daha sağlam demonte bulmak hücre tipleri. Western blot ile protein seviyelerini izlemek için tercih edilir birlikte, tipik olarak birden fazla antikor ve batı blotlar pratik olmayabilir, bunun için bir seferde birden fazla genleri okuyan amacı ile, qPCR mRNA düzeyini izleyin. Biz inflamatuar sitokin üretimini maksimize minimal dozda LPS kullanın.
SiRNA ile yeni genler hedeflerken, biz Protokol'de tanımlanan nispeten yüksek SiRNA doz ile başlar ve ardından bir fenotipi teşvik siRNA'ları aşağı titre. Hedef dışı etkileri önlemek için tasarlanmış sonraki kontrol ge qPCR veya western blot tarafından demonte geni kontrol etmek ve kullanmak suretiyle, daha fazla siRNA ile aynı fenotipe başlatabileceğine karar vermek için birden fazla siRNA dupleksleri kullanımını içerirne overekspresyonu çalışmalar RNAi yaklaşımı tamamlayacak. Bu yaklaşımlar fare makrofajlar doğuştan bağışıklık düzenleyen genlerin hızlı tanımlanması için izin vermelidir.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Yazarlar hiçbir rakip mali çıkarlarının olmadığını beyan ederim. Bu makale Lonza'nın, Inc. tarafından sponsor oldu
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Amaxa nucleofector 96-well shuttle system | Lonza | AAM-1001S | |
| Amaxa SF cell line 96-well nucleofector kit | Lonza | V4SC-2096 | |
| RAW264.7 mouse macrophage cell line | ATCC | TIB-71 | |
| J774A.1 mouse macrophage cell line | ATCC | TIB-67 | |
| siGenome smartpool siRNA | Dharmacon | varies depending on gene | |
| Non-targeting control siRNA pool | Dharmacon | D-001206-13-20 | |
| Block-iT fluorescent oligo for electroporation | Invitrogen | 13750062 | |
| Ultrapure E. coli O111:B4 LPS | List Biological Laboratories | 421 | |
| DMEM, high glucose | Invitrogen | 11995-065 | |
| RPMI-1640 | Invitrogen | 11875-093 | |
| Penicillin-streptomycin solution (Pen/Strep) | Fisher | SV30010 | |
| 0.25% Trypsin-EDTA | Invitrogen | 25200072 | |
| 96-well tissue culture plates | Fisher | 07-200-89 | |
| 96-well round bottom sterile plates (not coated) | Fisher | 07-200-745 | |
| Mouse IL-6 Duoset ELISA kit | R&D Biosystems | DY406 | |
| Mouse TNFα Duoset ELISA kit | R&D Biosystems | DY410 | |
| Fluorescein diacetate | Sigma-Aldrich | F7378 | |
| RLT buffer | Qiagen | 79216 | |
| RNeasy mini kit | Qiagen | 74134 | |
| Vybrant Phagocytosis Assay Kit | Invitrogen | V-6694 |
References
- Kaufmann, S. H. E., Medzhitov, R., Gordon, S. The innate immune response to infection. , ASM Press. (2004).
- Adams, D. O., Hamilton, T. A. The cell biology of macrophage activation. Annual review of immunology. 2, 283-318 (1984).
- Fujiwara, N., Kobayashi, K. Macrophages in inflammation. Current drug targets. Inflammation and allergy. 4, 281-286 (2005).
- Gordon, S., Martinez, F. O. Alternative activation of macrophages: mechanism and functions. Immunity. 32, 593-604 (2010).
- Martinez, F. O., Helming, L., Gordon, S. Alternative activation of macrophages: an immunologic functional perspective. Annual review of immunology. 27, 451-483 (2009).
- Fairweather, D., Cihakova, D. Alternatively activated macrophages in infection and autoimmunity. Journal of autoimmunity. 33, 222-230 (2009).
- Benoit, M., Desnues, B., Mege, J. L. Macrophage polarization in bacterial infections. Journal of immunology. 181, 3733-3739 (2008).
- Mantovani, A., Sica, A., Locati, M. Macrophage polarization comes of age. Immunity. 23, 344-346 (2005).
- Burke, B., Lewis, C. E. The macrophage. , 2nd edn, Oxford University Press. (2002).
- Lee, G., Santat, L. A., Chang, M. S., Choi, S. RNAi methodologies for the functional study of signaling molecules. PloS one. 4, (2009).
- Carralot, J. P., et al. Automated high-throughput siRNA transfection in raw 264.7 macrophages: a case study for optimization procedure. Journal of biomolecular screening. 14, 151-160 (2009).
- Alper, S., et al. Identification of innate immunity genes and pathways using a comparative genomics approach. ProcNatl Acad Sci USA. 105, 7016-7021 (2008).
- De Arras, L., et al. An evolutionarily conserved innate immunity protein interaction network. J. Bio. Chem. , 1967-1978 (2013).
- Yang, I. V., et al. Novel regulators of the systemic response to lipopolysaccharide. Am J Respir Cell Mol Biol. 45, 393-402 (2011).
- Yang, I. V., et al. Identification of novel innate immune genes by transcriptional profiling of macrophages stimulated with TLR ligands. Molecular immunology. 48, 1886-1895 (2011).
- Yang, I. V., et al. Identification of novel genes that mediate innate immunity using inbred mice. Genetics. 183, 1535-1544 (2009).
- Raschke, W. C., Baird, S., Ralph, P., Nakoinz, I. Functional macrophage cell lines transformed by Abelson leukemia virus. Cell. 15, 261-267 (1978).
- Ralph, P., Moore, M. A., Nilsson, K. Lysozyme synthesis by established human and murine histiocytic lymphoma cell lines. The Journal of experimental medicine. , 1528-1533 (1976).
- Zumbansen, M., et al. First siRNA library screening in hard-to-transfect HUVEC cells. Journal of RNAi and gene silencing. 6, 354-360 (2010).
- Lu, Y. C., Yeh, W. C., Ohashi, P. S. LPS/TLR4 signal transduction pathway. Cytokine. 42, 145-151 (2008).
- Aliprantis, A. O., et al. Cell activation and apoptosis by bacterial lipoproteins through toll-like receptor-2. Science. 285, 736-739 (1999).
- Alexopoulou, L., Holt, A. C., Medzhitov, R., Flavell, R. A. Recognition of double-stranded RNA and activation of NF-kappaB by Toll-like receptor 3. Nature. 413, 732 (2001).
- Conforti, R., et al. Opposing effects of toll-like receptor (TLR3) signaling in tumors can be therapeutically uncoupled to optimize the anticancer efficacy of TLR3 ligands. Cancer Res. 70, 490-500 (2010).
- Fernandez-Botran, R., Větvička, V. Methods in Cellular Immunology. 8, CRC Press. 8 (2001).
