Abstract
אינטראקציות בין חלבונים לתווך את רוב התהליכים בתא הומאוסטזיס ושליטה חיים של האורגניזם. אינטראקציות חלבון פגומות עלולות לגרום למחלה, מה שהופך את אינטראקציות חלבון מטרה לתרופות חשובות. מכיוון שכך, חשוב מאוד להבין האינטראקציות הללו ברמה המולקולרית. אינטראקציות חלבון נלמדות תוך שימוש במגוון של טכניקות הנעות בין מבחני סלולריים וביוכימיים למבחנים ביו-פיסיקליים כמותי, ואלה עשויים להתבצע גם עם חלבונים באורך מלא, עם תחומים חלבון או עם פפטידים. פפטידים לשמש כלי מצוין כדי לחקור אינטראקציות חלבון שכן הוא יכול להיות מסונתזים פפטידים בקלות ולאפשר התמקדות באתרי אינטראקציה ספציפיות. מערכי פפטיד יאפשר זיהוי של אתרי האינטראקציה בין שני חלבונים, כמו גם הקרנה לפפטידים שנקשרים חלבון המטרה למטרות טיפוליות. הם גם מאפשרים מחקרי SAR תפוקה גבוהה. לזיהוי אתרי קישור, typiמערך פפטיד קאל מכיל בדרך כלל חופף חלקית 10-20 פפטידים שאריות נגזרים מהרצפים מלאים של חלבונים אחד מבני זוג או יותר של חלבון המטרה הרצויה. הקרנת המערך לכריכה חלבון המטרה מגלה פפטידים המחייבים, המקביל לאתרי הקישור בחלבונים הדומים, בשיטה קלה ומהירה רק באמצעות כמות קטנה של חלבון.
במאמר זה אנו מתארים פרוטוקול להקרנת מערכי פפטיד למיפוי אתרי האינטראקציה בין חלבון מטרה ושותפיה. מערך פפטיד נועד מבוסס על הרצפים של חלבוני השותף לוקחים בחשבון מבנים משניים שלהם. מערכי שימוש בפרוטוקול זה היו מערכי Celluspots שהוכנו על ידי מכשירי Bioanalytical INTAVIS. המערך חסום כדי למנוע נוקבים מחייבים ולאחר מכן הודגרו עם החלבון הנחקר. זיהוי באמצעות נוגדן חושף פפטידים מחייבים המתאימים לאתרי אינטראקציה הספציפיים בין החלבונים.
Introduction
אינטראקציות בין חלבונים לתווך את רוב התהליכים בתא החי. אינטראקציות חלבון פגומות עלולות לגרום למחלה, מה שהופך את אינטראקציות חלבון מטרה לתרופות חשובות. מכיוון שכך, חשוב מאוד להבין האינטראקציות הללו ברמה המולקולרית. אינטראקציות חלבון נלמדות תוך שימוש במגוון של טכניקות הנעות בין מבחני סלולריים וביוכימיים למבחנים ביו-פיסיקליים כמותי, ואלה עשויים להתבצע גם עם חלבונים באורך מלא, עם תחומים חלבון או עם פפטידים. פפטידים לשמש כלי מצוין כדי לחקור אינטראקציות חלבון. סיבה לכך הוא פפטידים יכולים להיות מסונתזים בקלות ולאפשר התמקדות באתר אינטראקציה ספציפית מצד אחד, ועל מטרות חלבון מרובות באופן תפוקה גבוהה על יד 1,2 האחר. הקרנת מערך פפטיד היא מהיר, קל לביצוע בשיטה לקבלת כמות גדולה של נתונים על האינטראקציות של חלבון מטרה עם שותפים רבים בזמן קצר 3. שלא כמו שיטות ביוכימיות או ביו-פיסיקליות אחרות לאיתור וניתוח אינטראקציות בין חלבונים, הקרנת מערך פפטיד דורשת ריכוז נמוך מאוד של חלבון והוא יכול לזהות חלש מאוד מחייב. מערכי פפטיד יכולים לשמש ליישומים רבים באינטראקציות פפטיד חלבון כגון מיפוי חלבונים או אתרי האינטראקציה קולטן ליגנד 4, ממשקים שָׁוֶה או הטרו-oligomerization של, נוגדנים המאפיינים epitopes 5, לומדים פעילויות אנזים 6 ותפוקה גבוהה structure- יחסי פעילות (SAR) לומדים 7. לבחינה מעמיקה על הקרנת מערך פפטיד לראות כץ ואח '. 4
מספר סוגים של מערכי פפטיד קיימים כיום. ישנן שתי אסטרטגיות עיקריות סינתטיות להכנת מערכי פפטיד: סינתזה של פפטידים לפני צירופם התמיכה המוצקה, או הסינתזה של פפטידים ישירות על התמיכה המוצקה, בעיקר באמצעות 4,8 טכניקת SPOT.פפטידים מסונתזים על התמיכה המוצקה בדרך כלל על ידי 9-fluorenylmethyloxycarbonyl כימיה (Fmoc) 8. בין התוכניות סינתטיות הנפוצות קובץ מצורף פפטיד דרך התחנה הסופית N (למשל, מערכי pepstar JPT 9) וקובץ מצורף פפטיד דרך התחנה הסופית C הם (למשל, מערכי pepchip PEPSCAN 10, מערכי JPT pepspot 9 ומערכי celluspot INTAVIS 11) 4. התמיכה המוצקה יכולה להשתנות וכך גם הכימיה של צימוד פפטיד אליו. יכולים להיות מחוברים פפטידים הופסקו-Cys שקופיות זכוכית באמצעות קבוצת תיאול 12. התחנה הסופית N של פפטיד יכולה להיות מחויבת קוולנטית לקבוצת הידרוקסיל על הקרום תאית באמצעות esterification של חומצת אמינו מחובר 8.
כאן אנו מציגים פרוטוקול מפורט לסינון מערכי פפטיד כשיטה לחקר אינטראקציות חלבון-חלבון. המערך השתמשנו הוא מערך Celluspots, שהוא מיקרו-מערך המכיל amo הגדולUNT של כתמים (כפילויות של עד 384 נקודות) על קרום תאית קטן הנתמכים על ידי שקופית זכוכית. זה מאפשר עבודה עם כמויות נמוכות של חלבון ונוגדנים וקבלת כמות משמעותית של נתונים לכל ניסוי בודד. מערך זה מכיל גם צפיפות פפטיד גבוהה המאפשרת זיהוי של זיקה נמוכה מחייבת. המערך שימש למיפוי האינטראקציה Stil-CHFR, וזה חשוב מאוד לשליטה בתא נורמלי התפשטות 13. אינטראקציה בלתי מבוקרת בין שני החלבונים יכולה להוביל להתפתחות הסרטן. על ידי מיפוי אינטראקציה זו שמצאנו את אתר הקישור הספציפי ומחייבים שאריות 14. זו סוללת את הדרך לעיצוב מעכבים רציונאליים המעכבים אינטראקציה חלבון-חלבון זה.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
1. עיצוב מערך פפטיד
- מחלקים את הרצף של חלבון המטרה לחופף חלקית 10-20 פפטידים שאריות. לשנות את כמות החפיפה בניסוי הספציפי והמשאבים של המעבדה ביצוע, אבל באופן עקרוני כבר החפיפה טובה יותר. בעת תכנון פפטידים לקחת באלמנטי מבנה המשני חשבון ידוע בחלבון שיכול להיות אחראי לאינטראקציה.
- הזמן את מערך פפטיד המיועד דרך ספקים מסחריים. כאן, פפטידים שימוש קשורים קוולנטית למערך באמצעות C-הסופי.
2. חסימה הלא ספציפי מחייבת
- בצע פתרון חיץ 50 מ"מ טריס או פוספט המכיל 0.05% Tween 20 (TBST / PBST) ולהתאים את ה- pH הרצוי עם כמות מדודה של HCl או NaOH (כדי לדעת הכוח היוני המדויק) וכוח יוני הרצוי עם NaCl . כאן, להשתמש pH של 7.5 וחוזק יוני של 150 מ"מ.
- בצע פתרון החסימה2.5% (w / v) ברפרוף אבקת חלב ב TBST / PBST.
- כדי למנוע הלא ספציפי מחייב, לטבול את המערך ב 5 מיליליטר של תמיסת חסימה. דגירה המערך ל2-4 שעות בטמפרטורת חדר או הלילה ב 4 ºC על שייקר.
3. דוגרים עם החלבון
- שטוף את המערך ראשון עם 5 מיליליטר של תמיסת חסימה למשך 30 שניות ולאחר מכן פעמיים עם 5 מיליליטר TBST / PBST במשך 5 דקות על שייקר בטמפרטורת חדר.
- דגירה המערך נשטף עם 5 מיליליטר של מתויג פתרון החלבון המכיל 2.5% (w / v) ברפרוף אבקת חלב כדי למנוע הלא ספציפי מחייב. כאן, להשתמש 4.5 מיקרומטר של פתרון חלבון (STIL 500-650) מומס בפתרון החסימה המתואר.
הערה: בדרך כלל חלבון מיקרומטר 5-10 משמש להקרנה, אך ריכוז החלבון יכול להיות אפילו נמוך כמו 2-3 מיקרומטר, בהתאם לזיקה המחייבת והריכוזים המקומיים של פפטידים שקשרו במערך (יעילות של סינתזה). החיץ שבו החלבוןנמס יכול להשתנות, אך הוא נפוץ לדלל את החלבון באמצעות אותו פתרון החסימה שתואר לעיל. - דגירה את המערך בפתרון החלבון ל3-8 שעות בטמפרטורת חדר או הלילה ב 4 ºC.
4. דוגרים עם הנוגדן
- שטוף את המערך שלוש פעמים עם 5 מיליליטר TBST / PBST. ההדחה הראשונה היא למשך 30 שניות ואחריו שני 5 שוטף דקות על שייקר בטמפרטורת חדר.
- דגירה המערך נשטף עם 5 מיליליטר של נוגדן HRP-מצומדות מדולל (1: 1,500) בחיץ דגירה המכיל את אותם מרכיבים באותו הריכוזים כפתרון חסימה, עבור שעה 1 על שייקר בטמפרטורת חדר. הנוגדן יכול להיקשר גם חלבון המטרה או התג.
- לבצע ניסויי שליטה בודקת את האינטראקציה של הנוגדן עם פפטידים על המערך, במיוחד אם המערך מכיל פפטידים מחלבון המטרה (למשל, לoligomerization מחקרים) על ידי חזרה על אותו הפרוטוקול ללא STEעמ '3, דוגרים עם החלבון.
- שטוף את המערך שלוש פעמים עם 5 מיליליטר TBST / PBST. ההדחה הראשונה היא למשך 30 שניות ואחריו שני 5 שוטף דקות על שייקר בטמפרטורת חדר.
5. קריאת המערך
- לבצע פיתוח chemiluminescence עם ערכה מערבית סופג ECL מצע.
- בצע את זיהוי עם מנתח תמונה זורח.
- לנתח את התוצאות. ודא ששני הכפילויות במערך מראות את אותה אותות, ולכן התוצאות הן אמינות. אם המבנה של שותף החלבון ידוע, לחפש במבנה לפפטידים המחייבים ולחפש אתרי קישור. גם פפטידים שהם רחוקים ברצף יכולים להיות קרובים זה לזה במבנה שלישוני וליצור אתר קישור.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
STIL הוא חלבון centrosomal חשוב מאוד. היא שולטת התפשטות חלוקת תאים נורמלית ותאי 13,15 - 19. STIL אינטראקציה עם כמה חלבונים 18,20,21, ורוב האינטראקציות מתרחשים דרך החלק המרכזי שלה, שהוא אזור במהות סדר (IDR) 14. עיצבנו מערך המורכב של פפטידים הנגזרים מCHFR החלבון הקושר STIL. CHFR הוא מדכא גידולים הנגרם בתגובה להמיטוטי מתח 22. מכיוון שהמבנה של תחום מחייב STIL של CHFR לא היה ידוע באותה העת, חילקנו את תחום החלבון לפפטידים ארוכים 15 שאריות עם חפיפה של 7 שאריות, כפי שמתואר בשלב 1.1 בפרוטוקול. ביצענו מערך פפטיד בדיקות סקר לזיהוי האתרים CHFR-Stil המחייבים, כמפורט בפרוטוקול לעיל ושמודגם באיור 1. השתמשנו מערך INTAVIS Celluspot המורכב של 384 פפטידים בכפילויות, אשר יכול לספק כמות עצומה של מידע, כפי שהודגמה באיור 2. שימוש במערך פפטיד זה מצאנו אתרי הקישור לSTIL בחלבון הקושר CHFR (איור 3). כל נקודה שחורה במערך מייצגת פפטיד נגזר CHFR שקשר STIL. שים לב שכל פפטיד מופיע פעמיים מאז שהיא קיימת בשני עותקים, שמאמת את אמינות התוצאות. האינטראקציה בין STIL וCHFR הודגמה בעבר ברמת החלבון 13,14. הקרנת מערך פפטיד חשפה 7 פפטידים הנגזרים CHFR שקשרו STIL IDR, שאריות 500-650 (איור 3, Amartely et al. 14). תוצאות אלו מאפשרות לנו למפות אתר הקישור של STIL על CHFR. למרות המרחק של 7 פפטידים אלו על רצף ראשוני CHFR הם יוצרים אתר קישור מוגדר היטב לSTIL בCHFR (איור 4) 14.
7 / 52097fig1highres.jpg "/>
איור 1: תכנית של הקרנת מערך פפטיד A- עיצוב מערך פפטיד שמורכב מפפטידים החופפים בחלקו נובעים מחלבונים שותף אחד או יותר, תוך לקיחה בחשבון המבנים משניים שלהם;. B- דוגרים עם חלבון המטרה; C- דוגרים עם נוגדן לזיהוי; D- איתור (ניתן לעשות זאת על ידי chemiluminescence, הקרינה, וכו '); E- ניתוח התוצאות כדי לחשוף את החלבון אתרי קישור. אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
איור 2:. דוגמא למערך פפטיד הקרנת איתור מושגת באמצעות chemiluminescence השקופיות מכילה שני מערכים זהים כפילויות..es / ftp_upload / 52,097 52097fig2large.jpg "target =" / _ blank "> לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
איור 3: הקרנת מערך פפטיד לכריכה של STIL IDR לחלבון CHFR: 4.5 מיקרומטר STIL 500-650-מתויג הוקרן מחייב המערך. כל נקודה שחורה מציינת מחייב בין בר STIL ופפטיד נגזר CHFR 14. אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
איור 4: אתר קישור STIL בCHFR מוצג במבנה של תחום העשיר CHFR Cys (שאריות 424-661, מזהה PDB: 2XPO) שבע.פפטידים שקשרו STIL בהקרנת מערך פפטיד ניתן לחלק לשלושה אזורים בצבע ורוד, כתום ואדום, שהם רחוקים ברצף הראשוני אך קרוב זה לזה במבנה 3D יצירת אתר אחד מחייב. אזור מלא זה יוצר כיס מחייב לSTIL בCHFR דימר 14. אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
הקרנת מערך פפטיד היא כלי מצוין לזיהוי אתרי הקישור של חלבון מטרה בשותפיה. assay זה הוא מהיר וקל לביצוע וניתן לקבל תוצאות באחד או שני ימי עבודה. הקרנת מערך פפטיד היא תכליתית ויכולה לשמש למטרות רבות. ניתן להשתמש בו לאפיון שינויי תרגום פוסט כגון זרחון וזיהוי מצעים של קינאזות. לדוגמא: קינאז FLT3, אשר קשורים לאקוטיים לוקמיה מיאלואידית, phosphorylates פפטידים מצע Tyr המכיל נמצאו על ידי מערך פפטיד הקרנת 6. התכונות המעכבות של pazopanib מעכבי טירוזין קינאז וlapatinib נבדקו באמצעות מערך פפטיד הקרנת 23. מערך פפטידים יכול לשמש כדי לזהות את האתרים שמתווכים אינטראקציות בין חלבונים. דוגמאות לחלבונים כגון למדו במעבדה שלנו בשיטה זו הן: יחסי הגומלין בין חלבון HIV-1 Vif וחלבון A3G הסלולרי התאפיינוing מערך פפטיד 24; הקרנת מערך פפטיד שימשה ללמוד את יחסי הגומלין של משפחת BCL-2 אנטי-אפופטוטיים עם חלבון ASPP2 פרו-אפופטוטיים 25 וללמוד את הכריכה של tBID, חבר BCL-2 משפחה, עם חלבון המיטוכונדריה MTCH2 26; האינטראקציה הפנים-מולקולריות בין תחומים השרירן IIC נותחה באמצעות מערך פפטיד הקרנת 27. כאן אנו מציגים דוגמא לאופן שנהגנו מערך פפטיד בדיקות סקר לזיהוי האתרים שמתווכים את האינטראקציה Stil-CHFR, אינטראקציה בין חלבונים חשובים בהתרבות והסרטן 14. חושף את האתר המדויק מחייב יכול לשמש כבסיס לתכנון רציונלים של מעכבים של האינטראקציה למדה.
הקרנת מערך פפטיד היא לא assay כמותי. זה חצי כמותית מאז הסכום של הפפטיד בכל נקודה על המערך משתנה בהתאם לשינוי בטוהר תשואת הסינתזה ופפטיד. זה בתורו תלוי בpeptרצף IDE, אורך, הווריאציה בתשואה ובטהרה גם יכול להוביל לעתים לתוצאות חיוביות או שליליות שקר שקר וכו '. השוואה בין העוצמות בתוך אותו המערך יכולה להתבצע, וכתוצאה מכך הדירוג חצי כמותית. עם זאת כגון השוואה בין מערכים שונים או ניסויים שונים עם אותו המערך היא לא אמינה. כדי לכמת את מחייב, פפטידים הנמצאים בהקרנת מערך פפטיד צריכים להיות מסונתזים ונבדקו לכריכה חלבון המטרה תוך שימוש בשיטות ביו-פיסיקליות, כגון אנאיזוטרופיה הקרינה, calorimetry טיטרציה בידוד התרמי (ITC), תהודת plasmon פני השטח (SPR), וכו 'מבחני כאלה הם לא תמיד רגיש לחלש מחייב כי הם דורשים ריכוז גבוה של החלבון לאתר מחייב כזה. הקרנת מערך פפטיד, מצד שני, היא רגישה מאוד למחייבים חלשים. כך, חלק מהאינטראקציות שנצפו בהקרנת המערך שלא ניתן להתבונן או לכמת באמצעות שיטות כגון anisot הקרינה חֶבלִי 14. העובדה שהקרנת מערך פפטיד דורשת ריכוזים נמוכים מאוד של חלבון בשילוב עם הרגישות הגבוהה של assay לעשות מערך פפטיד שיטה שימושית לסינון אינטראקציות חלבון-peptide במגוון רחב של זיקות.
תוצאות שליליות כוזבות יכולות להיות גם בשל העובדה כי הפפטידים ליניארי עשויים שלא לייצג את מבנה 3D של אתר הקישור בחלבונים כמו שצריך. הקביעה זו אינה בעיה עם חלבונים במהות סדר, אשר מיוצגים היטב על ידי פפטידים. יכולות להיגרם גם על תוצאות חיוביות שגויות על ידי הקשירה של הנוגדן למערך. אלה יכולים להיות מזוהים על ידי ביצוע ניסוי שליטה כמתואר בסעיף בפרוטוקול 4.3. ניתן גם להשיג תוצאות שליליות כוזבות אם epitope החלבון שמוכר על ידי הנוגדן הפך שלא נחשפו על מחייב למערך פפטיד. בעיה זו אינה נפוצה, אך ניתן לפתור באמצעות נוגדן polyclonal נגד החלבון.
jove_content "> הקרנת מערך פפטיד יכול לשמש גם לשיפור פפטידים עופרת, כולל אלנין לסרוק וSAR לומד 7. ברגע שאתר הקישור של היעד ידוע, יכול להיות מתוכנן מערך המבוסס על הרצף שלה עם שינויים רבים, כולל החלפה של כל שאריות לאלנין (סריקת עלא) כדי לזהות את השאריות החשובות לאינטראקציה. באופן דומה, ניתן לבצע מחקרי SAR על ידי שינוי מאפיינים שונים של פפטידים המחייבים. אלה כוללים משתנים אורכו של פפטיד, החלפת שאריות על ידי D המקביל חומצות -amino ושינויים אחרים כגון מתילציה, glycosylation והחלפה על ידי חומצות אמינו לא טבעיות. פפטידים שונה כאלה, כולם מבוססים על רצף יעד אחד, יכול להיות מסונתז על מערך אחד והוקרן לכריכה חלבון המטרה בניסוי אחד מהיר וקל , מספק שפע של מידע לשיפור מעכב פוטנציאלי והבנת המנגנון המולקולרי של האינטראקציה."Jove_content"> מתודולוגיה להקרנת מערך פפטיד היא גמישה מאוד ושינויים בפרוטוקול יכולים להיות מיושם בעת צורך. תרכובות אחרות החוסמות ליד חלב, כגון אלבומין בסרום שור (BSA) או סוכרוז, ניתן להשתמש. אם הלא ספציפי מחייבים הוא ציין, יש להשתמש בריכוזים גבוהים יותר של חלב / BSA / סוכרוז. החלבון יכול להיות הודגרו עם המערך בכל חיץ רצוי, אבל חשוב להוסיף לחלב חיץ / BSA / סוכרוז או כל חוסם אחר המשמש בפתרון החסימה, כדי למנוע מחייב נוקבים. ריכוז החלבון צריך להישאר נמוך יחסית, וניתן לצפות מחייב חזק אפילו עם 3-5 חלבון מיקרומטר. הנפח של דגירה בכל הצעדים (חסימה, דגירה עם החלבון או נוגדן וכביסה) צריך להיות מספיק כדי לכסות את המערך באופן מלא. בדרך כלל 4-5 מיליליטר מספיק. נוגדנים משני יכולים לשמש אם הנוגדן הראשוני הוא לא ניתן לגילוי. במקרה זה על השלבים 6 ו -7 יש לחזור עם פעמים דילול ודגירהשמתאים לשני נוגדנים הספציפיים. הליך זיהוי תלוי בנוגדן. לperoxidase חזרת (HRP) נוגדנים מצומדות, chemiluminescence משמשת בדרך כלל כמתואר בפרוטוקול זה. חלופות שונות יכולות לשמש לנוגדנים שונים, כגון הקרינה או אלקטרו-chemiluminescence 4. מערך פפטיד המתואר כאן הוא לשימוש אחד בלבד ולא ניתן לעשות שימוש חוזר.
הפרוטוקול המובא כאן מדגים את השימוש הרחב של מערכי פפטיד. שימוש במערך בצורה נכונה נועד, ניתן לזהות אתרי קישור בין שני חלבונים בפירוט. ברגע שהאתר הקישור מאופיין גם ניתן להשתמש בו כאתר יעד תרופה לעיכוב האינטראקציה בין חלבונים הרלוונטיים. בהתבסס על פפטידים המחייבים מצאו בהקרנת המערך, יכולות להיות מתוכננות מולקולות קטנות מעכבות והוקרנו כמקורות תרופתיים.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Acknowledgments
AF נתמכה על ידי מענק החל ממועצת המחקר האירופית תחת שביעי תכנית המסגרת של הקהילה האירופית (FP7 / 2007-2013) / הסכם ERC גרנט N ° 203,413 ועל ידי מרכז מינרבה לביו-היברידי systems.HA המורכב וAI נתמך על ידי דליה ודן מידן המלגה לסטודנטים לתואר מתקדם באוניברסיטת עברית בירושלים.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Peptide array | INTAVIS Bioanalytical Instruments | ||
| His-probe Antibody (H-3) HRP | Santa Cruz Biotechnology | sc-8036 HRP | |
| EZ-ECL Kit | Biological industries | 20-500-120 | |
| Skim Milk | Becton, Dickinson and Company | 232100 | |
| LAS-3000 camera | FUJI film |
References
- Benyamini, H., Friedler, A. Using peptides to study protein–protein interactions. Future Medicinal Chemistry. 2 (6), 989-1003 (2010).
- Geysen, H. M., Wagner, C. D. Isotope or mass encoding of combinatorial libraries. Chemistry & Biology. 3 (8), 679-688 (1996).
- Frank, R. Spot-synthesis: an easy technique for the positionally addressable, parallel chemical synthesis on a membrane support. Tetrahedron. 48 (42), 9217-9232 (1992).
- Katz, C., Levy-Beladev, L., Rotem-Bamberger, S., Rito, T., Rudiger, S. G., Friedler, A. Studying protein-protein interactions using peptide arrays. Chem Soc Rev. 40 (5), 2131-2145 (2011).
- Hansen, L. B., Buus, S., Schafer-Nielsen, C. Identification and Mapping of Linear Antibody Epitopes in Human Serum Albumin Using High-Density Peptide Arrays. PLoS ONE. 8 (7), (2013).
- Uecker, A. A substrate peptide for the FLT3 receptor tyrosine kinase. British Journal of Haematology. 144 (1), 127-130 (2009).
- Gabizon, R., Faust, O., Benyamini, H., Nir, S., Loyter, A., Friedler, A. Structure-activity relationship studies using peptide arrays: the example of HIV-1 Rev-integrase interaction. Med. Chem. Commun. 4 (1), 252-259 (2013).
- Frank, R. The SPOT-synthesis technique: Synthetic peptide arrays on membrane supports—principles and applications. Journal of Immunological Methods. 267 (1), 13-26 (2002).
- Innovative Peptide Solutions. , http://www.jpt.com (2014).
- PEPSCAN shaping peptides to perfection. , http://www.pepscan.com (2014).
- Intavis Bioanalytical Instruments. , http://www.intavis.com (2014).
- Falsey, J. R., Renil, M., Park, S., Li, S., Lam, K. S. Peptide and Small Molecule Microarray for High Throughput Cell Adhesion and Functional Assays. Bioconjugate Chemistry. 12 (3), 346-353 (2001).
- Castiel, A., Danieli, M. M. The Stil protein regulates centrosome integrity and mitosis through suppression of Chfr. Journal of Cell Science. 124 (4), 532-539 (2011).
- Amartely, H., David, A., Lebendiker, M., Benyamini, H., Izraeli, S., Friedler, A. The STIL protein contains intrinsically disordered regions that mediate its protein-protein interactions. Chemical Communications. 50, Cambridge, England. 5245-5247 (2013).
- Izraeli, S., Lowe, L. A. The SIL gene is required for mouse embryonic axial development and left-right specification. Nature. 399 (6737), 691-694 (1999).
- Izraeli, S., Colaizzo-Anas, T., Bertness, V. L., Mani, K., Aplan, P. D., Kirsch, I. R. Expression of the SIL gene is correlated with growth induction and cellular proliferation. Cell Growth Differ. 8 (11), 1171-1179 (1997).
- Arquint, C., Sonnen, K. F., Stierhof, Y. -D., Nigg, E. a Cell-cycle-regulated expression of STIL controls centriole number in human cells. Journal of Cell Science. 125 (5), 1342-1352 (2012).
- Tang, C. J., Lin, S. Y. The human microcephaly protein STIL interacts with CPAP and is required for procentriole formation. Embo J. 30 (23), 4790-4804 (2011).
- Vulprecht, J., David, A. STIL is required for centriole duplication in human cells. Journal of Cell Science. 125 (5), 1353-1362 (2012).
- Campaner, S., Kaldis, P., Izraeli, S., Kirsch, I. R. Sil phosphorylation in a Pin1 binding domain affects the duration of the spindle checkpoint. Mol Cell Biol. 25 (15), 6660-6672 (2005).
- Kasai, K., Inaguma, S., Yoneyama, A., Yoshikawa, K., Ikeda, H. SCL/TAL1 interrupting locus derepresses GLI1 from the negative control of suppressor-of-fused in pancreatic cancer cell. Cancer Res. 68 (19), 7723-7729 (2008).
- Chaturvedi, P., Sudakin, V. Chfr regulates a mitotic stress pathway through its RING-finger domain with ubiquitin ligase activity. Cancer Res. 62 (6), 1797-1801 (2002).
- Olaussen, K. a, Commo, F. Synergistic proapoptotic effects of the two tyrosine kinase inhibitors pazopanib and lapatinib on multiple carcinoma cell lines. Oncogene. 28 (48), 4249-4260 (2009).
- Reingewertz, T. H., Britan-Rosich, E. Mapping the Vif–A3G interaction using peptide arrays: A basis for anti-HIV lead peptides. Bioorganic & Medicinal Chemistry. 21 (12), 3523-3532 (2013).
- Katz, C., Benyamini, H. Molecular basis of the interaction between the antiapoptotic Bcl-2 family proteins and the proapoptotic protein ASPP2. Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (34), 12277-12282 (2008).
- Katz, C., Zaltsman-Amir, Y., Mostizky, Y., Kollet, N., Gross, A., Friedler, A. Molecular Basis of the Interaction between Proapoptotic Truncated BID (tBID) Protein and Mitochondrial Carrier Homologue 2 (MTCH2) Protein: KEY PLAYERS IN MITOCHONDRIAL DEATH PATHWAY. Journal of Biological Chemistry. 287 (18), 15016-15023 (2012).
- Rosenberg, M. M., Ronen, D., Lahav, N., Nazirov, E., Ravid, S., Friedler, A. High resolution characterization of myosin IIC tailpiece and its effect on filament assembly. Journal of Biological Chemistry. 288 (14), 9779-9789 (2013).
