यहाँ हम में मौजूद जैव-कणों के संग्रह के लिए एक अनुकूलित और कुशल हटाने की रणनीति का वर्णन एक एक कदम 5 μl सूक्ष्म मात्रा सेल / एसटीआर प्रवर्धन से जुड़े एक बढ़ाया प्रवर्धन प्रोटोकॉल के साथ एक साथ, नमूने 'डीएनए' स्पर्श, की वसूली की अनुमति के लिए कम मिलकर दोहराएँ (एसटीआर) जैव-कण दाता (एस) के प्रोफाइल।
डीएनए प्रोफाइल मानव जैविक सामग्री का सूक्ष्म निशान शामिल हैं जो 'स्पर्श डीएनए' सबूत, से प्राप्त किया जा सकता है। ट्रेस डीएनए रोजगार कपास swabs या चिपकने वाला टेप की वसूली के लिए मौजूदा तरीकों को ब्याज की एक क्षेत्र नमूना करने के लिए। हालांकि, इस तरह के एक 'अंधा-swabbing' दृष्टिकोण सह-नमूना होगा सेलुलर सामग्री विभिन्न व्यक्तियों से, 'व्यक्तियों की कोशिकाओं आइटम पर भौगोलिक दृष्टि से अलग स्थानों में स्थित हैं, भले ही। इस प्रकार, स्पर्श डीएनए नमूनों में आई डीएनए मिश्रण के कुछ कृत्रिम रूप से खुद को swabbing द्वारा बनाई गई हैं। कुछ उदाहरणों में, एक शिकार के डीएनए इस प्रकार किसी भी संभावित अपराधी के डीएनए मास्किंग महत्वपूर्ण अतिरिक्त में पाया जा सकता है।
मानक वसूली और विश्लेषण के तरीकों के साथ चुनौतियों को दरकिनार करने के लिए, हम संपर्क डीएनए सबूत की बढ़ी आनुवांशिक विश्लेषण में यह परिणाम है कि एक कम लागत, 'स्मार्ट विश्लेषण' विधि विकसित किया है। हम एक अनुकूलित एक वर्णनस्पर्श डीएनए नमूनों में मौजूद जैव-कणों का संग्रह है, साथ ही जैव-कण दाता से एसटीआर प्रोफाइल के वसूली की अनुमति के लिए एक एक कदम 5 μl microvolume सेल / एसटीआर प्रवर्धन से जुड़े एक बढ़ाया प्रवर्धन की रणनीति के लिए डी कुशल micromanipulation वसूली की रणनीति (एस)। का उपयोग व्यक्ति या कुछ (यानी, "गुच्छों") एकल स्रोत प्रोफाइल को प्राप्त करने की क्षमता में bioparticles का परिणाम है। इन प्रक्रियाओं के अलगाव और फॉरेंसिक स्पर्श डीएनए साक्ष्य से ही bioparticles के विश्लेषण के लिए वैकल्पिक बढ़ाया तकनीक का प्रतिनिधित्व करते हैं। हर फोरेंसिक जांच में आवश्यक नहीं है, जबकि विधि मानक विश्लेषण तकनीक का उपयोग संभव नहीं हो सकता है कि शारीरिक हमला (जैसे, गला घोंटने) से जुड़े मामलों में एक ही स्रोत अपराधी डीएनए प्रोफाइल की वसूली के लिए अत्यधिक लाभकारी हो सकता है। साथ ही, यहां विकसित की रणनीतियों ओ की एक किस्म से एकल कोशिका के स्तर पर आनुवंशिक जानकारी प्राप्त करने के लिए एक अवसर प्रदान करते हैंवहाँ गैर फोरेंसिक ट्रेस जैविक सामग्री।
टच डीएनए सेलुलर सामग्री का सीधा हस्तांतरण है जो ट्रेस जैविक सबूत का एक रूप है शारीरिक संपर्क एक के दौरान एक वस्तु या किसी अन्य व्यक्ति के लिए एक व्यक्ति से (उदाहरण के लिए, त्वचा कोशिकाओं शेड)। छुआ वस्तुओं की एक किस्म से डीएनए प्रोफाइल प्राप्त करने की क्षमता (दस्तावेजों, बिस्तर, जूते, आग्नेयास्त्रों, पीने के कंटेनर, कलम, अटैची संभालती है) साहित्य 2-9 की रिपोर्ट में किया गया है।
स्पर्श डीएनए साक्ष्य का विश्लेषण में एक महत्वपूर्ण कारक ट्रेस जैविक सामग्री वर्तमान के सफल वसूली है। डीएनए सबूत आम तौर पर एक बाँझ कपास झाड़ू के साथ संदिग्ध क्षेत्र swabbing द्वारा एकत्र की है स्पर्श ("अंधा-swabbing" के रूप में करने के लिए कहा गया है)। इस दृष्टिकोण का प्रयोग, एकत्र जैविक सामग्री की प्रकृति ज्ञात नहीं है और एक सामान्यीकृत क्षेत्र के नमूने किया जाता है। सतह खांचे या दरारों की उपस्थिति द्वि की अक्सर पहले से ही छोटी राशि के सफल वसूली में बाधा हो सकतीological सामग्री मौजूद है। इसके अतिरिक्त, एक 'अंधा-swabbing' दृष्टिकोण होगा जिसका कोशिकाओं मद पर मौजूद हैं, 'व्यक्तियों की कोशिकाओं आइटम पर स्थानिक अलग स्थानों में स्थित हैं, भले ही अलग-अलग व्यक्तियों से जरूरी सह नमूना सेलुलर सामग्री। अक्सर कम टेम्पलेट डीएनए नमूनों के साथ विशेष रूप से हल करने के लिए चुनौती दे रहे हैं जो admixed डीएनए प्रोफाइल की वसूली, अक्सर 8,10,11 मनाया जाता है और कई मामलों में swabbing प्रक्रिया का ही एक परिणामी विरूपण साक्ष्य हो जाएगा। सामग्री का केवल एक छोटी राशि दानदाताओं में से एक से मौजूद था, तो मानक निष्कर्षण और विश्लेषण तकनीक नाबालिग योगदानकर्ता से एक प्रोफाइल को ठीक करने में विफल हो सकता है। इसके अतिरिक्त, यह सूखा या गीला इस्तेमाल किया गया था या झाड़ू के प्रकार के कारण निगलने को योग्यता और adsorptivity और जैविक सामग्री 12 की रिहाई की दक्षता में अंतर करने के लिए एकत्र किया जाता है कि जैविक पदार्थ की मात्रा को प्रभावित कर सकते हैं (बाँझ पानी के साथ पहले से सिक्त)। एसtandard निकासी तरीकों की वजह से नमूना या नमूना हस्तांतरण चरणों के लिए आवश्यक शारीरिक हेरफेर करने के लिए अतिरिक्त नमूना हानि हो सकती है।
ऊपर वर्णित है, जैविक सामग्री की वसूली के लिए सरल swabbing तकनीक की वजह से अलग-अलग जैविक घटकों को अलग करने के लिए एक विफलता के लिए जैविक नमूने के रूप में अच्छी तरह से admixed प्रोफाइल के एक वृद्धि की घटना की मात्रा का पता लगाने के नुकसान में परिणाम हो सकता है। इसलिए, हम छुआ वस्तुओं पर मौजूद सेलुलर microparticles के संग्रह के लिए अधिक चयनात्मक और कुशल वसूली रणनीति विकसित करने की मांग की। स्पर्श डीएनए सबूत से जैविक सामग्री के विश्लेषण के लिए विकसित की रणनीति (कारण त्वचा की बाहरी एपिडर्मल परत में पाया कोशिकाओं के बहुमत या मर मर कर रहे हैं के बाद से एक नाभिक हमेशा दिखाई नहीं देता है तथ्य यह है कि "bioparticles" यहाँ के रूप में करने के लिए भेजा जेल फिल्म fr के माध्यम से जैविक सामग्री (यानी, bioparticles) की 1) संग्रह: निम्न) 13 केरेटिनकोशिकाओं शामिलओम एक पानी में घुलनशील चिपकने का उपयोग की वस्तुओं और सतहों, पहना कपड़े आइटम या सीधे मानव त्वचा, संभावित मानव जैविक सामग्री का संग्रह करने के लिए सुनिश्चित बरामद जैविक सामग्री का 2) सूक्ष्म परीक्षण, और एक या कुछ जैव-कणों की 3) micromanipulation छुआ, और एक microvolume (5 μl) एक कदम सेल / प्रवर्धन प्रतिक्रिया का उपयोग कर एकत्र जैव-कणों की 4) ऑटोसोमल डीएनए एसटीआर रूपरेखा।
यह प्रक्रिया पारंपरिक रूप से इस्तेमाल विश्लेषण के तरीकों पर कई लाभ प्रदान करता है। जेल का उपयोग कर फिल्म bioparticles की रिकवरी विश्लेषण करने से पहले नमूने में जैविक सामग्री वर्तमान की एक सूक्ष्म परीक्षा परमिट। स्पर्श डीएनए सबूत से बरामद bioparticles के बहुमत एकल कोशिकाओं इसे और अधिक कठिन या जैव-कणों का चयन किया जाना चाहिए कि कितने, विश्लेषण अवसर के लिए प्रदान करने से पहले इन नमूनों की सूक्ष्म परीक्षा केन्द्रक की कोशिकाओं के लिए खोज करने के लिए जो निर्धारित करने के लिए कर रही है नहीं हो सकता है इस प्रकार maximizडीएनए प्रोफ़ाइल वसूली की संभावना आईएनजी। पानी में घुलनशील चिपकने की सहायता micromanipulation का उपयोग कर bioparticles का संग्रह प्रतिक्रिया ट्यूबों में लक्षित bioparticles के प्रत्यक्ष हस्तांतरण परमिट। यह प्रक्रिया जैविक सामग्री का सफल हस्तांतरण सुनिश्चित करने के लिए खुर्दबीन के नीचे कल्पना की है। नमूना प्रति विश्लेषण की लागत को कम करते हुए कम या microvolume प्रतिक्रिया संवेदनशीलता बढ़ जाती है। इस सबूत के एक व्यक्ति के टुकड़े से नमूनों की बढ़ी संख्या के विश्लेषण परमिट। कारण स्पर्श डीएनए साक्ष्य के रूप में जैव-कणों की आनुवंशिक राज्य में श्रृंखला के लिए, अलग-अलग आइटम से कई samplings सिफारिश कर रहे हैं।
यहाँ, हम स्पर्श डीएनए साक्ष्य के रूप में जैविक सामग्री का दाताओं की अत्यधिक प्रमाण आनुवंशिक प्रोफाइल प्राप्त करने के लिए विकसित प्रोटोकॉल का सफल प्रयोग प्रदर्शित करता है। विकसित bioparticle संग्रह और डीएनए प्रोफाइलिंग के तरीकों के लिए एक व्यापक 'स्मार्ट' (यानी, विशिष्ट, मध्यम श्रेणी, आटा उपलब्ध करानेलक्षण वर्णन, विश्लेषण और ट्रेस जैविक सामग्री की व्याख्या करने के लिए, inable यथार्थवादी और समय पर) आणविक आधारित दृष्टिकोण। मूल रूप से स्पर्श डीएनए सबूत के फोरेंसिक विश्लेषण के लिए आवेदन के लिए विकसित की है, जबकि यहां विकसित की रणनीतियों जैविक सामग्री के अन्य स्रोतों के लिए आवेदन किया है और एकल कोशिका के स्तर पर व्यक्तिगत पहचान की जानकारी प्राप्त करने के लिए एक अवसर प्रदान करते जा सकता है।
यहाँ हम संग्रह और स्पर्श डीएनए सबूत से बरामद bioparticles की बढ़ी आनुवांशिक विश्लेषण के लिए विधियों का वर्णन किया है। छुआ वस्तुओं और सतहों, पहना कपड़े आइटम या सीधे मानव त्वचा से जेल फिल्म के माध्यम से जैविक सामग्री (यानी, bioparticles) की 1) संग्रह, बरामद जैविक सामग्री का 2) सूक्ष्म परीक्षा क्षमता का संग्रह सुनिश्चित करने के लिए: विकसित दृष्टिकोण निम्नलिखित शामिल मानव जैविक सामग्री, और एक पानी में घुलनशील चिपकने का उपयोग एकल या कुछ bioparticles की 3) micromanipulation, और एक microvolume (5 μl) एक कदम सेल / प्रवर्धन प्रतिक्रिया का उपयोग कर एकत्र bioparticles की 4) ऑटोसोमल डीएनए एसटीआर रूपरेखा। एक एक कदम बंद ट्यूब प्रतिक्रिया का उपयोग अतिरिक्त नमूना जोड़तोड़ या अन्य प्रतिक्रिया ट्यूबों के लिए स्थानांतरण से प्रदूषण और नमूना नुकसान के लिए क्षमता कम कर देता है। बढ़ाया एक कदम microvolume (5 μl) सेल / एसटीआर प्रवर्धन प्रतिक्रियाओं पूर्ण या probativ की वसूली के लिए परमिटई एसटीआर एकल या कुछ bioparticles के दाता की प्रोफाइल। यह दृष्टिकोण एकल और बहु स्रोत स्पर्श डीएनए सबूत (जैसे, पहना कपड़े आइटम और अन्य घरेलू सामान, छुआ / संभाला वस्तुओं और सतहों, त्वचा / त्वचा मिश्रण) से ही स्रोत एसटीआर प्रोफाइल को प्राप्त करने के लिए विकसित किया गया था। यह सफलतापूर्वक नकली शारीरिक हमला मिश्रण नमूनों में पुरुष दाता का पता लगाने के लिए इस्तेमाल किया गया है।
इस दृष्टिकोण के आगे इस तरह के हमलावर से केवल कुछ bioparticles शिकार से जैविक सामग्री की भारी राशि के बीच उपस्थित होना होगा, जिसमें उसकी / उसके हमलावर scratching शिकार, के रूप में अतिरिक्त शरीर के तरल पदार्थ / ऊतक मिश्रण परिदृश्यों में मूल्यांकन किया जा सकता है। वर्तमान अध्ययन में विकसित इस दृष्टिकोण एकल bioparticle स्तर पर विश्लेषण परमिट के बाद से ही, यह एक मध्यस्थ के एक surfa पर एक डीएनए प्रोफ़ाइल स्थानान्तरण जिसमें माध्यमिक हस्तांतरण 14-19 की प्रकृति और सीमा की बेहतर समझ हासिल करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता हैएक और सतह वस्तु या व्यक्ति से 20 सीई, वस्तु या व्यक्ति। माध्यमिक हस्तांतरण के विश्लेषण के लिए एक अंधे-swabbing दृष्टिकोण माध्यमिक दाता से सामग्री की मात्रा का पता लगाने की पहचान करने में विफल हो सकता है। यहाँ विकसित दृष्टिकोण एकल या कुछ bioparticles का विश्लेषण परमिट और इसलिए परिणाम प्राथमिक दाता से जैविक सामग्री की भारी राशि की उपस्थिति से चकित नहीं हैं। ऐसे अपराधी से त्वचा कोशिकाओं की मात्रा का पता लगाने के सकारात्मक पहचान महत्वपूर्ण हो सकता है, जहां योनि के डिजिटल पैठ शामिल उन के रूप में भी यौन उत्पीड़न के मामलों में ट्रेस जैविक सामग्री के विश्लेषण के लिए निहितार्थ हो सकता है इस काम में विकसित तरीके कि यौन संपर्क स्थापित करने के लिए आई।
जेल फिल्म नमूना से bioparticles के संग्रह के लिए कठिन और जटिल जोड़तोड़ को शामिल नहीं करता है, सु सुनिश्चित करने के लिए महान देखभाल के साथ प्रदर्शन करने की जरूरत है कि इस प्रक्रिया में महत्वपूर्ण कदम उठाए हैंनीचे की ओर प्रतिक्रिया पोत के लिए bioparticles की ccessful हस्तांतरण। पानी में घुलनशील चिपकने के साथ bioparticles के संग्रह, इस्तेमाल किया चिपकने वाला "गेंद" के आकार पर निर्भर करता है। यानी, उच्च वृद्धि (~ 200-300X) में stereomicroscope के हित का केवल bioparticles एकत्र कर रहे हैं कि यह सुनिश्चित करने के लिए (माइक्रोस्कोप में देखा जाना चाहिए दोनों जैविक और गैर जैविक सामग्री (जैसे, फाइबर, अन्य मलबे) शामिल हो सकते हैं जो अतिरिक्त आसपास के सामग्री इकट्ठा करने की क्षमता है। अनायास ही अतिरिक्त bioparticles का संग्रह admixed डीएनए प्रोफाइल की वसूली में परिणाम हो सकता है। गैर जैविक सामग्री का संग्रह कई bioparticles एक ही चिपकने वाला "गेंद" के साथ एकत्र कर रहे हैं, तो सूक्ष्म मात्रा सेल में अवरोधकों को पेश हो सकता है / एसटीआर प्रतिक्रियाओं।, पहले से एकत्र bioparticles चिपकने से स्वाधीन बनने के लिए एक संभावित है। इस बार नहीं मनाया जाता है, लेकिन हो सकता है जब bioparticl की बड़ी संख्यातों एकत्र कर रहे हैं (उदाहरण के लिए, 50 से अधिक) एक ही चिपकने वाला "गेंद" के साथ। Bioparticles की एक बड़ी संख्या को निशाना बनाया जाता है, तो यह कम bioparticles के कई संग्रहों बना रहे हैं लेकिन सभी एक ही 0.2 मिलीलीटर ट्यूब में हस्तांतरित की सिफारिश की है। Bioparticles एकत्र किया गया है एक बार, देखभाल खुर्दबीन मंच से जेल फिल्म स्लाइड और सुई की नोक परेशान नहीं है कि इतनी 0.2 मिलीलीटर ट्यूब की नियुक्ति को हटाने के दौरान लिया जाना चाहिए। 0.2 मिलीलीटर ट्यूब के नीचे प्रवर्धन मिश्रण में सुई की नोक के प्लेसमेंट के दौरान, सुई की नोक ट्यूब के पक्षों पर माल की हानि से बचने के क्रम में ट्यूब के पक्ष के साथ संपर्क बनाने नहीं होना चाहिए। चिपकने के solubilization आम तौर पर तेजी है जबकि (~ 30 सेकंड या उससे कम चिपकने वाला "गेंद" के आकार पर निर्भर करता है) कर सकते हैं और सूक्ष्म परीक्षण के दौरान निगरानी, सुई की नोक धीरे धीरे कि पूरा सुनिश्चित करने के लिए प्रवर्धन मिश्रण से हटा दिया जाना चाहिए solubilizationचिपकने के हासिल किया गया है। चिपकने वाला पूरी तरह से भंग नहीं किया है, तो सुई पूरा विघटन अनुमति देने के लिए तरल लौटा जा सकता है।
यहाँ वर्णित प्रोटोकॉल फॉरेंसिक जैविक साक्ष्य से bioparticles और मानव कोशिकाओं के साथ प्रयोग के लिए अनुकूलित किया गया है। चयनित lysis बफर चयनित डीएनए एसटीआर प्रवर्धन किट के साथ संगत है। उपयुक्त विकल्प सेल बफ़र्स वहाँ हो सकता है, बहाव के विश्लेषण के साथ सेल और अनुकूलता के मामले में उनकी दक्षता उपयोगकर्ता द्वारा सत्यापित किया जाना चाहिए। साथ ही, इस प्रोटोकॉल में वर्णित एसटीआर प्रवर्धन किट और प्रवर्धन चक्र संख्या एक या कुछ bioparticles साथ प्रयोग के लिए अनुकूलित किया गया है। रिपोर्ट की वृद्धि की मजबूती और संवेदनशीलता के साथ एक अगली पीढ़ी एसटीआर प्रवर्धन किट का चयन किया गया और एक या कुछ bioparticles से उच्च गुणवत्ता वाले एसटीआर प्रोफाइल के वसूली में परिणाम के लिए प्रदर्शन किया गया है। जबकि अलग-अलग सिफारिश amplifi के साथ कई अन्य एसटीआर किट,कटियन चक्र नंबर, वे उपयुक्त संवेदनशीलता के अधिकारी नहीं हो सकता है और इसलिए ठीक से इन प्रोटोकॉल में उपयोग करने से पहले मूल्यांकन करने की आवश्यकता होगी, उपलब्ध हैं।
एकल या कुछ bioparticles से वसूली एसटीआर प्रोफाइल के लिए वर्णित विधि के सफल प्रयोग के बावजूद, प्रोफाइल वसूली की सफलता की दर 100% नहीं किया जाएगा। इसलिए, कुछ नमूने के लिए एक सीमित आंशिक डीएनए प्रोफ़ाइल या कोई प्रोफाइल देखा जा सकता है। इस वजह से निर्णायक नेत्रहीन सेलुलर सामग्री के रूप में सबसे bioparticles की पहचान करने में असमर्थता के लिए टाला नहीं जा सकता, प्रतिक्रिया पोत में स्थानांतरण से पहले एकत्र bioparticles या चिपकने से नमूना सामग्री के नुकसान में परमाणु सामग्री के संभावित अपमानित राज्य। इसलिए, प्रत्येक स्पर्श डीएनए आइटम के लिए एक एकल bioparticle नमूने के विश्लेषण की सिफारिश नहीं है। हम अक्सर एक व्यक्ति जेल फिल्म नमूना से 20 नमूना सेट इकट्ठा करने और एक उपयुक्त एसटीआर प्रोफाइल प्राप्त नहीं है, तो जरूरत के रूप में अतिरिक्त नमूना सेट एकत्रित करेगा। टीmicrovolume प्रतिक्रियाओं (एक मानक प्रतिक्रिया मात्रा के रूप में एक समान या कम लागत के लिए अतिरिक्त नमूने एकत्र करने का अवसर प्रदान करते हैं, हालांकि संग्रह के लिए वह केवल सीमा, जेल-फिल्म नमूना (और विश्लेषण की संभावना लागत पर मौजूद जैविक सामग्री की राशि है उदाहरण के लिए, 25 μl)।
विकसित डीएनए प्रोफाइलिंग विधियों यहाँ का वर्णन लक्षण वर्णन, विश्लेषण और स्पर्श डीएनए नमूनों से बरामद ट्रेस जैविक सामग्री की व्याख्या करने के लिए एक आणविक आधारित दृष्टिकोण प्रदान करते हैं। हालांकि, जैविक सामग्री का दाता के दाता (यानी, एसटीआर प्रोफाइल) का निर्धारण करने के लिए इसके अलावा में बरामद bioparticles से प्राप्त किया जा सकता है कि अतिरिक्त आनुवंशिक जानकारी है। मूल के ऊतक या शरीर के तरल पदार्थ के स्रोत (जैसे, लार बनाम त्वचा) एक आपराधिक जाँच के लिए महत्वपूर्ण प्रासंगिक जानकारी उपलब्ध करा सकता है। इस तरह के एक दृढ़ संकल्प के बिना, मूल के ऊतक स्रोत की अस्पष्टता विस्फोटक जा सकता हैअपराध के वैकल्पिक परिस्थितियों के रूप में ited (जैसे, शरीर के तरल पदार्थ जमा किया गया हो सकता है कि कैसे) का सुझाव दिया जा सकता है। यहाँ वर्णित bioparticle संग्रह और अलगाव प्रोटोकॉल (जैसे, मुख, योनि) एक ऊतक स्रोत की पहचान के लिए उपयोग में सूक्ष्म मात्रा प्रतिलेखन (आरटी) रिवर्स शामिल है कि रणनीति (mRNA के 21-30 रूपरेखा) bioparticles या अन्य कोशिकाओं को इकट्ठा करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है और प्रवर्धन प्रतिक्रियाओं। आगे अनुकूलन के साथ यह भी स्पर्श डीएनए सबूत से bioparticles सहित एक ही नमूना, से सेल प्रकार पहचान (आरएनए) और एसटीआर प्रोफाइलिंग की अनुमति के लिए एक डीएनए / आरएनए सह अलगाव रणनीति विकसित करने के लिए संभव हो सकता है।
The authors have nothing to disclose.
The authors would also like to thank all participants who donated samples for this work. This work was funded by the Office of Justice Program, National Institute of Justice, Department of Justice under award number 2010-DN-BX-K139. The funding agencies had no involvement in the study design, in collection, analysis and interpretation of data, or in the writing of the report. Points of view in this document are those of the authors and do not necessarily represent the official positions of the U.S. Department of Justice.
Name of Material/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description |
SealRite 1.5 mL natural microcentrifuge tubes, sterile | USA Scientific | 1615-5510 | numerous altnerative suppliers are available, but tubes should be sterile |
0.2 mL PCR tubes with flat cap, natural | Phenix Research | MPX-200F | or equivalent |
Kimwipes | Fisher Scientific | 06-666 and/or 06-666-11C | |
Alcohol prep pads | Fisher Scientific | 06-669-62 | alternative is 06-665-24 (Fisher Sci); canister of larger alcohol wipes rather than individual pads |
Sterile water | 18.2 mega-ohm, autoclaved | ||
Glass microscope slides, frosted, 3" x 1": 1mm | Fisher Scientific | 12-544-3 | alternative brands or sizes are acceptable |
Disposable transfer pipet | Fisher Scientific | 13-711-9D | alternatives are acceptable |
Trypan blue solution | Sigma | T8154 | |
Pipets: 0.2-2, 2-20, 10-100, 100-1,1000 mL | various | ||
Sterile, aerosol-resistant pipet tips | various | ||
Mini-centrifuge | various | ||
Stereomicroscope | Leica | M205C | others are suitable, but must be capable of magifications up to 350X |
GeneAmp PCR system 9700 thermal cycle (silver or gold block) | Life Technologies | N8050200 or 4314878 | other models and manufacturers can be used, but performance with the STR amplification kit must be verified |
3130 Genetic Analyzer | Life Technologies | 3130-01 | Alternatives: 310 or 3500 Genetic Aanlyzers (Life Technologies) |
GeneMapper software | Life Technologies | various | Various versions of the software are available and can be used |
WF Gel-Film , x8 retention level | Gel-Pak | WF-40-x8-A | 4" x 4" wafer film; can be ordered in other size specifications |
Double sided tape | various | ||
Glass block, 3" x 1.5" x 3/8" | McCrone Microscopes and Accessories | 370-2 | or equivalent |
Tungsten needle with holder | McCrone Microscopes and Accessories | 106 | |
3M water soluble wave solder tape, 5414 transparent | Allied Electronics | 70113977 | |
Lysis buffer (forensicGEM Saliva, Zygem) | VWR | 95043-992 | Lysis buffer is prepared in 10 ml portions (prepare additional master mix portions as needed to accommodate the desired number of samples). 1.5 ml is used for each sample. To prepare 10 ml of lysis buffer (sufficient for ~6 samples): 6.9 mL sterile water, 2.1 mL 10x buffer – blue, 1 mL forensicGEM. |
STR Amplification kit, AmpFlSTR Identifiler Plus PCR amplification kit | Life Technologies | 4427368 | Alternative STR amplification kits can be used, but performance would have to be verified by user. The amplification mix is prepared as follows (volumes per sample): 2.2 ml PCR reaction mix, 1.1 ml Primer set, 0.2 ml (1U) AmpliTaq Gold DNA polymerase. A master mix sufficient for the desired number of samples should be prepared. 3.5 ml of the prepared mix is added to the 0.2 mL tube for bio-particle collection. |
AmpliTaq Gold DNA polymerase | Life Technologies | N808-0245 | |
HiDi formamide | Life Technologies | 4311320 | |
GeneScan 500 LIZ size standard | Life Technologies | 4322682 | |
96 well optical reaction plates | Life Technologies | N8010560 | |
Plate septa, 96 well | Life Technologies | 4315933 | |
Performance-optimized polymer, POP-7 | Life Technologies | 4363785 | Alternatives such as POP-4 are acceptable |