The Lateral Root Inducible System (LRIS) allows for synchronous induction of lateral roots and is presented for Arabidopsis thaliana and maize.
Lateral root development contributes significantly to the root system, and hence is crucial for plant growth. The study of lateral root initiation is however tedious, because it occurs only in a few cells inside the root and in an unpredictable manner. To circumvent this problem, a Lateral Root Inducible System (LRIS) has been developed. By treating seedlings consecutively with an auxin transport inhibitor and a synthetic auxin, highly controlled lateral root initiation occurs synchronously in the primary root, allowing abundant sampling of a desired developmental stage. The LRIS has first been developed for Arabidopsis thaliana, but can be applied to other plants as well. Accordingly, it has been adapted for use in maize (Zea mays). A detailed overview of the different steps of the LRIS in both plants is given. The combination of this system with comparative transcriptomics made it possible to identify functional homologs of Arabidopsis lateral root initiation genes in other species as illustrated here for the CYCLIN B1;1 (CYCB1;1) cell cycle gene in maize. Finally, the principles that need to be taken into account when an LRIS is developed for other plant species are discussed.
Корневая система имеет решающее значение для роста растений, так как он обеспечивает закрепление и поглощение воды и питательных веществ из почвы. Поскольку расширение корневой системы, главным образом, зависит от производства боковых корней, их инициирование и формирование были широко изучены. Боковые корни начато в определенное подмножество клеток перицикла, называется стволовых клеток 1. В большинстве двудольных, таких как Arabidopsis THALIANA, эти клетки расположены в protoxylem полюсов 2, тогда как у однодольных, таких как кукуруза, они находятся на флоэмы полюсов 3. Стволовых клеток отмечены повышенным ответ ауксина 4, с последующим экспрессии специфических генов клеточного цикла (например, циклин В1; 1 / CYCB1; 1), после чего они проходят первый этап асимметричных антиклинальными подразделений 5. После серии скоординированных антиклинальных и периклинальных подразделений, боковая корень зачаток формируется, что, наконец появится в качестве аutonomous боковой корень. Место и сроки боковых корней начала, однако, не предсказуема, так как эти события ни в изобилии, ни синхронизированы. Это препятствует использованию молекулярных подходов, таких как транскриптомики для изучения этого процесса.
Для решения этого, боковых корней Индуцибельная Система (LRIS) была разработана 6, 7. В этой системе, рассаду сначала обрабатывают N -1-naphthylphthalamic кислоты (НПД), который ингибирует транспортировки ауксина и накопление, следовательно, блокируя боковых корней инициирование 8. По впоследствии передаче рассаду, чтобы среде, содержащей синтетический ауксина 1-нафталин уксусной кислоты (НАА), весь слой перицикла реагирует на повышенный уровень ауксина, таким образом, индуцируя массово корневые начала разделы боковые клеточные 6. Таким образом, эта система приводит к быстрым, синхронных и обширные боковые корни посвящений, что позволяет легко коллекция образцов корневых обогащенные для определенной стадии позднегоRAL развитие корневой. Впоследствии эти образцы могут быть использованы для определения генома профили экспрессии во время формирования боковых корней. LRIS дала уже значительные знания о боковых корней посвящения в Arabidopsis и кукурузы 9-13, но необходимость применять эту систему с другими видами растений становится все более очевидной, поскольку все больше геномы последовательности и есть повышенный интерес к передаче знаний, чтобы экономично важно виды.
Здесь подробные протоколы Arabidopsis и кукурузы LRISs приведены. Далее, пример использования системы обеспечивается, иллюстрируя, как данные, полученные от транскриптомика кукурузы LRIS могут быть использованы для идентификации функциональных гомологов, которые имеют консервативный функцию при инициации боковых корней между различными видами растений. Наконец, руководящие принципы для оптимизации LRIS для других видов растений предлагается.
В протоколе Arabidopsis LRIS, важно, чтобы передать только рассаду, которые выросли совершенно в контакте с НПД-содержащей среде роста. Это гарантирует, что инициирования боковых корней заблокирован по всей длине корневого. Для того, чтобы предотвратить ранив ростки Во время передачи воо?…
The authors have nothing to disclose.
The authors thank Davy Opdenacker for technical assistance and photography. We greatly thank Dr. Annick Bleys for helpful suggestions to improve the manuscript. This work was financed by the Interuniversity Attraction Poles Programme IUAP P7/29 ‘MARS’ from the Belgian Federal Science Policy Office, by the FWO grant G027313N and by the Agency for Innovation by Science and Technology, IWT (IR).
ARABIDOPSIS LRIS | |||
Seeds | |||
Arabidopsis seeds | Col-0 ecotype | ||
Gas sterilization of seeds | |||
micro-centrifuge tubes 1.5 ml | SIGMA-ALDRICH | 0030 125.215 | Eppendorf microtubes 3810X, PCR clean |
micro-centrifuge tubes 2 ml | SIGMA-ALDRICH | 0030 120.094 | Eppendorf Safe-Lock microcentrifuge tubes |
hydrochloric acid | Merck KGaA | 1,003,171,000 | 37% (fuming) for analysis EMSURE ACS,ISO,Reag. Ph Eu |
glass desiccator | SIGMA-ALDRICH | Pyrex | |
glass beaker | |||
plastic micro-centrifuge tubes box or holder | |||
Bleach sterilization of seeds | |||
ethanol | Chem-Lab nv | CL00.0505.1000 | Ethanol, abs. 100% a.r. dilute to 70% |
sodium hypochlorite (NaOCl) | Carl Roth | 9062.3 | 12% |
Tween 20 | SIGMA-ALDRICH | P1379 | |
sterile water | |||
Growth medium | |||
Murashige and Skoog salt mixture | DUCHEFA Biochemie B.V. | M0221-0050 | |
myo-inositol | SIGMA-ALDRICH | I5125-100G | |
2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) | DUCHEFA Biochemie B.V. | M1503.0100 | |
sucrose | VWR, Internation LLC | 27483.294 | D(+)-Sucrose Ph. Eur. |
KOH | Merck KGaA | 1050211000 | pellets for analysis (max. 0.002% Na) EMSURE ACS,ISO,Reag. Ph Eur |
Plant Tissue Culture Agar | LabM Limited | MC029 | |
Lateral root induction chemicals | |||
N-1-naphthylphthalamic acid (NPA) | DUCHEFA Biochemie B.V. | No. N0926.0250 | 10 µM (Arabidopsis) |
1-naphthalene acetic acid (NAA) | DUCHEFA Biochemie B.V. | No. N0903.0050 | 10 µM (Arabidopsis) |
dimethylsulfoxide (DMSO) | SIGMA-ALDRICH | 494429-1L | |
Making a mesh for transfer | |||
nylon mesh | Prosep byba | Synthetic nylon mesh 20 µm | |
Sowing and seedling handling | |||
square petri dish plates | GOSSELIN | BP124-05 | 12 x 12 cm |
50 ml DURAN tubes | SIGMA-ALDRICH | CLS430304 | Corning 50 mL centrifuge tubes |
drigalski | Carl Roth | K732.1 | |
pipette | |||
cut pipette tips | Daslab | 162001X | Universal 200, cut off 5 mm of tip before autoclaving |
breathable tape | 3M Deutschland GmbH | cat. no. 1530-1 | |
tweezers | Fiers nv/sa | K342.1; K344.1 | Dumont tweezers type a nr 5; Dumont tweezers type e nr 7 |
Growth conditions | |||
growth room | 21 °C, continuous light | ||
Materials | Company | Catalog | Comments |
MAIZE LRIS | |||
Seeds | |||
Maize kernels | B-73 | ||
Bleach sterilization of kernels | |||
glass beaker | |||
magnetic stirrer | Fiers nv/sa | C267.1 | |
sodium hypochlorite (NaOCl) | Carl Roth | 9062.3 | 12% |
sterile water | |||
Lateral root induction chemicals | |||
N-1-naphthylphthalamic acid (NPA) | DUCHEFA Biochemie B.V. | No. N0926.0250 | 50 µM (maize primary root), 25 µM (maize adventitious root) |
1-naphthalene acetic acid (NAA) | DUCHEFA Biochemie B.V. | No. N0903.0050 | 50 µM (maize) |
dimethylsulfoxide (DMSO) | SIGMA-ALDRICH | 494429-1L | |
Sowing and seedling handling | |||
paper hand towels | Kimberly-Clark Professional* | 6681 | SCOTT Hand Towels – Roll / White; sheet size (24 x 46 cm) |
seed germination paper | Anchor Paper Company | 10 X 15 38# seed germination paper | |
tweezers | Fiers nv/sa | K342.1; K344.1 | Dumont tweezers type a nr 5; Dumont tweezers type e nr 7 |
250 ml (centrifuge) tubes | SCHOTT DURAN | 2160136 | approx. 5.6 cm diameter and 14.7 cm height |
700 ml tubes | DURAN GROUP | 213994609 | cylinders, round foot tube, D 60 x 250 |
rack | for maize tubes, home made | ||
sterile water | |||
Growth conditions | |||
growth cabinet | 27 °C, continuous light, 70% relative humidity |