Abstract
染色体外環状DNA（eccDNAs） サッカロマイセス・セレビシエにおける共通の遺伝的要素であり、他の真核生物で報告されています。 EccDNAsは、多細胞生物における体細胞間の遺伝的変異に及び単細胞真核生物の進化に貢献しています。 eccDNAを検出するための感度の高い方法は、これらの要素は、ゲノムの安定性に影響を与え、どのように環境的および生物学的因子は、真核細胞におけるそれらの形成を誘導する方法を明確にするために必要とされます。このビデオでは、サークルのSeqと呼ばれる敏感なeccDNA-精製方法を提供します。この方法は、環状DNAのカラム精製、残りの線状染色体DNA、eccDNAのローリングサークル増幅、ディープシークエンシングおよびマッピングの除去を包含する。広範エキソヌクレアーゼ処理は、十分な線形染色体DNAの分解のために必要でした。によるローリングサークル増幅工程伊根高さ：ノーマル;直鎖状DNAを超える環状DNAについて濃縮">φ29ポリメラーゼ10 10細胞の3 S.セレビシエ CEN.PK集団にサークルのSeq法の検証は1キロベースよりも大きいサイズでeccDNAプロファイルの数百を検出しました。 。S288CとCEN.PK両方に環状DNAにASP3-1、COS111、CUP1、RSC30、HXT6、HXT7遺伝子の発見をDNAの環状化は、これらの遺伝子座での株の間で保存されていることを示唆している繰り返し。要するに、サークルのSeq法は広いがあります真核生物でeccDNAためのゲノム規模スクリーニングのためだけでなく、特定のeccDNAの種類を検出するための適用性。
Introduction
それは、細胞の大集団中の単一DNA分子の変化を同定する必要があるため、早期にまたは一過染色体の増幅を検出することは困難です。染色体コピー数変動（CNVを）は、一般的に変化1,2を生成メカニズムの証拠としてのみ、最終的なCNV構造を残して、彼らの確立された後も検出されています。 CNV形成の初期段階で体外の環状DNA（eccDNA）を検出し、回収することゲノム再編成で進行中のプロセスを解明することがあります。
以前に、eccDNAのデノボ発見は、電子顕微鏡写真を図3に示すように 、中期染色体4、または二次元ゲル電気泳動5のギムザ染色でした。これらの方法は、環状DNAの配列についてはほとんどあるいは全く情報を提供します。ターゲットを絞ったサザンが6,7ブロッティングなどの技術、逆PCR 8、またはその場での hybridizatio 蛍光nは9は 、特定の eccDNA要素についての証拠を提供します。これらの方法はいずれも、細胞集団内のすべての既存eccDNAタイプの配列を提供しません。
細胞のプールにおけるゲノムの相違は、ゲノム配列決定および/ またはタイリングアレイ10,11によって特徴付けることができます。従来のDNA精製方法によって削除または増幅の検出は、通常、突然変異対立遺伝子は、細胞集団12,13の少なくとも0.1から1パーセントを表していることが必要です。非中心eccDNAsは、それらの動原体の欠如および複製におけるDNA合成の潜在的な欠如を、細胞培養物中で一層一過性であることが期待されます。最もeccDNAsは、おそらく少量であり、それらの配列がゲノムに似ているので、このように、代替のDNA抽出方法はeccDNAsを検出するために必要とされます。
いくつかの環状DNA精製技術は、染色体および環状DNAとの間の構造的な違いを利用します。例えば、高速ultracentrifug塩化セシウム勾配でationが、ヒトのHeLa癌細胞株14から350から3000塩基対（bp）の大eccDNAsを単離するために使用されます。しかし、高速度は沈降速度15とeccDNA収率を変える、スーパーコイル環状DNA構造の骨格を壊すか、ニックすることができます。 Duttaさんと共同研究者は、デノボ 、マウス組織からだけでなく、鶏の文化やヒト細胞16,17から環状DNAのゲノムスケールの同定のための方法を開発しました。彼らの方法は、プラスミド精製と酵素反応やDNA抽出のいくつかのラウンドに続いて、スクロース超遠心分離することによりホモジナイズした組織からの核の抽出です。そのプロトコルは、主に200-400 bpのeccDNAs、と呼ばれるmicroDNAsを識別します。 Duttaさんと共同研究者はまた、 サッカロマイセス・セレビシエからmicroDNAsの精製を試みたが、この酵母種16からmicroDNAを記録することができませんでした。
我々はのための新規な方法を開発しましたサークルのSeqと呼ばれる酵母からeccDNAのデノボ検出。この方法は、全遺伝子を運ぶのに十分な大きさと86キロベース（kbの）ミトコンドリアDNA（mtDNAの）と同じ大きさの環状DNA分子のためのゲノム規模の調査を可能にします。サークルのSeq法は、真核生物の酵母細胞用に最適化と深いシーケンシングと組み合わせて、十分に確立された原核生物のプラスミド精製法18,19から開発されました。サークルのSeqアプローチ、1756異なるeccDNAs、すべてのより大きな1キロバイトを使用して、10 Sから検出されましたセレビシエ S288C集団20。サイズカットオフは、全体の遺伝子を運ぶのに十分な大きさでしたeccDNAに集中することを選択しました。サークルのSeqは高感度でした。それは、セル20の数千内の単一eccDNAを検出しました。現在の研究では、サークルのSeqは、別のSの3つの生物学的複製物から294 eccDNAsを分離し、同定するために使用されましたセレビシエ酵母株、CEN.PK.データはeccDNAが共通の遺伝的elemeであることが明らかになりましたS.でNT セレビシエ株。
Protocol
注：環状DNAの精製および配列決定法（サークルSEQ）の概要を図1に示されています。
1.栽培、細胞の収穫とプラズマ膜破壊
- 酵母ペプトンデキストロースの50ミリリットル完全な栄養培地（YPD）にO / N培養物から（例えば、 サッカロマイセス・セレビシエのための）酵母細胞を接種します。 1-3×10 5細胞/ mlまたは約0.01 OD 600の光学密度の低い初期細胞密度で接種します。
- 細胞が約24〜48時間またはOD 600> 10.0での光学密度の後、約1×10 10細胞の最大細胞密度に達するまで分（RPM）あたり150ラウンドで攪拌しながら30℃で細胞をインキュベートします。
注：より低い細胞濃度を使用することができるような培養時間は重要ではありません。
- 細胞が約24〜48時間またはOD 600> 10.0での光学密度の後、約1×10 10細胞の最大細胞密度に達するまで分（RPM）あたり150ラウンドで攪拌しながら30℃で細胞をインキュベートします。
- で遠心分離して細胞をペレット、50mlコニカルチューブに手狭文化を転送800×gで3分間、上清を捨てます。
- 3分間800×gでの遠心分離によって細胞を再ペレット化し、上清を捨て、10 mMのトリス-Cl、1 mMのEDTA、pH8.0の25mlの緩衝液でペレットを洗浄します。
- プラスミドカラム精製キットから供給された1.2ミリリットル再懸濁緩衝液中で細胞ペレットを再懸濁します。
- オプションの手順：環状DNAエレメント20の精製の ための対照として、高度に希釈されたプラスミドを追加します。
注：現在のデータセットにおいて、7.7μlのプラスミド混合物は、10 10個の細胞を含む各試料に適用しました。プラスミドストック混合物は、異なる濃度で3つのプラスミドから構成され; 0.01 ngの/サンプルの38 ngの/サンプルでのpBR322、pUC19の0.5 ngの/サンプルで、とpUG72。 - 総懸濁液体積の3比はそれぞれ1での0.5mmガラスビーズを補充二つ2 mlのマイクロ遠心チューブに細胞懸濁液を移します。
- 形質細胞を破壊する10分間ボルテックス最大スピードで各チューブを膜。 30秒間268×gの遠心分離によってビーズをペレット化し、新しいチューブに2マイクロ遠心チューブから1.2ミリリットルを組み合わせた上清を移します。
注：代替0.6ミリリットルの再懸濁緩衝液中で細胞を破壊するためにザイモリアーゼを使用して、1.6から1.7に進みます。ザイモリエイスの十単位は35℃で1.5時間以内に5×10 7細胞を破壊することができます。
2. EccDNA濃縮カラムクロマトグラフィーにより、
- プラスミドのカラム精製のためのキットからのプロトコルに従ってください。簡単に言えば、穏やかに混合し、室温で3分間インキュベートする、1.2ミリリットルのアルカリ性溶液を用いて、各サンプルを処理します。
- 、1.2ミリリットル中和緩衝液を追加し、5分間9650×gで穏やかに遠心混ぜます。
- 1ミリリットルの平衡溶液で平衡化したカラムに溶液をロードし、液体が重力によってカラムを通って流れることを可能にします。
- 4ミリリットル洗浄液でカラムを洗浄。解決策は、樹脂を通過した場合には、慎重にそのように0.3ミリリットルの溶出を追加リューションは、0.35ミリリットルのカラム空隙容量のほとんどを交換します。
- 1ミリリットルの溶出液で新しいコレクションチューブにDNAを溶出し、0.8ミリリットル沈殿混合物を加えることによって、DNAを沈殿させます。 10分間、9650×gで遠心分離します。
- 5〜15分間、0.5ミリリットルの70％エタノール、5分間、9650×gで遠心分離、空気乾燥してDNAペレットを洗浄し、25μlの滅菌水で精製したDNAを溶解します。
注：水だけでDNAの短期間の保存が推奨されます。優先的には、ステップ3に直接進みます。
残りの線状染色体DNAの3消化
- オプションの手順：などのNotIなどのレア切断エンドヌクレアーゼで精製したDNAを扱う、エキソヌクレアーゼにより線状DNAの特定の消化を促進するために。 5μgのDNAについて、総容量50μlに1単位のNotI、5μlの10×消化緩衝液および滅菌水を使用しています。 16時間熱を5分間80℃で酵素を不活化し、37℃で反応をインキュベートします。
- 20を追加します。単位のエキソヌクレアーゼ（2μl）を、4μlのATP（25 mM）の、34μlの滅菌水および50μlの酵素で切断されたDNAに直接10μlの10×反応緩衝液は、ATP依存性エキソヌクレアーゼを使用して、100μlのの1×反応容量に到達しますキット。
- 5日以上、37℃における線一本鎖および二本鎖DNAの加水分解を行います。さらに4μlのATP（25 mM）の、0.6μlの10×反応緩衝液および1×反応容積で酵素DNA消化を続けるために24時間毎に、エキソヌクレアーゼ20単位を追加します。
- 直鎖状DNAを除去した後、エキソヌクレアーゼ処理された溶液からの試料2μlを、アクチン遺伝子ACT1 20として染色体マーカーを用いた定量的ポリメラーゼ連鎖反応（qPCR）によって染色体線状DNAの除去を確認しました。
- 各20μlの定量PCR反応容量は2μlのエキソヌクレアーゼ処理サンプルが含まれ、150 nmのACT1プライマー 5'-TCCGTCTGGATTGGTGGTTCTA-3 'および5'-TGGACCACTTTCGTCGTATTC-3 '、2％（体積/体積）のジメチルスルホキシド、及び10μlの緑色蛍光マスターミックス。
- 反応条件を使用します。 95℃で15秒間の45サイクル、60℃で30秒間、続いて95℃で3分。
注：この遺伝子におけるコピー数の変動が21-23有害であるのでeccDNAがACT1を運ぶべきではありませんので、ACT1は、直鎖状DNAに特に適しマーカーです。 - 定量PCRによるDNAの消化の分析に代わるものは、標準的なPCR（4.3）またはヨウ化プロピジウム染色（4.4）です。
- 2μlのエキソヌクレアーゼ処理したサンプルは、ACT1プライマー 5'-TGGATTCTGGTATGTTCTAGC-3 'および5'-GAACGACGTGAGTAACACC-3'を用いて、PCRテンプレートとして使用します。ポジティブACT1制御としては、50から100 ngのゲノムS.を使用テンプレートとしてセレビシエ DNA。 PCR反応条件。 95℃で30秒間の35サイクル、56℃で30秒、72℃で1分間、続いて95℃で3分。
- ゲルelectrophoreによりPCR反応を実行します。0.5μgの1％アガロース上でSIS / mlの臭化エチジウム。 0.8キロバイトACT1バンドを探してください。
- 直鎖状DNAの有無は、DNA増幅の前後のヨウ化プロピジウム染色により調べることができます。
- 20 mMのヨウ化プロピジウム株式の千H 2 O-希釈液：1と1の体積：1で各DNAサンプルを混ぜます。 RTで10-20分間、暗闇の中で解決策を残し、663から738 nmおよび5〜30秒の露光時間で赤励起蛍光フィルターを使用して、100倍の倍率で蛍光顕微鏡でDNA染色を分析します。 DNA染色対照として、使用酵母および/またはO29増幅プラスミドからのゲノムDNAをO29に増幅します。
- 熱は、30分間70℃でエキソヌクレアーゼ溶液を不活性化します。
4. DNA増幅
- 精製した増幅およびO29のDNAポリメラーゼ24-26アコードとステップ3.5）からeccDNAを豊かにポリメラーゼメーカーのプロトコルにる。
- 簡単に言えば、5μlの変性緩衝液でeccDNA富んだ5μLを混合します。
- RTで3分後、10μlの中和緩衝液を追加します。穏やかに混合し、29μlの反応バッファー及び1μlのO29のDNAポリメラーゼを含む30μlのマスターミックスを追加します。 （72時間まで）16時間以上30℃で反応をインキュベートします。熱は、3分間65℃でO29 DNAポリメラーゼを不活性化します。
5.配列決定およびデータ解析
- 300塩基対の平均目標ピークの大きさに集束超音波装置を用いて増幅eccDNAせん断。 450Wピーク強度パワー、60秒の処理、30％のデューティ・ファクタ、バーストあたり200サイクル、温度7°C：130μlのDNAサンプルに対して次の設定を使用します。
- 断片化にバーコードのインデックスラベルおよびアダプタを追加ライブラリーを調製するための適切な方法を用いて、配列決定のためのライブラリーの合成のために読み込みます。
- 141ヌクレオチドのシングルエンドはハイスループットシークエンシング・プラットフォーム上で読み込むように、たとえば、深いシーケンシングを実行します。
- 地図は、調査中の酵母参照ゲノムに読み込み、許可する複数の領域にマッピングするために読み取ります。例えば、自由に利用できるワークフローシステム27,28とショート読み取りアライナーマッピングソフトウェア29を使用します 。
- 連続した読み込みを使用して、推定eccDNAsの地域から読み取る識別し、例えば、7つ以上の連続は、隙間20なし（> 1キロバイト）を読み出します。
注：ソフトウェアが対象のゲノム領域にマッピングされた探索には27,28利用可能な読み取ります。
Representative Results
サークルのSeq法、3 S.を検証するために、細胞は、10代のためのYPDで別々に成長させた後、1×10 10細胞のセレビシエ CEN.PK集団をスクリーニングしました。以前に20（データは示していない）に記載のような染色体の線状DNA除去は、定量PCR ACT1信号が存在しないことによって確認されました。精製され、濃縮されたeccDNAが68百万まで配列決定された読み取り（141-ヌクレオチドシングルエンドの読み取り）とCEN.PK113-7D参照ゲノム（バージョン2012年6月19日）にマッピングされました。 C1、C2およびC4という3つのサンプルから推定されるeccDNAsの記録は、読み取る長い1キロバイト以上の連続によってマッピングされたゲノム領域に割り当てられていました。万モンテカルロシミュレーションに基づいて、隣接することによってマップされた各領域の重要性を1 Kバイト推定されたより長い読み取り。この79、159と56の領域は、おそらくeccDNA系列た（p <0.1、 データセット1）と注釈されたから。記録contiguo数米国> 1のキロバイトサンプルはさらに、（ 図2）が配列決定された場合、より一層eccDNA要素が記録されたであろうことを示唆している配列の深さの関数として増加読み出します。予想されたように、サークルのSeq法は、多数の抽出2μプラスミドを含む公知の環状DNA要素の数、ミトコンドリアDNA、染色体XII上のリボソームRNA遺伝子、およびサンプルにスパイクした3つの内部対照プラスミドのpBR322、pUC19のとpUG72からの読み込みちょうどカラム精製（ 図3）の前に。
ビデオは、染色体IVにHXT7 _ARS432_ HXT6座にマッピングされていることを読み取るの連続の一例を示しています。以前は、[HXT6 / 7 円は ] 10 S288C集団（1×10で各10個の細胞）にサークルのSeqによって検出され、環状DNA構造が逆PCR分析20によって確認されました。 [HXT6 / 7 CIrcle]も3 CEN.PK集団（ 図4A）のそれぞれに記録されました。また、CEN.PKの複製試料間で共通eccDNA遺伝子のほとんどは、S288Cデータセット（ 図4B）からeccDNA遺伝子を重複していました。
環状DNA精製、30μgのゲノムDNAを有する2つのサンプル毎にサークルのSeqプロトコルの特異性を試験するために、試験されました。一つのサンプルは、サークル、配列番号プロトコールにより精製した両方の試料からの100ngのプラスミドDNAおよびeccDNAを補充しました。カラム分離した後、DNAの収量は、プラスミド（GD + P）とサンプル用プラスミドなしの試料について1.27パーセント（380 ngの）（GD）および1.60パーセント（480 NG）でした。エキソヌクレアーゼ処理の効率がACT1に対してPCRを用いて29時間および72時間後の線状DNA含有量について試験した。なしの試料を増幅ACT1（データは示さず）を含んでいませんでした。各エキソヌクレアーゼ処理された試料の画分は、さらにありましたO29によってmplified ポリメラーゼおよび酵素反応の生成物は、ヨウ化プロピジウム染色（ 図5A-F）およびアガロースゲル電気泳動（ 図5G）により分析しました。エキソヌクレアーゼ処理後の試料は、最小限のヨウ化プロピジウム染色（ 図5A-B）を示しました。 O29 -唯一のゲノムDNAで増幅された試料は、対照試料（ 図5E）と同様糸状構造（ 図5C）を明らかにしました。 O29 -追加されたプラスミドを持っていた増幅された試料は、プラスミド対照（ 図5F）に似た病巣（ 図5D）を明らかにしました。画像はO29ポリメラーゼが直鎖状DNA上に環状DNAについて濃縮することを示しました。最も線形染色体DNAは、29時間のエキソヌクレアーゼ処理（ 図5A-B、G）後のサンプルから除去しました。しかし、100以上の時間のために、大規模なエキソヌクレアーゼ処理と、100以上のユニットを使用しましたすべての染色体直鎖DNAを除去するために必要な、O29として-増幅されたサンプルは、依然として72時間のエキソヌクレアーゼ処理（ 図5C-D）後のスレッドのような構造のバックグラウンドを示しました。
サークルのSeq法の図1.概要プロトコルは5段階があります。カラムクロマトグラフィーによる1）細胞培養、2）精製およびeccDNAの濃縮、溶出画分に線形染色体DNAを、残りの3）消化、の4）増幅をO29 DNAポリメラーゼによるDNA、および5）高濃縮eccDNAのシーケンシングおよびSに読み込むのマッピングセレビシエ参照ゲノム。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。
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図2.連続シーケンスの深さの関数として> 1キロバイトを読み取る。1×10 10個の細胞からEccDNAは（読み取り、マッピングされた数百万で）シーケンスの深さの関数として増加します。示す：半数体CEN.PK Sからの生物学的三重10 10の細胞分裂によって分離・セレビシエ集団 （C1、C2、C4）。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。
CEN.PK生物学におけるプラスミドのパーセントで図知られている環状DNA要素の3検出。リード・カバレッジの（AB）散布図は、（密度を読んで）、C1、C2およびC4を複製します。したマップされた（A）は 、内因性酵母プラスミドに読み取ります2μを。 [rDNAのサークル]（染色体XIIからのリボソームRNA遺伝子）;そして、のmtDNA（ミトコンドリアDNA）。 （B）ユニークなプラスミドを制御するためにマッピングされた読み取ります。対照プラスミドは、カラム精製の前にサンプルに添加しました。セル当たりのプラスミド比は次のとおりだった：のpBR322（プラス記号）1：1、pUC19の（円）1時50分、およびpUG72（三角形）1：2500。
CEN.PKとS288C図4.一般的なeccDNA要素。（A）ベン図476の間での重複を表示します 3 CEN.PKサンプル（C1、C2、C4）で294 eccDNA要素上の遺伝子。 16共通の重複eccDNA遺伝子/プラスミドは（すべての遺伝子名は、 データセット1である）注釈が付けられています。 （B）10 S288Cサンプルから推定eccDNAs上のすべての記録された遺伝子と比較して3 CEN.PKサンプル（C1、C2、C4）から推定eccDNAs上のすべての記録された遺伝子のベン図、：S1-S2、R1-R4、Z1-Z4は（参照20を参照します）。遺伝子/プラスミドおよび2株の背景や3またはそれ以上の実験装置の最小値をオーバーラップし、推定eccDNA領域を有する13の生物学的複製（S1-S2、R1-R4、Z1-Z4、C1-C3）が示されています。 Cサンプル、CEN.PK。 RおよびZサンプル、S288C BY4741。 Sサンプル、S288C M3750。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。
図エキソヌクレアーゼ後のDNAサンプルの5可視化と O 2 9治療。DNAの（AF）ヨウ化プロピジウム染色。スケールバーは10μm。 （A、C及びE）のゲノムDNAを有する試料（GD）。 （BとD）GDプラスプラスミド（GD + P）とサンプル。 （
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CEN.PK.でデータセット1.潜在的なDNAの環状領域 このファイルをダウンロードするにはこちらをクリックしてください。
示されたシーケンスデータであり、348の領域について分析します。列は、AD、eccDNAマッピングされています。推定上eccDNAが同定された、サンプル（左から最初のカラム）。 B、染色体。 CD、開始および推定eccDNAsの座標を終了します。 EH、eccDNAコンテンツ。 E、自律的領域（ARS）配列を複製。 F、地域の完全な遺伝子; G、領域に含まれる遺伝子の一部。 H、BLASTN-同定された遺伝子。 IO、EccDNAカバレッジとp値。私は、BPで一意に注釈付きの配列と最長の領域と、 J、すべての数は、読み込みマッピングされました。 Kは、すべてのマップされたのカバレッジは、マッピングされた百万読み出す（FPKM）からキロバイトあたりの断片によって読み取ります。モンテカルロシミュレーションから偶然発生に比べ、推定eccDNA用L、p値; M、国連の数iquely読み込み、マッピングされました。 NO; KおよびLのみが一意にマッピングされた使用など（UFPKM）を読み出します。読み取りおよび20は説明したように、モンテカルロシミュレーションであったのマッピングのためのパラメータ。
Discussion
サークルのSeq法は、配列レベルの分解能を持つ酵母細胞からeccDNAのゲノムスケールの検出を可能にします。この方法は、集中的な渦やピペット操作を必要とし、次のステップでエキソヌクレアーゼ消化につながるeccDNAの破損を制限するために、重力によってカラム分離を使用していない軽度のeccDNAの精製です。この方法のこれらの機能は、遺伝子配列を含む大きなeccDNAsを検出するために重要であり得ます。サークルのSeqは、完全な遺伝子（ データセット1）を含む多数のeccDNAsを検出しました。また、86-kbの酵母ミトコンドリアDNAを検出しました。したがって、このプロトコルは、大環状DNAエレメントの精製を容易にします。最小限にDNA抽出工程の数を維持するeccDNA損失のリスクを低減し、歩留まりを最大にします。制御の結果に基づいて、スパイク-にプラスミド、サークルのSeqは2,500細胞から単一の環状DNAを検出し、高感度です。さらに、このような2μなど豊富な内因性のプラスミドを除去します;プラスミドまたはミトコンドリアDNAを大幅に感度を向上させる可能性があります。酵母培養物からの2μの硬化は、30に記載されています。また、2μとミトコンドリアDNAの除去は、そのようなのSwaIとして、レア切断エンドヌクレアーゼを用いて達成されることがあります。しかし、制限酵素ステップは、関心のある他のeccDNAsを標的とし、総eccDNA収量を制限することができます。
eccDNA検出のための重要なステップは、適切な深さに線形DNA（ステップ3）、DNA配列決定（ステップ5）を除去しました。細胞集団からeccDNAsの大部分を記録するには、深いシーケンシングは、20を必要になる場合があります。環状DNA接合がペアエンドがdiscordantlyそのマップを読み込みもたらすことが期待されているようペアエンド配列決定は、eccDNA検出の一層の信頼を提供する必要があります。これらの不一致は、環状DNA構造の発見を支援し、潜在的にさらなるeccDNA検出フィルタとして使用することができます。
サークルのa-SeQ法は、3つの独立したSを使用して検証しました。 セレビシエ CEN.PK集団。検出されたシーケンスは、以前eccDNAs、内在性プラスミドを報告し、スパイク-にプラスミドおよび推定eccDNAs（ データセット1）の何百も含まれています。これらの知見は、Sから前のサークルのSeqデータセットをサポートセレビシエ S288C 20。 CEN.PKとS288C集団に共通するいくつかのeccDNAsの発見は、これらの遺伝子座は、として円形の要素（ 図4）が存在する傾向があることを示しています。我々は以前、他の歪みの背景にある[GAP1 円 ]の証拠が発見されていないものの、CEN.PK背景8中の窒素限られた条件の下で濃縮されている[GAP1 円 ]ことが示されています。 CUP1-1 RSC30、ASP3-1、COS111、およびHXT6 HXT7からeccDNAの発見S288CとCEN.PKの両方での遺伝子座はDNAの環状化のための素因が詐欺であることを示唆しています酵母株の間でお召し上がりいただけます。 [HXT6 / 7 円 ]、[ASP3-1 円 ]、[COS111 円 ]、および[CUP1-1 RSC30 円 ]が細胞に選択的利点を付与する場合は、表示されるために残っているか、彼らの存在は、単にの高レートの影響である場合DNAの環状化。
まとめると、結果は、サークル-seqがキロベースのサイズeccDNAsを検出するのに適している、完全な遺伝子とeccDNAsを識別するための利点を有していることを示しています。サークルのSeqは、酵母からeccDNAsの全ゲノムスケールの画面を有効に高感度な方法です。サークルのSeq法は、遺伝子欠失および増幅を生成する際にeccDNAの役割を解明することを目的とした研究の新しいフィールドを開くことができます。 DNAアーキテクチャと構造が大きく、高等真核生物への真核生物、酵母から保存されていることを考えると、サークルのSeq法は、原理的には、applicablすべきです若干の修正を加えて、すべての真核細胞に電子。メガベースサイズeccDNAsを精製する能力を示すことがまだあるが、現時点では、この方法は、任意の制限があるとは思われません。また、ローリングサークル増幅法31を使用O29 DNAポリメラーゼの使用は、eccDNA定量がより困難に小さいeccDNAsに向かってバイアスを生成します。サークルのSeqはヒト体細胞からの二分の環状DNAの研究に適して、完全な遺伝子を運ぶのに十分な大きeccDNAsを検出します。癌原遺伝子がこれらの要素32-37上で増幅されたときにダブル分は、癌に貢献することができます。生殖系列細胞におけるeccDNAsの研究は、家畜、例えば、生殖細胞系突然変異率を測定し、精子の品質を評価するために使用することができます。このように、サークルのSeqは、遺伝的変異は、コピー数多型の形で発生する速度への洞察を得て、遺伝子が関与する疾患の新規理解につながる可能性を秘めている著作数の変動38-40。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Bacto peptone | BD Difco | 211677 | Alternative product can be used. |
| Brilliant III SYBR Green PCR Master Mix | Agilent Technologies | 600882 | For qPCR analysis. Alternative product can be used. |
| Dextrose (D-glucose) | Carl Roth | HN06.4 | Alternative product can be used. |
| Disruptor Beads, 0.5 mm | Scientific Industries, Inc. | SI-BG05 | Glass beads to disrupt plasma cell membranes. Alternative product can be used. |
| Ethidium bromide | Carl Roth | 2218.2 | Agarose gel stain for detecting DNA/RNA. |
| GeneJet plasmid miniprep kit | Thermo Fisher | K0502 | Plasmid purifcation from bacteria. Alternative product can be used. |
| NotI, FastDigest | Life Technologies - Thermo Fisher Scientific, USA | FD0594 | Endonuclease. Alternative product can be used. |
| Plasmid Mini AX kit | A&A Biotechnology, Poland | 010-50 | Plasmid purifcation kit used to purify eccDNA. |
| Plasmid-Safe ATP-dependent DNase kit | Epicentre, USA | E3105K | ATP-dependent exonuclease kit. Alternative product can be used. |
| Propidium iodide | Sigma-Aldrich, USA | 81845 | Alternative product can be used. |
| pUG6 plasmid | EUROSCARF, Germany | P30114 | Marker gene: loxP-PAgTEF1-kanMX-TAgTEF1-loxP. |
| QIAGEN genomic-tip 100/G | Qiagen, USA | 13343 | Genomic DNA purifcation from yeast. Alternative product can be used. |
| REPLI-g Mini Kit protocol | Qiagen, USA | 150023 | Amplification of eccDNA by the phi29 polymerase. |
| Yeast extract | BD Difco | 210929 | Alternative product can be used. |
| Zymolyase 100T (Lyticase, Yeast Lytic Enzyme) | Nordic BioSite, Sweden | Z1004-3 | Alternative product can be used. |
| Data access to sequence files | European Nucleotide Archive | EccDNA dataset from Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D. Study accession number PRJEB9684. 2nd accession number is ERP010820. Locus tag prefix is BN2032. | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Strains | |||
| Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D | Genotype MATa MAL2-8c SUC2 | ||
| Saccharomyces cerevisiae yeast deletion library pool | EUROSCARF, Germany | S288c BY4741 pool of 4400 viable single-gene deletion mutants disrubted by KanMX module. Genotypes MATa his3Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0 genexxx::KanMX. | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Equipments | |||
| DNA Spectrophotometer | NanoDrop 1000 Spectrophotometer, Thermo Fisher | Measuring DNA concentration. Alternative product can be used. | |
| Fluorescence microscopy | Nikon Optronics Magnafire. Red excitation fluorescence filter, 663-738 nm. | Alternative product can be used. | |
| Robotic library-build system | Apollo 324, IntegenX Inc. | DNA library preparation. Alternative product can be used. | |
| Sequencing platform | Illumina HiSeq 2000 platform, Illumina Inc. | DNA sequencing. Alternative product can be used. | |
| Ultrasonicator | Covaris LE220, microTUBE AFA Fiber tubes | Alternative product can be used. | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Methods | |||
| 2% YPD media | Mix 10 g Dextrose, 10 g Yeast extract, 20 g Bacto peptone and add H2O to a total volume of 1000 ml and autoclave. | ||
| Circle-Seq test on genomic DNA | Genomic DNA was purified (Qiagen) from a pool of the yeast deletion library (Euroscarf). The DNA concentration was measured by nanodrop and 30 µg genomic DNA was pipetted into two micro centrifuge tubes. One micro centrifuge tube was supplemented with 100 nanogram plasmid (pUG6). The DNA samples were purified by Circle-Seq, omitting the protocol steps 1.1-1.3 and 1.5-1.7. The eluted DNA concentrations were measured by nanodrop and the entire DNA yield from sample GD and GD+P was treated with exonuclease for a period of 29 hours. A 10% fraction was collected for phi29-amplification and PCR analysis, while the remaining DNA was subjected to 72 hour exonuclease treatment. The samples were analyzed for linear DNA content by PCR, using the ACT1 gene as chromosomal marker. A 5% fraction of each of the exonuclease treated samples was amplified by the phi29 DNA polymerase for 16 hours (Qiagen). The presence of DNA in each sample was examined by loading an equal amount (7 µl) in wells on an 0.5 µg/ml ethidium-bromide 0.9% agarose gel after running gel-electrophoresis. | ||
| Mapping software | Bowtie2 aligner, John Hopkins University | Ultrafast short read alignment. Reference: 29. | |
| Propidium iodide stain | Images of propidium iodine stained DNA were captured by fluorescence microscopy at 100x magnification (100x/1.30 oil, Nikon) in the RFP channel (red excitation fluorescence filter, 663-738 nm) using identical exposition time (5 seconds). | ||
| Workflow bioinformatic system | Galaxy, Open source. | A free web-based platform for data intensive biomedical research. References: 27-28. |
References
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