Summary

CAIRP-Seq et ChIP-Seq : méthodes pour identifier les ARN associée à la chromatine et Interactions protéine-ADN dans les cellules souches embryonnaires

Published: May 25, 2018
doi:

Summary

Ici, nous décrivons des méthodes pour effectuer des ChIP-Seq et cartes de CAIRP-Seq, y compris la préparation de la bibliothèque pour l’ordonnancement de nouvelle génération, pour générer l’épigénomique global et l’ARN associée à la chromatine dans les cellules ES.

Abstract

Auto-renouvellement des cellules souches embryonnaires (ES) et de différenciation est régie par des signaux extrinsèques et intrinsèques réseaux de facteurs de transcription, régulateurs épigénétiques et traduction après modification des histones qui combinatoirement influent sur le gène État d’expression des gènes voisins. RNA a également été montré pour interagir avec diverses protéines pour réguler la dynamique de la chromatine et expression du gène. Immunoprécipitation de RNA associées à la chromatine (CAIRP) suivie de la nouvelle génération séquençage (CAIRP-Seq) est une nouvelle méthode pour sonder l’ARN associée à des protéines de la chromatine, tandis que de l’immunoprécipitation de la chromatine suivie par séquençage de prochaine génération ( ChIP-Seq) est une technique puissante de génomique pour mapper l’emplacement du post-traductionnelles des histones, facteurs de transcription et épigénétiques modificateurs à l’échelle mondiale-dans les cellules ES. Nous décrivons ici les méthodes pour exécuter CAIRP-Seq et ChIP-Seq, y compris la construction de la bibliothèque de SEQUENÇAGE de nouvelle génération, pour générer des global associées à la chromatine RNA et épigénomique cartes dans les cellules ES.

Introduction

Décisions de devenir cellules souches embryonnaires (ES) sont réglementées par la communication entre des signaux extracellulaires et une foule de régulateurs transcriptionnels, y compris les modificateurs d’histone et traduction après modification des queues d’histone. Ces interactions facilitent l’accessibilité de la chromatine et l’emballage de la chromatine dans l’un des deux États : euchromatine, qui est ouvert et transcriptionally actif, et l’hétérochromatine, qui est compact et généralement transcriptionnellement inactif. Facteurs de transcription et les affinités de liaison de séquence spécifique d’ADN modificateurs épigénétique associé régions euchromatiques à participer dans le contrôle de l’expression des gènes. Méthodes de séquençage de nouvelle génération, dont ChIP-Seq1, ont grandement contribués à cartographier le génome réseaux transcriptionnels qui sont fondamentales pour ES cellules autorenouvellement et pluripotence2,3,4 ,5,6. De plus, tout en immunopreciation RNA suivie de prochaine génération séquençage (RIP-Seq)7 évaluations des interactions ARN-protéine suggèrent que protéines liant l’ADN interagissent avec l’ARN pour réglementer les événements transcriptionnelle7, 8 , 9 , 10 , 11 , 12, peu d’études ont étudié la localisation de tout le génome d’ARN associée à la chromatine12ou interactions globales entre les ARN et histone modifications. Longtemps non codantes RNAs (lncRNAs) sont une classe d’ARN qui ont été trouvés à réguler l’activité des protéines associées à la chromatine13,14,15. Par exemple, Xist est un lncRNA qui réglemente, dans les cellules mammifères femelles, inactivation d’un chromosome X, grâce au recrutement de répresseurs épigénétique16,17. Toutefois, l’éventail complet des ARN associée à la chromatine est en grande partie inconnu. Nous décrivons ici un protocole roman, associée à la chromatine RNA immunoprécipitation (CAIRP) suivi par séquençage de prochaine génération (CAIRP-Seq), pour identifier les ARN associée à la chromatine sur une base du génome dans les cellules ES, y compris la préparation de la bibliothèque pour séquençage de prochaine génération et ChIP-Seq pour mapper l’occupation globale des modifications d’histone, facteurs de transcription et modificateurs de l’épigénétiques. Contrairement aux autres méthodes de RIP-Seq7, CAIRP-Seq inclut des étapes de réticulation et sonication, permettant l’identification directe d’ARN associée à la chromatine. Ensemble, ChIP-Seq est un outil puissant pour identifier les interactions protéine-ADN de Génome-large, tandis que CAIRP-Seq est une méthode puissante d’arpenter RNAs sont associées aux composantes de la chromatine.

Protocol

1. culture de souris ES cellules dans des Conditions sans chargeur. NOTE : Souris ES cellules sont traditionnellement cultivées dans les médias sur une boîte de Petri de cellule recouverte de gélatine et un mono-couche de fibroblastes embryonnaires de souris (force expéditionnaire des marines), qui ont été mitotically inactivés (iMEFs). Toutefois, les MEFs doivent être retirés avant les analyses épigénétiques ou expression en aval pour éviter la contamination de la chromatine asso…

Representative Results

Nous avons interrogé avec succès la liaison pangénomique du H3K4me3, H3K4me2 et KDM5B dans les cellules ES ce ChIP-Seq protocole6. ES cellules ont été cultivées dans des conditions sans chargeur (Figure 1) et réticulé comme décrit ci-dessus. Sonication a été effectuée tel que décrit à l’étape 3.2 du protocole ChIP-Seq et évalués par l’ADN en cours d’exécution sur un gel d’agarose à 2 % (F…

Discussion

ChIP-Seq est une méthode utile pour évaluer l’emplacement des interactions protéine-ADN global (e.g., facteurs de transcription/histone modifiant les modifications d’enzymes/histone et l’ADN) dans les cellules ES, tandis que le protocole de CAIRP-Seq nouvellement développé est utile dans interroger l’association génome d’ARN avec des constituants de la chromatine. ChIP-Seq est un outil fondamental qui sert à évaluer les paysages épigénétiques des cellules ES et autres types de cellules. La q…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Ce travail a été soutenu par Wayne State University, Karmanos Cancer Institute, une bourse du National Heart, Lung and Blood Institute (1K22HL126842-01 a 1) attribué à B.L.K. Ce travail a utilisé la Wayne State University Haute Performance Computing Grid pour des ressources informatiques (). Nous remercions Jiji Kurup d’assistance avec l’analyse des données CAIRP-Seq.

DE CONTRIBUTIONS DES AUTEURS :

B.L.K. conçoit la méthode CAIRP-Seq, conçu et réalisé des expériences de la ChIP-Seq et CAIRP-Seq, ont analysé les données de séquençage et rédigé le manuscrit. Tous les auteurs ont lu et approuvé la version finale de ce manuscrit.

Materials

Mouse leukemia inhibitory factor (ESGRO LIF) EMD Millipore 106 or 107 units
GSK3β inhibitor CHIR99021 (GSK3i) Stemgent Solvent: DMSO 10mM
MEK inhibitor PD0325901 (MEKi) Stemgent Solvent: DMSO 10mM
Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM), high glucose Invitrogen 11965092
PBS (phosphate buffered saline) Invitrogen 10010031
Trypsin-EDTA (0.25%), phenol red Gibco 25200056
Penicillin-Streptomycin (10,000 U/mL) Gibco 15140122
2-Mercaptoethanol (50 mM) Gibco 31350010
MEM Non-Essential Amino Acids Solution (100X) Gibco 11140076
EmbryoMax ES Cell Qualified Fetal Bovine Serum, 500 ml EMD Millipore ES-009-B
EmbryoMax 0.1% Gelatin Solution EMD Millipore ES-006-B
Glycine Sigma G7126-500G 1.25 M stock conentration in water
Formaldehyde solution Sigma F8775-500ML
TE (Tris EDTA) pH 8.0 1X Quality Biological 351-011-131
Phenylmethanesulfonyl fluoride (PMSF) solution Sigma 93482-250ML-F
cOmplete Protease Inhibitor Cocktail Roche 11697498001
Sodium dodecyl sulfate solution (20%) Quality Biological A611-0837-10
Q125 sonifier Qsonica 4422
Triton X-100 solution Sigma 93443-100ML
Sodium deoxycholate Sigma 30970
NaCl Sigma S7653
Dynabeads Protein G for Immunoprecipitation Invitrogen 10004D
Dynabeads Protein A for Immunoprecipitation Invitrogen 10002D
Dynabeads Protein A/Protein G and Magnet Starter Pack Invitrogen 10015D
Lithium chloride Sigma L4408
IGEPAL CA-630 Sigma I8896
RNeasy Mini Kit Qiagen 74104
Dynabeads mRNA Purification Kit (for mRNA purification from total RNA preps) Invitrogen 61006
SuperScript Double-Stranded cDNA Synthesis Kit Invitrogen 11917010
QIAquick PCR Purification Kit Qiagen 28104
End-It DNA End-Repair Kit Lucigen ER81050
Klenow Fragment (3'→5' exo-) NEB M0212L
dATP (10 mM) Invitrogen 18252015
T4 DNA ligase NEB M0202L
TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder Invitrogen 10488085
E-gel EX agarose gels, 2% Invitrogen G402002
Phusion high-fidelity 2X master mix with HF buffer Thermo Fisher F531LPM
ChIPAb+ Trimethyl-Histone H3 (Lys4) – ChIP Validated Antibody EMD Millipore 17-614
Anti-Histone H3 (di methyl K4) antibody [Y47] – ChIP Grade (ab32356) Abcam ab32356
Corning Costar Flat Bottom Cell Culture Plates (6-well) Fisher 720083
Falcon Standard Tissue Culture Dishes (10cm) Fisher 08772E
Bioruptor pico Diagenode B01010001
Qubit Flurometer 2.0 Thermo Fisher
Qubit dsDNA HS Assay Kit Thermo Fisher Q32851
MinElute Reaction Cleanup Kit Qiagen 28204
MinElute Gel Extraction Kit Qiagen 28604
Anti-Histone H4 (tri methyl K20) antibody – ChIP Grade (ab9053) Abcam ab9053
Labquake rotator Thermo Fisher 400110Q
Illumina HiSeq platform Illumina
TURBO DNase Invitrogen AM2238

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Cite This Article
Kidder, B. L. CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells. J. Vis. Exp. (135), e57481, doi:10.3791/57481 (2018).

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