Summary
在这里, 我们描述了一个可重现的激光捕获显微切割 (LCM) 的协议, 用于分离小梁网 (TM) 的下游 RNA 分析。分析 tm 基因表达变化的能力有助于了解 tm 相关眼部疾病的基本分子机制。
Abstract
激光捕获显微切割 (LCM) 允许基因表达分析的单细胞和丰富的细胞群体在组织切片。LCM 是研究细胞分化的分子机制和各种疾病, 包括青光眼的发展和进展的重要工具。青光眼, 包括一个进步的光学神经病家族, 是世界上最常见的不可逆转的失明原因。结构变化和损伤内小梁网 (TM) 可能导致增加眼压 (眼压), 这是一个主要的危险因素, 发展青光眼。然而, 所涉及的精确分子机制仍然不太清楚。进行基因表达分析的能力对于进一步深入了解这些细胞的功能及其在眼压和青光眼的发展中的作用至关重要。为了实现这一目的, 需要一种可重现的方法, 从冷冻切片中分离出高度丰富的 TM, 并提出一种用于下游基因表达分析的方法, 如 qPCR 和 RNA 序列。本文提出的方法是从小鼠眼中分离出高度纯净的 TM, 用于下游数字 PCR 和微阵列分析。此外, 这种技术可以很容易地适应, 以隔离其他高度丰富的眼睛细胞和细胞室, 已经很难孤立的小鼠眼。LCM 和 RNA 分析的结合可以有助于更全面地了解青光眼的细胞事件。
Introduction
青光眼是一组以视神经病变和视网膜病变为特征的疾病, 最终导致不可逆转的失明1,2。据估计, 到 2020年, 全世界将有7000万人生活在某种形式的疾病中3,4,5,6,7。原发性开角型青光眼 (POAG) 是最普遍的青光眼类型, 其特点是水中幽默 (AH) 流出导致增加眼压 (眼压)8,9,10, 11,12,13,143,15,16,17,18。左不治疗, 长期升高的眼压导致视网膜和视神经头的渐进和不可逆转的损害导致桡盲症1,2,19。目前所有减缓青光眼进展的方法都集中在降低眼压, 或者通过降低睫状体的产率或增强其流出1,8,9,10,11,12,13,14. 小梁网 (TM) 在积极调节原发性 AH 流出通路中起着至关重要的作用, 其功能不当是高血压性青光眼1,2,19的诱因。然而, 与 TM 功能障碍相关的分子机制以及它如何调节 AH 引流尚未完全理解, 目前是青光眼研究的主要焦点1,2,19,20. 虽然一些基因组范围的联合研究 (GWAS) 已经将一些基因与青光眼联系起来, 而且对 TM 流出设施的抵抗力增加, 但导致疾病的确切分子机制还没有完全理解21,22,23,24,25。
动物模型大大增强了我们目前对青光眼疾病进展的认识 (在3,15,16,26,27,28, 29,30,31,32,33)。研究 TM34、35、36的一些开创性方法已经被广泛应用, 以促进我们目前对正常和病态组织的理解。尚未广泛探讨的一个领域是利用转基因小鼠模型研究 TM 失败的分子机制。转基因敲除和敲出小鼠研究 tm 相关基因, 如 Myocilin (Myoc)37,38和Cyp1b139, 一直是研究 tm 分子机制的主要工具。功能。可以理解的是, 小鼠 TM 的微小尺寸代表了一个严重的障碍, 必须克服, 才能开始研究这种组织。老鼠模型是研究疾病遗传学和分子机制的有力工具, 而 LCM 技术的进步提供了必要的工具, 以授权研究最小和最微妙的组织, 包括 TM。
在本报告中, 提出了一种健壮的、可重现的方法, 用于从小鼠眼中提取高浓度 TM 的 LCM, 并与随后的 RNA 分离进行比较, 并对下游表达进行放大。类似的方法已经成功地用于小鼠分离其他类型的眼睛组织40,41,42,43,44, 本文所报告的方法可以应用到其他眼睛的离散组织研究 RNA, microRNA, DNA 和蛋白质。重要的是, 这种技术可以利用转基因小鼠更好地了解 TM 损伤的分子机制在青光眼和眼部疾病中的作用3,15,16,17 ,18,26,31,45,46。通过 LCM 分离小鼠眼 TM 的能力将是进一步深入了解几种眼部疾病分子机制的有用技术。
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
国家环境健康科学研究所 (NIEHS) 动物护理和使用委员会 (ACUC) 根据 NIEHS 动物研究提案 IIDL 05-46 批准了这项研究的所有方法。
1. 激光显微切割的最佳组织采集
- 获得2到3月大的老鼠, 男性或女性 C57BL/6。弄死与 CO2的最小值为1分钟或直到呼吸停止。将动物从笼子中取出, 并通过颈椎脱位、斩首或开胸手术来保证死亡。
- 解剖前, 确保所有解剖工具清洁和消毒。
注: 为去除眼睛弯曲的剪刀和钳与锯齿状尖端 (首选尖端尺寸: 0.5 x 0.4 毫米) 将需要。 - 将鼠标放在其侧面的平坦表面上, 使眼睛容易接近。用镊子抓住眼角 (眼角), 用钳子稳定鼠标, 然后用弯剪刀, 面对曲线远离眼睛, 用眼窝切开眼睛以引导, 直到眼球可以很容易地从插座上取走 (使用曲线不是 剪刀的提示)。
- 轻轻拉, 并使用弯曲剪刀, 切断视神经, 从眼眶插座释放眼睛。小心地从眼部清除非眼部组织, 并在1x 磷酸盐缓冲生理盐水 (PBS) 冲洗。对侧眼重复 1.3-1.4。
- 在嵌入前, 用纸巾擦拭眼睛以去除水分。将眼睛放入标本模 (25 x 20 x 5 毫米3), 使透镜和视神经与工作台顶平行, 以获得矢状部分。嵌入眼睛在最佳的切削温度 (O.C.T.) 化合物和地方在干燥冰结冰。冷冻后, 将区块存放在摄氏-80 摄氏度。
2. 激光显微切割用冷冻切片的制备
- 使用前在紫外线交联器上孵化聚乙烯对苯二甲酸乙二醇酯 (PET) 膜, 最大功率为45分钟。
- 在刷子、镊子、联轴器罐和安装卡盘上喷涂 RNase 净化液。彻底擦拭。用无核酸酶的水冲洗, 晾干。用100% 乙醇擦拭恒温器, 避免交叉污染。
- 调整恒温器到-18 摄氏度。一次从-80 °c 冰箱中取出一个冰冻块, 用干冰运送到恒温器。允许冻结块平衡恒温器的温度最小为10分钟。
- 将少量 O.C.T. 挤压到安装块 (图 1A) 上, 然后从模具中取出组织块, 并小心地将块放在安装卡盘上 (图 1B)。一旦安装卡盘上的组织块被冻结, 插入到恒温器的标本持有者 (图2A)。
- 调整恒温器切割8µm 节, 并仔细切片通过 O.C.T. 块, 以达到组织样本。一旦组织被观察, 停止切片, 修剪所有两侧的冰冻块使用干净的剃刀刀片和留下 3-4 毫米的 O.C.T. 周围的组织, 以使处理与油漆刷 (图 2B)。使用新的清洁油漆刷代替辊板之间的每个样品变化, 以避免样品交叉污染。
- 部分通过眼睛快速工作。在六十年代用一步的苏木精和伊红 (H & E) 染色液冲洗每第三节, 用自来水漂洗, 空气干燥, 清除剂清洁, 并装在带有盖玻片的带电玻璃滑梯上。查看显微镜下, 继续切片, 直到 TM 是明显的切割部分。
- 一旦 TM 开始出现, 切割2节, 并安装在一个带电的玻璃幻灯片上例行的 H & E 染色, 形成一个地图, 以 LCM 切割。
注: 有关地图和染色详细信息, 请参阅第3节。 - 在第一个 H & E 地图幻灯片后, 在恒温器中剪切并排成6个串行8µm 厚的部分, 同时安装到 PET 膜幻灯片上 (图3A,B)。通过简单地滑动戴手套拇指沿膜的背面坚持组织。安装后, 立即将 PET 膜滑入干燥冰上的滑动盒中。
注: 可装入的节数较少, 但建议一次将多个截面安装到幻灯片上, 以通过限制每节暴露在室温空气中的时间来减少 RNA 的降解。 - 继续部分的眼睛, 每两个 PET 膜幻灯片每6节, 收集两个部分, 在一个带电的玻璃幻灯片, 以创建另一个地图幻灯片的 H & E 染色。继续切片, 大约100系列8µm 厚的部分, 直到 TM 不再可见。确认通过快速染色一节的带电玻璃幻灯片 (见 2.6)。
- 将所有 PET 膜幻灯片存放在-80 摄氏度, 供以后 LCM 使用。
3. H & E 地图滑动染色协议及形态学评价
- 要可视化并查看带电玻璃幻灯片上的地图幻灯片, 请立即将组织转移到填充有100毫升快速固定溶液的染色罐中, 7 秒. 将其浸入蒸馏水中 10-20 次, 然后将滑块转移到带有干净蒸馏水的耦合罐中。
- 从水中取出滑块, 用纸巾擦拭干边。吸管200µL 改性过滤哈里斯苏木精到每个部分和孵化三十年代在室温下。小心冲洗在自来水下的滑动, 直到水运行清楚。将幻灯片的末尾与每个步骤之间的纸巾擦除 (每个步骤之间的污点从 3.2-3.5) 去除多余的液体。
- 三十年代在室温下将幻灯片放在 1x PBS 中。然后, 仔细冲洗的幻灯片下运行自来水三十年代。
- 将幻灯片 3-4 倍浸入95% 乙醇浴中。应用足够的伊红 Y 染料溶液覆盖在幻灯片上的组织和孵化十五年代在室温下。
- 将95% 乙醇浴中的滑块冲洗两次, 每次 10-20 快速浸洗。将100% 乙醇浴中的滑块冲洗两次, 每次 10-20 快速浸洗。然后, 在二甲苯浴中冲洗两次滑动 (10-20 快速浸出每个)。
- 通过应用树脂安装介质到组织, 添加盖玻片小心, 以避免气泡, 让它干燥在遮光罩过夜。
- 在视觉上或使用数字幻灯片扫描仪查看 H & E 幻灯片。识别具有 TM 清晰可见和可用于切割的地图幻灯片。使用的 PET 膜幻灯片之间的这些地图幻灯片为 LCM。
4. 聚对苯二甲酸乙二醇酯 (PET) 膜滑动处理和染色协议
- 在从冷冻机中取出 PET 滑块前, 先用20毫升75% 乙醇溶解0.3 克甲酚紫乙酸酯, 然后放到振动筛上, 用2小时甲酚紫罗兰溶液. 用0.22 个µm 无菌过滤装置过滤溶液, 贮存在4摄氏度, 不超过6星期一秒.
- 在1:4 的比例下, 用新鲜的75% 乙醇制备出含酒精溶液。在冰上清洁、无核酸酶、50毫升的锥形聚丙烯管中制备固定 (75% 乙醇) 和脱水溶液 (75%、95%、& 100% 乙醇)。在每个溶液中添加 RNase 抑制剂。
- 从-80 °c 冰箱中取出含有冰冻组织切片的滑动盒, 放在干冰上。一次处理一张幻灯片。在三十年代将幻灯片立即放入冷75% 乙醇中, 固定幻灯片。
- 轻轻地蘸在核酸酶水 10-十五年代的幻灯片, 以溶解 O.C.T. 而不干扰组织部分。
- 小心吸管300µL 1.5% 甲酚紫乙酸溶液直接到切片和孵化四十五年代在室温下。然后, 洗一次, 把它放入75% 乙醇浴为三十年代. 吸管200µL, 在切片上孵育 3-5 s。
- 脱水组织通过放置后, 随后在75% 乙醇, 95% 乙醇, 最后, 100% 乙醇浴每三十年代。在每一个步骤之间清除多余的液体, 用纸巾擦拭幻灯片的末端。让滑动空气完全干燥的引擎盖下5分钟。一旦干燥, 立即执行 LCM。
注: 建议避免使用二甲苯的这一步骤, 它可能导致组织切片不适当的粘结到膜滑动和降低组织捕获的效率。
5. 激光显微切割用 UV 激光
- 打开计算机并允许启动。打开显微镜白色光源电源。打开紫外线激光键和黄色 LED 将照亮。启动 LCM 软件, 让它充分加载, 现场视频将显示。按下控制器盒上的激光按钮, 绿色指示灯将亮起。
- 将新的玻璃滑块装入显微镜的舞台上, 然后将 PET 膜滑动与染色的组织侧直接朝下, 在玻璃滑梯上。确保薄膜和玻璃滑块在显微镜阶段紧密配对。
- 首先设置幻灯片限制, 启动 LCM。在目标面板中选择最低的4X 放大倍数 (图 4)。然后通过移动显微镜 xy 阶段来定义薄膜滑动的工作区域, 直到在现场视频提要中可见金属和膜满足的左上角, 按下 "极限 1" 按钮, 在路线图上会出现一个红色矩形。接下来, 移动到 xy 阶段到相反的角落, 并按下 "极限 2" 按钮。按 "扫描" 按钮, 创建一个路线图图像的膜和组织之间的设置限制。
- 双击路线图中某个眼睛部分的 tm 附近, tm 可以位于眼前房角的顶点附近 (图5A)。一旦识别出 tm, 将放大倍数提高到 10X, 并手动将焦点放在 tm 上。重复20X 和40X 目标。当 TM 聚焦于40X 目标 (图 5B) 时, 导航到附近的空白区域 (焦点可能需要稍微调整), 选择 "手绘绘图工具", 并在空白的组织区域上绘制一条长线。
- 设置激光参数, 使 "剪切速度" 为 34%, "焦点" 为 58%, "电源" 为 70% (图 4), 然后按 "剪切" 按钮。对速度、焦点和功率参数进行精细的激光调整, 直到观察到清晰而精细的切割线 (请参见图 5C)。为精确切割, 确保切割动作遵循绘制线。
- 将隔离管盖装入帽架并打开管。将帽架固定在顶盖上, 确保管倒。确保胶盖材料突出于瓶盖的尖端, 以保证所需的组织得到适当的捕捉。
- 在 "软件" 面板中选择 "手动" 解剖模式。仔细检查 TM (图 5B) 是否直接位于隔离管下面。设置白平衡并调整亮度以获取最佳图像质量 (图 4)。
- 要开始切割, 手动调整焦点, 并绘制一条线使用手绘工具, 确保收集帽保持在尚未触及膜的向上位置。在 TM 满足巩膜的地方绘制部分圆圈 (图 5C), 然后按 "剪切"。一旦第一次切割完成后, 将 cap 定位到下一位置并重新调整焦点, 然后在打开或自由空间中绘制两条线, 以连接在 TM 周围完成圆圈的两个部分圆, 然后按 "剪切" 并从剖面收集组织。, 确保 TM 由显微切割帽 (图 5 d F) 拾取。
- 将 cap 重新定位到向上位置, 然后在其余部分重复 (5.2-5.8)。稍微调整 cap 位置, 以便所有独立的示例都适合于 cap 而不重叠 (图 5G)。为了保持一致性, 一张幻灯片的时间窗口是20分钟. 如果需要更多的时间从所有部分隔离 TM, 则每只宠物幻灯片使用较少的部分。对于下一个 PET 膜, 插入一个新的隔离管并重复5节。
6. Microdissected TM 组织的裂解
- 新鲜制备 RNA 裂解缓冲液, 溶解 LCM 分离组织。添加10µL β巯基乙醇到每1毫升的裂解缓冲。在室温下贮存溶解缓冲液, 巯基乙醇不超过1月。
- 从显微解剖开始20分钟内将隔离管从帽架上取下。用眼睛可视化瓶盖表面, 以确保捕获 TM。
- 小心地将10µL 溶解缓冲器放在收集管的盖子上, 确保溶解缓冲完全覆盖 microdissected TM。在室温下轻轻地关闭胶盖和孵育收集管10分钟。孵化后, 离心机在 800 x g 2 分钟, 并在干冰上放置裂解。贮存裂解物在-80 摄氏度后进行提纯和分析。
7. RNA 分离和质量分析
- 在室温下解冻样品, 分析 RNA 质量。将所有样本从单个鼠标分离到一个 RNase 1.5 毫升离心管。
注: 例如, 对于每一个生物复制, 产生了 10-12 管与 microdissected 帽在10µL 裂解, 并所有裂解物转移到一个单一的管每一个生物复制 (100-120 µL 裂解)。 - 加入一卷新鲜制备的70% 乙醇 (用无 RNase 水制成) 到每个裂解液溶液中。然后, 纯化总 rna 跟随 rna 隔离套件用户指南。确保从每个 RNA 样本中去除基因组 DNA。
注意: 基因组 DNA 可能干扰下游 RNA 分析。 - 通过将每个鼠标中的样本汇集在一起并分析核糖体 rna 完整性 (图 6A), 测量从 TM 分离出来的 rna 的质量。
注意: 由于 TM 的体积小, 在 rna 质量剖面上可能无法观察到核糖体 rna 峰值 (图 6B) (在图 6AC中观察到的两个峰值介于 1000-4000 bp 之间), 用于计算 rna 完整性数 (玲)47。- 通过将 rna 与膜滑动上较丰富的剩余组织分离, 获得更精确的 rna 完整性测量。为了获得一个有代表性的吹打, 从膜上的眼组织中分离出 rna, 通过将10µL 裂解缓冲到一个组织切片上, 进行 rna 分离。分析 RNA 质量并计算出 (图 6C)。
- 对于下游 RNA 应用, 使用低输入 rna 试剂盒进行测序和 cDNA 文库的生成, 以产生可重现的结果, 从80段的 LCM 分离 TM。
8. 分析
- 为了验证所收集的组织实际上是丰富的 TM 相关基因, 收集多个额外的 RNA 从 microdissected 全眼, 巩膜, 虹膜, 视网膜, 角膜和透镜从3个单独的小鼠。使用此 RNA 结合 LCM 收集的 rna 从孤立 TM 和睫状体收集从4单独的小鼠。
- 用 cdna 反向转录试剂盒将 RNA 从 microdissected 样品转化为 cdna。从 LCM 分离样品中放大 rna, 用低输入 RNA 转化为 cdna 试剂盒。
- 分析所有 RNA 的小梁网表达基因, myocilin (MYOC) 和 alpha-actin-2 (ACTA2), 并规范化使用HSP90a1管家基因的数字 PCR (图 7A-B)。
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
从4种不同的小鼠中提取 TM 和睫状体的 RNA, 以便能够分析基因表达, 并比较从三只小鼠的全眼、巩膜、虹膜、视网膜、角膜和晶状体中的表达。在所有收集到的组织中分析了 tm 表达基因、 MYOC48和ACTA249 , 以确认在 tm 中, 分离的 tm 样品确实高度丰富。由于在 LCM 样品中的 cDNA 数量极低, 采用了数字 PCR 技术, 经证明可重现性更少, 材料为50。使用HSP90a1管家基因对MYOC和ACTA2的表达式进行规范化, 然后将每个组织与整个眼睛进行比较。这些结果表明, MYOC (图 7A) 和ACTA2 (图 7B) 在 tm 样本中得到高度的表达, 证实了从高浓缩 tm 样品中分离出高质量的 rna, 以实现下游 rna 的成功隔离。分析。作为概念的证明, 该技术应用于小鼠的 TM 分离 RNA 和高眼压表型小鼠的菌株, 并用微阵列分析。这项分析发现了许多与青光眼相关的基因, 它们在小鼠 TM 和青光眼表型 (图 7C) 中表现出差异。
图 1: 在恒温器中放置冻结的组织块。(A) o.c. T 安装介质应用于恒温器安装块。(B)冻结标本块均匀放置在安装卡盘上。请单击此处查看此图的较大版本.
图 2: 恒温器中冰冻眼组织的切片过程。(A)准备切割表面以达到眼部组织。(B)在收集用于激光显微切割的部分之前, 修整冻结块的 O.C.T.。请单击此处查看此图的较大版本.
图 3: 在恒温器中准备冻结的部分。(A) 6 系列8µm 厚剖面在恒温器中排列。(B)节同时安装在 PET 膜幻灯片上。请单击此处查看此图的较大版本.
图 4: 突出显示重要功能的激光显微切割软件的截图.请单击此处查看此图的较大版本.
图 5: 小梁网的位置和 UV 激光参数设置, 以便适当隔离小梁网。(A)低 (4X) 放大的 PET 膜上的单个截面, 突出了激光显微切割的小梁网。(B)高 (40X) 小梁网和相邻组织的放大倍数。(C)第一个局部圆切口的 TM 附近的巩膜区域与帽在上升位置。(D)最终削减了可用空间, 在 TM 周围用顶盖在下一位置完成圆。从附加到 cap 的节和(F)中移除的(E) TM。(G)从同一个 PET 膜切割的多个切口部分不重叠附着在瓶盖上。S (巩膜), SC (Schlemm 的运河), TM (小梁网), AC (前室)。请单击此处查看此图的较大版本.
图 6: 从 microdissected 小梁网状组织获得的总 RNA 产量和质量估计。(A) 小梁网80段总 RNA (接近面积大小为 0.8mm2)。(B) 20 节小梁网 (接近面积大小为 0.2mm2) 的总 RNA。(C)激光显微切割后剩余眼部组织的总 RNA。RNA 完整性号;bp, 基对。请单击此处查看此图的较大版本.
图 7: LCM 分离小梁网的下游 RNA 分析.LCM 分离 tm 相关基因定量 PCR 分析。tm 相关基因(A) MYOC (B) ACTA2高度表达在 LCM 捕获 TM 样本与其他眼部组织相比。(C)热图从从小鼠和高眼压表型小鼠中分离出的微梁网 RNA 的基因芯片分析获得的数据中产生。请单击此处查看此图的较大版本.
图 8: 优化前后组织准备的比较.眼部切片切割和放置在 PET 膜上的幻灯片要么与(A)标准95% 乙醇脱水准备(B)或优化75% 乙醇脱水准备。请单击此处查看此图的较大版本.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
TM 在积极维持稳态眼压中起着至关重要的作用, 其功能障碍被广泛接受为高血压青光眼的主要病因1,2,19。GWAS 分析发现的几个基因中的单核苷酸多态性与青光眼风险的增加和对 TM 流出设施的阻力增加有关;然而, 导致这种疾病的精确分子机制尚未完全理解21,22,23,24,25。基因小鼠模型可以为研究青光眼的分子机制提供有力的工具。然而, 小鼠 TM 组织是一个巨大的挑战, 从小鼠眼中分离出高度丰富的 tm 和高质量的 RNA 基因表达分析。LCM 是一种很有价值的分离单个或少量细胞的技术, 可用于研究富含特定细胞类型的组织样品中的基因表达。在本研究中, 本文介绍一种健壮、可重现的 LCM 方法, 用于分离高度丰富的 tm 和高质量的 RNA, 用于研究 tm 中基因表达和细胞信号的调控。此外, 所描述的 LCM 方法也可以应用于其他组织内的眼睛。
LCM 技术和高度重视细节对组织处理的优化起到了至关重要的作用, 这一方法的成功发展。组织保存和分离方法是分离高质量 RNA 基因表达谱的关键组成部分。LCM 需要非常注意详细的解剖, cryosectioning, 固定, 染色, 脱水, 和时间的激光显微切割成功获得质量 RNA51。可增加组织断面厚度;然而, 随着厚度的增加, 紫外线激光功率也需要。激光功率的增加导致了更宽的激光路径, 从而导致 RNA 的降解。发现8µm 段的激光路径薄, 为下游 RNA 分析提供了足够的组织。图 8显示了组织准备的优化如何能极大地改变激光从眼睛中解剖 TM 的能力。在协议的这一步骤的优化 (如第4节所述) 产生了卓越的眼部组织固定化和完全清除 O.C.T. (图 8B), 只需使用75% 而不是95% 乙醇 (图 8A) 来脱水组织然后在无 RNase 的水中孵化以去除安装介质。进一步脱水和染色是通过使用酒精为基础的染色试剂。此外, 据发现, 酒精基染色试剂取得了优于水染色试剂 (水性甲酚紫或苏木精), 并进一步有助于保持 RNA 完整性52。总的来说, 用酒精为基础的染色试剂优化协议处理眼部组织产生了一致的眼部组织切片, 完全固定在 PET 膜滑动上。
本研究的目的是开发一种可靠的, 从小鼠眼 TM 中分离出高质量 mRNA 的方法, 用于下游表达分析, 以获得对高眼压和青光眼的分子机制的洞察力。如图 7C中的热图所示, 所描述的 LCM 隔离 tm 协议为从 tm 中分离 RNA 和研究野生型和突变小鼠 tm 基因表达的差异提供了一种非常可靠的方法。本文所描述的方法将允许调查人员进行分子分析的组织中心的青光眼的发病机制, 在一个相对容易和可靠的, 可用于基因表达分析.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
作者没有什么可透露的。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| ACTA2 ddPCR Primers (dMmuCPE5117282) | BioRad | 10031252 | FAM |
| Agilent 2100 Bioanalyzer | Agilent Technologies | G2946-90004 | |
| Agilent RNA 6000 Pico kit | Agilent Technologies | 5067-1513 | |
| BioRad QX200 Droplet Digital PCR System | BioRad | ||
| Small Paint Brush | |||
| Charged Glass Microscope Slide | Thermo scientific | 4951PLUS-001 | |
| Cresyl Violet Acetate | Sigma Aldrich | C5042 | |
| Curved Scissors | |||
| Eosin Y dye | Thermo scientific | 71204 | |
| Ethanol | |||
| Forceps | Curved and Serrated tip (preferred tip size: 0.5 x 0.4 mm) | ||
| HemaCen | American MasterTech | STHEM30 | |
| High-Capacity cDNA Reverse Transcription Kit | Applied Biosystems | 4368814 | |
| Hsp90a ddPCR Primers(dMmuCPE5097465) | BioRad | 10031255 | VEX |
| Leica CM1850 Cryostat | Leica | ||
| Millex-GS filter unit | EMD Millipore | SLGS033SB | 0.22 µm |
| MMI CellCut UV Cutting Model | Molecular Machines & Industries | LCM intrument | |
| MMI CellTools Software | Molecular Machines & Industries | 50202 | LCM software |
| Sample Tube for Laser Capture Microdisssection | ASEE Products | ST-LMD-M-500 | Isolation Cap Tube/Manufactured by Microdissect GmBH in Germany and distrubted by ASEE Products |
| Sample Tube for Laser Capture Microdisssection (Alternative) | Molecular Machines & Industries | ||
| modified Harris Hematoxylin | Thermo scientific | 7211 | FAM |
| MYOC ddPCR Primers (dMmuCPE5095712) | BioRad | 10031252 | |
| PBS | |||
| Memebrane Slides, RNase Free | ASEE Products | FS-LMD-M-50r | Polyethylene terephthalate (PET) membrane/Manufactured by Microdissect GmBH in Germany and distrubted by ASEE Products |
| Memebrane Slides, RNase Free (Alternative) | Molecular Machines & Industries | 50102 | |
| Rapid Fix | Thermo scientific | 6764212 | H&E staining |
| RLT Buffer | Qiagen | 79216 | lysis bufffer used for LCM samples |
| RNAseZap | Sigma | R2020 | RNase decontamination solution |
| Protect RNA RNAse Inhibitor | Sigma Aldrich | R7397 | |
| RNeasy Micro Kit | Qiagen | 74004 | RNA isolation kit |
| SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit | Takara Clontech | 634888 | low input RNA to cDNA kit for LCM samples |
| SuperMix (no dUTP) | BioRad | 1863023 | digital PCR master mix |
| Tissue-Tek Cryomold (25mm x 20mm x5mm) | Sakura | 4557 | |
| Tissue-Tek O.C.T. Compound | Sakura | 4583 | |
| Stratalinker UV Crosslinker | Stratagene | 400075 | |
| Xylene | Macron | 8668 |
References
- Foster, P. J., Buhrmann, R., Quigley, H. A., Johnson, G. J. The definition and classification of glaucoma in prevalence surveys. British Journal of Ophthalmology. 86 (2), 238-242 (2002).
- Quigley, H. A. Glaucoma. Lancet. 377 (9774), 1367-1377 (2011).
- Dismuke, W. M., Overby, D. R., Civan, M. M., Stamer, W. D. The Value of Mouse Models for Glaucoma Drug Discovery. Journal of Ocular Pharmacology and Therapeutics. 32 (8), 486-487 (2016).
- Quigley, H. A. Number of people with glaucoma worldwide. British Journal of Ophthalmology. 80 (5), 389-393 (1996).
- Quigley, H. A., Broman, A. T. The number of people with glaucoma worldwide in 2010 and 2020. British Journal of Ophthalmology. 90 (3), 262-267 (2006).
- Resnikoff, S., et al. Global data on visual impairment in the year 2002. Bulletin World Health Organization. 82 (11), 844-851 (2004).
- Thylefors, B., Negrel, A. D., Pararajasegaram, R., Dadzie, K. Y. Global data on blindness. Bulletin World Health Organization. 73 (1), 115-121 (1995).
- Comparison of glaucomatous progression between untreated patients with normal-tension glaucoma and patients with therapeutically reduced intraocular pressures. Collaborative Normal-Tension Glaucoma Study Group. American Journal of Ophthalmology. 126 (4), 487-497 (1998).
- The effectiveness of intraocular pressure reduction in the treatment of normal-tension glaucoma. Collaborative Normal-Tension Glaucoma Study Group. American Journal of Ophthalmology. 126 (4), 498-505 (1998).
- The Advanced Glaucoma Intervention Study (AGIS): 7. The relationship between control of intraocular pressure and visual field deterioration.The AGIS Investigators. American Journal of Ophthalmology. 130 (4), 429-440 (2000).
- Anderson, D. R. Collaborative normal tension glaucoma study. Current Opinion Ophthalmology. 14 (2), 86-90 (2003).
- Kass, M. A., et al. The Ocular Hypertension Treatment Study: a randomized trial determines that topical ocular hypotensive medication delays or prevents the onset of primary open-angle glaucoma. Archives of Ophthalmology. 120 (6), 701-713 (2002).
- Gordon, M. O., et al. The Ocular Hypertension Treatment Study: baseline factors that predict the onset of primary open-angle glaucoma. Archives of Ophthalmology. 120 (6), (2002).
- Leske, M. C., et al. Factors for glaucoma progression and the effect of treatment: the early manifest glaucoma trial. Archives of Ophthalmology. 121 (1), 48-56 (2003).
- Chen, S., Zhang, X. The Rodent Model of Glaucoma and Its Implications. Asia-Pacific Journal Ophthalmology (Phila). 4 (4), 236-241 (2015).
- Fernandes, K. A., et al. Using genetic mouse models to gain insight into glaucoma: Past results and future possibilities. Experimental Eye Research. 141, 42-56 (2015).
- Howell, G. R., Libby, R. T., John, S. W. Mouse genetic models: an ideal system for understanding glaucomatous neurodegeneration and neuroprotection. Progress in Brain Research. 173, 303-321 (2008).
- John, S. W., Anderson, M. G., Smith, R. S. Mouse genetics: a tool to help unlock the mechanisms of glaucoma. Journal of Glaucoma. 8 (6), 400-412 (1999).
- Braunger, B. M., Fuchshofer, R., Tamm, E. R. The aqueous humor outflow pathways in glaucoma: A unifying concept of disease mechanisms and causative treatment. Eurupean Journal of Pharmaceutics and Biopharmaceutics. 95 (Pt B), 173-181 (2015).
- Weinreb, R. N., et al. Primary open-angle glaucoma. Nature Reviews Disease Primers. 2 (16067), (2016).
- Burdon, K. P. Genome-wide association studies in the hunt for genes causing primary open-angle glaucoma: a review. Clinical and Experimental Ophthalmology. 40 (4), 358-363 (2012).
- Iglesias, A. I., et al. Genes, pathways, and animal models in primary open-angle glaucoma. Eye (London). 29 (10), 1285-1298 (2015).
- Jakobs, T. C. Differential gene expression in glaucoma. Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine. 4 (7), (2014).
- Jeck, W. R., Siebold, A. P., Sharpless, N. E. Review: a meta-analysis of GWAS and age-associated diseases. Aging Cell. 11 (5), 727-731 (2012).
- Sakurada, Y., Mabuchi, F. Advances in glaucoma genetics. Progress in Brain Research. 220, 107-126 (2015).
- Agarwal, R., Agarwal, P. Rodent models of glaucoma and their applicability for drug discovery. Expert Opinion on Drug Discovery. 12 (3), 1-10 (2017).
- Aires, I. D., Ambrosio, A. F., Santiago, A. R. Modeling Human Glaucoma: Lessons from the in vitro Models. Ophthalmic Research. 57 (2), 77-86 (2016).
- Burgoyne, C. F. The non-human primate experimental glaucoma model. Experimental Eye Research. 141, 57-73 (2015).
- Morgan, J. E., Tribble, J. R. Microbead models in glaucoma. Experimental Eye Research. 141, 9-14 (2015).
- Morrison, J. C., Cepurna, W. O., Johnson, E. C. Modeling glaucoma in rats by sclerosing aqueous outflow pathways to elevate intraocular pressure. Experimental Eye Research. 141, 23-32 (2015).
- Overby, D. R., Clark, A. F. Animal models of glucocorticoid-induced glaucoma. Experimental Eye Research. 141, 15-22 (2015).
- Rybkin, I., Gerometta, R., Fridman, G., Candia, O., Danias, J. Model systems for the study of steroid-induced IOP elevation. Experimental Eye Research. 158, 51-58 (2016).
- Zernii, E. Y., et al. Rabbit Models of Ocular Diseases: New Relevance for Classical Approaches. CNS & Neurological Disorders - Drug Targets. 15 (3), 267-291 (2016).
- Gong, H., Ruberti, J., Overby, D., Johnson, M., Freddo, T. F. A new view of the human trabecular meshwork using quick-freeze, deep-etch electron microscopy. Experimental Eye Research. 75 (3), 347-358 (2002).
- Hoerauf, H., et al. Transscleral optical coherence tomography: a new imaging method for the anterior segment of the eye. Archives of Ophthalmology. 120 (6), 816-819 (2002).
- Tomarev, S. I., Wistow, G., Raymond, V., Dubois, S., Malyukova, I. Gene expression profile of the human trabecular meshwork: NEIBank sequence tag analysis. Investigative Ophthalmology & Visual Science. 44 (6), 2588-2596 (2003).
- Kim, B. S., et al. Targeted disruption of the myocilin gene (Myoc) suggests that human glaucoma-causing mutations are gain of function. Molecular and Cellular Biology. 21 (22), 7707-7713 (2001).
- Gould, D. B., et al. Genetically increasing Myoc expression supports a necessary pathologic role of abnormal proteins in glaucoma. Molecular and Cellular Biology. 24 (20), 9019-9025 (2004).
- Teixeira, L., Zhao, Y., Dubielzig, R., Sorenson, C., Sheibani, N. Ultrastructural abnormalities of the trabecular meshwork extracellular matrix in Cyp1b1-deficient mice. Veterinary pathology. 52 (2), 397-403 (2015).
- Hackler, L., Masuda, T., Oliver, V. F., Merbs, S. L., Zack, D. J. Use of laser capture microdissection for analysis of retinal mRNA/miRNA expression and DNA methylation. Retinal Development: Methods and Protocols. 884, 289-304 (2012).
- Gipson, I. K., Spurr-Michaud, S., Tisdale, A. Human conjunctival goblet cells express the membrane associated mucin MUC16: Localization to mucin granules. Experimental Eye Research. 145, 230-234 (2016).
- Sweigard, J. H., et al. The alternative complement pathway regulates pathological angiogenesis in the retina. The FASEB Journal. 28 (7), 3171-3182 (2014).
- Marko, C. K., et al. Spdef null mice lack conjunctival goblet cells and provide a model of dry eye. The American Journal of Pathology. 183 (1), 35-48 (2013).
- Huynh, S., Otteson, D. Optimizing Laser Capture Microdissection to Study Spatiotemporal Gene Expression in the Retinal Ganglion Cell Layer. Investigative Ophthalmology & Visual Science. 54 (15), 2469-2469 (2013).
- Cone, F. E., Gelman, S. E., Son, J. L., Pease, M. E., Quigley, H. A. Differential susceptibility to experimental glaucoma among 3 mouse strains using bead and viscoelastic injection. Experimental Eye Research. 91 (3), 415-424 (2010).
- McKinnon, S. J., Schlamp, C. L., Nickells, R. W. Mouse models of retinal ganglion cell death and glaucoma. Experimental Eye Research. 88 (4), 816-824 (2009).
- Schroeder, A., et al. The RIN: an RNA integrity number for assigning integrity values to RNA measurements. BMC Molecular Biology. 7 (3), (2006).
- Hardy, K. M., Hoffman, E. A., Gonzalez, P., McKay, B. S., Stamer, W. D. Extracellular trafficking of myocilin in human trabecular meshwork cells. Journal of Biological Chemistry. 280 (32), 28917-28926 (2005).
- Morgan, J. T., et al. Human trabecular meshwork cells exhibit several characteristics of, but are distinct from, adipose-derived mesenchymal stem cells. Journal of Ocular Pharmacology and Therapeutics. 30 (2-3), 254-266 (2014).
- Hindson, C. M., et al. Absolute quantification by droplet digital PCR versus analog real-time PCR. Nature Methods. 10 (10), 1003-1005 (2013).
- Wang, W. Z., Oeschger, F. M., Lee, S., Molnar, Z. High quality RNA from multiple brain regions simultaneously acquired by laser capture microdissection. BMC Molecular Biology. 10 (69), (2009).
- Cummings, M., et al. A robust RNA integrity-preserving staining protocol for laser capture microdissection of endometrial cancer tissue. Analytical Biochemistry. 416 (1), 123-125 (2011).
