Summary

Caenorhabditis נפה:, מכשיר low-tech ו מתודולוגיה לצורך מיון אורגניזמים רב תאיים קטנים

Published: July 04, 2018
doi:

Summary

בפרוטוקול הנוכחי כולל מתודולוגיה מיון וניקוי של אוכלוסיות תואם גיל Caenorhabditis elegans. הוא משתמש פשוטה, זולה, והכלי בהזמנה אישית יעילה להשגת ניסיוני אוכלוסיה גדולה של נמטודות למחקר.

Abstract

Caenorhabditis elegans (C. elegans) הוא אורגניזם מודל ומבוססת נעשה שימוש במגוון של מחקר ביו-רפואי בסיסי. בתוך קהילת המחקר נמטודות, יש צורך דרך במחיר נוח ויעיל לשמור על אוכלוסיות גדולות, מתאימים לגיל של C. elegans. כאן, אנו מציגים מתודולוגיה מכנית מיון וניקוי C. elegans. המטרה שלנו היא לספק תהליך חסכוני, יעיל, מהיר ופשוט לקבל בעלי חיים הגדלים אחיד, שלבי החיים לשימוש שלהם בניסויים. כלי זה, מסננת Caenorhabditis , משתמש במערכת המכסה לפי הזמנה זה חוטים אל צינורות מעבדה חרוט נפוצות וממיין C. elegans בהתאם לגודל הגוף. אנחנו גם להוכיח כי המסננת Caenorhabditis ביעילות העברת חיות של תרבות אחת צלחת מתן אפשרות נוספת עבור מיון מהיר, סנכרון וניקוי מבלי להשפיע על סמנים של בריאות, כולל תנועתיות, מתח-inducible ג’ין כתבים. כלי נגיש, חדשני זה הוא אפשרות מהיר, יעיל, ומלחיץ לשמירה על אוכלוסיות C. elegans .

Introduction

התולעת נמטודות Caenorhabditis elegans, הוא אורגניזם מודל premier. בנוסף הטבע ישיר ומבוקר של הטיפוח-תרגול במעבדה, הגנום כולו שלהם הוא ברצף1 , גורל כל תא התפתחותית ידוע2. בשל תכונות אלה, C. elegans הוא אורגניזם מודל נפוץ מחקרים גנטיים. עם זאת, יחד עם תכונות מועילות אלה באים כמה אתגרים לחוקרים. בשל מזמנם דור מהירה, C. elegans אוכלוסיות יכול לרוץ במהירות האוכל ו/או מעורב אוכלוסיות עם דורות מרובים, בשלבים התפתחותיים להציג בו-זמנית. לפיכך, ניסויים שבוצעו במדיה צמיחה נמטודות מוצק (NGM) דורשים חוקרים להעביר פיזית חיות ללוחות טרי, לפני מכלה מקור המזון חיידקי ולפתח הזחלים חדש. זה יכול להיות מייגע כמו העברת תכופים של החיות נחוצה כדי למנוע האוכלוסיות ניסיוני החל להיות מעורב עם הצאצאים דורות. ובכל זאת, ניסויים דורשים שני מספרים גדולים של בעלי חיים ושל נקודות זמן ממושך (למשל, מיצוי DNA או RNA בבגרות). זה תרכובות האתגרים של שמירה על אוכלוסיה מסונכרן באופן מדויק והעברת מספרים גדולים של בעלי חיים.

שיטות של העברת C. elegans תרבותי על NGM איסוף או לרחוץ את החיות צלחת על צלחת; כימי בטיפול החיות (למשל, עם fluorodeoxyuridine מעכב שכפול ה-DNA או FUDR); או באמצעות cytometry זרימה כדי למיין חיות לוחיות רב טוב. איסוף כרוכה בשימוש כלי יד, עשה עם חוט דק פלטינה או עפעף, להעביר באופן ידני אדם או בעלי חיים מרובים3,4. בשיטה זו הוא מדויק אבל דורש מיומנות והן זמן והוא מגבלה על מחקרים שכללו מספר גדול של בעלי חיים. איסוף מאי גם, להיות פיזית מזיק ומלחיץ החיות במינים יחידים פוטנציאל לכמויות לא טבעי ולא עקבית של הפרעה וכוח. כביסה כרוך שטיפה לצלחת תרבות עם פתרון מאגר העברת הפתרון עם בעלי החיים דרך זכוכית פסטר פיפטה צלחת תרבות חדשה. שיטה זו מהירה ויעילה אך אינה מדויקת כמו דורות מרובים, בשלבים התפתחותיים של בעלי חיים מועברים בצובר. טיפולים כימיים, כגון FUDR, יכול להיות מומס בתקשורת culturing כדי למנוע את הייצור של הצאצאים באמצעות חסימת כל שכפול ה-DNA, וכך, פיתוח ייצור וביצה תא רבייה. בעוד יעיל, בשיטה זו יש להחיל לאחר ההבשלה התפתחותית עד כדי לא לשבש את תהליכי התפתחותי נורמלי, וזה אומר שעדיין יש דרישה להעביר את החיות לפני שלה מינהל3. שיטה זו גם השפעות מרובות הסלולר מסלולי איתות, וכתוצאה מכך מורגשת ההשפעה על החיות כשהם מזדקנים (למשל, סיומת תוחלת החיים או פרוטוסטאזיס שינו) בהתאם המתח של C. elegans בשימוש5, 6,7,8,9,10. שיטות cytometry זרימה אוטומטית למיין, להעביר בודדים C. elegans לוח רב טוב אחד עוד11. בעוד ששיטה זו הוא מאוד אפקטיבי ויעיל, ציוד cytometry זרימה הוא יקר and נגישים לחוקרים רבים. אלטרנטיבה העברת בעלי חיים היא להשתמש מוטציה בדגמי טמפרטורה רגיש, כגון fer-15 ו- פמ-1, אשר הופכים סטרילי עם התאמת הטמפרטורה12. בזמן השימוש חיות מועיל במצבים מסוימים, זנים מסוימים אלו גדלים לאט יותר פראי-סוג חיות והן מסתמכות על הגנום השונה, המגישה כנציגים המסכן לתולעים הזדקנות או בריאה. בנוסף, ההסתמכות על שינוי טמפרטורה לזירוז עקרות שתוצאת גם בהיעדר סביבה סטטי, שינויי טמפרטורה הוכחו ברצון להשפיע על ג’ין ביטויים13,14, 15. קבוצות מחקר בעבר פורסמו טכניקות המתאר את השימוש רשת שינוי כדי לסנן C. elegans לפי גודל16. עם זאת, היינו מסוגלים למצוא עבודה קודמות בדיקה עבור כל שינוי תוצאות בריאותיות הכוללת שעשויים להיות מזוהה עם השימוש של מסננים כאלה.

לפיכך, יש צורך בתוך קהילת המחקר C. elegans שיטה במחיר נוח, יעיל, מהיר, ו מדויק עבור העברת מספרים גדולים של בעלי חיים בין תרבות צלחות. פיתחנו כלי של שיפור, נגיש של ציוד (בשם המסננת Caenorhabditis ), פרוטוקול המשויך עבור שלה ייצור ותפעול העונים על הצרכים של קהילת המחקר C. elegans . במסמך זה, אנחנו חולקים את העיצוב של מסננת Caenorhabditis והשיטות לשימושו, נדגים את השימוש בו לא משפיע על בריאות נפוצות או כל אחד מסמני מתח כאשר לעומת איסוף ידני רגיל וטיפול עם הנפוצות, פוריות-הגבלת FUDR כימי.

Protocol

1. Caenorhabditis מסננת בנייה ושימוש פרוטוקול בנייה רוכשים 2 מכסים משפופרות חרוט 50 מ ל (איור 1 א’). להסיר את האזור מרכז בתוך השפה הפנימית של הכיסוי (כאשר צפו התחתון, איור 1B) באמצעות מבער בונזן, מכשיר בדיקה מתכת חמה או במלחם או דרך המקדחה.<b…

Representative Results

המסננת Caenorhabditis מורכב 2 מזרקי וואקום, אבטחת אזור של ניילון ארוגים monofilament רשת שינוי קטן יותר מקוטר גוף העידן ההתפתחותי הרצוי, השתמשו כדי לחלץ אוכלוסיות בשידור חי של אורגניזמים בטכניקה פשוטה כביסה. זה מייחסת צינורות תקן חרוטיים ומשתמש המסך רשת שינוי כדי למיין באופן מכנ…

Discussion

במסמך זה, הצגנו את העיצוב ואת השימוש של המסננת Caenorhabditis נגיש, יעיל ככלי מיון ולשמירה על C. elegans. כלי זה יש מספר יתרונות לבחירת חיות בודדות, שטיפת אוכלוסיות, טיפולים כימיים (למשל, FUDR) ושיטות יקר יותר מחיות הפרדת באופן ידני. קודם כל, Caenorhabditis ניפוי ביעילות ובמהירות (פחות מ- 20 דקו?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

המחברים רוצה להודות הת’ר Currey על תרומתה הראשונית תכנון המחקר, ד ר מיטרה סווארופ עבור שלו סקירה ביקורתית של כתב היד. אנחנו רוצים גם תודה ד ר מיכאל ב. האריס הערות, ליטושים, סיוע בהפקת ההדגמה של מתודולוגיה זו. הזנים נמסרו על ידי המרכז גנטיקה Caenorhabditis הממומן ע י המשרד NIH של תוכניות תשתית מחקר (P40 OD010440). המחקר דיווח בפרסום זה נתמך על ידי הלאומית המכון כללי רפואי למדעים של מכוני הבריאות הלאומיים תחת פרס מספרים UL1GM118991, TL4GM118992 או RL5GM118990 ועל ידי פרס פיתוח מוסדיים (מושג) מ הלאומית המכון כללי רפואי למדעים של מכוני הבריאות הלאומיים תחת גרנט מספר 5P20GM103395-15. התוכן הוא אך ורק באחריות המחברים, ואינם מייצגים בהכרח את הנופים הרשמי של מכוני הבריאות הלאומיים. UA הוא AA/EO המעסיק ו מוסד חינוכי, אוסר על הפליה נגד כל אדם: www.alaska.edu/titleIXcompliance/nondiscrimination.

Materials

Safety glasses Uline S-21076 
Protective heat resistant glove Grainger Item # 3AT17 Mfr. Model # 3AT17 Catalog Page # 1703
50 mL conical tube Falcon 14-432-22
Synthetic Nylon mesh Dynamic
Aqua-Supply Ltd
NTX20 and NTX50
Cyanoacrylate glue Scotch Super Glue Liquid SAD114
Pliers Vampliers VMPVT-001-8
Dremmel tool with circular file Lowe's Item # 525945 Model # 100-LG
FUDR Sigma F0503
M9 chemicals ( NaCl, Na2HPO4, KH2PO4, MgSO4)  Sigma  S7653, RES20908-A7, 1551139, M7506
NGM plate chemicals (Bactopeptone, Agar, KH2PO4, K2HPO4, CaCl2,Cholesterol, Streptomycin) BD Biosciences (bactopeptone) , Lab express (agar), Sigma ( rest) BD bioscience 211677, Lab Express 1001,  Sigma 1551139, 1551128, C1016, C8667, S6501
Pluronic F-127 Sigma  P2443 
Paraquat dichloride hydrate Sigma 36541 
Inverted fluorescence microscope Olympus  FSX100 

References

  1. C elegans Sequencing Consortium. Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology. Science. 282 (5396), 2012-2018 (1998).
  2. Herman, M. A. Hermaphrodite cell-fate specification. WormBook. , 1-16 (2006).
  3. Stiernagle, T. Maintenance of C. elegans. WormBook. , 1-11 (2006).
  4. Chalfie, M., Hart, A. C., Rankin, C. H., Goodman, M. B. Assaying mechanosensation. WormBook. , (2014).
  5. Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. Deletion of the Mitochondrial Superoxide Dismutase sod-2 Extends Lifespan in Caenorhabditis elegans. PLoS Genetics. 5 (2), e1000361 (2009).
  6. Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. FUdR causes a twofold increase in the lifespan of the mitochondrial mutant gas-1. Mechanisms of Ageing Development. 132 (10), 519-521 (2011).
  7. Gandhi, S., Santelli, J., Mitchell, D. H., Stiles, J. W., Sanadi, D. R. A simple method for maintaining large, aging populations of Caenorhabditis elegans. Mechanisms of Ageing Development. 12 (2), 137-150 (1980).
  8. Aitlhadj, L., Stürzenbaum, S. R. The use of FUdR can cause prolonged longevity in mutant nematodes. Mechanisms of Ageing and Development. 131 (5), 364-365 (2010).
  9. Davies, S. K., Leroi, A. M., Bundy, J. G. Fluorodeoxyuridine affects the identification of metabolic responses to daf-2 status in Caenorhabditis elegans. Mechanisms of Ageing Development. 133 (1), 46-49 (2012).
  10. Feldman, N., Kosolapov, L., Ben-Zvi, A. Fluorodeoxyuridine improves Caenorhabditis elegans proteostasis independent of reproduction onset. PLoS One. 9 (1), e85964 (2014).
  11. Pulak, R. Techniques for analysis, sorting, and dispensing of C. elegans on the COPAS flow-sorting system. Methods Molecular Biology. 351, 275-286 (2006).
  12. Argon, Y., Ward, S. Caenorhabditis elegans fertilization-defective mutants with abnormal sperm. Genetics. 96 (2), 413-433 (1980).
  13. Lee, S. J., Kenyon, C. Regulation of the longevity response to temperature by thermosensory neurons in Caenorhabditis elegans. Current Biology. 19 (9), 715-722 (2009).
  14. Klass, M. R. Aging in the nematode Caenorhabditis elegans: major biological and environmental factors influencing life span. Mechanisms of Ageing Development. 6 (6), 413-429 (1977).
  15. Zhang, B., et al. Environmental Temperature Differentially Modulates C. elegans Longevity through a Thermosensitive TRP Channel. Cell Reports. 11 (9), 1414-1424 (2015).
  16. Michaelson, L. C. C. elegans: A Practical Approach. Ian A. Hope (ed.). Oxford University Press, Oxford. 1999. Pp. 281. ISBN 0 19 963738 5. Heredity. 85 (1), 97-100 (2000).
  17. Brenner, S. The genetics of Caenorhabditis elegans. Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).
  18. Herndon, L. A., et al. Stochastic and genetic factors influence tissue-specific decline in ageing C. elegans. Nature. 419 (6909), 808-814 (2002).
  19. Calixto, A., Chelur, D., Topalidou, I., Chen, X., Chalfie, M. Enhanced neuronal RNAi in C. elegans using SID-1. Nature Methods. 7 (7), 554-559 (2010).
  20. Henderson, S. T., Johnson, T. E. daf-16 integrates developmental and environmental inputs to mediate aging in the nematode Caenorhabditis elegans. Current Biology. 11 (24), 1975-1980 (2001).
  21. Rea, S. L., Wu, D., Cypser, J. R., Vaupel, J. W., Johnson, T. E. A stress-sensitive reporter predicts longevity in isogenic populations of Caenorhabditis elegans. Nature Genetics. 37 (8), 894-898 (2005).
  22. Libina, N., Berman, J. R., Kenyon, C. Tissue-specific activities of C. elegans DAF-16 in the regulation of lifespan. Cell. 115 (4), 489-502 (2003).
  23. Keith, S. A., Amrit, F. R., Ratnappan, R., Ghazi, A. The C. elegans healthspan and stress-resistance assay toolkit. Methods. 68 (3), 476-486 (2014).
  24. Scerbak, C., Vayndorf, E. M., Hernandez, A., McGill, C., Taylor, B. E. Mechanosensory neuron aging: Differential trajectories with lifespan-extending alaskan berry and fungal treatments in Caenorhabditis elegans. Frontiers in Aging Neuroscience. 8, 173 (2016).
  25. Vayndorf, E. M., et al. Morphological remodeling of C. elegans neurons during aging is modified by compromised protein homeostasis. npj Aging and Mechanisms of Disease. 2, 16001 (2016).
  26. Murakami, S., Johnson, T. E. A genetic pathway conferring life extension and resistance to UV stress in Caenorhabditis elegans. Genetics. 143 (3), 1207-1218 (1996).
  27. Abbas, S., Wink, M. Green Tea Extract Induces the Resistance of Caenorhabditis elegans against Oxidative Stress. Antioxidants (Basel). 3 (1), 129-143 (2014).
  28. Yanase, S., Hartman, P. S., Ito, A., Ishii, N. Oxidative stress pretreatment increases the X-radiation resistance of the nematode Caenorhabditis elegans. Mutation Research. 426 (1), 31-39 (1999).
  29. Chung, K., Crane, M. M., Lu, H. Automated on-chip rapid microscopy, phenotyping and sorting of C. elegans. Nature Methods. 5 (7), 637-643 (2008).

Play Video

Cite This Article
Hunter, S., Maulik, M., Scerbak, C., Vayndorf, E., Taylor, B. E. Caenorhabditis Sieve: A Low-tech Instrument and Methodology for Sorting Small Multicellular Organisms. J. Vis. Exp. (137), e58014, doi:10.3791/58014 (2018).

View Video