DNA-Elektrophorese mit Thiazole Orange statt Interkalation Bromid oder Alternative Farbstoffe

Summary

Hier präsentieren wir Ihnen ein Protokoll zur Thiazole orange für den Nachweis von DNA in Gel-Elektrophorese Experimente verwenden. Die Verwendung von Thiazole Orange ermöglicht Beseitigung der Interkalation Bromid und Fluoreszenz-Detektion mit UV oder blaues Licht erreicht werden.

Abstract

DNA Gelelektrophorese mit Agarose ist ein gemeinsames Tool im molekularbiologischen Labor, Trennung von DNA-Fragmenten durch Größe. Nach der Trennung ist DNA durch Färbung sichtbar gemacht. Dieser Artikel veranschaulicht, Thiazole orange Fleck DNA zu nutzen. Thiazole Orange im Vergleich zu gemeinsamen Färbung Methoden, insofern er empfindlich, kostengünstig, leicht erregbaren mit UV- oder blaues Licht (zum Beispiel Schäden zu verhindern) und sicherer als Interkalation Bromid. Labs bereits ausgestattet, um DNA Elektrophorese Experimente mit Interkalation Bromid laufen können in der Regel Farbstoffe mit keine zusätzlichen Änderungen in bestehenden Protokolle, mit UV-Licht zur Erkennung. Blaulicht-Erkennung zu Probe vermeiden kann zusätzlich mit einem Blaulicht-Quelle und Emission Filter erreicht werden. Labs bereits für Blaulicht-Erkennung ausgestattet können einfach Farbstoffe mit keine zusätzlichen Änderungen in bestehenden Protokolle.

Introduction

Der Zweck dieser Methode ist, DNA in Agarose-Gele mit Thiazole orange (bis) für Fluoreszenz-Detektion zu identifizieren. Wegen seiner niedrigen Kosten und günstige Sicherheitsprofil Thiazole Orange sehen möglicherweise besonderen Vorteil grundständige Lehre Labs und Forschungslabors Durchführung Molekularbiologie, insbesondere Verbindlichkeiten und Klonen.

Interkalation Bromid bleibt der am häufigsten verwendete Farbstoff für die Erkennung von DNA in Agarose-Gele. Dies ist vor allem, weil es sehr kostengünstig bezogen werden kann und erfordert nur Anregung mit UV-Licht zur Erkennung. Beide Interkalation Bromid und Thiazole Orange sind billi....

Protocol

1. Vorbereitung des Gels

Hinweis: Für allgemeine Gel-Elektrophorese-Protokolle, siehe auch Baujahr Lee Et Al. ¹⁴.

1. Mischen Sie Agarose (~ 1 % w/V, Prozentsatz variiert werden, für bestimmte Größe Trennungen) im Puffer (ca. 70 mL für ein Mini-Gel (8 x 7 cm)). Puffer sind häufig TAE (Tris-Acetat-EDTA, 40 mM Tris, 20 mM Acetat, 1 mM EDTA, pH-Wert ca. 8,6) oder FSME (Tris-Borat-EDTA, 90 mM Tris, 90 mM Borat, 2 mM EDTA, pH-Wert ca. 8,3)).
2. Hinzu kommt eine Endkonzentration von 1,3 μg/mL Thiazole orange.
   1. Lösen Sie Thiazole orange in DMSO zu einer 10.000 X Vorratslösung (13 mg/mL auf). Wäh....

Results

Thiazole Orange ermöglicht die Erkennung von DNA, ohne Verwendung von Interkalation Bromid und ohne Verwendung von DNA-schädigenden UV-Licht. Interkalation Bromid ist bekannt, mutagene, so vorteilhaft, aus dem Labor zu eliminieren sein kann. UV-Licht schädigt DNA und senkt Transformationseffizienz deutlich, während blaues Licht DNA nicht beschädigt wird. Nachweisgrenzen sind ähnlich zwischen Interkalation Bromid, Thiazole Orange und ein gemeinsames, blau-Licht – nachweisbar kommerzielle DNA-Farbstoff (

Discussion

Interkalation Bromid ist seit langem ein Standardwerkzeug in der molekularbiologischen Labor, trotz bekannten Toxizität. Es leidet auch unter UV-Licht, die die DNA schädigt, da es erkannt wird, erfordern. Thiazole Orange bietet eine kostengünstige Alternative zur Interkalation Bromid, sowie nützliche, aber teure kommerzielle Farbstoffe.

Die Vorteile von Thiazole Orange sind somit zwei-Fach. Thiazole Orange ist zunächst nur als Ersatz für die Interkalation Bromid einsetzbar. Gele können identis.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
2-log DNA-Leiter	New England Biolabs	N0469S
Agarose (Genetische Analysequalität)	Fisher	BP1356-100
Blaulicht-Taschenlampe	WAYLLSHINE (Amazon)	WAYLLSHINE Skalierbare blaue LED
ChemiDoc MP	Biorad	1708280
DMSO	Sigma-Aldrich	D8418
ethidium bromid	Fisher	BP1302-10	Zum Vergleich, nicht erforderlich für das Protokoll
Gel-Gerät (Owl Easy Cast)	Thermo Scientific	B1A
Qiagen Qiaquick Gel-Extraktionskit	Qiagen	28704
Safe Imager Viewing Glasses	Invitrogen	S37103	Notwendig für die Verwendung von Blaulicht-Taschenlampe.*
SafeImager 2.0 (Blaulicht-Transilluminator)	Invitrogen	G6600	Blaulicht-Taschenlampe kann als Alternative verwendet werden
SYBR Safe	Invitrogen	S33102	Zum Vergleich, nicht notwendig für Protokoll
TAE (Tris-Acetat-EDTA)	Corning	46-010-CM
Thiazol orange	Sigma-Aldrich	390062
*Brille ist auch im Lieferumfang von Invitrogen G6600 enthalten