Summary

Visualisierung von endogenen Mitophagie-Komplexen in Situ in menschlichen Pankreas-Betazellen unter Verwendung von Proximity Ligation Assay

Published: May 02, 2019
doi:

Summary

Dieses Protokoll skizziert eine Methode zur quantitativen Analyse der Mitophagie-Protein-Komplexbildung speziell in Beta-Zellen aus primären menschlichen Ischenproben. Diese Technik ermöglicht somit die Analyse der Mitophagie aus begrenztem biologischem Material, die in wertvollen menschlichen Betazellproben der Bauchspeicheldrüse entscheidend sind.

Abstract

Mitophagie ist ein wesentlicher mitochondrialer Qualitätskontrollweg, der für die Betazell-Bioenergetik der Pankreas-Islet entscheidend ist, um die Glukose-stimulierte Insulinfreisetzung zu fördern. Die Bewertung der Mitophagie ist eine Herausforderung und erfordert oft genetische Reporter oder mehrere komplementäre Techniken, die nicht leicht in Gewebeproben verwendet werden können, wie z. B. primäre menschliche Pankreasinseln. Hier zeigen wir einen robusten Ansatz zur Visualisierung und Quantifizierung der Bildung von wichtigen endogenen Mitophagiekomplexen in primären menschlichen Pankreasinseln. Mit der empfindlichen Näherungsligations-Assay-Technik zur Erkennung der Wechselwirkung der Mitophagieregler NRDP1 und USP8 sind wir in der Lage, die Bildung wesentlicher Mitophagiekomplexe vor Ort gezielt zu quantifizieren. Durch die Kopplung dieses Ansatzes zur Gegenfärbung des Transkriptionsfaktors PDX1 können wir Mitophagiekomplexe und die Faktoren quantifizieren, die die Mitophagie beeinträchtigen können, insbesondere innerhalb von Betazellen. Die von uns beschriebene Methodik überwindet den Bedarf an großen Mengen zellulärer Extrakte, die für andere Protein-Protein-Interaktionsstudien wie Immunpräzipitation (IP) oder Massenspektrometrie erforderlich sind, und ist ideal für wertvolle menschliche Isletproben, die in der Regel nicht in ausreichenden Mengen für diese Ansätze zur Verfügung. Darüber hinaus entfällt diese Methode die Notwendigkeit von Strömungsssierungstechniken, um Betazellen aus einer heterogenen Isletpopulation für nachgelagerte Proteinanwendungen zu reinigen. So beschreiben wir ein wertvolles Protokoll zur Visualisierung von Mitophagie, die für den Einsatz in heterogenen und begrenzten Zellpopulationen hochkompatibel ist.

Introduction

Pankreas-Betazellen produzieren das Insulin, das erforderlich ist, um eine normale Glukosehomöostase aufrechtzuerhalten, und ihr Versagen führt zur Entwicklung aller Formen von Diabetes. Beta-Zellen behalten eine robuste mitochondriale Fähigkeit, die Energie zu erzeugen, die erforderlich ist, um den Glukosestoffwechsel mit der Insulinfreisetzung zu koppeln. Kürzlich hat sich gezeigt, dass die Aufrechterhaltung der funktionellen mitochondrialen Masse von zentraler Bedeutung für die optimale Beta-Zellfunktion1,2,3ist. Um die funktionelle mitochondriale Masse aufrechtzuerhalten, verlassen sich Betazellen auf Qualitätskontrollmechanismen, um dysfunktionale, beschädigte oder alternde Mitochondrien zu entfernen4. Wir und andere haben zuvor gezeigt, dass Betazellen auf einer spezialisierten Form des mitochondrialen Umsatzes, genannt mitochondriale Autophagie (oder Mitophagie), beruhen, um die mitochondriale Qualitätskontrolle sowohl bei Nagetieren als auch bei menschlichen Inseln aufrecht zu erhalten1, 2,5. Leider gab es jedoch keine einfache Methode, um Mitophagie oder endogen exprimierte Mitophagiekomponenten in menschlichen Pankreas-Betazellen zu erkennen.

Wir haben vor kurzem gezeigt, dass die vorgelagerte Regulierung der Mitophagie in Betazellen auf der Bildung eines Proteinkomplexes beruht, der die E3-Ligase CLEC16A und NRDP1 und die Deubiquitinase USP81umfasst. NRDP1 und USP8 haben unabhängig gezeigt, mitophagie durch Maßnahmen auf den wichtigsten Mitophagie-Initiator PARKIN6,7beeinflussen. NRDP1 zielt auf PARKIN für Ubiquitination und Abbau, um Mitophagie6abzuschalten, und USP8 deubiquitiniert speziell K6-verknüpfte PARKIN, um seine Translokation zu Mitochondrien zu fördern7. Die Proximity Ligation Assay (PLA)-Technologie ist seit kurzem ein Fortschritt auf dem Gebiet der Proteininteraktionsbiologie8, die die Visualisierung endogener Proteininteraktionen in situ in einzelnen Zellen ermöglicht und nicht durch knappes Probenmaterial begrenzt wird. Diese Methode ist besonders verlockend für die menschliche Islet/Beta-Zellbiologie, aufgrund der geringen Verfügbarkeit von Proben, gekoppelt an die Notwendigkeit, physiologisch relevante Proteinkomplexe innerhalb heterogener Zelltypen zu verstehen.

Mit Dem PLA-Ansatz sind wir in der Lage, wichtige endogene Mitophagie-Komplexe in primären menschlichen Pankreas-Beta-Zellen und neuronalen Zelllinien zu beobachten und die Auswirkungen einer diabetogenen Umgebung auf den Mitophagieweg1zu demonstrieren. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass das übergeordnete Ziel dieses Protokolls darin besteht, spezifische Mitophagie-Proteinkomplexe in Geweben zu analysieren, die kein reichlichvorhandenes Material haben oder bei denen herkömmliche Protein-Interaktionsstudien nicht möglich sind.

Protocol

Die Verwendung von nicht identifizierten spenderhumanen Pankreasinseln erfolgt über eine Ausnahmedesweise des Institutional Review Board (IRB) und in Übereinstimmung mit der IRB-Richtlinie der University of Michigan. Menschliche Pankreasinseln wurden vom von NIH/NIDDK gesponserten Integrated Islet Distribution Program (IIDP) bereitgestellt. 1. Humane Insel Probenvorbereitung Einzelzelldissoziation Kultur menschliche Islet-Proben (4000–6000 Islet-Äquiv…

Representative Results

Wir führten erste Experimente in der MIN6-Pankreas-Beta-Zelllinie und der SH-SY5Y-Neuroblastom-Zelllinie SH-SY5Y durch, um sowohl die Spezifität der Antikörper als auch die visualisierten Proteinwechselwirkungen zu optimieren und zu bestätigen. MIN6-Zellen wurden mit 30.000 Zellen/ml auf Deckscheiben plattiert und für 48 h, SH-SY5Y-Zellen auf Abdeckungen mit 15.000 Zellen/ml plattiert und für 24 h haften gelassen. Das PLA-Protokoll wurde dann wie oben gefolgt, beginnend mit Schritt …

Discussion

Hier beschreiben wir einen einfachen und effizienten Ansatz zur Verwendung von NRDP1:USP8 PLA in Geweben/Zellen von Interesse, um die Bildung von vorgelagerten Mitophagie-Komplexen zu quantifizieren. Zuvor haben wir die Bildung des Mitophagiekomplexes CLEC16A-NRDP1-USP8 in pankreatischen Betazellen durch verschiedene Methoden bestätigt, darunter Co-Immunpräzipitationsexperimente, zellfreie Interaktionsstudien und in vitro sowie zellbasierte Ubiquitinationstests und demonstrierte, wie dieser Komplex regulierten mitophag…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Die Autoren würdigen die finanzielle Unterstützung von JDRF (CDA-2016-189 und SRA-2018-539), dem National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, National Institutes of Health (R01-DK-108921), der Familie Brehm und der Familie Anthony. Der JDRF Career Development Award an S.A.S. wird teilweise von der Danish Diabetes Academy unterstützt, die von der Novo Nordisk Foundation unterstützt wird.

Materials

0.25% trypsin-EDTA 1X Life Technologies 25200-056
Antibiotic-Antimycotic Life Technologies 15240-062
Block solution Homemade Use 1X PBS, add 10 % donkey serum, and 0.3% Triton X-100 detergent.
Buffer A Homemade To make 1L: Mix 8.8g NaCl, 1.2g Tris base, 500ul Tween-20, with 750mL ddH20. pH to 7.5 with HCl, and fill to 1L. Filter solution and store at 4C. Bring to RT before experimental use
Buffer B Homemade To make 1L: Mix 5.84g NaCl, 4.24g Tris base, 26g Tris-HCl with 500mL ddH20. pH to 7.5, and fill to 1L. Filter solution and store a 4C. Bring to RT before experimental use
Cy5-conjugated AffiniPure donkey anti-goat Jackson Labs 705-175-147
Detection Reagents Red Sigma- Aldrich DU092008-100RXN Kit containing: ligation solution stock (5X), ligase, amplification solution stock (5X) and polymerase.
DuoLink PLA probe anti-mouse MINUS Sigma- Aldrich DU092004-100RXN
DuoLink PLA probe anti-rabbit PLUS Sigma- Aldrich DU092002-100RXN
Fetal bovine serum
Goat polyclonal anti-PDX1 (clone A17) Santa Cruz SC-14664 RRID: AB_2162373
HEPES (1M) Life Technologies 15630-080
MIN6 pancreatic cell line Gift from D. Stoffers Mouse insulinoma cell line, utilized for cell-based assays.
Mouse monoclonal anti-USP8 antibody (clone US872) Sigma- Aldrich SAB200527
Pap-pen Research Products International 195505
Parafilm Use to seal antibody and probe solutions on your cells to prevent evaporation when using small solution volumes.
PBT (phosphate buffered saline with triton) Homemade To make 50mL: 43.5mLddH2O, 5mL 10X PBS, 0.5mL 10X BSA(100mg/mL solution), 1mL 10% triton X-100 solution in ddH20)
Penicillin-Streptomycin (100X) Life Technologies 15140-122
Phosphate buffered saline, 10X Fisher Scientific BP399-20
PIM(ABS) Human AB serum Prodo Labs PIM-ABS001GMP
PIM(G) (glutamine) Prodo Labs PIM-G001GMP
PIM(S) media Prodo Labs PIM-S001GMP
PR619 Apex Bio A812
Prolong Gold antifade reagent with DAPI Life Technologies (Molecular Probes) P36935
Rabbit polyclonal anti-FLRF/RNF41 (Nrdp1) Bethyl Laboratories A300-049A RRID: AB_2181251
SH-SY5Y cells Gift from L. Satin Human neuroblastoma cell line, utilized for cell-based assays.
Sodium Pyruvate (100X) Life Technologies 11360-070
Triton X-100 Fisher Scientific BP151-100
Tween-20 Fisher Scientific BP337-100
Water for RNA work (DEPC water) Fisher Scientific BP361-1L

References

  1. Pearson, G., et al. Clec16a, Nrdp1, and USP8 Form a Ubiquitin-Dependent Tripartite Complex That Regulates beta-Cell Mitophagy. Diabetes. 67 (2), 265-277 (2018).
  2. Soleimanpour, S. A., et al. The diabetes susceptibility gene Clec16a regulates mitophagy. Cell. 157 (7), 1577-1590 (2014).
  3. Kaufman, B. A., Li, C., Soleimanpour, S. A. Mitochondrial regulation of β-cell function: Maintaining the momentum for insulin release. Molecular Aspects of Medicine. , (2015).
  4. Hattori, N., Saiki, S., Imai, Y. Regulation by mitophagy. The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 53, 147-150 (2014).
  5. Soleimanpour, S. A., et al. Diabetes Susceptibility Genes Pdx1 and Clec16a Function in a Pathway Regulating Mitophagy in beta-Cells. Diabetes. 64 (10), 3475-3484 (2015).
  6. Zhong, L., Tan, Y., Zhou, A., Yu, Q., Zhou, J. RING Finger Ubiquitin-Protein Isopeptide Ligase Nrdp1/FLRF Regulates Parkin Stability and Activity. Journal of Biological Chemistry. 280 (10), 9425-9430 (2005).
  7. Durcan, T. M., et al. USP8 regulates mitophagy by removing K6-linked ubiquitin conjugates from parkin. The EMBO Journal. 33 (21), 2473-2491 (2014).
  8. Gauthier, T., Claude-Taupin, A., Delage-Mourroux, R., Boyer-Guittaut, M., Hervouet, E. Proximity Ligation In situ Assay is a Powerful Tool to Monitor Specific ATG Protein Interactions following Autophagy Induction. PLoS ONE. 10 (6), e0128701 (2015).
  9. Silva Xavier, D. a., G, The Cells of the Islets of Langerhans. Journal of Clinical Medicine. 7 (3), 54 (2018).
  10. Steiner, D. J., Kim, A., Miller, K., Hara, M. Pancreatic islet plasticity: Interspecies comparison of islet architecture and composition. Islets. 2 (3), 135-145 (2010).
  11. Cabrera, O., et al. The unique cytoarchitecture of human pancreatic islets has implications for islet cell function. Proceedings of the National Academy of Sciences. 103 (7), 2334 (2006).
  12. Brissova, M., et al. Assessment of Human Pancreatic Islet Architecture and Composition by Laser Scanning Confocal Microscopy. Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 53 (9), 1087-1097 (2005).
  13. Babu, D. A., Deering, T. G., Mirmira, R. G. A feat of metabolic proportions: Pdx1 orchestrates islet development and function in the maintenance of glucose homeostasis. Molecular Genetics and Metabolism. 92 (1), 43-55 (2007).
  14. Poitout, V., et al. Glucolipotoxicity of the pancreatic beta cell. Biochimica Biophysica Acta. 1801 (3), 289-298 (2010).
  15. Pearson, G., Soleimanpour, S. A. A ubiquitin-dependent mitophagy complex maintains mitochondrial function and insulin secretion in beta cells. Autophagy. 14 (7), 1160-1161 (2018).
  16. Li, J., et al. Single-cell transcriptomes reveal characteristic features of human pancreatic islet cell types. EMBO Reports. 17 (2), 178-187 (2016).
  17. DiGruccio, M. R., et al. Comprehensive alpha, beta and delta cell transcriptomes reveal that ghrelin selectively activates delta cells and promotes somatostatin release from pancreatic islets. Molecular Metabolism. 5 (7), 449-458 (2016).
  18. Lawlor, N., et al. Single-cell transcriptomes identify human islet cell signatures and reveal cell-type–specific expression changes in type 2 diabetes. Genome Research. 27 (2), 208-222 (2017).
  19. Dorrell, C., et al. Human islets contain four distinct subtypes of β cells. Nature Communications. 7, 11756 (2016).
  20. Dorrell, C., et al. Isolation of major pancreatic cell types and long-term culture-initiating cells using novel human surface markers. Stem Cell Research. 1 (3), 183-194 (2008).
  21. Jayaraman, S. A novel method for the detection of viable human pancreatic beta cells by flow cytometry using fluorophores that selectively detect labile zinc, mitochondrial membrane potential and protein thiols. Cytometry Part A. 73 (7), 615-625 (2008).
  22. Arda, H. E., et al. Age-Dependent Pancreatic Gene Regulation Reveals Mechanisms Governing Human ß-Cell Function. Cell Metabolism. 23 (5), 909-920 (2016).
  23. Allen, G. F. G., Toth, R., James, J., Ganley, I. G. Loss of iron triggers PINK1/Parkin-independent mitophagy. EMBO Reports. 14 (12), 1127-1135 (2013).
  24. Villa, E., Marchetti, S., Ricci, J. -. E. No Parkin Zone: Mitophagy without Parkin. Trends in Cell Biology. , (2018).

Play Video

Cite This Article
Pearson, G., Soleimanpour, S. A. Visualization of Endogenous Mitophagy Complexes In Situ in Human Pancreatic Beta Cells Utilizing Proximity Ligation Assay. J. Vis. Exp. (147), e59398, doi:10.3791/59398 (2019).

View Video