Summary
Bu protokol, cilt fibroblastlarının miyoblastlara dönüşümünü ve farklılaşmalarını miyotüplere açıklar. Hücre hatları nöromüsküler bozukluğu olan hastalardan türetilmiştir ve patolojik mekanizmaları araştırmak ve terapötik stratejileri test etmek için kullanılabilir.
Abstract
Kas distrofilerinde hem patofizyoloji hem de terapötik hedeflerle ilgili araştırmalar, insan miyoblastlarının sınırlı proliferatif kapasitesi ile engellenmiştir. Birkaç fare modeli oluşturulmuştur, ancak bunlar hastalığın insan fizyopatolojisini gerçekten temsil etmez veya insanlarda bulunan geniş mutasyon spektrumunu temsil etmez. İnsan birincil mioblastlarının ölümsüzleştirilmesi bu sınırlamaya bir alternatiftir; bununla birlikte, hala invaziv olan ve kolayca bulunmayan kas biyopsilerine bağlıdır. Buna karşılık, cilt biyopsilerinin elde etmesi daha kolaydır ve hastalara daha az invazivdir. Cilt biyopsilerinden elde edilen fibroblastlar ölümsüzleştirilebilir ve miyoblastlara dönüştürülerek mükemmel miyojenik potansiyele sahip bir hücre kaynağı sağlanabilir. Burada fibroblast'ın hızlı ve doğrudan yeniden programlanma yöntemini miyojenik bir soyun içine açıklıyoruz. Fibroblastlar iki lentivirüs ile transdüklenir: birincil kültürü ölümsüzleştirmek için hTERT ve doksiksin eklenmesi üzerine fibroblastların myoblastlara dönüştürülmesini ve daha sonra geç farklılaşma belirteçlerini ifade eden olgun myotube'ları indükleyen tet-indükleyici bir MYOD. Bu hızlı transdifferentiation protokolü patolojik mekanizmaları araştırmak ve nöromüsküler bozukluklar için yenilikçi gen bazlı veya farmakolojik biyoterapileri araştırmak için güçlü bir aracı temsil eder.
Introduction
Doğrudan insan dokularından elde edilen hücresel modeller, orijinal genomik bağlama sahip olmanın ve çoğu durumda hastalarda gözlenen aynı moleküler ve hücresel ayırt edici özelliklerin yeniden üretilmesinin avantajıyla birçok insan genetik bozukluğunu modellemek için yararlıdır. Nöromüsküler bozukluklar alanında, kas biyopsileri insan mioblastlarının büyük bir kaynağı olmuştur ve patolojik mekanizmaların aydınlatılmasında yardımcı olmuştur. Ek olarak, ilaçların ve gen tedavilerinin in vivo testi için önemli bir araçtır. Bir yandan, miyeoblastların kas parçalarından türetimi nispeten kolaydır. Öte yandan, birincil mioblastların kültürü ve bakımı, sınırlı çoğalma oranları ve replikatif senescence in vitro1nedeniyle zordur. Bu sınırlamalar için bir alternatif, myoblastları insan telomerinin (hTERT) ve / veya sikline bağımlı kinaz 4 (CDK4) genlerinin yerleştirilmesi ile ölümsüzleştirmektir2,3, iskelet kası özelliklerinin korunması ile4. Bununla birlikte, primer mioblastların obtensiyonu hala hastalara dezavantajları olan ve çoğu durumda kasları ileri dejenerasyonda olan cerrahi bir prosedür olan kas biyopsisine bağlıdır. Bu nedenle, bu hastaların kasları fibrotik ve/veya yağ dokusunun önemli bir kısmından oluşur ve daha az kas hücresi vererek hücrelerin daha önce ölümsüzleşmeye arındırılmasını gerektirir.
Kas biyopsilerinin aksine cilt biyopsileri daha erişilebilirdir ve hastalar için daha az zararlıdır. Primer fibroblastlar in vitrocilt parçalarından türetilebilir. Fibroblastlar öncelikle nöromüsküler bozukluklara neden olan mutasyonlardan etkilenmeseler de, miyoblastlara transdinafferentiated olabilirler. Bu, miyojenik düzenleyici transkripsiyon faktörü5olan Myod geninin yerleştirilmesiyle elde edilebilir. Bu yazıda, fibroblast kültürlerinin kurulmasından farklılaştırılmış miyotütlerin itaatine kadar transdiferansitasyonlu miyeoplastlar elde etme protokolünü açıklıyoruz (yöntemin temsili bir özeti Şekil 1'detasvir edildi).
Terapötik stratejilerin klinik öncesi testleri, insan hastalarda bulunan mutasyonlara benzer mutasyonlar taşıyan hücresel ve hayvan modellerine bağlıdır. Hayvan modellerinin geliştirilmesi CRISPR/Cas96gibi gen düzenleme teknolojilerinin ilerlemesiyle daha uygulanabilir hale gelmesine rağmen, hala zorlu ve maliyetlidir. Bu nedenle, hasta kaynaklı hücre hatları, Duchenne kas distrofisi (DMD) gibi hastalığın geniş mutasyon spektrumunu kapsayan modellere sahip olmak için erişilebilir bir seçenektir. Hücre modellerinin geliştirilmesi ve oluşturulması, bu tür patolojiler için kişiselleştirilmiş tedavilerin geliştirilmesi için çok önemlidir.
Araştırılan kişiselleştirilmiş tedaviler arasında, ekson atlama stratejileri farklı kas distrofileri için umut verici olanlardan biridir7,8. Bu strateji daha kısa ama fonksiyonel bir protein üretmekten oluşur. Bu, spliceosome'a ekson tanımı gizlenerek gerçekleştirilir, bu nedenle mutasyona uğramış ekson son haberciden hariç tutulur. Bu, DMD için FDA tarafından onaylanan çok umut verici bir teknolojidir. Bu nedenle, bu protokolde miyeoplastları iki farklı ekson atlama ile dönüştürme yöntemlerini de açıklıyoruz: antisense oligonükleotidler (AON) ve U7snRNA-adeno ilişkili virüs (AAV). AON transfection, ekson atlamayı teşvik etmek için tasarlanmış çeşitli dizilerin ilk gösterimi için iyi bir araçtır9. Ancak, AON'lerin etkinliği geçicidir. Antisense dizilerinin sürekli bir ifadesini elde etmek için, AAV ile birlikte küçük nükleer RNA'ları (snRNA'lar) araştırdık, nükleer lokalizasyona ve birleştirme makinelerine dahil edilmesine izin verdik10. U7, histone mRNA'nın işlenmesinde yer alan ve onu spliceosome'a yönlendirecek ve antisense dizileri sunacak proteinleri bağlamak için tasarlanmış birsnRNA'dır 11. Değiştirilmiş U7 snRNA'larının AAV vektörleri ile birlikte kullanılması, AON'lerin sürekli bir ifadesi ve ilgi çekici dokuların daha iyi transdüksiyonu ile sonuçlanan AON sınırlamalarının üstesinden gelir12. Ekson atlama stratejisini göstermek için bu protokol için DMD hastalarından elde edilen hücreleri kullanıyoruz.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Tüm deneyler ve biyopsiler, Ülke Çapında Çocuk Hastanesi Kurumsal İnceleme Kurulu'nun onayı altında ilgili kurumların etik kurallarına uyularak gerçekleştirildi.
1. Dermal fibroblast kültürünün başlatılması
- Fibroblast kültürünün kurulması
- 15 mL konik tüplerde aliquot10mL fibroblast ortamı ( Tablo 1 ). Cilt biyopsisi bu ortama yerleştirilecek ve taşınmalıdır. Biyopsi, aynı gün tercihen işlenene kadar 4 °C'de saklanabilir.
NOT: Potansiyel kontaminasyon büyümesini önlemek için cilt biyopsisini 24-36 saat içinde kullanın. - Ortamı tüpten epire edin ve biyopsiyi 10 mL 1X PBS (oda sıcaklığı) ile üç kez durulayın. Üçüncü yıkamadan sonra PBS'yi tüpte bırakın.
- PBS'yi ve cildi 10 cm2'lik bir tabağa dökün.
- Steril neşterler kullanarak biyopsiyi mümkün olduğunca küçük parçalar halinde kesin.
- Bir pipet kullanarak, tek bir cilt parçasını aktarın ve temiz bir 10 cm2 kabına bırakın. Yemek başına 10 ila 12 parça yerleştirin.
- Pbs'in fazlalığını her parçanın etrafından epire edin. Parçayı aspire etmemeye dikkat edin.
- Bulaşıkları kısmen kapakla örtün ve cilt parçalarının 5-20 dakika kurumasını bekleyin. Parçaların aşırı kurumasına izin vermeyin.
- Parçalar kuruduktan sonra, kabı 45 derecede eğin ve yavaşça köşeye 12 mL fibroblast ortamı ekleyin. Çanağı 2007'den aşağı 2007'den bularak, parçaların medya tarafından kaldırılmaması için medyayı dikkatlice dağıtın.
- Bulaşıkları inkübatöre yerleştirin (37 °C, %5 CO2). Medyayı 5-7 gün içinde ve haftada bir kez değiştirin.
- Parçadan çıkan fibroblastları gözlemleyin (Şekil 2) ve bir kez birleştiğinde, hücreleri 75 cm2 şişeye geçin. Ortamı çıkarın, hücreleri PBS ile durulayın ve % 1 mL 0,25 trypsin ekleyin. 37 °C'de 5 dakika veya tüm hücreler kaldırılana kadar kuluçkaya yatır. Tripsin inhibe etmek ve hücreleri yeni bir şişeye aktarmak için 10 mL fibroblast büyüme ortamı ekleyin.
NOT: Geçiş numarası isimlendirmesi için P1, deri biyopsisinden çıkan ilk fibroblastlar çoğalmak üzere yeni bir şişeye aktarıldığında kurulur.
- 15 mL konik tüplerde aliquot10mL fibroblast ortamı ( Tablo 1 ). Cilt biyopsisi bu ortama yerleştirilecek ve taşınmalıdır. Biyopsi, aynı gün tercihen işlenene kadar 4 °C'de saklanabilir.
- Birincil fibroblast çizgilerinin kriyoprezervasyonu
- 75 cm2 şişe birleştiğinde, 10 mL 1X PBS ile durulayın ve PBS'yi aspire edin.
- Hücre yüzeyine % 0,25 tripsin 3 mL ekleyin. Şişeyi 5 dakika boyunca inkübatöre yerleştirin. Hücrelerin kaldırılıp kaldırılmadığını görmek için mikroskop altındaki şişeleri kontrol edin. Değilse, şişeyi 5 dakika daha inkübatöre geri yerleştirin.
- Hücreler ayrıldıktan sonra, şişeye 7 mL fibroblast ortamı ekleyin ve hücreleri yeniden gerçekleştirmek için yukarı ve aşağı pipet ekleyin. Hücreleri 50 mL konik bir tüpe toplayın.
- 100 μL'lik trippan mavisi aliquot hazırlayın ve kriyoprezerserved olan numuneden 100 μL çıkarın, trippan mavisi ile karıştırın. Saymak için karışımı hemositometreye yükleyin. Mikroskop altında hemositometrenin dört farklı alanında hücreleri sayın. Toplam hücre sayısını hesaplamak için şu formülü kullanın: (sayılan hücreler/100) * kültür hacmi.
- Konik tüpleri oda sıcaklığında veya 4 °C'de 10 dakika boyunca 300 x g'da döndürün.
- Ortamı aspire edin ve hücreleri yeterli donma ortamı hacminde yeniden biriktirin: her 1 milyon hücre/şişe başına 1 mL. Homojenize etmek ve etiketli her cryovial'a 1 mL dağıtmak için pipet yukarı ve aşağı.
- Şişeleri dondurma kutusuna yerleştirin ve şişelerin bir gecede -80 °C dondurucuda 1 °C/dk hızında donmasını bırakın.
- Ertesi gün şişeleri sıvı bir azot tankına veya -150 °C dondurucuya aktarın.
2. FibroMyoblasts (FM) hücre hattının kurulması
- Tohum birincil fibroblastları, ertesi gün yaklaşık% 50 izne sahip olmak için 12 kuyulu bir plakanın iki kuyusunda(2 x 10 4 hücre / kuyu) izdiahın yaklaşık% 30'undadır.
- Lentiviral transdüksiyon için, 400 μL fibroblast ortamında hTERT-puromycin lentivirus'un 2 ila 5 x 109 vg'lik (viral genom parçacıkları) ekleyin. İkinci kuyuya sadece 400 μL fibroblast ortamı ekleyin. Ertesi gün 1 mL ortam ekleyin.
NOT: Lentivirüs üretimi için plazmidler Chaouch ve ark. Ayrıca, MyoD plazmid tasarımı için kullanılan Tet-on sistemi için hTERT plasmid ve Barde ve diğerleriiçin 200713, Aure veark. Genethon, Fransa ile yapılan Malzeme Transfer Anlaşması sayesinde elde edildiler (lütfen bu plazmidleri elde etmek için Dr. Vincent Mouly ile iletişime geçin - vincent.mouly@upmc.fr). Kısaca, hTERT bir CMV promotörü tarafından tahrik edilen hTERT varyant 1'den oluşurken, puromycin bir PGK promotörü tarafından tahrik edilir. MyoD plazmid, represör rtTA2'nin kontrolü altındaki bir CMV promotörü tarafından tahrik edilen bir MyoD varyantı 1 içerir. Bu plazmid ayrıca SV40 promotörü sayesinde ifade edilen hygromycin seçimini de içerir.
Lentivirüsler düzenli lentiviral üretim kullanılarak üretildi (bkz. Wang ve McManus JoVe protokolü15). Kısaca, MDL-helper, Rev-Helper, SVS-G-helper, hTERT veya MyoD plazmidlerinin kalsiyum klorür yağışı yoluyla trans enfekte edildi. 48 saat sonra, süpernatant toplandı ve daha sonra üç gün daha. Tüm süpernatantlar daha sonra ultrasantrifüjleme ile yoğunlaştı. Pelet daha sonra Tris-HCL +NaCl+EDTA arabelleğine yeniden kaldırıldı. Titer tahmini standart lentivirüs qPCR tahlili ile değerlendirildi. - Bir veya iki gün sonra, hücreleri 6 kuyulu bir tabağa aktarın ve% 60-70 izdihama ulaşana kadar yetiştirin.
- Fibroblast ortamını 1 μg/mL puromycin ile destekleyin ve her kuyuya 2 mL ekleyin.
- Kontrol kuyusundaki tüm hücreler ölene kadar (12 güne kadar) hücreleri seçim altında tutun ve her 2-3 günde bir ortam değiştirin. Daha fazla çoğalma için hücreleri 6 kuyulu plakadan iki adet 10 cm2 tabağa alın.
- Seçimden sonra fibroblast şişelerini dondurun. F(hTer) olarak etiketle.
- Tohum hTERT ifade fibroblastları (F(hTer)) fibroblast ortamında yaklaşık% 30 izdihamda, 12 kuyulu bir plakanın iki kuyusunda, ertesi gün yaklaşık% 50 izdihama sahip olmak.
- Lentivirüs transdüksiyon için, 400 μl fibroblast ortamında 2 ila 5 x10 9 vg MyoD-hygromycinB lentivirus karıştırın ve ilgili kuyulara ekleyin; üçüncü kuyuya 400 μl fibroblast ortamı ekleyin. Ertesi gün 1 mL orta ekleyin.
- Bir veya iki gün sonra hücreleri 6 kuyulu bir tabağa aktarın ve% 60-70 izdihama kadar büyüyün.
- Fibroblast büyüme ortamını higromisinin B (400 μg/mL) ile tamamla ve her kuyuya 2 mL ekleyin.
- Kontrol kuyusundaki tüm hücreler ölene kadar (12 güne kadar) hücreleri seçim altında tutun ve her 2-3 günde bir ortam değiştirin.
- Seçimden sonra fibroblast şişelerini dondurun. FM olarak etiket ve ardından hücre kimlik numarası/adı.
3. Transdifferentiation protokolü
- Tohum, FM'i% 30-40 izdihamla 10 cm2 tabağa aktarır. 12 kuyulu bir tabakta, tohum 6 x 104 hücre (bu bireysel hücre hattına bağlıdır).
NOT: İmmünasyon için, matrigel ile kaplanmış cam örtülere veya oda kaydıraklarına tohum hücreleri. Matrigel'i 1:10'da DMEM ortamında seyreltin, yüzeyi kaplayacak kadar bir hacim ekleyin ve slaytların bir saat oda sıcaklığında oturmasına izin verin. Hücreleri tohumlamadan hemen önce aspire edin. - Myoblasts indüksiyonu için, fibroblastlar% 70 izdihama ulaştığında (Şekil 3A), hücre yüzeyini PBS ile durulayın ve taze 8 μg / mL doksiklin ile desteklenmiş taze miyoblast ortamı ekleyin.
NOT: Farklılaşmanın başarısı %80'lik bir aradan sonra tehlikeye girer. - İki ila üç gün sonra, hücreler% 90-95 birliktedir ve morfolojileri değişmiş olacaktır (Şekil 3B). Hücre yüzeyini PBS ile durulayın ve taze 8 μg/mL doksiksin ile desteklenmiş taze farklılaşma ortamı ekleyin.
- Miyotütler kurulana kadar her 2-3 günde bir medya değiştirmeye devam edin (morfoloji ile onaylayın) (Şekil 3C).
- Miyotube farklılaşmasına başladıktan yedi ila on gün sonra, hücreler tamamen farklılaştırılmalı ve kopmaya veya ölmeye başlayabilir. Bu olmadan önce, daha fazla analiz için miyotüpleri hasat edin.
NOT: Miyotüt oluşumunun zaman seyri hücre hattına bağlıdır. Kasla ilişkili proteinlerdeki mutasyonlar miyojenik potansiyeli etkileyebilir. Miyotüpler parlak görünmeye ve sınırlarda beyaz görünmeye başladığında, ayırmaya başladıkları bir sinyaldir (Şekil 4). - Miyotüpleri toplamak için medya toplayın ve 50 mL konik bir tüpe aktarın. Ortam, ayrılmış miyotüpler içerebilir.
- Miyotütleri 5 mL PBS ile durulayın ve PBS'yi 50 mL tüpe aktarın.
- Hücre yüzeyine % 0,25 tripsin 3 mL ekleyin. Yemeği 5 dakika boyunca inkübatöre yerleştirin. Hücrelerin kaldırılıp kaldırılmadığını görmek için mikroskop altındaki kabı kontrol edin. Değilse, 5 dakika daha inkübatöre geri yerleştirin.
- Hücreler ayrıldıktan sonra, çanağa 7 mL fibroblast ortamı ekleyin ve hücreleri yeniden çıkarmak için pipet yukarı ve aşağı ekleyin. Hücreleri 50 mL konik tüpe toplayın.
- 4 °C'de 7 dakika boyunca 1.200 x g'da santrifüj.
- Peletin rahatsız etmeden sıvıyı dikkatlice epire edin. Peletleri bir sonraki işleme kadar -80 °C'de saklayın.
4. Farklılaştırılmış miyotüplerin immünostaining
NOT: İmmün yetinme için, hücreleri yukarıda belirtildiği gibi cam kapaklarda veya oda slaytlarında büyütün.
- Miyotube'lar tamamen farklılaştıktan sonra, ortamı aspire edin ve slaytları PBS ile dikkatlice durulayın. PBS'i aspire edin.
- Taze %4 PFA (12 kuyu plakasının kuyusu başına 500 μL) ekleyin ve oda sıcaklığında 10 dakika kuluçkaya yatırın. PFA'yı aspire edin.
- 1 mL PBS ile durulayın.
- Oda sıcaklığında 0,2 M glisin ile 10 dakika kuluçkaya yatır. Glisini aspire edin.
- PBS% 0.5 TritonX-100 (12 kuyu plakasının 300 μL / kuyusu) ile hafif ajitasyon ile 10 dakika boyunca permeabilize edin.
- Nazik ajitasyon ile 10 dakika boyunca 300 μL / iyi bloklama çözeltisi ile blok.
- Oda sıcaklığında 2 saat boyunca, hafifçe sallanarak, 300 μL blokaj çözeltisinde 1:50 seyreltilmiş birincil antikorla kuluçkaya yatırın.
- 5 dakika boyunca 1 mL / kuyu PBS ile üç kez durulayın, hafifçe sallayın.
- İkincil antikor ile 300 μL blokaj çözeltisinde 1:500 seyreltilmiş, oda sıcaklığında 1 saat boyunca hafifçe sallanarak kuluçkalayın. Plakayı alüminyum folyo ile örtün.
- 5 dakika boyunca 1 mL / kuyu PBS ile üç kez durulayın, hafifçe sallayın.
- PBS'de 10 dakika seyreltilmiş DAPI ile kuluçkaya yatır. 1 mL/kuyu PBS ile üç kez durulayın.
- Cam slayda bir damla montaj ortamı ekleyin. Kapak kapağını uzunlatır ve montaj ortamının damlasına yüzüstü yerleştirin.
- Slaytı bir kağıt havluya ters çevirin ve kabarcıkları ve montaj ortamının fazlalığını gidermek için hafifçe bastırın.
- Slaytları oje ile kapatın ve görüntülemeye kadar 4 °C'de saklayın.
5. Antisense oligonükleotid transfeksiyon
NOT: Aşağıdaki protokol 6 kuyulu bir plakanın transfection içindir. Daha küçük veya daha büyük plakalar için hacimleri buna göre ayarlayın. Transfeksiyon, hücreler farklılaşma adımına hazır olduğunda% 100 birikme mioblastlarında yapılır.
- Myoblast büyüme medyasını epire edin ve hücreleri 1 mL PBS ile durulayın.
- 500 μL/kuyu OptiMEM ortamı ekleyin ve 37 °C'de 1 saat kuluçkaya yatırın.
- Antisense oligonükleotidini (AON) 100 μL OptiMEM'de istenen son konsantrasyona (yani 50 nM, 100 nM, 200 nM, 500 nM) seyreltin. Oda sıcaklığında 5 dakika kuluçkaya yatır.
NOT: Bu protokol 2'ometil-fosforothioate AON'ler için optimize edilmiştir. - Lipofeklamini OptiMEM (100 μL'lik son hacim) ile karıştırarak 1:1 (μg DNA: μL lipofectamin) nihai oranını verin. Oda sıcaklığında 5 dakika kuluçkaya yatır.
- Seyreltilmiş lipofeklamin ile seyreltilmiş AON'ı birleştirin. Pipetleme ile hafifçe karıştırın ve karmaşık oluşuma izin vermek için oda sıcaklığında 20 dakika kuluçkaya yatırın. Hava kabarcıklarından kaçının.
- İlgili kuyulara 200 μL lipofeklamin ve AON karışımı ekleyin. Hücreleri gece boyunca 37 °C, %5 CO2'dekuluçkaya yatırın.
- Ertesi gün transfeksiyon karışımını çıkarın ve doksiksin ile desteklenmiş 2 mL sıcak farklılaşma ortamı ekleyin.
- Hücreleri en az üç gün sonra RNA ekstraksiyonu için veya protein analizi durumunda yedi ila 21 gün toplayın.
NOT: RNA ve/veya protein ekspresyonunu tespit etmek için gerekli farklılaşma günleri, ilgi genine veya hücre çizgisine göre değişebilir. Durumunda DMD, mRNA'sını üç gün içinde tespit etmek mümkündür. Distrofin proteini tespiti en az yedi gün sürer. Bu, hücre hattına bağlı olarak değişir. Yüksek konsantrasyonlarda AON ve transfeksiyon reaktifi transdifferentiasyonu etkileyebilir.
6. AAV1-U7 transdüksiyonu
NOT: Bu protokol 6 kuyulu plakalar için optimize edilmiştir. Hacimleri kültür yüzey alanına orantılı olarak ayarlayın. Transdüksiyon, hücreler farklılaşma adımına hazır olduğunda% 100 birikmiş mioblastlarda yapılır. AAV1, kültürlü mioblastların en iyi transdüksiyon kapasitesine sahip AAV serotiptir.
- Myoblast büyüme ortamını epire edin ve hücreleri 1 mL PBS ile durulayın.
- 0.5-1 x 1011 viral AAV1-U7 parçacıklarını doksiksin ile desteklenmiş 700 μL sıcak farklılaşma medyasında seyreltin.
NOT: Viral konsantrasyonu belirlemek için qPCR kullanıyoruz. Kullanılacak virüs miktarı nicelik yöntemine bağlı olarak değişebilir ve daha önce bir muhabir tahlili kullanılarak belirlenmelidir. - Viral karışımı homojen bir şekilde bırakarak kuyuya ekleyin.
- Ertesi gün, doksiksin ile desteklenmiş 1,3 mL sıcak farklılaşma ortamı ekleyin.
- Hücreleri en az üç gün sonra RNA ekstraksiyonu için veya protein analizi durumunda yedi ila 21 gün toplayın.
7. RNA ekstraksiyonu
NOT: Bu adım sırasında kullanılan tüm malzemeler RNase içermemelidir.
- Pelet başına 500 μL TRIzol ekleyin ve hücrelerin homojen bir şekilde lise olmasını sağlamak için birkaç kez yukarı ve aşağı borulayın.
- Hücre lysate'yi 1,5 mL'lik bir tüpe aktarın ve oda sıcaklığında 5 dakika inkübe edin.
- 100 μL kloroform ekleyin ve 15 sn boyunca manuel olarak çalkalayın. Oda sıcaklığında 5 dakika kuluçkaya yatır.
- 4 °C'de 15 dakika boyunca 12.000 x g'da santrifüj. Sulu fazı (üst bir) toplayın ve yeni bir 1,5 mL tüpe aktarın.
- Sulu fazın 1 hacmi için, % 100 1 hacim etanol ekleyin ve pipetleme ile karıştırın.
NOT: Kolon saflaştırma ve konsantrasyon öneririz. - Örneği bir toplama tüpündeki Zymo-Spin IC sütununa ve 30 sn için 12.000 x g'da santrifüje aktarın. Akışı atın.
- Sütun içi DNase I sindirimi için, sütunu 400 μL RNA Yıkama Tamponu ile önceden yıkayın. 30 sn için 12.000 x g'da santrifüj. Akışı atın.
- Numune başına 40 μL DNase reaksiyon karışımı hazırlayın. 5 μL DNase I'i 35 μL DNA Sindirim Tamponu ile karıştırın.
- Karışımı doğrudan sütun matrisine ekleyin. Oda sıcaklığında 15 dakika kuluçkaya yatır.
- Sütuna 400 μL RNA Hazırlık Tamponu ekleyin ve 30 sn için 12.000 x g'da santrifüj ekleyin. Akışı atın.
- Kolona 700 μL RNA Yıkama Tamponu ekleyin ve 30 s için 12.000 x g'da santrifüj ekleyin. Akışı atın.
- Kolona 400 μL RNA Yıkama Tamponu ekleyin ve yıkama tamponunun tamamen çıkarılmasını sağlamak için 2 dakika boyunca 12.000 x g'da santrifüj ekleyin. Sütunu RNase içermeyen 1,5mL tüpe dikkatlice aktarın.
- Sütun matrisine doğrudan 15 μL çekirdeksiz su ekleyin. 5 dakika kuluçkaya yatır ve 1 dakika boyunca 12.000 x g'da santrifüj.
NOT: Elde edilen RNA'yı toplayın ve verimi artırmak için sütuna tekrar uygulayın. 1 dakika boyunca 12.000 x g'da santrifüj. - Örnekleri buza yerleştirin ve örnekleri bir Nanodrop'ta ölçün.
- Numuneleri -80 °C'de saklayın.
8. RT-PCR analizi
NOT: Bu adımda, distrofin mRNA'nın ekspresyonunu tespit etmek için reaktiflerin bir önerisini sunuyoruz, ancak tercih edilen diğer reaktiflere kolayca uyarlanabilir.
- Ters transkripsiyon
- Tüm reaktifleri çözün ve buzda tutun.
- 4 μL 5x Reaksiyon Tamponu, 2 μL dNTP Mix (10 mM), 1 μL RiboLock RNase Inhibitörü ve 1 μL RevertAid RT ile bir karışım hazırlayın.
- Tüpü hafifçe karıştırın ve santrifüjü kısa bir süre karıştırın.
- 0,2 mL PCR tüplerinde, reaksiyon başına 1 μg'ye sahip olmak için yeterli RNA hacmini ekleyin. Nükleaz içermeyen su ekleyin q.s.p 12 μL. Negatif kontrol olarak ters transkriptaz olmadan bir tüp ve RNA yerine nükleaz içermeyen su içeren bir tüp ekleyin.
- Tüp başına 8 μL reaksiyon karışımı dağıtın. Toplam hacim 20 μL'dir.
- Tüpleri bir termosit içine yerleştirin ve 25 °C'de 5 dakika, ardından 42 °C'de 60 dakika kuluçkaya yatırın. Reaksiyonun 70 °C'de 5 dakika ısıtılmasıyla durdurun.
- Daha uzun depolama için tüpleri buza veya -20 °C'ye yerleştirin.
- Pcr
NOT: Eksons kavşaklarında tercihen astarlar tasarlayin.- Vortex yeniden reaktifleri ve kullanmadan önce aşağı döner.
- Numune başına 0,5 μL ileri astar (25 μM), 0,5 μL ters astar (25 μM), 12,5 μL 2x PCR Master Mix ve 8,5 μL çekirdeksiz su kullanarak bir ana karışım hazırlayın.
- Aliquot 22 μL ana karışım her örnek için bir tüp içine.
- İlgili PCR tüpüne 3 μL cDNA (150 ng) ekleyin. PCR negatif kontrol tüpüne 3 μL çekirdeksiz su ekleyin.
- Girdap ve PCR tüpleri aşağı döndürün.
- Tüpleri 95 °C'de 3 dakika, 95 °C'de 30 s, (Tm-5) °C'de 30 sn, 72 °C'de (1 dk/kb) 34 kez, 72 °C'de 5 dakika kuluçkaya yaslayın.
NOT: En uygun tavlama sıcaklığı ampirik olarak belirlenebilir. Önerilen ana karışım için astar erime sıcaklığından 5 °C çıkarın. - Agarose jel üzerine 12 μL PCR reaksiyonu yükleyin ve numuneleri -20 °C'de dondurun.
9. Batı Blotting tarafından distrofin ifadesinin tespiti
NOT: Bu protokol, büyük bir membran proteini olan distrofin için optimize edilmiştir. Farklı proteinler için özel koşullar gerekebilir.
- Protein ekstraksiyonu
- 7-21 günlük farklılaşmadan sonra, 100 μL 0,5 M EDTA ve 50 μL proteaz inhibitörleri ile 5 mL PBS ile hücreleri toplayın. Hücreler kopana kadar 37 °C'de kuluçkaya yaslanın. 4 °C'de 5 dakika boyunca 1.200 x g'da santrifüj. Tüpü sıvı nitrojene batırarak peletin dondurun. Peletin -80 °C'de saklayın veya liziz adımına geçin.
- Digitonin%1'ini, %1 proteaz inhibitörünü, %10 fosfataz inhibitörünü ve baz tamponu toplam hacme (hücre pelet başına 60 μL) ekleyerek lizis tamponu hazırlayın.
- Hücre peletine 60 μL lizis tamponu ekleyin, buz üzerinde. 5 sn için sonicate. 8 sn buzun üzerinde otur. Sonication ve dinlenme adımlarını iki kez tekrarlayın.
- Örnekleri 30 dakika boyunca buzda kuluçkaya yatır.
- 4 °C'de 20 dakika boyunca 14.000 x g'da santrifüj.
- Süpernatant temiz tüplere aktarın.
- Numuneleri, üretici talimatlarını izleyerek bicinchoninic acid (BCA) testine göre ölçün.
- Protein çözeltisini uygun hacimli Laemmli tamponu ile karıştırın. 100 μg'lik aliquots yapın. Gerekirse, tabanı liziz tamponu ile hacmi 25 μl'ye ayarlayın. Numuneleri -80 °C'de saklayın.
- Batı şişkinliği
- Buzdaki örnekleri eritin.
- Numuneleri 100 °C'de 5 dakika denatüre edin, sonra buzda soğutun, aşağı döndürün.
- 200 mL dH 2 O'da 20X Tris-asetat SDS çalışma tamponunu seyreltin ve500μL antioksidan ekleyin.
- Tarağı çıkararak ve dH2O ile durulayarak% 3-8 Tris-asetat poliakrilamid jelini hazırlayın. İç bölmeyi çalışan arabellekle doldurun.
- Jelde 5 μL protein merdiveni ve 25 μL numune yükleyin. Dış bölmeyi çalışan arabellekle doldurun.
- 4 °C'de 1 saat boyunca 80 V'ta çalıştırın. Sonra, 4 °C'de 2 saat için 120 V'ta.
- 150 mL 20X metanol, 150 mL 20X transfer tamponu ve 2.700 mL dH 2 O ile 3 L1Xtransfer tamponu hazırlayın.
- 4 adet filtre kağıdı ve bir parça nitroselüloz membran kesin. Kağıt filtreyi ve zarı transfer tamponlu bir tepsiye batırın.
- Jeli kasadan hafifçe çıkarın ve filtre kağıdı, membran ve süngerlerle transfer aparatında monte edin. Jel negatif tarafa, zar ise pozitif tarafa yerleştirilir.
- Transferi 300 mA'da çalıştırın, karıştırın, 4 °C'de, gece boyunca.
- Membranı oda sıcaklığında hafif ajitasyonla 1 saat boyunca 10 mL blokaj tamponunda engelleyin.
- 10 mL blokaj tamponu ve 50 μL distrofin antikoru (1:200) ile primer antikor çözeltisi hazırlayın.
- Engelleme tamponu atın ve birincil antikor çözeltisini ekleyin. Oda sıcaklığında en az 2 saat veya 4 °C'de gece boyunca hafif ajitasyonla kuluçkaya yatırın.
- Membranı% 0.1 Ara PBS ile üç kez, hafif ajitasyonla 5 dakika durulayın.
- 10 mL blokaj çözeltisi, 2 μL anti-tavşan antikor (1:5000) ve 20 μL% 0,2 Ara kullanarak ikincil antikor çözeltisi hazırlayın.
- membrana ikincil antikor çözeltisini ekleyin. Işıktan korumak için alüminyum folyo ile kaplı nazik ajitasyon ile 1 saat kuluçkaya yatın.
- Antikor çözeltisini atın ve membranı% 0.1 Ara PBS ile 3 kez durulayın, hafif ajitasyonla 5 dakika boyunca ışıktan korunun.
- Bir görüntüleme cihazındaki zarı pozlama ve görüntüleme.
- Toplam protein için membranı, üretici talimatlarına uyarak Revert 700 Total Protein lekesi ile lekelendirin.
NOT: Batı şişkinliği ile distrofin tespiti hastanın yaşına/mutasyonuna ve hücrenin yeterli distrofin biriktirmek için yeterli zaman kaynaşması ve bağlı kalabilmesine bağlıdır.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Bu protokol, insan derisinden türetilmiş fibroblast kültürlerinin nasıl kurulup mioblastlara ve daha sonra farklılaştırılmış miyotüplere nasıl dönüştürülür olduğunu göstermektedir. Bu tür hücre hattı nöromüsküler bozuklukların incelenmesi ve potansiyel tedavilerin in vitro testi için son derece yararlıdır.
Fibroblast dönüşümünün şematik bir gösterimi Şekil 1'de gösterilmiştir. Şekil 2A deriden bir parça ve ondan çıkan fibroblastları göstermektedir. Fibroblastlar izdihama ulaşıldığında yeni bir yemeğe geçirilmelidir (Şekil 2B). Şekil 3A, doksiksin ile desteklenmiş miyoblast büyüme ortamına geçmeden önce fibroblastların ideal birleştiği yerdir. Hücreler% 70 civarında birleştiğinde olmalıdır, çünkü dönüştürme işlemi sırasında hala çoğalırlar. Hücreler %80'in üzerinde bir aradaysa, farklılaşma tehlikeye atılabilir. Miyeoblastlara dönüşüm iki ila dört gün sürer ve morfolojinin gözlemlenmesiyle doğrulanır. Hücreler Şekil 3B'degösterildiği gibi uzamış ve paralel olarak yönlendirilmiş hale gelir. Farklılaşma ortamının eklenmesinden sonra, miyoblastlar bölünmeyi durdurur ve çok yönlü miyotütler oluşturmak için kaynaşmaya başlar (Şekil 3C). Miyotubes sınırları beyaz ve parlak göründüğünde, ayırmak üzeredirler (Şekil 4). Bu noktada, hücreleri toplayın veya düzeltin.
Farklılaşma başarısı farklı hücre çizgileri/mutasyonları arasında değişecektir. Olgun miyotüpler tarafından ifade edilen kas proteinlerinin immünostaining dönüştürülmüş fibroblastların miyojenik potansiyelini doğrular (Şekil 5). FM miyotüpleri ve iskelet kasını karşılaştıran RNA-Seq analizi, embriyonik (MYH3) ve yenidoğan (MYH8) miyosin zincir genlerinden transkriptlerin üst düzey ekspresyonunu ve kas ile iyi genel transkriptome-geniş korelasyonunu göstermiştir (Şekil 6). Dev sarkolerik proteinler titin (TTN), nebulin (NEB) ve obscurin (OBSCN) için transkriptler de FM miyotüpleri tarafından ifade edilir ve bu da miyofibrilogenezde yer alan bu büyük transkriptlerin yukarı yönlülüğüne işaret eder. Bu nedenle, FM hücreleri kas türevi hücre çizgileri için yararlı ve güvenilir bir taşıyıcı olduğunu gösteren kaslara özgü bir ifade profiline sahiptir.
Ekson atlamayı göstermek için, bu protokolü DMD geninde en sık yapılan ekson çoğaltmalarından birinde kullandık. Ekson 2'nin çoğaltılması DMD okuma çerçevesinin bozulmasına yol açar, bu nedenle ekson atlamayı takiben okuma çerçevesinin restorasyonu tam uzunlukta distrofin ifadesine yolaçmalıdır. Bununla birlikte, exon 2'nin atlanması çok verimlidir ve bu da çerçeve dışı bir transkriptle sonuçlanır. Bununla birlikte, bu durumda, exon 2'nin her iki kopyasının atlanması, ekson 5'te bulunan alternatif bir iç ribozom giriş sitesinin (IRES) kullanılmasına neden olur, böylece 70'li yaşlarda hala ambulant olan hastalarda tanımlanan fonksiyonel N kesilmiş distrofin üretir12. Şekil 7A, ekson 2 çoğaltmalı FM hücrelerinin RT-PCR'sının temsili sonuçlarını göstermektedir. FM hücreleri, ekson 2'yi atlamak için bir antisense dizisi taşıyan AON veya AAV1-U7 ile tedavi edildi. Şekil 7B'de bir immünoblot, AAV1-U7 ile tedavi edilen FM hücrelerinde N kesilmiş distrofin tespitini göstermektedir. FM hücrelerinin in vitro tedavisi, ekson atlama stratejileri için kavram kanıtı görevi görür.
Şekil 1: Fibroblastların miyojenik hücrelere dönüşümünün şematik gösterimi. İnsan deneklerden deri biyopsisi elde edilir. Kültür yemeklerine cilt parçaları yerleştirilir. Bir hafta içinde fibroblastlar ortaya çıkmaya başlar. Fibroblastlar önce hTERT geni ile, daha sonra lentiviral vektörler kullanılarak Myod geni ile transdüklenir. Enfekte hücrelerin antibiyotik seçiminden sonra, miyoblastlara dönüşüm, miyoblast büyüme ortamına doksiksin eklenmesiyle indüklenmiştir. İki ila dört gün içinde, hücreler uzar ve paralel olarak yönlendirilir. Farklılaşma ortamına geçtikten sonra, miyoblast birbirleriyle kaynaşır ve çok yönlü miyotüpler oluşturur. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
Şekil 2: Kültürde deri biyopsisi parçaları. (A) Deri parçasından çıkan ilk fibroblastlar. (B) Cilt parçasından konfluent fibroblastlar ortaya çıktı. Ölçek çubuğu: 50 μm. Bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
Şekil 3: Fibroblastlar transdifferentiation. (A) % 70 konfluent fibroblastların temsili görüntüsü. (B) Dönüştürülmüş miyeoblastlar uzun morfolojiye sahiptir ve paralel olarak organize edilir. (C) Miyotubes 7 gün boyunca farklılaştı. Ölçek çubuğu: 50 μm. Bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
Şekil 4: Miyotütleri ayırmanın temsili görüntüsü. Oklar, miyotütlerin beyaz ve parlak kenarlarının kopmaya başladığını gösterir. Ölçek çubuğu: 50 μm. Bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
Şekil 5: Farklılaştırılmış miyotüplerin immünoresansı. Sağlıklı (A) bir bireyden ve nöromüsküler bozukluğu olan hastalardan (B veC)elde edilen miyotubelarda miyosin ağır zincirinin immünostainasyonu. B'de 230 CTG tekrarı taşıyan miyotonik distrofi tip 1'den (DM1) hücreler, C'de ise 900 CTG tekrarlı DM1 hücreleri gösterilmiştir. Ölçek çubuğu: 100 μm. Bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
Şekil 6: FM miyotubes transkriptom deseni iskelet kasına göre. İskelet kasına kıyasla FM miyotubes transkriptom deseni. FM miyotubes ve insan iskelet kas biyopsisinden hazırlanan Illumina RNA-Seq kütüphaneleri için 12.134 transkript için haritalanmış okuma sayısı milyona ulaşmaktadır. İki kütüphane arasındaki transkript düzeyleri Pearson korelasyonu 0.71 ve Spearman rütbe korelasyonu 0.73'tür. Gelişimsel miyozin ağır zincirleri ve büyük sarkolerik proteinler için transkriptler kırmızı ile vurgulanır. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
Şekil 7: FM hücrelerinde DMD eksonu atladığını gösteren temsili RT-PCR ve Batı blot. (A) RT-PCR tarafından ifade DMD. DMD ekson 2'nin tekrarını barındıran bir hastanın fibroblastları FM hücrelerine dönüştürüldü. Kas biyopsisinden çıkarılan RNA kontrol olarak kullanıldı ve FM tedavi edilmemiş hücrelerin aynı çoğaltılmış transkripti ifade ettiğini gösterdi. AON ile tedavi edilen FM hücrelerinde ekson 2 tekrarının kısmi atlanması bulunurken, AAV1-U7 tedavi edilen hücrelerde ekson 2 çoğaltma atlanmış transkriptlerin baskınlığı görüldü. (B) AAV1-U7 ile tedavi edilen FM hücrelerinin temsili immünoblot. Tedaviden 14 gün sonra (okla gösterilen) daha küçük N kesilmiş distrofin tespit edildi. Daha önce Wein ve ark.'da yayınlanan veriler. DMD exon 5 IRES'ten yapılan çeviri, insanlarda ve farelerde distrofinopatiyi hafifleten fonksiyonel bir distrofin izoformu ile sonuçlanır. Doğa Tıbbı. 2014. 2020 Springer Nature Limited. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
| Fibroblast büyüme ortamı | %20 FBS ile DMEM, %1 antibiyotik-antimicotik |
| Donma ortamı | %10 DMSO, %90 fibroblast orta |
| Doxycycline stok çözümü 1000X | 1 mL ultra saf suda 8 mg doksiksin. 0,22 μm şırındi filtresinde filtreleyin. PCR tüplerinde aliquot. Işıktan korunan -20 °C'de saklayın. |
| Myoblast ortamı | İskelet kas hücresi büyüme ortamı (yukarıdaki listeye bakınız) takviyeleri ile, 8 μg / mL doksiksin. Örneğin: 100 mL'de 100 μL 1000X stok çözeltisi. |
| Farklılaşma ortamı | Takviyeleri ile iskelet kas hücresi farklılaşma ortamı (yukarıdaki listeye bakın), 8 μg / mL doksiksin. Örneğin: 100 mL'de 100 μL 1000X stok çözeltisi. |
| IF boyama için engelleme çözümü | 1X PBS'de %10 keçi serumu (veya ikincil antikorun yükseltildiği hayvan serumu) |
| Protein ekstraksiyonu için baz tampon | NaCl 150 mM, Tris 50 mM, 0.05 % NP-40. pH'ı 7,4'e ayarlayın. 4 °C'de saklayın. |
Tablo 1: Orta boy tarifler
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
FM hücre hatlarını kaliteli elde etmek için bazı adımlar kritik öneme sahiptir. Cilt biyopsisi ne kadar erken işlenirse, sağlıklı fibroblast elde etme şansı o kadar artar. Fibroblast kültürlerinin geçiş sayısı da önemlidir. Birincil hücreler sınırlı proliferatif kapasiteye sahiptir ve birçok geçitten sonra çoğaltıcı senescence girerler. Bu nedenle, düşük bir geçiş sayısında fibroblast stoğuna sahip olmak ve hücreleri mümkün olan en erken geçişte dönüştürmek daha iyidir.
Bir diğer önemli adım da maksimum saflığa ve doğru niceliğe sahip viral üretime sahip olmaktır. Örneğin, qPCR kullanarak viral genom nicelemesi makul ölçümler sağlar, ancak ddPCR (dijital damlacık PCR) ile niceleme daha doğrudur.
Ek olarak, fibroblastların miyoblast dönüşümü için yeterli birleştiği kritik öneme sahiptir. Hücreler %70'in altında veya %80'in üzerinde bir aradaysa miyojenik farklılaşma bozulabilir. Hücreler çok bir aradaysa, lekelenmeye ve görüntülemeye engel olan miyotüt katmanlarının süperpozisyonu olacaktır. Miyosiklin konsantrasyonu, Myod geninin doğru aktivasyonu ve sürekli ekspresyonu için çok önemlidir. Doksiklini medya değişiklikleri yapmadan önce her zaman ortama eklemek çok önemlidir, çünkü ortamda seyreltildikten ve 4 ° C'de depolandıktan sonra hızla bozulur. Stok -20 °C'de 1000X konsantrasyonda saklanmalı ve ışıktan korunmalıdır. Çözülmüş aliquotları yeniden dondurmayın. Tekrarlanabilir deneyleri sağlamak ve genetik bir mutasyon nedeniyle bozulmuş bir farklılaşmayı teknik konulardan ayırt etmek için bu detayları takip etmek çok önemlidir. Bununla birlikte, mutasyona veya hastalığın türüne bağlı olarak, iyi bir farklılaşma mümkün olmayabilir. Güvenilir sonuçlar elde etmek için, deneyleri benzer geçiş sayılarında çoğaltmak çok önemlidir.
Deneyimlerimize göre, farklılaşma kapasitesi en azından 25-27 geçişine kadar devam eder, özellikle vahşi tip kontrollerde. Aynı durum bazı hastalıklı hücre hatları için de geçerli olabilir, ancak hücre hattına bağlıdır. Bazı DMD hücre hatları hala P20'nin üzerindeki miyojenik potansiyeli korur. Buna karşı, miyotonik distrofi tip 1 (DM1) hücre hattı P8'den sonra azaltılmış miyojeniklik gösterdi. Bununla birlikte, DM1 durumunda, DM1'deki mutasyonların dolaylı olarak kas farklılaşmasında rol oynadığı gösterildiği için bu şaşırtıcı değildir16. Miyojenik farklılaşma kapasitesinin tutulması ayrı ayrı ele alınmalıdır, ancak genellikle hücre hatlarının çoğu P20-25'e kadar korur.
Özetle, fibroblastların miyoblastlara dönüştürülmesi, nöromüsküler bozukluklar için terapötik stratejileri incelemek ve test etmek için güçlü bir araçtır. Kas biyopsilerinin karmaşık obtansiyondan kaçınarak insan hücre modellerine erişimi kolaylaştırır ve hastalar için bir kas biyopsisinin rahatsızlığını azaltır.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Nationwide Çocuk Hastanesi, audentes therapeutics'e burada açıklanan exon 2 atlama programını lisanslamıştır. K.M.F. ve N.W. bu lisansın bir sonucu olarak telif hakkı ödemeleri almıştır.
Acknowledgments
Dr. Vincent Mouly'ye modelle ilgili geçmişteki bilgilerini paylaştığı için teşekkür ederiz. Bu çalışma ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri Ulusal Nörolojik Bozukluklar ve İnme Enstitüsü (R01 NS043264 (K.M.F., ve R.B.W.),ABD Ulusal Artrit ve Kas-İskelet ve Deri Hastalıkları Enstitüsü (NIAMS) (P50 AR070604-01 (K.M.F., K.M., R.N., ve N.W.). N.W., Ohio Eyalet Üniversitesi/Nationwide Çocuk Hastanesi Kas Grubu ve Philippe Vakfı'ndan burs desteği almıştır. Bu çalışma aynı zamanda iç ihtiyati fonlar tarafından da desteklenmiştir ve ekson 2 atlama çalışmasının bir kısmı CureDuchenne (K.M.F.) ve Association Francaise Contre Les Myopathies tarafından da desteklenmiştir. IRB numarası: IRB #: IRB10-00358/ CR00005138 ve IBCSC#: IBS00000123.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 100 mm dish | Corning | 430167 | |
| 0.25% Trypsin-EDTA, phenol red | Thermo Fisher | 2500056 | |
| 10X Phosphate buffered saline (PBS) | Fisher Scientific | BP3994 | |
| 12-well plate | Corning | 3513 | |
| 20X Transfer buffer | Thermo Fisher | NP00061 | |
| 20X Tris-acetate SDS running buffer | Thermo Fisher | LA0041 | |
| 3-8% Tris-Acetate gel | Thermo Fisher | EA0378BOX | |
| 75 cm2 flask | Corning | 430641U | |
| Antibiotic-Antimicotic 100X | Thermo Fisher | 15240062 | |
| Anti-myosin heavy chain, sarcomere antibody | Developmental Studies Hybridome Bank | MF20 supernatant | Dilution 1:50 |
| Antioxidant | Thermo Fisher | NP0005 | |
| BCA Protein Assay | Thermo Fisher | 23227 | |
| Chloroform | Sigma-Aldrich | C2432 | |
| DAPI | Thermo Fisher | D3571 | Dilution 1:1000 |
| Digitonin | Millipore Sigma | 300410250MG | |
| Dimethyl sulfoxide | Sigma-Aldrich | D2438 | |
| DMEM, High glucose, GlutaMAX supplement, Pyruvate | Thermo Fisher | 10569044 | |
| DNAse I set (250U) | Zymo Research Corporation | E1010 | |
| Doxycycline Hydrochloride | Fisher Scientific | BP2653-5 | |
| Dup2 human primers | Fw_5' GCTGCTGAAGTTTGTTGG TTTCTC 3' |
Rv_5' CTTTTGGCAGTTTTTGCC CTGT 3' |
|
| Dystrophin antibody | Abcam | ab15277 | Dilution 1:200 |
| Fetal bovine serum | Thermo Fisher | 16000 | |
| Glycine | Sigma-Aldrich | G8898 | |
| Goat anti-mouse, Alexa Fluor 488 | Thermo Fisher | A11001 | Dilution 1:1000 |
| Halt Protease inhibitor cocktail 100X | Thermo Fisher | 78430 | |
| Hemocytometer | Hausser Scientific | 3100 | |
| Hygromycin B | Thermo Fisher | 10687010 | |
| IRDye 680RD goat anti-Rabbit IgG (H+L) | Li-Cor | 926-68071 | Dilution 1:5000 |
| Lab-Tek II CC2 chamber slide system | Thermo Fisher | 15852 | |
| Laemmli | Bioworld | 105700201 | |
| Lipofectamine 3000 Transfection Reagent | Thermo Fisher | L3000008 | |
| Matrigel GFR membrane matrix | Corning | 354230 | |
| Methanol | Fisher Scientific | A412P-4 | |
| Mr. Frosty Freezing Container | Thermo Fisher | 51000001 | |
| Nitrocellulose membrane 0.45 µm | GE Healthcare Life Sciences | 10600002 | |
| Normal Goat serum control | Thermo Fisher | 10000C | |
| Odyssey Blocking Buffer (PBS) | Li-Cor | 927-40003 | Blocking buffer for Western blot |
| Opti-MEM I Reduced Serum Medium | Thermo Fisher | 11058021 | |
| Paraformaldehyde | Sigma-Aldrich | 158127 | |
| PCR master mix | Thermo Fisher | K0172 | |
| Phosphatase inhibitor | Thermo Fisher | A32957 | |
| Precision Plus Protein Dual Color Standards | Bio Rad | 1610374 | |
| Puromycin | Thermo Fisher | A1113803 | |
| Revert 700 Total Protein Stain for Western Blot Normalization | Li-Cor | 926-11021 | |
| RevertAid kit | Thermo Fisher | K1691 | |
| RNA Clean & Concentrator-25 | Zymo Research Corporation | R1018 | |
| Scalpels | Aspen Surgical | 372611 | |
| Skeletal Muscle Cell Differentiation medium | Promocell | C23061 | |
| Skeletal Muscle Cell Growth medium | Promocell | C23060 | |
| Triton X-100 | Acros Organics | 215682500 | |
| TRIzol reagent | Thermo Fisher | 15596026 | |
| Tween 20 | Fisher Scientific | BP337500 | |
| Ultra low temperature freezer | Thermo Scientific | 7402 | |
| UltraPure 0.5M EDTA, pH 8.0 | Thermo Fisher | 15575020 | |
| Vectashield antifade mounting medium | Vector Labs | H1000 |
References
- Bigot, A., et al. Replicative aging down-regulates the myogenic regulatory factors in human myoblasts. Biology of the Cell. 100 (3), 189-199 (2008).
- Mamchaoui, K., et al. Immortalized pathological human myoblasts: Towards a universal tool for the study of neuromuscular disorders. Skeletal Muscle. 1 (34), (2011).
- Pantic, B., et al. Reliable and versatile immortal muscle cell models from healthy and myotonic dystrophy type 1 primary human myoblasts. Experimental Cell Research. 342 (1), 39-51 (2016).
- Thorley, M., et al. Skeletal muscle characteristics are preserved in hTERT/cdk4 human myogenic cell lines. Skeletal Muscle. 6 (1), 43 (2016).
- Chaouch, S., et al. Immortalized skin fibroblasts expressing conditional MyoD as a renewable and reliable source of converted human muscle cells to assess therapeutic strategies for muscular dystrophies: Validation of an exon-skipping approach to restore dystrophin in duchen. Human Gene Therapy. 20 (7), 784-790 (2009).
- Zarei, A., Razban, V., Hosseini, S. E., Tabei, S. M. B. Creating cell and animal models of human disease by genome editing using CRISPR/Cas9. The Journal of Gene Medicine. 21 (4), 3082 (2019).
- Echevarría, L., Aupy, P., Goyenvalle, A. Exon-skipping advances for Duchenne muscular dystrophy. Human molecular genetics. 27 (2), 163-172 (2018).
- Hwang, J., Yokota, T. Recent advancements in exon-skipping therapies using antisense oligonucleotides and genome editing for the treatment of various muscular dystrophies. Expert reviews in molecular medicine. 21, 5 (2019).
- Wein, N., et al. Efficient Skipping of Single Exon Duplications in DMD Patient-Derived Cell Lines Using an Antisense Oligonucleotide Approach. Journal of Neuromuscular Diseases. 4 (3), 199-207 (2017).
- De Angelis, F. G., et al. Chimeric snRNA molecules carrying antisense sequences against the splice junctions of exon 51 of the dystrophin pre-mRNA induce exon skipping and restoration of a dystrophin synthesis in Δ48-50 DMD cells. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 99 (14), 9456-9461 (2002).
- Gorman, L., Suter, D., Emerick, V., Schümperli, D., Kole, R. Stable alteration of pre-mRNA splicing patterns by modified U7 small nuclear RNAs. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 95 (9), 4929-4934 (1998).
- Wein, N., et al. Translation from a DMD exon 5 IRES results in a functional dystrophin isoform that attenuates dystrophinopathy in humans and mice. Nature Medicine. 20 (9), 992-1000 (2014).
- Auré, K., Mamchaoui, K., Frachon, P., Butler-Browne, G. S., Lombès, A., Mouly, V. Impact on oxidative phosphorylation of immortalization with the telomerase gene. Neuromuscular Disorders. 17 (5), 368-375 (2007).
- Barde, I., et al. Efficient control of gene expression in the hematopoietic system using a single Tet-on inducible lentiviral vector. Molecular Therapy. 13 (2), 382-390 (2006).
- Wang, X., McManus, M. Lentivirus production. Journal of Visualized Experiments. (32), e1499 (2009).
- Amack, J. D., Mahadevan, M. S. Myogenic defects in myotonic dystrophy. Developmental Biology. 265 (2), 294-301 (2004).
