Summary
本手稿描述了使用 勒克斯 操纵子膀胱内施用泌尿道致病细菌以诱导小鼠尿路感染，以及随后使用生物发光成像对细菌负荷进行 纵向体内 分析。
Abstract
尿路感染 （UTI） 是人类最常见的细菌感染之一，常规使用经验性抗生素治疗。然而，由于微生物耐药性的增加，最常用的抗生素的疗效已经下降。为了找到替代治疗方案，非常需要更好地了解UTI的发病机制和确定UTI易感性的机制。为了在动物模型中研究这一点，研究UTI病程的可重复，非侵入性测定是必不可少的。
多年来，细菌负荷计数的金标准一直是确定特定样品体积的菌落形成单位（CFU）。该技术需要 死后 器官均质和连续稀释，限制了数据输出和可重复性。作为替代方案，生物发光成像（BLI）越来越受欢迎，以确定细菌负荷。使用 lux 操纵子标记病原体，可以以非侵入性方式进行灵敏的检测和定量，从而实现纵向随访。到目前为止，BLI在UTI研究中的采用仍然有限。
本手稿描述了BLI在小鼠尿路感染模型中的实际实施。这里提供了培养细菌，膀胱内滴注和成像的分步指南。检查了 体内 与CFU的相关性，并通过比较未经处理的受感染动物与抗生素处理动物的细菌负荷来提供概念验证。此外，还讨论了 在体内 UTI模型中实施BLI的优点，局限性和注意事项。BLI在UTI研究领域的实施将极大地促进UTI发病机制的研究以及预防和治疗UTI的新方法的发现。
Introduction
尿路感染（UTI）是人类最常见的细菌感染之一。几乎一半的女性在其一生中会出现有症状的UTI1。局限于膀胱的感染可引起泌尿系统症状，例如尿频增加、尿急、血尿、尿失禁和疼痛。当感染上升到上尿路时，患者会出现肾盂肾炎，伴有不适、发热、寒战和背痛。此外，高达20%的UTI患者患有复发性感染，导致抗生素敏感性急剧下降2，3，4。近年来，人们对治疗和预防复发性UTI的新疗法越来越感兴趣。尽管对下尿路的先天性和适应性免疫以及侵袭和定植所需的细菌毒力因素有了更好的了解，但治疗方案的根本性变化尚未转化为日常泌尿外科实践2。为了研究UTI的发病机制和体内的易感性，一种可重复的、非侵入性的测定是必不可少的。
已经描述了从线虫到灵长类动物的多种动物UTI模型，但小鼠模型主要使用5，6。该模型包括（雌性）小鼠的经尿道导管插入术，随后将细菌悬浮液（最常见的是泌尿致病性大肠杆菌（UPEC））直接滴注到膀胱腔7中。接种后，细菌负荷传统上通过确定菌落形成单位（CFU）来量化。该技术需要牺牲动物以获得死后器官均质和连续稀释，从而限制了数据输出和可重复性。此外，使用这种技术不可能对个体动物的细菌负荷进行纵向随访。
1995年，Contag等人建议使用生物发光标记的病原体来监测活体动物的疾病过程8，9。从那时起，生物发光成像（BLI）已应用于许多感染模型，如脑膜炎，心内膜炎，骨髓炎，皮肤和软组织感染等10，11，12。在小鼠UTI模型中，可以使用来自Photorhabdus发光的具有完全勒克斯操纵子（luxCDABE）的UPEC菌株13。酶促反应由细菌荧光素酶催化，其依赖于长链醛的氧化，在氧气存在下与还原的黄素单核苷酸反应，产生氧化的黄素，长链脂肪酸和光12。lux操纵子编码荧光素酶和合成底物所需的其他酶。因此，所有代谢活性细菌将连续发射蓝绿色（490nm）光，而无需注射外源性底物12。lux标记细菌发射的光子可以使用高灵敏度的冷却电荷耦合器件（CCD）相机捕获。
在UTI模型中使用生物发光细菌允许对细菌负荷进行纵向，非侵入性定量，而不需要在CFU测定的随访期间在固定时间点牺牲动物。尽管存在广泛的可能性，积累了这种BLI技术在其他领域的稳健性及其相对于UTI经典模型的优势的证据，但它尚未在UTI研究中得到广泛实施。这里介绍的方案提供了详细的分步指南，并强调了BLI在未来所有UTI研究中的优势。
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Protocol
所有动物实验均按照欧盟共同体理事会指南进行，并得到KU Leuven动物伦理委员会的批准（P158 / 2018）。
1. 培养细菌（适应于7、13、14）
- 制备
- 选择最适合实验需求的发光UPEC菌株。
注意：在这里，选择临床膀胱炎分离物UTI89（大肠杆菌），因为它在人类和啮齿动物中的泌尿致病能力，以及它在小鼠UTI模型5，7，15中的常见用途。携带完全勒克斯操纵子（luxCDABE）的生物发光等基因菌株进一步被称为UTI89-lux。该操纵子还携带硫酸卡那霉素（Km）抗性基因。因此，Km可用于选择生物发光菌落13。 - 为所选细菌菌株7的CFU和600纳米（OD 600nm）处的光密度制作相关曲线。
- 为此，培养细菌（使用下面的方案）并在磷酸盐缓冲盐水（PBS）中产生8种不同的稀释液。测量所有这些稀释液在600nm处的OD，并将其接种在Luria-Bertani（LB）板上以确定CFU。
- 绘制 OD 600 nm 值和 CFU 值以确定相关性并获得标准曲线。
注意：对于未来的实验，测量600nm处的OD，并使用此标准曲线即时估计细菌溶液中的CFU。
注意：UPEC是致病细菌，请确保房间配备正确并使用个人防护装备。
- 选择最适合实验需求的发光UPEC菌株。
- 滴注前三天
- 通过使用接种环在补充有50μg/ mL Km的LB板上划出甘油菌料储备并在37°C下培养过夜来获得单个菌落。 用石蜡膜密封这些板，在4°C下储存长达1周。
- 滴注前两天
- 用5 mL LB肉汤填充带有双位置卡扣帽的无菌14 mL聚苯乙烯圆底管，并补充50μg/ mL Km。涡旋10秒，以确保适当混合。
- 用卡扣帽在37°C的开放位置静态培养过夜。
注意： 大肠杆菌 的静态生长促进1型毛囊的表达，这对于粘附和侵入尿上皮细胞至关重要。 - 准备无菌锥形瓶或培养瓶。
- 滴注前一天
- 孵育后，涡旋管10秒以确保细菌培养物的适当均质化。通过将25μL细菌悬浮液加入25mL不含抗生素的新鲜LB培养基中，在锥形器中进行亚培养。
- 关闭锥形瓶并在37°C下静置培养过夜。
- 在滴注当天
- 涡旋锥形器10秒，以确保正确混合。
- 将锥形瓶中的培养物倒入50mL培养管中，并在3，000×g和4°C下离心5分钟。倾析上清液并将细菌沉淀重悬于10mL无菌PBS中，并再次涡旋10 s。
- 选择接种物的实验浓度（CFU），并使用步骤1.1.2中获得的标准曲线来确定相应的OD 600nm。
- 将1mL重悬的细菌培养物加入9mL无菌PBS中，并在600nm处检查OD。通过加入无菌PBS或浓缩细菌溶液进一步调整，直到达到所需的OD 600nm7。
注意：例如，对于UTI89-lux，通过加入PBS调节培养物，直到OD 600nm达到0.45，对应于2×107 CFU / 50μL。 为了验证可行CFU的数量，在LB板上一式三份进行10倍连续稀释和板50μL的第五和第六次10倍稀释，以获得少于300个集落。在37°C下孵育过夜后的第二天计数获得的菌落，OD 600nm立即读数，但使用CFU作为质量控制。
2. 动物接种（改编自7，16）
- 动物的准备
- 根据研究问题和敲除线的可用性，实验细节以及UTI易感性的差异选择所需的小鼠品系5，17。请记住，经尿道导管插入术在雌性小鼠中更容易。不要使用小于8周的动物，因为它们在免疫学上是不成熟的。在这里，使用12周龄的雌性C57Bl / 6J小鼠。
- 提前订购动物，让它们适应环境，最好是7天。在标准12小时的光/暗条件下，将动物分组在单独通风的笼子中。
- 剃掉动物的腹部区域，以限制信号的损失。不要使用脱毛膏，因为它会迅速灼伤动物的皮肤。用非惯用手紧紧握住苞毛和后肢，同时用惯用手剃须，从而约束动物。或者，在异氟醚麻醉下剃须。
注意：动物在成像前2天剃须，考虑到动物将进一步梳理剃须区域。 - 在整个实验过程中 随意 提供水和标准食物。但是，在滴注前2小时剥夺动物的水分，以尽量减少滴注过程中的膀胱体积。
- 将无菌的24 G血管导管尖端安装在100μL注射器上，并用步骤1.5.3中制备的细菌溶液填充注射器。
注意：要确定背景发光，请在滴注前获得基线图像（请参阅下面的步骤3）。
- 动物滴注
- 将动物置于诱导室中，并使用吸入以纯氧为载气的异氟醚麻醉它们（诱导率为3%，维持为1.5%）。
- 将一只动物放在仰卧位的工作表面上，并在滴注过程中使用鼻锥保持稳定的异氟醚麻醉。涂抹眼药膏。
- 通过轻柔按压并在耻骨上区域进行打圈运动来排出残留的尿液。在滴注前用70%乙醇清洁下腹部。
- 用生理盐水润滑导管尖端。将非惯用手的食指放在腹部，轻轻向上推。以90°角（垂直）开始尿道导管插入术，一旦遇到阻力，请水平倾斜，然后再进一步插入（0.5厘米）。
注意：切勿用力推动导管，因为这会对尿道造成伤害。轻柔的转动动作有助于导管插入。另一方面，缺乏阻力通常表明错误地插入阴道。 - 缓慢（5μL / s）滴注50μL细菌接种物（2 x 107 CFU）。
注意：较高的容量或更快的滴注可能会导致肾脏反流。在该技术的实践过程中，可以使用蓝色墨水来评估回流。 - 滴注后，将注射器和导管保持在适当的位置几秒钟，然后慢慢缩回以防止泄漏。记录任何异常情况，例如大量泄漏或血腥的口道，并在必要时排除动物。
- 将动物置于成像室鼻锥的仰卧位置，并对所有剩余的动物重复上述步骤2.1.1-2.1.6。每个实验组使用一根导管。确保继续麻醉，并尽量减少第一只动物和最后一只动物之间的时间。
- 如有必要，在成像之前或之后施用抗生素或实验药物（步骤3）。例如，要施用恩诺沙星，将40μL恩诺沙星（100mg / mL）溶液加入3.96mL生理盐水以获得1/100稀释液。上午9点和下午5点皮下注射100μL/ 10g，给予10mg / kg恩诺沙星，每日两次，持续3天。
3. 生物发光成像
- 准备和选择成像参数
- 打开BLI采集软件（参见 材料表），然后单击成像设备中的初始化（参见 材料表），测试相机和载物台控制器系统，并将CCD相机冷却至-90°C。
注：在此过程中，门被锁定，并且可以在控制面板上跟踪初始化的进度。绿灯表示达到-90°C的温度。如果在完成初始化之前尝试映像，则会显示警告。 - 确保自动保存数据：单击采集 自动保存到 并选择正确的文件夹。
- 选择发光和照片。检查默认发光设置：将激发滤镜设置为"阻止"，将发射滤镜设置为"打开"。
- 拍摄第一张图像时，将曝光时间设置为 "自动"， 尤其是在需要微弱信号以确保足够数量的光子计数时。对于 体内 测量和明亮信号，请将 曝光时间 设置为~30秒。如果图像饱和，将出现警告。如果发生这种情况，请减少曝光时间。
- 选择中等 分档，F/stop 1，然后选择正确的视野（FOV）（D代表5只动物）。
- 对小鼠进行成像时，将 受试者高度 设置为1厘米。
- 单击"采集控制面板"中的"添加"三次，获取三张图像序列，作为技术重复。
- 打开BLI采集软件（参见 材料表），然后单击成像设备中的初始化（参见 材料表），测试相机和载物台控制器系统，并将CCD相机冷却至-90°C。
- 成像
- 将小鼠置于仰卧位的成像室中，并在整个实验过程中使用歧管鼻锥保持麻醉（异氟醚1.5%）。同时对多达5只小鼠进行成像，并使用光挡板将动物分开以防止反射。
- 关闭门，然后单击" 获取 "以开始成像序列。
- 填写有关实验的详细信息（野生型和敲除动物，治疗，成像日等）。自动保存成像设置，例如曝光时间。
- 将小鼠从成像室中取出并将它们放回笼子中。检查麻醉后是否完全恢复。在几分钟内，动物应该完全清醒和探索。不要提供镇痛药，因为这可能会干扰UTI病程18。
- 将笼子放回通风架，直到下一个成像周期。实验完成后，通过CO2 窒息或宫颈脱位对动物实施安乐死。在异氟醚麻醉恢复之前这样做，以尽量减少痛苦。
- 图像分析
- 启动映像软件，然后单击" 浏览"加载实验文件。
- 使用 工具选项板 调整图像的色阶。通过对所有图像使用相同的设置来标准化结果的视觉方面，即使用最小104 到最大107 光子的对数刻度。这些调整不会影响原始数据，而只会影响图形显示。
- 使用 ROI 工具 在图像上绘制感兴趣区域 （ROI）。确保ROI足够大以覆盖整个区域，并对所有图像使用相同的尺寸。在这里，将3.5厘米x 4.5厘米的正方形ROI放置在下腹部。
- 单击ROI测量以量化光强度（计数或总光子通量）。导出这些数据并使用技术重复的平均值。
注：计数表示相机检测到的光子数，应仅用于图像质量控制。要报告数据，请使用总光子通量。总光子通量在生理上更相关，因为它代表从表面发出的光，并且是一个校准单位，根据曝光时间（每秒）进行校正。
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Representative Results
体内 BLI与滴注时接种物的CFU相关。
为了评估BLI在体内的检测限以及与接种物CFU的相关性，以不同浓度的UTI89-lux和PBS作为阴性对照感染小鼠。在滴注之前，扫描未受感染的动物以确定背景发光。随后的图像在滴注后立即获得（图1A）。在滴注UTI89-lux后，生物发光在2 x 104 CFU以上被强烈地检测到，并且建立了接种物的CFU与生物发光之间的线性相关性（图1B）。相比之下，总光子通量与灌注PBS的动物的背景信号相当，并且细菌浓度最低为2×103 CFU。
BLI作为治疗期间纵向随访的工具
为了确定是否可以使用纵向BLI证明经过验证的抗生素治疗的疗效，20只动物在感染后的前3天内接种了2×107 CFU / 50μL的接种物，其中10只动物接受了恩诺沙星10mg / kg皮下注射治疗，每日两次。感染但未经治疗的对照组的自然进化和抗生素治疗对治疗组感染动力学的影响都可以详细可视化（图2）。在第一剂恩诺沙星之后，通过总光子通量测量，细菌负荷立即降低。没有一只经过处理的动物随后的细菌负荷增加。受感染但未经治疗的对照组的受试者间变异性较高，细菌负荷的降低较慢。在第10天，对照组的10只动物中有8只返回了与滴注前背景相当的BLI信号。使用对数变换的总光子通量的曲线下面积（AUC）计算每只动物的总细菌负荷。在10天的时间过程中，用恩诺沙星治疗的动物和未治疗的动物之间观察到显着差异。这些结果表明，BLI是评估潜在治疗对UTI病程的影响的强大工具。
图1：体内BLI与滴注时接种物的CFU相关。（A）在细菌滴注后立即在膀胱中滴注后立即成像感染浓度增加的接种物（2 x 103-2 x10 8 CFU）的小鼠的体内BLI获得的代表性图像。CFU = 菌落形成单位。（B）与接种物浓度（CFU）相比，在膀胱区域发射的生物发光（总光子通量）的定量。BLI信号在2 x 104 CFU以上被鲁棒地检测到（与背景相比，p = 0.0002，与PBS对照相比p = 0.015，未配对t-test）。皮尤利的皮尔逊相关性范围为2 x 103-2 x 108 CFU为r = 0.9995（p <0.0001）。BG = 背景，PBS = 磷酸盐缓冲盐水，CFU = 菌落形成单位。请点击此处查看此图的放大版本。
图2：BLI作为治疗期间纵向随访的工具。（A） 感染了 2 x 107 CFU 的 UTI89-lux并用恩诺沙星 10 mg/kg 处理的动物的总光子通量的个体痕量，每天两次，持续 3 天（蓝色），而未处理的对照组（黑色），每组 n = 10。BG = 背景。（B） 分析图A中所示动物的痕量，报告恩诺沙星（蓝色）和对照组（黑色）的对数变换总光子通量的AUC。N = 每组 10，平均± SD，未成对t-检验 p < 0.0001。AUC = 曲线下方的面积。请点击此处查看此图的放大版本。
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Discussion
与 CFU 计数相比，BLI 的优势
纵向数据
传统上计算CFU以量化微生物负荷的方法的一个主要缺点是需要 死后 器官均质，每只动物只能提供一个横截面数据点。相反，BLI能够对受感染的动物进行非侵入性纵向随访。这些动物每天可以成像2到3次，从而提供对感染动力学的详细见解。此外，对同一动物的重复测量大大减少了充分动力实验所需的动物数量。此外，研究人员可以专注于个体间的变异性，在用新药检查或治疗动物之前，他们可以使用实时数据选择具有预先指定细菌负荷的动物。另一方面，使用实验的AUC允许研究人员关注整体细菌负荷，而不是单个横截面值。UTI设置中纵向和实时数据的附加值不能被高估。
识别感染的传播
使用BLI获得的图像的空间分辨率足以识别由lux或FLuc标记的病原体定植的其他位点19。对于 UTI，肾脏上行感染或播散到血液是高度相关的发现。在这种实验环境中，没有观察到UTI89-lux在下尿路以外引起的任何感染扩散。考虑到这种菌株主要引起膀胱炎，这是意料之中的。
数据再现性和比较
与CFU计数相比，使用BLI时实验的再现性更高。通常，将连续10倍稀释的均质酸盐一式三份电镀，然后仅计算具有30至300 CFU的板以计算CFU的总数。这种方法繁琐，容易出现高变异性，导致许多无效的板块，并且极易出现人为错误。此外，对于如何报告 CFU（即每克膀胱组织、每膀胱或每 1 mL 均质）尚无共识。这使得不同组的结果的比较极其困难，并且可以通过使用BLI和总光子通量来改善。
该方法的注意事项和局限性
除了 与体内 BLI相关的经典考虑因素（例如毛皮或血红蛋白对光子的吸收）之外，在牺牲时关联BLI和CFU计数时还需要考虑一些因素。
首先，在牺牲时遇到两种方法之间的差异20，特别是当使用抗生素治疗时。因此，牺牲时BLI和CFU计数之间的相关性可能不理想，并且不一定相关。对于BLI，总光子通量可能低于预期，因为受到挑战的细菌可以将其新陈代谢重定向到恢复和修复过程，而不是光发射。此外，BLI测量实时捕获细菌及其在体内代谢的快照，如果细菌在成像时处于休眠或细长状态，则会导致较低的BLI信号。另一方面，对于CFU测定，药物激发的细菌在从其感染性栖息地（即生物膜）中移除并镀层后以全有或全无的方式反应。一旦接种到琼脂上，被激发的细菌可能会受到不可挽回的伤害，无法发育成可观察到的菌落，从而导致较低的CFU计数21。此外，被激发的细菌可以进入活但不可培养的状态（VBNC）。它们仍然具有代谢活性和活力，但不再可在标准实验室培养基上培养。进入VBNC状态或组织在生物膜中的细菌可以用BLI轻松检测，而CFU的枚举需要额外的处理21，22，23。总之，生物发光和活计数测量细胞生理学的不同方面，两者都不应被视为细胞活力的最终指标21。
此外，由于样品处理的差异，通过BLI或CFU计数测量的细菌负荷的定义也不同。当使用CFU计数时，只有驻留在膀胱壁内的细菌被包括在均质中并计数。相比之下，BLI还可以捕获尿液和尿道中细菌发出的光子。在我们看来，后者在生理上更准确地表示了总细菌负荷，因为它包括所有解剖学上相关的隔室（膀胱，尿液和尿道）。
与CFU计数相反，BLI需要产生基因改变的发光细菌。根据插入位点的不同，在基因组中引入lux操纵子可能会改变细菌菌株的毒力潜力。因此，在开发新的生物发光菌株时，应将其毒力和生长特性与亲本菌株10，13进行比较。然而，基因组编辑的最新进展允许对所有主要细菌病原体进行有效和无疤痕的标记，从而限制了对毒力或治疗反应的影响。此外，基因工程为生物发光报告基因的条件表达开辟了可能性，因此，在体内测量相关细菌亚群，基因表达等24，25。
最后，与CFU枚举所需的基本设备相比，访问用于 体内 BLI的高级成像设备和采集软件可能是一个限制因素。但是，与成像核心的协作可以最大限度地减少BLI所需的费用和投资。
在体内UTI模型中实施BLI的特定考虑因素
动物模型
小鼠UTI模型的优点有三个方面：它允许监测哺乳动物泌尿道中的疾病进展，动物及其维护相对便宜，并且突变系可用。另一方面，感染的诱导通常需要经尿道导管插入术，随后将高剂量的细菌直接滴注到膀胱腔中，从而绕过通过尿道的自然上升过程5。
动物饲养场
在实验过程中，动物可以分组安置。我们通过将哨兵动物引入有感染动物的笼子中，研究了同一笼子动物之间传播的发生情况。没有一个哨点动物具有可检测的细菌负荷，用CFU和BLI测量。
气囊容积
当将小鼠UTI模型与BLI相结合时，研究人员应牢记膀胱的独特解剖特性。膀胱是一个中空器官，含有不同体积的尿液。在UTI期间，细菌感染的尿液的存在理论上可以影响总光子计数，具体取决于膀胱充盈的程度。然而，膀胱体积的标准化是不切实际的，并且可能会干预实验设计。此外，根据我们的经验，膀胱体积的差异不会导致总光子通量的统计学显着差异。
样品温度
体外 BLI（或作为更简单，更便宜的替代方案，测量发光计中的生物发光）也可用于确定匀浆，尿液或含有UTI89-lux的细菌悬浮液上的细菌负荷。然而，样品的温度很重要，因为光子的发射是由酶促反应引起的，因此需要代谢活性和氧气的存在。应避免器官摘取过程中温度的剧烈变化，方法是在成像前5分钟让样品在加热（37°C）阶段进行校准。
潜在应用和重要性
综上所述，繁琐的CFU列举方法限制了UTI领域研究的再现性和有效性。使用BLI的实验设置将通过实现纵向随访来推进膀胱生理学，UTI发病机制和易感性的 体内 UTI研究，同时减少这些类型研究所需的动物数量。
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Disclosures
作者声明没有利益冲突。
Acknowledgments
这项工作得到了法兰德斯研究基金会（FWO Vlaanderen;G0A6113N），鲁汶大学研究委员会（C1-TRPLe;T.V.和W.E.）和 VIB（到电视）。W.E.是法兰德斯研究基金会（FWO Vlaanderen）的高级临床研究员。菌株UTI89-lux是Seed教授实验室13的慷慨礼物。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 96-well Black Flat Bottom Polystyrene Plate | Corning | 3925 | for in vitro imaging |
| Aesculap ISIS | Aesculap | GT421 | hair trimmer, with GT608 cap |
| Anesthesia vaporizer | Harvard apparatus limited | N/A | https://www.harvardapparatus.com/harvard-apparatus-anesthetic-vaporizers.html |
| Baytril 100 mg/mL | Bayer | N/A | Enrofloxacin |
| BD Insyte Autoguard 24 GA | BD | 382912 | Yellow angiocatheter, use sterile plastic tip for instillation |
| C57Bl/6J mice | Janvier | N/A | |
| Centrifuge 5804R | Eppendorf | EP022628146 | |
| Dropsense 16 | Unchained Labs | Trinean | to measure OD 600nm |
| Dulbecco's Phosphate Buffered Saline, Gibco | ThermoFisher Scientific | REF 14040-083 | |
| Ethanol 70% denaturated 5L | VWR international | 85825360 | |
| Falcon 14ml Round Bottom Polystyrene Tube, Snap-Cap | Corning | 352057 | |
| Falcon 50ml cellstart | Greiner | 227285 | |
| Hamilton GASTIGHT syringe, PTFE luer lock, 100 µL | Sigma-Aldrich | 26203 | to ensure slow bacterial instillation of 50 µL |
| Inoculation loop | Roth | 6174.1 | holder: Art. No. 6189.1 |
| Iso-Vet 1000mg/g | Dechra Veterinary products | N/A | Isoflurane |
| IVIS Spectrum In Vivo Imaging System | PerkinElmer | REF 124262 | imaging device |
| Kanamycine solution 50 mg/mL | Sigma-Aldrich | CAS 25389-94-0 | |
| Living Imaging Software | PerkinElmer | N/A | BLI acquisition software, version 4.7.3 |
| Luria Bertani Broth | Sigma-Aldrich | REF L3022 | alternatively can be made |
| Luria Bertani Broth with agar | Sigma-Aldrich | REF L2897 | alternatively can be made |
| Petri dish Sterilin 90mm | ThermoFisher Scientific | 101VR20 | to fill with LB agar supplemented with Km |
| Pyrex Culture flask 250 mL | Sigma-Aldrich | SLW1141/08-20EA | |
| Slide 200 Trinean | Unchained Labs | 701-2007 | to measure OD 600nm |
| UTI89-lux | N/A | N/A | Generous gift from Prof. Seed |
| Vortex | VWR international | 444-1372 |
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