Biyokimya

Diyaliz, biyokimyada difüzyona dayalı molekülleri ayırmak için kullanılan yaygın bir tekniktir. Bu prosedürde, yarı geçirgen bir zar, boyuta bağlı olarak belirli moleküllerin hareketine izin verir. Bu yöntem, tuzdan arındırma olarak bilinen tamponun çıkarılmasına veya bir protein çözeltisinden tampon moleküllerinin veya iyonlarının değiştirilmesine uygulanabilir. Bu video, genel bir prosedürle birlikte diyalizin ilkelerini kapsar. Ultrasantrifüjlemeyi takiben gradyan reaktiflerin...

Enzim kinetiği, canlı organizmalar için gerekli kimyasal reaksiyonları kolaylaştıran biyomoleküller olan enzimlerin katalitik etkilerini tanımlar. Enzimler, ürünleri oluşturmak için substratlar olarak adlandırılan moleküller üzerinde hareket eder. Enzim kinetik parametreleri, zaman içinde substrat veya ürün konsantrasyonundaki değişiklikleri doğrudan veya dolaylı olarak ölçen tahliller yoluyla belirlenir. Bu video, enzim kinetiğinin (hız denklemleri dahil) ve kinetik modellerin temel...

Matris destekli lazer desorpsiyon iyonizasyonu (MALDI), biyomoleküllerin analizi için ideal olan bir kütle spektrometresi iyon kaynağıdır. Gaz halindeki iyonlaştırıcı bileşikler yerine, numuneler bir lazer tarafından vurulan bir matris içine gömülür. Matris enerjinin çoğunu emer; Bu enerjinin bir kısmı daha sonra numuneye aktarılır ve sonuç olarak iyonize olur. Numune iyonları daha sonra bir uçuş süresi analizörü (TOF) kullanılarak tanımlanabilir. Bu video, matris seçimi ve TOF'un kütle-yük...

Tandem kütle spektrometresinde, ilgilenilen bir biyomolekül biyolojik bir numuneden izole edilir ve daha sonra bileşimini ve dizisini aydınlatmaya yardımcı olmak için birden fazla alt birime ayrılır. Bu, seri halde kütle spektrometrelerine sahip olmakla gerçekleştirilir. İlk spektrometre, bir numuneyi iyonize eder ve belirli bir kütle / yük oranına sahip iyonları filtreler. Filtrelenmiş iyonlar daha sonra parçalanır ve parçaların analiz edildiği ikinci bir kütle spektrometresine geçirilir. Bu...

Protein kristalizasyonu, biyomoleküllerden oluşan katı bir kafes elde edilmesi, protein yapısını aydınlatır ve protein fonksiyonunun incelenmesini sağlar. Kristalizasyon, saflaştırılmış proteinin pH, sıcaklık, iyonik kuvvet ve protein konsantrasyonu dahil olmak üzere birçok faktörün bir kombinasyonu altında kurutulmasını içerir. Kristaller elde edildikten sonra, protein yapısı, x-ışını kırınımı ve bir elektron yoğunluğu modelinin hesaplanması ile açıklanabilir. Bu video protein...

Biyokimyada, bileşikleri karmaşık bir karışımdan izole etmek için kromatografi bazlı saflaştırma yöntemleri kullanılır. Biyokimyacılar tarafından yaygın olarak kullanılan bu tür iki yöntem, boyut dışlama kromatografisi ve afinite kromatografisidir. Boyut dışlama kromatografisinde, gözenekli boncuklarla dolu bir sütun, bir karışımın bileşenlerini boyuta göre ayırır. Öte yandan, afinite kromatografisi, hedefe özgü ligandlar içeren sabit fazdan oluşan bir kolon kullanarak biyomoleküllerin daha...

İki boyutlu jel elektroforezi (2DGE), bir karışımdan binlerce biyomolekülü çözebilen bir tekniktir. Bu teknik, birbirine bağlanmış iki farklı ayırma yöntemini içerir: izoelektrik odaklama (IEF) ve sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE). Bu, bir jelin iki ekseni boyunca bileşikleri izoelektrik noktaları (elektrokimyasal bir özellik) ve moleküler ağırlıkları ile fiziksel olarak ayırır. Bu videodaki prosedür, 2DGE'nin ana kavramlarını ve karmaşık bir protein çözeltisinin...

Metabolik etiketleme, bir hücrede meydana gelen biyokimyasal dönüşümleri ve modifikasyonları araştırmak için kullanılır. Bu, doğal biyomoleküllerin yapısını taklit eden kimyasal analoglar kullanılarak gerçekleştirilir. Hücreler, endojen biyokimyasal süreçlerinde analogları kullanır ve etiketlenmiş bileşikler üretir. Etiket, daha sonra SDS-PAGE ve NMR gibi diğer biyokimyasal analitik teknikleri kullanarak metabolik yolları aydınlatmak için kullanılabilen algılama ve afinite etiketlerinin dahil...

Elektroforetik hareketlilik kayma testi (EMSA), proteinler ve nükleik asitler arasındaki bağlanmayı aydınlatmak için kullanılan biyokimyasal bir prosedürdür. Bu tahlilde, radyoaktif işaretli bir nükleik asit ve test proteini karıştırılır. Bağlanma, bileşenleri kütle, yük ve konformasyona göre ayıran jel elektroforezi ile belirlenir. Bu video, EMSA kavramlarını ve jel ve protein hazırlama, bağlama, elektroforez ve algılama dahil olmak üzere genel bir prosedürü göstermektedir. Bu videoda ele...

Konsantrasyonun ölçülmesi, birçok biyokimyasal analizin temel bir adımıdır. Fotometrik protein tayini, bir numune ne kadar çok ışık emici madde içerirse, ışığın içinden o kadar az geçeceği gerçeğinden yararlanır. Konsantrasyon ve absorpsiyon arasındaki ilişki doğrusal olduğundan, bu fenomen, bilinmediği numunelerdeki konsantrasyonu ölçmek için kullanılabilir. Bu videoda fotometrik protein tayininin temelleri açıklanmakta ve Bradford Deneyi ile Lowry Metodu tanıtılmaktadır. Videodaki prosedür...

Yoğunluk gradyanlı ultrasantrifüjleme, biyomolekülleri ve hücre yapılarını izole etmek ve saflaştırmak için kullanılan yaygın bir tekniktir. Bu teknik, süspansiyon halinde, çözücüden daha yoğun olan parçacıkların çökeleceği, daha az yoğun olanların ise yüzeceği gerçeğinden yararlanır. Biyomolekülleri, bir santrifüj tüpünde azalan yoğunluğa sahip sıvıların katmanlanmasıyla oluşturulabilen bir yoğunluk gradyanı içinde ayırmak için bu işlemi hızlandırmak için yüksek hızlı bir ultrasantrifüj...

Ko-immünopresipitasyon (CoIP) ve pull-down testleri, stabil protein-protein etkileşimlerini tanımlamak için yakından ilişkili yöntemlerdir. Bu yöntemler, bir antikora bağlı bir hedef proteini bağlanmamış proteinlerden ayırmak için bir yöntem olan immünopresipitasyon ile ilgilidir. CoIP'de, antikora bağlı bir proteinin kendisi, antikorla bağlanmayan başka bir proteine bağlanır, bunu protein-protein kompleksini koruyan bir ayırma işlemi izler. Pull-down tahlillerindeki fark, afinite etiketli yem...

Sulandırma, izole edilmiş bir biyomolekülü orijinal formuna veya işlevine geri döndürme işlemidir. Bu, özellikle önemli hücresel fonksiyonları sağlayan ve yakındaki lipitlerin davranışını etkileyen zar proteinlerini incelemek için kullanışlıdır. Saflaştırılmış zar proteinlerinin işlevini yerinde incelemek için, yapay bir lipit zarına entegre edilerek yeniden oluşturulmaları gerekir. Bu video, deterjan kullanılarak protein izolasyonu, lipitler kullanılarak yapay veziküllerin oluşturulması,...

Förster rezonans enerji transferi (FRET), yakın mesafeli biyokimyasal etkileşimleri araştırmak için kullanılan bir olgudur. FRET'te, bir donör fotolüminesan molekülü, ilgili emisyon ve soğurma spektrumları örtüşürse, enerjiyi bir alıcı moleküle ışınımsal olmayan bir şekilde aktarabilir. Aktarılan enerji miktarı ve sonuç olarak numunenin toplam emisyonu, bir alıcı-verici fotolüminesan molekül çiftinin yakınlığına bağlıdır. FRET analizi, bu "spektroskopik cetvel"den biyomoleküler yapılar ve...

Yüzey plazmon rezonansı (SPR), biyomoleküllerin moleküler afinitesini, kinetiğini, özgüllüğünü ve konsantrasyonunu değerlendirmek için etiketsiz biyosensörlerin arkasındaki temel optik fenomendir. SPR'de biyomoleküler etkileşimler, bir prizma üzerinde ince bir metal tabakasından yapılmış bir biyosensör üzerinde meydana gelir. Biyomoleküllerin gerçek zamanlı etkileşimleri, metalin alt tarafından yansıyan ışığın değişimleri ölçülerek izlenebilir. Bu video, SPR'nin temel kavramlarını ve...