Name: Hastalıkta İşlevsel Olmayan Protein-Protein Etkileşimlerinin Haritalanması (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-24T13:55:00.000+00:00
Duration: 9 min 39 s
Description: Keşfedin, hastalıklarda işlevsel olmayan protein-protein etkileşimlerini doğal hücre ve dokulardan kimyasal problar ve kitle spektrometrisi kullanarak haritalama yöntemini. Bu protokol, nörodejeneratif hastalıklarda ağ bozukluklarını anlamak için değerli bilgiler sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Liu, Z., Miller, D., Li, F., Liu, X., Levy, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+large+accessory+protein+interactome+is+rewired+across+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">A large accessory protein interactome is rewired across environments.</a> Elife. 9, e62365(2020).</li>
<li>Omranian, S., Nikoloski, Z., Grimm, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+identification+of+protein+complexes+from+network+interactions%3A+Present+state%2C+challenges%2C+and+the+way+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Computational identification of protein complexes from network interactions: Present state, challenges, and the way forward.</a> Comput Struct Biotechnol J. 20, 2699-2712 (2022).</li>
<li>Ginsberg, S. D., Sharma, S., Norton, L., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+stressor-induced+dysfunctions+in+protein-protein+interaction+networks+via+epichaperomes%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Pharmacol+Sci%22%5BJournal%5D)">Targeting stressor-induced dysfunctions in protein-protein interaction networks via epichaperomes.</a> Trends Pharmacol Sci. 44 (1), 20-33 (2023).</li>
<li>Nussinov, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pioneer+in+molecular+biology%3A+Conformational+ensembles+in+molecular+recognition%2C+allostery%2C+and+cell+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Pioneer in molecular biology: Conformational ensembles in molecular recognition, allostery, and cell function.</a> J Mol Biol. 437 (11), 169044(2025).</li>
<li>Lacoste, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pervasive+mislocalization+of+pathogenic+coding+variants+underlying+human+disorders%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Pervasive mislocalization of pathogenic coding variants underlying human disorders.</a> Cell. 187 (23), 6725-6741.e13 (2024).</li>
<li>Liu, X., Abad, L., Chatterjee, L., Cristea, I. M., Varjosalo, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+protein-protein+interactions+by+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Mass+Spectrom+Rev%22%5BJournal%5D)">Mapping protein-protein interactions by mass spectrometry.</a> Mass Spectrom Rev. , (2024).</li>
<li>Luck, K., Sheynkman, G. M., Zhang, I., Vidal, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteome-scale+human+interactomics%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Proteome-scale human interactomics.</a> Trends Biochem Sci. 42 (5), 342-354 (2017).</li>
<li>Greenblatt, J. F., Alberts, B. M., Krogan, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+and+significance+of+protein-protein+interactions+in+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Discovery and significance of protein-protein interactions in health and disease.</a> Cell. 187 (23), 6501-6517 (2024).</li>
<li>Gonzalez-Avendano, M., Lopez, J., Vergara-Jaque, A., Cerda, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+power+of+computational+proteomics+platforms+to+decipher+protein-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">The power of computational proteomics platforms to decipher protein-protein interactions.</a> Curr Opin Struct Biol. 88, 102882(2024).</li>
<li>Komives, E. A., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Editorial+overview%3A+Protein+networks+in+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Editorial overview: Protein networks in health and disease.</a> Curr Opin Struct Biol. 90, 102953(2025).</li>
<li>Botticelli, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+cross-linking+and+mass+spectrometry+enabled+systems-level+structural+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Chemical cross-linking and mass spectrometry enabled systems-level structural biology.</a> Curr Opin Struct Biol. 87, 102872(2024).</li>
<li>Chakrabarty, S., Wang, S., Roychowdhury, T., Ginsberg, S. D., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Introducing+dysfunctional+protein-protein+interactome+%28dfppi%29+-+a+platform+for+systems-level+protein-protein+interaction+%28ppi%29+dysfunction+investigation+in+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Introducing dysfunctional protein-protein interactome (dfppi) - a platform for systems-level protein-protein interaction (ppi) dysfunction investigation in disease.</a> Curr Opin Struct Biol. 88, 102886(2024).</li>
<li>Pasala, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epichaperomes%3A+Redefining+chaperone+biology+and+therapeutic+strategies+in+complex+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22RSC+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Epichaperomes: Redefining chaperone biology and therapeutic strategies in complex diseases.</a> RSC Chem Biol. 6 (5), 678-698 (2025).</li>
<li>Chu, F., Sharma, S., Ginsberg, S. D., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PTMs+as+molecular+encoders%3A+Reprogramming+chaperones+into+epichaperomes+for+network+control+in+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">PTMs as molecular encoders: Reprogramming chaperones into epichaperomes for network control in disease.</a> Trends Biochem Sci. , (2025).</li>
<li>Chiosis, G., Digwal, C. S., Trepel, J. B., Neckers, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+and+functional+complexity+of+hsp90+in+cellular+homeostasis+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Structural and functional complexity of hsp90 in cellular homeostasis and disease.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 24 (11), 797-815 (2023).</li>
<li>Rodina, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+epichaperome+is+an+integrated+chaperome+network+that+facilitates+tumour+survival%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The epichaperome is an integrated chaperome network that facilitates tumour survival.</a> Nature. 538 (7625), 397(2016).</li>
<li>Rodina, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation.</a> Nat Commun. 14 (1), 26(2023).</li>
<li>Inda, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+epichaperome+is+a+mediator+of+toxic+hippocampal+stress+and+leads+to+protein+connectivity-based+dysfunction%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">The epichaperome is a mediator of toxic hippocampal stress and leads to protein connectivity-based dysfunction.</a> Nat Commun. 11 (1), 19(2020).</li>
<li>Joshi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pharmacologically+controlling+protein-protein+interactions+through+epichaperomes+for+therapeutic+vulnerability+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Pharmacologically controlling protein-protein interactions through epichaperomes for therapeutic vulnerability in cancer.</a> Commun Biol. 4 (1), 20(2021).</li>
<li>Bay, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systems-level+interactome+mapping+reveals+actionable+protein+network+dysregulation+across+the+alzheimer%27s+disease+spectrum%5BTitle%5D)+AND+%22Res+Sq%22%5BJournal%5D)">Systems-level interactome mapping reveals actionable protein network dysregulation across the alzheimer's disease spectrum.</a> Res Sq. , (2025).</li>
<li>Moulick, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Affinity-based+proteomics+reveal+cancer-specific+networks+coordinated+by+HSP90%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Affinity-based proteomics reveal cancer-specific networks coordinated by HSP90.</a> Nat Chem Biol. 7 (11), 818-826 (2011).</li>
<li>Kishinevsky, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hsp90-incorporating+chaperome+networks+as+biosensor+for+disease-related+pathways+in+patient-specific+midbrain+dopamine+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Hsp90-incorporating chaperome networks as biosensor for disease-related pathways in patient-specific midbrain dopamine neurons.</a> Nat Commun. 9, 15(2018).</li>
<li>Roychowdhury, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phosphorylation-driven+epichaperome+assembly+is+a+regulator+of+cellular+adaptability+and+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Phosphorylation-driven epichaperome assembly is a regulator of cellular adaptability and proliferation.</a> Nat Commun. 15 (1), 8912(2024).</li>
<li>Roychowdhury, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+native-page+for+the+identification+of+epichaperomes+in+cell+lines%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Use of native-page for the identification of epichaperomes in cell lines.</a> Methods Mol Biol. 2693, 175-191 (2023).</li>
<li>Taldone, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((synthesis%2C+and+evaluation+of+small+molecule+HSP90+probes%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorg+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">synthesis, and evaluation of small molecule HSP90 probes.</a> Bioorg Med Chem. 19 (8), 2603-2614 (2011).</li>
<li>Meier, F., Park, M. A., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trapped+ion+mobility+spectrometry+and+parallel+accumulation-serial+fragmentation+in+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Trapped ion mobility spectrometry and parallel accumulation-serial fragmentation in proteomics.</a> Mol Cell Proteomics. 20, 100138(2021).</li>
<li>Rappsilber, J., Mann, M., Ishihama, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+micro-purification%2C+enrichment%2C+pre-fractionation+and+storage+of+peptides+for+proteomics+using+stagetips%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for micro-purification, enrichment, pre-fractionation and storage of peptides for proteomics using stagetips.</a> Nat Protoc. 2 (8), 1896-1906 (2007).</li>
<li>Kovalchuk, S. I., Jensen, O. N., Rogowska-Wrzesinska, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flashpack%3A+Fast+and+simple+preparation+of+ultrahigh-performance+capillary+columns+for+LC-MS%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Flashpack: Fast and simple preparation of ultrahigh-performance capillary columns for LC-MS.</a> Mol Cell Proteomics. 18 (2), 383-390 (2019).</li>
<li>Sinitcyn, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maxdia+enables+library-based+and+library-free+data-independent+acquisition+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Maxdia enables library-based and library-free data-independent acquisition proteomics.</a> Nat Biotechnol. 39 (12), 1563-1573 (2021).</li>
<li>DiscoveryLibraries. , The Max Planck Institute of Biochemistry. Available from: 
 <a target="_blank" href="https://datashare.biochem.mpg.de/s/qe1IqcKbz2j2Ruf?dir=/DiscoveryLibraries">https://datashare.biochem.mpg.de/s/qe1IqcKbz2j2Ruf?dir=/DiscoveryLibraries</a> (2025).</li>
<li>Rappsilber, J., Ishihama, Y., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stop+and+go+extraction+tips+for+matrix-assisted+laser+desorption%2Fionization%2C+nanoelectrospray%2C+and+LC%2FMS+sample+pretreatment+in+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Stop and go extraction tips for matrix-assisted laser desorption/ionization, nanoelectrospray, and LC/MS sample pretreatment in proteomics.</a> Anal Chem. 75 (3), 663-670 (2003).</li>
<li>Meier, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diapasef%3A+Parallel+accumulation-serial+fragmentation+combined+with+data-independent+acquisition%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Diapasef: Parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition.</a> Nat Methods. 17 (12), 1229-1236 (2020).</li>
<li>Lou, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+commonly+used+software+suites+and+analysis+workflows+for+dia+proteomics+and+phosphoproteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Benchmarking commonly used software suites and analysis workflows for dia proteomics and phosphoproteomics.</a> Nat Commun. 14 (1), 94(2023).</li>
<li>Demichev, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dia-pasef+data+analysis+using+fragpipe+and+dia-nn+for+deep+proteomics+of+low+sample+amounts%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dia-pasef data analysis using fragpipe and dia-nn for deep proteomics of low sample amounts.</a> Nat Commun. 13 (1), 3944(2022).</li>
<li>Wen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+DDA+library-free+strategies+for+phosphoproteomics+and+ubiquitinomics+data-independent+acquisition+data%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Evaluation of DDA library-free strategies for phosphoproteomics and ubiquitinomics data-independent acquisition data.</a> J Proteome Res. 22 (7), 2232-2245 (2023).</li>
<li>Bowler-Barnett, E. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Uniprot+and+mass+spectrometry-based+proteomics-A+2-way+working+relationship%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Uniprot and mass spectrometry-based proteomics-A 2-way working relationship.</a> Mol Cell Proteomics. 22 (8), 100591(2023).</li>
<li>Demichev, V., Messner, C. B., Vernardis, S. I., Lilley, K. S., Ralser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dia-nn%3A+Neural+networks+and+interference+correction+enable+deep+proteome+coverage+in+high+throughput%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Dia-nn: Neural networks and interference correction enable deep proteome coverage in high throughput.</a> Nat Methods. 17 (1), 41-44 (2020).</li>
<li>Wang, T., Digwal, C. S., Alam, A., Chiosis, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((script+epichaperomics+-+systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">script epichaperomics - systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation.</a> Zenodo. , https://doi.org/10.5281/zenodo.7416220 (2022).</li>
<li>Chaperomics_ad_2019. , Chiosislab. 
 <a target="_blank" href="https://github.com/chiosislab/Chaperomics_AD_2019">https://github.com/chiosislab/Chaperomics_AD_2019</a> (2019).</li>
<li>Chaperomics_controllability_2020. , Chiosislab. 
 <a target="_blank" href="https://github.com/chiosislab/Chaperomics_controllability_2020">https://github.com/chiosislab/Chaperomics_controllability_2020</a> (2019).</li>
<li>Alam, A., Wang, T., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytoscape+files+-+systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation+%5Bdata+set%5D%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">Cytoscape files - systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation [data set].</a> Zenodo. , https://doi.org/10.5281/zenodo.7433980 (2022).</li>
<li>Kolberg, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((G%3AProfiler-interoperable+web+service+for+functional+enrichment+analysis+and+gene+identifier+mapping+%282023+update%29%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">G:Profiler-interoperable web service for functional enrichment analysis and gene identifier mapping (2023 update).</a> Nucleic Acids Res. 51 (W1), W207-W212 (2023).</li>
<li>Yan, P. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+stressors+engender+protein+connectivity+dysfunction+through+aberrant+n-glycosylation+of+a+chaperone%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">Molecular stressors engender protein connectivity dysfunction through aberrant n-glycosylation of a chaperone.</a> Cell Reports. 31 (13), 27(2020).</li>
<li>Castelli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+aberrant+n-glycosylation+can+alter+protein+functionality+and+ligand+binding%3A+An+atomistic+view%5BTitle%5D)+AND+%22Structure%22%5BJournal%5D)">How aberrant n-glycosylation can alter protein functionality and ligand binding: An atomistic view.</a> Structure. 31 (8), 987-1004.e8 (2023).</li>
<li>Sharma, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+the+mechanism+of+epichaperome+modulation+by+zelavespib%3A+Biochemical+insights+on+target+occupancy+and+extended+residence+time+at+the+site+of+action%5BTitle%5D)+AND+%22Biomedicines%22%5BJournal%5D)">Unraveling the mechanism of epichaperome modulation by zelavespib: Biochemical insights on target occupancy and extended residence time at the site of action.</a> Biomedicines. 11 (10), 2599(2023).</li>
<li>Guzman, U. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra-fast+label-free+quantification+and+comprehensive+proteome+coverage+with+narrow-window+data-independent+acquisition%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Ultra-fast label-free quantification and comprehensive proteome coverage with narrow-window data-independent acquisition.</a> Nat Biotechnol. 42 (12), 1855-1866 (2024).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>2-merkaptoetanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M6250</td><td>Zehirli, Yanıcı</td></tr><tr><td>Asetonitril (ACN) Optima&nbsp;</td><td>Fisher Scientific&nbsp;</td><td>A955-1</td><td>LC/MS derecesi (Yanıcı)</td></tr><tr><td>Affi-Gel 10 aktif affinite kromatografi ortamı</td><td>Bio-Rad</td><td>1536099</td><td>PU boncukları ve kontrol boncukları yapmak için kullanılır (Yanıcı)</td></tr><tr><td>Amonyum Bikarbonat (ABC)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>09830-500G</td><td></td></tr><tr><td>Aurora Ultimate 25x75 C18 UHPLC kolonu</td><td>İyonoptikler</td><td>AUR3-25075C18-CSI</td><td></td></tr><tr><td>Otoradyografik film</td><td>EWEN-PARKER X-RAY ŞIRKETI</td><td>EBA45</td><td>Western blot'tan sonra kemilyünesan sinyal algılama için alternatif</td></tr><tr><td>Biomasher mikro doku homojenizeri</td><td>DWK Yaşam Bilimleri Kimble</td><td>7496250010</td><td>Protein çıkarımı için donmuş beyin dokusunun homojenleştirilişinde kullanılır</td></tr><tr><td>Bromofenol mavisi</td><td>Fisher Biyoreagenti</td><td>BP115-25</td><td></td></tr><tr><td>1.5 mL tüpler için santrifüj</td><td>Eppendorf</td><td>5424</td><td></td></tr><tr><td>1.5 mL tüpler için santrifüj;</td><td>Eppendorf</td><td>5417R</td><td>Sıcaklık kontrolüyle</td></tr><tr><td>15-50 mL tüpler için santrifüj</td><td>Eppendorf</td><td>5810R</td><td>Konik tüpler için kullanılır</td></tr><tr><td>ChemiDoc MP görüntüleme sistemi</td><td>Bio-Rad</td><td>17001402</td><td>Jel/leke densitometrisi için kullanılır</td></tr><tr><td>Sütun fırını</td><td>Sonation GmBH, Almanya</td><td>ES071/ES072</td><td>NanoLC kolonunu 50 derece ve derecede tutar; C tutarlı tutma için</td></tr><tr><td>Konik tüpler (15 mL)</td><td>Fisher Scientific</td><td>352096</td><td></td></tr><tr><td>Kontrol-boncuklar</td><td>Şioz Laboratuvarı</td><td>YOK</td><td>Taldone ve ark. (PMID:&nbsp; 21459002)</td></tr><tr><td>Coomassie G-250 lekesi (Biyo-güvenli)</td><td>Bio-Rad</td><td>1610786</td><td></td></tr><tr><td>Koyu Eppendorf tüpleri (1.5 mL)</td><td>USA Scientific</td><td>1415-2507</td><td></td></tr><tr><td>Ditiothreitol (DTT)</td><td>Roche</td><td>10197777001</td><td>Irritan</td></tr><tr><td>Kolay nLC 1000</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Kolay nLC 1000</td><td>Q Exactive HF ile kullanılan LC sistemi</td></tr><tr><td>Empore Katı Faz Çıkarma Diskleri</td><td>3M Şirketi</td><td>2215-C18 (Oktadesil)</td><td>Peptit tuzsuzlaştırma için StageTips hazırlamak için kullanılır; %100 Metanol ile aktive edildi</td></tr><tr><td>Geliştirilmiş kemimilüminesans (ECL) kiti</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>32209</td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf tüpleri (1.5 mL)</td><td>Fisher Scientific</td><td>05-408-129</td><td></td></tr><tr><td>Formik Asit (FA) Optima&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>A117-10X1AMP</td><td>LC/MS derecesi</td></tr><tr><td>g:Profiler (e111_eg58_p18_f463989d)</td><td>BIIT Grubu-Tartu & Uuml; likool</td><td>https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost</td><td>Yol zenginleştirme</td></tr><tr><td>Gliserol</td><td>Fisher Biyoreagenti</td><td>BP229-1</td><td>Moleküler biyoloji derecesi</td></tr><tr><td>Glisin</td><td>Fisher Biyoreagenti</td><td>BP381-5</td><td>Kristal Toz</td></tr><tr><td>Keçi anti-fare HRP ile konjuge ikincil antikor (RRID: AB_2619742)</td><td>Sothern Biotech</td><td>1030-05</td><td>H90-10 antikoru için ikincil</td></tr><tr><td>Keçi anti-tavşan HRP ile konjuge ikincil antikor (RRID: AB_2632593)</td><td>Sothern Biotech</td><td>4010-05</td><td>HSP90&alpha için ikincil sistem; ve HOP antikorları</td></tr><tr><td>Keçi anti-sıçan HRP ile konjuge ikincil antikor (RRID: AB_2716837)</td><td>Sothern Biotech</td><td>3030-05</td><td>HSC70 antikoru için ikincil</td></tr><tr><td>Isıtılmış yörünge sallayıcısı</td><td>Eppendorf</td><td>TermoMikser C (2231001127)</td><td></td></tr><tr><td>HeLa protein sindirimi standard-Pierce</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>88329</td><td>LC-MS QC değerlendirmesi için kullanılıyor</td></tr><tr><td>HOP antikoru (RRID: AB_10828378)</td><td>Hücre Sinyalizasyonu</td><td>5670</td><td>PU-boncuklar için QC</td></tr><tr><td>HSC70 antikoru (RRID: AB_10617277)</td><td>Enzo</td><td>SPA-815</td><td>PU-boncuklar için QC</td></tr><tr><td>HSP90 (H90-10) antikor (RRID: AB_854214)</td><td>StressMarq</td><td>SMC-107</td><td>PU-boncuklar için QC</td></tr><tr><td>HSP90 alfa antikor (RRID: AB_303423)</td><td>Abcam</td><td>Ab2928</td><td>Normalleştirme için Bölüm 1.2</td></tr><tr><td>İnsan hücre hattı: ASPC1 (RRID:CVCL_0152)</td><td>ATCC</td><td>CRL-1682</td><td>Kontrol hücre hattı, epichaperome düşük/şaperon yüksek</td></tr><tr><td>İnsan hücre hattı: MDA-MB-468 (RRID: CVCL_0419)</td><td>ATCC</td><td>HTB-132</td><td>Kontrol hücre hattı, epichaperome yüksek/chaperon yüksek</td></tr><tr><td>ImageJ (v1.54p)</td><td>Wayne Rasband</td><td>https://imagej.net/ij/</td><td>Densitometri</td></tr><tr><td>İyodoasetamide (IAA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I1149-5G</td><td>Zehirli</td></tr><tr><td>Düşük proteinli bağlanma mikrosantrifüj tüpleri</td><td>Sarstedt</td><td>72.706.600</td><td></td></tr><tr><td>Lys-C proteaz</td><td>Promega&nbsp;</td><td>VA1170</td><td>LC/MS derecesi</td></tr><tr><td>Magnezyum klorür</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>63068</td><td>Moleküler biyoloji derecesi</td></tr><tr><td>MaxQuant (v2.1.1.0)</td><td>Max-Planck-Biyokimya Enstitüsü</td><td>https://www.maxquant.org/</td><td>Peptit/protein tanımlama ve etiketsiz yoğunluk temelli nicelik için MaxDIA iş akışı</td></tr><tr><td>Metanol</td><td>Fisher Chemical</td><td>A454-4</td><td>HPLC derecesi, yanıcı, toksik</td></tr><tr><td>Mini Proteaz İnhibitörü Kokteyl tableti (Tam)</td><td>Roche</td><td>4693124001</td><td></td></tr><tr><td>Mini Trans Blot Elektroforetik Transfer Hücresi</td><td>Bio-Rad</td><td>1703930</td><td></td></tr><tr><td>Mini-jel elektroforez tankı&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A25977</td><td>Novex precast jelleri için kullanılır</td></tr><tr><td>Mini-PROTEAN Tetra Dikey Elektroforez Hücresi&nbsp;</td><td>Bio-Rad</td><td>1658004</td><td>Mini-PROTEAN Precast Protein Jelleri veya el döküm jelleri için kullanılır</td></tr><tr><td>Mini-PROTEAN&nbsp; TGX Precast Protein Jelleri (4&ndash; 20%)</td><td>Bio-Rad</td><td>4561094</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop</td><td>Çevik</td><td>BioTek Sinerjisi H1</td><td>LC-MS enjeksiyonundan önce peptit konsantrasyonunu tahmin etmek için kullanılır</td></tr><tr><td>NanoElute 2</td><td>Bruker</td><td>https://flextra.hu/images/keszulekek/daltonics/nanoelute-brosura_eng.pdf</td><td>diaPASEF iş akışında kullanılıyor</td></tr><tr><td>Nanospray Flex kaynağı</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ES071</td><td>Nanospray ESI bağlantısı için</td></tr><tr><td>Yeni Objective PicoTip Emmiter/PicoFrit SELF/P</td><td>New Objective Inc.</td><td>PF360-75-10-N-5</td><td>20 cm uzunluğunda C18 çamur ile doldurulmuştur</td></tr><tr><td>Nitroselüloz zarı</td><td>Cytiva Amersham</td><td>10600006</td><td></td></tr><tr><td>Yağsız kuru süt</td><td>Laboratuvar Bilimsel</td><td>M0841</td><td></td></tr><tr><td>Novex 8% Tris-Glycine prekast jeller</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>XP00080BOX</td><td></td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Roche</td><td>11754599001</td><td></td></tr><tr><td>Fosfat tamponlu tuzlu (PBS)</td><td>Gibco</td><td>10010023</td><td></td></tr><tr><td>PhosSTOP fosfataz inhibitörü kokteyl tableti</td><td>Roche</td><td>4906837001</td><td></td></tr><tr><td>Pierce BCA protein test kiti</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>23225</td><td></td></tr><tr><td>Plastik kaplar</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB0875711A</td><td></td></tr><tr><td>Platform sallayıcı</td><td>Corning</td><td>6705</td><td></td></tr><tr><td>Potasyum klorür</td><td>Fisher Biyoreagenti</td><td>BP366-1</td><td>Beyaz Kristaller</td></tr><tr><td>PowerPac Evrensel Güç Kaynağı</td><td>Bio-Rad</td><td>1645070</td><td></td></tr><tr><td>Precision Plus Protein Kaleidoskopu Prestained Protein Standardı</td><td>Bio-Rad</td><td>1610375</td><td></td></tr><tr><td>PU-boncuklar</td><td>Şioz Laboratuvarı</td><td>YOK</td><td>Taldone ve ark. (PMID:&nbsp; 21459002)</td></tr><tr><td>Q Exactive HF Orbitrap kütle spektrometresi</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/CMD/brochures/BR-64052-LC-MS-Q-Exactive-HF-Orbitrap-BR64052-EN.pdf</td><td>DIA-MS için Kullanılıyor</td></tr><tr><td>ReproSil-Pur 120 C18-AQ, 3 & mikro; m</td><td>Dr. Maisch GmbH, Almanya</td><td>R13.aq</td><td>peptit ayrımı için silika ortamı; Toz/Metanol Bulamacı (1:3, v/v)</td></tr><tr><td>Dönme ünitesi (uç-uç döner cihaz)</td><td>Barnstead&nbsp; Uluslararası</td><td>400110</td><td></td></tr><tr><td>Sep-Pak C18 Fişeği (100 mg)</td><td>Waters Corporation</td><td>WAT023590</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum dodesil sülfat (SDS)</td><td>Fisher Biyoreagenti</td><td>BP166-500</td><td>Elektroforez derecesi</td></tr><tr><td>Sonicator</td><td>Branson</td><td>2510</td><td></td></tr><tr><td>SpectraMax Paradigm Çok Modlu Mikroplaka okuyucu</td><td>Moleküler Cihazlar</td><td>SpectraMax Paradigması</td><td></td></tr><tr><td>Spectronaut</td><td>Biognosys</td><td>https://biognosys.com/software/spectronaut/</td><td>directDIA iş akışı</td></tr><tr><td>SpeedVac konsantratör</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>Savant SPD111V</td><td></td></tr><tr><td>Emici vakum</td><td>Kardinal Sağlık</td><td>CDL-65651-320</td><td></td></tr><tr><td>TimsTOF HT kütle spektrometresi</td><td>Bruker</td><td>https://www.bruker.com/en/products-and-solutions/mass-spectrometry/timstof/timstof-ht.html</td><td>diaPASEF analizinde kullanılır</td></tr><tr><td>Triflorestik Asit (TFA) Optima</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6508-10AMP</td><td>LC/MS derecesi (Korozif, yanıcı)</td></tr><tr><td>Tris</td><td>Fisher Biyoreagenti</td><td>BP152-5</td><td>Kristal toz; Moleküler biyoloji derecesi</td></tr><tr><td>Tris, pH 6.8 (1 M)</td><td>Teknova</td><td>T1068</td><td></td></tr><tr><td>Tris, pH 7.5 (1 M)</td><td>Fisher Biyoreagenti</td><td>BP1757-500</td><td>Moleküler biyoloji derecesi</td></tr><tr><td>Tris-tamponlu tuzlu (20x TBS) tampon</td><td>VWR, Yaşam Bilimleri</td><td>97064-338</td><td></td></tr><tr><td>Tris-Glycine-SDS (TGS 10x) çalıştıran jel tamponu</td><td>Fisher Biyoreagenti</td><td>BP13414</td><td>Elektroforez</td></tr><tr><td>Tripsin&nbsp;</td><td>Promega</td><td>V5111</td><td>Sıralama derecesi</td></tr><tr><td>Tripsin Gold</td><td>Promega</td><td>V5280</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Fisher Biyoreagenti</td><td>BP337-100</td><td></td></tr><tr><td>Üre</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>U0631-500G</td><td></td></tr><tr><td>Girdap</td><td>Fisher Scientific</td><td>02-215-414</td><td></td></tr><tr><td>Su</td><td>Fisher Scientific</td><td>W6-1</td><td>LC/MS derecesi</td></tr></tbody></table>

hastalıkta İşlevsel olmayan protein-protein etkileşimlerinin haritalanması

Mapping Dysfunctional Protein-Protein Interactions in Disease

Hastalıkta İşlevsel Olmayan Protein-Protein Etkileşimlerinin Haritalanması

Protein-protein interaction (PPI) networks are dynamically remodeled in disease, yet most systems biology approaches focus on changes in protein ...

mapping-dysfunctional-protein-protein-interactions-in-disease

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Sinirbilim

Konsensüs motiflerine dayanan sentetik protein dizileri, tipik olarak, interpozisyonel bağımlılıkları (IPD'ler) ima eden birlikte gelişen kalıntıları görmezden gelir.  IPD'ler aktivite için gerekli olabilir ve bunları göz ardı eden tasarımlar optimal olmayan sonuçlara neden olabilir.  Bu protokol, IPD'leri tanımlamak ve rasyonel protein tasarımını bilgilendirmeye yardımcı olmak için StickWRLD'yi kullanır ve bu da daha verimli sonuçlar sağlar.

Sentetik Proteinlerin Optimizasyon: interpozisyonel bağımlılıklar belirlenmesi Yapısal belirten ve / veya Fonksiyonel Bağlantılı tortular

Protein ekspresyonunu kontrol etmek sadece yaşayan her organizma için gerekli değildir, aynı zamanda hücresel modellerde protein fonksiyonlarını araştırmak için de önemli bir stratejidir. Sunulan protokol, primer hipokampal nöronlar dahil olmak üzere memeli hücrelerinde antikor girişiminin uygulanmasını gösterir ve protein fonksiyonunun incelenmesinde üç boyutlu rekonstrüksiyonların kullanımını gösterir.

Incelenmesi Protein Fonksiyonu ve Antikor Girişim ve üç boyutlu Rekonstrüksiyonunda tarafından değiştirilmiş Protein Ekspresyonu Rolü

Bu rapor, western blot veya floresan bazlı tahlillerle yanlış katlanmış proteinlerin bozunma oranlarını ölçmek için protokolleri açıklar. Yöntemler, diğer yanlış katlanmış proteinlerin analizine ve yüksek verimli taramaya uygulanabilir.

Hücreler yanlış katlanmış proteinlerle degradasyonundan Tahliller

Bu iletişim kuralı genom genelindeki değişiklikleri Histon translasyonel modifikasyonlar ALS ve Parkinson hastalığı ile ilişkili proteinlerin overexpression ile bağlantılı olarak meydana gelen (PTM) düzeyde karakterize etmek için deneysel prosedürler özetliyor Saccharomyces cerevisiae modelleri. SDS-sayfa ayrılıktan sonra bireysel Histon PTM düzeyleri batı kurutma yoluyla değişiklik özel antikorlar ile tespit edilir.

Histon translasyonel modifikasyon değişiklikler Maya nörodejeneratif Proteinopathy modellerinde karakterize

Bu protokolün amacı, insan hastalıkları ile ilişkili nadir gen varyantlarının fonksiyonel sonuçlarını değerlendirmek için Drosophila melanogaster'deki in vivo deneylerin tasarımını ve performansını ana hatlarını ortaya çıkarmaktır.

Drosophila Kullanarak Hastalıkla İlişkili Nadir İnsan Varyantlarının Vivo Fonksiyonel Çalışmasında

Proteostatik düşüş, nörodejeneratif hastalıkların başlangıcını kolaylaştıran yaşlanmanın ayırt edici bir özelliğidir. İki farklı Caenorhabditis elegans dokularındaki proteostazları, floresan bir muhabire kaynaşmış poliglutamin tekrarlarının heterolog ifadesiyle ölçülebilir bir şekilde ölçmek için bir protokol özetliyoruz. Bu model proteostazın hızlı in vivo genetik analizine izin verir.

Caenorhabditis eleganlarında Dokuya Özgü Proteostatik Düşüşün Ölçülmesi

Refakatçi-refakatçi ve refakatçi-substrat etkileşimlerini incelemek için, hafif mutasyonlar veya refakatçilerin aşırı ekspresyumu ile birlikte RNA paraziti kullanarak Caenorhabditis elegans'ta sentetik etkileşim ekranları gerçekleştiriyoruz ve dokuya özgü protein disfonksiyonunu organizma düzeyinde izliyoruz.

Dokuya Özgü Chaperone Etkileşimlerini Taramak için Caenorhabditis elegans'ı Kullanma

Biyomedikal raporlarda açıklandığı gibi mitokondriyal proteinleri ve bunların kardiyovasküler hastalıklarla ilişkilerini araştırmak için bir hesaplama protokolü olan CaseOLAP LIFT ve bir kullanım senaryosu sunulmaktadır. Bu protokol, kullanıcı tarafından seçilen hücresel bileşenleri ve hastalıkları incelemek için kolayca uyarlanabilir.

Organel Yolaklarının Hastalıktaki Rolünü Biyomedikal Raporlarla Aydınlatmak İçin Bir Bilgi Grafiği Yaklaşımı

Biz manyetoensefalografi (MEG) ve elektroensefalografi (EEG), basit duyusal uyaranların işlenmesi ilgili beyin alanlarının haritası kullanın.

Eşzamanlı MEG ve EEG Fonksiyonel Haritalama

AD patolojik özelliklerinden biri Amiloid β proteini pozitif nöritik plakların oluşumu. Immünohistokimyasal algılama thioflavin G boyama yöntemi kullanılarak ABC ve DAB yöntem ve floresan tespiti: Bu protokolde, transgenik AD modeli fareler nöritik plaklar tespit etmek için iki yöntem açıklanmaktadır.

Nöritik plaklar Alzheimer Hastalığı Fare Modeli Algılama

Keşfedin, hastalıklarda işlevsel olmayan protein-protein etkileşimlerini doğal hücre ve dokulardan kimyasal problar ve kitle spektrometrisi kullanarak haritalama yöntemini. Bu protokol, nörodejeneratif hastalıklarda ağ bozukluklarını anlamak için değerli bilgiler sunar.

Hastalıkta İşlevsel Olmayan Protein-Protein Etkileşimlerinin Haritalanması

Daha fazla video keşfet