I dette manuskript er en protokol præsenteret for at udføre FACS-baserede måling af BK-Polyomavirus transkriptional aktivitet ved hjælp af HEK293T celler transficeret med en tovejs reporter plasmid udtrykker tdtomato og egfp. Denne metode giver yderligere mulighed for at kvantitativt bestemme indflydelsen af nye forbindelser på viral transkriptionen.