Chemistry
A subscription to JoVE is required to view this content.
You will only be able to see the first 2 minutes.
The JoVE video player is compatible with HTML5 and Adobe Flash. Older browsers that do not support HTML5 and the H.264 video codec will still use a Flash-based video player. We recommend downloading the newest version of Flash here, but we support all versions 10 and above.
If that doesn't help, please let us know.
Вибрационная спектра N719-Хромофор/Титания Интерфейс от Эмпирического-Потенциального Молекулябельно-динамического моделирования, соваренного ионной жидкостью комнатной температуры
Chapters
Summary January 25th, 2020
Please note that all translations are automatically generated.
Click here for the English version.
Краситель-сенсибилизированные солнечные батареи были solvated RTILs; с использованием оптимизированных эмпирических потенциалов, моделирование молекулярной динамики было применено для расчета вибрационных свойств. Полученные вибрационные спектры сравнивались с экспериментальной и аб инитио молекулярной динамикой; различные эмпирические потенциальные спектры показывают, как параметризация частичного заряда заряда ионной жидкости влияет на вибрационный спектр.
Transcript
В этом протоколе рассматривается, насколько хорошо эмпирические потенциальные подходы могут быть адаптированы для решения и разумного прогнозирования структурных и колебательно свойств прототипов систем солнечных батарей, опоясывых красителей. Это важно из-за ошеломляюще сниженных вычислительных подходов с возможностью использования различных подходов к выборке. Для выполнения молекулярно-динамического моделирования откройте DL_POLY программного обеспечения и используйте хорошо проверенное силовое поле Лопеса и др.
для расслабления комнатной температуры ионной жидкой конфигурации с помощью эмпирических потенциалов. Затем используйте силовое поле Мацуи-Акаоги, включая подвижность Титании в процессе релаксации, для моделирования анатазы. Для выполнения оптимизации геометрии с конъюгированным градиентом минимизации относительного градиента прекращения 0.0001, укажите оптимизацию в файле поля в течение 15 пикосекунд с одной фемтосекундной остановкой времени в 300 Кельвин в ансамбле NVT.
Чтобы запустить DL_POLY на терминале, введите DL_POLY. X.In файл управления, укажите Nose-Hoover для NVT и выберите траекторию скорости положения, печатая каждую фемтосекунду. Для поверхности анатазы убедитесь, что она периодически проходит вдоль х и у лабораторных осей, проецирующих на комнатную температуру ионные жидкости пару параллельных поверхностей с х-оси 21 ангстрема и оси 21 ангстрема.
Убедитесь, что сенсибилизированная красителем система солнечных батарей с явным растворителем состоит из 827 атомов. Для вакуол случае, должно быть 347 атомов в системе. В полевом файле для параметров Леннарда-Джонса примените лоренц-Бертелот, сочетающий правила, и введите арифметическое среднее радиуса Леннарда-Джонса и геометрическое среднее глубина леннард-Джонса для эмпирических силовых полей в нижней части файла поля под вкладкой необязанных взаимодействий.
Для обработки электростатики дальнего радиуса действия примените метод Эвальда, используя неоединяемую длину отсечения в 10 ангстремов, и установите реальный параметр распада пространства для метода Эвальда в файле управления примерно 3,14 на длину необялечения. Затем выберите число векторов волн Эвальда, чтобы обеспечить относительную терпимость в оценке Эвальда один раз от 10 до отрицательной пятой в файле управления. Провести ряд потенциальных оценок энергии с файлом REVCON переименован в config до тех пор, пока давление системы в выходе сходится в течение нескольких процентов, чтобы выбрать не связаны длины отсечения.
Из файла истории используйте скорость диатома Python отдельно. py в терминале для извлечения отдельных скоростей x, y и z на каждом шагу. Чтобы вычислить функцию автоматической корреляции скорости, используйте vacf151005.
py и введите classical_dye_autocore. ш в терминал. Функция автоматической корреляции скорости будет вычислена для всех диатомовых.
Чтобы вычислить спектры из молекулярной динамики, используйте массу взвешенных Фурье Преобразование атомной скорости красителя автоматической корреляции функции, используйте Python MWPS. py и введите run_all_4. ш в терминале.
Будут вычислены массы взвешенных спектров мощности. Для оценки частичных наборов изменений в комнатной температуре ионных жидкостей для имперского потенциального базового молекулярного динамического моделирования для готового сравнения друг с другом подготовьтесь к таблице литературных зарядов и введите эту таблицу в формат полевых файлов для DL-POLY. Для расчета комнатной температуры Mulliken ионных жидких зарядов, в среднем более четырех точек траектории молекулярной динамики ab-initio, повторно нормализовать и подготовить таблицу литературы обвинения и войти в таблицу в формате файла поля для DL-POLY.
Для выполнения анализа EHT в среднем более четырех точек траектории молекулярной динамики ab-initio, реализованной в пакете программного обеспечения молекулярной рабочей среды. Повторно нормализовать и подготовить таблицу литературных сборов и выйти на поле в формате полевых файлов для DL-POLY. Здесь показаны репрезентативные связывающие мотивы четырех различных частичных наборов заряда после 15 пикосекунд молекулярной динамики.
Для словесности выведенные заряды как продемонстрировано, видно взаимодействие седить водопода с поверхностным протоном можно наблюдать. Тем не менее, три ab-initio молекулярной динамики производных наборов заряда не имеют такой сильный Куломбическое взаимодействие с поверхностным протоном. Действительно, меньшая величина частичных зарядов в литературе, полученных случае по сравнению с теми, отобранных по-разному от ab-initio молекулярной динамики приводит к меньшей степени заряда экранирования по отношению к большей величине частичной комнатной температуры ионных жидких зарядов.
Интересно, что Mulliken производных заряда набор показывает определенные устойчивые kinking красителя иметь видные связи водорода с преодолением атома кислорода на поверхности анатазы. Лучшее качество заряда подходит от ab-initio молекулярной динамики привести к более реалистичным N719 связывающие мотивы, которые в соответствии с PEV основе Борн-Оппенгеймер молекулярной динамики с участием Grimme-D3 дисперсии. Масса взвешенных ab-initio молекулярной динамики скорости автоматической корреляции функции спектральных результатов демонстрируют кластер спектроскопических пиков на 300 до 400 сантиметров области.
Основные пики, присутствующие в классических спектрах, находятся на уровне 600 и 800 сантиметров для литературных зарядов, 525 и 800 сантиметров для зарядов Mulliken, 675, 810 и 900 сантиметров для зарядов EHT и 650, 800 и 900 сантиметров для набора заряда Хиршфельда. Обязательно проверьте начальную структуру геометрии Титании во всех направлениях. Для оптимизации силовое поле может быть использовано для оценки эмпирического потенциала в колебательном спектре, как и прогнозировалось для молекулярной динамики.
молекулярная динамика ab-initio является эффективной и перспективной стратегией. Использование молекулярной динамики также, вероятно, будет иметь важное значение в моделировании позволяют красителя сенсибилизированных солнечных элементов прототип
Related Videos
You might already have access to this content!
Please enter your Institution or Company email below to check.
has access to
Please create a free JoVE account to get access
Login to access JoVE
Please login to your JoVE account to get access
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Please enter your email address so we may send you a link to reset your password.
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Your JoVE Unlimited Free Trial
Fill the form to request your free trial.
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Thank You!
A JoVE representative will be in touch with you shortly.
Thank You!
You have already requested a trial and a JoVE representative will be in touch with you shortly. If you need immediate assistance, please email us at subscriptions@jove.com.
Thank You!
Please enjoy a free 2-hour trial. In order to begin, please login.
Thank You!
You have unlocked a 2-hour free trial now. All JoVE videos and articles can be accessed for free.
To get started, a verification email has been sent to email@institution.com. Please follow the link in the email to activate your free trial account. If you do not see the message in your inbox, please check your "Spam" folder.
