Journal
/
Biochemistry
/
JUMPn: En strømlinet applikation til protein co-ekspressionsklynger og netværksanalyse i proteomics
JoVE Journal
Biochemistry
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biochemistry
JUMPn: A Streamlined Application for Protein Co-Expression Clustering and Network Analysis in Proteomics

JUMPn: En strømlinet applikation til protein co-ekspressionsklynger og netværksanalyse i proteomics

DOI:
10.3791/62796-v

•

07:28 min

•

October 19, 2021

•

, , , , , , , ,
1Departments of Structural Biology and Developmental Neurobiology,St. Jude Children’s Research Hospital, 2Center for Proteomics and Metabolomics,St. Jude Children’s Research Hospital, 3Department of Computational Biology,St. Jude Children’s Research Hospital

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:03Setup of JUMPn Software
  • 01:31Demo Run Using an Example Dataset
  • 06:04Results: Workflow of JUMPn Software and the Protein-Protein Interaction Database
  • 07:00Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Vi præsenterer et systembiologisk værktøj JUMPn til at udføre og visualisere netværksanalyse for kvantitative proteomics-data med en detaljeret protokol, herunder dataforbehandling, co-ekspressionsklyngedannelse, vejberigelse og protein-protein interaktionsnetværksanalyse.

Tags

Protein Co-expressionClusteringNetwork AnalysisProteomicsJUMPn SoftwareCo-expression ClusteringPathway EnrichmentPPI Module DetectionUser-friendly InterfaceInteractive VisualizationPhosphoproteomicsInteractome DataWGCNA AlgorithmCo-expression PatternsTrends PlotPathway Ontology Enrichment Heatmap

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Fremgangsmåde til at identificere småmolekylære inhibitorer af protein-protein-vekselvirkning mellem HCN1 og TRIP8b

Lipid Droplet Isolation for Kvantitativ massespektrometri Analyse

Ekstracellulære Protein Microarray teknologi til High Throughput påvisning af lav affinitet Receptor-Ligand interaktioner

Forberedelse af grønkorn sub rum fra Arabidopsis til analyse af Protein lokalisering af Immunoblotting eller Proteomics

Analyse af proteinfoldning, Transport og nedbrydning i levende celler af radioaktivt puls Chase

Påvisning af proteinubiquitinationssteder ved peptidberigelse og massespektrometri

Anvendelse af Biolayer interferometri (BLI) til undersøgelse af protein-protein interaktioner i transkriptionen

Kvantificering af protein interaktions netværk dynamik ved hjælp af Multiplexed Co-Immunopræcipitation

PeptiQuick, et et-trins inkorporering af membran proteiner i Biotinylerede Peptiskiver for strømlinede protein bindende assays

TMT Prøve forberedelse til Proteomics Facility Indsendelse og efterfølgende dataanalyse

Read Article