Journal
/
Biochemistry
/
JUMPN: En strømlinjeformet applikasjon for klynger med proteinkouttrykk og nettverksanalyse i proteomikk
JoVE Journal
Biochemistry
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biochemistry
JUMPn: A Streamlined Application for Protein Co-Expression Clustering and Network Analysis in Proteomics

JUMPN: En strømlinjeformet applikasjon for klynger med proteinkouttrykk og nettverksanalyse i proteomikk

DOI:
10.3791/62796-v

•

07:28 min

•

October 19, 2021

•

, , , , , , , ,
1Departments of Structural Biology and Developmental Neurobiology,St. Jude Children’s Research Hospital, 2Center for Proteomics and Metabolomics,St. Jude Children’s Research Hospital, 3Department of Computational Biology,St. Jude Children’s Research Hospital

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:03Setup of JUMPn Software
  • 01:31Demo Run Using an Example Dataset
  • 06:04Results: Workflow of JUMPn Software and the Protein-Protein Interaction Database
  • 07:00Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Vi presenterer et systembiologiverktøy JUMPn for å utføre og visualisere nettverksanalyse for kvantitative proteomikkdata, med en detaljert protokoll inkludert dataforbehandling, kouttrykksklynge, baneberikelse og proteinproteininteraksjonsnettverksanalyse.

Tags

Protein Co-expressionClusteringNetwork AnalysisProteomicsJUMPn SoftwareCo-expression ClusteringPathway EnrichmentPPI Module DetectionUser-friendly InterfaceInteractive VisualizationPhosphoproteomicsInteractome DataWGCNA AlgorithmCo-expression PatternsTrends PlotPathway Ontology Enrichment Heatmap

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Metode for å identifisere lavmolekylære inhibitorer av protein-protein samhandling mellom HCN1 og TRIP8b

Lipid Droplet Isolasjon for Quantitative massespektrometri analyse

Ekstracellulære Protein Microarray teknologi for høy gjennomstrømning påvisning av lav affinitet reseptor-Ligand interaksjoner

Utarbeidelse av Chloroplast sub deler fra Arabidopsis for analyse av Protein lokalisering av Immunoblotting eller Proteomikk

Analyse av proteinfolding, Transport og nedbrytning i levende celler av radioaktivt puls Chase

Påvisning av protein ubiquitination nettsteder av peptid berikelse og masse spektrometri

Anvendelse av Biolayer laboratoriefasiliteter (BLI) for å studere protein-protein interaksjoner i transkripsjon

Kvantifisering av protein samspill nettverk dynamikk ved hjelp av multiplekset co-Immunutfelling

PeptiQuick, en ett-trinns innlemmelse av membran proteiner i Biotinylated Peptidiscs for strømlinjeformet protein bindende analyser

TMT Prøve forberedelse for proteomics facility innsending og påfølgende dataanalyse

Read Article