Dynamikken mellem koblede hjerner af individer er i stigende grad blevet repræsenteret ved inter-brain synkronisering (IBS), når de koordinerer med hinanden, for det meste ved hjælp af samtidige optagelse signaler af hjerner (nemlig hyperscanning) med fNIRS. I fNIRS hyperscanning undersøgelser, IBS er blevet almindeligt vurderet gennem wavelet omdanne sammenhæng (WTC) metode på grund af sin fordel på at udvide tidsserier i tidsfrekvens rum, hvor svingninger kan ses på en meget intuitiv måde. Den observerede IBS kan yderligere valideres via permutation-baseret tilfældig parring af retssagen, partner, og tilstand. Her præsenteres en protokol for at beskrive, hvordan man får hjernesignaler via fNIRS-teknologi, beregner IBS gennem WTC-metoden og validerer IBS ved permutation i en hyperscanning undersøgelse. Derudover diskuterer vi de kritiske spørgsmål, når vi bruger ovenstående metoder, herunder valg af fNIRS-signaler, metoder til dataforbehandling og valgfrie parametre for beregninger. Sammenfattende er brug af WTC-metoden og permutation en potentielt standardpipeline til analyse af IBS i fNIRS hyperscanning-undersøgelser, der bidrager til både reproducerbarhed og pålidelighed af IBS.