Ensayos de cocultura de alto rendimiento para la investigación de interacciones microbianas

Immunology and Infection

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Summary

Los ensayos de interacción de cocultura presentados en este protocolo son económicos, de alto rendimiento y simples. Estos ensayos se pueden utilizar para observar interacciones microbianas en el cocultivo, identificar patrones de interacción y caracterizar el potencial inhibitorio de una cepa microbiana de interés contra patógenos humanos y ambientales.

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Temkin, M. I., Carlson, C. M., Stubbendieck, A. L., Currie, C. R., Stubbendieck, R. M. High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions. J. Vis. Exp. (152), e60275, doi:10.3791/60275 (2019).

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Abstract

El estudio de las interacciones entre microorganismos ha dado lugar a numerosos descubrimientos, desde nuevos antimicrobianos hasta perspectivas en la ecología microbiana. Muchos enfoques utilizados para el estudio de las interacciones microbianas requieren equipos especializados y son costosos e intensivos en tiempo. Este artículo presenta un protocolo para ensayos de interacción de cocultura que son baratos, escalables a grandes números de muestra y fácilmente adaptables a numerosos diseños experimentales. Los microorganismos se cultivan juntos, y cada uno de ellos representa una combinación de microorganismos en pares. Un organismo de prueba se cultiva en un lado de cada pozo y primero se incuba en monocultivo. Posteriormente, los organismos objetivo se inoculan simultáneamente en el lado opuesto de cada pozo utilizando un sello de inoculación impreso en 3D. Después del cocultivo, los ensayos completados se puntúan para fenotipos visuales, como el crecimiento o la inhibición. Estos ensayos se pueden utilizar para confirmar fenotipos o identificar patrones entre aislados de interés. Utilizando este método simple y eficaz, los usuarios pueden analizar combinaciones de microorganismos de forma rápida y eficiente. Este enfoque de cocultura es aplicable al descubrimiento de antibióticos, así como a la investigación de microbiomas basada en cultivos y ya se ha aplicado con éxito a ambas aplicaciones.

Introduction

En la naturaleza, los microorganismos rara vez existen de forma aislada; consecuentemente, están constantemente interactuando con otros organismos. Por lo tanto, estudiar cómo los microorganismos interactúan entre sí es esencial para entender una multitud de comportamientos microbianos1. Las interacciones microbianas pueden ser mutualistas, commensales o antagónicas. Estos en las teracciones pueden afectar no sólo a los propios microorganismos, sino también a los ambientes y huéspedes que los microorganismos colonizan1,2.

Muchos científicos estudian las interacciones microbianas para identificar nuevas moléculas antimicrobianas. Una de las primeras moléculas antimicrobianas clínicamente importantes se encontró a través del estudio de interacciones microbianas. Sir Alexander Fleming observó un aislado de Penicillium spp. contaminante que inhibió el crecimiento de una cepa de Staphylococcus, que condujo al descubrimiento de la penicilina antibiótica comúnmente utilizada3. La caracterización de los mecanismos que utilizan los microorganismos para antagonizar a sus competidores sigue siendo un recurso fructífero para el descubrimiento de moléculas antimicrobianas. Por ejemplo, recientemente se demostró que Streptomyces sp. cepa Mg1 produce linealinas antibióticas, que tienen una actividad lítica y degradante contra Bacillus subtilis4.

Además, un péptido no ribosólomo sintetizado llamado lugdunin fue descubierto recientemente después de la observación de que la comensal nasal Staphylococcus lugdunensis inhibe Staphylococcus aureus5. Los estudios también han demostrado que las interacciones mutualistas entre microorganismos son tan poderosas como las interacciones antagónicas para el descubrimiento de moléculas antimicrobianas. Por ejemplo, muchas hormigas que cultivan hongos en la tribu Attini albergan bacterias simbióticas llamadas Pseudonocardia en su exoesqueleto que produce moléculas antifúngicas para inhibir un patógeno obligatorio de su cultivo de hongos6. Como el estudio de las interacciones microbianas ha sido beneficioso para descubrir moléculas antimicrobianas, el uso de pantallas de alto rendimiento puede dar lugar al descubrimiento de nuevas moléculas antimicrobianas.

Con respecto al costo y la facilidad de rendimiento, las metodologías utilizadas para estudiar las interacciones microbianas van de simples a complejas. Por ejemplo, un ensayo de tapón de agar es un método económico y simple que se puede utilizar para investigar el antagonismo entre múltiples microorganismos7. Sin embargo, un ensayo de tapón de agar no es un procedimiento eficiente y puede ser laborioso para muchas combinaciones por pares. Para evaluar los efectos de los productos producidos microbianamente en los aislados objetivo de interés de una manera de alto rendimiento, muchos laboratorios utilizan ensayos de difusión de discos8. Estos ensayos son fáciles y económicos y pueden ser escalables a un mayor número de muestras7. Sin embargo, este ensayo requiere la generación de extractos microbianos y puede producir resultados engañosos para ciertas combinaciones de organismos objetivo y antibióticos, como Salmonella y cefalosporinas9.

Los enfoques anteriores se basan en componentes aislados para dar lugar a una respuesta en un organismo objetivo, en lugar de permitir que los microorganismos interactúen entre sí. Esto es de nota porque las interacciones entre microbios pueden provocar la producción de moléculas antimicrobianas "crípticas" que no se producen en el monocultivo. Por ejemplo, recientemente se demostró que la keyicina antimicrobiana sólo es producida por un Micromonospora sp. cuando se co-cultiva con un Rhodococcus sp. que se aísla del mismo microbioma de esponja10. Las metodologías de interacción más complejas eluden este posible obstáculo monocultivo. Por ejemplo, el iChip es útil para aislar bacterias raras y difíciles de cultivar a partir de muestras ambientales y permite la observación de interacciones microbianas a través del crecimiento en el situ11. Para investigar las interacciones en detalle, se puede utilizar la desorción/ionización por láser asistida por matriz con espectrometría de masas de imágenes de tiempo de vuelo (MALDI-TOF-IMS). Este enfoque proporciona información detallada sobre la composición y distribución de moléculas pequeñas y péptidos producidos por colonias microbianas interactuando con alta resolución espacial. MALDI-TOF-IMS también se ha utilizado en múltiples estudios de interacciones bacterianas para caracterizar los mecanismos de competencia12,13,14,15. Sin embargo, MALDI-TOF-IMS a menudo requiere una laboriosa preparación de muestras, experiencia especializada para operar el equipo y espectrómetros de masas costosos y especializados. Por estas razones, es una técnica difícil de usar para estudios de alto rendimiento. Por lo tanto, un ensayo de cocultura simple, escalable y de alto rendimiento para interacciones microbianas que supere muchas limitaciones de los enfoques anteriores sería beneficioso.

Aquí, se presenta un protocolo para el cocultivo microbiano de alto rendimiento. Este ensayo es simple y fácilmente incorporado en estudios preexistentes de interacciones microbianas. A diferencia de muchos métodos comúnmente utilizados para el estudio de interacciones microbianas, nuestro método es simple, barato y es susceptible de investigar un gran número de interacciones. Estos ensayos no sólo son fáciles de realizar, sino que los materiales están ampliamente disponibles en la mayoría de los proveedores de laboratorio o recursos públicos (por ejemplo, bibliotecas y espacios de creadores). En consecuencia, este ensayo es ventajoso como primera línea de investigación para identificar y analizar patrones interesantes entre muchas combinaciones de microorganismos en pares, que pueden ser especialmente útiles para la investigación de la ecología microbiana.

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Protocol

El consentimiento informado se obtuvo de los padres del donante, y el Comité de Asuntos Humanos de la Universidad de Wisconsin-Madison aprobó el estudio (número de aprobación de la Junta de Revisión Institucional [IRB] H-2013-1044).

1. Cultura de muestra

NOTA: Este procedimiento se utiliza aquí para el estudio de interacciones entre los aislados de bacterias de la cavidad nasal humana. En principio, los siguientes métodos son aplicables a cualquier condición de referencia cultural. El caldo de infusión cerebro-corazón (BHI) se utiliza para la propagación general de bacterias nasales. Todas las placas se solidifican con un agar del 1,5%. Para este estudio, se toman muestras de solución salina en la nariz de un donante (lavado nasal), se transfieren a tubos de microcentrífuga y se congelan a -80 oC.

  1. Utilice técnicas de cultivo estándar para placar 100 l de cada una de las muestras de lavado descongelación en placas BHI.
  2. Incubar las placas aeróbicamente a 37oC durante 1 semana.
  3. Después de la incubación, seleccione 2 colonias de cada morfotipo distinto por placa y pasaje los aislados aeróbicamente en placas BHI saltando una colonia desde la placa inicial en una nueva placa BHI e incubando la placa a 37 oC. Repita hasta que los cultivos bacterianos sean puros.
    NOTA: Los aislados bacterianos se pueden identificar a través de la morfología de la colonia, la tinción de gramos, la secuenciación del gen rRNA 16S u otro método. Sin embargo, conocer la identidad del aislado no es necesario para continuar con el protocolo.
  4. Cryopreserve todos los aislados bacterianos a -80 oC después de combinar 1 ml de glicerol al 50% con 1 ml de cultivo bacteriano durante la noche (ver sección 3) en criotubos.

2. Sellos de impresión 3D

NOTA: El policarbonato fue seleccionado como el material de estampado debido a su alta temperatura de transición de vidrio (147 oC) que supera las temperaturas estándar de autoclave (121 oC), lo que minimiza el potencial de deformación después de usos repetidos.

  1. Cargue la impresora 3D con filamento de policarbonato.
  2. Aplique pegamento escolar blanco (acetato de polivinilo) en el lecho de impresión para ayudar en la adhesión y minimizar la deformación del sello de inoculación durante la impresión.
  3. Cargue el archivo . Archivo de modelo STL ( Archivo dedatos suplementario) para el sello de inoculación (Figura 1) en el software de impresora 3D.
  4. Imprima el sello de inoculación a una temperatura de la boquilla de 290 oC, una temperatura de lecho de 60 oC y una altura de capa de 0,38 mm.
  5. Envuelva el sello en la lámina de aluminio y esterilizar mediante autoclave durante 1,5 h en un ciclo de gravedad con 15 minutos de secado.
    NOTA: Aunque el policarbonato es higroscópico, los sellos sólo conservan aproximadamente un 0,5% de peso de agua después del autoclave.

3. Preparación de cultivos nocturnos

  1. Utilizando una pipeta serológica, pipeta 3 ml de caldo BHI estéril en tubos de cultivo de 14 ml.
  2. Usando un bucle de inoculado estéril de 1 L, inocular una colonia bacteriana en el caldo. Gire el lazo para asegurarse de que el grupo se dispersa en el caldo. Vortex los tubos de cultivo brevemente antes de la incubación.
  3. Incubar los tubos de cultivo a 37 oC durante la noche (16 h) en una coctelera a 250 rpm.
  4. Vórtice para romper los grupos de células una vez que los cultivos bacterianos alcanzan suficiente turbidez (OD600 s 1).

4. Preparación de placas de bioensayo

NOTA: Las placas de bioensayo se preparan en una campana de flujo laminar para mantener la esterilidad.

  1. Preparar los medios BHI con 1,5% de agar y esterilizar mediante autoclave de acuerdo con las instrucciones del fabricante.
  2. Después del autoclave, enfríe el soporte BHI a 55 oC en un baño de agua con temperatura controlada.
  3. Usando una pipeta serológica, pipeta 3 ml de medios BHI fundidos en cada uno de los 12 pocillos en una placa de 12 pocillos. Asegúrese de que los pozos sean lo más exactos e uniformes posibles. Un litro de medios producirá 27 placas de bioensayo.
  4. Deje que el agar se ponga durante la noche.

5. Inoculando placas de bioensayo con el organismo de prueba

NOTA: Un organismo de ensayo se refiere al organismo para el que se determina la producción de actividad inhibitoria (por ejemplo, la producción de antibióticos) mediante el ensayo de interacción de cocultivo. Para este experimento, los organismos de prueba son Actinobacterias aisladas de muestras de lavados nasales.

  1. Inocular el organismo de ensayo en una placa de bioensayo insertando un bucle de inoculación estéril de 10 l en el cultivo nocturno y rayando una gota de cultivo sobre el tercio izquierdo de un pozo de placa.
    NOTA: Se recomienda sólo rayar un tercio del pozo, ya que el crecimiento excesivo del pozo prohíbe la inoculación posterior de los organismos diana.
  2. Repita hasta que los 12 pocillos de la placa hayan sido inoculados con el organismo de ensayo.
  3. Incubar las placas boca abajo a la temperatura adecuada durante 7 días. A temperaturas más altas (37 oC) o en climas más secos, guarde las placas en un recipiente húmedo para evitar que las placas se sequen.

6. Preparación de organismos objetivo

NOTA: Un organismo objetivo se refiere al organismo cuyo estado de inhibición se determina mediante el ensayo de interacción de cocultivo. Para este experimento, los organismos objetivo son Staphylococcus spp. aislado de muestras de lavadonasal nasal.

  1. Después de incubar las placas de bioensayo durante 6 días, prepare cultivos nocturnos de los organismos objetivo especificados, como se ha hecho anteriormente (ver sección 3).

7. Inoculación del organismo objetivo

NOTA: Después de la incubación durante la noche, asegúrese de que los cultivos estén turbiados (OD600 x 1). Algunos cultivos bacterianos pueden flocular en la parte inferior del tubo de cultivo. Vortex los tubos de cultivo para dispersar grumos y evaluar la turbidez del cultivo.

  1. Prepare la placa de destino llenando cada pocal de una placa vacía de 12 pocillos con 1,8 ml de BHI y 200 ml del cultivo de la noche a la mañana.
  2. Desenvuelva y coloque un sello de inoculación estéril en la placa de destino. Remolino suavemente las culturas alrededor de los pozos, teniendo cuidado de asegurarse de que las culturas no crucen los pozos vecinos.
  3. Levante el sello de inoculación y asegúrese de que haya una gota de cultivo objetivo diluido en cada punta de sello.
  4. Preparar una placa de control de monocultivo colocando el sello de inoculación en una placa de bioensayo no inoculada y mecer suavemente el sello para que una gota de cultivo inocula cada pocaculo. Una vez que se retira el sello de inoculación, una gota de cultivo debe ser visible en los pozos de la placa de bioensayo.
    1. Si no se inoculan los pozos con el sello de inoculación debido a niveles desiguales de medios, detecte 3 l de cultivo difial durante la noche en el lado derecho de los pozos utilizando una pipeta.
  5. Inocular las placas de bioensayo como se hizo anteriormente (ver paso 7.4.1), pero alinee el sello para que las puntas se alineen con el lado derecho de la placa de 12 pocillos. Asegúrese de que el sello no entre en contacto con la colonia bacteriana existente al inocular los pozos.
  6. Retire cuidadosamente el sello y vuelva a colocarlo en la placa de destino.
  7. Repita la inoculación para cada placa de bioensayo hasta que se inoculen todas las placas.
  8. Incubar placas de bioensayo al revés a la temperatura adecuada durante 7 días.

8. Puntuación

  1. Después de co-cultivar los organismos de prueba y objetivo durante 1 semana, puntuar las interacciones basadas en la siguiente evaluación visual:
    1. Puntuar los pozos con el crecimiento del organismo objetivo que exhibe un crecimiento que es indistinguible del control de monocultivo como "0" (sin inhibición) (Figura 2A,B).
    2. Puntuar los pozos con el organismo objetivo que exhibe un crecimiento disminuido en comparación con el control como "1" (inhibición débil) (Figura 2C).
    3. Puntuar los pozos donde el organismo objetivo no creció como "2" (inhibición fuerte)(Figura 2D).

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Representative Results

Los ensayos de interacción de cocultivo se pueden utilizar para comprender las interacciones microbianas, identificar patrones de interés y descubrir aislados microbianos con actividades intrigantes. En estos ensayos, un organismo de prueba es monocultivo en un lado de una placa de agar de 12 pocillos e incubado durante 7 días. Posteriormente, un organismo objetivo se detecta junto al organismo de ensayo y los dos microbios fueron co-cultivados durante 7 días antes de puntuar para el fenotipo de crecimiento del organismo objetivo. Los ensayos se puntúan en base a un análisis visual del crecimiento o inhibición del organismo objetivo.

Estos ensayos de cocultivo se utilizaron recientemente para evaluar la actividad inhibitoria de Actinobacterias (organismos de prueba) hacia Staphylococcus spp. (organismos objetivo) aislados de la cavidad nasal humana (Figura 2)16. Los ensayos de cocultivo se utilizaron para identificar patrones de inhibición específicos entre Actinobacterias (n.o 21) y aislados de Staphylococcus (n.o 39) y mostraron que los aislados de Actinobacteria mostraron variación en su capacidad para inhibir los aislados coagulasa-negativos estafilococos (CoNS). Se probaron un total de 812 combinaciones por pares. En particular, Corynebacterium propinquum inhibió fuertemente el CoNS(Figura 2D),especialmente en comparación con otros Corynebacterium que inhibió débilmente el CoNS(Figura 2C)o no tuvo ningún efecto sobre CoNS ( Figura 2B) y en comparación con el control monocultivo(Figura 2A)16.

Utilizando genómica comparativa, se identificó un grupo genético biosintético para la producción de sideróforos en los genomas de C. propinquum ausentes en los genomas de otros aislados de Corynebacterium 16. Los siderosores son quelantes producidos por microorganismos para recoger el hierro del medio ambiente17. Se confirmó la producción de Siderophore por C. propinquum y se identificó el siderophore como dehydroxynocardamine16. Este resultado llevó a la hipótesis de que la inhibición de CoNS se debía al agotamiento del hierro mediado por sideroforre. Posteriormente, mediante la realización de ensayos de interacción de cocultivo entre C. propinquum y CoNS tanto en el medio BHI estándar como en el medio complementado con hierro, se determinó que el fenotipo de inhibición dependía del hierro(Figura 2E). Juntos, estos resultados sugirieron que el agotamiento del hierro mediado por siderophore era responsable de la fuerte inhibición de CoNS por C. propinquum16.

Figure 1
Figura 1: Fotografía del sello de inoculación del bioensayo. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figure 2
Figura 2: Ensayos de interacción de cocultivo descubren la inhibición mediada por siderophore de CoNS por Corynebacterium propinquum. (A) Monocultivo de CoNS (organismo objetivo) inoculado en una placa de bioensayo de BHI. (B, C, D) Cocultivos entre diferentes cepas de Corynebacterium spp. (organismos de prueba, izquierda) y la misma cepa de CoNS (organismo objetivo, derecha) inoculadas en placas de bioensayo de BHI. Cada panel es una imagen representativa que muestra interacciones con (B) sin inhibición (puntuación 0), (C) inhibición débil (puntuación 1) o (D) inhibición fuerte (puntuación 2). (E) Comparación de las interacciones entre Corynebacterium pseudodiphtheriticum (siderophore non-producer) o Corynebacterium propinquum (productor siderophore) con la misma cepa de CoNS en medios BHI (BHI) y BHI complementado con 200 M De Cl3 (BHI + hierro). Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Archivo de datos suplementario. Haga clic aquí para descargar este archivo. 

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Discussion

Los antibióticos y otros metabolitos secundarios que median las interacciones microbianas son útiles para una multitud de aplicaciones, incluido el descubrimiento de fármacos. En este documento, se presenta un protocolo de ensayos de cocultura para evaluar un gran número de interacciones microbianas. Estos ensayos de interacción de cocultivo son un medio simple, asequible, escalable y de alto rendimiento para investigar muchas combinaciones en pares de microorganismos en tándem. Los organismos objetivo se detectan junto a los organismos de ensayo en un pozo de una placa de 12 pozos utilizando un sello de inoculación, y la inhibición de los organismos objetivo se puntúa en función de la inspección visual del fenotipo del organismo objetivo. La mayoría de los materiales utilizados en estos ensayos están fácilmente disponibles a través de la mayoría de los proveedores de laboratorio o a través de recursos públicos. Por lo tanto, los ensayos se pueden adaptar fácilmente a muchos entornos de laboratorio. En el laboratorio, estos ensayos de cocultivo han tenido éxito en la investigación de las interacciones de microorganismos asociados con muchos huéspedes de una variedad de ambientes.

Si bien hay muchos beneficios para esta técnica, también hay algunas limitaciones. La primera limitación notable es que los patrones de los ensayos de cocultura son difíciles de interpretar sin otros metadatos. En dos documentos recientes que emplearon estos ensayos de cocultura16,18, los patrones de inhibición de interés sólo se identificaron en conjunto con otros metadatos, como la identidad taxonómica de los organismos de ensayo. Sin embargo, incluso sin metadatos adjuntos, los métodos descritos en este documento son susceptibles de identificar aislados bacterianos con actividad inhibitoria hacia patógenos específicos o microbios objetivo de interés.

Una limitación adicional es que estos ensayos no están disponibles comercialmente, y las placas de bioensayo deben estar preparadas a mano, lo que puede limitar la eficiencia del ensayo. La preparación de placas es fundamental para el experimento, y se debe tener cuidado al preparar las placas. Si los pozos son desiguales, entonces el sello de inoculación puede no ser capaz de inocular todos los pozos. Sin embargo, los pozos perdidos simplemente se pueden inocular pipeteando directamente el cultivo del organismo objetivo en el lado derecho de cada pozo sin inocular. De hecho, incluso si el sello no hace falta algunos pozos de cada placa, el procedimiento sigue siendo más eficiente que pipetear directamente el organismo objetivo en cada pocil. Alternativamente, los usuarios pueden eliminar el sello de inoculación y pipetear el organismo objetivo en cada pozo, pero este proceso es más lento, especialmente en comparación con el estampado de 12 pozos simultáneamente.

Finalmente, el organismo de prueba puede consumir los nutrientes disponibles en el pozo durante el monocultivo antes de que el organismo objetivo sea inoculado. Aunque el agotamiento de nutrientes puede afectar los patrones de inhibición observados, parece ser poco común entre las combinaciones por pares que se han probado hasta ahora. En particular, el agotamiento del hierro en los pozos por C. propinquum permitió el descubrimiento de la competencia mediada por siderophore de los miembros de la microbiota nasal humana16.

Estos ensayos de interacción de cocultivo son personalizables modificando la composición de los medios, el tiempo, o incluso incluyendo múltiples organismos o consorcios microbianos como el organismo de prueba. Además, se pueden utilizar diferentes sistemas de puntuación dependiendo del nivel de detalle deseado necesario para describir el fenotipo de interacción. Ejemplos de escalas de puntuación incluyen los de 0-2 utilizados para describir interacciones competitivas entre bacterias aisladas de la cavidad nasal humana16 (Figura 2) y de 0-3 utilizados para evaluar el potencial antimicrobiano de Streptomyces aislados de microbiomas de insectos18. Sin embargo, con escalas más matizadas, la puntuación se vuelve cada vez más difícil. Por lo tanto, la inhibición se reconoce más fácilmente utilizando un sistema de puntuación binaria (por ejemplo, 0 se define como ninguna inhibición y 1 como inhibición), que puede eliminar cualquier confusión y estandarizar la puntuación entre varios individuos. Además, además de la puntuación de los fenotipos de inhibición, estos ensayos también se pueden puntuar para otros fenotipos, incluyendo la producción de pigmentos, la esporulación o cualquier otro fenotipo que se pueda evaluar visualmente. Como estos ensayos son altamente escalables con análisis basados en la inspección visual del organismo objetivo, se pueden generar conjuntos de entrenamiento para algoritmos de aprendizaje automático para facilitar la puntuación de fenotipos y aumentar aún más el rendimiento del ensayo.

Una de las principales fortalezas de estos ensayos de cocultura es su capacidad para facilitar el cribado de muchas combinaciones de interacciones por pares de manera económica y rápida para descubrir actividades o patrones de inhibición de interés. Posteriormente, se pueden utilizar métodos más complejos e intensivos (es decir, caracterización genómica, MALDI-TOF-IMS o aislamiento y caracterización de productos naturales) para una caracterización más profunda de los microbios e interacciones de interés identificadas por ensayos de cocultura. Como ejemplo reciente, estos ensayos de inhibición de cocultivo se utilizaron para mostrar que los Streptomyces derivados de insectos pueden inhibir las bacterias y hongos Gram-negativos mejor que sus contrapartes derivadas del suelo. Los ensayos de inhibición permitieron una visualización rápida y eficiente de los patrones de inhibición entre 2.003 aislados de Streptomyces y condujeron al descubrimiento de un nuevo antifúngico llamado cyphomycin, que es activo contra patógenos fúngicos resistentes a los medicamentos 18. Por lo tanto, estos ensayos de interacción de cocultura son una poderosa herramienta para la investigación de microbiomas, descubrimiento de antimicrobianos y obtener una visión más profunda de los patrones de interacciones microbianas.

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Disclosures

Los autores no declaran intereses en competencia.

Acknowledgments

Agradecemos a Daniel May, Marc Chevrette y Don Hoang por la lectura crítica del manuscrito. Este trabajo, incluyendo los esfuerzos de Cameron R. Currie, fue apoyado por la Universidad de Wisconsin-Madison, Oficina del Vicerrectorado de Investigación y Educación de Posgrado con fondos de la Wisconsin Alumni Research Foundation, fondos también proporcionados por la Institutos Nacionales de Centros de Salud para la Excelencia en Investigación Traslacional (U19-AI109673-01). Reed M. Stubbendieck fue apoyado por una beca de capacitación de la Biblioteca Nacional de Medicina para el Programa de Capacitación en Computación e Informática en Biología y Medicina (NLM 5T15LM007359). Los funderos no tuvieron ningún papel en el diseño, la recopilación de datos y la interpretación del estudio, ni en la decisión de presentar la obra para su publicación.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
1 μL disposable polystyrene inoculating loops, blue VWR 12000-806
10 μL disposable polystyrene inoculating loops, yellow VWR 12000-810
12-well cell culture plate, sterile with lid Greiner bio-one 665 180
14 mL polystyrene round bottom tube, 17 x 100 mm 2style, nonpyrogenic, sterile Falcon 352057
2.0 self standing screw cap tubes with caps, sterile USA scientific 1420-9710
25 mL serological pipet Cell Treat 229225B
Agar, bacteriological VWR J637
Brain Heart Infusion Broth Dot Scientific DSB11000-5000
Polycarbonate filament, white, 3 mm diameter Keene Village Plastics 12.1-3MM-WH-581.2-1KG-R
School Glue Elmer's EPIE304
Taz 6 3D printer Lulzbot

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References

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