Name: Ein mehrschichtiges Einzelmolekül-Lokalisationsmikroskopieprotokoll zur Untersuchung von Chromatin in der dichten Kernumgebung (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-06-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 49 s
Description: Erfahren Sie ein mehrschichtiges Einzelmolekül-Lokalisationsmikroskopieprotokoll zur Untersuchung von Chromatin in dichten Kernumgebungen. Diese Methode ermöglicht quantitative räumliche Analysen in BJ-Fibroblasten, HeLa- und MCF-10A-Zellen.

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<ol><li>Bond, C., Hugelier, S., Xing, J., Sorokina, E. M., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+DNA-PAINT+imaging+of+the+heterogeneity+of+late+endosome%2Flysosome+protein+composition%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%3A+The+Preprint+Server+for+Biology%22%5BJournal%5D)">Multiplexed DNA-PAINT imaging of the heterogeneity of late endosome/lysosome protein composition.</a> bioRxiv: The Preprint Server for Biology. , (2024).</li>
<li>Hugelier, S., Colosi, P. L., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+single-molecule+localization+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Biophys%22%5BJournal%5D)">Quantitative single-molecule localization microscopy.</a> Annu. Rev. Biophys. 52 (1), 139-160 (2023).</li>
<li>Lelek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-molecule+localization+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Methods+Primers%22%5BJournal%5D)">Single-molecule localization microscopy.</a> Nat. Rev. Methods Primers. 1, 39(2021).</li>
<li>Oddone, A., Vilanova, I. V., Tam, J., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+imaging+with+stochastic+single-molecule+localization%3A+concepts%2C+technical+developments%2C+and+biological+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Microsc+Res+Tech%22%5BJournal%5D)">Super-resolution imaging with stochastic single-molecule localization: concepts, technical developments, and biological applications.</a> Microsc Res Tech. 77 (7), 502-509 (2014).</li>
<li>Bates, M., Huang, B., Dempsey, G. T., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multicolor+super-resolution+imaging+with+photo-switchable+fluorescent+probes%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Multicolor super-resolution imaging with photo-switchable fluorescent probes.</a> Science. 317 (5845), 1749-1753 (2007).</li>
<li>Ricci, M. A., Cosma, M. P., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super+resolution+imaging+of+chromatin+in+pluripotency%2C+differentiation%2C+and+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Genet+Dev%22%5BJournal%5D)">Super resolution imaging of chromatin in pluripotency, differentiation, and reprogramming.</a> Curr Opin Genet Dev. 46, 186-193 (2017).</li>
<li>Heo, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aberrant+chromatin+reorganization+in+cells+from+diseased+fibrous+connective+tissue+in+response+to+altered+chemomechanical+cues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biomed+Eng%22%5BJournal%5D)">Aberrant chromatin reorganization in cells from diseased fibrous connective tissue in response to altered chemomechanical cues.</a> Nat Biomed Eng. 7 (2), 177-191 (2023).</li>
<li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+molecular+characterization+of+the+hippo+signaling+pathway+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Comprehensive molecular characterization of the hippo signaling pathway in cancer.</a> Cell Rep. 25 (5), 1304-1317.e5 (2018).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multicolor+super-resolution+imaging+using+spectroscopic+single-molecule+localization+microscopy+with+optimal+spectral+dispersion%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Opt%22%5BJournal%5D)">Multicolor super-resolution imaging using spectroscopic single-molecule localization microscopy with optimal spectral dispersion.</a> Appl Opt. 58 (9), 2248-2255 (2019).</li>
<li>Daugird, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Correlative+single+molecule+lattice+light+sheet+imaging+reveals+the+dynamic+relationship+between+nucleosomes+and+the+local+chromatin+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Correlative single molecule lattice light sheet imaging reveals the dynamic relationship between nucleosomes and the local chromatin environment.</a> Nat Comm. 15 (1), 4178(2024).</li>
<li>Kant, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Active+transcription+and+epigenetic+reactions+synergistically+regulate+meso-scale+genomic+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Active transcription and epigenetic reactions synergistically regulate meso-scale genomic organization.</a> Nat Comm. 15 (1), 4338(2024).</li>
<li>Esa, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+spectral+precision+distance+microscopy+of+chromatin+nanostructures+after+triple-colour+DNA+labelling%3A+a+study+of+the+BCR+region+on+chromosome+22+and+the+Philadelphia+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional spectral precision distance microscopy of chromatin nanostructures after triple-colour DNA labelling: a study of the BCR region on chromosome 22 and the Philadelphia chromosome.</a> J Microsc. 199 (2), 96-105 (2000).</li>
<li>Lelek, M., Di Nunzio, F., Henriques, R., Charneau, P., Arhel, N., Zimmer, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Superresolution+imaging+of+HIV+in+infected+cells+with+FlAsH-PALM%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Superresolution imaging of HIV in infected cells with FlAsH-PALM.</a> Proc Natl Acad Sci. 109 (22), 8564-8569 (2012).</li>
<li>Yushchenko, D. A., Bruchez, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tailoring+fluorescent+labels+for+far-field+nanoscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Far-Field+Optical+Nanoscopy%22%5BJournal%5D)">Tailoring fluorescent labels for far-field nanoscopy.</a> Far-Field Optical Nanoscopy. , 159-188 (2015).</li>
<li>Min, W., Freudiger, C. W., Lu, S., Xie, X. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coherent+nonlinear+optical+imaging%3A+beyond+fluorescence+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+rev+phys+chem%22%5BJournal%5D)">Coherent nonlinear optical imaging: beyond fluorescence microscopy.</a> Annu rev phys chem. 62, 507-530 (2011).</li>
<li>Walker, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+immunohistochemistry--issues+concerning+methods%2C+utility+and+semiquantitative+assessment+I%5BTitle%5D)+AND+%22Histopath%22%5BJournal%5D)">Quantification of immunohistochemistry--issues concerning methods, utility and semiquantitative assessment I.</a> Histopath. 49 (4), 406-410 (2006).</li>
<li>Dunn, K. W., Kamocka, M. M., McDonald, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+evaluating+colocalization+in+biological+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">A practical guide to evaluating colocalization in biological microscopy.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 300 (4), C723-C742 (2011).</li>
<li>Castells-Garcia, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super+resolution+microscopy+reveals+how+elongating+RNA+polymerase+II+and+nascent+RNA+interact+with+nucleosome+clutches%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Super resolution microscopy reveals how elongating RNA polymerase II and nascent RNA interact with nucleosome clutches.</a> Nucl Acids Res. 50 (1), 175-190 (2022).</li>
<li>Finn, E. H., Misteli, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-throughput+DNA+FISH+protocol+to+visualize+genome+regions+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+protocols%22%5BJournal%5D)">A high-throughput DNA FISH protocol to visualize genome regions in human cells.</a> STAR protocols. 2 (3), 100741(2021).</li>
<li>Nuebler, J., Fudenberg, G., Imakaev, M., Abdennur, N., Mirny, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+organization+by+an+interplay+of+loop+extrusion+and+compartmental+segregation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Chromatin organization by an interplay of loop extrusion and compartmental segregation.</a> Proc Natl Acad Sci. 115 (29), E6697-E6706 (2018).</li>
<li>Davidson, I. F., Peters, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+folding+through+loop+extrusion+by+SMC+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Genome folding through loop extrusion by SMC complexes.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 22 (7), 445-464 (2021).</li>
<li>Schueder, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+cellular+complexity+with+transient+adapters+in+highly+multiplexed+super-resolution+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Unraveling cellular complexity with transient adapters in highly multiplexed super-resolution imaging.</a> Cell. 187 (7), 1769-1784.e18 (2024).</li>
<li>Miron, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+arranges+in+chains+of+mesoscale+domains+with+nanoscale+functional+topography+independent+of+cohesin%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Chromatin arranges in chains of mesoscale domains with nanoscale functional topography independent of cohesin.</a> Sci Adv. 6 (39), eaba8811(2020).</li>
<li>Ou, H. D., Phan, S., Deerinck, T. J., Thor, A., Ellisman, M. H., O'Shea, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChromEMT%3A+Visualizing+3D+chromatin+structure+and+compaction+n+interphase+and+mitotic+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">ChromEMT: Visualizing 3D chromatin structure and compaction n interphase and mitotic cells.</a> Science. 357 (6349), eaag0025(2017).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+three-dimensional+chromatin+packing+domains+by+chromatin+scanning+transmission+electron+microscopy+%28ChromSTEM%29%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Analysis of three-dimensional chromatin packing domains by chromatin scanning transmission electron microscopy (ChromSTEM).</a> Sci Rep. 12 (1), 12198(2022).</li>
<li>Penagos-Puig, A., Furlan-Magaril, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterochromatin+as+an+important+driver+of+genome+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Heterochromatin as an important driver of genome organization.</a> Front Cell Dev Biol. 8, (2020).</li>
<li>Millán-Zambrano, G., Burton, A., Bannister, A. J., Schneider, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+post-translational+modifications+-+cause+and+consequence+of+genome+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone post-translational modifications - cause and consequence of genome function.</a> Nat Rev Genet. 23 (9), 563-580 (2022).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanoscale+chromatin+imaging+and+analysis+platform+bridges+4D+chromatin+organization+with+molecular+function%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Nanoscale chromatin imaging and analysis platform bridges 4D chromatin organization with molecular function.</a> Sci Adv. 7 (1), eabe4310(2021).</li>
<li>Li, W. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mature+chromatin+packing+domains+persist+after+RAD21+depletion+in+3D%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Mature chromatin packing domains persist after RAD21 depletion in 3D.</a> Sci Adv. 11 (4), eadp0855(2025).</li>
<li>Mansisidor, A. R., Risca, V. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility%3A+methods%2C+mechanisms%2C+and+biological+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility: methods, mechanisms, and biological insights.</a> Nucleus. 13 (1), 236-276 (2022).</li>
<li>Li, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decoding+topologically+associating+domains+with+ultra-low+resolution+Hi-C+data+by+graph+structural+entropy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Decoding topologically associating domains with ultra-low resolution Hi-C data by graph structural entropy.</a> Nat Comm. 9 (1), 3265(2018).</li>
<li>Szabo, Q., Bantignies, F., Cavalli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Principles+of+genome+folding+into+topologically+associating+domains%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Principles of genome folding into topologically associating domains.</a> Sci Adv. 5 (4), eaaw1668(2019).</li>
<li>Satam, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next-generation+sequencing+technology%3A+current+trends+and+advancements%5BTitle%5D)+AND+%22Biology%22%5BJournal%5D)">Next-generation sequencing technology: current trends and advancements.</a> Biology. 12 (7), 997(2023).</li>
<li>Acosta, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-color+single-molecule+localization+microscopy+in+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Light%3A+Sci+Appl%22%5BJournal%5D)">Three-color single-molecule localization microscopy in chromatin.</a> Light: Sci Appl. 14 (1), 123(2025).</li>
<li>Almassalha, L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+conformation%2C+gene+transcription%2C+and+nucleosome+remodeling+as+an+emergent+system%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Chromatin conformation, gene transcription, and nucleosome remodeling as an emergent system.</a> Sci Adv. 11 (2), eadq6652(2025).</li>
<li>Yin, Y., Lee, W. T. C., Rothenberg, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrafast+data+mining+of+molecular+assemblies+in+multiplexed+high-density+super-resolution+images%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Ultrafast data mining of molecular assemblies in multiplexed high-density super-resolution images.</a> Nat Comm. 10 (1), 119(2019).</li>
<li>Xu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+imaging+of+higher-order+chromatin+structures+at+different+epigenomic+states+in+single+mammalian+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Super-resolution imaging of higher-order chromatin structures at different epigenomic states in single mammalian cells.</a> Cell Rep. 24 (4), 873-882 (2018).</li>
<li>Xu, J., Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+higher-order+chromatin+structures+in+single+cells+using+stochastic+optical+reconstruction+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-Protocol%22%5BJournal%5D)">Imaging higher-order chromatin structures in single cells using stochastic optical reconstruction microscopy.</a> Bio-Protocol. 9 (3), e3160(2019).</li>
<li>Otterstrom, J., Castells-Garcia, A., Vicario, C., Gomez-Garcia, P. A., Cosma, M. P., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+microscopy+reveals+how+histone+tail+acetylation+affects+DNA+compaction+within+nucleosomes+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Super-resolution microscopy reveals how histone tail acetylation affects DNA compaction within nucleosomes in vivo.</a> Nucleic Acids Res. 47 (16), (2019).</li>
<li>Abdelsayed, V., Boukhatem, H., Olivier, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optimized+buffer+for+repeatable+multicolor+STORM%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Photonics%22%5BJournal%5D)">An optimized buffer for repeatable multicolor STORM.</a> ACS Photonics. 9 (12), 3926-3934 (2022).</li>
<li>Weidner, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+image-free+analysis+of+the+nano-organization+of+chromatin+and+other+biomolecules+by+single+molecule+localization+microscopy+%28SMLM%29%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Advanced image-free analysis of the nano-organization of chromatin and other biomolecules by single molecule localization microscopy (SMLM).</a> Comput Struct Biotechnol J. 21, 2018-2034 (2023).</li>
<li>Nieves, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+framework+for+evaluating+the+performance+of+SMLM+cluster+analysis+algorithms%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">A framework for evaluating the performance of SMLM cluster analysis algorithms.</a> Nat Methods. 20 (2), 259-267 (2023).</li>
<li>Hyun, Y., Kim, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+development+of+computational+cluster+analysis+methods+for+single-molecule+localization+microscopy+images%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Recent development of computational cluster analysis methods for single-molecule localization microscopy images.</a> Comput Struct Biotechnol J. 21, 879-888 (2023).</li>
<li>Markaki, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+nuclear+organization+of+transcription+and+DNA+replication%3A+a+topographical+marriage+between+chromatin+domains+and+the+interchromatin+compartment%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Symp+Quant+Biol%22%5BJournal%5D)">Functional nuclear organization of transcription and DNA replication: a topographical marriage between chromatin domains and the interchromatin compartment.</a> Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 75 (0), 475-492 (2010).</li>
<li>Gelléri, M., Sterr, M., Strickfaden, H., Cremer, C., Cremer, T., Cremer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Space-time+dynamics+of+genome+replication+studied+with+super-resolved+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Postepy+biochem%22%5BJournal%5D)">Space-time dynamics of genome replication studied with super-resolved microscopy.</a> Postepy biochem. 70 (1), 8-21 (2024).</li>
<li>Cremer, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+4D+nucleome%3A+Evidence+for+a+dynamic+nuclear+landscape+based+on+co-aligned+active+and+inactive+nuclear+compartments%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Letters%22%5BJournal%5D)">The 4D nucleome: Evidence for a dynamic nuclear landscape based on co-aligned active and inactive nuclear compartments.</a> FEBS Letters. 589 (20), 2931-2943 (2015).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Andor iXon Ultra 888 elektronenmultiplizierende CCD&nbsp;</td><td>Andor</td><td>DU-888U3-CSO-#BV&nbsp;</td><td>NA</td></tr><tr><td>Rinderserumalbumin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A7030</td><td>Verwendet zum Blocken und Waschen von Puffern. Lagern Sie einen BSA-basierten Blockierungspuffer nicht länger als einen Monat bei 4 °F auf; C</td></tr><tr><td>Changchun New Industries Optoelectronics Tech. Co., Ltd., Modell MGL-FN-532 (532 nm)&nbsp;</td><td>PSU-H-LED&nbsp;</td><td>https://www.cnilaser.com/MGL-FN-532.htm</td><td>NA</td></tr><tr><td>Kohärente OBIS Laserbox (405 nm, 488 nm, 532 nm, 552 nm, 637 nm) &nbsp;</td><td>Kohärent</td><td>1228877&nbsp;</td><td>Laser kollimierten mit 3&ndash; 10 kW/cm&sup3; Durchschnittsleistung an der Probe, mindestens 10.000 Bilder pro Wellenlängenkanal mit&NBSP; 10 & Strich; 30&nbsp; MS&NBSP; Erwerbszeit.&nbsp;</td></tr><tr><td>DABCO (1,4-Diazabicyclo-(2.2.2)-Oktan)</td><td>Sigma</td><td>D27802</td><td>NA</td></tr><tr><td>DBPS (1X)</td><td>Thermo Fisher</td><td>14190-136</td><td>NA</td></tr><tr><td>Destilliertes Wasser</td><td>NA</td><td>NA</td><td>Jedes destillierte Wasser ist in Ordnung;</td></tr><tr><td>DTT (Dithiothreitol), 1 Million</td><td>Sigma</td><td>43816</td><td>NA</td></tr><tr><td>Acht gut kammergefüllte Deckglase</td><td>Cellvis</td><td>C8-1.5H-N</td><td>Es kann jede Glasbodenplatte sein, aber das Volumen muss je nach Gefäß angepasst werden.</td></tr><tr><td>Ziegen-Anti-Maus AF568</td><td>Thermo Fisher</td><td>A11004</td><td>Bestandskonzentration: 2 mg/mL Stabilität nach der Etikettierung: 2 & Strich; 3 Tage</td></tr><tr><td>Ziegen-Anti-Kaninchen AF647</td><td>Thermo Fisher</td><td>A21245</td><td>Lagerkonzentration: 2 mg/mL Stabilität nach der Etikettierung: 4 & Strich; 5 Tage</td></tr><tr><td>Ziegen-Anti-Ratten-A488</td><td>Thermo Fisher</td><td>A11006</td><td>Bestandskonzentration: 2 mg/mL Stabilität nach der Etikettierung: 2 & Strich; 3 Tage</td></tr><tr><td>H3K27ac Primärantikörper</td><td>Thermo Fisher</td><td>MA5-23516</td><td>Aktienkonzentration: 1,0 mg/mL&nbl;</td></tr><tr><td>H3K9me3 Primärer Antikörper &nbsp;</td><td>Abcam</td><td>AB1769156</td><td>Aktienkonzentration: 1,287 mg/mL&nbsp;</td></tr><tr><td>Hochklares Polypropylen-Konische Röhre 15 mL&nbl; &nbsp;</td><td>Corning&nbsp;</td><td>352096</td><td>Verwendet für fixative und abschreckende Lösungen&nbsp;</td></tr><tr><td>Hochklares Polypropylen-Kegelrohr 50 mL</td><td>Corning</td><td>352070</td><td>Verwendet für 40 ml Arbeitsbestände von Block- und Waschpuffern</td></tr><tr><td>Salzsäure (HCl), 12M</td><td>Sigma</td><td>258148</td><td>NA</td></tr><tr><td>Nikon Eclipse Ti-E mit perfektem Fokussystem&nbsp;</td><td>Niikon</td><td>TI-DH 611392&nbsp;</td><td>Invertiertes Mikroskop&nbsp;</td></tr><tr><td>Nikon SR APO TIRF, 100-fache Vergrößerung, 1,49 NA&nbsp;</td><td>Nikon</td><td><a href="https://www.microscope.healthcare.nikon.com/products/optics/cfi-apochromat-tirf-series%C2%A0">https://www.microscope.healthcare.nikon.com/products/optics/cfi-apochromat-tirf-series&nbsp; </a></td><td>NA</td></tr><tr><td>Normales Ziegenserum</td><td>Abcam</td><td>AB7481-1002</td><td>Wird nach dem ersten Etikettieren verwendet. Sollte in Block- und Waschpuffern vorhanden sein</td></tr><tr><td>Paraformaldehyd 16 %&nbsp;</td><td>Elektronenmikroskopiewissenschaften</td><td>15710</td><td>In fixierender Lösung verwendet, die innerhalb von 2 Wochen nach der Herstellung verbraucht werden sollte. Schützen Sie sich bei 4 °F vor Licht; C</td></tr><tr><td>Phosphatgepufferte Kochsalzlösung (PBS) 10X</td><td>Ambion</td><td>AM9625</td><td>NA</td></tr><tr><td>Pipettenspitzen 1000 uL</td><td>SureOne</td><td>02-707-404</td><td>Jede Pipettenspitze ist in Ordnung, solange sie s passend für das Volumen</td></tr><tr><td>RNAPII-PS2</td><td>Abcam</td><td>AB252855</td><td>Aktienkonzentration: 0,98 mg/mL</td></tr><tr><td>Natriumborhydrid</td><td>Thermo Fisher</td><td>S678-10</td><td>Verwenden Sie jedes Mal frisch zum Abschrecken des Puffers.&nbsp;</td></tr><tr><td>Natriumhydroxid (NaOH)</td><td>Thermo Fisher&nbsp;</td><td>A16037.36</td><td>NA</td></tr><tr><td>Natriumsulfit</td><td>Sigma</td><td>S0505</td><td>NA</td></tr><tr><td>Triton X-100 10%</td><td>Thermo Fisher&nbsp;</td><td>28314</td><td>NA</td></tr></tbody></table>

ein mehrschichtiges einzelmolekül-lokalisationsmikroskopieprotokoll zur untersuchung von chromatin in der dichten kernumgebung

A Multilabel Single Molecule Localization Microscopy Protocol for Investigation of Chromatin in the Dense Nuclear Environment

Ein mehrschichtiges Einzelmolekül-Lokalisationsmikroskopieprotokoll zur Untersuchung von Chromatin in der dichten Kernumgebung

Super-resolution microscopy has dramatically advanced our ability to interrogate biological structures beyond the diffraction limit, making it ...

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Forschung

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Einzel-Molekül-Mikroskopie approch neue Einblicke in atomare Transport.

Single-Molecule Imaging of Nuclear Transport

Durch die Kombination von nativen und Vernetzungs Chromatinimmunpräzipitation mit hochauflösender Massenspektrometrie ermöglicht ChroP Ansatz, um die Verbund Proteom-Architektur der Histon-Modifikationen, Varianten und Nicht-Histon-Proteine ​​synergizing bei funktionell unterschiedlichen Chromatindomänen sezieren.

Der Ansatz kombiniert ChroP ChIP und Massenspektrometrie zu sezieren Locus-spezifische Proteomik Landschaften des Chromatin

Wir bieten hier eine effiziente und zuverlässige Protokoll für die Immunfärbung, Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung, DNA-Färbung, gefolgt von quantitativen und hochauflösende Bildgebung in der whole-mount Arabidopsis thaliana Samenanlagen. Diese Methode wurde erfolgreich eingesetzt, um Chromatin-Modifikationen und Zellkernarchitektur zu analysieren.

Eine effiziente Methode zur quantitativen, Einzel-Zell-Analyse von Chromatin Modifikation und Reaktor Architektur in Whole-Mount-Samenanlagen in<em&gt; Arabidopsis</em

Neu entdeckte oxidierte Formen von 5-Methylcytosine (Oxi-mCs), 5-Hydroxymethylcytosine (5hmC), 5-Formylcytosine (5-Fu) und 5-Carboxylcytosine (5caC) kann verschiedene DNA-Modifikationen mit einzigartigen funktionellen Rollen vertreten. Hier ist ein semi-quantitative Workflow zur Visualisierung der räumlichen Verteilung Oxi-mCs, Signal Intensität Profilierung und NS1 beschrieben.

Immunostaining für DNA-Modifikationen: computergestützte Analyse der konfokalen Bilder

Hier präsentieren wir ein Protokoll für die multi-Color Lokalisierung der einzelnen Membranproteine in Organellen der lebenden Zellen. Um Fluorophore zu befestigen, sind selbst Kennzeichnung Proteine verwendet. Proteine, befindet sich in verschiedenen Membranen Kompartimenten des die gleichen Organellen lokalisiert werden können, mit einer Genauigkeit von ~ 18 nm.

Multi-Color-Lokalisierung Mikroskopie des einzigen Membranproteine in Organellen der lebenden Säugetier-Zellen

3D-Mehrfarben-DNA-FISH stellt ein Werkzeug dar, um mehrere genomische Loci innerhalb von 3D-konservierten Kernen zu visualisieren und ihre wechselseitigen Wechselwirkungen und Lokalisierungen innerhalb des Kernraums auf einer einzigen Zellebene eindeutig zu definieren. Hier wird ein Schritt-für-Schritt-Protokoll für ein breites Spektrum menschlicher Primärzellen beschrieben.

3D Multicolor DNA FISH Tool zur Erforschung der Kernarchitektur in menschlichen Primärzellen

CUT&amp;RUN und seine Varianten können verwendet werden, um die Proteinbelegung auf Chromatin zu bestimmen. Dieses Protokoll beschreibt, wie die Proteinlokalisation auf Chromatin mit Hilfe von einzelligem uliCUT&amp;RUN bestimmt werden kann.

Einzelzellfaktorlokalisierung auf Chromatin unter Verwendung von Ultra-Low Input Cleavage Under Targets und Freisetzung mit Nuclease

Das vorliegende Protokoll beschreibt ein Verfahren zur Messung absoluter DNA-Dichten innerhalb adhärenter Zellkerne unter Verwendung der Voronoi-Tessellation von Einzelmolekül-Lokalisationsmikroskopiedaten, des bekannten Volumens, der Genomgröße und des Zellzyklusstadiums.

Kartierung der absoluten DNA-Dichte in Zellkernen mit Hilfe der Einzelmolekül-Lokalisierungsmikroskopie

In diesem Artikel wird ein detailliertes experimentelles Verfahren zur Rekonstitution von nukleosomenhaltigen DNA-Fesseln für die Einzelmolekül-Korrelativkraft- und Fluoreszenzmikroskopie vorgestellt. Des Weiteren werden mehrere nachgelagerte Experimente beschrieben, die durchgeführt werden können, um das Bindungsverhalten von Chromatin-interagierenden Proteinen zu visualisieren und Veränderungen der physikalischen Eigenschaften von Nukleosomen zu analysieren.

In-situ-Nukleosomenassemblierung für die Einzelmolekül-Korrelativkraft- und Fluoreszenzmikroskopie

Dieses Protokoll bietet detaillierte Operationen zur Probenvorbereitung, Datenerhebung und Analyse von DNA-intrinsischen Fluoreszenzspektren.

Spektroskopische Superauflösungsbildgebung von DNA-Molekülen unter Verwendung von intrinsischem Kontrast

Dieses Protokoll bietet einen effizienten Arbeitsablauf für die mikroskopische Mikroskopieabbildung isolierter Arabidopsis-Kerne durch optimierte Isolierung, Fixierung und Markierung, um eine zuverlässige nanoskalige Visualisierung von Chromatin und RNA-Polymerase II zu erreichen. Dieser Ansatz kann leicht an andere chromatinassoziierte Proteine oder Histonmodifikationen für hochauflösende Bildgebung angepasst werden.

Ein stromlinienförmiges Protokoll für Einzelmolekül-Lokalisationsmikroskopie in Arabidopsis-Kernen

Erfahren Sie ein mehrschichtiges Einzelmolekül-Lokalisationsmikroskopieprotokoll zur Untersuchung von Chromatin in dichten Kernumgebungen. Diese Methode ermöglicht quantitative räumliche Analysen in BJ-Fibroblasten, HeLa- und MCF-10A-Zellen.

Ein mehrschichtiges Einzelmolekül-Lokalisationsmikroskopieprotokoll zur Untersuchung von Chromatin in der dichten Kernumgebung

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