Name: Un protocolo de microscopía de localización de molécula única multimarca para la investigación de la cromatina en el entorno nuclear denso (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-06-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 49 s
Description: Aprende un protocolo de inmunomarcado secuencial para microscopía SMLM de tres colores en entornos nucleares densos. Incluye análisis computacional para cuantificar distancias entre dianas y densidades locales en células BJ, HeLa y MCF 10A.

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<ol><li>Bond, C., Hugelier, S., Xing, J., Sorokina, E. M., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+DNA-PAINT+imaging+of+the+heterogeneity+of+late+endosome%2Flysosome+protein+composition%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%3A+The+Preprint+Server+for+Biology%22%5BJournal%5D)">Multiplexed DNA-PAINT imaging of the heterogeneity of late endosome/lysosome protein composition.</a> bioRxiv: The Preprint Server for Biology. , (2024).</li>
<li>Hugelier, S., Colosi, P. L., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+single-molecule+localization+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Biophys%22%5BJournal%5D)">Quantitative single-molecule localization microscopy.</a> Annu. Rev. Biophys. 52 (1), 139-160 (2023).</li>
<li>Lelek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-molecule+localization+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Methods+Primers%22%5BJournal%5D)">Single-molecule localization microscopy.</a> Nat. Rev. Methods Primers. 1, 39(2021).</li>
<li>Oddone, A., Vilanova, I. V., Tam, J., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+imaging+with+stochastic+single-molecule+localization%3A+concepts%2C+technical+developments%2C+and+biological+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Microsc+Res+Tech%22%5BJournal%5D)">Super-resolution imaging with stochastic single-molecule localization: concepts, technical developments, and biological applications.</a> Microsc Res Tech. 77 (7), 502-509 (2014).</li>
<li>Bates, M., Huang, B., Dempsey, G. T., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multicolor+super-resolution+imaging+with+photo-switchable+fluorescent+probes%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Multicolor super-resolution imaging with photo-switchable fluorescent probes.</a> Science. 317 (5845), 1749-1753 (2007).</li>
<li>Ricci, M. A., Cosma, M. P., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super+resolution+imaging+of+chromatin+in+pluripotency%2C+differentiation%2C+and+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Genet+Dev%22%5BJournal%5D)">Super resolution imaging of chromatin in pluripotency, differentiation, and reprogramming.</a> Curr Opin Genet Dev. 46, 186-193 (2017).</li>
<li>Heo, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aberrant+chromatin+reorganization+in+cells+from+diseased+fibrous+connective+tissue+in+response+to+altered+chemomechanical+cues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biomed+Eng%22%5BJournal%5D)">Aberrant chromatin reorganization in cells from diseased fibrous connective tissue in response to altered chemomechanical cues.</a> Nat Biomed Eng. 7 (2), 177-191 (2023).</li>
<li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+molecular+characterization+of+the+hippo+signaling+pathway+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Comprehensive molecular characterization of the hippo signaling pathway in cancer.</a> Cell Rep. 25 (5), 1304-1317.e5 (2018).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multicolor+super-resolution+imaging+using+spectroscopic+single-molecule+localization+microscopy+with+optimal+spectral+dispersion%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Opt%22%5BJournal%5D)">Multicolor super-resolution imaging using spectroscopic single-molecule localization microscopy with optimal spectral dispersion.</a> Appl Opt. 58 (9), 2248-2255 (2019).</li>
<li>Daugird, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Correlative+single+molecule+lattice+light+sheet+imaging+reveals+the+dynamic+relationship+between+nucleosomes+and+the+local+chromatin+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Correlative single molecule lattice light sheet imaging reveals the dynamic relationship between nucleosomes and the local chromatin environment.</a> Nat Comm. 15 (1), 4178(2024).</li>
<li>Kant, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Active+transcription+and+epigenetic+reactions+synergistically+regulate+meso-scale+genomic+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Active transcription and epigenetic reactions synergistically regulate meso-scale genomic organization.</a> Nat Comm. 15 (1), 4338(2024).</li>
<li>Esa, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+spectral+precision+distance+microscopy+of+chromatin+nanostructures+after+triple-colour+DNA+labelling%3A+a+study+of+the+BCR+region+on+chromosome+22+and+the+Philadelphia+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional spectral precision distance microscopy of chromatin nanostructures after triple-colour DNA labelling: a study of the BCR region on chromosome 22 and the Philadelphia chromosome.</a> J Microsc. 199 (2), 96-105 (2000).</li>
<li>Lelek, M., Di Nunzio, F., Henriques, R., Charneau, P., Arhel, N., Zimmer, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Superresolution+imaging+of+HIV+in+infected+cells+with+FlAsH-PALM%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Superresolution imaging of HIV in infected cells with FlAsH-PALM.</a> Proc Natl Acad Sci. 109 (22), 8564-8569 (2012).</li>
<li>Yushchenko, D. A., Bruchez, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tailoring+fluorescent+labels+for+far-field+nanoscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Far-Field+Optical+Nanoscopy%22%5BJournal%5D)">Tailoring fluorescent labels for far-field nanoscopy.</a> Far-Field Optical Nanoscopy. , 159-188 (2015).</li>
<li>Min, W., Freudiger, C. W., Lu, S., Xie, X. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coherent+nonlinear+optical+imaging%3A+beyond+fluorescence+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+rev+phys+chem%22%5BJournal%5D)">Coherent nonlinear optical imaging: beyond fluorescence microscopy.</a> Annu rev phys chem. 62, 507-530 (2011).</li>
<li>Walker, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+immunohistochemistry--issues+concerning+methods%2C+utility+and+semiquantitative+assessment+I%5BTitle%5D)+AND+%22Histopath%22%5BJournal%5D)">Quantification of immunohistochemistry--issues concerning methods, utility and semiquantitative assessment I.</a> Histopath. 49 (4), 406-410 (2006).</li>
<li>Dunn, K. W., Kamocka, M. M., McDonald, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+evaluating+colocalization+in+biological+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">A practical guide to evaluating colocalization in biological microscopy.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 300 (4), C723-C742 (2011).</li>
<li>Castells-Garcia, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super+resolution+microscopy+reveals+how+elongating+RNA+polymerase+II+and+nascent+RNA+interact+with+nucleosome+clutches%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Super resolution microscopy reveals how elongating RNA polymerase II and nascent RNA interact with nucleosome clutches.</a> Nucl Acids Res. 50 (1), 175-190 (2022).</li>
<li>Finn, E. H., Misteli, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-throughput+DNA+FISH+protocol+to+visualize+genome+regions+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+protocols%22%5BJournal%5D)">A high-throughput DNA FISH protocol to visualize genome regions in human cells.</a> STAR protocols. 2 (3), 100741(2021).</li>
<li>Nuebler, J., Fudenberg, G., Imakaev, M., Abdennur, N., Mirny, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+organization+by+an+interplay+of+loop+extrusion+and+compartmental+segregation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Chromatin organization by an interplay of loop extrusion and compartmental segregation.</a> Proc Natl Acad Sci. 115 (29), E6697-E6706 (2018).</li>
<li>Davidson, I. F., Peters, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+folding+through+loop+extrusion+by+SMC+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Genome folding through loop extrusion by SMC complexes.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 22 (7), 445-464 (2021).</li>
<li>Schueder, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+cellular+complexity+with+transient+adapters+in+highly+multiplexed+super-resolution+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Unraveling cellular complexity with transient adapters in highly multiplexed super-resolution imaging.</a> Cell. 187 (7), 1769-1784.e18 (2024).</li>
<li>Miron, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+arranges+in+chains+of+mesoscale+domains+with+nanoscale+functional+topography+independent+of+cohesin%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Chromatin arranges in chains of mesoscale domains with nanoscale functional topography independent of cohesin.</a> Sci Adv. 6 (39), eaba8811(2020).</li>
<li>Ou, H. D., Phan, S., Deerinck, T. J., Thor, A., Ellisman, M. H., O'Shea, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChromEMT%3A+Visualizing+3D+chromatin+structure+and+compaction+n+interphase+and+mitotic+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">ChromEMT: Visualizing 3D chromatin structure and compaction n interphase and mitotic cells.</a> Science. 357 (6349), eaag0025(2017).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+three-dimensional+chromatin+packing+domains+by+chromatin+scanning+transmission+electron+microscopy+%28ChromSTEM%29%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Analysis of three-dimensional chromatin packing domains by chromatin scanning transmission electron microscopy (ChromSTEM).</a> Sci Rep. 12 (1), 12198(2022).</li>
<li>Penagos-Puig, A., Furlan-Magaril, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterochromatin+as+an+important+driver+of+genome+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Heterochromatin as an important driver of genome organization.</a> Front Cell Dev Biol. 8, (2020).</li>
<li>Millán-Zambrano, G., Burton, A., Bannister, A. J., Schneider, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+post-translational+modifications+-+cause+and+consequence+of+genome+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone post-translational modifications - cause and consequence of genome function.</a> Nat Rev Genet. 23 (9), 563-580 (2022).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanoscale+chromatin+imaging+and+analysis+platform+bridges+4D+chromatin+organization+with+molecular+function%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Nanoscale chromatin imaging and analysis platform bridges 4D chromatin organization with molecular function.</a> Sci Adv. 7 (1), eabe4310(2021).</li>
<li>Li, W. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mature+chromatin+packing+domains+persist+after+RAD21+depletion+in+3D%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Mature chromatin packing domains persist after RAD21 depletion in 3D.</a> Sci Adv. 11 (4), eadp0855(2025).</li>
<li>Mansisidor, A. R., Risca, V. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility%3A+methods%2C+mechanisms%2C+and+biological+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility: methods, mechanisms, and biological insights.</a> Nucleus. 13 (1), 236-276 (2022).</li>
<li>Li, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decoding+topologically+associating+domains+with+ultra-low+resolution+Hi-C+data+by+graph+structural+entropy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Decoding topologically associating domains with ultra-low resolution Hi-C data by graph structural entropy.</a> Nat Comm. 9 (1), 3265(2018).</li>
<li>Szabo, Q., Bantignies, F., Cavalli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Principles+of+genome+folding+into+topologically+associating+domains%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Principles of genome folding into topologically associating domains.</a> Sci Adv. 5 (4), eaaw1668(2019).</li>
<li>Satam, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next-generation+sequencing+technology%3A+current+trends+and+advancements%5BTitle%5D)+AND+%22Biology%22%5BJournal%5D)">Next-generation sequencing technology: current trends and advancements.</a> Biology. 12 (7), 997(2023).</li>
<li>Acosta, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-color+single-molecule+localization+microscopy+in+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Light%3A+Sci+Appl%22%5BJournal%5D)">Three-color single-molecule localization microscopy in chromatin.</a> Light: Sci Appl. 14 (1), 123(2025).</li>
<li>Almassalha, L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+conformation%2C+gene+transcription%2C+and+nucleosome+remodeling+as+an+emergent+system%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Chromatin conformation, gene transcription, and nucleosome remodeling as an emergent system.</a> Sci Adv. 11 (2), eadq6652(2025).</li>
<li>Yin, Y., Lee, W. T. C., Rothenberg, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrafast+data+mining+of+molecular+assemblies+in+multiplexed+high-density+super-resolution+images%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Comm%22%5BJournal%5D)">Ultrafast data mining of molecular assemblies in multiplexed high-density super-resolution images.</a> Nat Comm. 10 (1), 119(2019).</li>
<li>Xu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+imaging+of+higher-order+chromatin+structures+at+different+epigenomic+states+in+single+mammalian+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Super-resolution imaging of higher-order chromatin structures at different epigenomic states in single mammalian cells.</a> Cell Rep. 24 (4), 873-882 (2018).</li>
<li>Xu, J., Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+higher-order+chromatin+structures+in+single+cells+using+stochastic+optical+reconstruction+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-Protocol%22%5BJournal%5D)">Imaging higher-order chromatin structures in single cells using stochastic optical reconstruction microscopy.</a> Bio-Protocol. 9 (3), e3160(2019).</li>
<li>Otterstrom, J., Castells-Garcia, A., Vicario, C., Gomez-Garcia, P. A., Cosma, M. P., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+microscopy+reveals+how+histone+tail+acetylation+affects+DNA+compaction+within+nucleosomes+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Super-resolution microscopy reveals how histone tail acetylation affects DNA compaction within nucleosomes in vivo.</a> Nucleic Acids Res. 47 (16), (2019).</li>
<li>Abdelsayed, V., Boukhatem, H., Olivier, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optimized+buffer+for+repeatable+multicolor+STORM%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Photonics%22%5BJournal%5D)">An optimized buffer for repeatable multicolor STORM.</a> ACS Photonics. 9 (12), 3926-3934 (2022).</li>
<li>Weidner, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+image-free+analysis+of+the+nano-organization+of+chromatin+and+other+biomolecules+by+single+molecule+localization+microscopy+%28SMLM%29%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Advanced image-free analysis of the nano-organization of chromatin and other biomolecules by single molecule localization microscopy (SMLM).</a> Comput Struct Biotechnol J. 21, 2018-2034 (2023).</li>
<li>Nieves, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+framework+for+evaluating+the+performance+of+SMLM+cluster+analysis+algorithms%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">A framework for evaluating the performance of SMLM cluster analysis algorithms.</a> Nat Methods. 20 (2), 259-267 (2023).</li>
<li>Hyun, Y., Kim, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+development+of+computational+cluster+analysis+methods+for+single-molecule+localization+microscopy+images%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Recent development of computational cluster analysis methods for single-molecule localization microscopy images.</a> Comput Struct Biotechnol J. 21, 879-888 (2023).</li>
<li>Markaki, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+nuclear+organization+of+transcription+and+DNA+replication%3A+a+topographical+marriage+between+chromatin+domains+and+the+interchromatin+compartment%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Symp+Quant+Biol%22%5BJournal%5D)">Functional nuclear organization of transcription and DNA replication: a topographical marriage between chromatin domains and the interchromatin compartment.</a> Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 75 (0), 475-492 (2010).</li>
<li>Gelléri, M., Sterr, M., Strickfaden, H., Cremer, C., Cremer, T., Cremer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Space-time+dynamics+of+genome+replication+studied+with+super-resolved+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Postepy+biochem%22%5BJournal%5D)">Space-time dynamics of genome replication studied with super-resolved microscopy.</a> Postepy biochem. 70 (1), 8-21 (2024).</li>
<li>Cremer, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+4D+nucleome%3A+Evidence+for+a+dynamic+nuclear+landscape+based+on+co-aligned+active+and+inactive+nuclear+compartments%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Letters%22%5BJournal%5D)">The 4D nucleome: Evidence for a dynamic nuclear landscape based on co-aligned active and inactive nuclear compartments.</a> FEBS Letters. 589 (20), 2931-2943 (2015).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Andor iXon Ultra 888 CCD&nbsp con multiplicación de electrones;</td><td>Andor</td><td>DU-888U3-CSO-#BV&nbsp;</td><td>NA</td></tr><tr><td>Albúmina sérica bovina</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A7030</td><td>Se usa para bloquear y lavar amortiguadores. No guardes buffer de bloqueo basado en BSA durante más de 1 mes en 4&deg; C</td></tr><tr><td>Changchun New Industries Optoelectronics Tech. Co., Ltd., Modelo MGL-FN-532 (532 nm) y nbsp;</td><td>PSU-H-LED&nbsp;</td><td>https://www.cnilaser.com/MGL-FN-532.htm</td><td>NA</td></tr><tr><td>Caja láser OBIS coherente (405 nm, 488 nm, 532 nm, 552 nm, 637 nm) y nbsp;</td><td>Coherente</td><td>1228877&nbsp;</td><td>Láseres colimados con 3&ndash; 10 kW/cm&sup3; potencia media en la muestra, mínimo 10.000 fotogramas recogidos por canal de longitud de onda con&nbsp; 10&ndash; 30&nbsp; ms&nbsp; tiempo de adquisición.&nbsp;</td></tr><tr><td>DABCO (1,4-Diazabiciclo-(2.2.2)-octano)</td><td>Sigma</td><td>D27802</td><td>NA</td></tr><tr><td>DBPS (1X)</td><td>Thermo Fisher</td><td>14190-136</td><td>NA</td></tr><tr><td>Agua destilada</td><td>NA</td><td>NA</td><td>Cualquier agua destilada está bien y no pasa nada;</td></tr><tr><td>DTT (Ditiotreitol), 1M</td><td>Sigma</td><td>43816</td><td>NA</td></tr><tr><td>Vidrio cubierto con ocho cámaras bien compartimentadas</td><td>Cellvis</td><td>C8-1.5H-N</td><td>Puede ser cualquier placa inferior de cristal, pero los volúmenes deben ajustarse según el recipiente.</td></tr><tr><td>Anti-Ratón de Cabra AF568</td><td>Thermo Fisher</td><td>A11004</td><td>Concentración de stock: 2 mg/mL Estabilidad Post Marcado: 2&ndash; 3 días</td></tr><tr><td>Goat anti Rabbit AF647</td><td>Thermo Fisher</td><td>A21245</td><td>Concentración de stock: 2 mg/mL Estabilidad tras el marcado: 4 y la línea guion; 5 días</td></tr><tr><td>Cabra anti-rata A488</td><td>Thermo Fisher</td><td>A11006</td><td>Concentración de stock: 2 mg/mL Estabilidad Post Marcado: 2&ndash; 3 días</td></tr><tr><td>Anticuerpo primario H3K27ac</td><td>Thermo Fisher</td><td>MA5-23516</td><td>Concentración de stock: 1,0 mg/mL&nbsp;</td></tr><tr><td>Anticuerpo primario H3K9me3 &nbsp;</td><td>Abcam</td><td>AB1769156</td><td>Concentración de stock: 1,287 mg/mL&nbsp;</td></tr><tr><td>Tubo cónico de polipropileno de alta claridad 15 mL&nbsp; &nbsp;</td><td>Corning&nbsp;</td><td>352096</td><td>Usado para soluciones fijadoras y de temple y nbsp;</td></tr><tr><td>Tubo cónico de polipropileno de alta claridad 50 mL</td><td>Corning</td><td>352070</td><td>Usado para 40 mL de cargas de bloqueo y lavado</td></tr><tr><td>Ácido clorhídrico (HCl), 12M</td><td>Sigma</td><td>258148</td><td>NA</td></tr><tr><td>Nikon Eclipse Ti-E con sistema de enfoque perfecto &nbsp;</td><td>Niikon</td><td>TI-DH 611392 y nbsp;</td><td>Microscopio invertido&nbsp;</td></tr><tr><td>Nikon SR APO TIRF, aumento de 100x, 1,49 NA&nbsp;</td><td>Nikon</td><td><a href="https://www.microscope.healthcare.nikon.com/products/optics/cfi-apochromat-tirf-series%C2%A0">https://www.microscope.healthcare.nikon.com/products/optics/cfi-apochromat-tirf-series&nbsp; </a></td><td>NA</td></tr><tr><td>Suero normal de cabra</td><td>Abcam</td><td>AB7481-1002</td><td>Se usa después de terminar la primera etiqueta. Debería estar presente en los amortiguadores de bloqueo y lavado</td></tr><tr><td>Paraformaldehído 16 %&nbsp;</td><td>Ciencias de la Microscopía Electrónica</td><td>15710</td><td>Se usa en solución fijadora que debería agotarse en las dos semanas posteriores a la preparación. Mantente protegido de la luz a 4 grados; C</td></tr><tr><td>Solución salina tamponada con fosfato (PBS) 10X</td><td>Ambión</td><td>AM9625</td><td>NA</td></tr><tr><td>Puntas de pipeta 1000 uL</td><td>SureOne</td><td>02-707-404</td><td>Cualquier punta de pipeta está bien siempre que lo haga. s apropiado para el volumen</td></tr><tr><td>RNAPII-PS2</td><td>Abcam</td><td>AB252855</td><td>Concentración de serie: 0,98 mg/mL</td></tr><tr><td>Borohidruro de sodio</td><td>Thermo Fisher</td><td>S678-10</td><td>Usa fresco para el tampón de temple cada vez.</td></tr><tr><td>Hidróxido de sodio (NaOH)</td><td>Thermo Fisher & nbsp;</td><td>A16037.36</td><td>NA</td></tr><tr><td>Sulfito de sodio</td><td>Sigma</td><td>S0505</td><td>NA</td></tr><tr><td>Triton X-100 10%</td><td>Thermo Fisher & nbsp;</td><td>28314</td><td>NA</td></tr></tbody></table>

un protocolo de microscopía de localización de molécula única multimarca para la investigación de la cromatina en el entorno nuclear denso

A Multilabel Single Molecule Localization Microscopy Protocol for Investigation of Chromatin in the Dense Nuclear Environment

Un protocolo de microscopía de localización de molécula única multimarca para la investigación de la cromatina en el entorno nuclear denso

Super-resolution microscopy has dramatically advanced our ability to interrogate biological structures beyond the diffraction limit, making it ...

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Microscopía de una sola molécula approch proporcionan nuevos conocimientos sobre el transporte nuclear.

Imagen de una sola molécula de transporte nuclear

Al combinar nativa y reticular inmunoprecipitación de cromatina con una elevada resolución Espectrometría de Masas, enfoque ChroP permite diseccionar la arquitectura proteómico compuesta de modificaciones de las histonas, variantes y proteínas no histonic sinergizantes en cromatina dominios funcionalmente distintos.

El Enfoque ChroP Combina chip y la espectrometría de masas para diseccionar Locus específicos proteómicos Paisajes de la cromatina

Ofrecemos aquí un protocolo eficiente y confiable para la inmunotinción, hibridación in situ fluorescente, la tinción de ADN seguido por cuantitativos, imágenes de alta resolución en óvulos de Arabidopsis thaliana todo el montaje. Este método fue utilizado con éxito para analizar modificaciones de la cromatina nuclear y de la arquitectura.

Un método eficaz para Cuantitativo, Análisis de celda única de la cromatina modificación y Arquitectura Nuclear en Todo el montaje en Óvulos<em&gt; Arabidopsis</em

Recién descubierto formas oxidadas de la 5-METILCITOSINA (oxi-mCs), 5-hidroximetilcitosina (5hmC), 5-formylcytosine (fC 5) y 5-carboxylcytosine (5caC) puede representar distintas modificaciones de ADN con papeles funcionales únicas. Aquí se describe un flujo de trabajo semi cuantitativa para la visualización de la distribución espacial de la oxi-mCs, perfiles de intensidad de señal y colocalización.

Immunostaining para modificaciones de ADN: análisis computacional de imágenes confocales

Aquí, presentamos un protocolo para la localización de varios color de proteínas de membrana único en organelos de células vivas. Para colocar fluoróforos, se usan proteínas auto etiquetadas. Proteínas, situadas en compartimientos diferentes membranas de la mismo orgánulo, se pueden localizar con una precisión de ~ 18 nm.

Microscopía de localización de varios colores solo de proteínas de membrana en organelos de células mamíferas vivas

3D multicolor DNA FISH representa una herramienta para visualizar múltiples loci genómicos dentro de núcleos conservados 3D, definiendo inequívocamente sus interacciones recíprocas y localización dentro del espacio nuclear a un solo nivel de célula. Aquí, se describe un protocolo paso a paso para un amplio espectro de células primarias humanas.

Herramienta 3D Multicolor DNA FISH para estudiar la arquitectura nuclear en células primarias humanas

CUT&amp;RUN y sus variantes se pueden utilizar para determinar la ocupación de proteínas en la cromatina. Este protocolo describe cómo determinar la localización de proteínas en la cromatina utilizando uliCUT&amp;RUN unicelular.

Localización de factor de una sola célula en cromatina utilizando escisión de entrada ultra baja bajo objetivos y liberación con nucleasa

El presente protocolo describe un método que mide las densidades absolutas de ADN dentro de los núcleos celulares adherentes utilizando la teselación de Voronoi de datos de microscopía de localización de una sola molécula, volumen conocido, tamaño del genoma y etapa del ciclo celular.

Mapeo de la densidad absoluta de ADN en núcleos celulares mediante microscopía de localización de una sola molécula

Este artículo presenta un procedimiento experimental detallado para la reconstitución de ataduras de ADN que contienen nucleosomas para microscopía de fuerza correlativa y fluorescencia de una sola molécula. Además, describe varios experimentos posteriores que se pueden llevar a cabo para visualizar el comportamiento de unión de las proteínas que interactúan con la cromatina y analizar los cambios en las propiedades físicas de los nucleosomas.

Ensamblaje de nucleosomas in situ para microscopía de fuerza correlativa y fluorescencia de una sola molécula

Este protocolo proporciona operaciones detalladas sobre la preparación de muestras, la recogida de datos y el análisis de espectros de fluorescencia intrínseca del ADN.

Imagen espectroscópica de superresolución de moléculas de ADN usando contraste intrínseco

Este protocolo presenta un flujo de trabajo eficiente para la microscopía de localización de moléculas individuales de núcleos aislados de Arabidopsis, utilizando aislamiento, fijación y marcaje optimizados para lograr una visualización nanométrica fiable de la cromatina y la ARN polimerasa II. Este enfoque puede adaptarse fácilmente a otras proteínas asociadas a la cromatina o modificaciones de histonas para imágenes de alta resolución.

Un protocolo simplificado para microscopía de localización de molécula única en núcleos de Arabidopsis

Aprende un protocolo de inmunomarcado secuencial para microscopía SMLM de tres colores en entornos nucleares densos. Incluye análisis computacional para cuantificar distancias entre dianas y densidades locales en células BJ, HeLa y MCF 10A.

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