Mikrobiologia środowiskowa

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Bradley Schmitz Gleby zwykle zawierają skończoną ilość wody, którą można wyrazić jako "wilgotność gleby". Wilgoć ta występuje w przestrzeniach porowych pomiędzy agregatami glebowymi (przestrzeń porowa między agregatami) oraz w agregatach glebowych (przestrzeń porowa wewnątrz agregatu) (Rysunek 1). Zwykle ta przestrzeń porowa jest zajęta przez powietrze i/lub wodę. Jeśli wszystkie pory są zajęte...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Luisa Ikner Technika aseptyczna jest podstawową umiejętnością szeroko praktykowaną w dziedzinie mikrobiologii środowiskowej, która wymaga równowagi między uważnością a praktyką w laboratorium. Właściwe zastosowanie tej techniki zmniejsza prawdopodobieństwo zanieczyszczenia bakteryjnego lub grzybiczego odczynników, pożywek hodowlanych i próbek środowiskowych. Technika aseptyczna jest również...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Luisa Ikner Spektrum badań w zakresie mikrobiologii środowiskowej jest szerokie pod względem zakresu i potencjału aplikacyjnego. Niezależnie od tego, czy praca odbywa się na skalę laboratoryjną ze znanymi izolatami bakteryjnymi, czy też w terenie polega na zbieraniu próbek gleby lub wody zawierających nieznane izolaty bakteryjne, zdolność do szybkiego i wizualnego rozpoznania interesujących...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Bradley Schmitz Gleba składa się z cienkiej warstwy na powierzchni ziemi, zawierającej czynniki biotyczne i abiotyczne, które przyczyniają się do życia. Część abiotyczna zawiera cząstki nieorganiczne o różnej wielkości i kształcie, które decydują o strukturze gleby. Część biotyczna zawiera resztki roślinne, korzenie, materię organiczną i mikroorganizmy. Obfitość i różnorodność mikroorganizmów...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Bradley Schmitz Grzyby są heterotroficznymi organizmami eukariotycznymi i, z wyjątkiem drożdży, są tlenowe. Występują obficie w glebach powierzchniowych i są ważne ze względu na ich rolę w obiegu składników odżywczych oraz rozkładzie materii organicznej i zanieczyszczeń organicznych. Na przykład grzyby białej zgnilizny (phanerochaete chryosporium) (Rysunek 1) są znane z degradacji aromatów.

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Luisa Ikner Tradycyjne metody analizy zbiorowisk mikroorganizmów w glebie zwykle obejmowały testy kulturowe wykorzystujące metodologię rozcieńczania i posiewu na pożywkach selektywnych i różnicowych lub testy bezpośredniego liczenia. Bezpośrednie liczenie dostarcza informacji o całkowitej liczbie obecnych bakterii, ale nie daje informacji o liczbie lub różnorodności populacji obecnych w...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Bradley Schmitz Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) to technika stosowana do wykrywania mikroorganizmów obecnych w glebie, wodzie i środowisku atmosferycznym. Poprzez amplifikację określonych odcinków DNA, PCR może ułatwić wykrywanie i identyfikację docelowych mikroorganizmów aż do gatunku, szczepu i poziomu serowar/patowar. Technika ta może być również wykorzystana do scharakteryzowania całych...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Bradley Schmitz Reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkrypcją (RT-PCR) obejmuje ten sam proces, co konwencjonalny PCR — cykliczne zmiany temperatury w celu amplifikacji kwasów nukleinowych. Jednak podczas gdy konwencjonalny PCR amplifikuje tylko kwasy dezoksyrybonukleinowe (DNA), RT-PCR umożliwia amplifikację kwasów rybonukleinowych (RNA) poprzez tworzenie komplementarnego DNA (cDNA).

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Bradley Schmitz Ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy (qPCR), znana również jako PCR w czasie rzeczywistym, jest szeroko stosowaną techniką molekularną do zliczania mikroorganizmów w środowisku. Przed wprowadzeniem tego podejścia kwantyfikacja mikroorganizmów ograniczała się głównie do klasycznych technik opartych na kulturach. Jednak hodowla drobnoustrojów z próbek środowiskowych może być...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Luisa Ikner Analiza jakości wody monitoruje wpływy antropogeniczne, takie jak zanieczyszczenia, składniki odżywcze, patogeny i wszelkie inne składniki, które mogą wpływać na integralność wody jako zasobu. Zanieczyszczenie kałem przyczynia się do patogenów mikrobiologicznych, które zagrażają zdrowiu roślin, zwierząt i ludzi chorobami lub schorzeniami. Rosnące zapotrzebowanie na wodę i surowe normy...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Luisa Ikner Jakość wody przeznaczonej do użytku w rolnictwie, rekreacji i gospodarstwie domowym ma ogromne znaczenie ze względu na możliwość wystąpienia ognisk chorób przenoszonych przez wodę. Czynniki mikrobiologiczne biorące udział w takich zdarzeniach obejmują pasożyty, bakterie i wirusy, które są wydalane w dużych ilościach z kałem zakażonych ludzi i zwierząt. Przeniesienie na nowych i...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Alex Wassimi Wirusy to wyjątkowa grupa jednostek biologicznych, które infekują zarówno organizmy eukariotyczne, jak i prokariotyczne. Są to pasożyty obligatoryjne, które nie mają zdolności metabolicznej, a w celu replikacji polegają na metabolizmie gospodarza w celu wytworzenia części wirusa, które samoorganizują się w komórkach gospodarza. Wirusy są ultramikroskopijne – zbyt małe, aby można je...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autorzy: Bradley Schmitz i Luisa Ikner Gleby powierzchniowe są niejednorodną mieszaniną cząstek nieorganicznych i organicznych, które łączą się ze sobą, tworząc agregaty wtórne. Wewnątrz i pomiędzy agregatami znajdują się puste przestrzenie lub pory, które wizualnie zawierają zarówno powietrze, jak i wodę. Takie warunki tworzą idealny ekosystem dla bakterii, więc wszystkie gleby zawierają ogromne populacje bakterii,...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Luisa Ikner Bakterie są jednymi z najliczniejszych form życia na Ziemi. Występują w każdym ekosystemie i są niezbędne w codziennym życiu. Na przykład bakterie wpływają na to, co ludzie jedzą, piją i oddychają, a w rzeczywistości w ciele człowieka jest więcej komórek bakteryjnych niż komórek ssaków. Ze względu na znaczenie bakterii lepiej jest badać poszczególne gatunki bakterii w laboratorium. Aby...

Źródło: Laboratoria dr Iana Peppera i dr Charlesa Gerby - Uniwersytet Arizony Autor demonstracji: Bradley Schmitz Glony to wysoce niejednorodna grupa mikroorganizmów, które mają jedną wspólną cechę, a mianowicie posiadanie pigmentów fotosyntetycznych. W środowisku glony mogą powodować problemy dla właścicieli basenów, rosnąc w wodzie. Glony mogą również powodować problemy w wodach powierzchniowych, takich jak jeziora i zbiorniki wodne, z powodu zakwitów glonów, które uwalniają toksyny. Ostatnio...