Name: Protokół identyfikacji gatunków ryb na podstawie DNA (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-04-28T17:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 15 s
Description: Poznaj metodę identyfikacji gatunków ryb opartą na DNA z wykorzystaniem PCR i analizy RFLP. Procedura umożliwia szybkie i dokładne określenie gatunku z próbek świeżych, mrożonych lub przetworzonych.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dział Produktów Agilent Stratagene 
<ul>
<li>Harini Ravi</li>
<li>Natalia Novorodovskaya</li>
<li>Scott Basehore</li>
<li>Jeff Braman</li>
<li>Rachel Formosa</li>
<li>Ronda Allen</li>
<li>Rajesh Bagga</li>
<li>Derek Hall</li>
<li>Sarah Jandle</li>
<li>Danielle Huffman</li>
</ul>

Agilent Laboratories
<ul>
<li>Robert Kincaid</li>
<li>Mary McBride</li>
</ul>

Agilent Europe
<ul>
<li>Nigel Skinner</li>
<li>Juergen Schneider</li>
<li>Stephen Mueller</li>
<li>Martin Kratzmeier</li>
</ul>

Campden BRI
<ul>
<li>Steve Garrett</li></ul>

<ol><li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+fish+species+identification+by+use+of+lab-on-a-chip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Control%22%5BJournal%5D)">Improved fish species identification by use of lab-on-a-chip technology.</a> Food Control. 16 (7), 601-607 (2004).</li>
<li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Clarke, M. -A. L., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fish+species+Identification+Using+PCR-RFLP+Analysis+and+Lab-on-a-Chip+Capillary+Electrophoresis%3A+Application+to+Detect+White+Fish+Species+in+Food+Products+and+an+Interlaboratory+Study%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Agric.+Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Fish species Identification Using PCR-RFLP Analysis and Lab-on-a-Chip Capillary Electrophoresis: Application to Detect White Fish Species in Food Products and an Interlaboratory Study.</a> J. Agric. Food Chem. 53, 3348-3357 (2005).</li>
<li>Dooley, J., Garrett, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+PCR-RFLP+Profiles+for+Fish+Species+Using+the+Agilent+2100+Bioanalyzer%5BTitle%5D)+AND+%22Agilent+Technologies+Application+Note%22%5BJournal%5D)">Determination of PCR-RFLP Profiles for Fish Species Using the Agilent 2100 Bioanalyzer.</a> Agilent Technologies Application Note. , (2005).</li>
<li>Dooley, J. J., Clarke, M. L., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+a+chip-based+capillary+electrophoresis+system+to+enable+simple+PCR-RFLP+identification+of+fish+species%5BTitle%5D)+AND+%22FSA+Final+Report+Q01069%22%5BJournal%5D)">Application of a chip-based capillary electrophoresis system to enable simple PCR-RFLP identification of fish species.</a> FSA Final Report Q01069. , (2004).</li>
</ol>

Autorzy są zatrudnieni przez firmę Agilent Technologies, która produkuje odczynniki i instrumenty wykorzystane w niniejszym artykule.

Prezentujemy prostą, szybką i dokładną metodę przesiewową opartą na analizie DNA, służącą do identyfikacji gatunków ryb w produktach spożywczych z owoców morza. Ta skuteczna metoda dostarcza powtarzalnych i precyzyjnych wyników w czasie krótszym niż jeden dzień roboczy i może zostać wdrożona w komercyjnych laboratoriach badawczych dzięki usprawnionym protokołom i prostemu zestawowi aparatury. Charakteryzuje się ona generowaniem obiektywnych danych, które są analizowane za pomocą oprogramowania RFLP Decoder z rozszerzalną bazą danych profili gatunków ryb uzyskanych drogą eksperymentalną.
Przy rutynowym wdrożeniu, ta metoda testowania ma potencjał zapobiegania błędnemu etykietowaniu produktów z owoców morza oraz pomagać w prowadzeniu dokładnej dokumentacji niezbędnej do zachowania zgodności z przepisami rządowymi.

<table><tbody><tr><td>Agilent 2100 Bioanalyzer (ze stacją do przygotowania chipów i mieszadłem wirującym IKA)</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939AA</td><td></td></tr><tr><td>laptop Agilent 2100 Bioanalyzer &amp;oprogramowanie specjalistyczne Expert Software</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2953CA</td><td>G2950CA - komputer stacjonarny PC &amp;oprogramowanie specjalistyczne Expert Software</td></tr><tr><td>zestaw odczynników Agilent Bioanalyzer DNA 1000 (nr kat. 5067-1504)</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1504</td><td></td></tr><tr><td>Termocykler</td><td>Różne</td><td>Różne</td><td></td></tr><tr><td>Probówki paskowe do PCR</td><td>Agilent Technologies</td><td>401428</td><td></td></tr><tr><td>Nakrętki do pasków PCR</td><td>Agilent Technologies</td><td>401425</td><td></td></tr><tr><td>Statyw roboczy na płytki 96-dołkowe</td><td>Agilent Technologies</td><td>410094</td><td></td></tr><tr><td>Zestaw do izolacji DNA w systemie identyfikacji gatunków ryb</td><td>Agilent Technologies</td><td>Kontakt</td><td></td></tr><tr><td>Zestaw odczynników PCR-RFLP do systemu identyfikacji gatunków ryb</td><td>Agilent Technologies</td><td>Kontakt</td><td></td></tr><tr><td>Oprogramowanie RFLP Matcher</td><td>Agilent Technologies</td><td>Kontakt</td><td></td></tr><tr><td>100% etanol, 200 proof (klasy USP lub równoważny)</td><td>Różne</td><td>Różne</td><td></td></tr><tr><td>Sterylna woda wolna od nukleaz</td><td>Różnorodne</td><td>Różne</td><td></td></tr><tr><td>Pipety automatyczne</td><td>Różne</td><td>Różne</td><td></td></tr><tr><td>Inkubator lub łaźnia wodna ustawiona na 65°C&amp;#x00B0;C</td><td>Różnorodne</td><td>Różne</td><td></td></tr><tr><td>Sterylna butelka szklana lub probówka polipropylenowa (np. 14-ml BD Falcon z polipropylenu)</td><td>Różne</td><td>Różne</td><td></td></tr><tr><td>probówki z okrągłym dnem lub 50-ml polipropylenowe probówki stożkowe BD Falcon)</td><td>Różnorodne</td><td>Różne</td><td></td></tr><tr><td>Mieszadło wirowirujące</td><td>Różne</td><td>Różnorodne</td><td></td></tr><tr><td>Mikrowirówka</td><td>Różne</td><td>Różnorodne</td><td></td></tr><tr><td>Probówki do mikrocentryfugi 1,5 ml</td><td>Różne</td><td>Różnorodne</td><td></td></tr><tr><td>Statyw na probówki 1,5 ml</td><td>Różne</td><td>Różnorodne</td><td></td></tr><tr><td>końcówki do pipet</td><td>Różne</td><td>Różne</td><td></td></tr></tbody></table>

protokół identyfikacji gatunków ryb w oparciu o dna

DNA-based Fish Species Identification Protocol

Opracowaliśmy szybką, prostą i dokładną metodę przesiewową opartą na analizie DNA w celu identyfikacji gatunków ryb występujących w próbkach świeżych i przetworzonych produktów rybnych. Ta wszechstronna metoda wykorzystuje amplifikację PCR DNA genomowego wyekstrahowanego z próbek ryb, a następnie analizę polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP) w celu wygenerowania wzorów fragmentów, które można rozdzielić za pomocą systemu Agilent 2100 Bioanalyzer i dopasować do odpowiednich gatunków przy użyciu oprogramowania do dopasowywania wzorów RFLP.
Metoda identyfikacji ryb wykorzystuje prosty i niezawodny protokół oparty na kolumnach wirowych do izolacji DNA z próbek ryb. Próbki są poddawane działaniu proteinazy K w celu uwolnienia kwasów nukleinowych do roztworu. Następnie DNA jest izolowane poprzez zawieszenie próbki w buforze wiążącym i naniesienie jej na mikrokolumny wirowe zawierające matrycę z włókien krzemionkowych. Kwasy nukleinowe w próbce wiążą się z matrycą włóknistą. Unieruchomione kwasy nukleinowe są płukane w celu usunięcia zanieczyszczeń, a całkowite DNA jest odzyskiwane w końcowej objętości 100 μl. Izolowane DNA jest gotowe do amplifikacji PCR z użyciem dostarczonych starterów, które wiążą się z sekwencjami występującymi we wszystkich genomach ryb. Produkty PCR są następnie trawione trzema różnymi enzymami restrykcyjnymi i analizowane za pomocą Agilent 2100 Bioanalyzer. Długości fragmentów powstałych w reakcjach trawienia mogą być wykorzystane do określenia gatunku ryby, z której przygotowano próbkę DNA, przy użyciu oprogramowania do dopasowywania wzorów RFLP zawierającego bazę danych eksperymentalnie wyznaczonych wzorów RFLP dla komercyjnie istotnych gatunków ryb.

Niniejsza publikacja opisuje sposób wykorzystania systemu identyfikacji gatunków ryb Agilent Fish Species Identification System do określania gatunku ryby poprzez ekstrakcję DNA oraz przeprowadzenie analizy PCR i RFLP.

Protokół identyfikacji gatunków ryb w oparciu o DNA

Opracowaliśmy szybką, prostą i dokładną metodę przesiewową opartą na analizie DNA w celu identyfikacji gatunków ryb obecnych w próbkach świeżych i przetworzonych produktów rybnych. ...

System identyfikacji gatunków ryb to prosta, szybka i dokładna metoda oparta na analizie DNA, służąca do identyfikacji gatunków ryb obecnych w danej próbce. Próbki ryb są traktowane proteinazą K w celu uwolnienia kwasów nukleinowych do roztworu. Następnie izoluje się genomowe DNA ryb i poddaje je amplifikacji PCR przy użyciu starterów wiążących się z sekwencjami występującymi we wszystkich genomach ryb.Produkty PCR są następnie trawione trzema różnymi enzymami restrykcyjnymi i rozdzielane na bioanalizatorze Agilent 2100. Długości fragmentów powstałych w reakcjach trawienia mogą zostać wykorzystane do określenia gatunku ryby za pomocą polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych lub oprogramowania do dopasowywania wzorów RFLP. Cześć, jestem Rachel Formosa z Agilent Technologies.Dzisiaj zaprezentujemy procedurę identyfikacji gatunków ryb w oparciu o analizę DNA. Procedura ta jest metodą przesiewową, która pozwala na identyfikację gatunków ryb obecnych w próbkach świeżych, mrożonych, mielonych, gotowanych, suszonych lub przetworzonych w inny sposób. Cały proces można zrealizować w czasie krótszym niż jeden dzień roboczy.Niniejszą procedurę stosujemy do badania autentyczności owoców morza, co jest niezwykle istotne dla branży rybnej, ponieważ podstawianie gatunków oraz błędne etykietowanie mogą mieć znaczące konsekwencje ekonomiczne, środowiskowe oraz w zakresie bezpieczeństwa żywności. Ponadto identyfikacja gatunków ryb na podstawie wyglądu oraz innych tradycyjnych metod może być szczególnie trudna. Po przetworzeniu ryby badania DNA dostarczają znacznie bardziej dokładnych i wiarygodnych wyników.Zacznijmy zatem. Rozpocznij przygotowywanie próbek do ekstrakcji DNA, umieszczając od 10 do 1000 mg każdej próbki surowej lub gotowanej tkanki ryb w probówkach do mikrocentryfugi o pojemności 1.5 ml dla każdej ryby. Dodaj 220 µL świeżo przygotowanego roztworu proteinazy K i wymieszaj poprzez pipetowanie w górę i w dół.Inkubować probówki w temperaturze 65 °C przez 10 minut, a następnie wirować przez trzy do pięciu minut przy 14 000 G, aby zbić na dno wszystkie niestrawione tkanki. Następnie ostrożnie przenieść 150 µL każdego supernatantu do nowej probówki o pojemności 1,5 ml, unikając pobierania materiału niestrawionego z dna oraz warstwy tłustej znajdującej się na górze. Supernatant zostanie teraz wykorzystany do ekstrakcji genomicznego DNA.Ekstrakcję genomowego DNA rozpocznij od dodania 500 µL buforu wiążącego kwasy nukleinowe do każdej próbki. Spowoduje to zwiększenie całkowitej objętości próbki do 650 µL. Próbki mieszaj w wortexie do uzyskania homogenicznej zawiesiny.Następnie należy przenieść każdą próbkę do kolumienki wiążącej DNA, która została umieszczona w jednej z dostarczonych w zestawie probówek o pojemności 2 ml. Następnie należy zatrzasnąć nakrętkę probówki na górnej części kolumienki. Próbki należy wirować przez jedną minutę przy 14 000 G, aby załadować DNA na matrycę kolumienki.Po wirowaniu wyjmij kubeczki do wirowania, odlej filtrat i umieść kubeczki z powrotem w probówkach zbiorczych. Dodaj 500 µL buforu do płukania z wysokim stężeniem soli (1x). Zakręć probówki i ponownie poddaj je wirowaniu po zakończeniu wirowania.Odlać filtrat i ponownie umieścić kolumienki wirówkowe w probówkach zbiorczych. Następnie dodać 500 µL 80% etanolu. Zamknąć probówkę zakrętką i wirować z prędkością 14,000 G przez jedną minutę.Powtórz płukanie etanolem jeszcze dwa razy po trzecim płukaniu w 80% etanolu, a następnie odrzuć filtraty. Umieść wirówki w probówkach odbiorczych i tym razem wiruj przez dwie minuty, aby osuszyć matrycę włókien. Następnie przenieś wirówki do probówek zbierających o pojemności 1,5 mililitra.Dodaj 100 µL buforu elucyjnego do każdego spin cupa, bezpośrednio na matrycę z włókien wewnątrz naczynia. Następnie zatrzaśnij nakrętki probówek do zbierania na spin cupach i inkubuj je w temperaturze pokojowej przez jedną minutę. Po inkubacji wiruj próbki z maksymalną prędkością przez jedną minutę.Następnie należy wyrzucić wkładkę wirówki i zakręcić probówki. Jeśli zmierzy się stężenia DNA, spodziewane są wartości w zakresie od 5 ng/µL do 500 ng/µL. DNA można teraz przechowywać w temperaturze 4 °C do jednego miesiąca; w celu długoterminowego przechowywania należy umieścić DNA w temperaturze -20 °C lub -80 °C.Przeprowadź reakcję PCR, korzystając z primerów i odczynników zawartych w zestawie odczynników P-C-R-R-F-L-P. Zgodnie z dołączonym protokołem pisemnym zaleca się analizę każdej próbki, w tym kontroli pozytywnej i kontroli bezmatrycowej, w dwóch powtórzeniach podczas przebiegu PCR. Przygotuj mieszaniny master mix enzymów restrykcyjnych do trawień z użyciem DTE E one HAE three oraz NL three, łącząc kolejno następujące składniki: 1,5 µL sterylnej wody destylowanej, 0,5 µL buforu enzymatycznego 10 x oraz 0,5 µL enzymu 10 x.Przygotować mieszaninę odczynników fourex three w ilości wystarczającej dla wszystkich próbek oraz jednej dodatkowej objętości reakcyjnej. Następnie rozdzielić 2,5 µL do każdej probówki reakcyjnej opisanej nazwą próbki i enzymu. Po zakończeniu reakcji PCR wyjąć próbki z termocyklera i umieścić je w lodzie.Do każdej z trzech probówek z trawieniem restrykcyjnym dla danej reakcji dodać 2,5 µL każdego produktu PCR. DDE jedna, HAE trzy oraz NLA trzy. Następnie wymieszać w wortexie.Krótko odwiruj i inkubuj mieszaniny trawienne w temperaturze 37 °C przez dwie godziny. Jeśli jest to bardziej dogodne, inkubację można przeprowadzić przez noc. Po trawieniu inkubuj reakcje w temperaturze 65 °C przez 15 minut.Następnie do każdej probówki należy dodać 1 µL 60 mM EDTA w celu przerwania reakcji i wymieszać na wortexie. Korzystając z zestawu odczynników do bioanalizatora Agilent, należy przygotować produkty trawienia restrykcyjnego i nanieść je do dołków chipa DNA zgodnie z instrukcją do zestawu. W przypadku każdej próbki wszystkie trzy trawienia powinny zostać naniesione na ten sam chip.Następnie należy wymieszać chip w wortexie i wprowadzić go do urządzenia. Po zakończeniu analizy należy przejść do kontekstu testu i wybrać kartę podsumowania chipa. W polu nazwy próbki należy wprowadzić nazwę próbki dla wszystkich 12 studni chipa, aby zidentyfikować gatunki ryb dla testowych próbek DNA.Uruchom program dekodujący RFLP, klikając plik. Następnie otwórz plik XAD. Pojawi się okno dialogowe otwierania.Teraz należy wybrać plik XAD dla użytego chipu DNA. Następnie kliknij „Open”, aby wyświetlić listę próbek załadowanych na chip. Wybierz trzy trawienia odpowiadające pierwszej próbce DNA.W kolumnie enzym określ enzymy restrykcyjne, które zostały użyte w polu opisanym jako min peak height as percent of lower marker. Wartość domyślna to 10%, jeśli jest wymagana. Wartość tę można obniżyć, aby zidentyfikować pominięte małe piki, lub podwyższyć, aby odrzucić piki wynikające z niespecyficznego szumu w elektroferogramie.Po wprowadzeniu wszelkich korekt wartości minimalnej wysokości piku, kliknij reintegrate. Następnie kliknij calc w dolnej części okna dialogowego. Dane dotyczące długości fragmentów uzyskane z analizy bioanalizatorem zostaną automatycznie wprowadzone do pól oprogramowania.Następnie z rozwijanej listy wyników w lewym górnym rogu ekranu wybierz dice. Jeśli próbka ryb składa się z jednego gatunku ryb lub mieszaniny, a w przypadku gdy próbka może być mieszaniną, tabela na dole ekranu o nazwie combined score list. Najlepsze dopasowania gatunków na podstawie wyników wszystkich trzech reakcji trawienia.Idealne dopasowania z wynikiem jeden są wyróżnione na zielono. Bliskie dopasowania są wyróżnione na żółto w górnej części ekranu. Dolna wartość progowa określa minimalną wielkość fragmentu użytego w analizie, a wartość tolerancji dopasowania określa, jak bliska długości fragmentu przewidywanego musi być długość fragmentu, aby został on uznany za dopasowanie.Wyświetlone wartości są ustawieniami domyślnymi i mogą zostać zmienione. Powtórz te kroki w celu analizy pozostałych próbek DNA znajdujących się na końcówce. Próbki DNA od czterech różnych gatunków ryb zostały wyizolowane, powielone i poddane trawieniu zgodnie z metodą opisaną w tym filmie.Przedstawiono obraz żelu z bioanalizatora dla próbek po trawieniu restrykcyjnym, uzyskany przy użyciu urządzenia Agilent Bioanalyzer i dekodera RFLP. Do identyfikacji gatunków ryb zastosowano wzorce zakrzywień generowane przez oprogramowanie. Pierwsza próbka została prawidłowo zidentyfikowana jako pstrąg, druga jako tuńczyk, a trzecia jako ryba skalna.Ostatnia próbka służy jako specyficzny kod. Właśnie zaprezentowaliśmy, jak przeprowadzić identyfikację gatunków ryb w oparciu o DNA, wykorzystując metodę P-C-R-R-F-L-P firmy Agilent. Podczas wykonywania tej procedury ważne jest unikanie zanieczyszczeń krzyżowych próbek, ponieważ metoda ta jest bardzo czuła.To wszystko. Teraz wiedzą już Państwo, jak szybko, łatwo i dokładnie zidentyfikować gatunki ryb obecne w próbkach. Dziękujemy za oglądanie i życzymy powodzenia w przeprowadzaniu eksperymentów.

dna-based-fish-species-identification-protocol

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Protokół identyfikacji gatunków ryb na podstawie DNA

Ten artykuł opisuje ekstrakcję DNA z klipsa do ogona danio pręgowanego. Protokół przedstawia szybką i skuteczną metodę analizy genotypów danio pręgowanego.

Ekstrakcja DNA z klipsa ogonowego: metoda stosowana w genotypowaniu danio pręgowanego

Opisujemy solidny i wszechstronny protokół do analizy architektury jądrowej za pomocą 3D DNA FISH przy użyciu bezpośrednio znakowanych sond fluorescencyjnych.

Solidna ryba DNA 3D przy użyciu bezpośrednio znakowanych sond

PCR w połączeniu z analizą topnienia w wysokiej rozdzielczości (HRMA) jest pokazane jako szybka i skuteczna metoda genotypowania danio pręgowanego.

Szybkie i wydajne genotypowanie danio pręgowanego za pomocą PCR z analizą topnienia w wysokiej rozdzielczości

Opisana jest ulepszona metoda polimorfizmu długości fragmentów ograniczających reakcję łańcuchową polimerazy do genotypowania gatunków rozdymek za pomocą chromatografii cieczowej/spektrometrii mas. Kolumna monolitu krzemionkowego z odwróconymi fazami służy do oddzielania strawionych amplikonów. Metoda ta może wyjaśnić monoizotopowe masy oligonukleotydów, co jest przydatne do identyfikacji składu zasadowego.

Ulepszone polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych reakcji łańcuchowej polimerazy Genotypowanie toksycznych rozdymek za pomocą chromatografii cieczowej/spektrometrii mas

Opisujemy protokół filtracji próbek wody za pomocą wkładu filtrującego i ekstrakcji środowiskowego DNA (eDNA) bez konieczności rozcinania obudowy w celu wyjęcia filtra. Protokół ten został opracowany do metabarkodowania eDNA ryb, ale ma również zastosowanie do eDNA z innych organizmów.

Zastosowanie wkładu filtracyjnego do filtracji próbek wody i ekstrakcji środowiskowego DNA

Najczęstsze analizy zawartości jelit makrobezkręgowców są wizualne. Wymagając intensywnej wiedzy na temat różnorodności morfologicznej organizmów drapieżnych, pomijają zdobycz o miękkim ciele, a ze względu na silne rozdrobnienie zdobyczy są prawie niemożliwe dla niektórych organizmów, w tym obunogów. Zapewniamy szczegółowe, nowatorskie podejścia genetyczne do identyfikacji zdobyczy makrobezkręgowców w diecie obunogów.

Protokół laboratoryjny do analizy genetycznej zawartości jelit makrobezkręgowców wodnych przy użyciu starterów rDNA specyficznych dla grupy

Pomieszczenia laboratoryjne turkusowych ryb mogą być skalowane do hodowli i efektywnego hodowania tysięcy pojedynczych ryb w centralnym systemie filtracji wody, wykorzystując tę samą infrastrukturę, która jest używana w standardowych obiektach dla danio pręgowanego. Poniżej przedstawiamy listę ustandaryzowanych procedur, które pozwalają na efektywną hodowlę karpiów.

Protokół przetrzymywania w laboratoriach turkusowych ryb (Nothobranchius furzeri)

Zdrowie dzikich ryb może być używane jako wskaźnik zdrowia ekosystemu wodnego. Oceny stanu zdrowia ryb oparte na sekcji zwłok dostarczają dokumentacji widocznych zmian lub nieprawidłowości, danych wykorzystywanych do obliczania wskaźników stanu, a także możliwości pobrania tkanek do oceny mikroskopowej, ekspresji genów i innych bardziej szczegółowych analiz.

Ocena stanu zdrowia dzikich ryb na podstawie sekcji zwłok

Danio pręgowany był używany jako wiarygodne modele genetyczne w badaniach biomedycznych, zwłaszcza wraz z pojawieniem się technologii edycji genów. Gdy spodziewane są fenotypy larw, ekstrakcja DNA i identyfikacja genotypu może być trudna. W tym miejscu opisujemy skuteczną procedurę genotypowania larw danio pręgowanego, poprzez obcinanie ogonów, już po 72 godzinach od zapłodnienia.

Wysokoprzepustowa ekstrakcja DNA i genotypowanie larw danio pręgowanego 3dpf poprzez obcinanie płetw

Środowiskowe testy DNA wymagają rygorystycznego projektowania, testowania, optymalizacji i walidacji przed rozpoczęciem zbierania danych terenowych. W tym miejscu przedstawiamy protokół, który przeprowadza użytkowników przez każdy etap projektowania specyficznego dla gatunku, opartego na sondzie testu qPCR do wykrywania i kwantyfikacji DNA gatunku docelowego z próbek środowiskowych.

Opracowywanie i testowanie specyficznych dla gatunku ilościowych testów PCR do zastosowań środowiskowych DNA

Praca ta opisuje protokół do ilościowego określania kształtu chrząstki czaszkowo-twarzowej za pomocą wolnego oprogramowania (tpsDigs2, MorphoJ i PAST) do pomiaru zmian struktury twarzy u larw danio dano.

Morfometryczne analizy kształtu: narzędzie analityczne do kwantyfikacji kształtu czaszkowo-twarzowego u danio pręgowanego

Poznaj metodę identyfikacji gatunków ryb opartą na DNA z wykorzystaniem PCR i analizy RFLP. Procedura umożliwia szybkie i dokładne określenie gatunku z próbek świeżych, mrożonych lub przetworzonych.

Protokół identyfikacji gatunków ryb w oparciu o DNA

Przeglądaj więcej filmów