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环境微生物学精要

本系列介绍了环境中微生物群落及其在生态系统中的作用;同时也探讨了研究环境微生物学的常用方法。

  • Environmental Microbiology

    06:15
    在土壤中的水分含量的测定

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 布拉德利施密茨

    土壤通常含有有限数量的水,可以表示为"土壤水分含量"。这水分存在和土壤团聚体 (内集料孔隙空间) 内土壤团聚体 (间集料孔隙空间) 之间的孔隙空间 (图 1)。通常这个孔隙空间是由空气和/或水占用。如果所有的毛孔都被空气,土壤是完全干燥的。如果所有的毛孔都充满了水,土壤是说饱和。

  • Environmental Microbiology

    10:47
    无菌技术在环境科学中

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 路易莎 Ikner

    无菌技术是广泛应用在需要平衡的正念与实践在实验室的环境微生物学领域的基本技巧。正确使用这种技术减少了试剂、 文化传媒和环境样品的细菌或真菌污染的可能性。无菌技术,还必须确保数据的完整性和保持纯洁的可能组成的非常罕见,而且困难到文化分离的文化图书馆。实验室环境中的污染来源包括空气中的微生物

  • Environmental Microbiology

    09:30
    革兰氏染色的细菌环境来源

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 路易莎 Ikner

    研究在环境微生物学中的频谱是广泛范围和应用潜力。这工作是否台秤与已知的细菌菌株,或在野外采集土壤或水样品中含有未知的细菌菌株,能够快速、

  • Environmental Microbiology

    10:03
    可视化的土壤微生物,通过接触滑动检测和显微镜

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 布拉德利施密茨

    土壤包括在地球的表面,包含生活做出贡献的生物和非生物因素的薄层。非生物部分包括无机粒子的大小和形状等,确定土壤的质地。生物部分包含了植物残体、 根、 有机物、 微生物。土壤微生物丰度和多样性是膨胀,一克土壤中含有 107 8细菌、 放线菌 106 8 、 105 6真菌、 103酵母、 原生动物4-6月 10 日,103-4藻类和 53线虫。在一起,生物和非生物因素形成周围植物的根部,称为根际,提供有利的条件,为土壤微生物的体系结构。

    生物和非生物因素促进土壤中的生活。然而,他们也有助于限制微生物的压力动态。生物胁迫涉及生活适应和生存的环境条件之间的竞争。例如,微生物可以分泌抑制或有毒物质,危害周边的微生物。

  • Environmental Microbiology

    08:57
    丝状真菌

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 布拉德利施密茨

    真菌是异养的真核生物,和酵母,除了是有氧。他们在表层土壤丰富,是重要的在养分循环中的作用和有机物质和有机污染物分解。白的腐真菌 (黄 chryosporium) 例如,(图 1) 已知能够降解芳烃。

  • Environmental Microbiology

    09:58
    社区从细菌菌落中提取 DNA

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 路易莎 Ikner

    在土壤中的微生物群落分析的传统方法通常涉及或者文化的检测,利用稀释和电镀的选择性和差别的介质或直接计数检测方法。直接计数提供信息的存在,细菌总数,但给没有数量或本社区内的种群多样性的信息。平板计数允许枚举的共有文化或选定的文化群体,并因此提供信息,不同的人群存在。然而,由于少于 1%的土壤细菌容易培养,文化信息提供只有一张图片。可以培养社区的实际分数取决于选择的介质为文化计数。任何单一的媒介将选择最适合于该特定的媒介的人口。

    近年来,学习社区从土壤样品中提取的 DNA 的优势日益明显。这种基于非培养方法被认为是更能代表实际的社区目前比文化为基础的办法。这种方法未来提供有关类型的人口信息,,还可以提供关于其遗传潜力。任何技术,有可与 DNA 提取的数据的局限性。因此,许多研究人员现在 DNA

  • Environmental Microbiology

    13:33
    聚合酶链反应与凝胶电泳检测环境微生物

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 布拉德利施密茨

    聚合酶链反应 (PCR) 是一种用于检测存在于土壤、 水和大气环境中的微生物技术。通过放大 DNA 的特定部分,PCR 可以方便的检测和识别目标微生物物种、 应变,和钩/变种水平。这项技术也可以用于表征整个社区的样品中微生物。

    培养微生物在实验室里用专门的生长介质是成立已久的技术,仍在使用的环境样品中微生物检测。许多微生物在自然的环境中,而活着,保持低水平的代谢活动和 (或) 倍增时间和因而提到作为可行但是非可培养 (VBNC) 有机体。使用单独的基于文化的技术无法检测到这些微生物和,因此,不提供样品中微生物种群彻底的评估。Pcr 技术的使用允许的可培养微生物,VBNC 生物检测和那些不再活着或活动,如扩增的基因序列一般不需要进行微生物的预富集环境样品中。然而,PCR

  • Environmental Microbiology

    12:03
    环境样品使用 RT-PCR RNA 分析

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 布拉德利施密茨

    逆转录-聚合酶链反应 (RT-PCR) 涉及常规 PCR 相同的进程 — — 循环温度扩增核酸。然而,虽然常规 PCR 只放大脱氧核糖核酸 (DNA),RT-pcr 技术,使扩增的核糖核酸 (RNA) 形成的互补 DNA (cDNA)。这能使发现内环境要分析的利用方法和技术,为 DNA 设计的基于 RNA 的有机体。

    发现环境中的很多病毒利用 RNA 作为它们的遗传物质。几种基于 RNA 病毒病原体,如诺沃克病毒感染,并指示生物,如胡椒轻 (斑驳),病毒并没有量化的文化为基础的检测方法。为了检测这些从土壤、 水、 农业等环境样品中的 RNA 病毒的存在,分子测定技术依靠 RT pcr 技术将 RNA DNA 转化。没有 RT-PCR,微生物学家不能进行分析和研究对人类和环境健康构成威胁的许多基于 RNA 病毒。

    RT-

  • Environmental Microbiology

    09:56
    量化环境微生物和病毒使用 qPCR

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 布拉德利施密茨

    定量聚合酶链反应 (qPCR),也被称为实时 pcr 技术,是一种广泛用于分子技术用于枚举在环境中的微生物。在这种方法,量化微生物是很大程度上限于古典文化为基础的技术。然而,培养微生物从环境样品可以尤其具有挑战性,并且它一般认为,尽可能少的为 1 到 10%的目前在环境样品中微生物的检出使用这些技术。QPCR 环境微生物学研究中的到来因此拥有先进领域大大,从而更准确地测定等致病微生物的浓度环境样品中的病原体。然而,qPCR 应用微生物技术作为一个重要限制是活生生的、 可行的人口不能区分处于非活动状态或非生物的种群。

    该视频演示 qPCR

  • Environmental Microbiology

    08:16
    通过指示生物水质分析

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 路易莎 Ikner

    水质分析监测污染物、 营养物质、 病原体和可以影响水的诚信作为一种资源的任何其他成分的汇的人为因素。粪便污染造成威胁植物、 动物和人类健康与疾病或疾病的病原微生物。增加对水的需求和严格的质量标准要求进行低病原水平监控供水对人类或环境资源。然而,监测每个病原与粪便污染是不可行的由于实验室技术涉及广泛的劳动力、 时间和成本。因此,为指示生物检测提供了简单、

  • Environmental Microbiology

    10:57
    通过过滤水样粪便细菌的分离

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 路易莎 Ikner

    注定要在农业、 娱乐,和国内的设置中使用的水的质量具有重要的意义,因势而为水性疾病的爆发。微生物制剂卷入这类事件包括寄生虫、 细菌和脱落的病毒在粪便中的受感染的人和动物的高数量。传输到新的和易受影响的主机然后可能通过粪-口途径摄入被污染的水后出现。因此,能够监控水源为病原微生物的存在是为了确保公共卫生重大。

    由于数量和各种潜在的粪-口病原体,可能会出现在水和它们变的浓度,它是不切实际和昂贵,直接为每一条进行定期检测。因此,微生物检测方法研究水质监测采用细菌大肠菌群指标。大肠菌群组成、 在第一部分,肠道正常菌群的温血哺乳动物、

  • Environmental Microbiology

    09:16
    环境样品中的噬菌体的检测

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 亚历克斯 Wassimi

    病毒是一独特组感染真核生物和原核生物的生物实体。他们是专性寄生虫,没有代谢的能力,和来进行复制,依赖宿主代谢产生病毒在宿主细胞内自组装的零件。

    病毒是超微 — — 太小,无法进行光镜观察,可见只有与更大的分辨率的电子显微镜下查看。病毒粒子组成的核酸基因组 DNA 或 RNA,包围一层蛋白质,称为衣壳组成蛋白质亚基或 capsomers。在一些更复杂的病毒衣壳包围其他脂质信封,一些有穗状表面附属物或尾巴。

    病毒感染人类和动物的肠道被称为肠道病毒。他们在粪便中排出,可以隔离从生活污水。感染细菌的病毒被称为噬菌体,和那些感染大肠菌群被称为体内大肠杆菌噬菌 (图 1)。噬菌体大肠菌群是任何地方发现大肠菌群发现。

  • Environmental Microbiology

    10:56
    培养和枚举从土壤样品的细菌

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 布拉德利施密茨和路易莎 Ikner

    表层土壤是的拼在一起就形成二次聚合的无机和有机颗粒均匀的混合物。内和骨料之间的空隙或视觉上包含两个的毛孔空气和水。这些条件创建一个理想的生态系统为细菌,所以所有土壤都包含了数量庞大的细菌,通常超过 100 万每克土壤。

    细菌是最简单的微生物,称为原核生物。在原核该组内有丝状微生物称为放线菌。放线菌是实际上的细菌,但他们经常被认为是一个独特的群体内的细菌分类由于其丝状的结构,组成的多个单元格,向窗体菌丝串在一起。本实验使用甘油案例媒体选择为放线菌的殖民地,在稀释和电镀。通常情况下,放线菌的细菌总人口的大约 10%。细菌和放线菌发现在每个环境中在地球上,但这些微生物在土壤中的多样性和丰富是无与伦比。这些微生物,对人类生活和什么人吃、 喝、

  • Environmental Microbiology

    12:22
    细菌生长曲线分析和其环境的应用程序

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 路易莎 Ikner

    细菌是地球上最丰富的生命形式。他们发现在每一个生态系统,对日常生活至关重要。例如,细菌影响什么人吃,喝,和呼吸,还有实际上更细菌细胞内一个人的身体比哺乳动物细胞。由于细菌的重要性,它是最好研究特定种类的细菌在实验室。要做到这一点,细菌生长在受控条件下纯文化,意思只有一种类型的细菌正在审议中。细菌生长迅速在纯培养和细胞的数量在短时间内急剧增加。通过测量细胞人口的增长率增加随着时间推移,"生长曲线"将被开发。旨在利用或接种细菌分离,例如改善植株的生长、

  • Environmental Microbiology

    09:28
    藻类枚举通过可培养方法

    资料来源: 实验室的博士伊恩胡椒和博士查尔斯称-亚利桑那大学演示作者: 布拉德利施密茨

    藻类是高度异构微生物群,有一个共同点,即持有光合色素。在环境中,藻类生长在水中通过游泳池业主造成问题。藻类也可以在表面的水域,如湖泊和水库,由于藻类的大量繁殖,释放毒素引起问题。最近,藻类正在评估作为新型能源通过藻类生物燃料。蓝绿海藻是实际上列为蓝藻的细菌。蓝藻不仅进行光合作用,但也有能力解决大气中的氮气。其他藻类是真核生物,从单细胞生物到复杂的多细胞生物体,像海藻一样。这些包括绿色藻类、 euglenoids、 甲藻、 金褐藻、 硅藻、 褐藻和红藻。在土壤中,藻类的人民往往是 106每克。这些数字是低于相应的数字为细菌、 放线菌和真菌,主要是因为光合作用所需的阳光不能穿透土壤表面之下。

    因为藻类光合,从光合作用和生物量的二氧化碳,碳获取能量他们能在生长培养基组成完全的无机营养盐和无有机碳基底。有机基质缺乏排除异养细菌的生长。使用无机生长培养基,

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